列传二百六十二 洪秀全
洪秀全，广东花县人。年少时喜好饮酒赌博，品行无赖，靠占卜游历广东、湖南一带。有个叫朱九畴的人，倡导上帝会，又叫三点会，洪秀全和同乡冯云山拜他为师。朱九畴死后，众人推举洪秀全做教主。官府搜捕紧迫，洪秀全便前往香港加入耶稣教，借此对抗官府。不久偕同冯云山到广西传教，定居桂平。当时洪秀全的妹夫萧朝贵，以及杨秀清、韦昌辉都家在桂平，互相结交。贵县石达开也前来入教。洪秀全曾经患病，谎称自己病死七天之后复活，能够预知未来。他宣称：“上帝召唤我，天下将有大劫难，只有拜上帝才能免除灾祸。”凡是会中男子互称兄弟，女子互称姊妹，想要所有人平等，假借西洋宗教的名义。他自称能够与上天对话，说天父名叫耶和华，耶稣是他的长子，自己是次子。此后常常独自待在一间屋内，不许旁人偷看，不吃不喝，一连数日才出来。出来之后就说自己和上帝商议大事，众人都惊骇信服。又编造宝诰、真言等伪书，秘密传播。暗中蓄发，藏身深山。唆使人分头前往武宣、象州、藤县、陆川、博白各县，引诱百姓入会。
起初，广西连年饥荒，盗匪四起。湖南雷再浩、新宁李沅发又窜入广西作乱。广西盗匪张家福等人各自率领数千党徒，四处劫掠。洪秀全趁此时机，和杨秀清创立保良攻匪会，操练兵马、筹集军饷，前来归附的人越来越多。桂平知县设计诱捕洪秀全，搜出入会名册十七本；巡抚郑祖琛迟疑不决，最终释放了他。洪秀全出狱之后，杨秀清率众迎接，招纳亡命之徒，贵县秦日纲、林凤祥，揭阳海盗罗大纲，衡山洪大全都前来归附，部众达到万人。冯云山饱读诗书，富有谋略，负责编排队伍、规划攻守方略。这一年是丁未年，对应“红羊”的谶语，于是趁机在金田起兵作乱。朝廷罢免郑祖琛，起用前云贵总督林则徐担任钦差大臣前往督师。林则徐在途中病逝，朝廷用两广总督李星沅接替，赴广西剿贼。叛贼窜到平南恩旺墟，副将李殿元击退他们；贼寇再次反扑，巡检张镛不屈殉难；贼寇依旧逃回金田。李星沅传令清江协副将伊克坦布进兵攻打，伊克坦布被包围阵亡。李星沅调镇远总兵周凤岐前去救援，大战一昼夜，斩杀数百贼寇，包围才得以解除。皇帝看到贼势日渐强盛，任命前漕运总督周天爵代理广西巡抚；周天爵奏请让提督向荣专门围剿金田。
咸丰元年，洪秀全僭越称帝，伪号天王，放火焚毁村落，驱赶部众分路袭扰桂平、贵县、武宣、平南等县，攻入象州。皇帝命广州副都统乌兰泰会同征讨，任命大学士赛尚阿为钦差大臣，率领都统巴清德、副都统达洪阿火速赶赴广西布防。乌兰泰抵达象州，三战全胜，上疏说：“广西贼寇大多是乌合之众，唯独东乡这伙人僭称尊号、设立官职、改换服饰、蓄留头发，怀有远大图谋，凶悍远超一般盗匪，实在是心腹大患。”周天爵主张移营步步进逼，把贼寇驱赶到罗渌洞一网打尽，向荣不认同这个方案。传令贵州镇总兵秦定三移营大林，堵截贼寇向北逃往象州的道路，秦定三也不遵从命令。四月，洪秀全从大林突围逃往象州，进犯桂平新墟。赛尚阿增调四川军队，招募乡勇，合计三万人，分兵扼守险要关隘。一日之内七战全胜，斩杀俘获两千贼寇，贼寇依旧逃回新墟。七月，贼寇窜入紫金山，山前以新墟作为门户，后方以双髻山、猪仔峡作为要害。巴清德带领四川、湖南乡勇绕到后山，上下夹击夺取双髻山，贼寇大败，屯守风门坳。向荣率领各路军队分三路进攻，阵斩韦昌辉的弟弟韦亚孙、韦十一等人，贼寇才逃走。清军追击，恰逢天降大雨，军械全部遗失。
闰八月，贼寇分两路向东逃往藤县，向北进犯永安，攻陷永安城，于是建国号太平天国。洪秀全自立为天王，妻子赖氏为王后，建元天德。封杨秀清为东王，军政大事全部由他决断；萧朝贵为西王，冯云山为南王，韦昌辉为北王，石达开为翼王，洪大全为天德王；秦日纲、罗亚旺、范连德、胡以晃等四十八人，担任丞相、军师等伪职。当时官军占据优势，贼寇自知不敌，已有溃散的打算。唯独杨秀清献策封王，以此笼络部众，本将覆灭的贼势再度复燃。九月，大军移驻阳朔，合力攻打永安，贼寇分兵驻守莫家村。乌兰泰在秀才岭设立中军大旗，上方架设红色伞盖，地下埋设地雷，引诱贼寇前来，烧死四千贼众；大军趁势进攻，于是攻克莫家村。
咸丰二年正月，清军围困永安，摧毁东西炮台。二月，石达开把军队分成四支，在寿春营击败清军，进而攻破古束冲、小路关。伪丞相秦日纲由水窦屯驻仙回岭。乌兰泰分兵两面夹击，斩杀数千贼寇，擒获伪天德王洪大全，用囚车押送京师，在闹市凌迟处死。当时大雨倾盆，乌兰泰率领精兵进山，山路泥泞湿滑，贼寇趁清军阵势尚未稳定，短兵突击，清军大败。洪秀全采纳杨秀清的计策，从瑶山、马岭的小路直奔桂林。乌兰泰率领残兵追到城南将军桥，身受重伤，死于军中。三月，贼寇直扑广西省城。向荣提前绕道赶到省城，贼寇随即抵达，城中已有防备，相持不能破城，贼寇解围向北撤走。
冯云山、罗大纲作为先锋，攻陷兴安、全州，准备顺江直取长沙。浙江知县江忠源在蓑衣渡阻击，冯云山中炮身亡，贼寇改道逃往道州。道州民风强悍，多有会党，贼寇所到之处，众人争相效死，声势再度壮大。六月，贼寇攻陷江华、宁远、嘉禾。七月，攻陷桂阳州；江忠源领兵追至，一战击退贼寇，贼寇奔赴郴州。萧朝贵自负胆略过人，认为其他贼首迟缓怯懦，又侦查得知长沙守军单薄，可以突袭攻取，于是率领李开芳、林凤祥，经由永兴、茶陵、醴陵奔袭长沙，在城南设立大营。八月，萧朝贵攻打长沙南门，官军反击，萧朝贵战死，尸体埋在老龙潭，后来被挖出枭首。洪秀全听闻萧朝贵战死，从郴州赶来，督促攻城，攻势更加猛烈。九月，挖掘地道攻城，多次未能成功。
十月，洪秀全在南门外得到伪玉玺，宣称是上天所赐，胁迫部众高呼万岁。当夜渡过湘水，由回龙塘逃往宁乡，抵达益阳。掳掠民船数千艘，从临资口驶出，横渡洞庭湖，攻陷岳州。岳州城中原先储藏吴三桂遗留的军械，至此全部落入贼寇手中。贼寇进入长江，十天之内抢夺五千艘船只，妇女、财物全部装载船上。洪秀全乘坐龙舟，树立黄旗，排列巨炮，夜晚悬挂三十六盏大灯，其余船只照此设置，数十里火光如同白昼，顺江东下。十一月，攻陷汉阳。十二月，进攻武昌。当时杨秀清主管军令，李开芳、林凤祥、罗大纲掌管军务。恰逢长江、汉水冬季水浅，贼寇抢夺船只搭建浮桥，用铁索相连，直通省城，分城门进攻。向荣火速赶到，约城内守军里外夹击；巡抚常大淳担心开城会生出变故，没有应允。地雷引爆，城墙崩塌，武昌陷落。洪秀全下令，百姓蓄发，束戴头巾。在小别山下修筑高台，登台演说，宣称吊民伐罪。
咸丰三年，皇帝因为赛尚阿久战无功，任命两广总督徐广缙为钦差大臣。此时石达开攻打武昌，徐广缙滞留岳州不敢进兵，皇帝下旨斥责其罪，改任向荣为钦差大臣，日夜猛攻。贼寇放弃武昌，乘船东下，部众号称五十万，粮草、军械、女子、财货全部放在船上，步兵骑兵分两岸夹江行进，向九江进发，接连攻下黄州、蕲水等十四个州县；抵达广济县，攻占武穴镇。两广总督陆建瀛率领两万多士兵、一千五百艘战船逆流而上，遭遇贼寇不战而逃，前部全军覆没，陆建瀛狼狈逃回金陵。贼寇逼近九江继续东下，收缴官军丢弃的火炮军械，攻破安庆，巡抚蒋文庆殉难。贼寇抢夺无数白银粮食，水陆并进，抵达金陵，沿着城墙修筑二十四座营垒，备好战船，从新州大胜关连绵到七洲里，昼夜轮番攻城，挖掘地道毁坏城墙，守城士兵溃败混乱。陆建瀛改换衣服出逃，被贼寇杀害。将军祥厚会同副都统霍隆武等人驻守满城，两天之后城破，全部战死。城中男女死者四万多人，阉割童子三千多人，以此发泄守城遭到抵抗的愤恨。
洪秀全攻破金陵之后，在此建立伪都城，拥精兵六十多万。部下纷纷上表称颂他是明代后裔，首先拜谒明太祖陵，举行祭祀大典。祝文写道：“不肖子孙洪秀全得以光复我大明先帝南部疆土，在南京登极，一切遵循洪武元年祖制。”军士夹道三次高呼汉天子，颁布登极诏书。大规模封赏将士，王位分为四等，侯爵五等。设置天、地、春、夏、秋、冬六官丞相，为第六等；殿前三十六检点，第七等；殿前七十二指挥，第八等；炎、水、木、金、土正副一百将军，第九等；炎、水、木、金、土九十五总制，第十等；炎、水、木、金、土正副一百监军，第十一等；前、后、左、右、中九十五军帅，第十二等；前、后、左、右、中四百四十五师帅，第十三等；前、后、左、右、中二千三百七十五旅帅，第十四等；前、后、左、右、中一万一千八百七十五卒长，第十五等；前、后、左、右、中四万七千五百两司马，第十六等。从检点到两司马，都有同级别的职官名目。这套制度大致分为朝内官、军中官、守土官三类：朝内官如掌朝门左右史之类，名目繁多，不断新增；军中官设总制、监军、军帅、师帅、旅帅、卒长、两司马。凡是攻城作战，常由国宗或者丞相领兵；而训练士兵、编排队伍、安营筑垒、列阵出兵，都交由军帅负责，经由监军、总制上报领兵大帅决断。大小官员层层节制，指挥灵便，体系分明，很有驾驭部众的办法。守土官有郡总制、州县监军、乡军帅、乡师帅、乡旅帅、乡卒长、乡两司马。地方上的诉讼、钱粮事务，由军帅、监军筹划，最终由总制定案，地方重大民政，都可以决断。
定都金陵之后，贼寇分兵攻占府、厅、州、县，就地设立军帅以下各级官员，归监军统管，由总制镇守；监军、总制听命于伪朝廷。军帅到两司马称为乡官，乡官由本地人担任。军帅同时管理军民政务，师帅、旅帅、卒长、两司马依次统属，全部依照军队体制。另外设有女官：女军师、女丞相、女检点、女指挥、女将军、女总制、女监军、女军帅、女卒长、女管长，也就是女两司马，总计女官六千五百八十四人。女军四十军，女兵十万人，同级职官名目与男官相同。男女官员合计三十多万，临时增设、恩赏的伪职还不算在内。
他们的军制：每一军统辖一万二千五百人，由军帅统领，总制、监军监察。军帅之下管辖五名师帅，每名师帅统领二千五百人。每名师帅管辖五名旅帅，每名旅帅统领五百人。每名旅帅管辖五名卒长，每名卒长管辖四名两司马。每一两司马管辖五名伍长，二十名伍卒，合计二十五人。
