道光十八年，哈萨克人偷偷潜入阿尔泰乌梁海，朝廷命乌里雅苏台参赞大臣车林多尔济率领蒙古兵驱逐。科布多参赞大臣毓书派遣科布多主事职衔哈楚暹领兵，把侵入乌梁海的哈萨克依满等人驱赶到乌里雅苏台。八月，在沙拉布拉克追击并击败他们。九月，再次驱逐重新进入乌梁海的哈萨克人，将他们赶过库克伸阿林，相关人员得到奖赏。十一月，车林多尔济上奏，此前侵入乌梁海的土尔扈特、哈萨克人已经全部驱逐干净，俘获十余人，予以释放。十二月，赏赐乌梁海副都统车伯克达什等人花翎，奖励他们驱逐潜入游牧地哈萨克人的功劳。道光十九年四月，哈萨克人再次进入乌梁海，朝廷命车林多尔济再次调兵驱逐。八月，阿尔泰乌梁海右翼散秩大臣达什济克巴接到调令却迟迟不到军营，交由吏部严加议处；对迅速妥善驱逐哈萨克的阿尔泰左翼散秩大臣达尔玛阿扎拉，赏头品顶戴，仍旧交吏部从优叙功。道光二十二年，科布多参赞大臣固庆上奏：“达尔玛阿扎拉经常托病偷懒，不善于安抚管理部众。散秩大臣掌管乌梁海四旗，事务繁重，游牧地域辽阔，又和俄罗斯接壤，责任极重，请令他离任，由参领唐嘎禄代理。”
咸丰十年，和俄罗斯签订划定西部边界的条约。同治三年八月，科布多参赞大臣广凤等人上奏：“卡伦以内阿尔泰乌梁海境内奇林河等十七处地方，有哈萨克公阿吉属下哈济克居住。边界划分尚未完结，不便一次性驱逐。如果分界之后，万不得已必须向内迁徙，应当由塔尔巴哈台参赞大臣挑选合适地点安置。”十一月，俄国人闯入该部库什业莫多以及塔布图地方滋扰。明谊照会俄国西伯利亚总督，先行查办前来我国边卡滋事的俄方官兵，等明年两国立界大臣共同建立界牌鄂博之后，再派兵驻守。同治四年，因为伊犁、塔尔巴哈台各城发生回民叛乱，朝廷下令设立乌梁海台站，传递科布多城到塔城的文书、运送军饷。十二月，塔尔巴哈台参赞大臣锡霖弹劾广凤裁撤乌梁海台站，致使文书、军饷运输受阻。下旨将广凤等人议处，依旧下令恢复台站。同治五年五月，塔尔巴哈台失守，领队大臣图库尔带领额鲁特兵转移到该部。
同治七年三月，命令奎昌会同俄国官员建立科布多与俄国接壤的界牌鄂博。九月，奎昌等人因为俄国使臣没有抵达，上奏等待明年共同办理勘界立碑。同治八年，奎昌和俄国勘界使臣巴布阔福勘定边界：从科布多东北边界赛留格木山适中的布果素克达巴哈起，向西南沿着赛留格木山到奎屯鄂拉，向西沿着大阿尔泰山直到海留图两河的分水岭；转向南，顺着这条山脉一直到察奇勒莫斯鄂拉；转向东南，沿着斋桑淖尔边缘，顺着喀喇额尔齐斯河岸，直到玛尼图噶图勒幹卡伦，以此作为两国分界线。一共竖立二十座界牌鄂博：第一座布果素克达巴哈，其次杜尔伯特达巴哈、塔布图达巴哈、博勒齐尔、察幹布尔哈苏、乌兰达巴哈、巴哈那斯达巴哈、萨尔那开、巴尔哈斯达巴哈、拜巴尔塔达巴哈、库尔楚木、特勒克梯、固洛木拜、萨拉陶、萨勒钦车库、特勒斯爱哩克、鄂里雅布拉克、奇音克里什、察奇勒莫斯，最后一座玛呢图噶图勒幹。勘界工程从五月二十五日到七月三日完成。十月，命令棍噶扎拉参前往阿尔泰山召集徒众，妥善办理安置事宜，并免除该部当年按例应当进贡的貂皮。之后伊犁索伦营兵士迁移到阿尔泰山，塔城额鲁特兵士，都暂时由棍噶扎拉参统辖。同治十年，署理伊犁将军荣全上奏：科布多所属扎哈沁五台以西到霍博克萨里一两千里，如果不在当地设立台站，后方补给通道一定会断绝。于是令乌梁海章盖等人，在西部设立察罕通格、托克鄂博、德格图阿满三座台站，东部设立多鲁图阿满、额尔奇赛罕、乌里雅斯三座台站。从此这里成为科布多、塔城两城之间的交通要道。同治十一年，调棍噶扎拉参所统领的索伦、额鲁特军队前往塔城。
同治十二年十一月，回民匪寇窜入新土尔扈特的布尔根河，侵扰该部境内，台站官兵纷纷逃散。乌鲁木齐领队大臣锡纶率领本部民勇，从阿尔泰山南移营到乌龙古河南岸，追击匪寇直到霍博克河下游，击溃敌军。匪寇逃向绥来县北境，科布多参赞大臣保英等人传令乌梁海，迅速将军台迁回原址安置。
光绪七年七月，因为棍噶扎拉参在乌梁海达彦地方收抚哈萨克，擅自杀死哈萨克头目柯伯史之子，下旨令锡纶传令棍噶扎拉参立刻返回原籍。光绪八年，俄国人商议重新划定科布多、塔尔巴哈台之间的中俄边界，想要占据哈巴河一带。科布多参赞大臣清泰等人上奏：“数百名俄国人突然抵达哈巴河。查阅新条约，奎峒山就是阿尔泰山。如果任由他们重新勘改边界，后果十分严重。”八月，阿尔泰左翼散秩大臣等人再次向清泰呈报：“前一次划界，乌梁海西北境已经被侵占很多，这次如果再割让哈巴河，蒙古民众将没有地方游牧生存，誓死不能退让。”朝廷下旨令清安、额尔庆额会同金顺、升泰妥善筹划。光绪九年，额尔庆额随同参赞大臣升泰提前奔赴边塞，勘察边防要地，辨明山川名称。二人认为，如果放弃哈巴河、奎峒山两处要地，乌梁海、哈萨克部众都将失去立足之地，于是和俄国官员抗争，相持二十多天，改以哈巴河以西的阿拉喀别河作为边界，由此拓展国土一百三十多里，分路设立新界牌鄂博。勘界完工之后，额尔庆额又沿着北山道路到大彦淖尔安置乌梁海两翼部落：以和里木图河、雅玛图、哟洛图、西里布拉克作为夏季游牧地；以罕达盖图河、塔里雅图、青格里河、乌龙古河作为冬季游牧地，哈巴河依旧由塔城派兵戍守。根据金顺的奏报，下旨令阿尔泰山乌梁海所属游牧地带，饬令棍噶扎拉参交还土地安置蒙古民众。光绪十二年七月，根据沙克都尔扎布等人的奏报，再次催促棍噶扎拉参把徒众迁回塔城。光绪十三年，下旨令刘锦棠等人在新疆挑选地点安置棍噶扎拉参部众。光绪十五年二月，刘锦棠上奏，将棍噶扎拉参徒众迁移到库尔喀喇乌苏所属的八英沟，归还之前从科布多借用的土地。承化寺就近招纳的徒众，准许留在寺院及哈巴河一带。塔城自从借地之后，就一直派兵驻守，不宜放弃，防止俄国人趁机南下，朝廷批准。光绪十八年六月，沙克都尔扎布、额尔庆额、魁福一同实地勘查后上奏：哈巴河借地暂时难以归还，塔城经过两次分界，蒙古、哈萨克人口土地不够分配，请求暂缓三年交割借地。乌梁海民众生活困苦，打算令塔城哈萨克酌情拨给牲畜，并筹划安置逃来的民户，派兵驻守，朝廷批准。之后科布多多次请求收回哈巴河，塔城方面一再争辩，这件事始终没有定论。
光绪二十六年，边防紧急戒严，参赞大臣瑞洵传令乌梁海每一旗挑选二百名兵士，一半骑兵、一半牛马拉的步兵，驻防本旗。战事平息之后，裁撤这支军队。因为乌梁海各旗保护俄国商货、安稳游牧，朝廷多次予以奖赏。光绪二十九年闰五月，授予乌梁海左右翼散秩大臣额尔克、舒诺三音博勒克头品顶戴；左翼总管倭齐尔扎布、桑敦扎布，右翼总管棍布扎布、瓦齐尔扎布，全部授予二品顶戴；左翼副都统察罕博勒克也一并给予奖赏。光绪二十九年，塔城将哈巴河土地交还给科布多。光绪三十年五月，改设科布多办事大臣驻扎阿尔泰山，任命锡恆担任此职，仍旧驻在承化寺。光绪三十二年七月，确定阿尔泰编练陆军马队一标、炮队一营，设立哈巴河防营委员，以及沙扎盖台到承化寺马递驿站十六处，每处配备蒙古骑兵五人，马十匹。开办承化寺、库克、呼布克木、哈巴河四处屯垦牧放，修建城署房屋，拨付常年经费十三万两，开办经费三十一万两有余。十二月，该部七旗划归阿尔泰管辖。光绪三十四年四月，锡恆上奏停办布伦托海上渠，下渠距离水源较近，打算再试种一年，克木奇官屯暂时交由民间经营。宣统三年二月，署理办事大臣延年上奏，开挖距离承化寺七十里的红墩渠，安置内地移民。下发相关部门知晓。
此地农牧兼备，蕴藏矿产，出产食盐。该部共有七个佐领，副都统以及左右翼散秩大臣，都同时兼任一旗总管。重新划定边界之后，卡伦从右翼散秩大臣旗的阿拉克别克向南起，往北为阿克塔斯，再东北是克杂那阿斯、萨斯、呼吉尔图布拉克、乌松呼吉尔图，转向东是胡布苏，直到罗盖布，东北到左翼散秩大臣旗的霍洞淖尔为止，一共八座卡伦。境内著名山岳有：西吉克图山、荄拉图山、霍穆达山、哈喇温尔常山。著名河流有：察罕西鲁河、萨格赛河、萨克布多河、青格里河、额尔齐斯河。
阿尔泰淖尔乌梁海，在科布多西北，东面是唐努乌梁海，南面是阿尔泰乌梁海，西面、北面都和俄罗斯接壤。
此地原本属于准噶尔。乾隆二十二年九月，赛音诺颜扎萨克贝勒车木楚克札布招抚阿尔泰山乌梁海。阿尔泰淖尔乌梁海宰桑特勒伯克扎尔纳克，带领属民前来归附。皇帝令车木楚克扎布定立贡赋、赏赐制度，宣示朝廷恩德。十二月，任命阿尔泰淖尔乌梁海宰桑特勒伯克等人担任总管。乾隆二十三年秋季，乌梁海总管阿拉善、恩克等人反叛，车木楚克扎布出兵征剿，擒获阿拉善等人。恩克逃往哈屯河，当年冬天被捕获。不久划定该部为两旗，各设总管一名，按照旧例每年进贡貉皮，隶属于科布多参赞大臣。道光年间，巡查边境的政务渐渐松弛，俄国人开始在该部的吹河修筑城池，我国前去巡查边界鄂博的官员，往往无法抵达这片区域。
