雍正四年，朝廷派遣额驸策凌等人前往阿尔台，勘定该部与准噶尔的边界。雍正九年，大军征讨噶尔丹策凌，下诏令该部各扎萨克率领部众向内迁移游牧。雍正十年，准噶尔战败逃遁，皇帝下谕说：“去年朕降旨令你们迁居内地，你们并不感念喜悦、遵从执行，朝廷屡次催促，才勉强迁移。如今万幸大军在苏克阿勒达呼、额尔德尼昭两处大败贼军，你们才得以安居。倘若不是这样，你们又怎能保护牲畜？朕想着你们与本朝本为一体，哪里有甘心处于孱弱境地、依靠他人庇护的道理。从今往后，你们都应当奋发振作，这样不仅能长久享受太平，也能将功绩载入史册，光耀后世。”
此前，扎萨克图汗策旺扎布因为随军出征却畏缩退避的罪名被削去汗爵，朝廷下诏，令郡王朋素克喇布坦之子格哷克延丕勒承袭扎萨克图汗汗号。雍正十二年，调拨该部兵马驻防察罕廋尔。
乾隆元年，挑选该部兵马前往鄂尔坤执行秋季边防警备任务。乾隆二年，定边大将军平郡王福彭上奏：“喀尔喀四部的秋防兵马全都驻扎在鄂尔坤，扎萨克图汗部的游牧地在扎克拜达哩克西南，距离鄂尔坤尤其近。请求直接令他们就在本地驻防，一旦有征调，兵马可以迅速赶到。”皇帝下诏批准他的请求。乾隆五年，皇帝下谕：“先前因为战事兴起，担心你们部落的游牧地遭到贼寇侵扰，下令全部向内迁徙。如今噶尔丹策凌恭谨遵守朕的谕旨，上奏称不敢越过阿尔台游牧，十分恭顺。朕也降下旨意，令你们部落游牧不得越过扎布堪、齐克慎、哈萨克图、库克岭这些地方。你们要广泛通告所属部众，永久遵守。如果有违抗命令、挑起事端的人，严加治罪。况且如今虽然与准噶尔达成和好、停止战争，但平日里不能不操练整顿军备，你们务必留心，不可疏忽！”乾隆六年，命令参赞大臣副都统庆泰，到哈里勒迈检阅秋防兵马。乾隆十三年，挑选五百头骆驼，运送归化城的粮食送往塔密尔军营。乾隆十六年，颁布敕令，禁止该部越境，与准噶尔以及回部民众私自贸易。乾隆十七年，挑选一千名兵马驻防锡喇乌苏。乾隆二十年，该部跟随大军进军征讨达瓦齐。乾隆二十二年，因为该部的和托辉特郡王青衮咱卜发动叛乱，将其诛杀。不久，皇帝下谕告知扎萨克图汗部：“此前因为青衮咱卜辜负朝廷恩义发动反叛，四处散布流言，喀尔喀各部之中，有不少人受到煽动。经过朕的训示开导，你们很快醒悟悔过，各自恪守职责。如今逆贼已经伏诛，他的党羽应当分别治罪，以彰显国家法度。但是你们作为国家臣仆已有一百多年，只是误听谣言，触犯刑律，并非本心依附叛贼，免于追查惩处。此后更应当体察朕的恩德，洗刷过往过失，约束所属部众，各自安守本业，安定边疆，长久享受太平之福。”
先前扎萨克图汗部编排佐领，在平定准噶尔、回部的战事之中，该部的扎萨克郡王品级贝勒青衮咱卜、贝勒连登扎布都因为叛乱被诛杀；而辅国公旺布多尔济，因为多次擒获青衮咱卜以及准噶尔叛贼呢玛立下战功，晋升承袭贝勒爵位，授予郡王品级。一等台吉扎萨克朗衮扎布，因为多次击败库车增援贼寇、攻克库车立下战功，晋封至镇国公。二等台吉诺尔布，因为不肯跟随叛贼策登扎布叛乱，被授为扎萨克一等台吉。在阿里固特战死的二等台吉齐巴克扎布，被追封为辅国公，并授予其子巴图济尔噶勒扎萨克之职。扎萨克一等台吉噶尔丹达尔扎，率领自己所属户口，从准噶尔特穆尔图诺尔游牧之地回归本朝，被授为一等台吉；之后，朝廷授予其子拉克沁噶喇扎萨克，编排佐领，隶属于本部。
起初扎萨克图汗部编排佐领，分为十旗，后来增设八旗，外加厄鲁特一旗。共有扎萨克十九人，会盟地点在扎克毕赖色钦毕都哩雅诺尔，设置正盟长、副盟长各一名，副将军、参赞各一名。爵位共二十二种：扎萨克图汗兼多罗郡王一名；附公品级三等台吉一名，由辅国公降袭；郡王品级扎萨克多罗贝勒一名；扎萨克镇国公两名，一名由贝勒降袭，一名由扎萨克台吉晋升承袭；扎萨克辅国公六名，一名由贝子降袭；附辅国公一名；扎萨克一等台吉八名；附辅国公一名；厄鲁特扎萨克一等台吉一名。
乾隆四十五年，因为该部扎萨克巴哈图尔侵占杜尔伯特的游牧地，朝廷严厉下令查办，勒令归还牧地。嘉庆七年十月，收下扎萨克图汗布尼喇特纳等人进献的五百匹马。道光六年，回疆战事兴起，该部捐献骆驼马匹资助军需。道光二十五年，制定扎萨克图汗盟的差役章程：王、公、台吉等人，将所属喀木齐罕阿拉巴图等人的牲畜分为两份，拿出一份牲畜，用来补贴佐领等人外出当差；扎萨克台吉属下喀木齐罕阿拉巴图等人所有的牲畜，按照佐领部众的标准，按户扣除两头大牲畜，其余各类牲畜，都和佐领下百姓的正式差役一样摊派。贫苦台吉、佐领下的喀木齐罕阿拉巴图等人，互相监督执行。咸丰三年，该部的汗、王、公、扎萨克等人，因为战事兴起捐献物资资助军需，皇帝下温和谕旨，推辞不受。
同治三年，回匪攻陷乌鲁木齐等城池，古城各城遭到围困，朝廷调遣该部蒙古兵马前往支援。同治五年十一月，李云麟上奏，扎盟蒙古兵马抵达呼图古兰台，劫掠百姓，发生哗变。不久兵马溃散，返回本部。同治九年六月，肃州回匪侵扰该部边境。十月，匪寇窜到博提哈拉乌苏、库努克等地，烧杀劫掠。十一月，匪寇攻陷乌城之后，窜到金山卡伦察罕博克多一带。同治十一年十月，奎昌等人上奏，迁移鞥克巴雅尔所部察哈尔马队，驻扎在盟地察罕淖尔，防备回匪进犯乌城。同年九月，回匪窜入该部辅国公车德恩敦多布多尔济的游牧地。车德恩敦多布多尔济自行筹备军装、军火、粮草饷银，督率台吉与官兵，在十六、十七日，先后在景色图、巴彦察汗两次挫败匪寇，匪寇向西逃窜。捷报上报朝廷，授予他贝子衔。十二月，侵扰科城的回匪聚集到扎部南部边境，奎昌派遣达尔济领兵攻打围剿。
同治十二年正月，奎昌等人上奏：回匪在前一年十一月窜入扎盟所属那玛勒吉幹昭一带，官军在当月十一日发起进攻，击败匪寇，匪寇随即向北逃窜。官军追击到十二日，匪寇又奔向察罕布尔噶，凭借险峻山势固守对峙。达尔济率领马队急速赶赴前线，匪寇翻山逃走，聚集在巴里坤、扎盟交界地带。二月，乌里雅苏台将军长顺等人上奏，扎盟南部各旗紧邻肃州，多次遭到回匪侵扰，请求临时迁移公棍楚克扎布、右翼前扎萨克桑青齐苏隆、右翼后末玛呢达拉等旗，迁到本部扎萨克图汗旗以及右翼中参赞公密帕散布、中右翼末旗达什拉布坦、扎萨克车德恩多尔济等旗的游牧地；扎萨克图汗旗迁移到本部落右翼左公衔扎萨克班扎班咱尔扎布、右翼末次扎萨克达散巴拉等旗的牧地。等到匪寇全部肃清，就让各旗返回原来的游牧地。朝廷下达命令，交由相关部门知晓。十月，回匪窜扰图谢公的游牧地，不久又侵扰察幹河以及莫尔根一带。长顺等人派遣卓凌阿，在图谢公游牧地的库布奇尔果罗围剿匪寇，大获全胜，救出蒙古男女百姓一百九十多人。科布多派出的防御喜莫得等人领兵，在阿育尔公旗库伦喇嘛之地击败匪寇，救出被胁迫的蒙古百姓男女三四百人。恰逢栋呢特多尔济的部队在乌兰坝击败匪寇，匪寇翻越山岭，向鞥克扎萨克旗以南逃遁。同治十三年三月，朝廷嘉奖扎萨克图汗等人保卫乌里雅苏台城、捐助防务的功劳。
光绪初年，乌鲁木齐各城收复，该部才解除战备。光绪七年，征调该盟兵马戍守科布多；中俄条约签订之后，裁撤戍兵。光绪二十一年，该部因为甘肃回匪作乱骚扰，文书传递改走台站道路，撤回边界一带的牲畜，实行坚壁清野。光绪二十三年，乌里雅苏台将军崇欢等人弹劾盟长扎萨克镇国公阿育尔色德丹占扎木楚假借公务摊派赋税徭役，请求革去他的官职，朝廷批准。光绪二十四年，该部与赛音诺颜部的王、公、扎萨克等人，捐献昭信股票银两，主动请求报效国家，朝廷依旧给予奖赏。光绪二十五年，该部扎萨克蕴多尔济旗，和科布多的扎哈沁争夺边界。志锐等人上奏，双方争夺三处地界：一处是巴尔噜克鄂博，一处是鞥吉尔图鄂博，一处是田德克库与喀拉占和硕的界线。请求下令理藩院秉公断案，朝廷准许。光绪二十六年，义和团事变爆发，边防紧急戒备，该盟的王、公、扎萨克等人，在征兵、筹措粮饷方面都出力协助。光绪二十八年，分别嘉奖扎萨克图汗索特那木拉布坦、副将军扎萨克辅国公洛布桑端多布，各有等次。宣统二年，索特那木拉布坦被选为资政院钦选议员。宣统三年，库伦宣布独立，胁迫该部汗、王等人依附。
该部境内有矿产、盐产，佐领共有二十一个。
列传三百九 藩部五
青海额鲁特
