咸丰皇帝下旨，命和春兼管浙江军务，任命张玉良总领援浙各军。张玉良抽调江南大营五分之二的兵力前去抵御。李秀成攻打杭州，用地雷炸开清波门，攻陷杭州，巡抚罗遵殿等人殉难。李秀成攻破杭州时，先锋部队只有一千二百五十人。各处援兵不知道虚实，听闻城池陷落，全都溃散逃走。等到张玉良援军抵达，屯驻武林门，李秀成说：“中我的计策了！”因为自己兵力单薄，于是大量制作旗帜布设疑兵，悄悄撤出杭州城，弃城而去。张玉良和将军瑞昌合兵进击，当即收复省城。
三月，李秀成回窜余杭，攻陷临安，不久被李定泰收复。孝丰、武康太平军也撤退。此时李秀成与李世贤返回广德，杨辅清也从池州前来会合。李定泰等人谋划收复广德，太平军已经分兵奔赴建平，攻陷建平，接连拿下东坝、高淳，又假扮官军攻陷溧阳。从此江南大营后方骤然危急，苏州、常州大为震动。和春火速传檄张玉良等人回救常州，熊天喜等人收复广德；而杨辅清攻陷溧水，伪装官军偷袭金坛，被周天孚等人击败，放弃堡垒向西逃窜。句容也被攻陷。句容地处大营后方，是粮饷必经之路，并且和丹阳、镇江接壤，为常州门户。和春派遣副将梁克勋前去增援，已经来不及，续派副将张威邦从淳化进军围剿。何桂清派遣将领分守丹阳、镇江、瓜洲，希望打通大营通往苏州、常州的水陆道路。马德昭等人出城屯驻在府城三十余里之外的下弋桥，堵截溧阳、宜兴各路贼兵向内进犯。米兴朝从广德进军，收复建平。
闰三月，太平军从昌化出兵于潜，分兵攻打分水，攻陷之后很快又被收复，继而攻陷淳安。李秀成召集各贼首商议解救金陵的方略：李秀成与李世贤从淳化、杨辅清从溧水退往秣陵关，陈玉成也从江浦渡江前来会合，江宁城内太平军争相出城修筑堡垒接应。这时江南大营四面受敌，精锐良将、劲旅抽调一万三千人援救浙西，淳坝、宜兴守军又调走一千多人，大营兵力空虚，粮道也被截断，于是改为每月饷银积累四十五天才发放一次。官兵心生怨愤，军心渐渐离散。此时各路贼寇大量集结，和春急调张玉良回援，何桂清截留张玉良，不许他动身。太平军抵达雄黄镇，官军抵挡失利。杨辅清从秣陵关抵达南门，陈玉成从江宁镇抵达头关，板桥、善桥各处太平军全部集结南岸。李秀成从姚巧门进军紫荆山尾部，陈坤书、刘官芳从高桥门而来，李世贤从北门红山赶到，杨辅清从雨花台、陈玉成从板桥和善桥，连日猛攻长围。张国樑与王浚分别督领众将奋力抵御。十五日夜，雷雨夹杂冰雹，天气酷寒，总兵黄靖、副将马登富、守备吴天爵战死。大营起火，全军溃败陷落。和春、许乃钊退往镇江，再退丹阳，随即写信催促张国樑前来会合，留下冯子材守卫镇江。张国樑对和春说：“咸丰六年向帅大营失陷，退守扼守丹阳。当时镇江还未收复，如今东面屏障在镇江。放弃此地不守，就是引导贼兵向东长驱直入。”和春最终没有采纳这个建议，宜兴也在同一时间失陷。
太平军声势大涨，而洪秀全不奖赏立功将士，终日不问政务，只教人诚心信奉天情，自然迎来太平。洪仁达、洪仁发嫉妒李秀成的战功，怂恿洪秀全下严诏，命令李秀成率领本部人马限一个月攻取苏州、常州。太平军劫掠金坛四乡，在墙壁大字书写：“攻打乡野不攻城，乡野荒芜城池自然破。”官军屯守六座城门，连日与贼交战，互有胜负。李秀成从句容攻打丹阳，张国樑打开南门出城大战。李秀成命壮汉混入溃散的官军之中，突然袭击张国樑。张国樑负伤，大声呼喊，逃入尹公桥下而死。李秀成进入丹阳，下令收敛张国樑遗体，说：“两国交战，各自尽忠职守。生前虽是敌寇，死后岂能继续为仇？”以礼安葬在下宝塔。和春逃往常州，太平军紧随其后追击。何桂清听闻事变弃城逃走。当月，楚军支援皖南，合力收复太平、建德、石埭三县。泾县张芾会同周天受等人进军，摧毁白华、宴公堂一线贼垒，直抵城下，破门入城，收复泾县县城。
四月，天长、六合太平军趁着金陵大营撤退，分三路进犯：一路由陈家集图谋扬州城，一路由东沟窥伺瓜洲，一路在僧道桥编排木筏偷渡偷袭邵伯，全都被官军截击，无法得逞，于是在僧道桥修筑堡垒打算长期盘踞。官军分左、中、右三路快速合围进攻，摧毁两座堡垒，焚毁木城，尸体堆积。太平军合股退守陈家集。扬州与镇江唇齿相依，李若珠传令水师陈泰国等人分别扼守各处江口。太平军大举逼近常州，张玉良从杭州领兵率先赶到，修筑大小四十余座营寨，全部被攻破。常州陷落，张玉良败退无锡。李秀成率领精兵悄悄从九龙山出兵，袭击高桥后方。张玉良军队大败，无锡失守，败逃苏州。和春胸部负伤，逃至苏州浒墅关去世。张玉良接连战败的部队无力再战，太平军兵临苏州城下，张玉良退守杭州。长洲、元和两县广勇李文炳、何信义打开城门迎接李秀成入城占据。巡抚徐有壬等人殉难。
李秀成占据苏州之后，把北街吴氏复园改作伪王府。李秀成占据苏州第十一天，发布伪告示安抚百姓。城内外一共收敛八万三千多具尸体，追随他的人还极力称颂李秀成爱惜百姓，不好杀戮。太平军占据苏州城之后，依旧肆意掳掠，百姓争相兴办团练自保。支援浙江的江苏、安徽官军依次收复各城，合力围剿淳安，太平军战败逃入徽州境内。苏州太平军攻陷吴江，进犯平望，浙江守军溃散，江长贵负伤退回仁和塘栖镇，副将张守元也在清杉徬溃败。嘉兴危急，杭州全省震动。李世贤烧毁嘉兴南门入城占据。张玉良攻打嘉兴西、南两门，陈坤书、陈炳文向苏州求救。恰逢青浦周文嘉和洋军交战，派人前来告急，李秀成于是先增援青浦，击退洋军，径直攻打上海，没能攻下；之后赶赴嘉兴救援，由松江、浦邑回师作战，收复嘉兴、平湖，抵达嘉兴，连续作战五日，分出一支部队奔赴石门，切断张玉良退路，大量官军投降，张玉良退回杭州。
五月，贵池、青阳太平军进犯泾县，总兵李嘉万等人战死，杨名声退守太平黄花岭。太平军攻陷广德，米兴朝军队溃散，逃奔孝丰，再退到歙北篛岭之外。起初泾县、广德同时告警，周天受派出援军都来不及赶到；参将丁文尚守泾县，也败退撤离，太平军于是从三溪窜往旌德孙村。广德太平军窥伺宁国，周天受击退敌军。太平军从宁国县东岸抵达旌德，和泾县贼兵合势。嘉定陷落，薛焕不久收复嘉定，夺回太仓。太平军攻打镇江，攻陷青浦、松江。
太平军守卫江宁，以安庆、庐州为犄角，以太平、芜湖作为护卫。芜湖以南，有固城南漪湖、丹阳白臼湖等湖泊，上游连通宁国的水阳江、清弋江，下游抵达东坝。掘开东坝放水，水道就能经过太湖、苏州，直达娄江。芜湖孤悬水中，太平军容易防守，官军难以进攻，所以血战五年仍坚守不退；黄池、湾沚屡次作战失利，都是因为官军缺少水师，太平军坚韧善于防守。官军连年围攻，往往因为水路没有兵力，无法切断贼寇补给。如今苏州失陷，四周都是水域，太平军凭借河道据守，陆军几乎没有进军道路，城外没有立营的地方。想要攻打苏州，必须建立太湖水师，将太湖全部控制在我方手中；这样向西可以连通宁国官军声势，向东可以袭击苏州后方。于是提议尽快设立淮阳、宁国、太湖水师。
太平军攻陷江阴，张玉良接连用炮艇摧毁嘉兴三塔、普济二寺，扫平新塍贼垒，移营逼近嘉兴西门、南门，攻破七座堡垒。平望镇，是浙江嘉兴、湖州与江苏吴江水路总汇之地。太平军沿着河道在六里桥、梅堰各处修筑坚固堡垒，密布木桩，扼守险要阻断江苏、浙江通道。湖州赵景贤焚毁沿河贼垒，分兵攻克平望，各路官军在米市湖会师，彻底摧毁炮台贼巢，进军围困嘉兴。太平军攻陷松江之后，派遣部众窥伺上海。薛焕趁贼不备，直捣南门攻入城中，斩杀十三名黄衣贼目，缴获船只七十余艘，立刻收复松江府城。从松江到上海，沿途团练截杀残余贼兵。
六月，杨辅清集结旌德、太平大股贼众进犯宁国。太平军从长兴窜出攻陷安吉，王有龄派遣彭斯举前去增援，两军在孝丰遭遇，官军失利，退守昌化。太平军直扑于潜，攻陷城池，杭州大为恐慌。太平军又从黄渡再度攻陷嘉定，纠合土匪占据南翔镇，距离上海四十余里，再次攻陷平望。苏州、嘉兴太平军势力重新汇合。于潜太平军接连攻陷临安、余杭，分兵袭扰富阳。吴云会同洋将华尔猛攻青浦，伪宁王周文嘉向苏州求救。李秀成亲率大股部队增援，官军战败。太平军收缴枪炮乘船再次攻打松江，将其攻陷。江阴太平军分兵在申港修筑堡垒，抢夺船只打算北渡长江；李若珠传令水师摧毁堡垒，伪丞相方得胜逃走。张玉良用地雷炸开嘉兴南门城墙，太平军严密抵御，官军无法进城。刘季三等人接连收复余杭、临安。浙西太平军回窜孝丰，突袭建德。