咸丰十年，签订西部边界条约，俄国的划界清单直接把阿尔泰淖尔乌梁海全部划入俄国境内。同治六年七月，科布多参赞大臣广凤等人上奏：俄国雅什达喇城衙门给阿尔泰淖尔两旗总管发文，声称阿尔泰淖尔、绰罗什拜、巴什库斯、吹河全部是俄国游牧地。如果有人声称这里属于中国游牧地，就抓送到俄国城内。另外俄国人到绰罗什拜地方伐木，已经传令总管察罕等人好言开导，静候两国分界大臣议定疆界、互换条约，立界之后，再按照划定的边界执行，此时不能伐木建房，以免滋生事端。当时俄国官兵扣押我国前去哈屯河查边的扎萨克扎那扎布，以及台吉差官、蒙古官兵，阻拦我国巡查边界的道路，宣称这片游牧地属于俄国领土，不许中国人往来。十月，阿尔泰淖尔总管莽泰等人呈报，俄国官员逼迫莽泰旗下一百四十多人、总管察罕旗下二百四十多人按下手印。九月，明谊、锡霖、博勒果索和俄国分界大臣按照议定的清单勘分西部边界，阿尔泰淖尔乌梁海土地就此不再归清朝管辖。最初商议把诚心归附我国的部众迁到卡伦以内，总管莽泰等人请求两旗人口全部迁入卡内游牧。广凤等人晓谕：“被俄国划分出去土地上原来居住的民众，土地划归俄国，民众也随同属地归于俄国，务必令他们安居故土，照旧从事生产，划定边界之后，不会再像从前那样遭受侵扰。”随即令莽泰等人出卡返回原地游牧，内迁部众的提议就此搁置。
该部设有四个佐领。
西藏
西藏，属于《禹贡》里记载的雍州地域。汉代属于益州沈黎郡边界之外白狼、乐土等羌人部族的领地。魏、隋两代，这里是附国、女国，以及左封、昔卫、葛延、春桑、迷桑、北利、模徒、那鄂等羌人部族的土地。唐代这里是吐蕃，开始推崇佛教。之后吐蕃攻灭吐谷浑，使羊同、党项等羌人全部臣服，西边毗邻大食，疆域方圆一万多里。唐朝末年吐蕃国力衰落，各部族分崩离散。宋代，吐蕃各部持续向中原朝廷进贡。
元世祖时期，设立乌思藏、纳里、速古、鲁孙等三路宣慰司、都元帅府，同时设置管民万户等官员安抚治理当地。任命吐蕃僧人帕克斯巴为大宝法王、帝师，这个职位传承数代。他的弟子当中，被封为司空、国公，佩戴金玉官印的人非常多。
明洪武年间，封摄帝师纳木嘉勒藏博为炽盛佛宝国师，颁赐玉印。设立乌斯藏指挥司以及宣慰司、招讨司、万户等官职，大多沿用元代旧制，由元朝国公纳木喀斯丹拜嘉勒藏等人掌管。不久改乌斯藏为行都指挥司，任命班竹兒藏为乌斯藏都指挥使，以下各级官职都准许世袭。没过多久，又把乌斯藏俺不罗卫改为行都指挥司。永乐年间，增设乌斯藏牛兒宋寨行都指挥司，以及必里、上工卩部二卫，又分封藏族僧人担任大宝法王、大乘法王、大慈法王、阐教王、阐化王、辅教王、赞善王、护教王，一共八王，每隔一年或者每年前来朝贡。宣德、成化年间，又陆续加封各种封号。当地僧人有达赖喇嘛，居住在拉萨的布达拉庙，称为前藏；班禅喇嘛居住在日喀则城的扎什伦布庙，称为后藏；藏地民众对二人的尊崇，超过其余各番王。西藏喇嘛原本都信奉红教，到宗喀巴创立黄教，在西藏噶勒丹寺得道。当时红教承袭印度旧俗，僧人可以娶妻生子，法王职位世袭，专门修习密咒，流弊发展到靠吞刀吐火哗众取宠，完全丧失戒、定、慧的佛法根本。黄教僧人不许亲近女色，宗喀巴留下遗训，由两大弟子世代以呼毕勒罕转世，弘扬大乘佛法。呼毕勒罕，汉语意思就是“化身”。达赖、班禅就是所说的两大弟子，达赖译为“无上”，班禅译为“光显”。当地习俗认为，肉身死亡而真性不灭，自己知道转生的去处，弟子寻访迎立转世灵童，在轮回之中本性不失，所以达赖、班禅转世之后，互为师徒。黄教教义重在明心见性、普度众生，贬斥声闻小乘以及幻术一类的旁门。到明代中叶，黄教影响力已经远远超过红教。
第一世达赖名叫罗伦嘉穆错，是吐蕃赞普后裔，世代为番王。二十岁来到前藏，被宗喀巴收为大弟子，八十四岁圆寂。第二世名叫根登嘉木错，在后藏札朗转世，登上布达拉、色拉、扎什伦布讲经法座，六十七岁圆寂。第三世名叫锁南嘉木错，是历代达赖之中最出名的一位。设立第巴一职，代理军政、刑狱、赋税事务。弟子称呼图克图，分别掌管教化。此时黄教还没有在蒙古传播。元太祖后裔俺答兼并诸多蒙古部落，侵扰中原，出兵征讨土伯特，收服阿木多、喀木康等部落。年老厌倦战争，采纳侄子鄂尔多斯部硕克济农的劝谏，派人迎接达赖，劝他向东前往蒙古。从甘州写信给张居正，请求通贡互市。万历年间，朝廷接纳锁南嘉木错的朝贡，给予封赏。达赖接受俺答的邀请，来到青海，为他宣讲三世善缘。蒙古各台吉说：“愿从今以后，将流血战火之地，化为乳汁充盈的安宁净土。”俺答许诺修建寺院，一座在归化城，一座在西宁，于是黄教传遍蒙古各部。藏地原本信奉红教的大宝法王、大乘法王等，全都俯首自称为弟子，改尊黄教。黄教教化遍及各部，东西绵延数万里，蒙古各部前来熬茶朝拜，将达赖视作天神，各个番王只保有虚有的王位，不再能发号施令。第三世达赖四十七岁圆寂。第四世名叫荣丹嘉穆错，二十八岁圆寂。第五世名叫阿旺罗布藏嘉木错。
起初，西藏当地人把本地称为图伯特，又叫唐古特。除达赖、班禅之外还有汗王，由蒙古部落首领担任。当时藏地的藏巴汗，和达赖任用的第巴不和。额鲁特部的和硕特汗，名叫图鲁拜琥，是元太祖弟弟哈布图哈萨尔的第十九世孙。后来兼并唐古特四部，改称号顾实汗。因为青海地域广阔，令自己子孙在那里游牧，喀木、康地区向他缴纳赋税。卫地由第巴侍奉达赖居住，藏地由藏巴汗驻守。第巴桑结和藏巴汗互相仇视，说藏巴汗残害部众、毁坏黄教，向顾实汗请求出兵消灭藏巴汗。顾实汗于是把藏地交给班禅，留下长子鄂齐尔汗管辖部众，次子达赉巴图尔台吉辅佐，这些都发生在崇德年间。
早先天聪年间，大清军队攻取明朝辽东，天上出现明星祥瑞。顾实汗说：“这颗星是大力汗的威德之星。由此来看，绝非寻常之人。”于是远近蒙古共同尊奉太宗文皇帝为和尔摩斯达额尔德穆图博克达撤辰汗。等到崇德二年，顾实汗上奏请求携带礼品派遣使者延请达赖。崇德四年，派遣使者送信给土伯特汗以及达赖，说：“自古流传的经典，不愿让它泯灭失传，所以派遣使者专程敦请。”后来因为喀尔喀有异议，这件事没能办成。顾实汗又写信给达赖、班禅、藏巴汗，相约一同派遣使者入朝进贡。达赖、班禅、藏巴汗、顾实汗派遣伊喇固散胡图克图等人进献土产，呈上丹书，率先尊称太宗为曼殊师利大皇帝。曼殊，汉语是“妙吉祥”。使者抵达盛京，太宗亲自带领王公大臣到怀远门迎接。太宗见到使者起身，在门槛处迎接，站立接收书信，握手相见，登上御榻，在榻右侧设座，请使者落座，赐茶，在崇政殿大摆宴席。每隔五日设宴一次，命亲王、贝勒依次设宴招待。使者在盛京停留八个月才返回。崇德八年，给达赖回信：“大清国宽温仁圣皇帝致书金刚大士达赖喇嘛。如今听闻喇嘛有拯救众生的志向，想要振兴佛法，遣使通信，朕心中十分喜悦，在此恭祝平安。所有想说的话，由察罕格龙口述转达。”又给班禅以及红帽喇嘛济东胡图古图等人写信，内容大体相同。这就是西藏和大清通好的开端。此后阐化王，以及河州弘化、显庆两寺僧人，天全六番，乌斯藏董卜、黎州、长河西、鱼通、宁远、泥溪、蛮彝、沈村、宁戎等土司，庄浪番僧，先后入朝进贡，献上明朝颁发的官印，请求归附。
第二年，世祖定都燕京，统一天下。顾实汗再次上奏：“达赖功德无量，应当请到京城，令他诵经祈福，护佑国运。”于是派遣使者前往迎接。顺治四年，达赖、班禅各自派遣使者进献金佛、念珠，上表称颂皇帝功德。顺治五年，派遣喇嘛席喇布格隆等人带信慰问达赖，并恳切邀请他入京。达赖回信，许诺在辰年前来朝见。顺治九年十月，达赖抵达代噶，朝廷命和硕承泽亲王硕塞等人前往迎接。十二月，达赖抵达京城，在南苑觐见皇帝，在太和殿以贵宾之礼接待，修建西黄寺供他居住。不久达赖因为水土不服，请求返回，皇帝赏赐金银、绸缎、珠玉、鞍马挽留。顺治十年二月，达赖辞行，皇帝再次在大殿赐宴，命亲王硕塞会同贝子顾尔玛洪、吴达海，率领八旗兵护送他到代噶；命礼部尚书觉罗朗球、理藩院侍郎达席礼携带金册、金印，在代噶册封达赖为西天大善自在佛领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛。达赖返回西藏，弘扬黄教，重建布达拉宫以及前藏六十二处寺院，又修建喀木、康等地庙宇，共计三千零七十座。