青海额鲁特部，在西宁边塞之外，距离京师五千零七十里。东面、北面与甘肃接壤，西面连接西藏，南面毗邻四川，疆域绵延两千多里，就是古代西海郡的地域。分为左、右两大区域。左境：东面从栋科尔庙起，西到洮赉河边界，绵延八百多里；南面从博啰充克克河北岸，北到西喇塔拉边界，四百多里；东南从拉喇山，西北到额济讷河边界，四百多里；东北从永昌县边界，西南到布隆吉尔河边界，三千多里。右境：东面从栋科尔庙起，西到噶斯池边界，两千五百多里；南面从漳腊岭，北到博啰充克克河南岸，一千五百多里；东南从达尔济岭，西北到塞尔腾、西尔噶拉金边界，两千多里；东北从克腾库特尔，西南到穆噜乌苏河边界，一千五百多里。
厄鲁特旧时分为四部：一是和硕特，姓博尔济吉特；二是准噶尔；三是杜尔伯特，姓绰啰斯；四是土尔扈特，姓氏无记载。各部自立首领，号称四卫拉特。金朝称厄鲁特，也就是明代所说的阿鲁台。辉特部势力最弱，最初隶属于杜尔伯特。后来土尔扈特迁徙到俄罗斯境内，辉特便列为四卫拉特之一。青海蒙古分地游牧，有和硕特、土尔扈特、准噶尔、辉特，统称为厄鲁特。
和硕特设置扎萨克二十一人，始祖是元太祖的弟弟哈布图哈萨尔，传七代到阿克萨噶勒泰。他有两个儿子：长子阿鲁克特穆尔，如今内蒙古扎萨克中的科尔沁、扎赉特、杜尔伯特、郭尔罗斯、阿噜科尔沁、四子部落、茂明安、乌喇特这八部，都是他的后裔。次子乌噜克特穆尔，传九代到博贝密尔咱，号称卫拉特汗；其子哈尼诺颜洪果尔继承汗位。哈尼诺颜洪果尔有六个儿子：长子哈纳克土谢图，次子拜布噶斯，三子昆都伦乌巴什，四子图鲁拜琥，五子色棱哈坦巴图尔，六子布雅鄂特欢。哈纳克土谢图，是公中扎萨克台吉车凌纳木扎勒一旗的始祖。拜布噶斯的儿子鄂齐尔图汗与阿巴赖诺颜，在西套游牧，后来被准噶尔灭掉部落。昆都伦乌巴什号都尔格齐诺颜，如今在珠都斯游牧的和硕特四旗，就是他的后裔。图鲁拜琥号顾实汗，把青海部众分为左右两翼，由十个儿子分别统领。左翼的是：达延、鄂木布、达兰泰、巴延阿布该阿玉什。右翼的是：伊勒都齐、多尔济、瑚噜木什、桑噶尔扎、衮布察珲、达什巴图尔。达延号鄂齐尔汗，是扎萨克镇国公噶勒丹达什，辅国公诺尔布朋素克、车凌三旗的始祖。另外依附察哈尔的和硕特部，也是他的后裔。鄂木布号车臣岱青，是扎萨克台吉罗卜藏察罕、济克济扎布、达玛璘色布腾、阿喇布坦四旗的始祖。达兰泰，是扎萨克郡王额尔德尼额尔克托克托鼐、台吉车凌多尔济二旗的始祖。巴延阿布该阿玉什号达赖乌巴什，是扎萨克台吉扎布一旗的始祖。另外阿拉善厄鲁特一旗，也是他的后裔。伊勒都齐，是扎萨克亲王察罕丹津、辅国公阿喇布坦札木素、台吉察罕喇布坦三旗的始祖。多尔济号达赖巴图尔，是扎萨克贝勒朋素克旺扎勒、达什车凌、台吉伊什多勒扎布三旗的始祖。瑚噜木什号额尔德尼岱青，是扎萨克贝子丹巴、台吉色布腾博硕克图二旗的始祖。桑噶尔扎号伊勒登，是扎萨克贝子索诺布达什一旗的始祖。衮布察珲没有后嗣。达什巴图尔之子罗卜藏丹津发动叛乱，逃奔准噶尔，后来被擒获，朝廷赦免其罪，编入内蒙古正黄旗。顾实汗的弟弟色棱哈坦巴图尔，号扎萨克陀音，是扎萨克台吉哈尔噶斯一旗的始祖。布雅鄂特欢传三代到阿布，阿布有二子：长子达瓦，次子鄂尔奇达逊，隶属于准噶尔，号扈鲁玛台吉，后来归降本朝。达瓦被封为公品级，不久去世。鄂尔奇达逊授伯爵，编入内蒙古正黄旗。
土尔扈特设置扎萨克四人，始祖名叫翁罕。传七代到贝果鄂尔勒克，是扎萨克台吉索诺布喇布坦多尔济、色特尔布木二旗的始祖。另有土尔扈特十二旗，也是他的后裔。贝果鄂尔勒克的弟弟翁贵，是扎萨克台吉达尔扎、丹忠二旗的始祖。
准噶尔设置扎萨克二旗，始祖名叫孛罕，传六代到额森。额森有二子：长子博罗纳哈勒，是杜尔伯特的起源，如今在乌兰固木游牧的杜尔伯特十六旗，除去辉特二旗，都是他的后裔。次子额斯墨特达尔汉诺颜，是准噶尔的起源；传七代到和多和沁，号巴图尔珲台吉，在阿尔台游牧。和多和沁有十一个儿子：车臣，被弟弟噶尔丹杀害；卓特巴巴图尔，迁徙到青海游牧，是扎萨克郡王色布腾扎勒一旗始祖，色布腾扎勒传两代之后，爵位后继无人；班达哩，他的孙子车木伯勒承袭色布腾扎勒遗留的扎萨克；卓哩克图和硕齐，是扎萨克辅国公阿喇布坦一旗始祖；温春，其子丹济拉归降本朝，被封为扎萨克辅国公，依附喀尔喀赛因诺颜部；僧格，其子策妄阿喇布坦号珲台吉，再传之后，被同族的达瓦齐篡夺，断绝后嗣；噶尔丹，因为劫掠喀尔喀，被大军击败，逃窜而死；布木，号额尔德尼台吉，他的曾孙就是达瓦齐，大军平定准噶尔后将他擒送京师，不久释放，封为亲王，不列在藩部之内；多尔济扎布，被喀尔喀土谢图汗察珲多尔济杀害；朋素克达什，其孙噶勒藏多尔济归降，被封为绰啰斯汗，不久反叛，被侄子扎纳噶尔布杀死；噶尔玛，传三代到三济札布，归降本朝，授侍卫，隶属于内蒙古正黄旗。
和多和沁的弟弟墨尔根岱青，有二子：长子丹津，号噶尔玛岱青和硕齐；丹津之孙阿喇布坦归降，封为扎萨克郡王，依附喀尔喀赛因诺颜部。次子阿海，传三代到达什达瓦，无后；达什达瓦的妻子车臣哈屯带领部众归降，编排佐领，安置在直隶承德府境内，不设置扎萨克。
辉特设扎萨克一人，始祖名叫纳木占，传两代到卓哩克图和硕齐，是扎萨克辅国公贡格一旗始祖。
厄鲁特各扎萨克之外，另设喀尔喀公中扎萨克一人。还有察罕诺扪汗，授为扎萨克喇嘛，管辖四个佐领，自成一旗，不参与各扎萨克会盟。
天聪初年，蒙古各部归附本朝，厄鲁特还私自和明朝贸易。皇帝因为路途遥远，没有加以禁止。崇德二年，顾实汗派遣使者前来进贡，使者过了一年才抵达。崇德七年，顾实汗会同达赖喇嘛等人上表进贡。崇德八年，派遣使者慰问达赖喇嘛。因为顾实汗击败唐古特的藏巴汗，皇帝下敕说：“听说有违背道义、触犯法度之人，你已经加以惩治。自古以来帝王治理天下，佛法教化从未断绝。如今派遣使者礼敬大德贤圣，你应当知晓此意！”同时赏赐甲胄。敕使尚未抵达之时，顾实汗请求朝廷拨付财物，派遣使者延请达赖喇嘛，朝廷应允。顺治二年，顾实汗之子达赖巴图尔进贡马匹，上奏：“听闻天使征召圣僧，我们自当遵从。”顺治三年，厄鲁特台吉等人进入甘肃边境索要粮饷赏赐，皇帝下诏令相关部门商议剿抚对策。恰逢顾实汗上表入贡，朝廷赏赐甲胄弓箭，命他管辖所有厄鲁特。此后每隔一年就派遣使者入朝，厄鲁特各台吉一并附名奏报。
和硕特部族之中，有都尔格齐诺颜、色棱哈坦巴图尔、鄂齐尔汗、鄂齐尔图汗、阿巴赖诺颜、达赖乌巴什诺颜、伊拉古克三班第达呼图克图、额尔德尼珲台吉、阿哩禄克三陀音、噶尔第巴台吉、玛赖台吉、诺木齐台吉、绰克图台吉。土尔扈特部族有罗卜藏诺颜、楚琥尔岱青、博第苏克。准噶尔部族有巴图尔珲台吉、墨尔根岱青、杜喇勒和硕齐、楚琥尔乌巴什、罗卜藏呼图克图。以顾实汗为各部之首。
顺治五年，甘肃巡抚王世功上奏，青海蒙古驻扎西宁，不断索取供给，请限定贡使入关人数，其余人留在关外，由官府供给口粮，朝廷准许。顺治九年，顾实汗引导达赖喇嘛进京朝见，事先上表奏报，并进贡驼马与地方特产。顺治十年，下诏册封顾实汗为遵文行义敏慧顾实汗，赐予金册、印信。顺治十三年，顾实汗去世。皇帝感念他忠心尽职、连年进贡，派遣官员前往祭奠。
恰逢青海属部再次制造边患，皇帝下谕告知顾实汗之子车臣岱青以及达赖巴图尔等人：“划分疆界，向来有固定条例。近来你们率领番人劫掠内地，抗拒官兵，地方守臣上报二十多次，屡次训诫仍不悔改。如今特地派遣官员赶赴甘肃、西宁等地核查案情。要么你们亲自前来，要么派遣宰桑前来对质；诬告捏造的罪责，自有承担之人。原本向蒙古纳贡的番众，可以归你们管辖；如果是从前明朝管辖的百姓，应当仍旧归属朝廷。至于汉人与蒙古的边界，以及贸易关口，务必仔细核查勘定，划分农耕、游牧地界，不许越界妄为。”顺治十五年，再次训谕车臣岱青：“先前因为你们屡次侵犯内地，派遣官员前往勘查。据回报，你们进入边内，向番人收取贡赋，肆意劫掠。罪责本难推脱，朕全部赦免你们从前的过失。但是朝廷对内外一视同仁，疆土边防自有严格防线。你们向番人收取贡赋，要限定人数，走正规关口，派遣头目禀报守关官员，才准许入边。贸易地点，定为西宁镇海堡、川北、洪水等关口出入，不可随意选择道路。如果依旧不改，国家法度严明，朕不会宽恕你们。”