七月，李秀成拆毁松江城的城垛，率领伪会王蔡元隆、伪纳王郜永宽向北进犯上海，号称十万大军，焚掠泗泾，七宝民团抵御，死伤众多。太平军屯驻徐家汇，薛焕督领文武官员登城坚守。太平军伪装官军骗开城门，城上守军识破，击伤击退敌军。停泊在黄浦江的外国轮船，在桅杆上架设开花大炮轰击，太平军才撤退。孝丰太平军攻陷广德，游击黄占起、江国霖战死。江长贵突围退守安吉，米兴朝逃往四安。不久赵景贤收复广德，太平军再次攻陷占据。太平军又攻陷江阴杨厙汛城，距离常熟二十余里。黄浦江上外国轮船的洋兵用开花大炮轰击上海太平军堡垒，六发炮弹击伤李秀成。当夜李秀成解除上海之围返回青浦。当时善兴太平军告急，李秀成于是奔赴浙江。
此前，副将陈汝霖率领民团救援松江；上海解围之后，洋将华尔协同守卫松江，朝廷赐号常胜军。李秀成攻陷嘉善、平湖，锡龄阿部官兵溃散，太平军不久撤走，官军收复两地。太平军攻陷金坛，知县李淮坚守一百四十多天，粮尽援绝，川兵暗中通贼，杀害参将周天孚，金坛陷落，李淮等人全部殉难。丹阳太平军集结六七千人，从新丰等地分路攻打水师，打算抢夺船只北渡，沿河修筑堡垒，架设大炮轰击。周希濂督领水师趁着烟雾对击，太平军支撑不住，逃回丹阳。张玉良围攻嘉兴两个月没能攻下，先后集结三万多兵力；苏州、常州以北没有牵制敌军的部队，松江、青浦太平军可以直入嘉兴，常州、宜兴太平军可以直入长兴，建平、广德太平军可以直入安吉，宁国、泾县太平军可以直入于潜。
此前太平军从长兴直逼浙江省城，虽然被击退，官军接连收复数城，但广德失守。等到收复广德，嘉善、平湖又再度失陷。太平军多方牵制官军，近期又增筑营垒炮台，偷袭五龙桥头关卡，用各种办法疲敝官军，官军疲惫不堪。嘉兴围城形势紧急，李秀成率领大股部队前来增援。张玉良督军苦战五日，胜负难分。李秀成分出部队奔赴石门，打算切断大营后路。这一带河道众多，塘路断绝，退路受阻。官军惊惧溃逃，张玉良负伤，急速赶回杭州。太平军解除嘉兴围困之后，再度攻陷石门，分两路直逼浙江省城：一路奔赴塘栖，民团抵御，贼兵转而劫掠新市；一路奔赴临平，被吴再升击败，转往海宁。彭斯举等人斩杀大量贼兵，太平军全部退回石门。不久石门太平军也撤走，吴再升进驻石门。马德昭从临平、长安相继进兵。
八月，太平军攻陷昭文、常熟，再次攻打平湖、嘉善，将两地攻陷。这时李秀成从嘉兴返回苏州，接到洪秀全伪诏，命他赶回江宁，主持北路战事。当初咸丰三年，林凤祥、李开芳北伐，全军覆没，李秀成不敢轻易出兵。恰逢江西、湖北四十多名贼首送来降书，邀约李秀成向西进军，自称拥数十万部众可供调遣。李秀成回信应允，留下陈坤书驻守苏州，自己返回江宁，请求先赶赴上游招集各股贼众，再谋划进军。洪秀全大怒，斥责他违抗命令。李秀成反复争辩，坚持己见，洪秀全最终不能强迫他。于是李秀成取道皖南，向西进军江西、湖北。
李秀成在天京与众贼首议事时说：“曾国藩善于用兵，将士听命，不是向荣、张国樑所能相比。将来围困天京的，一定是此人。安徽若无变故，尚且不必忧虑；一旦安徽失守，想要保全天京，必须大量储备粮食，做持久坚守的打算。”洪秀全听闻之后斥责李秀成：“你怕死！我是天生真主，不必用兵就能一统天下，何必过度忧虑？”李秀成叹息而出，再三和蒙得恩、林绍璋等人商议，众人都认同李秀成的策略。于是议定，伪王侯以下，凡是在伪朝受官职的，各自量力拿出家财，大量收购米粮存入公仓，设立官员管理。等到粮食短缺时，平价出售，效仿古代均输制度，提前防备危机。洪仁发等人相互商议：“这也是一项牟利的权柄。”于是劝说洪秀全采用盐引、牙帖的办法，分为上、中、下三等：上帖需要上缴若干石米，中帖、下帖依次递减。这份帖证就充当伪中枢各伪王的俸禄。收取的米粮不用上缴，只抽取少量税收归入公库，大半归入私囊。商贩没有帖证，一粒米都不能运入城中，违犯就按私贩治罪。这样法令可行，还能获利。洪氏诸王分头售卖帖证牟利，上等帖售价贵至数千两白银。商贩抵达下关，查验帖证的官吏都是洪仁发的爪牙，百般挑剔，肆意勒索。商贩投诉无门，渐渐不再前来。诸王因为收购米粮成本高昂，售价昂贵，不愿投入大量资金，城中米粮反而断绝。李秀成向洪秀全进言，请求废除洪氏帖证制度。洪秀全质问洪仁发，洪仁发辩解：“奸商常常借贩米之名，私下替清军传递消息。若非我们兄弟，谁能分辨真假？这是我们兄弟苦心安排，用来防范奸细，不是为了谋利。”洪秀全相信这番说辞，置之不理。李秀成愤然而去。
太平军攻陷宁国，提督周天受等人殉难。宁国陷落，是陈玉成会同赖裕新、古隆贤、杨辅清四面围攻。周天受坚守七十余日，军中缺粮，粮饷运输断绝；太平军攻破竹塘、庙埠堡垒，副将朱景山等人全部战死。旌德、太平两支官军兵力单薄，无法救援；太平军乘势扫平城外所有堡垒，城池陷落，周天受遇害。宁国失守之后，南陵孤立无援。总兵陈大富苦苦坚守半年，曾国藩传令命他突围撤出城池，派遣水师接应，跟随撤离的难民十余万人。太平军再次攻陷太仓。陈玉成集结江宁、丹阳、句容十余万太平军，从九洑洲、新江头抢夺两百余艘船只，昼夜轮番出动，打算乘虚向下游窜扰，被团练击败，窜往六合。镇江太平军船只驶入丹徒、谏壁两镇港口，被水师李新明击退。冯子材不久进军解除镇江围城。李世贤率领四万太平军从广德出兵，攻陷徽州，署理皖南道李元度溃败逃开化。太平军急速奔赴祁门，曾国藩传令运兰屯守霍县，催促鲍超从太平回师屯渔亭，护卫祁门大营。徽州失守之后，杭州、严州防务更加紧急。
太平军占据苏州之时，数十座城池接连陷落。江阴地处长江尾闾，狼山对岸，再度被太平军攻陷。太平军占据江阴，窥伺江北，人心惶惶。九月，通州知州张富年会同水师收复江阴城。上月陈玉成率领二十多万悍贼攻破白炉桥尹善廷营垒，随即抵达马厂集，进犯东津渡，被黄鸣铎击退。此时陈玉成图谋夺取寿州内东肥河，翻山越谷，抵达淮河岸边，连营密布。其余党羽窜入姚家湾，抢夺船只，打算水陆合攻寿州。巡抚翁同书派遣炮艇沿河截击；太平军趁着雾凇泅水进入小港，被黄庆仁围杀；又出动步骑攻打北关，城上弹如雨下；夜里官军纵火焚烧贼营，全部烧毁，寿州之围立刻解除。太平军分三路向南逃窜：一路返回定远山，一路逃往庐江，一路奔赴六安。徽州太平军从淳安窜出，攻陷严州，占据乌龙岭。江宁太平军调集九洑洲两百多艘船只向下游窜扰仪征，官军在东沟大败这股贼兵。副将格洪额会同部队攻破盱眙竹镇集太平军据点，擒斩伪检点汪王发等人；曾秉忠在米家角击败青浦太平军，攻城三日不能拿下，曾秉忠负伤。参将李廷举攻打宝山罗店，太平军战败并入嘉定，不久再次窜入占据罗店。太平军袭扰寿昌、金华，团练收复两地，两地旋即再度失陷又被收复。
十月，太平军从淳安袭扰威坪，团练抵御，贼兵回窜蜀口。徽州北路太平军窜至杞樟里，距离昌化昱岭二十里。此前江西瑞金、广昌、新城、泸溪大股太平军窥伺福建，汀州、邵武守军奋力抵御，贼兵转而窜往建昌；瑞金一股太平军窜入福建武平，不久攻陷汀州，气焰嚣张。句容太平军到镇江汤冈修筑堡垒，冯子材攻打不能取胜。宁国太平军直奔四安，攻破长兴长桥关卡，分兵窜往广坤、梅溪。严州太平军接连攻陷桐庐、新城。苏州太平军分股攻打金山，官军击败敌军，收复枫泾镇。太平军又集结苏州、常州大股部队偷袭广富林，图谋进犯松江。守将向奎兵力单薄，败退。曾秉忠回援，太平军窜往宝山罗店，都司姜德设伏击败敌军，贼兵退回青浦。张玉良收复严州。
新城太平军窜出攻陷临安。此前寿昌陷落，金华知府程兆纶督领民团收复寿昌，桐庐也同时收复。于是太平军全部奔赴富阳，副将刘贵芳、总兵刘季三战死，富阳陷落；不久富阳收复，官军拆毁江口浮桥。李世贤再度集结临安太平军攻陷余杭，进逼杭州省城。李世贤从严州回兵顾及徽州，瑞昌等人在秦山亭、古荡、观音桥击败太平军，追至留下，太平军弃垒逃走。杭州省城解围，官军收复余杭。李世贤攻打杭州未能得逞，从余杭径直进犯湖州。建昌太平军从小路占据铅山河口镇。福建浦城、崇安，浙江衢州、常山、开化边防全部告急。此时徽州太平军从深渡街口向下窜往天长，守军会同水师在三河、衡阳等处大破贼兵。这一股是天长葵天玉、陈天福联合李秀成部众三万余人，打算渡河分路袭扰淮阳。李秀成窜入皖南，翻越羊栈岭，攻陷黟县，鲍超大败敌军，立刻收复黟县；又在卢村击破贼兵，阵斩伪丞相吴桂先，李秀成负伤逃入徽州。曾国藩传令将领驻守卢村，卢村距离黟县二十五里。这时李世贤从严州返回徽州，杨辅清盘踞旌德，方圆二百里都是太平军。李秀成再次从江苏向上游进犯，翻越山岭四处袭扰。官军疾驰百余里，苦战两日，将贼兵赶出山岭，祁门大营才得以安定。