阵法共四种：第一种叫牵阵法。凡是部队转移，必须下令使用牵阵行军法。每一两司马手持一面旗帜，身后跟随二十五人。百人队伍，中间设卒长旗一面；五百人，中间设旅帅旗一面；二千五百人，中间设师帅旗一面；一万二千五百人，中间设军帅旗一面；军帅、监军、总制乘车骑马随行。一军走完，下一军接续前进。宽阔道路令士兵双行，狭窄道路单行，鱼贯行进。行军打乱队列者斩首。牵线行军之时，一旦遭遇敌军，队伍首尾勾连缠绕，顷刻集结。战败时，听到鸣金才能撤退，依旧保持牵线队形，不许四散乱跑。第二种叫螃蟹阵，是三列横向排布的阵形。中间一队人数少，两翼人数多。战法是看敌军分成几队，随即变换阵型应对。如果敌军只有左右两队，就把中军拆分增补两翼，同样变为两队。如果敌军前后各一队，就分出两翼前锋合为一队，把后半部与中军合并横列，作为前队接应。如果敌军某一侧兵力更多，就变阵偏重一侧与之对抗。如果敌军分作四五队，也拆分成四五队依次抵挡。大阵包裹小阵的打法，有的先用小队试探敌军，再出动大军包围；有的假装战败引诱敌军追击，伏兵四起合围敌军，变化无穷。至于削减左翼增补右翼，调动后队改作前队，临阵指挥由主帅决定，士兵全部看大旗指向冲锋，没有人敢落后。第三种叫百鸟阵。这套阵法用于平原旷野，以二十五人为一小队，分成上百小队，如同繁星散布，让敌军无法判断兵力多少。敌军士气受挫，就合并各队发起进攻。第四种叫伏地阵。敌军追击，到山穷水尽之地，忽然一面大旗伏倒，千百面旗帜一齐偃伏，转瞬之间全军伏地，不见一人。敌军看到前面空无一人，惊疑徘徊。贼寇潜伏一段时间，忽然一面大旗立起，千旗齐举，急速冲向敌军，常常转败为胜。
他们修筑营垒，有的依江临河，有的依托木筏、山地、村镇，或是包围敌营，筑营多效法古法。每几座营寨必定修建望楼瞭望敌情。守城不搭帐篷，每五个城垛架设木板小屋。木墙、土墙周围也搭建板屋。地处要冲之处，挖掘多层壕沟，修筑多重城墙；壕沟务求宽深，密布竹签。双层城墙用两层木板，横向木枋固定，墙体中空如同夹层，中间填充沙石、砖块泥土。修筑二重城墙，防御设施不定，有的密集栽种树木，有的堆积盐包、糖包，或是浸水棉包，极为坚固。攻城专门依靠地道，称为“鼇翻”。除土营之外，还有木营、金营。召集各类工匠，各营由指挥统领。总制到两司马的设置，和土营体制相同。设立九支水营，每军由军帅统领。只是士兵未经训练，不能作战，只靠船只众多震慑敌人而已。
旗帜也分等级：伪东王黄绸旗，红字，绿边，一丈见方；其余诸王也都是黄绸旗红字，靠镶边区分。伪西王白边，伪南王紫边，伪北王黑边，伪翼王蓝边；旗帜长宽每降一等减少五寸。豫王、燕王，黄绸尖旗，红字，水红边；国宗黄绸尖旗，红字，镶边参照所属王的颜色，长宽八尺。侯爵，黄绸尖旗，长宽七尺八寸。丞相，黄绸尖旗，长宽七尺五寸。检点，黄绸尖旗，长宽七尺。以上都是红字，水红镶边。指挥，黄绸尖旗，黑字，水红镶边，长宽六尺五寸。将军直到两司马，都是无镶边黄旗，尖顶，黑字，长宽从六尺往下递减到二尺五寸。一军之内大小黄旗多达六百五十六面。
军中号令，依靠击鼓、鸣金、吹螺、摇旗。凡是集合出兵，都擂鼓、吹海螺、摇旗召集部众。作战时击鼓呐喊，收兵鸣钲。有老军、新军、童子军。尤其擅长派遣间谍混入敌营。擅长远途布局，声东击西，避实击虚；以进为退、以退为进，常常出人意料，使官军落入圈套。这就是他们行军作战的大致情况。
服饰崇尚黄色。伪天王金冠，雕镂龙凤，形制类似圆顶纱帽，上面绣满天星斗，下方绣一统山河，中间留白，用黄金刻写“天王”二字。东王、北王、翼王冠类似古代头盔，冠额绣双龙单凤，中间刻金字官衔。国宗冠式大致和诸王相近。自检点到两司马，都是兽首头盔，头盔上龙纹的节数区分等级。诸王九节，侯、丞相七节，检点、指挥、将军五节，总制、监军、军帅三节。袍服分黄龙袍、红袍、黄红马褂。伪天王黄缎袍，绣九条龙。诸王以下到侯相，龙纹递减到四条。检点穿素黄袍，指挥至两司马都是素红袍。从诸王到两司马，都在马褂胸前圆形区域绣写官职。仪仗车马，诸王乘坐绣云龙的黄缎轿；侯、丞相、检点、指挥乘坐红缎轿；将军、总制、监军绿轿；军帅、师帅、旅帅蓝轿；卒长、两司马黑轿。
到金陵之后，开始修建宫室，拆毁总督衙门，又侵占民居扩大地基，役使上万工匠，极尽奢华。雕刻螭龙、鸟兽花木，很多装饰用黄金打造。伪王全都修建王府。冯云山、萧朝贵早死，他们的儿子也承袭封号，修建府第。宗教制度大半效仿西洋。每日登上大殿，召集众人宣讲，宣称给予百姓自由，解除妇女束缚。制定伪律六十二条，极为残酷。但是行军严格约束劫掠：官军在三十里之外，才允许掳掠；如果官军就在近处，敢拿民间一尺布、一百文钱的，一律处死。在安庆大星桥设立关卡，调拨十艘炮船，铁索相连，木筏横断江面，防止偷漏税。九江、芜湖，以及沿江州县的支流、港湾要害之处，全部设立税卡，征收杂税。这就是他们建国的概况。
定都金陵之后，打算攻取北方。罗大纲说：“想要北伐，必须先平定河南。大驾进驻河南，大军再渡过黄河，从安徽、河南两路出兵。不然先平定南方九省，没有内患，再三路出兵：一路出湖南湖北；一路从汉中，直扑咸阳；一路从徐州扬州席卷山东，再进山西，会师攻取北京。孤军深入，身陷险地没有后援，必败无疑。况且定都金陵，应当多造战舰，精练水师，之后才能攻守自如。若是等到广东的大型拖罟船全部集结长江，漕运要道就被阻断。现在应当先造木筏封锁江面，等待战船完工，尚且来得及。”杨秀清独掌大权，没有采纳这个建议。于是派遣伪丞相林凤祥、李开芳、罗大纲、曾立昌率领部众东下。洪秀全下诏命令：“军队走小路，急速奔赴京城，不要贪图攻占城池，浪费时间。”罗大纲对旁人说：“天下尚未平定，就想安居都城，这怎么能长久？我们这些人恐怕要遭到灭族之祸了！”
二月，林凤祥等人攻陷镇江、扬州，令吴如孝等人留守，分兵占据浦口、瓜洲各处隘口。向荣收复武昌之后，追击贼寇向东，抵达金陵，驻军孝陵卫，这就是江南大营。都统琦善也以钦差大臣身份，率领直隶、陕西、黑龙江马步各军驻扎扬州城外，这就是江北大营。三月，向荣攻破通济门外贼寇营垒，袭占七桥瓮，夺取钟山营围，歼灭无数贼寇，随即移营逼近金陵城。四月，漕运总督杨殿邦进攻扬州，拆毁城外木城土垒，东路贼寇全部退入城内。琦善、胜保先后督军进攻，五战全部取胜。林凤祥留下曾立昌驻守扬州城，驱赶妇女以及劫掠的财物运回金陵；自己率领三十六军向北逃窜，袭扰滁州，占据临淮关，攻陷凤阳府。贼首朱锡锟、黄益芸另外率领精锐进犯浦口，攻打六合；知县温绍原率领乡团抵御，夜里火烧贼营，贼寇逃回金陵。五月，清军围困扬州，杀敌过万。胜保从扬州尾随追击，猛攻凤阳，贼寇逃入河南。
杨秀清派遣伪丞相吉文元从浦口窜入亳州，会同林凤祥攻陷永城，进犯开封。河南省城官兵击败他们，又在汜水再次击溃贼寇。贼寇逃向黄河渡口，溺水而死的不计其数。杨秀清派遣伪豫王胡以晃攻陷安庆，又派伪丞相赖汉英、石祥祯攻打九江、湖口，进围南昌。湖北按察使江忠源火速驰援江西，入城坚守。林凤祥等人从汜水败退，进犯郑州、荥阳。六月，围困怀庆，挖掘地道攻城，没能攻下。镇江贼寇出城袭击清军，在北固山下交战，埋伏贼寇纵火，烧毁七座清军营帐。邓绍良退守丹阳，都司刘廷锳等人带领潮勇赶来支援。贼寇退回城内，又袭扰丹徒镇，刘廷锳再次击退敌军。向荣传令总兵和春会同刘廷锳驻扎在徒阳运河的新丰镇，贼寇才不敢向南窜犯，常州得以安定。贼寇围困怀庆之时，树立木栅当作城墙，深挖壕沟、高筑壁垒，清军与之相持将近六十天。讷尔经额亲自督令众将分五路攻打敌垒，拆毁木栅，斩杀贼首吉文元。林凤祥身受重伤，撤围逃走，河北得以肃清。
八月，林凤祥窜入山西，攻陷平阳，直抵洪洞；再窜入直隶，占据临洺关，袭扰到深州。赖汉英等人解除南昌之围，进入湖北，占据田家镇半壁山。九月，占据进入湖北的要道，水陆并进，攻陷黄州。窜到深州的这股贼寇，分兵袭扰栾城。十月，窜至天津，占据静海，屯守独流、杨柳青各镇。汉阳的贼寇分股向北进犯：一支攻陷孝感、黄陂各县；一支从应城进犯德安府，被守军阻挡，合兵退回黄州。秦日纲等人攻陷安徽桐城、舒城，侍郎吕贤基殉难。舒城失守之后，贼寇直接扑向庐州，攻陷城池。庐州，本是安徽文武官员临时驻扎，作为省城治所之地。十一月，洪秀全因为扬州、镇江被围攻形势紧急，派遣赖汉英等人带领江西贼众，纠集仪征党徒救援扬州；又令军队从安徽宁国湾沚逼近高淳湖，窥视东坝，打算解除镇江之围，都被清军击退。贼寇又从三汊河猛攻，死战不退。扬州贼寇曾立昌突围而出，和赖汉英一同逃往瓜洲。
皇帝因为贼寇横行长江，不建立水师就无法重创敌人，于是命在籍侍郎曾国藩训练乡勇，创建水师讨伐贼寇。当初贼寇围困南昌，城外贼营只有文孝庙几座，官军多次攻打不能攻克。郭嵩焘偶然抓获间谍审问，得知贼寇全都住在船上，营垒只是三面筑墙，后方敞开，只为掩护船只而已。郭嵩焘于是和江忠源商议：“东南州县多被江河阻隔，江湖行船遇顺风，一天可以航行数百里。官军大多从陆路追击贼寇，常常追赶不上。数千里长江天险，完全被贼寇掌控。贼寇靠战船向上进犯，官军只能凭营垒抵御，想要和贼寇决战都做不到，这就是贼势日益强盛的原因。”江忠源随即上疏，请求令湖南、湖北、四川仿照广东拖罟船样式，各造数千艘战舰；命广东制备火炮供给战舰，交由曾国藩督造统领，皇帝下旨准许。曾国藩于是在衡州、湘乡修造战船，到这时建造完成。一共招募水勇四千人，分为十营；陆勇五千人，也分十营。以塔齐布为先锋。曾国藩亲自统领大军从衡州出发，水陆两军沿长江而下。
当初，镇江、扬州、仪徵、瓜洲四处的太平军互相策应支援，官军无法将其攻破。十二月，琦善见扬州的太平军撤退，瓜洲的敌军势力孤立，便统领军队进攻收复仪徵，乘胜追击，抵达瓜洲。杨秀清派遣胡以晃率领十余万部众攻打庐州，巡抚江忠源日夜防御抵抗，终因寡不敌众，城池陷落，江忠源殉难。
咸丰四年正月，黄州的太平军张设彩灯、大举聚会，总督吴文镕出其不意率军突袭敌军，恰逢天降大雪，战事中止。过了数日，杨秀清分派兵卒在山岗布设埋伏，命令部众带领城内军队突袭官军大营，吴文镕率军迎战，埋伏的敌军纵火发难，官军十三座营垒全部溃败，吴文镕战死。太平军乘胜攻占汉阳。
二月，扬州方向官军进军围剿瓜洲，总兵瞿腾龙阵亡。太平军派遣伪将孙寅山攻占太平府，占据此地作为巢穴。从瓜洲沿江修筑营垒，一直连通到长江，直达金陵，往来通行毫无阻隔。杨秀清又派遣石祥祯会合汉阳、黄州一带太平军，逆江而上，攻陷岳州，顺江抵达铜官渚，逼近长沙。曾国藩原本准备在靖港拦截敌军，而太平军已经从小路偷袭湘潭。副将塔齐布率领一千三百名士兵，会同水师与太平军血战五个昼夜，斩杀敌军数万人。评论者认为，如果没有这一场战役，太平军便可沿着湘江上游直抵广东，再顺江东下金陵，整条长江首尾贯通，天下大局就难以支撑了。