这时顾实汗已经去世，达赖年事已高，大权落到第巴桑结手中。桑结弄虚作假，派遣内地人冒充阐化王贡使；实际上阐化王的势力早已衰败，本人已经出家做喇嘛，可是桑结仍旧屡次以阐化王名义进贡，还请求更换敕书印信。朝廷查明实情，下旨斥责。吴三桂割据云南，每年派人到西藏熬茶。康熙十三年，吴三桂起兵反叛，朝廷下诏征调青海蒙古兵由松潘进入四川。桑结唆使达赖上书阻拦出兵，还替吴三桂请求投降。等到大军在云南围困吴世璠，吴世璠割让中甸、维西二地向西藏求援，书信被贝子章泰军中截获。朝廷只派兵驻守中甸，没有深入追究这件事。康熙二十一年，五世达赖在布达拉寺圆寂，终年六十二岁。
五世达赖圆寂之后，第巴桑结因为商议新达赖转世一事，和拉藏汗结下仇怨。桑结擅自拥立罗布藏仁青策养嘉错作为六世达赖，却秘不发丧，谎称达赖入定闭关，高居楼阁不见外人，所有事务都假称遵从达赖的命令办理，从此越发专横。他既偏袒准噶尔、残害喀尔喀蒙古，又挑唆准噶尔和大清为敌，对外勾结策妄阿喇布坦，在内和拉藏汗争斗，最终招来准噶尔军队入侵西藏的灾祸。西北边疆数十年战乱纷扰，根源都出自桑结一人。
噶尔丹，也是四额鲁特之一，曾经入藏做喇嘛，和桑结交好。返回准部后篡夺汗位，自称得到达赖册封，为准噶尔博硕克图汗。喀尔喀蒙古因为前往西藏的道路被额鲁特阻隔，于是尊奉宗喀巴第三弟子哲卜尊丹巴胡图克图的转世为大胡图克图，地位仅次于班禅，已经有几十年。后来喀尔喀车臣汗和土谢图汗交战，圣祖派遣使者请达赖出面调解。桑结派遣噶尔丹西勒图前去。蒙古语里，坐床讲经的喇嘛叫“西勒图”，是达赖的大弟子。哲卜尊丹巴胡图克图也奉圣旨到会盟坛，和噶尔丹西勒图分庭抗礼。噶尔丹派族弟在一旁窥伺，借机指责喀尔喀没有对达赖使者施以大礼，出言斥责，被土谢图汗杀死。噶尔丹于是以报仇为名，出兵侵袭喀尔喀部落。喀尔喀各部集会商议，权衡投靠俄罗斯还是归附大清更有利，哲卜尊丹巴说：“俄罗斯信奉的宗教和我们不同，一定会把我们视作异类，应当投奔尊崇黄教的大清。”于是决定向东归附。圣祖再次下令桑结派遣使者劝双方罢兵。桑结派遣济隆胡图克图前往，却暗中怂恿噶尔丹开战。康熙二十九年，噶尔丹入侵漠南，清军在乌兰布通大败他。噶尔丹托济隆代为求和，顶着威灵佛立誓之后逃走。桑结内心愧疚，假借达赖名义，联合青海蒙古以及额鲁特各台吉，上书请求给圣祖上尊号，圣祖没有接受，下诏说：“朕和达赖，本意都是抚育众生，可是所派遣的堪布等人故意违背本意，致使喀尔喀、额鲁特两方都遭受重创。如果能够令两部修好，朕才打算加封达赖尊号。都是办事的人不能领会朕与达赖本心，才造成喀尔喀残破、额鲁特败亡，朕心中实在痛惜，又哪里有什么尊号可以接受？贡物一并退回！”朝廷多次派遣京城喇嘛入藏探查实情。康熙三十四年，达赖遣使进贡，称自己年事已高，国事由第巴决断，请求赐封爵位。朝廷下诏册封第巴桑结为土伯特国王。
康熙三十五年，圣祖亲征噶尔丹，抵达克鲁伦河。噶尔丹战败逃窜，安慰部下说：“这次出兵不是我的本意，是达赖派人说南下征战大吉，我才深入内地。”皇帝判断达赖必然不会说出这种话，于是写信给第巴桑结：“朕询问归降的番人，都说达赖早已圆寂，你至今隐匿不报。达赖在世之时，塞外六十多年没有大乱。而你屡次唆使噶尔丹挑起战事，佛法道义何在？达赖、班禅分别主持教化，向来轮流执掌。达赖如果离世，应当告知护法，由班禅主持宗喀巴的教法。你却令众人不尊班禅而尊崇你自己，又阻拦班禅入京。朕想要调解准噶尔内部矛盾，你却派品行有亏的济隆前往。乌兰布通一战，济隆为贼军占卜时日、诵经祈福，在山上张伞观战，敌军得胜就献上哈达，战败又代为讲和，耽误我军追击。你袒护噶尔丹的种种行径，如今平定准夷告捷，现将噶尔丹佩刀一把，以及他妻子阿奴的佛像一尊、佩符一件，派人送给你，可以拿去给达赖灵前查验，命班禅进京，把济隆交给我朝。如若不从，朕将传令云南、四川、陕西大军兵临你的城下。你集合四额鲁特部众等着，不要后悔！”
桑结十分惶恐，第二年秘密上奏：“众生不幸，第五世达赖已于壬戌年圆寂，转世灵童已经寻得，如今十五岁。先前担心唐古特百姓生变，所以没有发丧。定于丑年十月二十五日出定坐床，恳求大皇帝不要外泄此事。至于班禅，因为没有出过天花，不敢前来京城。济隆，我会尽力押送京师。恳求保全他性命与僧身，并请求准许给达赖遗身塑盐拌塑像。”圣祖答应为他保密，等到十月再向内外宣告。但是第巴的使者返程途中，遇上策妄阿喇布坦围剿噶尔丹的军队，使者又对外宣称：“达赖已经离世，你们部落军队不要妄动。”策妄阿喇布坦听闻之后痛哭而归。圣祖看出第巴反复无常、两面投机，于是追回使者，召集蒙古各部，当众拆阅密封奏书，塑像头部当即脱落，第巴使者惊得扑倒在地。
桑结忌惮策妄阿喇布坦收复准噶尔旧地，让噶尔丹无处容身，上奏提防策妄阿喇布坦扩张；策妄阿喇布坦也上奏揭发桑结奸诈，以及桑结所立达赖是假的，想要以此为借口入侵西藏。圣祖认为二人都心怀叵测，没有准许。康熙四十四年，桑结认为拉藏汗终究是祸患，谋划下毒谋害，没有成功，打算派兵驱逐。拉藏汗集合部众诛杀桑结，朝廷下诏封拉藏汗为翊法恭顺拉藏汗；拉藏汗顺势上奏，请求废黜桑结拥立的达赖，朝廷下令把假达赖押送京师。走到青海途中，此人死去，按照当地习俗，行为悖乱者遗体丢弃荒野。死时二十五岁。评论者说，达摩在中原传法，有一花五叶的谶语，传到六祖便发生衣钵之争，不再传衣钵；宗喀巴到第六世达赖这件事，与此如出一辙。天命已定，佛法也不能违背，更何况是桑结出于篡权专权，弄虚作假所造成，最终酿成拉藏汗、准噶尔接连祸乱西藏的灾难。
第七世罗布藏噶尔桑嘉穆错，于康熙四十七年在里塘转世。生来相貌不凡，右臂纹路如同法轮。七岁和众喇嘛辩经，没有人能难住他，天生有慧根。当初拉藏汗上奏废掉罗布藏仁青策养嘉穆错之后，另外拥立博克达山的呼毕勒罕阿旺伊什嘉穆错为达赖，听说里塘灵童的存在心生忌惮，打算派兵加害，灵童父亲索诺木达尔扎抱着襁褓中的孩子逃走，才得以幸免。青海各台吉因为无法辨别真假达赖而起争执，朝廷派遣官员带领青海使者前往查验。拉藏汗上奏：“之前押送伪达赖时，曾经奉旨寻访真达赖，访得博克达山呼毕勒罕，由班禅作证坐床。”朝廷商议，认为这位呼毕勒罕年纪尚幼，等几年之后再颁赐册封；又因为拉藏汗和青海台吉不和，派遣侍郎赫寿协同管理西藏事务。这就是朝廷设置官员办理藏务的开端，但并非常设。康熙四十九年，班禅、拉藏汗会同管理藏务的赫寿上奏：“阿旺伊什嘉穆错熟习佛经，青海台吉信服他，请颁赐册印。”朝廷依照请求批准。但是青海各部其实并不信服，和藏地的奏报互相争辩是非。康熙五十三年，青海各台吉派兵取道德格，迎接罗布藏噶尔桑嘉穆错到青海坐床，请求朝廷赐给册印。圣祖担心引发战乱，下旨将灵童迁到京城，此事没能成行；又下令送到红山寺，之后又改令送往西宁宗喀巴寺。青海贝勒察罕丹津等人又从中阻拦，并且用武力胁迫持不同意见者。朝廷派遣大兵护送，灵童才得以安居宗喀巴寺。圣祖考虑拉藏汗年近六十，一个儿子驻守青海，一个儿子和策妄阿喇布坦联姻，恐怕他借探望女婿之名被扣留在准噶尔，势力孤单危险。况且自从诛杀桑结之后，当地人心难保不生猜忌。额鲁特生性多疑，行事粗疏，如果突发变故，相隔万里，来不及救援。下旨令拉藏汗深谋远虑，严加防备。
康熙五十六年，策妄阿喇布坦派遣台吉策凌敦多布等人，率领六千士兵，徒步穿越戈壁，翻越和阗以南大雪山，冒着瘴气险阻，昼伏夜行，奔赴阿里克，对外宣称护送拉藏汗长子噶尔丹忠夫妇返回西藏。拉藏汗毫无防备，贼军抵达达木才察觉，带领次子索尔扎抵抗，交战两个月，抵挡不住，退守布达拉宫，才上奏请求援兵。贼军诱降噶卜伦沙克都尔扎卜，献出小招投降；唐古特台吉纳木扎勒等人打开布达拉北城，叛军入城，杀死拉藏汗，囚禁他幼子色布腾以及各宰桑，搜刮各寺院贵重器物送往伊犁，把阿旺伊什嘉穆错囚禁在扎克布里庙。索尔扎带领三十人突围逃走，被擒获，他妻子从小路逃奔内地，朝廷下令优待赡养她。
西安将军额伦特，率领西宁、松潘、打箭炉、噶勒丹兵马，会同青海各台吉及土司属下兵马入藏救援，走到喀喇河，遭遇埋伏，全军覆没。贼军又诱降里塘营官喇嘛归附叛军，于是巴塘、察木多、乍雅、巴尔喀木全都受到蛊惑。不久朝廷命都统法喇调打箭炉兵马驻扎里塘保护呼毕勒罕，又令索诺木达尔扎传谕营官喇嘛，诛杀不肯归顺之人，向巴塘、察木多、乍雅各处发布檄文，登记土地人口，随后进兵驻守巴塘。策凌敦多布害怕，撤走所劫掠的人马。但是从巴尔喀木撤回的士兵，说唐古特有瘴气，人容易浮肿，难以长期驻守；青海蒙古都害怕入藏作战，劝说达赖上奏，请求就地禅修，大举进兵恐怕惊扰百姓。王公大臣吸取之前兵败的教训，也都说藏地艰险遥远，迟迟不能定下进兵的决议。圣祖认为西藏是青海、四川、云南的屏障，如果被准噶尔占据，边境永无宁日。况且贼兵能够踏雪攀险抵达西藏，我军为何不能。策凌敦多布听闻我大军到来，必定远远逃窜。等到安定教法之后，可以暂时留守驻守，或者长期镇守此地。唐古特民众都会支持我军，准噶尔再来进犯，我军以逸待劳，剿灭不难。安定西藏的大军，一定要进军。下诏册封罗布藏噶尔桑嘉穆错为弘法觉众第六辈达赖喇嘛。任命皇十四子允禵为抚远大将军，驻扎青海木鲁乌苏筹办军粮；平逆将军延信由青海出兵，定西将军噶尔弼从四川出兵，两路直捣西藏。藏人也知道青海的达赖是真，藏地拥立的是伪达赖，联名向朝廷请求，迎立真达赖登上法座，朝廷准许颁赐金册金印。于是蒙古汗、王、贝勒、台吉各自带领本部兵马，数百或数千不等，跟随大军护送达赖入藏。