赵景贤大破贼兵，解除湖州围城。湖州自三月起，多次被贼围困，这是赵景贤第三次解围。此前太平军占据杨家庄作为老巢，以砺山、仁黄山为犄角，焚掠双林各村镇，势力蔓延长兴、四安、太湖。赵景贤会同官军先攻打砺山、仁黄山，孤立贼巢。官军占据仁黄山，捣毁杨家庄，战败太平军向西逃窜。天长太平军抢夺下五庄数百艘船只，打算走水路进犯；官军收复河口镇，又在石溪重创贼兵；贼兵窜往广丰，道员段起率军抵御，太平军从小路逃向玉山。多隆阿、李续宜合兵在挂车河、鹤墩、香铺街等处大败桐城陈玉成、龚得树所部，扫平四十多座贼垒，太平军退守舒城。
安庆，是江南咽喉，实为平定吴地的根本。太平军增援安庆，水陆道路受阻，无法直抵江宁。陈玉成眷属全都在安庆城中，邀约太平军、捻军十余万人，打算解除安庆之围。多隆阿、李续宜虽然重创敌军，贼兵依旧分屯庐江、桐城；又集结下游江宁、苏州、常州援军合力向上进犯，逼近枞阳、桐城乡间，伺机寻找官军破绽，打算联合江南太平军全力攻打楚军。时值冬季，安徽城内河道干涸，道路繁杂。官军四处告急文书接连不断，皖南、浙江太平军分三大股窜入江西，祁门各营被包围，形势十分危急。湖南道州太平军也窜入江西。太平军既然占据吴地，必然全力进犯湖北，这是他们深远的谋划。所以安庆一城，贼寇拼死争夺。
左宗棠进驻景德镇，听闻赣南太平军分兵从贵溪经过安仁，直扑饶州、景德镇，派兵在周坊迎击击败敌军；太平军窜出攻陷德兴并据守。十一月，左宗棠进军收复德兴，贼兵逃奔婺源，左宗棠再克婺源。十日之内转战三百余里，太平军惊叹进军神速。彭斯举解除玉山围城，太平军窜入衢州境内，攻打常山，与团练交战，战败逃走开化埠。杨辅清从池州率领部众窜出攻陷东流，继而攻陷建德。水师收复东流，而建德守军溃败。曾国藩派遣唐义训火速出击，抵达利涉口，太平军在河洲筑列堡垒，列队迎战，并且用骑兵扼守各处关卡。官军分东西两路沿山而上，立刻攻破关卡；前军夹击河洲贼兵，后军包抄敌军后路，太平军败走。官军再分三路进攻，太平军从东门突围逃走，建德收复。太平军再度攻陷彭泽，闯入浮梁，一日之后浮梁收复。太平军奔赴马影桥，逼近湖口。彭玉麟督领水陆军队奋力出击，收复彭泽。太平军连夜逃走，攻陷都昌、鄱阳。官军疾驰赶到都昌，击退守城贼兵，收复都昌。
休宁太平军进犯上溪口，攻陷副将王梦麟营垒。屯溪太平军进犯江湾，攻陷副将杨名声营垒。古隆贤、赖裕新集结大股部队攻打羊栈岭、桐林岭，张运兰会同军队迎击，太平军从新岭撤退，进犯婺源。曾国藩命令鲍超在黟县卢村大破贼兵，另外一支部队绕出羊栈岭，切断贼兵退路。太平军沿着山崖奔逃，追兵提前赶到前方堵截，贼兵坠崖而死不计其数。休宁城内太平军趁着鲍超前去围剿景德镇，从蓝田袭扰小溪一带，张运兰击败敌军；驻扎郑家桥的另一股贼兵进逼渔亭。官军两路包抄袭击，太平军狂奔，黄世瑚等人战死；又击败上溪口太平军，追击至马全街回师。从此岭外太平军不敢轻易入内。陈玉成率领万余部众进犯桐城、枞阳，官军坚守不动。太平军占据七里亭，韦志俊扼守枞阳街口。李成谋驾驶三板船进入莲花池护卫营卡，太平军不能得逞。
太平军再次攻打景德镇，左宗棠击败敌军。鲍超进驻洋塘，左宗棠进驻梅源桥。太平军从下游集结大股屯驻洋塘对岸，官军大破敌军，伪定南主将黄文金负伤向西奔逃。当时祁门三面被太平军包围，仅剩下景德镇一条通道运送补给；太平军集中精锐猛攻，想要一举攻破。曾国荃围困安庆，太平军渐渐困窘。十二月，陈玉成邀约李秀成、杨辅清以及捻军合力向西进犯，大股太平军、捻军全部从南岸渡江北上，在无为、庐江会合，打算急速增援怀宁、桐城，气焰十分嚣张。多隆阿等人在枞阳一带集结，部署战守。皖南大股太平军窜入孝丰，另有一股从昌化窜入分水。嘉兴驻守太平军备好炮船，打算南下，贼势蔓延，浙江东西两路同时告警。
咸丰十一年正月，傅忠信、谭体元、汪海洋、洪容海各自带领数万部众，脱离石达开投奔李秀成。李秀成骤然增加二十万兵力，声势大涨；从石埭分两路奔赴祁门，驻防官军全部战败。江长贵增援大洪，唐义训在历口迎战，斩杀伪麟天豫古得金，太平军溃败逃往常山。富阳、新城、临安都被官军收复，广信解围。太平军窜入铅山、弋阳、贵溪、金溪，渐渐逼近建昌。李秀成自去年进犯皖南黟县羊栈岭受挫之后，窜入浙江常山、江山等地；本年春季全力攻打玉山，转而围困广丰，进犯广信，意在占据要地，打通徽州、浙江通道。攻打建昌，搭建浮桥渡河，大股部队屯驻水东，环城修筑二十余座堡垒，依靠浮桥往来。江西太平军黄文金进犯景德镇，左宗棠、鲍超在石门、洋塘击败敌军，斩杀许茂材、林世发。黄文金连夜仓皇逃走，铜陵援军和败匪汇合，再度进入建德，分兵占据黄麦铺各处。鲍超督领各军乘胜压进，斩杀贼兵数以万计，追至建德，会同水师收复县城，诛杀林天福。李秀成架设云梯攻打建昌，参将富安等人纵火重创敌军击退进攻，又暗中修筑地道、加固子城防备。太平军船只进犯太湖，攻陷东西山。整个太湖失守，湖州北路七十二漊港处处遭到袭扰。太湖是巨大湖泊，环绕苏州、常州、湖州三府，港汊分歧多达上百处。自从苏州、常州陷落之后，沿湖险要关口大多落入太平军之手。去年冬天，太平军船只从湖州驶出太湖，屡次袭扰西山、角头等处，被副将王之敬炮船击败。然而王之敬部下船只不足十艘，招募民船助战，终究寡不敌众，王之敬战死。
二月，陈玉成打算增援安庆，邀约捻首龚瞎子，率领五万人攻打松子关。成大吉兵力仅有两千五百人，贼兵是官军二十倍，分两路包抄官军后方。成大吉令参将王名滔从左侧山岭横向冲出，阵斩龚瞎子，太平军惊骇溃散；陈玉成再挑选精锐分五路进攻，再战再败，捻军溃散阵亡三万人。此前陈玉成唆使龚瞎子攻打松子关，自己率领十余万精锐，从霍山黑石渡，偷袭余际昌乐儿岭大营。双方相持四昼夜，余际昌部力竭溃败。陈玉成进抵英山，攻入蕲水，偷袭攻陷黄州。分兵夺取蕲州，袭扰麻城，闯入黄安、黄坡、孝感、云梦各县，并攻陷德安府、随州，愈发猖獗，武昌戒严。
李秀成听闻陈玉成久攻曾国荃不下，分兵攻打蕲州、黄州、广济，想逼迫曾国藩前去救援，分散兵力。李秀成叹息道：“英王错了！这正好让曾国藩全力攻打安徽，他哪里有空援救这些无关紧要的城池？他掌控长江地利，我们没有战舰，怎么切断他的粮道？不能照搬我攻打浙江来解救天京围困的旧例。”陈玉成屯驻孝感，以德安、云梦、随州三处布成长蛇阵，窥伺荆州、襄阳。官文紧急调李续宜、舒保、彭玉麟率领水陆各军回救。
李世贤窜入占据休宁城，在上溪口、河村、石田、小当等处修筑堡垒，和休宁屯溪太平军互为犄角。曾国藩认为不收复休宁，徽州难以平定，祁门终究危险；传令朱品隆等人进攻，焚毁各处堡垒，太平军连夜逃走，休宁收复。左宗棠进剿婺源太平军，在清华街击败李世贤；而城内太平军忽然分兵从中云窜入乐平境内。左宗棠亲自带领数营屯驻柳家湾，扼守要道，太平军败退；大批增援贼兵漫山遍野赶来，左宗棠回军截杀，贼兵再度大败溃逃。李世贤集结徽州悍贼在婺源甲路围困王开林，三日之后，王开林突围而出，返回景德镇。
李秀成率领部众窜入抚州，被知府钟峻等人击败，窜往宜黄；又纠合土匪攻陷遂安。曾国藩派遣陈大富防守景德镇。左宗棠进军鄱阳，驻扎鲇鱼山，听闻太平军偷渡昌江，打算合围景德镇，随即移驻金桥。太平军窜入平湖，分路从西路榉根岭、北路禾黍岭进犯。副将沈宝成抵御西路，江长贵出兵抵挡北路。曾国藩再传令朱品隆从祁门驰援，歼灭来犯贼兵，残余贼寇翻越山岭逃走；左宗棠在乐平范家村击破敌军，阵斩伪谢天义黄胜才、伪娆天福李佳普等人。
李世贤率领数万部众潜伏在牛岭、柳家湾、回龙岭，第二天全军齐出攻打景德镇，陈大富战死，景德镇陷落。金鱼桥大营后路断绝，官军移屯乐平。当初曾国藩抵达皖南，在江西设立粮台，以景德镇作为转运枢纽。太平军屡次攻打祁门受挫，于是集中精锐再次进攻景德镇，希望切断大军粮饷通道，至此景德镇陷落。曾国藩估量粮路断绝，只有尽快收复徽州，才能打通浙江粮米运输，亲自到休宁攻打徽州贼兵，没能取胜，依旧驻守祁门；太平军不停围攻，曾国藩立下决心以身殉国。左宗棠在乐平大破太平军，斩杀数万。李世贤逃走，围攻建昌、抚州，不能攻克，于是攻陷吉安，大军不久收复吉安，继续进军攻陷瑞州。至此，通往祁门的道路方才打通。