就在这个月，参赞大臣僧格林沁攻克独流的太平军巢穴，静海的太平军又逃窜占据阜城。僧格林沁率军攻破焚毁堆村、连村、林家场三处贼寇堡垒，擒获斩杀伪指挥、监军以下一百多人，其余贼寇全都逃入城内。洪秀全考虑河北一带支撑不住，派遣安徽的贼党从丰豆工偷渡黄河，窜入山东金乡，进兵攻打临清州，希望以此缓解阜城贼军的困局。三月，贼寇用地雷炸开临清城墙，不久又被官军收复；贼寇逃奔冠县、郓城，再度占据曹县，修筑木城据守抵抗。四月，胜保攻破贼寇巢穴，追击到漫口支河，逼迫贼寇落水溺亡，伪丞相曾立昌、许宗扬全都溺水而死。伪副丞相陈世保先前已经在冠县自焚而死，这支北援贼军被全部歼灭。盘踞阜城的贼寇也在同一天全军向南窜入连镇。僧格林沁与胜保合兵围剿，攻破连镇，斩杀林凤祥；之后又攻破高唐州冯官屯，生擒李开芳，押往京城集市凌迟处死。河北地区全部平定，此后太平军不再向北进犯，官军从此没有北方的后顾之忧。
起初，长江是贼寇往来通行的要道，荆州地处四路要冲，等到省内道路被贼寇阻断，朝廷特意征召荆州将军官文率军讨伐贼寇。当时沔阳、安陆、荆门、监利、京山、天门全都陷落，贼寇进兵窥伺荆州。云南普洱营游击王国才奉调抵达此地，一战击败贼寇，这座重镇才得以安定。官军接连收复监利、宜昌，贼寇逃入洞庭湖，合并兵力进犯常德府。在此之前，李世贤常常与陈玉成、李秀成谋划解除金陵的围困，出兵进犯江西、福建。伪启王梁成先进犯陕西，后来与捻军联合，打算进犯湖南、河南；而陈玉成的目标是武昌、汉阳，于是率领一支队伍经梁子湖抵达武昌，渡过长江分路进攻，集中全部兵力图谋夺取武昌。六月，贼寇攻陷武昌，同时占据汉阳。湖北巡抚青麟上吊自杀未遂，弃城逃跑，不久被朝廷下令正法。洪秀全任命秦日纲留守武昌，授予陈玉成伪殿右十八指挥的职位；陈玉成回军攻陷田家镇，攻破广济、黄梅，接连攻下九江，被擢升为伪殿右三十检点。
杨秀清虽然身在军中，但金陵所有事务全都由他一人决断，传递军情的驿马往来不绝，很多军情被拖延耽误。向荣的军队驻扎在孝陵卫，号称江南劲旅，杨秀清对此十分忌惮。攻下武昌之后，杨秀清立刻赶回金陵，命令石达开接替镇守武汉。官文从荆州向下游进剿，收复沔阳。早先，贼寇打算先夺取长沙，占据上游形成势如破竹的态势；韦志俊攻打湘潭失利，退守岳州，修筑堡垒、毁坏桥梁，打算长期抵抗。官军水师设下埋伏，诱敌出击并大败贼寇。七月，收复岳州。贼寇从城陵矶前来进犯，官军分五路迎击，击毙伪丞相汪得胜等两名头目，缴获战船七十六艘，歼灭贼寇一千多人。塔齐布临阵斩杀凶悍贼首伪丞相曾天养。闰七月，贼寇逃往城陵矶，塔齐布策马率领湘勇径直冲入敌营，摧毁贼营十三座，斩杀两千人。陆军取胜之后，曾国藩下令李孟群率领水师追击围剿，荆河东、西两岸的贼寇堡垒全部被铲平。自此，由荆州进入四川、由岳州进入湖南的门户得以稳固。武昌失陷之初，朝廷任命杨霈接替湖广总督，台勇收复京山、安陆，夺回天门，生擒孔昭文等人，就地正法。剩余贼寇全部向下游逃窜，盘踞沔阳州仙桃镇。当月官军攻破这处巢穴，一并收复下游孝感、黄州、麻城各县，贼寇全部逃入黄州。
这时金陵的贼寇分股聚集在太平府，和镇江遥相呼应，互为支援。向荣分兵四路发起进攻，斩杀伪国宗韦得玲、伪检点陈贽见、伪将军李长有、伪总制吴春和，于是收复太平府城。杨秀清亲自领兵出战，围困金陵的官军作战失利，三路兵马全部溃败。杨秀清退回城内，对韦昌辉等人说：“江南大营一日不撤走，我们就没有安睡的日子！现在对方士气正盛，不能正面抗衡。应当等他们疲惫之后，再慢慢谋划对策。”金陵城内贼寇因为缺粮，驱赶年老、容貌普通的妇女出城，任凭她们自行离散。把十五岁以上、五十岁以下的妇女全部掳走，强行分配给贼众，不顺从就杀害；坚守贞节不愿屈服的妇女大多自尽，死亡人数数以万计。八月，湖广总督杨霈收复黄州府下辖的蕲水、广济、罗田各县。曾国藩收复岳州之后，商议乘胜向东进兵，先和塔齐布合攻崇阳，攻克县城，生擒伪丞相金之亨等十一人。只有廖二逃脱，重新纠集残余贼党，再次攻陷崇阳县城。曾国藩亲自督领水陆大军攻打武昌、汉阳。贼寇守城的策略，不是守城墙，而是扼守险要，洪山、花园两处都是贼寇精锐驻守之地。大军从螺山向下进攻，杨载福等人率领水师，罗泽南率领陆军，三路一同推进，接连攻破贼寇堡垒，烧毁敌船数千艘。李孟群、塔齐布进逼武昌城下，贼寇连夜弃城逃走。杨昌泗同时进攻汉阳，收复城池。黄州府城、武昌县也都收复。九月，提督和春在庐江击败贼寇，生擒伪监军任大纲等十七人。
下游贼寇得知官军分路进剿，于是从田家镇纠集六千贼众：一部分从兴国分兵抄掠大冶，抵御进攻武昌的官军；一部分驻守兴国，抵挡进攻金牛的官军。罗泽南火速赶到兴国，击败贼寇，收复州城。塔齐布进军大冶，击毙贼寇一千多人。彭玉麟、杨载福抵达蕲州，烧毁贼寇战船九十余艘。十月，楚军进攻半壁山，贼寇在江上设置四道横江铁锁，用木牌拦截江面，到处布置火炮。杨载福等人率领水师抵达田家镇，会同陆军发起进攻，借着大风放火，攻破贼寇堡垒，烧毁战船一万余艘。陈玉成放弃蕲州，逃窜攻陷广济，联合秦日纲、罗大纲等人分兵扼守险要关隘。塔齐布渡江追击，收复广济。贼寇退守黄梅。黄梅是湖北、江西、安徽三省交汇的枢纽地带，贼寇拼死坚守：用一万多人驻守小池口抵挡水师，数万人防守大河埔，一万多人驻扎在北城外，还有数千游兵往来联络各营。塔齐布与罗泽南登山向下冲杀、合围歼敌，陈玉成顺着绳索从城头坠城逃走，官军于是攻克黄梅。陈玉成向洪秀全请罪，而李秀成反而被加封伪勋号，称为成天裕。
这时捻军四处起事，粤匪太平军和捻军相互联合，有时命令捻军分路骚扰，有时让捻军充当先锋，以此牵制官军。李秀成从庐州出兵占据舒城，同时扼守桐城大、小二关，阻挡官军南路部队。这两处关口是通往安庆的要道，多次收复又多次陷落。京堂袁甲三传令参将刘玉豹、举人臧纡青等人作战，夺取两处关隘，斩杀贼目吴凤珠等十二人，大军推进到桐城。庐江贼寇纠合安庆贼党前来增援，官军合围，增援贼寇几乎被全歼；但潜山的援军紧接着赶到，臧纡青战死在阵中。
十一月，曾国藩进军九江。陈玉成黄梅战败之后，再次纠合新从安庆赶来的贼众，盘踞孔垅驿、小池口，和对岸的九江相互连通。李孟群七战七捷。塔齐布和罗泽南等人从北岸推进至濯港，进攻孔垅驿，攻破土城，放火焚烧街市，贼寇几乎无人逃脱。驻守小池口的贼寇听闻消息，也弃地逃走。于是调派陆军攻打九江，水师乘胜进攻湖口。罗大纲领兵前来救援，双方在梅家洲大战，官军烧毁小河浮排船只、沙洲堡垒。十二月，萧捷三率领水师驶入鄱阳湖内，追击到大姑塘。石达开把战船相连设立水卡，切断萧捷三的退路，萧捷三的水师无法返回，就此和长江外江水师隔绝。石达开悄悄派出小船偷袭曾国藩的座船，曾国藩跳入罗泽南的军营才得以脱险。官军攻打九江之时，战败溃散的贼寇收拢残部，分三路向东，再次攻陷黄梅。正值除夕，贼寇悄悄进抵广济，火烧杨霈的大营。杨霈突围逃出，不敢进入武昌，退守德安自保。
咸丰五年正月，江苏巡抚吉尔杭阿收复上海县。上海县自咸丰三年秋天被贼寇攻陷，到这时才收复。洪秀全下令安徽贼寇大举进犯湖北：中途从小池口沿着长江攻陷黄梅、蕲州；又分兵从富池渡过长江向西，攻陷兴国、通城、崇阳、咸宁、通山，还劫掠江西武宁，所到之处胁迫百姓随同作乱。湖北巡抚陶恩培刚刚到任数日，当时总督在外，来不及布置防御。城内守军仅有两千，征调的援兵在半路听闻警报全部溃散。湖北、江西方圆千里之地，十几天之内动荡不安。贼寇起事之初，行军一路几乎没有阻碍。他们占据省城府城，胁迫搜刮百姓粮食财物；行军途中掳掠民夫，不需要的时候就遣返，并没有大规模扩充人马。等到接连战败之后，才联合本地土寇屯驻城镇，大量收编强悍亡命之徒，重用石达开、陈玉成等人，号称人才众多。贼寇从汉口进入襄河，向上进犯汉川，袭扰沔阳，进逼武昌，占据汉阳府城，沿着长江修筑堡垒，并且在汉阳下游南岸嘴修筑高大炮台，阻挡下游来攻的官军。这时江西的贼寇已经攻入腹地，攻陷饶州。曾国藩亲自抵达南昌，整修内湖水师，和罗泽南的陆军相互依托。
二月，韦国宗等人攻陷武昌，湖北巡抚陶恩培等人殉难。贼寇沿着汉江逆流而上，把岳家口、仙桃镇当作大本营。朝廷任命胡林翼担任湖北巡抚。曾国藩进驻吴城镇，多次写信和胡林翼商议东南战局大势，认为武昌地处金陵上游，应当集结重兵，谋划收复。四月，贼寇攻陷德安府，杨霈退往襄阳。朝廷罢免杨霈官职，任命官文为湖广总督。曾国藩驻扎南康，打算整顿军队出长江，筹划进兵；然而贼寇已经从都昌攻陷饶州，另一路贼寇经由东流、建德窥伺乐平，屯兵景德镇，向东进犯祁门、休宁等地。湘军兵力仅有一万余人，水陆分为四支：李孟群等人的水师回援武昌；塔齐布留下继续攻打九江；罗泽南进入江西攻打饶州；曾国藩收拢萧捷三的三营水师驻守南康。罗泽南转战各地，收复广信府，夺回景德镇。盘踞徽州的贼寇，勾结本地土匪，凭借险要地势抵抗官军。浙江军队出境剿贼，收复徽州，乘胜攻克休宁、黟县、婺源，生擒伪将军、两司马等八人。洪秀全下令驻守北固山、镇江、瓜洲、金山四路贼寇，约定日期一起进犯扬州。托明阿在九洑洲设下伏兵，迎头痛击，大破贼寇，斩断拦江铁锁船链，烧毁战船三百艘。各路贼寇遭受重创后撤退。饶州的贼寇分兵占据乐平、德兴、弋阳，江西官军率领水陆军队前往围剿。贼寇分五队前来进攻，没能取胜而溃逃，饶州府城立刻收复。洪秀全认为金陵附近的三山是滨江要地，派遣精锐驻守，阻碍水师向上通行。托明阿督领水师总兵吴全美沿江清剿扫荡，烧毁战船二百余艘，缴获拖罟、快蟹等战船二十五艘、大小火炮八十多门，生擒伪先锋陈长顺等六十一人。吴全美乘势登上江岸，踏平贼寇营卡。江西境内贼患肃清，水师船只自此航行不再受阻。
五月，洪秀全谋划偷袭金口，切断楚军粮道。胡林翼督军多次作战，斩杀伪丞相陈大为等人，进军屯驻纸坊，逼近省城小东门。贼寇悄悄从其他城门出城劫掠。胡林翼提议先攻打汉阳，扼守涢口、蔡店等险要隘口，断绝贼寇窜入湖南的道路；疏浚江堤，用水师从腹背两面进攻，汉阳就可以攻破；打通湖北的咽喉要道，之后就可以合力进攻武昌。早先贼寇沿府河攻入湖南，经过的州县全都残破不堪，又遭到官文伏兵的截击，分路溃败撤退。六月，官军收复云梦、应城。这两座城池是府河出入的要道，贼寇丢失两地之后，大为恐慌。官军进攻德安，切断贼寇进出通道，贼寇从此不敢窥伺荆襄。七月，塔齐布在军中病逝。贼寇攻陷义宁，曾国藩派遣罗泽南出奇兵收复义宁。贼寇严守襄河蔡店据点，向上连通德安，向下直达汉口镇，两处相互支援。十二月，彭玉麟攻克蔡店，水陆一同进兵，拆毁襄河铁索浮桥，踏平南岸贼巢；下游塘角、汉阳、大别山一带的贼寇营垒几乎全部焚毁，驻守德安的贼寇处境愈加窘迫。胡林翼攻克蔡店之后，汉川是蔡店的后路，贼寇依靠此地往来冲突，德安也依靠这里互通消息。胡林翼和官文合兵收复汉川，武汉上下游的官军势力才连成一体。