策凌敦多布亲自在中路抵御青海清军，分出宰桑带领三千六百士兵抵御南路。将军噶尔弼招抚里塘、巴塘番众，进军察木多，夺取洛隆宗嘉玉桥险要关口。不久接到大将军檄文，等候约定日期一同进军。噶尔弼担心拖延日久粮草耗尽，采纳副将岳锺琪“以番攻番”的计策，招土司为先锋，征集皮船渡河，直捣拉萨，收降七千番兵。向大小第巴、喇嘛宣示朝廷旨意，封存达赖仓库，分兵扼守险要，切断贼军粮道。青海一路军队也三次击败半路劫营的贼兵，斩杀俘获上千人。额鲁特叛军进退受敌，于是大败溃散，不敢返回西藏，从克庇雅向北逃窜，一路崎岖冻饿，能够逃回伊犁的不到一半。
康熙五十九年九月十五日，达赖抵达布达拉坐床，把阿旺伊什嘉穆错从囚禁之地释放，押送京师废黜；将助逆的额鲁特喇嘛全部诛杀。留下蒙古、四川、云南士兵四千人，命公策旺诺尔布总领戍藏军务，额驸阿宝、都统武格协助处理军务。藏地旧臣，原第巴阿尔布巴率先归附，随同大军攻取西藏；阿里的第巴康济鼐截击准噶尔退路，二人都封为贝子；隆布奈归附，授辅国公，管理前藏事务；颇罗鼐授扎萨克一等台吉，管理后藏事务，全部任命为噶卜伦。于是里塘所属上下牙色，巴塘所属桑阿、坝林、卡石等番部，相继归顺；郭罗克的吉宜卡、纳务、押六等寨先后被招抚平定。
雍正元年，召回允禵等人，撤回驻藏防守军队，只在察木多设置戍守。雍正二年，青海喇嘛协助罗卜藏丹津叛乱。青海各寺院喇嘛动辄数千人，纷纷起兵作乱。章嘉胡图克图的转世灵童在郭隆寺抵抗朝廷军队；察汗诺们汗也依附叛贼助战。石门寺喇嘛表面归顺，暗中劫掠；夹木灿堪布打算逃往西藏，年羹尧等人出兵平定。世宗说：“玷污佛门，没有比这更严重的。”于是收缴各寺明朝国师、禅师印信，并且规定寺院房舍不得超过二百间，僧人不得超过三百人。
雍正五年七月，阿尔布巴、隆布奈、扎尔鼐依仗他们和达赖有姻亲关系，争夺贝子康济鼐的权力，聚集军队杀害康济鼐，打算投奔准噶尔。朝廷下旨，命吏部尚书查朗阿率领四川、陕西、云南士兵一万五千人进兵讨伐。大军尚未抵达西藏，台吉颇罗鼐已经率领后藏与阿里的军队九千人，从潘玉口进军到喀巴，先派遣一千多名士兵攻破喀木的关卡，和隆布奈的军队交战。当夜，西藏的侦察哨卡全部归顺颇罗鼐，颇罗鼐当即领兵直抵拉萨。驻藏大臣马喇、僧格前往布达拉宫保护达赖，各寺院的喇嘛把阿尔布巴等人擒获，送交马喇处。查朗阿抵达拉萨后，诛杀首恶叛党及其家属。朝廷下诏，封颇罗鼐为贝子，总管西藏事务，赏赐犒劳军队白银三万两。留正、副驻藏大臣二人，带领川、陕士兵两千人，分别驻守前藏、后藏镇守安抚地方，这就是驻藏大臣每三年轮换一次制度的开端。将巴塘、里塘划归四川，设置宣抚司管理；中甸、维西划归云南，设立两个厅治理。
同年，策妄阿喇布坦去世，他的儿子噶尔丹策零继位。噶尔丹策零请求到西藏熬茶礼佛，又扬言要送回所俘虏的拉藏汗的两个儿子。朝廷下旨严整军队戒备，将达赖迁移到里塘的惠远庙。乾隆八年，又把达赖迁到泰宁，派一千士兵护卫。每年初夏，西藏官兵前往北部腾格里海的险要隘口布防，防备准噶尔部；等到冬天大雪封山，就撤回守军。通往准噶尔的道路一共有三条：最西边一路，从叶尔羌到阿里，中间隔着大山，路途遥远，容易设防；东路的喀喇河一带，又有青海蒙古各部阻隔；中路腾格里海紧贴卫藏腹地，所以防守最为紧要。朝廷同时任命颇罗鼐之子珠尔默特策布登统领阿里各路兵马，保卫唐古特地方，授为扎萨克一等台吉。朝廷追念康济鼐先前的功勋，康济鼐没有子嗣；他的兄长噶锡鼐色布登喇布曾在阿里阵亡，于是封噶锡鼐色布登喇布之子噶锡巴纳木札勒色布腾为辅国公，不久授为噶卜伦。达赖的父亲索诺木达尔扎也被封为辅国公。晋升颇罗鼐为贝勒。乾隆十年，拉达克汗德忠纳木札纳上奏：“臣治理本国，尊崇佛教，侦查到准噶尔的动静就随时上报朝廷。”朝廷下优诏答复。准噶尔请求议和，皇帝下诏命果亲王会同章嘉胡图克图护送达赖从泰宁返回西藏，裁减去戍守西藏军队的四分之三。章嘉胡图克图替达赖请求，将巴塘、里塘归还前藏，理由是这里是达赖降生之地，各土司在此修建寺院供僧人修行，寺院规制宏伟华丽。朝廷下诏，把这两处地方每年五千两的商税赏赐给达赖，土地依旧隶属于内地版图。
乾隆四年，因为颇罗鼐功绩卓著，朝廷预先准许他的儿子承袭郡王爵位。颇罗鼐有两个儿子：长子珠尔默特策布登，脚有残疾；次子珠尔默特纳木扎勒。兄弟二人互相推让爵位，颇罗鼐偏爱小儿子，请求以次子作为继承人，朝廷准许。朝廷又嘉奖长子的谦让，下诏封他为镇国公，仍旧镇守阿里。颇罗鼐善于安抚众人，各位噶卜伦都敬重听命于他。有一个叫绥奔喇嘛扎克巴达颜的僧人，书写颇罗鼐的名字埋起来诅咒他。事情败露之后，颇罗鼐想要平息事端，从轻处置了这个喇嘛。乾隆十一年，皇帝下温谕嘉奖颇罗鼐，说：“镇压这类旁门左道不值得担忧，你要会同达赖一起安抚唐古特部众。”准噶尔使者再次入藏熬茶礼佛，驻藏副都统傅清等人派遣官员，率领喀拉乌苏的军队监视。乾隆十二年，颇罗鼐突发急病去世，由珠尔默特纳木扎勒承袭郡王爵位，兼任噶卜伦，任命班第达协助管理西藏事务。高宗担心他年纪轻，缺少阅历，不能服众；又怕因为绥奔喇嘛扎克巴达颜这件旧案，和达赖产生矛盾，有不怀好意之人从中挑拨，滋生事端，下谕令傅清留心体察情况，然而最后还是在乾隆十五年爆发了珠尔默特纳木扎勒叛乱。
当时准噶尔台吉策妄多尔济纳木扎纳再次派遣使者入藏熬茶，使者进入寺院，谎称躲避天花，让自己的士兵把守寺门，不让清朝官兵随行。朝廷认为准噶尔十分狡诈，下令严加防备，就算他们返回本部，也不可有丝毫松懈。而珠尔默特纳木扎勒认为驻藏大臣妨碍自己专权，趁机上奏说西藏地方安宁无事，请求裁撤驻防军队。朝中大臣商议认为，如果拒绝撤兵的请求，反而会让他心生猜疑，不如向他示以信任，于是下诏批准。同时谕令达赖，不要准许准噶尔人入藏，就算对方反复恳请，也不能应允。珠尔默特纳木扎勒又谎称准噶尔大军袭击唐古特，已经抵达硕翁图库尔，调动军队守备喀拉乌苏，迁徙达木的番民。没过几十天，又宣称准噶尔军队已经到阿哈雅克，亲自带兵前去防备。驻藏提督索拜派遣旺对赶赴喀拉乌苏布防。等旺对赶到，却不见敌军踪迹。朝廷下诏，撤回喀拉乌苏驻军，令达木番民返回原牧地，不要被谣言蛊惑、惊扰民众。起初，郡王颇罗鼐把女儿嫁给班第达，到这时班第达察觉珠尔默特纳木扎勒有谋反之心，不肯依附他。珠尔默特纳木扎勒怀恨在心，掳走了班第达的家眷。驻藏副都统纪山弹劾珠尔默特纳木扎勒狂妄暴戾，请求传檄他的兄长来协同管理藏务。高宗没有准许，谕令纪山好好劝导，不要露出防备的痕迹。不久，珠尔默特纳木扎勒上奏，谎称珠尔默特策布登从阿里发兵侵扰西藏，实际是设计陷害兄长。皇帝于是谕令傅清：“珠尔默特纳木扎勒年纪轻，性情急躁，喜欢生事。如果没有别的图谋，兄长想要带兵进入西藏，那只是兄弟之间互相攻伐。倘若他兄长根本没有出兵这件事，是他捏造谎言诬陷构陷，你就相机酌情处置。”