康熙四年，甘肃提督张勇上奏，蒙古、番众在庄浪各处游牧，情况难测，请增加甘肃、西宁驻防兵马。早先青海蒙古贪恋西喇塔拉水草丰美，请求在此游牧。张勇认为此地是甘肃战略要地，不容蒙古逼近，前往斥责，蒙古认罪撤离。于是朝廷设立永固营，接连修筑八座寨堡。到这时蒙古部众又陆续迁徙靠近边境。皇帝认为不可开启边衅，下诏采纳张勇的提议。康熙五年，张勇再次上奏：“青海虽然连通西藏，不过是遥远边塞荒野，朝廷多方招抚，准许开设互市，他们本应当约束部落，安守边境。近来却像蜂群一样聚集祁连山，放任牲畜在内地大草滩放牧。朝廷曾经下谕令他们迁徙，他们却在定羌庙抗拒官兵；官军击败他们之后，仍不悔改，扬言纠集部众分路攻入河州、临洮、巩昌、西宁、凉州各地。请求设置兵马防备。”皇帝下诏严加防御，同时依旧安抚，感化其人心。张勇等人于是从扁都口、西水关直到嘉峪关，加固修筑边墙。康熙六年，川陕总督卢崇峻上奏，青海各头目计划在八月入侵，于是赶赴庄浪布防，派遣总兵孙思克驻守南山隘口，据险固守。不久达赖喇嘛传檄厄鲁特各台吉，不许侵扰内地，令部众迁离黄城儿、大草滩。蒙古全部撤走，献上驼、马、羊认罪，请求撤回驻防兵马，朝廷准许。
康熙十四年，西宁各镇兵马驻守河东征讨叛贼王辅臣，青海蒙古趁机进犯河西。永固营副将陈达率军抵御，战死阵前。孙思克驻守凉州，宣示朝廷恩威，各蒙古首领认罪退往塞外。恰逢达赖喇嘛的使者到来，皇帝命使者传谕达赖巴图尔等人，约束部众，不要制造边患。
康熙十六年，准噶尔台吉噶尔丹袭击杀死在西套游牧的鄂齐尔图汗。青海和硕特各台吉十分恐惧，带领数千帐幕躲避到大草滩。抚远大将军图海等人下令，令他们返回原有牧地。康熙十七年，西套各台吉探知噶尔丹将要进攻青海，派人告知和硕特台吉达赖巴图尔等人，商议防御办法。皇帝得知后，训谕张勇：“噶尔丹如果远征青海，从遥远的达布素图瀚海进军，就听任他。如果打算途经大草滩，就责令他们坚守盟约，不得侵扰内地百姓。”不久噶尔丹因为随行部众人心不一，加上距离青海路途遥远，行军十一天后撤兵返回。噶尔丹写信给张勇，谎称他的祖父多克辛诺颜会同顾实汗攻取青海，由和硕特一族独占，本想前去索回土地，因为该地在将军管辖之下，故而作罢。随后他担心和硕特各台吉偷袭自己，秘密派遣使者商议联姻，打算将女儿布木嫁给博硕克图济农之子根特尔。张勇通过间谍探得实情，上奏：噶尔丹与青海蒙古结仇，联姻之后恐怕会再次进犯，甘肃地处往来要道，请增兵设防，皇帝批复同意。有一位巴图尔额尔克济农，名叫和啰理，是巴延阿布该阿玉什之子，在西套游牧，为躲避噶尔丹的侵袭，请求借道内地前往青海，朝廷准许。恰逢噶尔丹属下额尔德尼和硕齐暗中劫掠乌喇特的人口牲畜，青海墨尔根台吉得知后，派人责令归还劫掠之物。喀尔喀台吉毕玛里吉哩谛，也因为厄鲁特劫掠本部，暗中探查，告知额尔德尼和硕齐、和啰理以及青海台吉茂济喇克等人。在额济讷河游牧的，尚不清楚是哪一支厄鲁特。康熙十八年，皇帝派遣使者训谕达赖巴图尔等人：“你们墨尔根台吉将被劫掠之人保护、送还，朕十分赞许。劝善惩恶，是国家的法度。近来听闻厄鲁特部众寄居额济讷河，你达赖巴图尔和墨尔根台吉，按照旧例，对违法者严加治罪。”使者抵达之后，茂济喇克、和啰理都否认劫掠乌喇特之事。额尔德尼和硕齐属于准噶尔属下，已经迁移牧地离开。皇帝下诏传檄噶尔丹，命令他抓捕管束，噶尔丹拒不服从。
康熙二十九年，大军在乌兰布通击败噶尔丹，青海各台吉随同达赖喇嘛上表，请求给皇帝上尊号，皇帝下诏不许。康熙三十年，甘肃提督孙思克上奏：“噶尔丹的巢穴距离边境一个多月路程，他的侄子策妄阿喇布坦虽然与他反目，但担心二人重新联合，有入侵青海的图谋，进军道路必定经过嘉峪关外。肃州靠近青海，请设置三千兵马防备。”皇帝批准。康熙三十二年，昭武将军郎坦上奏，称青海各台吉私下和噶尔丹互通消息，请屯兵哈密，切断双方往来通道。皇帝认为噶尔丹乌兰布通战败逃走之后，边境暂无警报，并且青海各台吉一向恭顺，搁置这项提议。不久噶尔丹在巴颜乌兰游牧，逼近内地哨卡，皇帝下诏在西宁设置戍防兵马。唐古特部的第巴暗中勾结噶尔丹，假托达赖喇嘛名义上奏，谎称青海各台吉没有异心，请求撤去戍兵。皇帝下谕：“这次设防，是为征讨噶尔丹，不是防备青海各台吉。”朝廷商议征讨噶尔丹，传檄青海各部，令他们不必惊慌。
康熙三十五年，皇帝亲征噶尔丹，大败敌军，抓获和噶尔丹联络的青海使者。朝廷任命博硕克图济农以及萨楚墨尔根台吉为青海部长，派遣使者携带敕书晓谕：“你们青海厄鲁特尊崇达赖喇嘛的佛法，恭敬侍奉本朝，遣使通问、进贡多年，朕也多次加以赏赐。然而噶尔丹违背达赖喇嘛的佛法，不遵从朕的旨意，朕率军抵达图拉，剿灭他。博硕克图济农等人派往噶尔丹的使者，已经被朕擒获，他们都供称达赖喇嘛早已圆寂，第巴隐瞒死讯；而且噶尔丹谎称青海各台吉打算和他一同进犯中原。如今噶尔丹亡命向西逃窜，青海各台吉如果想像从前一样保持和睦，就各自严守边界，一旦遇到噶尔丹，立刻擒拿押送。如果知情故意放纵，此后永久绝交为敌。”朝廷使者抵达察罕托罗海，向善巴陵堪布宣读敕谕，善巴陵堪布是达赖喇嘛委派管理青海蒙古事务之人。善巴陵堪布召集青海各台吉，在会盟坛上说：“噶尔丹杀害鄂齐尔图汗，我们和他本是仇敌。但一向遵从达赖喇嘛的指令，应当派人商议对策。”此时达赖喇嘛已经圆寂很久。唐古特的达赖汗不久邀约和硕特八台吉，派遣使者前来庆贺大捷。达赖汗就是鄂齐尔图汗之子，世代统领唐古特。鄂齐尔图汗的兄弟，除衮布察珲无后之外，其余八人都居住在青海，所以他们的后裔被称为和硕特八台吉。
康熙三十六年二月，皇帝到宁夏督军，下诏令额驸阿喇布坦、都统都思噶尔、巴林台吉德木楚克、西宁喇嘛商南多尔济等人，带着青海各台吉的使者以及赏赐物品前往招抚。又因为哈密达尔汉伯克额贝都拉归附，下诏令青海厄鲁特不得侵扰哈密边境。三月，阿喇布坦等人抵达察罕托罗海，察罕诺扪汗迎接使者，说道：“皇上令青海百姓得以安享安乐，永久蒙受恩泽，何等幸运！”当时顾实汗的儿子只剩达什巴图尔在世，阿喇布坦等人向他宣示谕旨。达什巴图尔商议派遣博硕克图济农以及额尔德尼台吉代为入京朝觐。阿喇布坦等人对他们说：“皇上驾临宁夏，你们应当亲自率众前来朝见，不要自误！”达什巴图尔会同察罕诺扪汗、善巴陵堪布以及唐古特达赖汗之子拉藏，召集各台吉商议，计划四月动身。达尔寺垂臧呼图克图、温都逊寺达赖绰尔济喇嘛，还有囊素通事等人都请求随行，私下向使者询问狮子大象的模样，互相谈论：“我们前去朝见，想必能见到从未见过的珍宝器物。”闰三月，阿喇布坦、德木楚克从青海返回。朝廷商议，各台吉到京师之后，如果露天安置，不合朝见礼制，令他们等到秋后入京觐见。皇帝批准，命都思噶尔、商南多尔济留在镇海堡等候。随行大臣上奏：“青海厄鲁特和准噶尔同属一部，听闻噶尔丹战败逃窜，全都惶恐不安。皇上安定收拢该部，他们前来朝觐如同归家，实在是难得的盛举。请求举行庆贺礼。”皇帝下谕：“青海进贡多年，前来朝见也是寻常之事，不必庆贺。”众大臣坚持请求，于是大臣上表祝贺：“青海以往虽然进贡，但尚未归入臣属。如今全族诚心归降，噶尔丹更加无处逃窜。皇上安定国内、抵御外患的心愿，从此得以实现。”四月，皇帝下令在达希图海留存粮食、战马以及九千多头羊，等候青海部众抵达时发放。十一月，达什巴图尔会同各台吉入京觐见。皇帝训谕：“朕并非靠武力胁迫你们前来，只是希望天下生灵各得其所。朕什么宝物都不缺少，朕的尊贵不在于你们来或不来。所期望的，是你们能够平安度日，成全朕爱护万民的心意。”下诏令随行各宰桑一同入席赴宴，将御用冠服、朝珠赏赐给达什巴图尔，赏赐各台吉鞍马、银币各有等差。又传谕：“你们从祖辈起，每年履行朝贡义务，因此特意厚加赏赐，嘉奖你们归诚。”十二月，皇帝在玉泉山举行大阅兵，达什巴图尔等人随驾观阅，心惊变色，上奏说：“天朝军威如此强盛，什么样的敌人不能攻克？”康熙三十七年正月，下诏册封达什巴图尔为和硕亲王，其余各台吉分别授予贝勒、贝子、公爵等爵位，等级各有不同。