芜湖陷落将近两年，长江、安徽之间的道路断绝。贼寇认为这里是上下游的关键，水上用战船相连，陆上修筑炮台，官军多次进攻都无法攻克。当月，向荣督军分路进攻，收复芜湖县城。湖南南部官军也收复湖口、都昌。八月，按察使李孟群驻守金口，崇宁贼寇勾结武昌城内贼党分路进攻，陆军营垒失守；胡林翼也在奓山战败，退守大军山。贼寇声势再度高涨，分兵袭扰汉阳，并且绕道偷袭，再度攻陷汉川。九月，官文、胡林翼发文调罗泽南驰援武汉。罗泽南上书请求率领本部兵马前往，他说：“拿下武昌，才能控制长江、安徽，屏障江西；而后内湖、外江的水师才能互通消息，攻打九江才有胜算。”曾国藩应允，罗泽南于是部署五千援军，从义宁奔赴通城。贼寇得知官军抵达桂口，分兵前来增援，修建木城、深挖壕沟固守。罗泽南会合各军攻破桂口，继而进攻崇阳。桂口的贼寇退入崇阳，秘密联络通山贼寇来援。桂口地处湖南、江西、湖北交界，地势幽深险要，粮食储备充足。从前伪丞相钟姓贼首在义宁战败之后，盘踞此地修筑土木城池，跨山引涧，营垒绵延六里，打算凭借这一隅之地牵制三省官军，伺机而动。罗泽南率领得胜之兵先夺取这处隘口，进而攻克崇阳，烧毁贼寇堡垒，急速赶往羊楼司，扼守贼寇北上窜扰的通道。
十月，官军收复庐州。庐州已经陷落三年，守城的是伪豫王胡以晃，和官军大小数百战，官军死伤上万，屡次进攻都受挫撤退，到这个月才攻克。驻守德安的贼寇人数不过数千，依仗武汉作为下游后方，在襄河、府河一带像蚂蚁一样聚集。官军东西来回作战，疲于奔命。到这时官文督军奋力作战，守城贼党陆长年、马超群悄悄前往官军大营投诚，约定作为内应。恰逢狂风大雨，二人放火打开城门迎接官军入城，于是收复德安城。当时牵制官军的贼寇分为三路：从随州、枣阳到襄阳是北路；武昌上下游是南路；汉川为中路。潜江、沔阳在后方，德安在前沿，这一带最为关键，多次收复又多次失陷。官文督军分四路齐集汉川，攻克汉川，随即率兵东下，和胡林翼一同谋划攻打武汉。石达开从安庆率领三万人上援武昌。罗泽南会同胡林翼两面夹击，接连收复蒲圻、咸宁；进抵金口，合攻武昌，攻破城外贼寇堡垒，驻军洪山。驻守武昌的贼寇，城外有八座大营、两座小营。胡林翼与贼交战，罗泽南率兵突袭，攻破一座大营、两座小营。李孟群也进逼汉南，和官文军队相互策应。水师在江面南北往来，烧毁贼船，都兴阿率领马队护卫水师。各路将帅同心协力，贼寇越发难以得逞。汉阳城外，从龟山沿着长江往下，贼船密布。上游连通长江的梁子湖，下游金牛镇，各路贼寇赶来增援。水陆各军带领团练扫荡贼巢，武汉外围的贼患至此全部清除。
洪秀全因为瓜洲、镇江接连战败，打算派兵增援。十一月，贼寇从龙脖子等处出兵。向荣传令张国樑在仙鹤门、甘家巷击败敌军，又在七霞街交战，斩杀伪丞相周少魁等四十人；追击到石埠桥，斩杀两千多人，残余贼寇逃入城中，不敢再出城。洪秀全在长江对岸九洑洲修筑石垒，深挖壕沟，集中精锐防守，作为金陵的屏障。贼寇窜往江北，以此作为通道，官军多次攻打都没能拿下。六合知县温绍原攻破这里的堡垒，之后此地再次被贼寇占据，同治二年才收复。瓜洲、镇江一水相隔，两城之间往来无阻，并且贼寇时常打算联合兵力攻打扬州，向北进犯。扬州官军和瓜洲对峙已经两年多，托明阿因为连日作战收效不大，晓谕士民在瓜洲北面修筑长围，围困贼寇，到这时合围工事完工。贼寇分水陆两路出击进攻，大败而回，官军缴获浮排战船，生擒伪参护郑金柱等十人。吉尔杭阿收复上海之后，移军前往镇江，当月在小九华山扎营。又在黄鹤山、京畿岭修筑营城，设置炮台进逼镇江，同时挖掘地道准备轰城，贼寇拼死抵抗，官军无法破城。
十二月，无为贼寇纠合安庆、芜湖各处贼党向东进兵，想要解除镇江之围。芜湖往下直到扬州，沿江支流河汊都是贼寇藏身的据点。向荣传令水师逆流而上协同进攻，在神塘河击败贼寇，又在陶阳浦击溃从裕溪口赶来的援军，生擒伪检点赵元发、伪将军王化兴等数十人。十二日，洪秀全派遣李秀成等人救援镇江，官军在石埠桥阻击贼寇，不久贼寇从江州向下窜往卜蜀街。在此之前杨秀清调上游芜湖、江北和州、含山以及庐州的贼众返回江宁，交由李秀成、伪丞相陈玉成、伪春官丞相涂镇兴、伪夏官副丞相陈仕章、伪夏官正丞相周胜坤统领，取道栖霞、石埠进军，预先派遣城内贼寇四处牵制官军。向荣大营兵力不足，传令驻守芜湖的邓绍良分兵支援张国樑、秦如虎，命令吴全美率领战船攻打大胜关，分散敌军兵力。明安泰严密把守秣陵关，发文告知吉尔杭阿等人坚守丹阳，稳固苏州、常州的要道。早先，罗泽南率军离开江西之后，石达开乘虚再次攻入义宁，击败江西官军，攻陷新昌、瑞州、临江、袁州、安福、分宜、万载。江西、湖北两地音讯隔绝，官军声势无法重振。曾国藩紧急调派副将周凤山率领九江全军前往支援，在樟树镇遭遇贼寇，周凤山军队使用钩连枪击败贼寇藤牌手，并会同水师摧毁敌船，新淦贼寇听闻风声逃窜，官军收复新淦县城。
咸丰六年正月，石达开攻陷吉安，继而从湖北攻入通城。石达开凶悍且多谋略，在江西大肆袭扰，不急着攻打省城，也不直扑南康，先攻取周边郡县，到处设立伪官，胁迫本地百姓，强征百姓随同叛乱，就地征粮、就地招兵，势力蔓延越来越广。攻陷瑞州的是伪检点赖裕新；最先攻下袁州的是伪豫王胡以晃；先攻打临江、后进攻吉安的是伪春官丞相张遂谋。进入江西的广东土匪之中，周培春的部众人最多。匪首葛耀明、邓象等人都在瑞州并入石达开的大部队；匪首王义潮、刘梦熊分别驻守吉安、泰和，也和石达开合为一处。石达开长期驻扎临江，这里地处南北适中之地，凶悍贼众全都汇集于此。向南窥伺赣州、南安，连通广东匪军；向北驻守武宁、新昌，连通九江。石达开进攻南昌，周凤山率领九江全军驻守樟树镇。当时石达开兵力只有数千，于是在山谷之间布置灯火，布设疑兵，亲自率领敢死之士连夜偷袭，官军不战而溃。周凤山逃奔南昌，曾国藩也把军队转移到省城。洪秀全把安徽、江西的军务更多交给石达开。不久贼寇攻陷进贤、东乡、安仁，攻破抚州。没过多久，建昌、南昌相继失陷。罗泽南挂念曾国藩处境危急，日夜忧愤，督促进攻更加急迫。秦日纲闭城等待援军，城内士兵伤亡惨重，暗中在城墙挖掘地道作为突围出口。恰逢石达开率领九江援军赶到，打开城门接应援军。罗泽南在地道出口拦截敌军，贼寇冲出，直冲罗泽南军阵。罗泽南军队三次后退、三次冲锋，军队几乎溃散，枪弹击中他的左额，只得收兵回营，后来伤口发作而死。朝廷命令李续宾接管他的部队。
李续宾起初建议分兵驻守窑湾，断绝贼寇粮道；接管罗泽南部众之后，依旧驻扎洪山，派出游骑在窑湾、塘角一带巡逻。古隆贤率领一万人增援武昌，约定城内贼寇举火为信号。胡林翼刺探得知这个计划，假意举火，城内贼寇出城，落入埋伏，大败而归。石达开的援军号称十万，胡林翼分水陆奋力作战，烧毁敌船七十艘，铲平八十座堡垒。武昌城内贼寇处境窘迫，守城更加坚固。而江西求援的文书一天数次送到；义宁贼寇再次进犯崇通；九江贼寇联合兴国、大冶本地土匪，从武昌县进抵葛店，打算偷袭巡抚大营。胡林翼考虑江西急需援军，分出四千一百人，由曾国藩的弟弟曾国华统领，带领刘腾鸿、刘连捷等人奔赴义宁，收复咸宁、蒲圻、崇阳、通城、上高。湖南派出援军，刘长佑收复萍乡，萧启江收复万载。曾国藩命令李元度收复东乡，周凤山等人收复进贤，刘子淳收复丰城。五月，毕金科率领一千人防守饶州，城池陷落，不久官军收复。黄虎臣率领三千五百人攻打建昌，遭遇贼寇战死。六月，彭玉麟收复南康。七月，刘腾鸿抵达瑞州，击败贼寇，贼寇逃走。
这时江西有四十多座县城陷落。广东和平县本地土匪进犯定南、安远、信丰、长宁、上犹、崇义、雩都，省城无力救援，军报数月不能互通。瑞州地处江西、湖南要道，有南北两座城，中间隔一条河。刘腾鸿援救南城，韦昌辉从临江前来增援，抵达北城之后立刻挑战。刘腾鸿趁敌军疲惫发起进攻，从北岸渡河包抄敌军后路，南城官军正面进攻，贼寇大败。至此江湖之间道路打通，从长沙到南昌不再有道路阻断的忧患。贼寇自从攻陷吉安、袁州、瑞州、临江各府之后，大规模修造战船，计划秋季围攻南昌省城。瑞州、临江贼寇战船顺流而下，湖口贼寇战船逆流而上，打算围困官军水师，又在生米口修筑坚固堡垒。七月，贼寇从松湖带领战船三十余艘、陆军一千多人，准备抵达瑞河口。官军水师侦察得知，预先在水中钉下木桩阻拦。贼寇刚到，官军冲入敌阵，放火焚烧敌船；同时把临江口城内贼寇堵截在江中，烧毁贼船与堡垒。驻守生米口的贼寇闻讯也逃走。八月，刘腾鸿等人击败临川伪指挥黄某，收复靖安、安义。宁都本地土匪偷袭攻陷建昌、铅山、贵溪，围攻广信。浙江将领饶廷选领兵驰援，贼寇撤退。当时江西贼寇声势浩大，人马众多，打算集中全部兵力围困江西。从去年十一月到本年二月，贼寇以石达开为首；三、四、五月，由黄玉昆主事；六、七月，韦昌辉主持战事。九江守将是林启容，瑞州是赖裕新，湖口是黄文金，抚州是三检点，建昌是张三和，袁州是李能通，都是凶悍巨寇。合计江西境内贼寇将近十万人。
九月，曾国藩到瑞州巡视军队。李元度因为久攻抚州不下，军饷日益匮乏，于是分兵攻取周边县城征集粮草，同时分散贼寇兵力，收复宜黄，夺回崇仁。当天城内贼寇出城攻打江西官军，林原恩战死，李元度突围脱险。抚州的这支官军全线溃败，李元度移营驻守贵溪。十月，贼寇再次攻陷宜黄、崇仁，分兵攻占金溪。福建援军将领张从龙支援建昌，军队溃败。朝廷特地下诏起用黄冕担任吉安知府，率军前往，任命曾国藩的弟弟曾国荃主持军务。当时江西官军分为四支，湘军实力最强。曾国藩坐镇水师之中；刘长佑驻扎袁州，派兵攻克分宜，切断贼寇援军通道。十一月，伪将李能通打开西门迎接官军入城，袁州收复。曾国荃收复安福。江西各路官军声势稍稍恢复。