乾隆十五年，珠尔默特纳木扎勒派兵在阿里杀害兄长珠尔默特策布登，谎称兄长暴病身亡，请求收殓安葬，并且抚养兄长的儿子。当时兄长的儿子朋素克旺布和珠尔默特旺扎勒都居住在后藏。珠尔默特纳木扎勒派兵前去杀害朋素克旺布，对外谎称他逃亡。珠尔默特旺扎勒投靠班禅出家做喇嘛，才得以幸免。傅清、拉布敦上奏，报告珠尔默特纳木扎勒带兵离开阿里。此时珠尔默特纳木扎勒已经袭杀兄长，又写信赠送财物给准噶尔，请求准噶尔出兵作为外部接应；私自运送火炮到后藏，诬陷噶卜伦班第达及第巴布隆赞等人，将他们拘禁到达木，距离前藏三百多里，拥兵两千多人，不肯返回拉萨。奏报送到京师，皇帝下诏，等候副都统班第从青海赶赴西藏讨伐叛贼，又谕令四川总督策楞、提督岳锺琪火速领兵前往会合。可是叛贼势力嚣张，驿站道路被阻断，军情文书十多天无法传递。傅清会同拉布敦商议：如果不尽快诛杀叛首，他一定会占据唐古特发动大变乱。于是召珠尔默特纳木扎勒前来，在楼上等候他。珠尔默特纳木扎勒刚登上楼，二人起身斥责他的罪状：“你违抗天子的命令，忘记你父亲的忠义！无君无父，罪不可饶恕！”傅清上前抓住他的手臂，拉布敦拔出佩刀刺杀他，宣告被胁迫随从叛乱的人一概不治罪。有个叫罗卜藏扎什的人跑下楼呼喊叛党，一千多名叛贼蜂拥而至，包围楼房，堆积柴草放火焚烧。达赖派遣番僧前去救援，无法进入。傅清、拉布敦殉难。皇帝褒扬、痛惜傅清等人平定逆贼而遇害，追赠二人为一等伯，专门修建双忠祠祭祀。班第达前去护卫达赖，集结军队抵御叛党。朝廷当即任命辅国公班第达代理噶卜伦，分散噶卜伦的权力，而大事最终由达赖总揽。设置噶卜伦四人、戴琫五人、第巴三人、堪布三人，分工管理西藏各项事务，隶属于驻藏大臣和达赖管辖。增加驻防士兵一千五百人戍守西藏。将达木番民划归驻藏大臣管辖，仿照内地制度，设置佐领、骁骑校等官职。同时在准噶尔通往西藏的险要隘口设立哨所严密防守。乾隆二十二年，清军平定伊犁，准噶尔的边患才永久消除。同年，达赖在布达拉宫圆寂，时年五十岁。
第八世达赖罗布藏降白嘉穆错摆桑布，于乾隆二十三年在后藏拖结热拉冈降生。乾隆二十七年，迎请到布达拉宫坐床。乾隆三十年，由班禅班垫伊喜传授沙弥小戒。乾隆三十三年，亲自到前藏参加传法大会，登上色拉、布赉绷、噶勒丹三大寺院的讲经法座。乾隆四十二年，由班禅传授比丘大戒。乾隆四十六年，朝廷颁下敕书、金册、金印，赏赐达赖的兄长索诺木达什为辅国公。乾隆四十八年，颁赐玉册、玉印，凡是遇到国家庆典，准许加盖玉印；平常的奏疏公文，依旧使用原来的金印。
乾隆五十三年，廓尔喀入侵西藏边境。当初，第六辈班禅圆寂之后，灵骨送回西藏，朝廷赏赐的财物，京城王公以及内外蒙古、边疆各部番民供养布施的珍宝，价值数十万两白银；还有宝冠、璎珞、念珠、晶玉钵盂、镂金袈裟，珍宝不计其数。班禅的兄长仲巴呼图克图把这些珍宝全部据为己有，既不分给各寺院布施，番兵、喇嘛也一点都没有分到。他的弟弟沙玛尔巴心生贪念却一无所获，怀恨在心，唆使廓尔喀以增加商税、食盐掺土为借口，起兵侵扰边境。唐古特方面私下和廓尔喀议和；朝廷派遣的侍卫巴忠、成都将军鄂辉、总兵成德等人实际上暗中主持这个和议，令堪布许诺每年送给廓尔喀白银一万五千两，廓尔喀拿到财物之后退兵离去。巴忠等人却向朝廷谎报，说是贼寇归降，劝廓尔喀噶箕入京朝贡，接受国王封号。乾隆五十四年七月，廓尔喀派人到西藏上表进贡，同时送信给驻藏大臣，要求履行先前约定。鄂辉害怕私下许诺岁币的事情败露，压下这份文书不上奏朝廷。第二年，西藏没有如约交付岁币。
乾隆五十六年七月，廓尔喀再次大举入侵，占领聂拉木，诱捕噶卜伦丹津班珠尔带回廓尔喀。八月，又攻占济咙。保泰等人将班禅迁移到前藏。廓尔喀匪军进犯萨加沟，打到扎什伦布寺，仲巴呼图克图逃走。九月，都司徐南腾坚守官寨，廓尔喀大肆劫掠扎什伦布寺财物之后撤军。巴忠当时随从皇帝在热河，听闻事变，投水自尽。鄂辉、成德奉命赶赴西藏抵御贼寇，却逗留不前。
十月，保泰等人请求把达赖、班禅迁移到泰宁。皇帝严厉斥责这个提议，嘉奖达赖拒绝迁移的主张。任命嘉勇公福康安为将军、超勇公海兰察为参赞大臣，率领索伦、达呼尔士兵以及内地屯练土兵进藏讨伐。军饷的筹措：藏地以东，由四川总督孙士毅主管；藏地以西，由驻藏大臣和琳主管；济咙边界之外，由前任总督惠龄主管。乾隆五十七年正月，鄂辉等人方才收复聂拉木。二月，帕克哩营官率领番兵收复哲孟雄、宗木地方。同月，被贼寇俘获的第巴博尔东从阳布返回西藏。唐古特私下许诺岁币的事情败露，皇帝下诏，保泰、雅满泰隐匿实情不上奏，革去官职，戴枷示众。三月，授福康安为大将军，将仲巴呼图克图抓捕到京师。四月，增调四川士兵三千人赶赴西藏。闰四月，福康安从定日出兵，进军宗喀。五月，攻克擦木，收复济咙。当月十五日，攻克热索桥，军队进入廓尔喀境内。二十四日，攻克胁布鲁碉卡。六月，福康安、海兰察等人进攻东觉，连同雅尔赛拉、博尔东拉各处据点，全部攻克；成德等人也攻克扎木铁索桥。六月，廓尔喀首领拉特纳巴都尔多次派遣大头人请求投降，送回丹津班珠尔以及之前被俘的官兵。七月，福康安攻克噶勒拉、堆补木，夺取桥梁渡河，深入廓尔喀境内七百多里，即将逼近廓尔喀都城阳布。都统衔斐英阿等人阵亡。成德也进军攻克利底大山贼卡。廓尔喀首领又呈上从前唐古特、廓尔喀订立的合约，献出劫掠扎什伦布寺的财物以及沙玛尔巴的尸体。八月，廓尔喀派遣使者入朝进贡。福康安上奏廓尔喀屡次请求投诚，奉旨接受归降。当时廓尔喀境内地势越发险峻，八月之后就会大雪封山，于是准许廓尔喀投降。福康安率领大军凯旋，撤回西藏。议定善后章程：驻藏大臣与达赖、班禅地位平等；噶卜伦以下官员由驻藏大臣挑选任命；前后藏番民由朝廷设置的游击、都司管辖、训导；西藏自行设立钱局铸造银币，设置粮务一员监督铸币。至此，朝廷在西藏才拥有完整主权。
从前，达赖、班禅以及各大呼图克图的转世灵童，全部由垂仲降神来指明，常常徇私不公，被世人诟病。甚至哲卜尊丹巴胡图克图圆寂之时，恰好土谢图汗的福晋怀孕，众人就指认腹中孩子是转世呼毕勒罕；等到孩子满月，竟然生下一名女婴，这件事更是留下笑柄。达赖、班禅的亲族也大多钻营成为大呼图克图，垄断财物与利益，最终酿成仲巴兄弟争夺财富、唆使廓尔喀入侵的灾祸。达赖的兄弟孜仲、绥绷等人担任商卓特巴，肆意舞弊，侵占百姓田地，还尊崇不属于黄教的红帽喇嘛，让红帽喇嘛和第穆呼图克图、济咙呼图克图同席而坐；又向众喇嘛摊派敛取银两，暗中亏空商上库房财物，给入藏熬茶之人的路费减半发放，损害达赖的威望，特地前来朝拜的人日渐减少，大失人心。高宗借着平定廓尔喀战事之后，做出决断，创设金奔巴瓶制度：一只安放于西藏大招寺，遇到寻访到多名转世候选灵童、说法不一的时候，将灵童名字写在签牌上，封好放进瓶内，诵经三日，驻藏大臣会同达赖、班禅，在宗喀巴佛像前启封抽签。扎萨克蒙古所供奉的呼图克图，他们的转世灵童名单上报理藩院，由驻京的章嘉呼图克图或者喇嘛印务处掌印官员抽签选定，金奔巴瓶安放在雍和宫；同时定下东科尔的承袭入官的规制。
嘉庆九年十月，达赖患病，朝廷命成都副都统文弼带太医疾驰入藏诊治。文弼还没抵达西藏，达赖已于当月在布达拉宫圆寂，时年四十七岁。第九世达赖阿旺隆安嘉穆错摆桑布，嘉庆十年在康巴垫曲科转世。两岁时就聪慧过人，能追忆前世，奉旨直接定为呼毕勒罕，不需要入金瓶抽签。嘉庆十三年九月，迎入布达拉宫坐床，赏赐达赖的叔父洛桑捻扎朗结头品顶戴。嘉庆十八年，由班禅传授沙弥小戒。当时达赖年纪幼小，噶卜伦趁机舞弊，侵占达赖的庄园房屋，随意更换办事人员，豢养奸人牟利，公然劫掠。朝廷命令成都副都统文弼、西宁办事大臣玉宁火速赴藏查办，同时审办噶卜伦策拔克和成林互相控告一案。审讯查明，噶卜伦策拔克擅自修改四项章程，强行禁止仿照内地管理百姓的法令，招致众人怨恨；成林挪移国库银两。二人分别被革职，发配伊犁、乌鲁木齐效力赎罪。这是西藏内部的祸乱。至于外部事务的纷乱：廓尔喀噶箕乃尔兴杀害本国国王，随后被杀。叛党热纳毕各咙逃到唐古特，廓尔喀又和披楞开战，请求达赖、班禅资助银两。布鲁克巴部长曲扎曲勒请求朝廷赏赐王爵，文弼隐匿不报。帕克哩营官勒索入境货物，行凶挑起事端。哲孟雄部落请求赏赐唐古特的庄园田地，要求划定边界。缅甸男女私自和西藏胡图克图互通文书。西藏局势已经岌岌可危。嘉庆二十年二月，第九世达赖在布达拉宫圆寂，年仅十一岁。
第十世达赖阿旺罗布藏降摆丹增楚称嘉穆错摆桑布，道光二年三月最后一天，经奏报，在大招寺金奔巴瓶内抽签确定。八月，迎入布达拉宫坐床。朝廷派遣章嘉胡图克图从京城赶赴西藏照料。奏定噶勒丹锡埒图萨玛第巴克什为正师傅，噶勒丹旧池巴阿旺念扎、荣增班第达甲木巴勒伊喜丹贝嘉木磋为副师傅。不久，因为教导达赖学习经典三年有余，没有得到诺们汗封号的荣增班第达，也被赏赐诺们汗名号；赏赐达赖之父罗布藏捻扎头品顶戴。道光十四年，由班禅传授比丘大戒。道光十五年，博窝作乱的生番归降，设置曲木多寺四品番目营官一名，宿凹宗、聂伊沃、有茹寺三处各设六品番目一名，宿木宗、普龙寺、汤堆批批三处各设七品番目一名。