先前噶尔丹假意与青海交好，实际上谋划入侵，畏惧大军征讨，才作罢。第巴因为策妄阿喇布坦不肯依附噶尔丹，从中挑拨离间，伪造达赖喇嘛的奏疏，上奏说策妄阿喇布坦将要入侵青海与唐古特，皇帝斥责这份奏疏虚妄不实。恰逢噶尔丹使者到京，皇帝训谕：“青海各台吉长期进贡，如果噶尔丹属下侵犯青海，朕必定出兵征讨。”到噶尔丹覆灭之后，策妄阿喇布坦怨恨达什巴图尔等人归附本朝，假意请求大军征讨青海，追究他们从前帮助噶尔丹的罪责。皇帝下谕：“青海各台吉听闻朕出兵宁夏，远远迁移牧地。之后噶尔丹被平定，亲自前来庆贺。他们并无过错，怎么能贸然发兵讨伐？朕治理天下，只愿海内百姓全部安宁，怎么会挑起你们之间的争端？”二月，皇帝前往五台山，下诏令达什巴图尔等人随行。将要返程时，在御帐召见他们，温言训示之后遣返回青海，赏赐驼马。康熙三十九年，策妄阿喇布坦扬言出兵攻打第巴，派遣使者前往青海暗中探查实力。皇帝预判策妄阿喇布坦将要作乱，下诏令大臣研读汉代赵充国的五策，筹划边防。康熙四十二年，皇帝驾临西安府，达什巴图尔等人前来朝见，随同检阅驻防兵马，上奏：“皇宫禁军精锐，天下无敌。外省军队军容也如此精良，亿万年可以永享太平。”皇帝赐宴之后遣返。
康熙五十四年，策妄阿喇布坦派兵劫掠哈密。皇帝因为哈密紧邻青海左翼牧地，下令兵马戒备，准噶尔战败逃走。起初，达赖汗之子拉藏会同青海各台吉商议归附本朝，不久继承唐古特汗位。因为第巴私立假达赖喇嘛，拉藏汗袭杀第巴，自立博克达的伊什扎穆苏作为达赖喇嘛转世灵童。青海贝勒察罕丹津等人揭发其为伪，上奏称里塘的罗卜藏噶勒藏嘉穆错才是真正的达赖喇嘛转世灵童。皇帝下诏内阁学士拉都琥前往查验。不久派遣侍卫阿齐图，召集青海左右两翼商议迁移里塘的达赖喇嘛转世灵童，平息争端。贝勒色布腾扎勒、阿喇布坦鄂木布、朋素克旺扎勒，台吉达颜、苏尔扎等人都同意迁移。察罕丹津不肯依从，打算联合达什巴图尔之子罗卜藏丹津盟誓，出兵攻打持不同意见的各部。阿齐图的奏疏送到京师，王公大臣上奏：如果察罕丹津率先攻打各部，色布腾扎勒等人前来投奔，应当安置在边内。察罕丹津的牧地距离松潘仅四五天路程，请预备兵马等候。皇帝下诏，在西宁、四川松潘各路布防备战。
康熙五十五年，察罕丹津畏惧获罪，将里塘达赖喇嘛转世灵童迁移到西宁宗喀巴寺。阿齐图上奏，请召集各台吉会盟，令罗卜藏丹津、察罕丹津、达颜等人统领右翼，额尔德尼额尔克托克托鼐、阿喇布坦鄂木布等人统领左翼，令各部永久和睦，朝廷准许。恰逢噶尔丹部众由沙拉突袭青海，劫掠台吉罗布藏丹济卜的牲畜，又图谋盗取噶斯口官军的驼马。皇帝下谕：“准噶尔探查到噶斯口兵力薄弱，暗中前来侵扰青海，不可不周密筹划。命西安兵马会同青海左翼，四川督标兵马会同青海右翼，合力防御。”
康熙五十六年，派遣使者前往青海观测星象分野。不久，靖逆将军富宁安侦察到策妄阿喇布坦派兵前往唐古特，飞速上奏。皇帝认为里塘达赖喇嘛转世灵童一事刚刚安定，拉藏汗有可能暗中引导准噶尔入侵青海，下诏理藩院尚书赫寿训谕拉藏汗，不许和察罕丹津、罗卜藏丹津等人交战。又下令侍卫色楞等人赶赴青海，传旨：“准噶尔如果攻打拉藏汗，你们立刻和青海各台吉商议合力围剿，务必消除猜忌，防止滋生变乱。如果拉藏汗引导准噶尔进犯青海，你们就告知察罕丹津等人：‘策妄阿喇布坦屡次抗拒大军，如今拉藏汗和他同谋，显然是仇敌。国家始终仁爱，保护顾实汗的子孙，你们应当立志报效朝廷，奋力作战。’”不久察罕丹津等人上报准噶尔攻打拉藏汗，皇帝下令内大臣策旺诺尔布、西安将军额伦特等分兵驻守青海险要之地。
康熙五十七年，拉藏汗求援的奏疏送到京师，下诏令色楞等人会同青海王、台吉商议进兵。察罕丹津探知拉藏汗遇害，计划引诱准噶尔进入青海再迎头痛击。准噶尔心生畏惧，没有前来。早先哈密伯克额贝都拉献出西吉木、达里图、西喇郭勒土地，朝廷下诏设置赤金、靖逆二卫以及柳沟所，允许军民耕种放牧。康熙五十八年，因为这片土地和青海左翼牧地交错，派遣官员会同贝子阿喇布坦、台吉阿尔萨兰等人勘定边界。阿喇布坦等人说：“青海部众蒙受厚恩，怎会吝惜零星土地？可以耕种的土地交给军民，留给我们足够的牧地就可以！”于是召集所属宰桑划定地界，立标记，约定不许私自越界。当时抚远大将军固山贝子允禵领兵驻守西宁，请求从索诺木到柴达木沿途设立五处驿站，每站配备十名青海兵；另外令左翼、右翼各派三百兵马驻扎军营附近，防备准噶尔贼寇，朝廷批准。允禵又遵旨召集两翼王、台吉，宣读皇帝旨意：“唐古特的达赖喇嘛、班禅喇嘛的佛法，原本是你们先祖顾实汗所护持。如今准噶尔杀害拉藏汗，离散番众。你们先前称里塘罗卜藏噶勒藏嘉穆错是真达赖喇嘛转世，本应安置在法座之上，广传佛法，如今唐古特百姓与阿木岛喇嘛都认可你们的说法。皇上为安定西藏，派遣大军护送灵童前往唐古特，你们应当率领所属兵马，或万人，或五六千人随行。议定之后上奏。”两翼的王、台吉全都表示愿意听命。康熙五十九年，该部兵马跟随大军在札卜克河、齐诺郭勒、绰玛喇等地击败准噶尔，继而护送达赖喇嘛入藏。捷报传来，下诏留两千兵马驻守青海，侦察防备准噶尔。
雍正元年，皇帝下谕：“自从西部边疆用兵，青海从王到台吉，各自立下功劳。先皇曾经下旨，等战事凯旋之后论功行赏。如今青海王、台吉多年效力，应当酌情封赏。那些领兵入藏，以及驻防噶斯、柴达木的部众，由各地将军分别奖赏。”这一年罗卜藏丹津叛乱，朝廷命大军征讨，第二年平定叛乱。罗卜藏丹津最初承袭父亲达什巴图尔的亲王爵位，跟随大军入藏。归来之后，他图谋做唐古特的首领，暗中邀约策妄阿喇布坦支援自己，又引诱青海台吉在察罕托罗海盟誓，命令各部恢复旧有称号，不许再使用王、贝勒、贝子、公等朝廷爵位，自己号称达赖珲台吉，统领各部。郡王额尔德尼额尔克托克托鼐不肯依从，和镇国公噶尔丹达什前来投奔本朝。皇帝认为这是和硕特同族自相残杀，不忍心立刻出兵，下诏抚远大将军贝子延信好好安抚额尔德尼额尔克托克托鼐。当时兵部左侍郎常寿驻守西宁，处理青海事务，皇帝命他传谕罗卜藏丹津停战，如不服从，就加以惩治。罗卜藏丹津假意声称亲王察罕丹津、郡王额尔德尼额尔克托克托鼐图谋占据唐古特，各台吉不服，将要率兵和他们决战。因为察罕丹津、额尔德尼额尔克托克托鼐最先不肯归附自己，想要罗织罪名诬陷，借此胁迫各台吉拥戴自己，效仿当年鄂齐尔汗驻守唐古特、遥控青海的旧事。
察罕丹津遭到罗卜藏丹津逼迫，继额尔德尼额尔克托克托鼐之后带领部众前来归附。皇帝敕令川陕总督年羹尧：“罗卜藏丹津的祖父顾实汗恭顺效忠，其父达什巴图尔慕义归降，晋封亲王，罗卜藏丹津承袭爵位，本应当感念皇恩，遵守法度。却狂妄强横，骨肉相残，欺凌亲王察罕丹津、郡王额尔德尼额尔克托克托鼐等人，肆意起兵作乱。朕刚听闻此事，派遣使者劝令双方讲和，和睦相处。他却擅自兴兵，袭击察罕丹津、额尔德尼额尔克托克托鼐，迫使他们逃入内地。他深重辜负皇恩，违背人伦，残害百姓，必须诛杀。朕要彰显国威，特意任命你为抚远大将军，统领大军，声讨罗卜藏丹津的罪行。他如果敢抵抗，就予以剿灭。他的党羽，若是迫于罗卜藏丹津的威势，暂时胁从，只要悔过归降，立刻宽赦。能够擒获或斩杀罗卜藏丹津的人，另行上奏论功。有紧急情况前来归降的，用心安抚。不抵抗的百姓，不可杀戮。”罗卜藏丹津假意收兵，诱骗常寿到察罕托罗海，将他扣留，派遣叛党分路劫掠西宁各地，煽动番贼响应叛乱。副将军阿喇纳从吐鲁番急速赶赴噶斯，切断经穆鲁乌苏通往西藏的道路；副将王嵩、参将孙继宗等人，在布隆吉尔、镇海堡、申中堡、北川、新城等地击溃贼党。四川提督岳锺琪，调杂谷土司兵马，剿灭归德堡外上寺东策卜、下寺东策卜以及南川口外郭密各部番贼；又传檄前锋统领苏丹协同围剿，大军所到之处全部获胜。罗卜藏丹津恐惧，送回常寿，请求治罪。皇帝训谕年羹尧：“他是深重辜负国恩、对抗大军的叛贼，国法绝不可宽恕。不能因为他曾经封王，稍有迟疑。凡是和罗卜藏丹津同谋的王、贝勒、贝子、公，既然已经反叛，都应当削去爵位。他们无论前来归降或是被擒获，不再看旧日爵位，只根据罪行轻重，可以宽赦就宽赦，应当治罪就治罪。”
雍正二年，下诏任命岳锺琪为奋威将军，参赞军务。岳锺琪奉命进剿，探知跟随叛贼的巴尔珠尔阿喇布坦从乌兰博尔克逃走，率军追击，追到伊克喀尔吉，擒获其同党阿喇布坦鄂木布。派遣西宁总兵黄喜林，从西尔哈罗色赶赴柴达木，切断噶斯通道。探知罗卜藏丹津逃往乌兰木和尔，岳锺琪再次分兵疾驰进击，擒获他的母亲阿尔泰，俘获大量人口牲畜。罗卜藏丹津和贼党分路逃窜。侍卫达鼐等人在华海子擒获丹津珲台吉，在布哈色布苏擒获阿布济车臣台吉，在乌拉克擒获吹喇克诺木齐、扎什敦多卜等人，罗卜藏丹津逃入准噶尔。所有叛党全部押送到京师，朝廷举行献俘大典。