三月，我官军攻克新淦，解除麻城之围。繁昌荻港、芜湖鲁港的太平军全都战败逃走。民间团练收复云梦，拿下应城、黄安、黄陂。金国琛会同水师攻克孝感，进军攻打德安，紧逼城池修筑营垒。嘉兴的太平军流窜攻陷海盐、平湖；左宗棠在龙珠、桃岭击败敌军。太平军渡过吉水海滩，攻占吉安，不久又被知府曾咏等人反攻收复。太平军从吉安东面进犯，分出一支队伍窜入峡江，与新喻的贼军会合，驻扎在阴冈岭，临江府告警。陈玉成分出部分兵力把守德安、随州，牵制我军；自己率领精锐部队，经由蕲州、黄梅、广济返回宿松，进抵太湖官军大营的后方，绕道奔袭宿松桃花铺，径直攻入石牌，逼近安庆集贤关修筑堡垒。没过多久，桐城、庐江的太平军章王林绍璋、干王洪仁玕等人，率领两万兵力从新安渡开到横山铺、练潭一带，连营三十多里。部队抵达马踏石，打算窜入安庆，和陈玉成会合以解安庆之围，多隆阿分兵将他们击败。陈玉成闯入集贤关，围攻我围城各座营垒；又在菱湖两岸修筑堡垒，阻挡水师进攻。杨载福派兵抬运炮船驶入湖中，摧毁太平军船只木筏，同时在湖口修建营垒，使得敌军不敢逼近水陆大营。多隆阿从桐城挂车河出兵，在练潭、横山攻打前来增援安庆的林绍璋部敌军，大批敌军被逼溺死在菜子湖中。黄文金纠合芜湖太平军与捻军共两万人，在天林庄修筑二十多座营垒，谋划冲入安庆城内。多隆阿设伏，击毙敌军两千人，曾国荃的围城部队阵地丝毫没有动摇。水师焚烧、缴获敌军船只，切断他们的物资补给，围困城中太平军。
李世贤从广信窜入常山，攻占常山，占据江山；不久从常山分兵进犯衢州。在此之前，福建援军从衢州防地回救汀州，兵力骤然单薄，所以太平军乘虚回窜。另外一支敌军从开化白沙关窜到玉山童家坊，假装为难民呼喊开城门，被城上炮火击伤；常山的太平军随后赶到，合兵攻城，又伪装成援军。官军奋力反击，敌军退驻三里街、七里街，暗中挖掘地道。道员王德榜用绳索缒下城墙，出城大破敌军，太平军退回常山。遂安的太平军直抵淳安港口，副将余永春负伤败退；茶园的太平军接踵而至，官军再退至桐关。严州全城大为震动。
四月，曾国藩从祁门移营驻扎东流。多隆阿击败陈玉成，陈玉成放弃营垒逃走，退守集贤关。曾国藩再调拨鲍超一军，胡林翼调拨成大吉一军，一同赶赴安庆。起初，陈玉成在菱湖北岸修筑十三座堡垒，安庆城内守将叶芸来出城接应，也在南岸修筑五座堡垒，以此隔绝曾国荃与其弟曾贞幹的部队。曾国荃挖掘长壕，将敌军堡垒圈在长壕之内。陈玉成前方被围城官军阻挡，后方遭到鲍超、成大吉两支军队夹击，无计可施，只能撤走，但依旧死守集贤关内外的堡垒，又在随州、德安各留下精锐贼兵牵制我军。官文派兵攻打德安，修筑长壕围困城池。
李秀成占据义宁州武宁县，逼近湖南、湖北边境。官文分派军队驻守兴国以及崇阳、通山、大冶、兴国四县。太平军裹挟百姓七八万人，一路从苦竹、南楼二岭进犯通城，一路从蛇箭岭进犯通山。我官军寡不敌众，都被敌军突破，敌军直抵崇阳白霓桥。窥伺兴国的那支太平军，猛攻余际昌的营盘，官军作战失利，退往大冶。太平军紧随而至，攻入大冶，同时袭扰武昌。官文发文调李续宜等人驻扎东湖、跕纸坊一带，伺机进剿。李秀成从孝丰分四路窜扰，攻陷长兴、寿昌，分兵进犯三里亭、千家村；又从瑞州分兵向西，接连攻占上高、新昌，北路攻占奉新，袭扰义安，以此阻拦增援官军。连日来，曾秉忠等人统率水陆各军，在金山各处隘口击败乍浦、平湖的太平军。金山和浙江平湖水陆相连，薛焕与曾秉忠商议筹划：平湖一日不能收复，松江府属就一日不得安宁；计划跨越省境合力攻打平湖，之后再谋取乍浦。
当陈玉成撤退之时，多隆阿已经进军磨盘山，派遣温德勒克西、曹克忠、金顺等人分路尾随追击。陈玉成再次纠合林绍璋、洪仁玕、黄文金，以及格天义陈时永、捻军首领孙葵心，合计三万多人，合力向西进犯，在挂车河、夬峔尖往西的釭盘岭修筑八座营垒；率领部队攻破山里黄山铺的团练关卡，又出山外调黄文金四千多人埋伏在山中，自己亲率精锐分路进攻我军营垒。多隆阿分兵在釭盘岭、老梅树街设下埋伏，自己亲率马步各军分路迎敌。太平军后队忽然自相混乱，老梅树街埋伏的骑兵趁机冲杀，敌军支撑不住。陈玉成督领败兵拼死抵挡，而项家河的敌垒被舒亮伏兵偷袭焚毁，大火骤起，太平军大惊，溃败逃往桐城。八座营垒全部被扫平，烧毁山中敌营数十处，斩杀八千余人。朝廷下旨，命左宗棠帮办军务。
太平军越过衢州，攻占龙游，接连拿下汤溪、金华，绍兴、宁波全都大为震动。宁波、绍兴是浙东富庶完好的地区，太平军早就垂涎。金华陷落之后，敌军势必向内进犯。太平军进犯丹徒，水师击败他们，毁掉敌军浮桥。曾秉忠从金山攻打青浦，太平军坚守营垒不出，官军在章练塘击败嘉善来援的太平军。宝山守将姜德攻打嘉定，用来分散敌军兵力。都兴阿在扬州西北乡击败从天长、六合窜来的太平军，将甘泉山敌垒全部焚毁。曾秉忠从金山洙泾带领炮船进军，攻破白虎头、金泽镇敌巢，直抵浙江境内，击败西塘援军，进而摧毁俞汇关卡，太平军退入嘉善。金华的太平军分兵攻陷兰溪、武义。
五月，鲍超、成大吉攻破集贤关外赤冈岭三座敌垒，歼灭敌军三千余人。伪屈天豫贾仁富、伪傅天安李仕福、伪垂天义朱孔棠等人全部被处死。成大吉回师救援武昌，剩下最后一座堡垒由鲍超独自攻破，擒获斩杀刘瑲林。刘瑲林是攻打苏州、常州的先锋，自恃勇猛，打算凭借一座孤垒阻挡官军。他被杀之后，曾国荃部队士气倍增。曾国藩移驻东流之后，皖南的太平军猜测山岭防线兵力空虚，纠集部队从方干岭樟树卫的防军阵地突入，悄悄攻陷黟县，在西武岭等处修筑堡垒，窥伺祁门。张运兰等人收复黟县，太平军全部退入卢村十都，增修堡垒抵抗。我官军攻破七座敌垒，敌军全部被诛杀。徽州的太平军闻讯逃窜。
左宗棠追击李世贤到广信；因为建德再次失陷，敌军窜入鄱阳视田街，左宗棠急忙返回景德。太平军连夜逃走，左宗棠率军截击，在槔树岭大战，敌军逃向建德后河，官军于是收复县城。张运兰进攻徽州，收复城池。汀州的太平军由江西瑞金回窜。此时江西的太平军攻入江山，进而攻陷遂昌。李秀成以一支人马占据瑞州、义宁、武宁，分三路进犯湖北，接连攻占长江南岸的兴国、崇阳、通城、大冶、通山、武昌、咸宁、蒲圻，兵锋直逼武昌省城。官文、李续宜一同派遣水陆各军分路进剿，胡林翼也从太湖撤军返回省城，先救援长江南岸，再图谋收复黄梅、蕲州一带。
窜扰江西的太平军，从去年冬天开始，前后共有五大股。其中从安徽境内窜入、自北向南的有三股：第一股是黄文金，接连攻陷建德、鄱阳等六县；第二股是李世贤，接连攻占浮梁、景德等地。这两股都被左宗棠击退，没能深入江西腹地。第三股是李秀成，先后围攻玉山、广信、广丰三座城池，又深入内地，攻打建昌、扑击抚州，都没能攻破，之后窜入崇仁樟树镇、吉安峡江，占据瑞州府城，分兵窜扰奉新、靖安、武宁、义宁各州县，又攻入湖北兴国、大冶、蒲圻、崇阳、通山等地。这是北面三股。从两广窜入、自南向北的有两股：一股是广东来的部队，首领有周某、许某，去年从仁化、乐昌闯入江西，和李秀成联合，围攻广信、南丰、建昌各城，接连攻陷湖口、兴安、婺源；左宗棠攻克建德、婺源两城之后，这一股并入徽州太平军。另一股是广西部队，首领是朱衣点、彭大瞬，本是石达开的余部。他们从江西窜入湖南，经过赣南，攻陷福建汀州，再回窜江西，蹂躏宁都、建昌、河口一带。其前锋已经从婺源窜入浙江，后队还留在抚州。这是南面两股。五大股之中，又分出三四支队伍，时分时合，忽南忽北。
曾国藩下令鲍超回援江西，从九江直扑建昌，先保住江西省城。瑞州以及各县盘踞的太平军逼近南昌，毓科留张运桂等人驻守城外扼守要道，刘于浔屯守安义堡，后营驻扎生米，丁峻驻守临江，全都作为省城西面的屏障。李续宜收复武昌。太平军攻陷松阳、处州、永康、缙云。缙云收复之后，太平军窜往永康。左宗棠派兵攻克建德，曾国藩移驻婺源，婺源地处江西、安徽、浙江三省交界要道。赖裕新会合汀州太平军进犯德兴，分兵占据九都新建；官军派兵击败他们。太平军渡过长江窜入浙江开化华埠，德兴、婺源平定。游击黄载清收复遂昌，盘踞松阳的太平军闻讯逃走，黄载清乘胜进攻宣平，收复县城；太平军窜往武义，处州所属地区全部肃清。金华知府王桐等人收复永康，太平军全部退向金华。江阴、常熟的太平军从海坝窜到寿星沙，大肆焚烧劫掠。
六月，曾国荃会同水师攻破菱湖北岸十三座堡垒、南岸五座堡垒，斩杀敌军九千余人。盘踞湖北咸宁、蒲圻、通城的太平军，全部被我官军收复。太平军从武宁进犯建昌。金华太平军出兵袭扰曹宅一带，李元度收复义宁。张玉良等人率领水陆军队围攻兰溪，久攻不下。太平军探知严州守军兵力单薄，在女埠修筑堡垒，向下窜攻严州，攻陷城池，不久又被张玉良收复。太平军攻陷上高，袭扰万载。知县翁延绪等人收复武宁。水师李德麟等人击毁黄山、黄田、石牌三处港口的太平军船只，寿星沙太平军退回江阴。苏州太平军袭扰青浦，李恒嵩从北簳山移驻塘桥，巩固松江门户。嘉定太平军纠合苏州太平军进犯上海，官军在真如抵御。太平军渡过河窜至华漕，抢占参将王占魁的营垒，薛焕派兵夺回。太平军退往南翔，再败退回嘉定。此时江水暴涨，曾国藩传令杨载福谋划攻打池州，牵制南岸敌军。杨载福攻打十天没能拿下，便率领李成谋三营开到旧县；侦察得知长江北岸无为临江堡垒的太平军躲避洪水，移往神塘里河，于是驾船出击击破敌军，进攻无为州城。陈玉成、杨辅清拼死抵抗。大军回师驻扎大通，击败青阳太平军，回屯黄石矶。