西藏西南边境外有哲孟雄，本是唐古特的藩属。从第五辈达赖起，因为哲孟雄尊崇黄教，归达赖管辖。乾隆五十六年驻藏大臣上奏：哲孟雄、作木朗两个部落，常和达赖、班禅通信，只是不听从西藏调遣，已经被廓尔喀侵占土地十年。福康安传檄令他们协同剿贼，夺回被侵占土地，哲孟雄借口天气炎热，畏缩不肯进兵。等到听闻廓尔喀归降，又想凭借天朝威势，要求归还第六辈达赖当年划定的旧边界。福康安等人驳斥了这个请求，划定边界，哲孟雄人不能随意进入西藏；但是每年夏秋时节，这个部落因为本土酷热，依旧准许他们到卓木曲批避暑。第七辈达赖在位的时候，曾经把唐古特境内卓木曲批以西夺扎的庄园田地赏赐给哲孟雄作为供养，哲孟雄多年自行征收钱粮、青稞。卓木的百姓经常和哲孟雄互通贸易。哲孟雄部长的妻子也是唐古特人，常常派人前往廓尔喀首领驻地。哲孟雄距离西藏仅有十一站路程，卓木曲批避暑地在帕克哩之外，和西藏只隔一座山，不到三站，立有界碑鄂博，多年相安无事。自从不准他们入藏之后，哲孟雄才上奏请求赐给土地，请求赏赐卓木雅纳绰的百姓；请求得不到满足，又要求授予帕克哩营官的职位。前藏商上向来和后藏商卓特巴矛盾重重。当时噶勒丹锡勒图萨玛第巴克什尤为贪婪奸邪，处事不公，凡是后藏代为陈情请求的事项，就斥责对方贪鄙无知。文幹等人命令噶卜伦严厉训诫，告知没有妄求管理西藏属地官员、百姓的道理，并且定下哲孟雄每八年来西藏朝见一次的规定。朝中大臣不了解实情，批准了这个方案。文幹等人只行文命令西藏文武官员严密稽查，却不敢翻译、遵照谕旨正式宣布，担心一旦公开，哲孟雄部长会有理申辩。哲孟雄部长依旧年年反复请求入藏熬茶、进藏避暑。道光四年，松廷等人才将之前的谕旨写成专札明确告知，随时严词驳回。道光五年，班禅奏报详情，说：“哲孟雄部长楚普郎陈诉说，自从不准他们进入边界，去年部落内病死民众超过一千多人。其他各部落都可以入藏朝见达赖，唯独原本属于西藏的部民不能前来，我没有脸面见部内百姓。”于是朝廷准许哲孟雄人暂时前来避暑，仍旧由帕克哩营官防范稽查。当年文幹偏听前藏单方面的说辞，不核查实情，草率上奏。文幹等人明知处置失当，违背安抚藩属之道，却依旧迁就前藏说法，准许哲孟雄入藏熬茶一次，把哲孟雄视同准噶尔一般防范。哲孟雄由此心生隔阂，后来甘愿沦为英国属地，于是才有捻都纳战败之事，西藏南面门户就此大开。第十世达赖道光十七年在布达拉宫圆寂，时年二十二岁。
第十一世达赖阿旺改桑丹贝卓密凯珠嘉穆错，道光十八年九月初一在噶达转世。道光二十一年五月，经奏报，在金奔巴瓶抽签确定，由班禅授戒披袈裟，赏赐他的父亲策旺顿柱公爵爵位。十月，拉达克部落勾结生番侵占西藏疆域一千七百多里，占领达坝、噶尔、杂仁三处营寨。驻藏大臣派遣戴琫等人领兵进剿，将长矛番兵改编为火枪兵，收复补仁营寨。噶尔布伦等人领兵四面夹击，击毙森巴、拉达克大小头目四十余人、贼匪二百多人，拉达克大头人八底部长请求归降，呈文归附唐古特商上，愿意归还侵占的凡、汤、达坝、噶尔四处营寨；准许堆噶尔本开采金矿的番民定额五百人，从前后藏精壮番民中挑选充当矿工，设置戴琫一名、如琫两名、甲琫两名驻守，教习作战技艺。道光二十二年四月，从前藏以东的日申寺迎灵童至布达拉宫坐床。道光二十四年，任命济咙呼图克图阿旺罗布藏丹贞嘉木错为正师傅，降孜曲结喇嘛罗布藏冷竹布为副师傅。
驻藏大臣琦善上奏弹劾噶勒丹锡埒图萨玛第巴克什诺们汗阿旺扎木巴勒楚勒齐木巴什作威作福，贪财营私。所有被控告的各项罪状，审讯完毕拟罪上奏。理藩院议覆：“已革诺们汗阿旺扎木巴勒楚勒齐木巴什，本是洮州番僧，只是登记在册的一名普通喇嘛。他的前辈接连蒙受三朝厚恩，在雍和宫讲经，不久派往西藏坐宗喀巴法座，担任达赖的师傅，敕封诺们汗萨玛第巴克什名号，又加封衍宗翊教靖远懋功禅师，再加达尔汗封号，朝廷多次颁御书匾额以示荣宠。本该清净修行，秉公自持，不料他不守本分，竟敢向藩属索取财物，侵占百姓房舍田地，私自拆毁达赖修建的房屋，擅自使用没有御赐资格的轿、伞。强占商上产业，藏匿逃人。加盖印信不在公共官署，进贡物品不是自掏腰包，随意支取库银，凭一己好恶断案，肆意欺凌众人。甚至不悉心照料达赖起居，达赖身边缺少侍奉之人，致使达赖颈部受伤流血；起初疏于防范，事发之后又置之不问。达赖受伤之时，身边只有森琫一人随侍，这名森琫正是该诺们汗的随从。近两世达赖，往往在接管印务之前就圆寂，不能安享天年，其中内情，有很多不能深究之处。就连任命一名扎萨克喇嘛，也要勒索成千上万银两，尤为骇人听闻。”皇帝下诏，将他所有官衔封号全部革除，追回敕书，剥去黄教僧衣，名下徒众全部遣散，寺院查封，将他发配黑龙江安置。全部财产查抄变卖，用来赔偿修缮西藏各处寺院。不久下旨释放，交给地方官严加管束。后来他捐献银两请求返回前藏；廓尔喀战事爆发，他又请求恢复封号回藏，都被严旨驳回。同治元年，他在土尔扈特旗病逝，准许就地安葬，不准转世。门徒二十三人，留在该旗游牧。光绪初年，土尔扈特王再次请求捐献巨款，替他请求转世，朝廷才勉强允许他已经转世的灵童出家为僧。
琦善不久上奏修改章程二十八条，又上奏废除稽查商上收支、训练番兵的旧例。旧制，商上所有布施金银收支，按季度上奏朝廷。琦善奏定新规之后，朝廷管理西藏的财权就此丧失。驻藏大臣与兵丁的薪饷，原本由福康安在廓尔喀战事经费内拨交商上放贷生息，供给公用。琦善修改章程，取消生息本钱，所有开支由商上直接供给。之后朝廷驻藏各项开销，藏人渐渐吝于供给，不知道当年原本有本钱放贷生息，不是单纯向商上索取。总而言之，乾隆年间订立的各项制度，至此毁坏殆尽。
同年十二月，皇帝颁敕谕给第十一世达赖喇嘛：“敕谕达赖喇嘛。朕安抚天下，惠及万民，期望海内风俗同一，恩德遍及八方。也仰赖佛法弘扬，广结善缘，教化众生，共证善果。凡是能够通达大乘佛法、继承弘扬正宗教法，开导各部愚昧民众的人，应当多加褒奖，厚加封赐。你天性聪慧，熟习经典，幼年就显现灵迹，成年后严守戒律。继位以来，归向佛法的人众多，朕十分赞许。因此依照前代达赖喇嘛旧例，封你为大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇呾喇嘛达赖喇嘛，更换金册。你要振兴黄教，主持乌斯藏事务，以慈悲之心护佑百姓，祈求吉祥、保卫疆土。所有图伯特地方事务，都依成例率领噶卜伦等人妥善商议办理，上报驻藏大臣转奏，使图伯特全境安宁，众生得福。勤加教化，不负朝廷安抚的心意。随同册书送来金银、彩缎、玻璃瓷器器物，你恭敬领受，光大我大清朝亿万年永固的国运。钦此。”
道光二十六年十二月，琦善上奏披楞，也就是英国人，请求划定边界、开通商路一事。皇帝下旨，令耆英坚守旧约，拒绝英方要求。道光二十七年七月，耆英再次上奏，英国、德国使者请求派人赴西藏划定旧边界。谕令驻藏大臣斌良秘密查访，如果没有隐患，可以照旧上奏批准；倘若对方心怀诡计，就据理驳斥。同时谕令海善派人勘察，这件事不久中止。
道光二十八年，赏赐公爵策旺顿柱宝石顶、双眼花翎。咸丰二年，达赖亲自前往布赉绷、色拉、噶勒丹以及南海、琼科各寺院熬茶讲经，朝廷谕令帮办大臣额勒亨额妥善照料。不久达赖患病，驻藏大臣穆腾额上奏，派遣驻藏守备童星魁护送。咸丰三年，达赖听闻内地太平军祸乱各省，虔诚诵经祈祷贼寇早日覆灭，奉旨嘉奖。咸丰四年十月，理藩院议覆淳龄奏折，达赖已经成年，应当亲理事务。得到谕旨：“达赖明年成年，所有事务交由他掌管。前代赏赐的玉册、玉印，凡是遇到喜庆大典准许使用；日常公务依旧使用金印，以示弘扬黄教之意。”咸丰五年正月，达赖遵照谕旨接管政教事务。十二月，在布达拉宫圆寂，时年十八岁。
第十二世达赖阿旺罗布罗丹贝甲木参称嘉穆错，咸丰六年在沃卡坝卓转世。咸丰八年正月，奏报在金奔巴瓶抽签确定。咸丰九年七月，迎入布达拉宫坐床。赏赐达赖之父彭错策旺公爵。早先咸丰三年四月，廓尔喀商人和察木多番商因为索债起冲突，聚众械斗，互有死伤。驻藏大臣穆腾额依照番地旧例，令双方缴纳罚金结案。后来廓尔喀多收税米、阻拦商民，借机和西藏边境失和，唐古特屡次作战失利，宗喀、济咙、聂拉木等地都被廓尔喀攻占。驻藏大臣赫特贺赶赴后藏督办防务剿贼，朝廷命成都将军乐斌统领汉、土官兵随后进藏。廓尔喀听闻大军将至，心生畏惧，派遣噶箕到西藏上表求和，朝廷准许停战。唐古特与廓尔喀订立十条和约，唐古特每年交给廓尔喀税银二千两，廓尔喀归还占领土地，交由唐古特商上管理。同治元年，掌办商上事务的埒徵呼图克图因为减少布施，色拉寺联合布赉绷、噶勒丹两寺对抗他，埒徵呼图克图被藏地僧俗共同声讨，携带印信逃奔京城。朝廷下诏革除他的名号，不准转世。任命诺们汗汪曲结布协助管理商上事务。汪曲结布原本是俗人，曾任噶卜伦，也就是俗称的“沙扎噶隆”。因为和埒徵呼图克图不和，辞官出家，到这时再度起用。他主持修建拉萨城垣，自西向东修筑，工程没有完工就去世，修城工程就此停止。从前驻藏官兵从游击以下，都聚居在扎什敦布营房。当时驻藏大臣满庆因为西藏多次动乱，命令官兵迁入拉萨城内，从此租房居住，扎什城营房就此废弃。同治三年，噶勒丹池巴罗布藏青饶汪曲为达赖传授沙弥小戒。