这场战事之中，起兵抵抗罗卜藏丹津的，是亲王察罕丹津、郡王额尔德尼额尔克托克托鼐。不肯跟随罗卜藏丹津叛乱的，是郡王色布腾扎勒，台吉阿喇布坦、噶勒丹岱青诺尔布、巴勒珠尔、察罕喇布坦、旺舒克喇布坦。被罗卜藏丹津胁迫随从叛乱的，是贝勒朋素克旺扎勒、辅国公车凌、台吉诺尔布。起初依附罗卜藏丹津，不久悔过被赦免的，是贝勒罗卜藏察罕、车凌敦多布，贝子济克济扎布、拉扎布，台吉衮布、色布腾、纳罕伊什。依附罗卜藏丹津的首要叛贼，是吹喇克诺木齐、阿喇布坦鄂木布、藏巴扎木；同党有巴勒珠尔阿喇布坦、扎什敦多布、格勒克阿喇布坦、巴苏泰，以及察罕丹津的侄子塔尔寺喇嘛堪布诺扪汗。中甸隶属于云南丽江府，罗卜藏丹津发给伪札，令当地归附自己。大军抵达之后，当地三千多户百姓请求归降。洮州、岷州边界之外的番部，从前隶属于青海，全部招抚；不肯归顺的，出兵剿灭。阿冈、多卜藏玛嘉、铁布纳珠公寺、朝天堂、卓子山、棋子山、先密寺、兴马寺、阿罗、西脱巴、上笃尔素华藏、上扎尔的各处番众依次平定，青海的战乱终于平息。皇帝御撰《平定青海文》，刻石立于太学。
王公大臣遵旨商议善后事宜，上奏：青海王、台吉应当论功、论罪定赏罚；游牧地界各自划分，仿照内扎萨克制度。每一百户设置一个佐领，不足百户设半佐领，由扎萨克统领。设置协理台吉以及协领、副协领、参领各一名；每一个参领之下设佐领、骁骑校各一名。每年举行会盟，由各部推举盟长上奏朝廷，不许私自推举。朝贡从第二年起分为三班，九年一轮，自备驼马，经由边关入京。互市定在每季第二个月，在西宁西川边外纳喇萨喇地方集会，官兵监督，擅自进入边墙者治罪。另外罗卜藏丹津的吹宰桑，以及察罕丹津侄子丹衷的宰桑色布腾达什等人率众归降，请分别授予千户、百户等官职。还有居住在青海的喀尔喀人，不再隶属于和硕特旗，单独设立扎萨克；土尔扈特、准噶尔、辉特，同样单独设旗。至于番部百姓：陕西所属甘州、凉州、庄浪、西宁、河州，四川所属松潘、打箭炉、里塘，云南所属中甸等处，这些番民，有的是喇嘛的佃户，有的向青海缴纳租赋，只知道蒙古首领，不知道厅、卫、营、伍的朝廷官员。如今番民全部归顺，应当挑选人选授予土司千百户、巡检等职务，归附近道、厅以及卫所管辖。青海、巴尔喀木、藏、卫，旧时称为唐古特四大部，顾实汗攻占此地。因为青海地域广阔适合放牧，巴尔喀木粮食富足，顾实汗令子孙在青海游牧，由巴尔喀木缴纳赋税。藏、卫两地，从前交给达赖喇嘛、班禅喇嘛管理。如今因为青海叛乱，收回这片土地，交由四川、云南地方官员管理。另外达赖喇嘛派人到打箭炉贸易，驮运货物途经察木多、乍雅、里塘、巴塘，向各处喇嘛索要银两，称作鞍租，抵达打箭炉还要纳税。请下令达赖喇嘛停止收取鞍租，打箭炉免除这项税赋；每年供给达赖喇嘛茶叶五千斤，班禅喇嘛减半。西宁各寺庙喇嘛多的有数千人，少的五六百人，容易藏匿奸人。先前罗卜藏丹津叛乱之时，喇嘛率领番民抵抗大军。请从塔尔寺喇嘛中挑选三百名老成者，发给印照；此后每年核查两次，每座寺庙喇嘛不得超过二百人，多的一百多人，少的十几人。番民的粮赋，由地方官管理，根据各寺庙每年所需拨付。陕西边外河州、西宁、兰州、中卫、宁夏、榆林、庄浪、甘州一带水草丰美，林木茂密。蒙古各部贪恋大草滩与昌宁湖的牧地。请在西宁北川边外上下白塔一带，从巴尔托海直到扁都口修筑城堡，不许蒙古随意占据。肃州以西洮赉河、常玛尔、鄂敦塔拉等处，招募百姓开垦肥沃土地，逐步变得富足。宁夏最险要之地，莫过于阿拉善。顾实汗后裔原本在山后游牧，如今有的迁到山前。请令阿拉善扎萨克郡王额驸阿宝，约束所属部众返回阿拉善山后，山前营盘水、长流水一带全部划为内地。甘州、西宁边界各处设立营汛，使蒙古不敢觊觎。巴尔喀木各部，除鲁隆宗以东察木多、乍雅之外，所有番目全部发给印照，依照内地土司管理。青海所属左格各番人，请迁移到内地。阿巴土司头目墨丹桂等人随军平叛有功，请授予安抚司衔，不再隶属于青海管辖。西宁边内可开垦的土地，请从直隶、山西、山东、河南、陕西五省发配犯人，能耕种的，官府供给耕牛、农具、种子，三年之后依照条例征收赋税。甘州喀黄番，招抚作为青海的屏障。青海各部，令各自守好牧地，不许强占，劫掠商人。察罕诺扪汗喇嘛庙不许私自聚众议事。朝廷派遣使者携带敕书前往，无论品级高低，王公以下都要跪迎，心怀二心者必定严惩。皇帝全部采纳这些提议。
雍正三年，下诏把博罗充克克土地拨给阿拉善郡王阿宝居住，管束青海各部，七年之后才下令迁回。同年，青海的和硕特、土尔扈特、准噶尔、辉特、喀尔喀，以及察罕诺扪汗，全都授予扎萨克，铸造“总理青海蒙古番子事务”官印，派遣大臣携带印信镇守此地，管辖各扎萨克。岳锺琪再次上奏：“亲王察罕丹津、镇国公拉扎布等人在黄河以东游牧，靠近河州、松潘各路。先前议定在纳喇萨喇互市，地方狭小，恐怕不能满足蒙古人的需求。请求改在河州、松潘互市。河州定在土门关附近双城堡，松潘定在黄胜关以西河口；两处都有城舍房屋，水草丰美，可以长久开设互市。郡王额尔德尼额尔克托克托鼐、色布腾扎勒等人在黄河以西游牧，靠近西宁，请改在西宁口外丹噶尔寺互市。蒙古常年需要交易牲畜，请允许每年六月之后随时交易，让蒙古和商人都能获利。”朝廷准许。
雍正六年，唐古特噶卜伦阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐等人叛乱，扰乱唐古特，暗中勾结准噶尔，大军将他们诛杀。雍正七年，皇帝认为准噶尔不肯安分，必定侵扰青海、唐古特，于是决定出兵征讨。王公大臣商议，噶斯是准噶尔通往青海、唐古特的要道，请挑选青海扎萨克兵马一千五百人，分守噶斯、柴达木、得卜特尔、察罕乌苏各路，朝廷准许。恰逢噶尔丹策凌派遣使者，声称准备交出罗卜藏丹津，听闻大军将要出发，心生恐惧，又把人带回。雍正八年，下诏暂缓进兵，训谕噶尔丹策凌尽快交出罗卜藏丹津，可以赦免他的罪过。又命青海扎萨克备好兵马，在游牧地待命。不久准噶尔袭击科舍图哨卡，皇帝下令青海兵马火速赶赴噶斯，准噶尔逃走。
雍正九年，朝廷派遣二等侍卫殷扎纳传达谕旨，命令左右翼扎萨克挑选一万兵士，驻扎在青海地势适中的地方，所有官兵都赏赐行装物资。又下令让他们所属部落采买牲畜，不得骚扰地方百姓。扎萨克公诺尔布、拉扎布等人不久就迁移牧地，发动叛乱。
皇帝下诏说：“朕因为准噶尔贼寇趁西路军队防备不周，偷盗驼马，考虑到青海各扎萨克部众，担心他们遭到叛贼侵害，所以下令派兵防护。当初安排采买马羊，本意是想让他们自家放牧的牲畜能够换成银两，从中获利，并不是需要这些少量牲畜来补助军用。朕曾经告诫殷扎纳，所有调兵、采买事务，都要遵从蒙古各部的意愿，丝毫不能强迫。又担心诸王、台吉向属下摊派苛捐，下令严格禁止这类行为，怎么会允许前去办事的人逼迫蒙古各部行事呢？如今拉扎布等人无故迁往别处，或许是殷扎纳没能把朕的谕旨完整宣示，让众人全都明白；加上采买马羊一事没有依从他们的便利，致使拉扎布等人心中疑虑恐惧，想要逃避差役。特此降下谕旨告知拉扎布等人，命他们尽快返回原来的牧地。准噶尔贼寇有可能从喀喇沙尔前往噶斯，暗中前来骚扰，或是增派兵力窥探青海。目前青海各部蒙古士兵还没有全部集结，兵器甲仗也没有准备齐全，很难抵御贼寇的进攻，同时命令官军妥善保护他们。”
恰逢拉扎布等人拒不遵从谕旨，其他各扎萨克将他们擒获并送交朝廷。之后又集结七千兵士作为防备，但是军械、马匹供给不足。皇上怜悯他们，对朝中大臣说：“朕调集这支军队，本意只是保全他们的家眷与游牧部落，并不是征调他们去征伐作战。如今听闻他们的生活状况，朕内心十分哀怜。等事情从容安排妥当，一定会施加恩典。这集结的七千兵士，从中挑选三千人，依照此前下达的恩旨：官员赏赐本年的俸银，士兵每人赏白银五两。戍守的兵士驻防时间已久，财物匮乏，供给茶叶、布帛等物资，以及每月食用的青稞。其余遣返的四千兵士，官员发放三个月俸银，士兵每人赏白银三两，让他们各自返回游牧之地。如果准噶尔贼寇暗中侵扰青海，朕打算预先安排他们从容迁徙，让贼寇长途奔袭却一无所获，不用交战，贼寇力量就会耗尽。等到我朝官军和贼寇交战之时，这三千青海兵士只需要在贼军后方追击，量力夺取贼寇的马匹。凡斩获敌人，当即给予赏赐，并统计缴获马匹数量多少，另行加恩，按等次议叙晋升。