七月，陈玉成纠合杨辅清部十余万人，从无为州进犯英山，绕道宿松，直攻太湖，目的是援救安庆。太平军列队于山冈，排布成长蛇阵势。又有数万太平军从龙山宫对岸直到塔下，绵延二十多里，分路引诱官军出战，我军坚守不动。当夜大雨，太平军如潮水般大举冲锋，城中炮弹随雨落下，到清晨敌军方才解围撤走。陈玉成于是从小池驿进至清河高楼岭，打算联合桐城太平军包围我军，以此解除安庆之围。连续猛攻六昼夜，陈玉成、杨辅清亲自擂鼓督军，挥刀斩杀退缩不前的士兵。官军奋力反击，重创敌军锋芒。陈玉成、杨辅清率领大部队退至高河铺、马鞍山，安庆围城防线重新合拢。安庆外围的官军将城外所有敌垒全部扫平。李秀成自从占据瑞州，分兵攻陷上高、新昌、奉新等县，以瑞州作为大本营。官文传令李元度会同各军攻克新昌、奉新、上高，战败的太平军全都逃往瑞州。于是派遣游击贺接华等人合兵直扑瑞州府城，收复城池。官文因为德安太平军图谋进犯荆襄，派遣水陆各军轮番严加进剿；太平军据城死守，有冒死突围的，都被各军击溃，不能入城。太平军又出兵抄掠官军后方，用来支援城内守军。官军切断敌军退路，太平军逃往河西，伏兵四面合围，架云梯登城，当即收复德安府城。
程学启攻克安庆北门外三座石垒，北门敌军的补给通道就此断绝。德安太平军窜往河南信阳，转攻罗山、光山、商城，被地方团练截击，退回安徽境内。鲍超督领各军大破丰城西北岸敌垒，东岸驻守的太平军惊慌溃散；刘于浔趁势收复樟树镇。起初，鲍超自九江进军，李秀成闻讯远逃，率领瑞州、奉新、靖安、安义的太平军，先分出一万人袭扰抚州；令陈玉成率领两万精锐攻打丰城，自己亲率大部队从临江占据樟树、沙湖、丰城一带，营寨绵延一百多里。开战前一天，鲍超抵达丰城对岸，正遇上太平军在樟树搭建浮桥，列阵山冈。鲍超分中、后、左、右四队一齐冲锋，太平军摇旗抵抗，交战一个时辰左右，敌军大败，斩杀八千余人。
八月，官军攻克安庆城，城外四位伪王逃往集贤关。安庆收复之后，东南战局对太平军越发不利。水师乘胜攻克池州，继续向下游清剿，收复铜陵县。当时伪右军刘官才正盘踞池州，与安庆互为犄角。对内坚守石埭、太平，阻挡徽州官军进兵路线；向外向上游进犯建德、鄱阳，成为江西北部的祸患。如今池州随安庆接连收复，皖南官军声势大振。曾国荃与多隆阿商议，认为桐城是连通七省的要道、安庆的咽喉，太平军死守等待援兵；陈玉成还拥兵数万，在集贤关内外徘徊，打算和桐城守军合兵。于是两军联合进击，陈玉成、杨辅清大败，翻山逃走，官军收复桐城。宿松、黄梅、蕲州、广济相继收复。多隆阿进驻蕲州曹家渡，扼守下游败逃的太平军，切断黄州敌军的援军。李续焘等人会同水师进攻黄州；太平军修筑堡垒、深挖壕沟抵抗官军。蒋凝学命令投降的刘维桢穿上太平军服装，伪装成援军；又伪造陈玉成的文书，引诱太平军出城，预先设下埋伏等候。太平军果然出城，被官军歼灭，当即收复黄州。
此时李秀成从丰城突围而出，占据白马寨，派兵攻打抚州。鲍超急速赶到，抚州之围立刻解除。太平军逃往贵溪，会合新来的广东太平军，合兵占据湖防河口，声势浩大。鲍超分五路迎击，踏平七十多座敌垒，进而收复铅山。曾国藩移驻安庆省城。此前，李世贤攻打严州，两个月没能攻下，便在乌石、方门两处滩头接连修筑堡垒，逼近城外壕沟。严州城内粮尽援绝，副将罗大春身负重伤，率领将士从北门突围出城，城池于是陷落。李秀成从桐庐、新城进兵，攻陷余杭。窜入贵溪的太平军，听说鲍超从抚州赶来，预先逃走。早先福建有三股太平军，连同花旗广东太平军先后从建昌窜到广信，和李秀成合为一路。鲍超会同屈蟠大破广信敌垒，当即解除广信城围。李秀成战败退往铅山，修筑七座堡垒，和守城敌军相互依托抵抗。鲍超紧随而至，将堡垒全部摧毁，渡过河攻城，收复铅山。李秀成转而围攻广丰，没能攻下，分兵窜入玉山，修筑十多座堡垒，又被道员王德榜攻破。
李秀成全军从江西窜入浙江境内：一路从玉山攻陷常山，一路从广丰进犯江山；盘踞龙游的太平军同时出兵袭扰，衢州形势危急。当月知府张诗华收复泸溪、兴安各城。福建援军张启煊在浦江与太平军交战失利，浦江陷落。太平军直扑五指山，金华大股敌军接踵而来，米兴朝等人迎战失利。义乌、东阳接连失守。张启煊退守诸暨辟水岭，太平军杀到，官军再次溃败。九月，太平军攻陷处州。
官军攻破安庆之时，无为州太平军守将马玉棠的妻子儿女留在安庆。曾国荃将他们活捉，秘密传令马玉棠献出无为城。无为地处皖北要地，控扼金陵，连接芜湖，是太平军必争的要道。附近泥汊口、神塘河各处，石垒星罗棋布，阻挡官军。曾国荃会同水师抵达泥汊口，敌垒高大，难以仰攻，于是下令修筑营寨安营，自己亲率精锐迅速奔赴杨家桥、凤凰颈，掘开堤坝切断敌军退路。太平军大为恐慌，逃入城内。第二天，进攻神塘河，太平军同样退回城中；官军乘胜直抵无为城下。这时马玉棠密谋献城之事泄露，伪顶王朱王阴将他囚禁。马玉棠的部众起兵攻打朱王阴，官军趁势进攻，太平军全面崩溃。官军斩杀伪豫侯、丞相等头目，无为州当即收复。
李秀成从临浦攻陷萧山，再从萧山塘路奔袭杭州，攻陷诸暨、绍兴府城，分兵窜入新昌、嵊县。上虞、余姚先后失守。曾国荃接连攻破运漕镇以及东关镇。这两处镇在无为、含山边界，外临长江，内连巢湖，太平军的粮草全都囤积在此，向上供给安庆、庐州，向下输送金陵，是南北水路的锁钥。伪巨王洪某率领五六千人，配上数十艘炮船驻守此地。太平军丢失此地之后，士气大损。
十月，楚军收复随州。湖北自从黄州、德安收复之后，只有随州因为有捻军支援，一直袭扰襄阳，凭坚固守拼死抵抗。官文击退河南捻军，再次沿用降将刘维桢夺取黄州的计策，引诱太平军出城，击败敌军，收复随州城。多隆阿收复舒城、庐江；李续宜部将蒋凝学驻守六安、霍山；左宗棠驻扎婺源；张运兰等人屯守徽州；李元度新组建的部队开出广信。太平军主力全部奔赴浙江，皖南太平军聚集防守庐州。左宗棠提议大举援救浙江；浙江太平军猖獗，全省残破，兵锋逼近省城杭州。
朝廷下旨，命曾国藩管辖江苏、安徽、江西、浙江军务。洪秀全见各省官军进剿猛烈，接连收复名城，金陵眼看就要被攻下，大为恐惧，下令李秀成、李世贤分路流窜袭扰，分散我军兵力。李秀成攻入浙江，接连攻陷各府县，一直打到余杭，浙江全省戒严。太平军沿塘路抵达杭州，攻打武林门外的卖鱼桥，抢占官军营卡。不久大股太平军赶到，官军运粮道路被切断。提督张玉良前来救援，和城内守军协同防守。太平军从海潮寺直到凤凰山，环绕修筑木栅，中间填土建成坚固壁垒，使杭州城外内外隔绝，每日用枪炮轰击城池。张玉良攻打木栅，中炮阵亡。城内城外官兵更加恐慌，城中长期缺粮，大量百姓饿死。自从萧山、诸暨等城陷落之后，援军道路断绝。太平军不久攻陷奉化、台州；十一月，从慈溪进犯，占领镇海。台州太平军分兵攻陷黄岩、宁波；又会同杨辅清从浙江严州遂安翻岭，回窜徽州，势力蔓延到衢州所属开化。他们的谋划，是深入江西、安徽腹地，阻挡援救浙江的官军。
左宗棠在广德接到督办浙江军务的诏令。因为太平军围攻徽州府，徽州是进入浙江的后路，左宗棠派兵到婺源，会同防军援剿。杨辅清大举分兵进犯徽州、休宁，在屯溪、篁墩两次战败，于是转向南路，直逼严州；而李秀成已经攻陷杭州，杭州满城随后失守。杨辅清率领宁国太平军围攻徽州、休宁两城，伪成天安窜到休宁屯溪，不久又窜至篁墩。十二月，总兵张运桂坚守徽州城等待援军，伺机出城出击，攻破敌垒。太平军重新占据屯溪、市街、潜口一带，切断徽州守军粮道。曾国藩调总兵朱品隆急速赶赴休宁，会同唐义训先攻破屯溪街口敌军关卡，毁掉河边四座堡垒，进而扫平石桥、潜口敌巢；不久派兵护送粮饷送往徽州。太平军从万安街分兵包抄，官军奋力反击，敌军无法阻拦。张运桂因为严市街被太平军占据，粮道不通，和休宁守军商议合围进剿，摧毁十余座敌垒，杨辅清受伤。恰逢除夕天降大雪，太平军劫掠不到物资，全部逃走，徽州之围解除。