起初，武昌长久不能攻下，胡林翼认为野外作战容易，攻城艰难，关键在于分兵牵制贼寇、切断援军通道。当月，唐训方等人在葛店击败石达开。贼寇增调战船再次进犯葛店，蒋益澧统领六营兵马前往迎击，击败贼寇。官军追击逃敌直到樊口，会同水师烧毁贼船，攻入武昌县城。石达开因樊口战败恼恨，集结一万多贼众，从广济、蕲水、黄冈抵达汉口镇，秘密约定伪丞相钟某坚守城池等待援军。官文俘获贼寇间谍，命令都兴阿、多隆阿率领马步军合围截击，贼寇大败溃散。官军乘胜攻打黄州，没能攻克。舒兴阿、舒保等人率领四百骑兵渡江，贼寇在青山、鲁港一带新增十三座堡垒对峙。水陆合兵攻破敌垒，追击到葛店。贼寇畏惧骑兵，大举奔逃。自此步兵、骑兵、水师相互配合，官军声势日渐强盛，增募五千陆军、十营水师，层层围困武昌。武昌、汉阳一同收复，击毙伪丞相钟某、伪指挥刘满，生擒伪将军、师帅、旅帅、两司马五百多人。武昌城内贼寇分七队冲出城门突围，官军生擒伪检点古文新等四人，斩杀精锐先锋贼寇八百余人，贼寇死亡两万有余。武汉自咸丰五年三月失守，到这时已经二十多个月。不久官军收复武昌县、黄州、兴国、大冶、蕲州，地方民兵收复蕲水、广济、黄梅。大军进抵九江城下。十二月，曾国藩到九江慰劳军队，商议统领水师全力攻取九江，打通内外水路。于是派遣千总张金璧等人收复建昌。李续宾追击贼寇向东，收复瑞昌。官军进攻九江，分兵收复德安。刘长佑从袁州奔赴分宜，贼寇退守新喻溪，两军在宝山遭遇，降将李能通单人匹马冲入敌阵，贼寇退回城内，官军紧随其后攻入城中，贼寇从东门逃走。湖南援军将领刘拔元等人收复永宁、永新、莲花厅、崇义、上犹。
镇江被贼寇占据到这一年已经四年。京口被张国樑步步紧逼，杨秀清命令四位伪丞相李秀成、陈玉成、陈仕章、涂镇兴前往救援。李秀成打算独自渡江，悄悄进入京口，约好城内守军内外夹击，众将无人敢响应这个计划。陈玉成于是乘着小船连夜偷偷穿过官军水寨，发兵攻打张国樑的军队。李秀成登高望见城中贼兵杀出，派遣涂镇兴、陈仕章正面抵挡官军，自己率领奇兵绕到张国樑军队后方突袭。贼寇乘胜攻打丹徒，和春战败撤走，贼寇于是渡过瓜洲进攻扬州，攻陷扬州城。托明阿军队溃败，退往江北。朝廷下诏令德兴阿接管这支军队。伪顾王吴如孝驻守镇江，分兵占据高资。吉尔杭阿传令知府刘存厚扼守此地，金陵贼寇大为恐慌。杨秀清派遣数万悍贼从句容出兵增援，吉尔杭阿中炮阵亡。刘存厚想要保护吉尔杭阿遗体撤退，也战死沙场。向荣紧急派遣张国樑会合援军，击败贼寇。李秀成认为扬州孤悬江北，留守不便，于是放弃扬州，逃回金陵。
当时向荣、张国樑身负众望，所部号称江南劲旅。但是连年征战，粮饷供应常常延误，士兵经常忍饥作战，多有怨言；又不断分兵四出作战，本部兵力单薄。杨秀清看出这是可乘之机，向洪秀全请示，定下夹击江南大营的计策。五月，秘密通知吴如孝率领镇江贼寇自东向西，偷袭官军后方；金陵城内贼寇自西向东，和镇江贼寇呼应；再命令溧水、金柱关各处贼寇从旁出兵，横向截断官军通路。杨秀清亲自率领精锐部队从广济门出城，先派赖汉英率领紫荆山贼众攻打七桥瓮，引诱官军出战。向荣、张国樑习惯接连取胜，合力截杀贼寇；赖汉英部队忽然稍稍后撤，向荣立刻调动主力大军追击。吴如孝带领镇江贼寇突然猛攻大营，大营兵力空虚，守兵惊慌溃散。向荣看见大营起火，后方没有据点可以依托，全军立刻崩溃。贼寇多路乘势进攻，官军死伤遍地。张国樑独自保护向荣突围，收拢残兵退守丹阳。贼寇修筑堡垒围困丹阳。向荣身染重病，无法指挥，于是将军务交付张国樑，悲痛而死。
向荣战死之后，贼寇举杯庆贺，称颂杨秀清的功劳。洪秀全越发深居不出，所有军务全部由杨秀清决断，文书奏报先要送到东王府，刑罚、奖赏、官员升降任免全都由杨秀清决定，权力在其他诸王之上。韦昌辉、石达开虽然和他一同起事，地位却如同偏将。江南大营溃败，南京城外不再有围城官军。杨秀清自认为功劳无人可比，暗中谋划自立为王，逼迫洪秀全到东王府，命令手下高呼万岁。洪秀全无法忍受，于是秘密召见韦昌辉，谋划除掉杨秀清。韦昌辉在江西战败返回，杨秀清斥责他无功，不许他进入金陵城；韦昌辉再三请求，才得到许可。韦昌辉先拜见洪秀全，洪秀全假意责备他，催促他去东王府听候杨秀清发落，同时暗中授给他计谋。韦昌辉做好戒备前去拜见。见到杨秀清之后，谈及众人高呼万岁一事，韦昌辉假装欢喜，上前拜贺，杨秀清留他饮宴。酒喝到一半，韦昌辉突然拔出佩刀刺杀杨秀清，刺穿胸膛，杨秀清当场死亡。韦昌辉向众人宣告：“东王谋反，我秘密接到天王命令，诛杀叛贼。”拿出伪诏，将杨秀清的尸体剁成碎块分给贼众，下令关闭城门搜捕东王党羽，尽数诛杀。东王部属惊慌恐惧，每日和北王韦昌辉的部下互相厮杀，东党大量死亡、逃散。洪秀全的妻子赖氏说：“不斩草除根，一定会留下后患。”劝说洪秀全假意怪罪韦昌辉滥杀无辜，对韦昌辉施以杖刑，安抚东党，召他们前来观看行刑，趁机把前来的人全部围杀。洪秀全采纳这条计策，出动甲兵包围屠杀前来观看的东党。东王部下几乎被屠杀殆尽，前后死亡将近三万人。
当时石达开在湖北洪山，黄玉昆在江西临江，听闻内乱急忙赶回金陵。石达开责备韦昌辉滥杀，韦昌辉大怒，打算一并除掉石达开。石达开顺着绳索坠城逃到宁国，韦昌辉把石达开的母亲、妻子、子女全部杀害。洪秀全责备韦昌辉手段太过残酷，韦昌辉自认为诛杀杨秀清功劳巨大，不肯服气，率领部众围攻天王府，洪秀全的卫兵将其击败。韦昌辉出逃，渡江时被巡逻士兵抓获，押送到金陵凌迟处死，全族被诛，首级传送到宁国。洪秀全用好言好语召石达开返回金陵。石达开回来之后，有人向洪秀全进言，说石达开手握重兵、功劳显赫，建议把他留在京城，解除兵权，不然就会成为第二个杨秀清。洪秀全心中动摇，下令让石达开效仿杨秀清旧例辅佐朝政。石达开内心恐惧不安。他的部下张遂谋劝道：“大王深得军心，何必郁郁受他人制约？中原难以平定，不如进入四川，效仿刘备，成就三足鼎立的大业。”石达开采纳这个提议，动身返回安徽，邀约陈玉成、李秀成一同出走，二人不肯跟随，石达开于是不再返回金陵。到这时，当初起事的凶悍骨干几乎死尽。洪秀全于是任命伪春官正丞相蒙得恩为正掌率，调度全军军务；伪成天豫陈玉成为右正掌率，伪合天侯李秀成为副掌率，军事大权交给李秀成、陈玉成，二人都受蒙得恩节制；而朝廷内政由洪秀全的兄长伪安王洪仁发、伪福王洪仁达把持。
官军收复庐州之后，逃窜的贼寇盘踞三河，在金牛分设营寨，一处处堡垒遥遥相望，多次抵挡官军进攻。八月，和春督军趁夜越过壕沟，焚毁贼寇火药库，登梯攻入城内，贼寇仓皇夺门出逃，官军追击，在巢湖斩杀贼寇。生擒伪指挥张大有、伪将军秦标盛等十一人，歼灭贼寇五千多人。江南官军收复高淳。九月，击败句容、溧水贼寇。这两座城池靠近金陵，互为犄角。金陵贼寇听闻战败消息，士气受挫，江南大营的危机才得以解除。巢县是贼寇重要据点，水陆相连的营垒不计其数，劫掠来的粮饷全部送往金陵。安徽巡抚福济和编修李鸿章督军收复巢县。庐州下属各州县依次平定。
咸丰七年正月，湖南援军吴坤修收复安义、靖安，联合民团进攻奉新，贼寇弃城逃走。武昌陷落之时，曾国藩派遣彭玉麟支援湖北；等到石达开在江西横行，接连攻陷瑞州、临江、袁州、吉安、建昌、抚州各郡，曾国藩又传令彭玉麟前往江西支援。不久曾国藩因父亲去世回乡守孝，朝廷命令彭玉麟协同杨载福调度军务。九江是江西重镇，安徽、湖北的咽喉要道，贼寇拼死争夺这处天险，集中兵力驻守九江，把对岸黄梅的小池口作为外围屏障，进可以进犯湖北，退可以袭扰江西、安徽，往来机动，防不胜防。官军从九江、宿松一带进兵，贼寇各首领集结数十万部众，在小池口筑城，阻挡官军，打算向上游窜扰。当月贼寇分三路进犯，距离黄梅县城数十里。黄梅知县单瀚元提议空城诱敌深入，都兴阿采纳计策，伏兵四起，歼灭来犯贼寇。贼寇弃城逃跑，官军斩杀伪捣天侯陈某、洪秀全的两名女婿钟某、曾某三人。驻守小池口的贼寇听闻消息，大为惊恐，于是修筑坚固城池死守；又在段窑、枫树坳、独山镇等地依山修建数十座石垒，引水深挖壕沟，阻挡官军东下。都兴阿派遣鲍超、多隆阿、王国才分路进攻，全部铲平这些堡垒。
四月，陈玉成进犯湖北，部众号称十万。李续宾驻守小池，鲍超移营黄梅，扼守要道，分路迎击，大败陈玉成，官军军威大振。五月，李续宾攻打九江，挖掘长壕围困城内贼寇，设伏在马宿岭、茶岭等地击败出城贼寇。十多天之后，安庆贼寇前来增援，会合城内守军共三万人，队伍绵延数里。官军水陆协同围剿，接连获胜。闰五月，陈玉成再次进犯湖北，大小二十五场战斗，贼寇阵亡七千余人。当时蕲州、黄州一带贼寇十分猖獗，蕲州各路官军接连受挫，全靠舒保奋力作战，水师左光培扼守巴河，才阻止贼寇北上。官文命令唐训方增兵把守险要，约都兴阿全力扼守黄梅，严密保护后方。因此黄州上下游战火不断，但武汉安然无恙。六月，李续宾深挖长壕，联合水师猛攻九江。宿松、太湖的贼寇纠合安徽饥民十多万人，乘虚图谋进攻武汉，同时解救九江之围。贼寇占据黄梅、广济、蕲州、蕲水，分四路进军，大小五十余战，战死一万多人，攻势依旧没有衰减。
早先小池口一战取胜，大家都认为浔阳、湖口很快就能平定；等到安徽贼寇上援九江，陆军进军受阻，上游水师又难以仓促调回。楚军骑兵不足万人，贼寇窜匿之处山路崎岖泥泞，骑兵几乎难以施展。但是将士同心坚守，阵地岿然不动。杨载福、李续宾督领水陆军队上援，多隆阿、鲍超在童司牌进攻贼寇，于十里铺击败敌军。贼寇在河中搭建浮桥，东连通北湖，西抵达武穴。李续宾渡江，扫平南岸贼寇屯营，水师烧毁贼船，拆毁浮桥，贼寇图谋失败。七月，黄梅贼寇用弱兵守堡垒，将精锐悍卒埋伏在各处村落。多隆阿侦察得知，约鲍超直冲村落，斩杀贼寇五千多人；而盘踞蕲州、黄州的贼寇仍有数万。官文督军五路进攻，阻断贼寇北上通道，擒获贼首、扫荡巢穴，蕲州、黄州道路打通。不久官军又在黄冈、蕲水交界大败安徽贼寇，收复瑞州，大军直抵小池口。小池口和浔城隔江对峙，是安徽、江西进入湖北的要道。贼寇垒石筑城，深挖壕沟、高筑堡垒。胡林翼看准贼寇声势衰减，约各路军队先夺取小池口；亲自督领唐训方、李续宜等人从蕲水抵达黄梅坡下，修建碉楼，阻断宿松贼寇北上的通路。侦察得知城内炊具已经被炮火毁坏，炊烟断绝，于是下令水陆合围，向城内射火。官军趁乱登城，城内贼寇全部被歼灭。整个湖北至此全部平定。