雍正十年，喀尔喀部在克尔森齐老、额尔德尼昭击败准噶尔。皇帝下谕给青海各扎萨克说：“喀尔喀奋勇剿贼，唯独你们为何不能如此？各部都应当振作士气，踊跃为国效命。贼众若要侵扰青海，只有噶斯这一条通路，你们必须严守各处隘口。倘若准噶尔人前来，务必同心协力追杀，将他们全部剿灭。”雍正十三年，朝廷下诏撤回驻防大军，青海各部依旧挑选两千士兵驻守得卜特尔、伊克柴达木等汛地，由台吉达玛璘色布腾、色特尔布木统领。
乾隆十一年，办理青海事务副都统众佛保遵照圣旨，晓谕各扎萨克每年安排汛防。经商议，命郡王额尔德尼额尔克托克托鼐的长子索诺木丹津，以及扎萨克台吉衮布喇布坦、色特尔布木、多尔济色布腾、萨喇等人防守得卜特尔汛；命郡王衮楚克达什、车凌喇布坦，贝子丹巴，辅国公纳木扎勒车凌，扎萨克台吉达玛璘色布腾等人防守伊克柴达木汛。十人分为五班，每三年核查一次军械。乾隆十二年，因为准噶尔使者要前往西藏熬茶，取道噶斯，朝廷再次商议，除伊克柴达木、得卜特尔之外，增设哈济尔、察汗乌苏两处汛卡。
乾隆二十年，大军征讨达瓦齐，进抵伊犁，罗卜藏丹津被擒。皇帝下谕：“罗卜藏丹津辜负国恩，发动叛乱，逃奔准噶尔苟活三十余年。如今两路大军抵达，他无处逃窜，终被擒获，足以彰显国法、大快人心。”罗卜藏丹津被押送到京师，朝廷告祭太庙、社稷，举行献俘典礼，皇帝亲临午门楼接受献俘。因为世宗宪皇帝曾留下谕旨，罗卜藏丹津若被擒获，可以赦免死罪，于是下诏免其死刑。他的儿子巴朗、察罕额布根被授为蓝翎侍卫；对于他留在伊犁的亲属，下诏不必强制内迁。
乾隆二十三年，大军征讨玛哈沁，侦察得知沙拉斯、玛呼斯贼众逃窜到呼尔塔克罗卜诺尔。此地靠近噶斯，连通青海。皇帝下诏命副都统济福赶赴西宁，晓谕青海各部调集一千士兵戒备，再派遣熟悉噶斯道路的人侦查贼寇行踪。不久，青海各部士兵集结于扎噶苏台，朝廷下谕令他们返回各自牧地待命，不要仓促上路。济福遵照圣旨晓谕部众，奏请让牧地较近的人先行返回，同时酌情留下远道而来的士兵驻守乌图，防备突发情况。皇帝体察他办事诚心，下诏酌情赏赐遣返的士兵。过了许久，噶斯一带再无贼寇踪迹，于是撤回乌图的驻军。乾隆二十四年，陕甘总督杨应琚上奏：“青海得卜特尔、伊克柴达木等地设立汛卡、屯驻兵马，原本是为防御准噶尔。如今准噶尔与回部都已平定，请裁撤青海驻防军队。”朝廷批准。早先阿睦尔撒纳叛乱，大军分路进剿，青海各部购置两千匹马、四百头骆驼，送往巴里坤军营。朝廷下诏按价偿付，途中牲畜半数倒毙。到此时，又输送七百多匹马、三百二十多头骆驼，请求补偿死亡牲畜的损失，朝廷下诏依旧按原价给予补偿。
乾隆二十七年，青海所属翁扎萨克请求拨付罗卜藏丹津原先的牧地。杨应琚奉旨前往勘察，上奏说：“洮赉河一带，是西宁、肃州镇标马厂以及番族的牧地，不便拨给。西喇郭勒与西尔噶拉金东西绵延五百余里，南北宽三十余里，土地空旷，而且距离各扎萨克游牧地很近，请将这片土地拨给他们。西尔噶拉金越过河流便是矿山，早已封禁，请令扎萨克就近看守。”皇帝下诏，将西喇郭勒拨给他们；西尔噶拉金河东准许游牧，河西出产铅矿，不许越界私自开采。同年，重新设置西宁办事大臣，管辖蒙古、番族事务。
青海所属各扎萨克，除察罕诺们汗一旗之外，共有二十九旗。爵位三十个：扎萨克多罗郡王三人，一人由亲王降袭，一人由贝勒晋升承袭；扎萨克多罗贝勒二人，一人由郡王降袭；扎萨克固山贝子二人，一人由辅国公晋升承袭；扎萨克辅国公四人，一人由镇国公降袭；扎萨克一等台吉十六人，一人由贝勒降袭，二人由贝子降袭，一人由辅国公降袭；附固山贝子一人；公中扎萨克一等台吉二人。
乾隆二十九年十一月，下令青海各扎萨克每年轮流派兵设卡，防御果洛克。三十年九月，因为果洛克肆意劫掠杀人，谕令青海各扎萨克合力剿捕。三十一年六月，青海的王、贝子、扎萨克等人请求留任办事大臣七十五，朝廷没有准许。七月，下谕给四川，禁止果洛克土司所属番人越境抢夺青海蒙古的牲畜。九月，迁移青海靠近果洛克的各扎萨克游牧地界，增设卡兵。十月，因为青海扎萨克罗布藏色布腾等人的游牧地遭到果洛克番贼劫掠，将其革去爵位。四十年九月，青海扎萨克公礼塔尔外出打猎，被番贼杀害，谕令青海办事大臣福德查办此案。
乾隆五十一年九月，下令禁止青海喇嘛不持路引私自前往西藏。划分青海纳罕达尔济等三旗、罗卜藏丹津、衮楚克二旗的士兵，驻守奎屯、西哩克等地，设立果洛克防卡。五十六年九月，青海郡王纳汉达尔济的属人勾引番人杀害扎萨克沙喇布提，朝廷严厉训诫，同时谕令各部只可在本境内游牧，不得收留藏匿番族。十二月，大军进藏征讨廓尔喀，对于亲自巡查青海新设驿站的贝子罗布藏色布腾，赏给贝勒衔；镇国公达玛林赏贝子衔，对预备驼马的各位王、公、扎萨克，按等次给予赏赐。五十八年，循化等地番族侵占蒙古土地，命办事大臣特克慎派兵驱逐。
嘉庆四年九月，青海郡王那罕多尔济等人呈报：番子劫掠六千多户，杀害男女两千余人。皇帝下诏斥责办事大臣奎舒隐瞒实情，将其革职逮捕，以台斐廕接替，命广厚赶赴西宁查办。十月，根据松筠的奏报，谕令青海蒙古王公安抚本部属民，防止再出现勾引番子劫掠的情况。五年六月，青海贝勒克莫特伊什等人，交出被番子掳掠的牲畜数量很少，谕令台斐廕送交部内严加议处。九月，台斐廕因为不准青海蒙古呈报被番子劫掠一事被免官，任命台布为西宁办事大臣。六年十月，勘定青海各处卡伦，禁止蒙古擅自出境、番子擅自入境。十二月，台布上奏循化番子渡过黄河劫掠，谕令调拨兵马防护。
嘉庆七年二月，台布令西宁镇总兵保青代理河州镇总兵，福宁阿调拨士兵驻守黄河冰桥，保护蒙旗果尔的等部，番族劫掠行为全部收敛。谕令台布责成蒙古各部设法自卫。八月，台布上奏，番子格尔吉部族捆绑献出作案贼番，于是撤回守卡官兵。四月，循化、贵德番子侵扰青海蒙古各旗，劫持贝子齐默特丹巴，谕令办事大臣都尔嘉严格查办治罪。五月，谕令都尔嘉抚恤遭受侵扰的青海蒙古，命贡楚克扎布会同都尔嘉审理番族案件。六月，都尔嘉上奏捕获杀害贝子夫人的凶番齐克他勒，将其处死。命陕甘总督惠龄赶赴西宁查办野番，抚恤受害的青海蒙古，每人额外发给官茶一份。七月，命惠宁等人妥善议定防御番贼的卡伦章程。贡楚克扎布领兵渡过黄河驱逐野番。八月，贡楚克扎布奏报野番退出侵占的蒙古土地，迁回番族原有地界。下令晓谕番目尖木赞归还劫掠的牲畜，绑送贼首，并饬令拟定善后章程。九年九月，办事大臣玉宁再次上奏，青海蒙古遭受番子劫掠的案件极多。
嘉庆十年六月，青海郡王纳罕多尔济呈报蒙古民众穷困，谕令玉宁，遇到水旱灾害，酌情赈济。七月，谕令玉宁告诫郡王纳罕多尔济等人，不许商人私自采伐木材、采挖大黄。九月，玉宁上奏，青海番子尖木赞等人占据诺们汗等旗的牧地。命贡楚克扎布赶赴西宁，会同将其驱逐。十一年二月，办事大臣贡楚克扎布上奏：“将贵德、循化番子头目带到闇门内，会同西宁镇总兵九十、西宁道庆炆当面传旨晓谕。番目尖木赞、策合洛等人请求每年各自献出羊只，租住蒙古闲置空地；今年三四月间划定边界，设立鄂博，每年春季再加一次会哨。”六月，贡楚克扎布上奏，番帐已经全部驱逐干净，请求把青海尚那克的空地安置野番，朝廷准许。二十二年十月，青海扎萨克台吉恩凯巴雅尔捕获劫掠蒙古的果洛克番贼，赏给花翎。二十四年十二月，署理陕甘总督朱勋上奏，边外番目绑送番贼，交还原先掳掠的蒙古人口与牲畜，赏番目尖木赞四品顶戴。
道光二年正月，根据朱勋奏报，黄河北岸搭帐游牧的循化等九族野番，以及盐池一带采盐番户拒不返回旧巢；另外蕴依、双勿两族，勾结循化、贵德以及四川野番，盘踞原属贝勒特里巴勒珠尔六旗游牧的克勒盖、克克乌苏地区，劫掠蒙古各旗。请求增加卡防官兵，朝廷准许。命长龄回任陕甘总督，会同松廷审时度势处置，设法驱逐。三月，长龄奏调官兵八千余名，分路进军，逼迫野番迁移。五月，长龄上奏，剿平蕴依等二十三族野番，全部肃清。谕令妥善筹划善后事宜，同时晓谕蒙古王公，努力振作，互相保卫。六月，长龄上奏，贝勒特里巴勒等人移居青海已久，不愿返回原来牧地；请求将克勒盖一带交给察罕诺们汗部居住，克克乌苏一带交给阿里克阿百户管辖；停止每年会哨的军队，不再追究诺们汗疏于管束属下勾结野番劫掠的罪责，朝廷批准。不久野番再次出来劫掠贝子喇特纳希第的游牧地。八月，长龄奏报野番一千多人渡过黄河烧杀抢掠。朝廷命那彦成火速前往查办，署理陕甘总督；斥责长龄处置失当，撤去双眼花翎。十月，那彦成上奏，酌情增设卡隘，严拿内地奸商。他说：“野番本性顽劣，蒙古贵族虐待属下，属下便投奔野番谋生，引导野番劫掠旧主。内地歇家奸贩，潜伏在此贸易，无事时教唆野番逐步侵扰边境，一旦官军出兵，便偷偷通风报信。近年番人势力日渐扩张，根源就在这里。”十一月，增设西宁镇镇海协副将、都司、守备各一员，大通营游击一员，哈拉库图尔营都司一员，哈玛尔托亥营都司一员，双俄卜营守备一员，千总、把总以下官兵按等次增设。这是采纳那彦成的请求，用来保护蒙古旗、防御番贼。十二月，那彦成上奏：“察罕诺们汗所属部众伙同野番，勾结内地奸人，为盗已久。这次断绝他们粮食茶叶供给，立刻陷入困窘，愿意迁回黄河南岸游牧，现已押令他们渡河。”皇帝称赞他不劳大军、不拖延时日，办事认真。议定清理河南、循化、贵德番族，安置河北番族，以及粮茶交换的章程；设置千户、百户、百总、十总来管束他们；封闭野牛沟、八宝山等处私采金砂的矿洞。