当月提督李世忠收复天长、六合。太平军自咸丰八年占据六合，官军多次攻打都没能拿下。黄雅冬打算归降朝廷，暗中约李世忠先铲除城外敌垒，自己在城内做内应。李世忠从滁州进军六合，大破敌垒，斩杀冯匊林，直抵城下。黄雅冬临阵倒戈，放火打开城门，官军冲入城中，擒斩冲天福林国安、顶天燕江玉城、攀天福魏正福等五十多人，都是敌军精锐头目。朝廷下诏，令黄雅冬改名为朝栋。李世忠依靠黄朝栋秘密联络天长太平军守将陈世明做内应；黄朝栋部下士兵没有全部剃发，伪装成援军开到天长城下，陈世明开城门放官军入城，于是收复天长。
同年，汀州太平军攻陷连城，分兵窜入上杭。江西太平军又闯入武平境内。当时太平军谋划分兵两路：一路图谋进攻龙岩，一路经由清流、宁化袭扰延平、邵武。总督庆端认为延平是全省关键，赶赴那里驻守；官军收复连城，进攻汀州，击伤洪容海，攻克汀州。而从江西窜入武平的太平军，也被副将林文察等人击败。曾国藩上奏疏，请朝廷下令庆端严守浦城，使太平军不能从福建窜入江西。
同治元年正月。此时浙江、江苏肥沃富庶之地全都落入太平军手中。整个浙江还保有湖州、海宁两座城池，却孤悬在敌占区里，只有衢州一府尚可保全。曾国藩上疏举荐福建延邵建宁道李鸿章代理江苏巡抚，另外组建一支军队，从上海进军夺取苏州；围攻金陵的任务交给曾国荃；浙江军务交给左宗棠。自此东南太平军势力一天天走向衰亡。李世忠攻打江浦，约刘元成、单玉功做内应，杀死伪报王、伪宗王、操天福等七十多名头目，当即收复江浦；进兵浦口，再次收复浦口城。江苏、浙江的太平军纠集数十万兵力合力向东进犯，接连攻陷奉贤、南汇、川沙等厅县，战火遍布浦东，直逼上海。各处隘口的守军一遇太平军就溃败逃走。太平军被法国军舰击退之后，占据天马山陈防桥，又被李恒嵩击破，败退回青浦城内。浦东大股太平军驻扎高桥，打算扼断我方要道。美国人华尔、白齐文攻打敌巢，摧毁壁垒，进军浦东、浦南，大破敌军。不久嘉定、青浦太平军进逼七宝，图谋攻打上海守将郭太平的营盘。薛焕督军解围，军队刚撤回，太平军大队再次杀到。
李鸿章率领湘淮军援救江苏，在上海城南扎营。黄翼升统领水师随后赶到。左宗棠翻岭进攻开化；杨辅清纠合部队驻守张村、银坑、石佛岭，窥伺衢州，官军连续作战将其击退，阵斩蓝以道，开化平定。九洑洲太平军窜入江浦、浦口、和州，分兵进犯桥林。二月，嘉善、平湖太平军水陆并进攻打金山、洙泾，七天之后，攻陷两地。松江、上海全都震动。东梁山伪爱王黄崇发、西梁山伪亲王某、裕溪口伪善王陈观意，纠合雍家镇太平军，分兵向上游窜至五显庙、水家村、汤家沟。水师李成谋登岸击破敌军，斩杀黄崇发。此前，左宗棠收复开化之后，进军常山璞石，侦察得知李世贤唆使寿昌、兰溪太平军联合遂安恭天义赖连绣进犯开化马金，打算长期围困官军。左宗棠回师攻打遂安，趁敌军援军尚未集结，先行剿灭这股敌军。
三月，李元度在江山碗窑击败太平军，再败小青湖的援军。江山太平军攻陷峡口闽军曾元福的堡垒，占据此地，连营数十里。左宗棠从常山派兵进剿。林文察收复遂昌之后，太平军全部聚集松阳，势力蔓延到云和、景宁；不久官军依次击退敌军，进兵图谋处州，攻破松阳平港头敌垒，太平军逃向处州碧湖。去年曾国藩传令鲍超扫平青阳城外敌垒，修筑长壕围困青阳。伪奉王古隆贤暗中纠合浙江死党三万多人突袭铜陵，分散官军兵力。鲍超率领援军将横塘等处一百多处关卡、三十六座堡垒全部扫平。古隆贤探知官军主力北上，暗中统领泾县、太平精锐太平军，在青阳猪婆店修筑九座堡垒阻挡官军，打通粮道。恰逢鲍超凯旋回师，进逼青阳，收复城池。
曾国荃招募湘勇回到安庆之后，曾国藩下令攻取巢县、含山、和州、西梁山等处，认为想要置敌军于死地，必须先拿下巢县，于是曾国荃进兵驻扎县城东北。刘连捷等人赶赴望山冈扼守南路；太平军趁官军营垒尚未修好前来进攻，被官军击退。早先，太平军占据长江北岸，向上支援庐州，向下保卫江宁，分布坚固城池，把守险要关隘，打通上下游联络，阻断官军进兵要道。至此官军攻破巢县铜城闸、雍家镇，很快收复巢县，夺回含山；又会同水师大破裕溪口太平军据点。
盘踞金陵的太平军，以全部兵力扼守东西梁山。两山对峙，长江在此处收窄，水流湍急回旋，地势比小孤山还要险要。曾国荃认定此处是金陵的锁钥，沿着长江进逼西梁山列阵。太平军向江州溃逃，水陆两军奋勇厮杀，官军收复西梁山。自此金陵重要据点丢失一半。伪匡王赖文鸿窜到繁昌县，纠合当地守军袭击我三山峡营盘。曾贞幹趁敌军尚未逼近，督军分路急袭，太平军大乱，斩杀首领吴大嘴，收复繁昌。芜湖来援的太平军暗中屯驻鲁港，企图抵抗；曾贞幹会同水师夺取敌船一百多艘，夷平三座堡垒、十余处关卡，剩余敌军全部逃回芜湖；曾贞幹率领各军直抵南陵，当即收复县城。鲍超收复青阳之后，计划先夺取石埭、太平，巩固徽州防线，再攻取泾县，打通通往宁国的道路；于是分五路军队，从龙口直抵石埭。太平军箭石如雨，总兵娄云庆从西、北二门攻入，当即收复县城。太平军大为恐慌，纠集南陵大批援军赶到，驻扎甘棠镇阻挡官军。官军分三路进攻，攻破十七座堡垒，收复太平，擒斩伪主将徐国华等三十七人。先前鲍超攻打青阳时，伪佐将张遇春率领一万多人请求归降，鲍超接纳他们，令他们暂时驻扎景德三溪。此时太平的太平军准备向北逃窜，张遇春突然起兵歼灭这股敌军。鲍超回师带上这支降军，进攻泾县，收复城池，随即向东渡过青弋江，图谋攻取宁国。
李世贤自从攻陷常山，会同龙游太平军一同攻打衢州，总兵李定泰等人击败敌军，收复常山，解除衢州之围。左宗棠急速赶到常山，攻克招贤关，打通衢州粮道。攻打江山的那股太平军，左宗棠传令李元度合兵攻打石门花园港敌巢，摧毁十四座堡垒，敌军支撑不住，趁夜悄悄逃往台州。这时杨辅清从淳化进犯遂安，左宗棠从常山移驻开化对付他，不久派遣刘典进攻遂安；杨辅清退往淳安、昌化，窜入皖南攻打宁国。四月，仪征太平军战败之后，窜扰沙漫洲一带，水师将其击退，扬州境内肃清。浙江官军会同民团收复台州仙居、黄岩、太平、宁海、缙云、乐清、慈溪等县，擒斩延天义李元徕、伪王李洪藻、李遇茂、伪主将李尚扬。不久进军收复宁波府镇海、青田二县。台州、处州太平军向上窜入温州，占据太平岭以及任桥、瞿溪，不久分兵窜扰瑞安，张启煊营盘陷落，退守县城。安徽、湖北联军合力收复庐州。李秀成在江苏、常州一带流窜袭扰，陈玉成盘踞湖北、安徽交界地带。
自从官军收复安庆，陈玉成率领部众从石牌向上游移动，调宿松、黄梅太平军一同开到野鸡河，打算赶赴湖北德安、襄阳召集旧部。各首领不肯听从，陈玉成连夜从六安逃往庐州，部下人心渐渐离散。洪秀全又严厉斥责他，陈玉成恐惧，死守庐州不敢出走。安徽、湖北各军围困庐州，陈玉成日日盼望外援。颍州解围之后，伪扶王陈得才向西流窜，伪天将马融和跟随张洛行远逃，外援就此断绝。多隆阿与安徽守将张得胜设伏引诱敌军出战，两军夹击，太平军大败，官军收复庐州府城，诛杀伪官二百一十三名。陈玉成逃奔寿州，身边还有两千死士。因为苗沛霖私下接受太平军封号，陈玉成前往求援。苗沛霖将陈玉成捆绑起来，送到颍州胜保的大营，同时擒获伪导王陈士才、伪从王陈德、伪统天义陈聚成、伪天军主将向士才、伪虔天义陈安成、伪祷天义梁显新，以及随身伪官二十多人，全部依法处决。李秀成听闻陈玉成被杀，顿足长叹：“我没有帮手了！”陈玉成凶狠程度仅次于杨秀清，而谋略更在杨秀清之上，军中号称“四眼狗”。陈玉成被杀之后，湖北、安徽才稍稍得以喘息，金陵太平军形势更加孤立。
民团收复宁海、象山、奉化。李世忠在六合八步桥大破太平军，敌军窜往滁州来安，再次大败。太平军士气大衰。华尔等人攻克柘林，打算进剿金山卫。知府李庆琛攻打太仓，李秀成率领伪听王陈炳文、伪纳王郜云官前来支援，进逼青浦。李恒嵩作战失利，退往塘桥。嘉定、宝山全都震动。太平军另一支部队由娄塘攻陷嘉定，英法两国提督与官军突围退往上海。李鸿章传令军队驻守法华镇，扼守上海西面，太平军于是越过青浦，直逼松江。洪秀全占据金陵之后，把东西梁山当作锁钥，以芜湖作为屏障，尤其把金柱关看作关键。曾国荃攻破太平府，彭玉麟攻破金柱关，黄翼升突袭东梁山，一战拿下；曾贞幹沿长江进军收复芜湖，提督王明山等人攻破烈山石垒。不到三日，上下游要害关口全部被官军占据。从此，上游宁国、下游江宁，太平军全都失去屏障。