江西官军随后收复东乡。东乡隶属于抚州，贼寇占据此地作为抚州的屏障，又攻陷万年各县。八月，将军福兴冒雨进攻，在平塘放火，切断贼寇退路。平塘是连接县城通往抚州的要道。贼寇果然弃城逃走。早先贼寇盘踞石钟山，把守湖口两岸，致使官军水师内外隔绝。九月，官军攻克湖口，接连攻破梅家洲，烧毁石钟山贼巢，斩杀一万多人。内湖、外江水师隔绝三年，到这时才重新连通。杨载福认为攻取九江应当先收复彭泽，彭泽南边有小孤山，贼寇在山上筑城守卫彭泽，作为九江的声援。杨载福会合各军攻克彭泽县城，将小孤山贼巢全部扫平。下游各处险要全部平定。大军回师进攻九江。十二月，刘长佑会合军队攻打临江府，攻克城池。贼寇逃入湖北兴国州，又被李续宾歼灭。残余仅两百人，全部泅水逃走。
从湖北北部战败逃回安徽的贼寇，纠合河南捻军，攻打庐州以及巢县、柘皋。官军进兵扫平柘皋贼寇堡垒，烧毁巢湖派河两子铺贼船，这一带贼踪就此肃清。在此之前江南水师提督李德麟率领红单船进入安徽，贼寇在繁昌县峡口阻拦，红单船七个月无法上行。杨载福督师东下，几乎烧毁、缴获陈玉成派出的全部战船。连日攻打华阳镇，收复望江、东流，急速奔赴安庆，攻破枞阳大通镇，进而攻克铜陵，疾驰进入峡内，和红单船水师会合。贼寇望风溃散，官军进逼泥汊伪城，李成谋投掷火种烧毁城池，斩杀大量贼寇。这时江西贼寇纠合两万多人，经由浮梁、建德、都昌、鄱阳窜往湖口；宿松、太湖贼寇因为九江战败而恼恨，纠集五六万贼众，聚集在枫香驿、仙田铺一带，两处贼寇声势相互依托。官文传令唐训方驻守陈园，稳固蕲州门户。多隆阿、鲍超等人前往太湖迎剿，李续宜会同水师分三路直捣敌营，斩杀贼寇两万多人，贼寇势力遭受重大打击。
江南大营退守丹阳之后，李秀成占据句容，屡次出兵窥探。正月，张国樑独自率领精锐从小路抵达句容城下，摧毁外围堡垒，斩杀贼寇一千数百人，贼寇不敢再出城。二月，金陵、安庆贼寇侦察得知溧水危急，纠集人马到邬山筑营增援。和春趁贼寇营垒尚未完工，半路截击，大败贼寇。贼寇渡过河，重新修建四座堡垒。江南军分三路击败贼众，合兵攻打溧水县城，前后铲平二十六座贼寇堡垒，歼灭三千人，斩杀伪靠天侯以下头目十多名。大营移驻丹阳一年，此战战功最为显赫。四月，瓜洲遭官军长期围困，形势危急，贼寇决定背城一战，水陆一同出击，在土桥西里铺交战，没能取胜；又出动战船分两路进兵：一路沿着港汊助战，一路渡江去别处袭扰，全部被官军水师歼灭。盘踞溧水的贼寇，多次召援军进攻江南大营，死亡上万，又在邬山修筑数十座堡垒抵抗官军。五月，总兵傅振邦攻破外围堡垒，接着用火攻攻城。副将虎坤元趁着城内贼寇内乱，斩杀守城悍首，攻入城内，收复溧水县城。拿下溧水之后，和春谋划攻取句容，溧水、句容两地互为犄角。贼寇还有外援，声势尚强。张国樑会合各军围城，亲自带领亲兵冲入敌阵，刺杀数名穿黄衣的贼寇头目，贼寇溃逃。和春率军直逼内壕，张国樑率先登城，贼寇尸堆如山。闰五月二十五日，收复句容县城。九月，镇江贼寇出城到甘露寺，直接扑向江南大营，和春迎击，击败贼寇。贼寇打算向西逃窜接应金陵，张国樑秘密在高资增修营垒扼守要道；贼寇也修筑堡垒，在长江北岸转运粮食。张国樑派遣参将余兆青等人摧毁贼寇炮台，亲自率领亲兵渡江，会同水陆各军鏖战六昼夜，击沉大船十余艘，铲平两处壁垒，生擒魏长仁等六人，斩杀俘虏不计其数。
盘踞瓜洲的贼寇，远和金陵连通，近接镇江，阻挡官军进剿的道路，已经历时五年。恰逢南岸贼寇援军被和春重创，德兴阿抓住机会，传令大军攻破城池，收复瓜洲。十二月，张国樑在瓜洲南岸大捷，阵斩伪王，夺取十七座堡垒，随即包围镇江。洪秀全四次派兵增援，全部被虎坤元击败。张国樑督军攻打镇江四门，毁坏城墙，收复镇江城，沿江搜捕斩杀逃出城外的贼寇近万人。只有吴如孝突围逃入金陵，之后又逃窜到安庆聚集部众。潜山、太湖贼寇又攻陷霍山，不久撤出，打算从罗田、麻城北上窜扰，占据独山、西河口安营。官文调派马步军兼程奔赴，防守河南、安徽交界，稳固湖北边境。八月，安徽贼寇联合河南捻军打算支援金陵，进犯商州、固始，袭扰光州、六安，窥伺随州、枣阳一带。太湖、渡石牌一带贼寇营寨连绵三十里，部众六七万人，趁官军过年，窜到蕲州附近，不久又窜往荆桥、好汉坡等地。多隆阿前往迎剿，在仙田铺、风火山击败贼寇，追击直到太湖，在宿松、太湖一带连营驻扎，扼守贼寇要道。秦日纲派遣部众向北行进，避实击虚，图谋攻打蕲州。蕲水、六安贼寇合力北上，攻陷英山县，分七路窜入罗田。罗田知县崔兰馨连日苦战，收复英山。守备梁洪胜等人率领楚军生擒伪丞相韦朝纲。贼寇从黄花岭窜入湖北枫树坳一带。都兴阿派遣将领前往南阳河迎击。贼寇在江北修筑堡垒，官军埋伏在北岸山谷之中，在南岸列阵。贼寇渡江南下，官军半路截击，乘胜渡江北进。贼寇在山腰列阵，溃逃贼寇接连赶来，伏兵四起，斩杀无数贼寇。楚军声势大振，宿松、太湖各营的后顾之忧得以解除。
这时洪秀全召集各路贼首，任命陈玉成为前军主将，以潜山、太湖、黄梅、宿松作为根据地，对抗上游湖北官军；杨辅清为中军主将，以殷家汇、东流为根据地，对抗中路曾国藩的部队；李世贤为左军主将；李秀成为五军主将。二月，和春攻破秣陵关，这里是金陵南面的外围屏障，贼寇严密把守。三月，和春率领张国樑等人围攻金陵。恰逢洪秀全摆设宴席宴请贼党，流弹落在洪秀全膝下，众人惊骇。洪秀全却说：“我已经承受天命，就算敌兵百万，弹丸如雨，又能把我怎么样！何况和春不是我的对手，各位将领对付他如同戏弄孩童，只可供我们一时取笑罢了，有什么可害怕的？”早先贼寇多次等候官军松懈，出动全部精锐进攻，希望解除金陵围困，争夺雨花台的战斗尤其激烈。和春严加戒备，贼寇果然从雨花台进攻大营，被大败。和春、张国樑修筑长围围困贼寇，依照地势高低，挖掘壕沟、修筑土墙，穿山跨水，环城一百多里。各处营寨大小相连，切断贼寇外援。洪秀全大为恐惧，传令各门严加防备。贼寇偷偷在寿德州修筑堡垒，多次冲击长围，无法突破，死者尸骸堆积。这时石达开在四川，杨辅清窜入福建，林绍璋在湖南战败，林启荣被围困在九江，黄文玉困守湖口，张朝爵、陈得才孤守安徽，陈玉成驻守小孤山、华阳镇一带，秣陵关又被官军攻克，金陵老巢外援几乎断绝。但是城内粮食尚且充足，上游各州县还在贼寇手中，消息能够互通，所以贼寇虽然处境危急，却没有立刻覆灭。
官军多次围困金陵，陈玉成多方抵抗；李秀成出兵攻陷杭州，想要牵制围城官军，官军不为所动。陈玉成于是从潜山、太湖出兵攻打江浦，趁官军空虚，全军进攻江南大营，希望解除金陵围困。苏州、常州相继陷落。四月，李续宾、杨载福合攻九江。九江是金陵的犄角，南岸平定之后，官军集中力量攻打九江。城内贼寇长期被围，依靠数千人坚守城池，在城内种菜种麦供给军粮，守城从容，屡次杀伤攻城士兵。后来官军挖掘地道，城墙被炸开，贼寇随即修补完好。杨载福督领水陆十六营攻打四门，地雷再次引爆，城墙崩塌一百多丈，各营士兵登城，斩杀贼寇一万六七千人。逃出城外的贼寇被水师拦截，俘虏斩杀，无一漏网。林启荣、李兴隆全部战死，尸体被凌碎。九江攻克之后，各地贼寇丧失固守的信心。湖南南部官军先后收复新淦、崇仁，攻下抚州，攻克安乐、宜黄、安丰、新城各县，收复建昌。曾国荃攻打吉安，顺带收复吉水、万安二县。至此江西失陷城池，十之八九被收复。贼寇心生畏惧，金陵贼寇也陷入窘迫。
李秀成竭力向外袭扰，命令贼将窜往安徽南北以及福建、浙江各省，希望官军分兵救援，牵制兵力。陈玉成联合捻首张洛行、龚瞎子，部众号称十万，盘踞麻城，四门修筑五十八座堡垒，壕沟层层环绕，凭险固守。安庆以及英山、霍山各处贼寇又攻陷黄安，打算窥伺汉阳、德安，寻路向北逃窜。官文传令李续宾上援，解除麻城的危机。在此之前洪秀全命令赖汉英劫掠江西，安徽贼寇攻入福建，攻陷政和县、邵武府，接着拿下浦城，分兵袭扰建宁。五月，官军收复黄安、麻城，斩杀伪丞相、伪指挥数十人；追击到商城，一并围剿太湖、潜山、英山、霍山贼寇。逃窜盘踞东安的贼寇，打算作为大江南北贼寇的呼应。和春督军立刻收复东安县城，金陵贼寇越发危急，急于突围逃窜。和春派遣水师分路围剿繁昌，摧毁坚固堡垒、土桥，进兵攻破峨桥、鲁港等地。城内贼寇恼恨，从太平门、神策门分路进攻大营，张玉良、冯子材等人冲入敌阵击败贼寇，贼寇退回城内。官军于是进攻金川门，将金陵东北城外所有堡垒栅栏全部拆毁。
石达开从广丰出兵攻陷江山县，金华、衢州、处州三府下属各县几乎全部遭到焚烧劫掠。浙江官军在寿昌七里亭击败石达开部队。六月，贼寇窜入全椒，占据滁州、九洑洲等地，浙江官军大败贼寇，进而收复武义、永康、常山、江山、开化、缙云、宣平，衢州的围困解除。贼寇全部逃入处州，攻陷府城，周天受督军收复。恰逢福建贼寇四处作乱，刚刚收复的城池不久再次失守，贼寇又攻陷松溪、崇安、建阳等县，建宁府也被围困。浙江巡抚晏端书传令将领驰援福建，同时出兵到江山边界，围剿浦城贼巢。
这时朝廷因为浙江、福建贼寇同时起事，起用曾国藩率领江西湘军支援浙江，不久改令支援福建。曾国藩从铅山进军，贼寇大为恐惧，谋划牵制官军，分出一万多人进犯江西，围困广丰、玉山，占据安仁。福建官军于是收复光泽，拿下建阳，解除顺昌围困，接连收复松溪、政和、宁化、崇安，攻破浦城老巢，收复邵武府，福建全省平定。曾国藩移军弋阳，亲自督领水陆军队收复安仁县城。八月，官军攻克吉安，生擒伪先锋李雅凤、伪丞相翟明海，就地正法。江西各城全部收复。官军进攻太湖。前一月贼寇攻陷庐州，安徽巡抚翁同书向李续宾告急；官文因为太湖战事正紧、官军已有战功，上书挽留李续宾。当时贼寇在东岸以及枫香铺、小池驿、东山头各自修筑营垒。李续宾等人分段进攻，焚毁贼寇火药库，贼寇惊骇溃散，官军收复太湖，乘胜进抵潜山。潜山石牌是南北要道，贼寇多次集结人马，相互支援，抵抗向东征讨的官军。都兴阿等人在北门彰法山扎营，马步一同进攻，贼寇溃败，斩杀七八千人，收复潜山县城。官军分两路扫平上下石牌贼寇老巢。
九月，陈玉成从潜山、太湖会合九洑洲各处贼寇南下攻打江浦，趁官军空虚，急速进攻浦口，希望解除金陵之围。双方争夺一座桥梁，官军大败。和春派兵支援，贼寇分兵牵制援军，依旧猛攻浦口。江北大营就此陷落。贼寇接连攻陷江浦、天长、仪征，分兵攻打六合，德兴阿逃走。扬州贼寇攻破南门入城，扬州陷落。贼寇进犯邵伯县，张国樑率军渡江。恰逢江北官军收复扬州府城，转而进攻仪征，也成功收复。张国樑火速领兵救援六合，被贼寇阻拦，无法快速进兵。贼寇挖掘地道攻陷六合城，补用道温绍原投水殉难。贼寇渡江攻陷溧水，在江蓝埠等处修筑堡垒，打算扼守要道长期固守。十月，和春派遣总兵张玉良收复溧水。贼寇夹击高古山大营，张国樑策马冲入敌阵，斩杀贼寇五六千人。合兵追击到江宁镇，烧毁数十座关卡堡垒。小丹阳直到采石矶一带贼寇巢穴全部平定。