道光三年，赈济遭受侵扰的青海郡王车凌敦多布等二十四旗青稞三万石。十月，批准理藩院覆核那彦成的奏章，将青海黄河北岸二十四旗分为左翼、右翼，每翼设置正、副盟长各一人；每六旗设一名扎齐克齐，每三旗设一名梅楞，每旗设一名扎兰，承办巡防事务。每旗抽调二十五人，五人为一班，每季度轮换，随同官兵巡防。十八年，玉树熟番里的雍希叶布、蒙古尔津尼、牙木错、卡爱尔四族，为躲避果洛克番劫掠，投奔青海。右翼盟长郡王恭木楚克集克默特愿意让出游牧地内空闲地段供他们居住。西宁办事大臣苏勒芳阿派员勘定地界：东到和达素沟，西至奎田口，北抵乌兰麦尔河沿岸，南到哈利盖边界；在四处高地设立鄂博，划分地界。雍希叶布四族共计二百零九户，男女大小一千一百八十口。议定缴纳马贡、交换粮茶的各项章程。盟长、百户、番目拜见苏勒芳阿，商定相关事项，禁止额外摊派苛捐。九月，奏报呈上，圣旨批准照此执行。十二月，青海两翼正副盟长郡王车凌敦多布等人向苏勒芳阿呈报：“黄河南岸察罕诺们汗一旗屡遭番贼劫掠，人口失散，如今仅剩三百多户，难以维持生计，人口不到原来四分之一。请求将这一旗依旧迁到黄河北岸，和察罕洛亥驻防官兵协同把守渡口，确实对蒙古有利。”苏勒芳阿上奏：“当即饬令贵德文武官员，将该旗安分守法的民众迁到河北，交给车凌敦多布代为管理。仍令仔细稽查，凡是有生事为盗的人，不准一同迁来，以示慎重。”朝廷准许。
道光二十二年，果洛克番贼窜入青海，劫掠蒙古与番族。盟长郡王恭木楚克集克默特领兵剿捕，俘获多名番贼，夺回被抢牲畜，朝廷赏赐绸缎表彰。二十三年七月，根据陕甘总督富呢扬阿等人奏报，河北近边与河南番族畏惧国法，酌情裁撤各路官兵；赏赐出力的左翼盟长郡王贝子索诺木雅尔吉，分给参与事务的蒙古、番族牛羊一万四千六百多头。二十四年三月，核算斩杀、擒获偷渡河北番贼的功绩，赏左翼副盟长贝勒罗布藏济木巴双眼花翎。五月，番族喀布藏与蒙古结仇报复，被蒙古人击败。六月，富呢扬阿上奏，调拨防兵与蒙古、番兵，每季度出巡之前，在青海中部的贡额尔盖地方会哨。同年，寄居郡王恭木楚克集克默特旗的雍希叶布四番族，返回原来牧地。不久番贼再次出来劫掠，命甘肃提督胡超赶赴永固剿捕，饬令西宁办事大臣德兴驻守丹噶尔。六月，陕甘总督布彦泰等人上奏，围剿黑错寺，番族四散逃遁，酌情撤兵。
咸丰二年，根据陕甘总督舒兴阿奏请，谕令暂时驻守永安城的蒙古郡王等人返回牧地，裁撤察罕洛亥等处一半蒙古兵。咸丰四年，陕甘总督易棠上奏，在野牛沟三处各招募猎户一千人开采金砂，抵御番匪。同治三年，饬令山西筹措运送青海蒙古王公的年度俸银。因青海剿贼有功，对扎萨克王乌尔珲扎布等人按功嘉奖叙官。
光绪元年九月，西宁办事大臣豫师上奏，捕获在柴达木劫掠杀害番目的蒙古案犯。谕令免于对扎萨克达什多布吉议处，但依旧责令他严格管束部众。光绪四年十一月，赏赐青海多年剿匪立功的副盟长贝勒拉旺多布吉等人。
光绪二十三年二月，甘肃回匪刘四伏等带领数万溃贼，由南山水峡口窜入青海格德地方。贝子纳木希哩率领蒙古兵，右翼副盟长贝勒拉旺多布吉、贝子吹木丕勒尔布、察罕诺们汗旗以及刚咱族总千户，全都派兵会合堵截围剿。纳木希哩阵亡。不久追赠纳木希哩郡王衔，给予抚恤。当月十四、十五日，匪贼窜入左翼郡王鞥克济尔噶勒游牧的都蓝果立地方，鞥克济尔噶勒派兵进击，匪贼于是窜往柴达木，声势浩大。陕西巡抚魏光焘派遣道员严金清率领马队由水峡口尾追；甘肃提督董福祥派马队从丹噶尔日月山出关，在青海湖以南一带会师，一同进军都蓝果力。刘四伏等人占据遐力哈净、腮什唐等地，凭险顽抗。在柴达木游牧的左翼盟长贝子恭布车布坦、贝勒车琳端多布、台吉索木端多布等人亲自率领蒙古兵迎击。当时关外大雪严寒，回匪得不到粮食，冻饿而死的超过半数。刘四伏见大势已去，向西分路窜往安西、敦煌地界。陕甘总督陶模派遣道员潘效苏分兵由扁都口进兵作战；西宁办事大臣奎顺饬令在大通游牧的右翼正盟长郡王棍布拉布坦、公齐克什扎布、台吉丹把、台吉齐莫特林增，阿里克族百户格拉哈官布等人亲自督率蒙古、番族兵丁，会同官军，分路合围围剿。公齐克什扎布手部中枪受伤，裹伤力战。刘四伏率残匪向西逃遁，其余贼众投降，安置在贝子恭布车布坦旗管束，青海全境肃清。陶模上奏请功，对郡王鞥克济尔噶勒等人按等次封赏。陶模等人在丹噶尔厅设立机构，发放白银、布匹、粮食、茶叶赈济遭难各旗。
宣统二年四月，郡王巴勒珠尔拉布坦被选为资政院钦选议员。宣统三年四月，青海左翼正盟长扎萨克贝勒车林端多布去世，广恕上奏，由本翼郡王鞥克济尔噶勒暂时代理。
青海境内有矿藏、盐池，林木资源也很丰富。共有佐领一百零三个。
列传三百十 藩部六
杜尔伯特 旧土尔扈特 新土尔扈特 和硕特
杜尔伯特部，在金山以东乌兰固木游牧。东边萨拉陀罗海、纳林苏穆河，连接唐努乌梁海；南边哈喇诺尔、齐尔噶图山，连接科布多牧场与明阿特；西边索果克河，连接阿尔泰乌梁海；北边阿斯哈图河，连接乌里雅苏台卡伦。本是额鲁特绰罗斯部族，和内扎萨克科尔沁右翼那一旗名称相同，但部族不一样。
厄鲁特原先设立四卫拉特，杜尔伯特是其中一支，辉特隶属于它，后来统称卫拉特，详情记载在青海厄鲁特部传。准噶尔台吉噶尔丹残害同族子弟，他兄长的儿子策妄阿喇布坦背弃他，迁居博罗塔拉，杜尔伯特各台吉跟随前去，在额尔齐斯分地游牧。等到准噶尔内部大乱，杜尔伯特归附朝廷，设立扎萨克十四旗，附带辉特扎萨克二旗，统称为赛因济雅哈图杜尔伯特部。
杜尔伯特的先祖名叫博罗纳哈勒，和准噶尔先祖额斯墨特达尔汉诺颜是兄弟。博罗纳哈勒之子额什格泰什，三代传到达赖泰什。达赖泰什有七个儿子：长子敏珠，后代不显；次子垂因；三子陀音，他的后人全都隶属于察哈尔；四子鄂木布岱青和硕齐，是扎萨克汗车凌、亲王车凌乌巴什、贝勒刚多尔济三旗的始祖；五子衮布；六子达延泰什；七子塔尔珲泰什，后人分属各扎萨克。达赖泰什的弟弟叫保伊尔登，生四子。长子鄂尔罗斯，是扎萨克台吉恭锡拉、达什敦多克二旗始祖；次子巴特玛多尔济，是扎萨克贝勒色布腾、贝子班珠尔，辅国公刚、巴图蒙克、台吉额布根五旗始祖；三子额璘沁巴图尔，是扎萨克贝子根敦、玛什巴图，台吉巴尔三旗始祖；四子伯布什，是扎萨克郡王车凌蒙克一旗始祖。和硕特台吉鄂齐尔图，是卫拉特的首汗，绰罗斯各台吉都归他统辖。
顺治十四年，杜尔伯特台吉陀音派遣哈什哈等人，从鄂齐尔图的驻地前来进贡马匹。顺治十五年，鄂木布岱青和硕齐之子伊斯扎布再次派遣额尔克进贡马匹。
康熙十四年，台吉额勒敦噶木布跟随鄂齐尔图的使者入朝进贡，自称属于阿勒达尔泰什一族。阿勒达尔泰什就是垂因的儿子，当时是部落首领。康熙十六年，噶尔丹杀害鄂齐尔图，派遣使者奏报，自称为博硕克图汗，借机胁迫所有卫拉特遵从他的命令。朝廷下令给各位贡使发放符信凭证，噶尔丹不肯听从，谎称杜尔伯特、和硕特、土尔扈特虽然隶属于准噶尔，但牧地遥远，来不及颁给符验。康熙二十四年，议定四卫拉特的贡使制度：噶尔丹的使者入关名额限定二百人，其余人到张家口、归化城贸易；绰罗斯本部贡使噶尔玛岱青和硕齐、杜尔伯特台吉阿勒达尔泰什，以及和硕特、土尔扈特首领，都按这个规制办理。
康熙三十三年，台吉巴拜前来归附。巴拜是陀音之子。噶尔丹因为他在附近游牧，强行夺走他的亲属。巴拜讨要不得，畏惧不敢争辩。后来跟随噶尔丹攻打喀尔喀，到乌兰布通时，打算脱离噶尔丹归降大清，被伊拉古克三呼图克图暗中阻拦。到这时，他带着侄子齐克宗前来投诚。皇帝考虑他熟悉塞外情形，不便安置在内地，下诏把他安置在喀喇沁牧地。