曾国荃进军江宁镇，驻扎板桥，偷袭秣陵关，进而攻破大胜关、三汊河，直抵雨花台扎营。江北浦口、六合战败的太平军全部聚集江边，李世忠率军紧逼，敌军渡江退回九洑洲。江北平定。五月，伪什天安建瀛率领部众驻扎南汇，和淋天福刘二林屡次受到李秀成养子欺凌，于是前来归降，官军整队入城。李秀成养子正驻守金山卫，前来进攻，又纠合川沙太平军反扑，再次被官军击败，官军直逼川沙。太平军从海塘逃走，官军收复川沙，进攻松江。太平军进逼泗泾，守将游击林丛文败退北门。华尔从青浦回援，李鸿章令程学启扼守虹桥，切断青浦、松江后方通路。太平军攻陷湖州，福建粮储道赵景贤拔刀自尽，被太平军夺下救下，囚禁一年多。李秀成待他十分优厚，但赵景贤终日骂不绝口，谭绍光开枪将他击杀。
早先，太平军围攻松江，李鸿章认为松江处在青浦东西之间，是最重要的要地，亲自赶赴新桥，令程学启不时出兵牵制敌军。太平军最初在西门妙严寺修筑土城，华尔用大炮摧毁。太平军再次抢占此处，增筑炮台，环绕四门布防。常胜军在窦福滨与太平军交战，城内守军趁夜分四门出击，太平军逃窜。官军挑选精锐攻破天马山敌营，突入青浦，将敌军辎重全部焚毁。太平军拼死作战，合力坚守松江。分驻广福林与泗泾的太平军，李鸿章出兵击败。太平军逃回营盘，断桥抵抗。刘铭传等人收复奉贤。陈炳文、郜云官等人率领数万大军围攻新桥程学启的营盘，填平壕沟、拔除鹿角。程学启来不及使用枪炮抵御，投掷砖石还击；太平军踩着尸体攀登壕沟。程学启打开营门突击，敌军方才后撤；同时分兵越过新桥，直逼上海。李鸿章率领七营兵马前往支援，大破敌军，追至新桥；程学启开营夹击，太平军撤围逃走。陈炳文、郜云官全都负伤溃逃。官军进军泗泾，太平军大败，全部烧毁营垒。广福林、塘桥的太平军也撤退。上海、松江全部解除危机。
此前，李世忠派兵从六合通江集南渡长江，接连攻破石埠桥、龙潭、东阳敌垒，太平军全部逃往句容。从此九洑洲太平军外援断绝。洪秀全派遣江宁太平军大举攻打石埠桥曾玉梁的营垒，李世忠派遣义子李显发前去支援，入营协同防守。陈坤书从句容进攻龙潭、东阳各营，守将黄国栋等人退往石埠，敌军攻势更加猛烈。李显发会同水师奋力作战，扫平所有敌垒，解除石埠之围。此时李秀成从松江、上海战败撤回，打算联合杭州、湖州太平军救援江宁。洪秀全派遣两万精锐进攻官军大营，曾国荃设伏击败敌军。连日左宗棠督军攻打衢州，东面、南面、北面三路敌垒全部铲平。
早先洪秀全见官军突然兵临城下，太平军每日出城冲锋，屡屡受挫，急令浙江的李世贤、江苏的李秀成回救江宁。左宗棠攻打衢州，与李世贤在遂安、龙游一带对峙。李鸿章刚刚收复松江府县，李秀成疲于奔命，于是与众头目商议：“曾国荃重兵屯聚金陵，打算长期围困我们。我方形势一天天窘迫，不如先围攻宁国、太平，切断他的后路。我军声势一旦重振，就可以图谋打败敌军。”洪秀全因为长期被围，担心粮草难以为继，依旧催促李秀成入援金陵。李秀成不得已，先派遣数万精锐从江苏向西增援。此时宁国残余太平军并入江宁，驻扎淳化镇的敌军也不下两万余人。六月，左宗棠从衢州进军龙潭。李世贤在遂安战败之后，再次纠合金华以及温州、处州精锐太平军，分屯南岸湖镇、罗埠，北岸兰溪的永昌、太平、祝家堰、诸葛村、孟塘、油埠、裘家堰。左宗棠驻扎潭石望，距离龙游城十五里；派遣眭金城会同刘培元驻守城西圭塘山，屈蟠、王德榜驻守紫金旺，崔大光驻守城北对河茶圩，刘典驻守高桥。此前李世贤侦察到官军扫平衢州敌垒，将要进军龙游，纠合部队悄悄奔赴兰溪、严州、淳安，打算乘虚偷袭遂安，就地在江浙获取粮食，切断官军粮饷运输通道。左宗棠派兵大破敌军，太平军从寿昌退回金华。七月，官军进兵击败龙游太平军，摧毁兰溪、油埠敌军据点，阵斩伪骏天义邓积士等人。宣平、处州、余姚、寿昌依次收复。
这时杨辅清纠合十余万太平军占据宁国府城，又分兵驻扎团山、寒亭一带，阻挡官军进兵道路。鲍超下令将士攻打寒亭。太平军出营拼死抵抗，总兵宋国永策马冲入敌阵，伏兵出击切断敌军退路，太平军惊溃。官军扫平寒亭管家桥、楠家甸、狮子山敌营数十处，敌垒三十五座。伪卫王杨雄清纠合残部逃回宁国府城。杨辅清听闻寒亭战败，立刻纠合部队绕城修筑堡垒，连绵三十多里。鲍超进兵在乌纱铺扎营，令娄云庆在望城冈设伏，以轻兵引诱敌军。太平军见官军兵力少，径直冲下山冈。官军张开两翼反击。太平军看见山谷到处都是旗帜，误认是己方援军，掉头冲入埋伏圈；官军再次切断后路，斩杀无数敌军。望城冈以及抱龙冈十多个村庄全部平定。太平军再次联合其他部队筑垒死守，鲍超率领各军逼近敌垒扎营。各伪王从南北两门出动大队人马两面夹击。鲍超分军搏杀，太平军败走向浮桥，官军烧毁浮桥截杀，敌军几乎无人逃脱。太平军收拢残兵再战，两次战败，杨辅清单人匹马逃走。官军当即收复宁国府、县两座城池。早先杨辅清听说鲍超大军到来，数次派遣使者向金陵求援。洪秀全派遣伪保王洪容海率领精锐太平军赶来。洪容海本是石达开死党，抵达之后畏惧鲍超的威势，请求归降，鲍超准许。但此时宁国府城已经攻克。洪容海逃奔广德，偷袭献出广德州城，率领六万部众投降，恢复本姓童。
金陵来援的太平军大举进攻营垒，分二十多队牵制各处官军，派出精锐突击雨花台。曾国荃打开关卡全力反击，大破敌军，敌军解围退走。潘鼎新等人合力收复金山卫城，此地地处江苏、浙江交界，是浦东门户，至此这一带全部肃清。当月李鸿章督领各军合力攻打青浦，收复县城。谭绍光正盘踞湖州，听闻青浦丢失，担心官军尾随其后，于是会合嘉兴、湖州、苏州、昆山太平军进犯松江、上海西北，图谋再取青浦。程学启会同水师击退敌军。太平军攻打北簳山营垒没能得手，于是向东进攻北新泾。北新泾是上海西面屏障，守军奋力大战击退敌军。太平军分兵窜入法华，逼近上海。李鸿章调各路军队从金山卫、青浦、松陵回援；两万精锐太平军包围官军。程学启激战许久，太平军大败。驻守北新泾的太平军凭河筑垒，在左右埋伏等待官军。李鸿章亲自督阵，与程学启部队合兵，将敌营全部摧毁。谭绍光逃往嘉定。上海转危为安。
八月，太平军攻陷慈溪，华尔收复慈溪，身受重伤，不久去世。嵊县、新昌太平军攻陷奉化。闰八月，奉化太平军图谋攻打宁波。左宗棠传令蒋益澧等人进兵扫平兰溪裘家堰敌垒，斩杀伪元天福万兴仁、伪疌天福刘茂林等人。驻守罗埠的伪戎天义李世祥请求归降。蒋益澧攻打罗埠，李世祥做内应，攻破五座堡垒。湖镇太平军闻讯逃走，官军渡河攻破五星街。这些都是龙游、汤溪的要道。蒋益澧多次攻打汤溪不能攻克，官军伤亡众多。左宗棠移营新凉亭，距离龙游城五里，传令蒋益澧由罗埠进攻汤溪。刘典驻守扼守油埠、湖镇，拦截兰溪、金华来援的太平军。
九月，李鸿章会同常胜军攻打嘉定，收复县城。谭绍光以及伪听王陈炳文再次纠合十余万援军，分道从太仓、昆山来犯。北面从蟠龙镇到四江口，打算占据黄渡以控扼青浦；南面从安亭到方泰镇，图谋攻入南翔。不久官军击退南翔敌军，太平军于是在三江口、四江口修建左右两座大寨，架设浮桥偷渡，围困官军水师。青浦西北洋新泾、赵屯桥、白鹤江一带太平军势力蔓延，袭扰到重固镇张堰，距离青浦仅十余里。黄翼升率领水师从青浦出发冲击敌船，太平军扼守白鹤江，水师无法前进。另一股敌军进犯黄渡，李鹤章会合部队击败他们。此时四江口被围困很久，谭绍光驻扎吴淞江口，陈炳文驻守南岸。李鸿章督领各军抵达黄渡，分三路进攻，从辰时打到未时，多次冲锋都无法突破。李鸿章督战更加急迫，各军越过壕沟直逼敌营。程学启胸部被炮弹击伤，裹伤继续死战；太平军南岸阵地崩溃，向北逃窜。四江口守将全部突围而出，太平军退往昆山。官军将浮桥、石卡几乎全部拆毁，斩杀数万人，夷平二百座堡垒。自此太平军不再窥伺松江、上海，全力坚守昆山、太仓，这两处是苏州门户，为太平军必争之地。
宁国再次陷落，太平军又从句容进逼镇江，在汤冈修筑营垒。冯子材督军攻破汤冈九座堡垒，太平军退回青山老巢；官军乘胜攻克青山，敌军逃回句容。早先伪护王陈坤书纠合四五万兵力图谋攻打金柱关，彭玉麟在花津抵御，五战全胜。不久太平军拖出数百艘战舰从东坝驶出，官军毁掉浮桥，太平军不敢渡河。此时精锐太平军搭建木筏偷渡，屡次逼近金柱关；官军水陆大举出击，在花山大败敌军。太平军逃往上驷坡，而水师已经提前毁掉浮桥。敌军回军死战，各军合围，歼灭一万多人。窑头等处敌营绵延百余里，官军四面围攻，焚毁堡垒。花津、青山、象山、采石矶各处敌巢全部被扫平。从此芜湖、金柱关六十里范围内再也不见太平军踪迹。