瞻对叛番长期围困里塘，阻断驿路。叛酋工布朗结又派遣期美工布大批叛贼到巴塘、里塘交界的三坝，劫掠粮员行李，抢夺由西藏送出的奏折公文。格吉地方也传来告急文书。工布朗结早在道光末年，前任四川总督琦善领兵征讨，没有彻底平定。琦善把瞻对被各土司侵占的土地判给工布朗结，授予官职，收兵罢战。自此工布朗结更加无所忌惮，不断蚕食周边土司领地，四川、西藏商路断绝，军饷转运艰难，汉民、番民都深受困苦。驻藏大臣满庆派遣番官征调兵员、借取军饷，邀约三十九族调集各处土兵，防备、进剿瞻对西北；四川总督骆秉章派官员督促打箭炉以及巴塘、里塘文武官员，会同明正土司以及大小金川土司的土兵进攻瞻对东南。西藏派出的军队刚到巴塘，就劫掠地方，朝廷下令撤回藏兵。同治四年，瞻对之乱平定。奉旨将上、中、下三瞻地方赏给达赖管理，修建寺院。赏赐达赖的兄长伊喜罗布汪曲承袭公爵。同治七年，达赖亲自到前藏参加传法大会。同治八年，捐资修建扎林噶舒金塔。同治十年，亲赴布赉绷、色拉二寺熬茶讲经。同治十二年，到前藏参加传法大会。同年二月，遵照谕旨接管政教事务。同治十三年以及光绪元年，都到前藏参加传法大会。光绪元年三月，在布达拉宫圆寂，时年二十岁。
第十三世达赖阿旺罗布藏塔布克嘉穆错，光绪二年五月在达布甲擦营官下属朗赖家中转世。寻访到转世灵童之后，班禅会同有职位的僧俗众人出具联名文书，请驻藏大臣松溎代为上奏。奉旨不必入金瓶抽签，直接定为达赖的呼毕勒罕。光绪四年正月，在贡汤德娃夫由班禅授戒披袈裟，取法名。六月，迎入布达拉宫坐床，撤销呼毕勒罕名号。赏赐达赖之父工噶仁青公爵，赏宝石顶、孔雀翎。光绪八年正月，由正师傅济咙呼图克图讲经授戒。
光绪十年，因为举办传法大会，各地喇嘛聚集，和巴勒布商人购物发生冲突，劫掠毁坏八十三家巴勒布商人店铺。廓尔喀索要损失白银三十多万两，调集军队要挟。驻藏大臣色楞额上奏派遣汉、番官员前去开导，宣示朝廷恩威，廓尔喀才把赔款减到十八万多两。除去唐古特商上筹措银两、变卖扣押货物折价之外，还差白银六万七千多两，奉旨由四川拨付。光绪十一年，达赖亲赴前藏参加传法大会。光绪十四年，工噶仁青去世，赏赐达赖兄长顿柱夺吉公爵。同年，达赖前往布赉绷、色拉寺熬茶讲经。光绪十五年，亲赴前藏参加传法大会。
就在达赖降生那一年，哲孟雄、布鲁克巴的部长，因为英国吞并印度，和哲孟雄、布鲁克巴土地接壤，英国渐渐生出窥伺西藏的心思，上奏请求朝廷预先筹备。但是朝廷对此并不重视，认为披楞头目向布鲁克巴部长租地修路，想要来西藏通商。布鲁克巴与哲孟雄相连，哲孟雄既然已经同意租地修路，难保不会暗中勾结，引英国人入藏。下旨令松溎相机开导，令各方守住疆界，劝谕阻止英国人。哲孟雄人知道朝廷不熟悉边境实情，反倒疑心藏人勾结生事，于是渐渐亲近英国人，把捻都纳划为英国租界，英国直接将哲孟雄视作保护地。藏人渐渐察觉英国的威胁，控诉哲孟雄私自和英国订立条约，多次商议出兵讨伐哲孟雄，哲孟雄于是更加依附英国。
光绪十三年，藏人在隆吐设立关卡，于是和印度军队交战，藏兵败北。朝廷多次谕令驻藏大臣文硕，命藏人撤除关卡。文硕上奏，隆吐本属于藏地，关卡不该撤除。朝廷下严旨斥责文硕，改用升泰接替他。总理衙门和英国使臣商议边界通商，告诫印度军队不要进入西藏。藏番依据新地图，坚持隆吐、日纳宗属于西藏领土，坚决不肯退让。文硕以此上奏朝廷。朝廷却说：“历来西藏地图，西藏与哲孟雄、布鲁克巴边界东西一线对齐，藏地版图内本没有隆吐、日纳宗地名。文硕送来的新地图，隆吐、日纳宗是藏地向南突出的一块，插入哲孟雄、布鲁克巴两界之中；布鲁克巴、西藏的分界线，在捻都纳修路东西一线以北。新图用黄色标注藏界，日纳宗官寨，标注几十年前喇嘛把此地送给哲孟雄，现在依旧画在黄线之内，又紧邻隆吐山，难保不是藏人多画出这一片土地，谎称是现有边界。令升泰详细核查，隆吐到底属于哲孟雄还是西藏，据实回奏，不许有丝毫隐瞒捏造。”当时军机处收到都察院弹劾文硕的奏疏，将文硕革职。升泰刚到任的时候，还知道藏人有理，上奏说：“隆吐山南北原本都是哲孟雄的土地。英国人虽然视作保护国境内，其实哲孟雄、布鲁克巴都是西藏的藩属。每到年终，两位部长必定向驻藏大臣递送贺禀，驻藏大臣厚加赏赐安抚。唐古特这边，自达赖喇嘛以下，都有固定礼物；商上也回赠绸缎、白银、茶叶。给两部的回信底稿，都要送交驻藏大臣核查，批准之后誊写发出，才可以回复。哲孟雄、布鲁克巴两部有争讼，也要禀报西藏，由西藏选派汉、番官员处理。这就是哲孟雄、布鲁克巴作为西藏藩属的实情。”这份奏报递上去，被搁置不予采纳。
藏人得知文硕被治罪，认为朝廷处事不公，打算自行复仇。朝廷谕令升泰严加制止，藏人都满怀愤懑。藏人聚众立誓：“所有西藏男女，誓不和英国人共存天地。违背誓言的人，众人一起诛杀！”于是在帕克哩大规模集结军队，准备痛击印度军队。升泰查到乾隆五十三年旧案：当年哲孟雄被廓尔喀逼迫，达赖把日纳宗送给哲孟雄；如今哲孟雄私通英国，土地理应收回。升泰反复劝谕，藏人不肯听从。印度军队攻打热勒巴拉山，藏兵伤亡数百。印度军队追入徵毕岔，印度政府下令不要深入追击。朝廷谕令驻藏大臣赶赴边界，和印度官员会面。英国外务部告知驻英公使刘瑞芬，商议和平了结。藏人宣称，如果英国占据哲孟雄，就誓不两立。光绪十四年八月，印度大军占领哲孟雄全境，在捻都纳进攻藏兵，藏兵败退，咱利、亚东、朗热各隘口全部失守，一万多藏兵全线溃败。印度军队追到仁进冈，遇到驻藏大臣派出劝止战事的武官萧占先。萧占先举起汉字旗帜拦住印度士兵，印军停火，约定会面。萧占先要求对方不要继续追击，印军军官想要攻打仁进冈民居。萧占先告知此地是中国领土，藏番违抗圣旨擅自开战，中国会严加处置，请不要再进兵。印军军官应允，约定尽快办结，才退兵。藏兵大败失地之后，依旧一心复仇。升泰多次严令制止，藏人不听。藏人把清朝官员看作英国同党，多次想要暴动，终究畏惧朝廷压力，没有起事。印度官员以天气寒冷不能拖延为理由，催促升泰到边界议定条约。藏人认为噶卜伦中有一二人主张议和，败坏黄教，众人商议要把主和噶卜伦投入藏江；强烈要求驻藏大臣代为索回哲孟雄、布鲁克巴全部土地，否则全军开战。藏兵再次集结大军，布防四路。升泰抵达西藏极力劝阻，千方百计劝导藏僧约束番民，不可轻举妄动，之后赶赴边界谈判。
当时天寒地冻，人马大量冻毙。升泰抵达帕克哩，关隘之外，藏兵尚有万人驻扎仁进冈。升泰命令藏兵撤退，藏官回复大臣还没有和印度官员会面，不敢擅自撤兵，于是向后撤退几十里驻扎。哲孟雄部长派弟弟前来拜见，说前来拜见被印度士兵阻拦。升泰和英国官员保尔在纳荡会面。英官说：“哲孟雄和印度订立条约已经二十七年，应当归印度保护。西藏和印度开战，西藏屡次战败，我军长驱直入，占领全藏并不困难，只是顾及邦交，才按兵等候。”并且索要西藏赔偿军费。升泰说：“哲孟雄是西藏藩属。从前印度、哲孟雄立约，没有送交印度总督照会。藏番也没有进入印度境内滋扰，索要赔款没有依据。”英国人又在布鲁克巴和后藏干灞修路，藏人大为震动。英方提出的条件十分苛刻，升泰据理辩驳，藏人才渐渐愿意接受谈判。
升泰多次要求英军撤兵，英国人不肯。藏人集结的三大寺僧兵，以及驻守仁进冈的上万藏兵全部撤退。噶卜伦、僧官首领十多人，其他番官数十人，跟随升泰来到边境，驻扎仁进冈，不敢和英国官员会面。升泰因为哲孟雄一事不能立刻了结，大雪封山，粮草运输断绝，也退回仁进冈驻扎。总理衙门聘请英国人赫政赴西藏担任翻译。哲孟雄部长的母亲带领亲族联名上禀：英国官员当年订立条约，约定边界不能越过日喜曲河。哲孟雄租地给英国，每年应收租金一万二千圆，英国依仗国力，长久拖欠不付。印藏开战，祸及哲孟雄。她们母子亲族实在不愿归属英国，请求不要将哲孟雄划出大清版图。英国已经占领哲孟雄全境，拘禁哲孟雄部长安置在噶伦绷，重兵驻守哲孟雄，招募印度、廓尔喀流民开垦土地。朝廷商议认为哲孟雄之事已经无法挽回，担心阻碍藏地和谈，谕令升泰不能答应哲孟雄方面的请求。布鲁克巴国土面积几倍于哲孟雄，西方人称为布丹国，光绪年间依旧向朝廷入贡。升泰抵达边境，布鲁克巴部长派遣一千七百士兵护卫。升泰担心给英国人留下借口，辞掉护卫。布鲁克巴部长请求朝廷授予印绶、封号，升泰答应代为向朝廷奏请。西藏、哲孟雄旧边界本在雅纳、支木两山。后来商人通行的咱利山，是新开辟的捷径，西方人称为热勒巴勒岭。升泰商议以咱利山划分西藏、哲孟雄边界，符合旧案；印度、哲孟雄的边界在日喜曲河，打算在条约内注明。印度、哲孟雄的条约订立于咸丰十一年，没有档案可查，不再讨论。哲孟雄部长土朵朗思，印度称作西金王，被囚禁在噶伦绷；他的母亲和儿子住在春丕，也就是英国人所称的徵毕。印度军营假借部长书信，要接他两个儿子前往噶伦绷，部长母亲坚决不从，带着两个孙子到升泰营中哭诉，请求朝廷做主，升泰无力救助。英国人又打算更换哲孟雄部长，升泰委婉劝阻。大雪阻隔，赫政很久不能抵达边境。