康熙三十六年，台吉车凌前来归附。车凌是阿勒达尔泰什的孙子，他父亲乌尔衮跟随噶尔丹攻打喀尔喀，被大军击败，带领三百多部众逃到图拉河一带。皇帝得知此事，谕令护军统领玛喇：“你们迅速赶赴图拉，派人询问缘由。他们若是打算内附，怕被喀尔喀阻拦；或是无力前来，滞留当地，可以将他们接来。如果他们打算前往阿勒台，听凭自便。既不愿内附，又不前往阿勒台，就见机行事。”玛喇抵达后，搜寻不到踪迹。噶尔丹再次入侵喀尔喀，乌尔衮又跟随出征，被和托辉特台吉根敦在阵前斩杀。车凌跟着噶尔丹逃到巴颜乌兰游牧，根敦将情况上报。朝廷派使者招谕车凌归降，车凌没有前来。不久噶尔丹战败逃窜，车凌准备归降，我军不知情而发起攻击，车凌于是逃走。他的属众绰克图巴图尔、宰桑莽奈哈什哈、都喇图巴图尔、班丹哈什哈、宰桑扎尔瑚齐什贲达尔汉、宰桑苏穆齐扎尔瑚齐、阿哈雅扎尔瑚齐、毕哩克扎尔瑚齐等人，率领一百多人内附。当时巴拜的属众也一同前来，朝廷下令安置在张家口外。巴拜派遣宰桑博克请求归还自己旧属部众，朝廷派官员核查后拨付给他。不久巴拜入朝，请求在朝廷效力。皇帝谕令：“你率先率众归降，朕自有加恩之处。你依旧带领所属部众驻牧喀喇沁。”
车凌战败之后，知道噶尔丹不可依靠，派遣使者上奏：“杜尔伯特部从最初向中原进贡，到阿勒达尔泰什，入朝纳贡已经五代。先前承蒙圣恩，派巴扎尔传谕我的属人功格额尔克，令我归诚，许诺优待。我遵旨归降，反而遭到官军攻击，我因恐惧逃走，乞求颁下恩旨。”皇帝下谕：“车凌前来归降之时，我方绿营、蒙古士兵不知情而发起进攻。如今他再次遣使奏请，理藩院发文令他尽快归降，朕会优厚抚恤。”恰逢朝廷派遣使者招抚噶尔丹，令车凌的使者一同随行。等使者抵达，车凌已经迁移别处；使者携带檄文前去晓谕。车凌派遣功格额尔克上表归降，亲自到大将军费扬古军前禀报：“乌兰布通之战之后，我的父亲乌尔衮本有归降之心，没能上达天听。我先前遭到大军攻击，心中恐惧，带领残余部众十余人逃到达玛尔，遇到噶尔丹，一同前往萨克萨克图固哩克。不到十天，又离开那里逃往额克阿喇勒。我深知噶尔丹的罪行，若继续与他为伍，只会白白送死。听闻圣上安抚厄鲁特降人，人人各得安身。我集结所属二百五十多户向内迁移，翻越汗阿林翁吉，历经四个月才抵达。请代我奏明此情。”费扬古火速上疏奏报，把他的家眷安置在张家口外，召车凌到行营觐见。下诏授车凌为散秩大臣，巴拜也同样授予此职。
第二年，下诏把巴拜、车凌的部众划归察哈尔正白旗，编设两个佐领：车凌的属众由六品官班丹毕哩克及壮丁百余人组成，以功格额尔克任骁骑校统领；巴拜的属众由五品官戴和硕齐、纳木喀琳沁、额尔德尼达木巴，六品官达尔扎巴图蒙克、色棱泰墨尔根伊什德克以及壮丁百余人组成，由达木巴统领。后来巴拜去世，没有子嗣。车凌去世，其子策旺达尔济承袭。
康熙五十四年，下诏到阿勒台招降台吉丹津。丹津是鄂木布岱青和硕齐的孙子，与车凌是同族兄弟，在阿勒台游牧，有一千多户。和托辉特台吉博贝请求前往阿勒台招降丹津，若丹津抗拒，就出兵攻取。皇帝令车凌派遣使者携带书信一同前往。等抵达的时候，丹津已经迁到策妄阿喇布坦的牧地。
康熙五十九年，靖逆将军富宁安在伊勒布尔和硕擒获台吉垂木伯尔。当时策妄阿喇布坦依靠兵力控制四卫拉特，命令各台吉环绕乌鲁木齐、额尔齐斯游牧，凭险割据。我大清大军屯驻巴里坤、阿勒台两路进行遏制；侦察得知准噶尔袭击西藏，朝廷下诏大军前去讨伐，同时分兵攻打准噶尔境内。垂木伯尔是丹津同族台吉，带领部众驻守乌鲁木齐，在伊勒布尔和硕、阿克塔斯道路设立哨卡。富宁安领兵至阿克塔斯设哨，贼众逃走，官军追击到伊勒布尔和硕发起进攻，擒获垂木伯尔。乌鲁木齐的部众听闻消息全都四散奔逃。
乾隆十八年冬天，台吉三车凌前来归附。三车凌指：车凌、车凌乌巴什、车凌蒙克，统称杜尔伯特台吉，巴约特是他们的属部。杜尔伯特以车凌为首领，车凌乌巴什次之。巴约特以车凌蒙克为首领，全族聚居额尔齐斯。准噶尔旧有两位策凌敦多布：大策凌敦多布擅长谋划，小策凌敦多布以勇武闻名；策妄阿喇布坦和他的儿子噶尔丹策凌都重用二人。大策凌敦多布的孙子达瓦齐袭杀噶尔丹策凌的继承人，自立为台吉。小策凌敦多布的孙子讷默库济尔噶勒和达瓦齐交战，两人都命令杜尔伯特部族出兵相助。车凌等人想要抗拒，力量不足；想要依附，又不知何去何从。集合族人商议说：“依附准噶尔，不是长久之计，不如归附天朝，求得永久安居。”有一名被准噶尔掳掠的喀尔喀士兵额璘沁达什，听到这个谋划，脱身逃回，上报朝廷。朝廷下谕，命定边左副将军、喀尔喀亲王成衮扎布等候三车凌抵达，察验他们的诚意，接纳归降。不久三车凌舍弃额尔齐斯牧地，从准噶尔东部乌兰岭乌英齐一带行进，经过十九天抵达博东齐；派遣使者巴颜克什克、都图尔噶等人急赴巴颜珠尔克，禀报归降的缘由，把部众留在额克阿喇勒等候。成衮扎布命令守汛将士观察情况，担心有诈，传令喀尔喀兵马戒备，并上奏朝廷。皇帝下谕：“车凌等人归降，并非心怀叵测。达瓦齐和讷默库济尔噶勒互相攻伐，车凌等人被迫出兵助战，胜负难料。就算所辅佐的一方获胜，终究还是受人驱使，不如归降本朝为上策。他们已经遣使说明实情，如果依旧让他们停留在汛卡之外，一旦贼兵来袭，恐遭不测。可以立即迁入内汛，暂时拨给牲畜，慢慢商议安置办法。先从车凌、车凌乌巴什以及随同前来的人中挑选数人，令他们觐见朕，朕会优厚赏赐。”派遣侍郎玉保携带赏赐物品前去宣谕。刚上路，皇帝考虑他们部族久居塞外，不少人没有出过痘，若是直接带入内地，哪怕伤及一名仆从都于心不忍，下诏等到第二年，在塞外接受朝见，不要立刻来京师，以体现体恤之意。三车凌惧怕准噶尔军队来袭，请求尽快迁入汛内，并且献上马匹作为信物。成衮扎布接纳他们，令他们暂时驻牧乌里雅苏台。达瓦齐派遣宰桑桑禡木特领兵偷袭，没能追上，只得退兵。玉保抵达，三车凌到十里之外迎接，聆听圣谕。他们上奏说：“噶尔丹策凌在位时，我们就想内附，只是部众人心未定，加上法令严苛，没有机会。如今躲避战乱前来归降，希望觐见天子。承蒙圣主体恤出痘风险，推迟入朝觐见，请求先派遣宰桑等人赴京师朝见。”车凌的使者是和通、巴颜克什克；车凌乌巴什的使者是哈锡塔；车凌蒙克的使者是巴图。第二年正月，使者抵达京师，皇帝令他们和元旦朝贡的藩臣一同赴宴。皇帝考虑他们远道而来，驼马疲惫，缺少牲畜，不忍心马上让他们远迁，下诏查看推河、扎克拜达里克、库尔奇勒可以耕种的土地安置他们，谷种从归化城调取。又赐给车凌、车凌乌巴什各五千只羊，车凌蒙克三千只羊，用来供养部众。不久划定扎克拜达里克作为牧地。
车凌乌巴什属下巴启、齐伦等人叛逃。喀尔喀士兵偷盗车凌属人伊尔都齐的马匹，索要马匹不成，还射杀伊尔都齐。朝廷下谕令喀尔喀扎萨克调鄂尔坤秋防士兵一百人看护牧地，同时传令临近汛卡的各扎萨克搜捕叛贼，务必擒获。后来巴启等人被捉拿治罪。四月，皇帝下谕：“内扎萨克与喀尔喀都设置正副盟长，管理游牧事务。如今新归降台吉车凌带来的人口，全部编旗设佐领，应当仿照内扎萨克、喀尔喀制度设立正副盟长，赐盟号为赛因济雅哈图盟。”五月，皇帝巡幸热河，驻跸避暑山庄。三车凌带领各台吉前来，皇帝在万树园赐宴，命人表演焰火。下谕说：“杜尔伯特台吉等人原本都是准噶尔的大头首领，向往朝廷仁政，带领一万多部众诚心归降，应当广施厚恩，册封爵位，彰显怀柔安抚的心意。你们各自管束属下，安分谋生，不要辜负朕的恩典。”当时该部设立扎萨克十三旗，除三车凌之外，还有色布腾、蒙克特穆尔、根敦、班珠尔、刚、巴图蒙克、禡什巴图、达什敦多克、恭锡喇、巴尔，分别封为亲王、郡王、贝勒、贝子、公、一等台吉，等级各有差别。后来蒙克特穆尔跟随车凌蒙克之子巴朗叛逃，朝廷另封他的弟弟额布根为扎萨克，其余人爵位不变，详情见列传。秋季七月，将军策楞请求将三车凌的牧地迁到归化城青山东侧。当时正在筹备征讨达瓦齐的军务，皇帝下谕：“巴朗等人刚刚叛逃，如果迁移他们的牧地，会让新归附的部众心生疑惧，也不是平定准噶尔的本意，令他们安心留在现有牧地，不要迁移。”
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