当时大营军中瘟疫刚刚稍稍平息，李秀成亲自带领十三位伪王，号称六十万大军，集结在金陵。东面从方山，西面到板桥镇，旗帜密布，直逼官军各座营垒，重点进攻东西两面。曾贞幹等人在小河边击败前来接应的敌军援兵。太平军不久从东西两路进攻，分兵冲到洲上，抄到猛字等营后方；官军分路击退他们。围攻西路的太平军，连续猛攻六昼夜，被官军击败。太平军全部转向东路，逼近营垒列阵，暗中挖掘地道，千方百计合围进攻。各营将士背靠营墙站立，投掷火球打击敌军。太平军顶着木板匍匐前进，填埋壕沟想要登垒。官军长矛齐刺，太平军拖回尸体继续冲锋，拼死不退。流弹击伤曾国荃脸颊，血流满面，他依旧裹伤登上壕墙防守。李世贤从浙江东面赶来支援，猛攻吉后营炮台。曾国荃率军疾驰救援，太平军越聚越多，用箱子装满土，在壕沟之间堆砌，暗中挖掘地道。官军集中发射火箭，随即派出精锐出击，敌军攻势稍稍受挫，官军摧毁西路敌垒。东路太平军持续紧逼，嘉字营、吉后营两处地道被引爆，太平军冲入崩塌的缺口；官军分路冲出决战，缺口之内的太平军全部被诛杀。壕外太平军依旧举旗督战，各营一齐杀出包抄冲杀，太平军精锐遭受重创。太平军又在东路另挖地道，在西路掘开河水，淹没阻断官军粮道。曾贞幹在高坡增修小营，令水师驻守双徬保护粮道。官军一共破坏敌军五处地道，太平军计谋越发穷尽。曾国荃乘势攻克十余处关卡，攻破东路四座堡垒，西南各垒敌军望风溃散；官军追击到南路牛首山一带，扫平数十座堡垒，搜剿到方山以西。雨花台守军勾结城内太平军，打算切断官军退路；官军左右冲杀突破，太平军分路逃走，大营重围方才解除。这一战，李秀成从苏州、李世贤从浙江先后围攻大营四十六个昼夜。曾国荃率领众将困在围中，设奇计破敌；他的弟弟曾贞幹全力保障粮饷通道。将士面目熏黑，苦战几乎皮骨无存。
大营解围之后，李秀成依旧驻扎秣陵关、六郎桥一带。李世贤对李秀成说：“如今江北十分空虚，出其不意，急速攻打扬州、六合，夺取当地粮草供给军队；再分兵攻打安庆的曾国藩，他必定分兵驰援。我们现在驻守秣陵、溧水的部队，趁虚袭击，很少有不成功的。”李秀成采纳这个计策，另派遣伪纳王郜永宽、伪对王洪元春等人从九洑洲渡江，有五六万人越过江浦、浦口。洪元春攻陷巢县、含山、和州，占据运漕镇、铜城徬、东关各处隘口；得知无为州粮草充足而兵力单薄，直接攻打州城。提督萧庆衍攻打运漕、铜城，会同彭玉麟水师焚毁三处石卡，攻破运漕镇，接连摧毁陶家嘴、昆山冈敌垒，绕到铜城徬后方。徬口太平军突围出逃，冈东、徬西敌军全部逃走。曾国荃派兵驻守东西梁山，看护长江隘口；令李昭庆带领五营兵马从芜湖北渡，援救无为，保障皖南各军的粮运通道。曾国藩调李续宜、毛有铭移防庐州。赖文鸿、古隆贤等人从广德、宁国窜入旌德，总兵朱品隆击败敌军，解除旌德之围。攻打泾县的太平军，也被援军击退。早先昌化数万太平军窜入绩溪，打算切断旌德守军粮道。唐义训会同浙江官军收复绩溪。
十月，官军接连收复上虞、嵊县、新昌。左宗棠多次进攻龙游、汤溪、兰溪、严州各处，攻破堡垒关卡三十多处，只是靠近城池的堡垒难以攻克。太平军拼死守城，在城墙挖洞架设火炮，官军伤亡众多。龙游、汤溪两城是金华要道，必须拿下这两城，扫清后路，才可以攻打金华。兰溪一条水路直达严州，必须攻克兰溪，粮道畅通，才能够收复严州府。这三座城池，就像骨头卡在咽喉。十一月，太平军窜入太平、黟县，攻陷祁门，打算窥伺江西饶州、景德。左宗棠担心粮路被阻断，传令军队协助进剿，援军尚未抵达，祁门已经被官军收复。魏喻义攻打严州。严州地势，对外连通安庆，对内直达杭州。左宗棠援浙，原本计划首先拿下严州；而太平军盘踞三衢，图谋进犯江西，切断官军饷道。于是先肃清衢州，传令刘典攻打兰溪以分散敌军兵力。守城伪朝将谭富和兰溪谭星是兄弟，首尾呼应。魏喻义驻扎铜关，据险设立关卡。谭富纠合桐庐、浦江太平军多次来攻。魏喻义在钟岭脚设伏，歼灭敌军前锋，太平军惊慌退回，闭城死守。当夜官军架云梯登城，歼敌万余人，当即收复严州府城，焚毁船只三百多艘，缴获伪印二百九十三颗，其余敌军丢弃武器归降。
这时绍兴伪首王范汝增、伪戴王黄呈忠、伪梯王练业绅率领大部队从诸暨、东阳、义乌、永康向西窜往金华，号称十万大军，援救汤溪、龙游。分兵窜扰武义，被林文察击败。丹阳、句容太平军进犯镇江，冯子材督军在丁村、薛村等处大破敌军。太平军占据常熟、昭文两县，窥伺江北。距离县城十八里的福山，是江南重镇，与江北狼山镇对峙，是江海连通的锁钥。两县守将钱桂仁、骆国忠、董正勤，与太仓首领钱寿仁秘密和官军联络。李鹤年攻城，双方约定城内响应。骆国忠夜间与钱桂仁饮酒，在席间斩杀伪冯天安钱嘉仁、伪逮天福姚得时，献城归降。第二天，会同水师周兴隆扫平福山浒、白、徐六泾各处海口敌垒，进兵图谋太仓；而苏州城内做内应的事情泄露。谭永光调集全军争夺常熟，召集江阴、无锡太平军六七万人会合，又令杨舍太平军趁机攻陷福山。官军坚守常熟、昭文。
十二月，太平军围攻常熟，团练溃散。周兴隆向李鸿章告急，李鸿章派兵支援，但江阴杨厙太平军已经窜到福山各处海口阻挡援军；官军派遣常胜军以及水师攻打福山口河西敌垒，没能攻下。太平军猛攻常熟，西北门外营垒已经丢失，常胜军被敌军阻挡在福山，无法抵达。李鹤年攻打太仓，敌军援军众多，也难以快速推进。李鸿章增调浦东军队从海路绕道奔赴福山，会合部队进剿。李鹤年等人从望仙桥进攻太仓，击败敌军。此时蒋益澧攻打汤溪久攻不下，刘璈协同攻打兰溪敌垒也失利；刘典会合水陆军队进攻，太平军坚守不出。龙游、汤溪大批援军恰好赶到，趁机向西窜扰江西、安徽。蒋益澧等人在金华白龙桥迎击汤溪援军，重创敌军。伪扶王陈得才、伪端王蓝成春、伪增王赖文光、伪顾王梁成富、伪主将马融初，都是陈玉成麾下精锐。陈玉成命令他们向北进犯牵制官军；陈得才见庐州被围危急，想要南下支援，被防军阻挡，在河南、湖北、山西、陕西之间流窜，和各路捻军会合，成为流寇。
同治二年正月，李秀成调集常州、丹阳太平军驻扎江宁下关、中关，号称二十万，从九洑洲陆续渡江，打算借道皖北，窜扰湖北，切断江西、安徽各军粮运通道，以此解除江宁的围困。这是认为就近进攻不如采用远袭的方略。渡江之后，太平军攻陷浦口，李世忠退入江浦。伪匡王赖文鸿、伪奉王古隆贤、伪襄王刘官方纠合数万花旗广东太平军围攻泾县。鲍超从宁国驰援，引诱敌军进入埋伏圈。太平军战败退回营垒，而营垒已经被官军焚毁，敌军大举奔逃，泾县之围立刻解除。鲍超回师之时，西河太平军乘虚袭击营盘，看见鲍超的旗帜，仓皇逃走。蒋益澧、康国器收复汤溪。金华太平军依仗汤溪、龙游、兰溪三城互为犄角。官军攻打汤溪，敌军形势日渐窘迫。伪朝将彭禹兰到军营请求归降，蒋益澧令他做内应，诱捕诛杀伪天将李尚扬等八名头目。当夜彭禹兰打开西门迎接官军入城，斩杀九千余人，城内太平军被全歼。伪戴王黄呈忠、伪首王范汝增、伪梯王练业绅从白龙桥退往金华，龙游太平军闻讯逃走；左宗棠收复龙游，刘典收复兰溪，高连升等人收复金华；武义、永康、东阳、义乌、浦江都相继收复。
浙东战败的太平军从於潜、昌化翻越丛山关，窜入皖南绩溪，再翻过箬岭，回到旌德；会同句容、太平大股敌军聚集石埭，谋划向西进军。建德大为震动，江西饶州、九江边境形势紧急。刘典等人收复诸暨。谭星从浦江战败之后，占据桐庐；左宗棠传令刘培元会同水师合击，阻挡敌军向西逃窜。蒋益澧乘胜进攻绍兴，提督叶炳忠会同英法军队收复绍兴。一万多败兵，和桐庐守军沿江修筑堡垒抵抗。官军水陆合攻，收复桐庐。萧山太平军也逃走，浙东全境肃清。
左宗棠派遣蒋益澧进攻杭州。早先杨辅清纠合部众，盘踞西河、红杨树、麒麟山一带，十多万人；以一大股部队包抄奔袭高祖山，先派一小队绕到山后，扬言北上攻打泾县，实际打算袭击鲍超大本营。二月，太平军分出三四万人围攻高祖山八座营盘。鲍超分三路出兵，在茯苓山旁设伏切断敌军退路。交战一段时间，太平军喧哗溃逃，逃到茯苓山，伏兵四起，敌军惊骇溃败。官军扫平高岭、周家桥、马家园、小淮窑各处堡垒。从河西逃入湾沚的太平军，被水师击败，并入梅岭、麒麟山。鲍超派遣将领分路进攻，尸堆如山，同时收复仰贤圩各处；剩余敌军分路逃窜。伪怀王周某等头目纠合部队窜到句容城外，会合丹阳伪效天义陈姓首领，打算从九洑洲北渡长江。冯子材扼守桥梁险要，分队进攻，直冲到牧马口。沿村庄十余里敌卡林立，官军径直冲锋，敌军岿然不动。守备李耀光阵斩掌旗敌兵，直捣敌军中坚，官军人人以一当百，立刻摧毁牧马口关卡。东湖太平军也溃败，官军进而摧毁南路柏林村老巢，将陈首领斩杀于马下——此人就是四眼狗陈玉成的叔父。太平军惊骇奔逃，向西南方向撤走。
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