光绪十五年二月，藏兵全部撤回。升泰请总理衙门通知英国，致电印度总督迅速撤军。三月，赫政抵达边境，藏兵全部撤离。藏人提出：西藏、哲孟雄本有旧边界；日纳宗虽然赏赐给哲孟雄，隆吐山的格压倾仓一带本是藏人牧场，确属藏哲旧界。咱利山原本没有界碑鄂博，只是去年在此阻拦印度人。通商是藏人极不愿意的事，但不敢违抗朝廷命令；只是咱利山以内，外国人万万不可进入。赫政到营谈判，英国人坚持咱利山边界不能改动；哲孟雄和商上、驻藏大臣旧日往来礼节可以照旧，但是西金境内，藏番不能保有这些权力，只有答应这一点，才可以开启谈判。升泰应允。印度军队撤退之后，英国人长久不肯签订条约。升泰上奏：“听闻藏人议论，与其和仇敌英国议和，不如和没有仇怨的俄国交好。俄国人上次来西藏，我们以礼劝阻，俄国人就退走。如今英国图谋藏地，打了胜仗就肆意欺凌，藏人实在不甘。去年俄国人曾请求从和阗进入西藏。如果英国继续拖延，藏人会生出别的想法。今年蒙古人经草地入藏礼佛络绎不绝，随行人员很多像是俄国人。倘若藏番私下和俄国往来，就难以稽查。边境事件长久不能了结，俄国或许暗中勾结藏番，英俄互相猜忌，后患无穷。请告知英国公使，致电印度总督，尽快议定西藏条约。”十月，升泰上奏：“英国人打算撤军之后，一切照旧，不必办理通商，不再另立新约。通商原本是英国官员初次谈判就提出的要求，多次说西方人想来西藏贸易；我方答复番民生性多疑，此事万难办成，后来才答应开放江孜。反复争辩，又退让到帕隘。依旧遭到我方坚决拒绝，英国官员十分恼怒。谈判之初，英方坚持通商，否则不能议和。我反复劝导藏番，通商不可避免，藏番才出具遵从承诺。如今英国人忽然不提通商，自有原因。当初英国人深知藏番多年极力抵制通商，以为藏人绝不会答应，所以拿通商作为难题。现在得知藏番已经出具遵办文书，担心条约订立之后，其他国家援引先例，西藏就不能归入英国势力范围，所以突然中止通商议题。但是英国人不再提通商，藏人实在非常乐意，只要藏人不主动挑起争端，暂时可以维持安定。俄国也不能有所图谋，眼下可以避免事端。但是日后必须严加防备，不可松懈。现在西藏、印度都已退兵，旧怨消解，双方应当订立条约作为凭证。英国人担心一旦签约，就不能肆意图谋，所以故意拖延。从入夏至今，旷日持久，耗费时日，不能再继续拖延下去。请尽快和英国公使商议，急电印度总督，迅速完成谈判。”哲孟雄部长请求放弃国土，迁居春丕，升泰劝阻。
光绪十六年二月，任命升泰为全权大臣，和印度总督议定条约八款：从布鲁克巴、坦交界的支英挚山起，到廓尔喀边界为止，划定西藏、哲孟雄分界线；承认哲孟雄归英国保护；藏印通商、交涉、游牧三项条款另行商议；条约在印度孟加拉城签署；钤印之后，由大臣薛福成在伦敦交换条约文本。五月，颁给布鲁克巴部长印信。光绪十七年三月，升泰上奏迁移设立纳金关隘。八月，升泰上奏商议开关、游历相关条款，藏番不肯听从劝导，请求依旧在亚东设立市场。下发相关衙门知晓。
光绪十九年十月，派遣四川越巂营参将何长荣、税务司赫政，和英国政务司保尔在大吉岭议定藏印通商交涉游牧条约九款：开放亚东作为商埠，准许英商贸易，增设靖西厅同知监督通商事务；印度政府派遣官员驻扎，管理商务；从边界到亚东，英商可以自由往来；藏界之内，英国人和中国、藏民的诉讼案件，由中国边境官员和英国官员共同办理；印度递送驻藏大臣的公文，由印度驻哲孟雄官员交给中国边务委员驿站传递；藏人前往哲孟雄游牧，遵守英国制定的规章。条约和原约一同上奏推行。条约订立之后，藏人认为通商条款英国独享利益，游牧条款藏人反而受到限制，不肯落实亚东开埠。
光绪二十一年正月，荣增正师傅普尔觉沙布咙为达赖传授比丘大戒。同年，掌办商上事务的前荣增师傅第穆呼图克图因病辞职。十一月，达赖遵照谕旨接管政教事务。光绪二十四年，瞻对和四川所属明正土司产生纠纷，四川总督鹿传霖上奏派兵攻取瞻对。成都将军恭寿、驻藏大臣文海先后上奏陈述意见；达赖也秘密派遣喇嘛罗桑称勒等人赴京城呈诉。于是朝廷体恤藏人意愿，下令将三瞻地方依旧赏还给达赖管理，不划归四川。同年，达赖亲赴色拉、布赉绷、噶勒丹三大寺院熬茶讲经。光绪二十五年，亲赴前藏参加传法大会。光绪二十六年，达赖杀害前任掌办商上事务荣增正师傅第穆呼图克图阿旺罗布藏称勒饶结以及他的弟弟洛策等人。第穆居住的阐宗寺全部财产，查抄归入达赖名下；并且行文请驻藏大臣裕钢代为上奏，永久革除第穆呼图克图名号。同年，达赖亲赴南海、琼科尔结等地熬茶讲经。
光绪二十九年，西藏、英国因为边界争端，英军进藏。起初，达赖误以为俄国同属黄教，亲近俄国而疏远英国。虽然两次和英国订立条约，始终没有落实。俄国人员伪装成蒙古喇嘛秘密入藏，为达赖出谋划策，购置火器，打算抵抗英国；英国虽然探知此事，却没有办法。后来俄国在东方被日本牵制，无暇经略远方，英国于是借故出兵。朝廷下旨令裕钢前去调解。达赖依靠俄国人为谋主，不愿议和，想要和英军开战，阻拦裕钢启程，不许番民提供乌拉差役、牛马，调集各路番兵。西藏番兵以乍丫的部队最强，但是毫无纪律。刚抵达拉萨，就围攻驻藏大臣衙门，数十人死亡。后来经藏官弹压，开赴前线，还没有交战，就全部溃散，从小路逃走。藏兵屡次战败，英军日益逼近。朝廷免去裕钢职务，不久将他革职。驻藏大臣有泰抵达西藏，英军还驻扎在堆补，邀约有泰前往帕克里议和，按光绪十六年条约办理，即可停战。有泰最初和达赖商议，打算亲自前去阻拦英军，达赖阻拦他，但是也没有别的对策，只能每日令箭头寺护法诵经诅咒英军速死。之后有泰借口商上不肯供给乌拉差役，不能启程，只派遣李福林前往，李福林畏惧不敢前进。英军抵达江孜，等候有泰前去议和，有泰依旧不敢动身，藏人十分怨恨他。不久，英军长驱直入。达赖闻讯大为惊恐，提前一日把印信交给噶勒丹寺噶卜伦，仓皇向北逃到青海。有泰上奏，称达赖平日跋扈妄为，事变之时私自潜逃，请求革除达赖喇嘛名号。
荣赫鹏取胜之后，拟定十款条约，逼迫噶勒丹寺噶卜伦罗生戛尔等人在拉萨签约：一、西藏承诺遵守光绪十六年中英条约，承认条约第一款藏哲边界；二、江孜、噶大克、亚东三处开辟商埠；三、四款略；五、从印度边境通往江孜、噶大克各条道路，不得阻碍通行；六、七款略；八、印度边境到江孜、拉萨沿路的炮台、山寨全部拆毁；九、以下五件事，没有英国允许，不能办理：一、西藏土地不得租让给外国；二、外国不得干涉西藏一切事务；三、外国不得派遣人员入藏；四、路矿、电线以及其他各项利权不许外国享有；五、西藏收入、货物、钱币，不得抵押、拨付外国。有泰前去拜见荣赫鹏，自称没有实权，受商上牵制，商上不肯供给夫马。荣赫鹏微笑点头。英国人以此作为中国在西藏没有主权的证据。
此前有泰致电外务部，称番民接连大败之后，事情才有转机。英军进入拉萨，打算压服藏众。英军抵达拉萨，和西藏订立条约，引诱有泰画押。朝廷下严旨斥责有泰。春丕暂时驻扎英军，等到二百五十万卢比军费赔款缴清之后，英军撤退。朝廷认为这份藏约损失主权过重，任命津海关道唐绍仪，以三品卿衔加副都统衔赴西藏全权谈判。当时朝廷认为西藏局势危急，应当经营四川土司，趁机收回三瞻，谕令四川总督锡良筹办。锡良打算推行改土归流，泰宁寺喇嘛起兵抗拒。朝廷命驻藏帮办大臣凤全疾驰前往剿办，凤全抵达巴塘，被番民杀害。锡良上奏派遣四川建昌道赵尔丰会同四川提督马维骐进兵。光绪三十一年六月，马维骐收复巴塘，赵尔丰随后抵达，接手善后，搜捕残余叛匪，全境肃清。十一月，因为里塘所属乡城桑披岭寺曾经杀害官员，长期作恶，派兵征讨。第二年闰五月，攻克桑披岭寺，擒获匪首，同时平定同党稻坝、贡噶岭。朝廷任命赵尔丰为边务大臣。八月，抵达里塘，对里塘土司实行改土归流，调拨五营防军驻守里塘、巴塘改流地区。十二月，盐井河西腊翁寺叛乱，讨伐平定。
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