早先胜保率领安徽官军攻打天长，捻军首领李昭寿带领两千部众投降。胜保上奏，请求赏赐李昭寿花翎、三品官衔，赐名李世忠，令他作为内应，于是收复天长县城。官军进入安徽之后，收复桐城、舒城二县，贼寇全部逃入三河。都兴阿会同水师，将安庆城外贼寇堡垒全部扫平。李续宾追击贼寇到三河。陈玉成、李秀成、李世贤调集江浦、六合、庐江贼众，又向捻军求援，召集颍州、寿州、光州各处盗匪，合计十多万人，三重包围李续宾的官军。众寡悬殊，官军不敌，李续宾战死。溃败士兵逃到桐城，先前留守四城的守军也溃散，不到十天，桐城、舒城、潜山、太湖再次陷落。都兴阿收拢残兵，从石牌移驻宿松，进剿黄泥营贼寇，击败敌军；又督鲍超、多隆阿在荆桥、陈家大屋大战，扫平三十多座堡垒，官军声势再度振作。陈玉成退回太湖，认为虽然拿下舒城、桐城，但是宿松不能攻克，安庆防守就不稳固，于是和李秀成谋划再次出兵进攻。李秀成知道难以取胜，不愿听从，陈玉成反复说有妙计，李秀成才和他分路进兵，最终遭受重创撤退。陈玉成留军驻守太湖，自己返回安庆。李秀成率领部众退回巢县、黄山。
这时江西的贼寇又闯入福建境内，践踏将乐县，接连攻陷浦城、永吉、建阳、顺昌、宁化、长汀等城池。曾国藩进入福建，驻军建昌。那些被贼寇攻占的城池依次收复。贼寇又窜回江西，只有连城还聚集一万多人马；贼寇另外又攻陷景德、东流，打算窜往湖口、九江一带。曾国藩传檄调遣道员张运兰兼程火速赶赴景德镇，接连作战都取得胜利。当初，贼寇占据景德镇，气焰十分嚣张，江西这处交通要地，贼寇横行毫无阻碍。曾国藩增派他的弟弟曾国荃率领湘军五千八百人赶赴景德镇，协助张运兰围剿。贼寇夜间偷袭水师将领刘于淳的船队，投掷火弹烧毁大量木排关卡。贼寇放弃景德镇，逃往浮梁，曾国荃等人水陆并进发起进攻，收复浮梁。贼寇向北逃往建德，江西局势稍稍安定。
十一月，江南大营援军、直隶通永镇总兵戴文英，在宁国湾沚战死。第二天，帮办皖南军务、浙江提督邓绍良所守大营被攻破，邓绍良殉难。宁国郡设置的防线绵延三百多里，全都邻近贼寇据点，近处有芜湖、青阳、繁昌、铜陵，远处有无为、和州、滁州，渡过长江就能抵达。而禄口、秣陵、溧水战败的贼寇，勾结太平金柱关、东西梁山的贼众；潜山、太湖、舒城、桐城以及枞阳土桥的残贼，全都把宁国当作往来汇集的渊薮。当地防守军队仅有七千多人，又大量被调往别处支援，贼众兵少，所以招致败亡。曾国藩上疏陈述当下战事的轻重缓急，认为应当先攻打景德镇，保住湖口，皇上认可他的主张。胡林翼此前因母亲去世回乡守孝，恰逢三河战事爆发，朝廷下旨强令他复出统兵；十二月，他渡过长江驻扎在黄州。当时盘踞在南安的贼寇分为五支：第一支是伪翼府宰制陈亨容、傅忠信、何名标；第二支是贼军首领萧寿璜、蔡次贤；第三支是伪尚书周竹坡；第四支是伪军略赖裕发；第五支是伪承宣刘逸才、张遂谋，总兵力七八万人，准备经由南康进犯赣州，在新墟修建伪城，设置关卡堡垒，占据各处村庄，营垒连绵二十多里。
咸丰九年正月，曾国藩传檄萧启江，在赤石塘设下埋伏，击败太平军，收复新墟；继而进军攻破南康池江、小溪、凤凰城、长江墟的太平军堡垒，一并攻克崇义、南安，进兵解除信丰之围。二月，江浦的薛三元献城投降，官军乘胜攻克浦口，阵斩伪天福洪方、伪立天豫莫兴。太平军侦察到李世忠出兵攻打高旺，便乘着后方空虚再次攻陷浦口。李世忠回军，再度收复浦口，浦口一带得以肃清。李秀成急忙率领七八万精锐贼众前来进犯，占据乌衣镇汊河。李秀成又邀约陈玉成从庐州前来增援。乌衣镇地处滁州、江浦交界，是锁钥要地，太平军意在切断浦口军营的粮饷运输通道，被张国樑击败。其余太平军连同福建、浙江残部，全都奔赴郴州、桂阳，也就是所说石达开麾下三十万部众，后续围攻宝庆的那一支。陈玉成由六合进犯庐州，布政使李孟群被擒，不肯屈服，殉难而死。
三月，陈玉成纠集安庆的党羽，合围攻打定远护城营，修筑数十座坚固堡垒围困官军。胜保率军突袭，攻破这些堡垒，李秀成向东撤退，但贼众人数日渐增多。张国樑在定远县西面修筑十里长墙抵御贼兵；北路从九里山直到浦口，三四十里范围内，几乎遍地都是太平军堡垒。官军连日作战，副将郑朝栋、张占魁全都阵亡。当时浦口后方的滁州、来安，都被太平军围困。李世忠从浦口绕道回援胜保，撤走乌衣汊口的守军回定远，这片地方随即又被太平军占据。和春担心江北兵力单薄，派遣冯子材渡江前去支援。陈玉成估量江浦、浦口难以硬攻，分出一部分党羽增援六合；又谋划奔袭天长、扬州，渡江攻打江南大营后路，同时偷袭江北营垒。于是四五万贼众向东奔赴六合，势力蔓延到来安、盱眙各地。
四月，陈玉成围攻扬州。提督德安在天长迎击太平军，作战失利，阵亡。胜保率军在石梁接战，双方互有伤亡，之后回驻旧铺，扼守盱眙前路，阻挡贼兵向北进犯。驻守汊涧的官军被太平军围困，先后突围而出。和春派遣张玉良、安勇分出六合的守军赶赴扬州布防，稳固清江、淮河一带的门户。此时池州、青阳的太平军逼近石硊，窥伺湾沚。当涂、芜湖的太平军分营驻扎在青山、亭头，进逼黄池。官军击败盱眙、汊涧以及天长的太平军。天长的太平军分兵窜往六合，并且占据仪征江边的东沟，图谋攻打红山窑。此地距离六合二十里，旁通瓜埠，是大营粮饷通道的咽喉要道。五月，鞠殿华督领军队扫平六合东路王子庙、太平集的太平军堡垒。起初，六合、仪征交界二十里地带，建有四十多座太平军堡垒，阻断粮道。到这时，六合全境肃清。当时六合以北、天长以南，数万太平军聚集，粮道危急；贼兵由乌家集绕道偷袭各支官军的后方，李世忠退守滁州、来安。太平军奔袭旧铺，直扑盱眙，在桑树围困胜保，都兴阿奋力作战，解除包围。不久，旧铺的太平军进犯红子桥，胜保与穆腾阿领兵驰援，而太平军已经分兵攻打盱眙。盱眙原本没有城墙，仓促之间城池失守。
六月，胜保攻克盱眙，追击贼兵，在磨脐山、天台山等处重创敌军。扬州方面安勇等部官军听闻天长太平军回窜六合，赶赴仪征截击，在沙河、大小铜山大破贼军。陈玉成极为愤怒，图谋报复，亲率死党攻打来安。李世忠据城防守，在两座城门之外埋伏精兵，亲自领兵冲入太平军大营。太平军乘虚偷袭城池，伏兵杀出拦击，李世忠调转部队两面夹击，太平军大败，连夜逃往滁州。李世忠从水口出兵焚毁贼垒，太平军大规模溃散；贼众又纠合捻军围攻定远，屡败屡攻，官军寡不敌众，定远最终陷落。七月，陈玉成率领精锐部众攻打来安，进犯滁州，李世忠率军迎击，稍稍击退敌军；不久贼众再次集结包围来安，分兵屯驻在城西北卓家巢等地，太平军堡垒几乎遍布各处。李世忠侦察得知贼兵已经骄傲轻敌，便埋伏军队前去挑战，佯装战败；太平军嘲笑官军胆怯。李世忠又率军在营外鼓噪叫阵，太平军不以为意，只是断断续续鸣枪戒备。李世忠突然吹响号角全军突击，纵火焚烧敌营，攻破二十八座堡垒。恰逢胜保赶来解围，李世忠返回滁州。八月，战败的太平军向西逃窜，攻陷霍山；江长贵等人击败盘踞太平郭村、宏潭的贼兵，不久贼众窜往石埭，攻陷乌石陇，驻防游击黄金祥退守杨溪河。自从去年三河战败之后，太平军修筑伪城，高二丈有余，炮眼星罗棋布，城外环绕深壕，密布尖木桩，与太湖互相策应，同时连通粮道。
石牌镇隶属安徽怀宁，地处宿松、望江、潜山、太湖交界，是从安徽进入湖北的要道。官文认为，这座伪城不被拔除，终究阻碍东征大计，于是命令多隆阿统领马步军队联合进攻，攻下伪城，斩杀霍天燕、石廷玉等四十七名贼首，并且击退潜山、安庆赶来增援的太平军。伪顾王吴如孝，是太平军当中最为凶悍的头目，从镇江突围逃到皖北，纠集捻军沿着淮河大肆袭扰；不久攻打盱眙清坝，被格兰额等人开枪击毙，首级被割下。其部众向南溃逃。九月，贼兵袭扰霍山下符桥。六安防军卢又熊等人击败这股贼军，攻破毛坦厂堡垒；而庐州、安庆的太平军一同进犯六安，官军于是领兵退回盱眙。天长太平军进犯扬州，参将艾得胜、双喜等人在司徒庙战败身亡。陈玉成率领大股部队从甘泉山西下，奔袭仪征陈板桥，进军增援六合，包围李若珠的营垒。冯子材抵御失利，退守段要口。太平军占据红山窑，切断李若珠大营后路，粮饷运输断绝。
十月，李若珠从八埠墙、陈家集突围而出，身受多处创伤，退守扬州，麾下马步官兵伤亡二千八百余人。石埭夏村的太平军分股联合一万多青阳贼众，窜入占据泾县查村，驻防副将石玉龙在南山岭战死。恰逢周天受从宁国赶来，督领周天孚等人奋力进击，太平军退回查村。王浚扫平陶美镇贼垒，阵斩伪丞相孙瑞亨，该镇距离秣陵关二十多里。卢又熊收复霍山。太平军从太平、芜湖进犯宁国，攻陷黄池，高州镇总兵萧知音败退新丰镇。陈玉成和李秀成从天长、六合集结大股贼众窥伺江浦，分屯长江南北两岸。张国樑渡江，派遣水师攻破寿德州贼垒；水师曹秉忠接连攻破六合、红山窑、瓜埠七座太平军堡垒；彭常宣在仪征泗源沟击败贼兵。此时太平军全都盘踞在扬州西北，不久攻陷江浦驻防军营，周天培战死，大军退守江浦。太平军乘势向东窥伺扬州、仪征，向西逼近江浦，向南觊觎溧水，声势再度高涨。
自从洪秀全等爆发天京内讧、镇江收复之后，洪秀全的凶焰早已衰减；只是依靠陈玉成往来江北，勾结捻军，袭扰庐州、浦口、三河等地，屡次挫败官军。曾国藩认为，要肃清各路贼寇，必须先攻破江宁；想要攻破江宁，必须在滁州、和州部署重兵，这样才能拆除江宁外围屏障，切断芜湖的粮道。想要驻守滁州、和州，必须先围困安庆，摧毁陈玉成的老巢，同时攻打庐州，进攻陈玉成必定回救之地。倘若能够围攻这两处，攻取周边各县，使贼寇多处设防、兵力分散，那么贼寇不仅不敢全力向北窜扰山东、河南，也不能集中兵力东顾江浦、六合，因为贼寇没有不尽力守护根本重地的。于是定下四路进兵的方略：曾国藩负责第一路，由宿松、石牌进军，图谋安庆；多隆阿、鲍超负责第二路，由太湖、潜山出兵攻取桐城；胡林翼负责第三路，由英山、霍山攻取舒城；调回李续宜负责第四路，由商城、固始谋划收复庐州。此后平定太平军的战略，全都不出这个框架。
十一月，泾县查村太平军攻打吴正熙营垒，未能取胜，章家渡的贼兵也被官军挫败。扬州太平军占据甘泉山，马德昭攻破该处堡垒。张国樑督军攻打江浦贼垒久攻不下，太平军挖掘地道攻城；张玉良派遣将士缒城出城，焚毁敌垒，填塞地道。太平军在磨盘洲修筑堡垒，官军四路合围猛攻，贼众大败奔逃，北门的太平军大营也同时被攻破。陈家集等处的太平军窜回天长，南路贼兵暗中窥伺溧水，都被守军击退。江长贵收复太平。郭村、查村战败的贼兵窜往泾县北部。副将荣升接连攻破石柱坑、盘台太平军关卡，贼众窜入占据董家村、白茅塘，进犯万级岭、黄柏岭。荣升会同徽州军队击破敌军，捣毁贼巢。太平军又窜扰河西，被参将朱景山等人击败。副将吴再升乘胜进剿黄池南岸牛头山贼垒；北岸太平军集结部众前来增援，官军分兵阻击，贼兵死伤众多；北岸贼众溃败渡河，官军于是收复南岸。池州守城太平军韦志俊献城投降杨载福，韦志俊部下古隆贤等人不肯归顺，回军攻打府城，池州再度陷落。桐城、潜山太平军增援太湖，打算偷袭天堂后路；余继昌会同团练分路在槎水畈击败敌军，阵斩伪汉天侯、拱天豫两名头目，贼众溃逃。
十二月，侍王李世贤从芜湖金柱关率领大股部队进犯宁国，与黄池北岸太平军合兵，连日分兵袭扰黄冈桥、牛头山等地，再次攻打西河，萧知音、熊廷芳退守寒亭。太平军包围游击冉正祥的营垒，都司李培基驰援才得以解围。陈玉成调集定远、舒城、庐州的贼众向北进犯寿州，翁同书命令副将尹善廷率领精锐部队驰援，在东路、南路挫败贼兵。当时陈玉成看到湖北官军势力强盛，打算向西奔赴六合抵御楚军，所以北上攻打寿州来牵制官军。不久陈玉成从江浦回援安庆、太平，联合捻军首领龚得树、张洛行等分路向上游进犯，号称十余万。多隆阿、鲍超、蒋凝学在潜山布防抵御，接连攻破灵港贼垒。芜湖太平军进犯宣城、湾沚，周天受率军抵挡，贼兵不能得逞；于是分兵四处流窜，官军也分兵在海南渡、浮桥口、清水潭、盐官渡抵御。太平军退守许村埠，进攻西河，朱景山等人重创敌军，增兵防守东西两岸。太平军屡次窥伺湾沚，官军渡河出击，宁国西北方向贼兵的攻势稍稍收敛。在此之前，铜陵、青阳太平军经常进犯南陵、泾县交界地带，官军扼守云岭、苏岭，并且在朝山要隘、三里甸设伏；参将方国淮出奇兵袭击敌军。太平军多次攻打三里甸，攻陷方国淮营垒，又越过云岭，攻占观岭驻防营盘。周天受调金友扼守清弋江，太平军向北逃向南陵，陈大富率军截击，贼兵退回泾县境内。
自从陈玉成回援安庆之后，李秀成独自驻守浦口，贼势已经孤立。当时金陵被围困，形势危急，各路援兵都无法抵达。李秀成认为陈玉成兵力最强，请求洪秀全加封王号，委以外地军务。洪秀全于是封陈玉成为英王，赐予八方黄金印，准许他遇事不必先行奏报，自行处置。然而陈玉成虽然手握在外兵权，威信远不及李秀成，各路将领不听从他调遣。李世忠于是写信给李秀成说：“论智谋、勇武与战功，你哪一点比不上陈玉成？如今陈玉成已经封王，你还只是一员大将，洪秀全昏聩糊涂由此可见。我当初归降朝廷，大清皇帝厚待礼遇。凭你的雄才大略，为何长久郁郁居于人下？何不随我一同归顺朝廷！”当时伪兵部尚书莫仕葵奉命巡视军务，正在李秀成军营，这封信落到他手中，读后大惊，拿给李秀成看。李秀成说：“忠臣不侍奉两位君主，就像女子不改嫁二夫。昭寿自己行不义之事，竟想要构陷我吗？”莫仕葵说：“我了解你很久了。”于是替李秀成上奏洪秀全。洪秀全下令封锁长江，截断李秀成的军队，把李秀成的母亲、妻子迁出安置在长江北岸，阻止李秀成南渡。莫仕葵说：“这样做，大事就完了！”于是会同蒙得恩、林绍璋、李春发进入伪王宫恳切劝谏：“昭寿是敌军的反间之人，大王为何落入他的圈套，自毁栋梁？天京一线通路，全靠李秀成屏障守护。陈玉成总领军务数月，连一支部队都调动不了，成效已经看得清楚。现在应当下优诏褒奖安抚，安定他的心。臣等愿意用全家百口性命担保他没有二心。”洪秀全醒悟，召李秀成入宫，抚慰他说：“像你这样忠义之人，却被谣言误会，是朕的过失。你应当放下心结，为天国效力！”随即晋封李秀成伪爵为忠王荣千岁。天京内讧，杨秀清、韦昌辉互相残杀之后，洪秀全依靠洪仁发等兄弟主持伪朝政；伪幼西王萧有和，是萧朝贵之子，洪秀全格外倚重。而洪秀全原本只把李秀成当作一员普通伪将，重大谋划不让他参与。到这时加封王爵，李秀成十分欣喜，以为洪秀全渐渐把大权托付给自己，没有想到洪秀全心中依旧猜忌他。
浦口是金陵咽喉要道，紧邻官军大营，粮饷援兵全无办法筹措。李秀成南渡觐见洪秀全询问对策，洪秀全对他说：“万事都由天父安排定了，何必费心谋划？”洪秀全又和洪仁发等人商议，留下李秀成协助守卫金陵。李秀成不同意，说：“官军已经用长围困住我们，应当想办法解除围困，全都死在这里没有用处。”李秀成渡江返回，留下黄子隆、陈赞明驻守浦口，亲自赶赴上游集结皖南芜湖、宁国的死党，计划从小路攻打浙江，分散江南大营兵力，再回来解除金陵长围，本意并不在于占据浙江。连日来增援太湖的太平军、捻军攻打鲍超在潜山小池驿的营垒，没能攻克；杨辅清、古隆贤依靠内应攻陷池州。韦志俊突围屯驻泥湾，收拢溃散部众，移驻香口；接连在八都坂、栗树街击败太平军，俘获斩杀伪将军陈松克等三十余人。
这一年，洪秀全大规模分封诸王。当初洪秀全定都金陵，全部文武制度，都由伪东王杨秀清亲手制定。这是太平天国建国鼎盛时期。其宫室制度：第一，龙凤殿，也就是朝堂，用来商议政务、战事等重大事务。每逢大事，鸣钟击鼓，集会议事，洪秀全登座，悬挂红色帐幔。诸王、丞相分列两侧就座，按照官阶依次排列。贼将侍立在后。议事完毕，鸣钟击鼓退朝。第二，说教台。每日正午，洪秀全登临此台，身穿黄龙袍，头戴紫金冕，垂三十六旒。身后两名侍从手持长旗，旗上写着“天父、天兄、天王、太平天国”。台子为圆形，高五丈，台阶百步。宣讲教义时，官员百姓都前来听讲，有意见的人也可以登上台子陈述。文官从左上，武官从右上，士民由前后道路径直上台，站立位置有固定规制。第三，军政议事局，总掌军队调遣、粮饷、军械事务。洪秀全自任元帅，当时伪东王杨秀清任副元帅，北王、翼王为左、右前军副元帅，六官左右副丞相在局中管理。下属各科，分为军马、军粮、军械、军衣、军帐、军船、军图、军俘、军事各科。另有粮饷转运局、文书管理局、前锋告急局、接济局，全都隶属于军政议事局，由六官左右副丞相统领。地位最高的是军机会商局长，最初由伪东王兼任。遇到战事，筹划各项事宜，伪东王居中坐，诸王、丞相、天将或坐或立于左右，各自手持地图讨论形势，之后出兵。杨秀清死后，由伪翼王石达开兼任。石达开出走之后，由李秀成兼任。李秀成向东进入苏州、杭州之后，这个职位有名无实，虚悬空位。此时太平军军备制度十分详尽。自从诸王内讧，人心离散，洪秀全认为，不越级提拔封赏，就无法安定众将之心。然而大规模封王之后，几乎人人封王，丞相、天将的职务大多由诸王兼任。于是各路将领各自统领一军，互不相服，能够调动诸王兵马的，只有陈玉成一人。所以咸丰八年之前，太平军用兵，攻守兼顾；八年之后，只靠进攻来解救围困，战局日渐危急，最终走向灭亡。
咸丰十年正月，伪匡王、伪奉王、伪襄王联合伪摄王，从南陵进犯泾县湾滩，游击王熊飞撤退，太平军蔓延到黄村、焦石埠，进攻副将李嘉万。前来增援的贼兵被杨名声击败，斩杀伪冈天燕、赖文禾。太平军窜入占据黄柏岭，不久大批贼众赶到，攻陷泾县。杨名声等人退守旌德，太平军紧随而至，第二天旌德也陷落。官军退回守卫宁国。这时李秀成亲自率领数千精锐，已经从宁国县小路奔袭广德。张国樑督领水陆各军渡江，准备大举进攻，攻克浦口八座贼垒，黄子隆、陈赞明逃走；进攻九洑洲，捣毁贼人的老巢，纵火焚烧。太平军自咸丰四年在九洑洲修筑堡垒，向内掩护江宁，向外连通大江，作为南北水陆要冲。金陵长围建成之后，浦口、九洑洲接连收复，金陵城内贼兵处境大为困窘。
李秀成从安徽进犯浙江，分散官军兵力；而各路将领又认为贼寇已经困在包围之中，难有作为，渐渐骄纵懈怠，作战意志消退，于是闰三月发生江南大营溃败的祸事。太湖太平军、捻军分四股前来进犯官军，知府金国琛集合各军在仰天庵、高横岭击败敌军，生擒凶悍头目蓝承宣，此人以往常年袭扰蕲州、黄州，被凌迟处死。金国琛等人又在潜山广福寨击败太平军、捻军。陈玉成率领龚得树、张洛行前来增援，趁着大雾把军营移到罗山冲、白沙畈，希望和城内守军连通，牵制官军。各路官军合力出击，太平军大败，擒斩伪庶天侯麦乌宿、伪军师汪遂林等人。第二天，鲍超等人进攻小池驿，负责东路；蒋凝学等人攻打罗山冲，负责西路；多隆阿驻守中路策应。罗山冲太平军蜂拥冲出，蒋凝学接连攻破冲口，杀入内山，骑兵紧随其后，太平军大败。恰逢东南风起，官军纵火焚烧，毁掉一百数十座堡垒。太平军夺路狂奔，伪丞相叶荣发、伪将军舒春华等人战死。城内太平军打算连夜出逃，官军伏兵四起截击。这一战，歼灭贼兵两万余人，贼寇更加惶恐，窜入潜山。多隆阿督军尾随追击，收复潜山县城。
李秀成、李世贤等人抵达广德，假扮清军，攻陷广德，杭州、湖州、苏州、常州全部震动。巡抚罗遵殿调徽州、宁国守军增援围剿广德，保全浙江门户。张芾派遣周天孚火速驻防长兴四安镇，该镇距离广德四十里，地处江苏、浙江交界。和春派遣水陆军队前来会合。李秀成留下陈坤书、陈炳文守卫广德，亲自率领谭绍光、陈顺德、吴定彩等人急速攻打四安镇，将其攻陷。和春派遣水师联合攻打江宁上下两关，七里洲贼首谢茂廷、寿德州贼首秦礼国派遣使者到大营请求投降。江宁西北各门都濒临大江，沙洲交错，太平军占据上、中、下三关，在寿德洲、七里洲修筑堡垒，和北岸九洑洲互相依托。九洑洲收复之后，谢茂廷、秦礼国约定举火为信号，于是上、下两关同一天被攻克。张国樑在江东门增修八座堡垒，安德门增修四座堡垒，毛公渡南北两岸关隘全都被官军夺取，太平军愈发困窘。
洪秀全传令各路贼兵解除金陵之围。当时李秀成在安徽，和部下谋划说：“清军精锐全都聚集在金陵城下，他们的粮饷来源在苏州、杭州。如今金陵城外长壕已经修成，清军对内围城、对外抵御。张国樑勇猛善战，硬攻难以取胜；不如轻兵从小路急速奔袭杭州。杭州危急，苏州也必定震动。清军担心我们切断粮饷来源，一定会分兵赶来救援。我趁大营空虚，回军击破围城官军，那么苏州、杭州就都归我们所有了。”于是亲自率领数千精兵出发，接连攻陷安吉、孝丰、长兴各县。派他的弟弟李世贤进犯湖州，自己率领精锐攻陷武康，翻越山岭从小路攻打杭州。事先联络捻首张洛行、龚瞎子等人，令他们在清江、淮河一带袭扰，分散江苏、安徽官军兵力。
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