隆安初年，皇帝下诏任命桓玄督交、广二州军事，建威将军、平越中郎将、广州刺史，持符节。桓玄接受任命，却不去赴任。这一年，王恭又和庾楷起兵讨伐江州刺史王愉以及谯王司马尚之兄弟。桓玄、殷仲堪认为王恭一定能够取胜，一同起兵响应。殷仲堪拨给桓玄五千士兵，和杨佺期一同做前锋。军队抵达湓口，王愉逃奔临川，桓玄派遣偏将追击俘获王愉。桓玄、杨佺期抵达石头城，殷仲堪抵达芜湖。王恭的部将刘牢之背叛王恭归顺朝廷。王恭兵败身死，庾楷战败，逃到桓玄军中。
不久朝廷下诏改任殷仲堪等人的官职，于是众人各自调转船头向西回师，驻扎寻阳，互相订立盟约，推举桓玄做盟主。桓玄从此得志，几个人联名上奏疏为王恭申辩，请求诛杀司马尚之、刘牢之等人。朝廷深深忌惮他们，就罢免桓脩，恢复殷仲堪的官职，以此和解。
当初，桓玄在荆州骄横放纵，士人百姓畏惧他，超过州牧。殷仲堪的亲信党羽劝殷仲堪杀掉桓玄，殷仲堪没有听从。等到回到寻阳，众人看重桓玄的家世声望，所以推举他做盟主，桓玄越发骄矜自大。杨佺期为人骄横强悍，常常自认为出身高门望族，江南无人可比。可是桓玄常常把他当作寒门士人轻慢，杨佺期心中十分怨恨，想要在会盟的坛场袭击桓玄。殷仲堪忌惮杨佺期兄弟勇猛，担心除掉桓玄之后，他们又会危害自己，苦苦制止杨佺期。之后众人各自接受诏书回到镇守地。桓玄也知道杨佺期有谋害自己的打算，暗中谋划吞并杨佺期的势力，于是屯兵夏口。
隆安年间，朝廷下诏加封桓玄都督荆州四郡军事，任命桓玄的哥哥桓伟为辅国将军、南蛮校尉。殷仲堪担心桓玄专横跋扈，于是和杨佺期结为儿女亲家作为外援。早先桓玄和殷仲堪、杨佺期已经结下嫌隙，常常担心遭到偷袭，请求扩大自己统辖的地盘。朝廷也想要让他们互相产生矛盾，就把杨佺期所管辖的四郡划分给桓玄，杨佺期十分愤怒恐惧。恰逢姚兴进犯洛阳，杨佺期于是整备军队，扬言要援救洛阳，暗中想要和殷仲堪一同袭击桓玄。殷仲堪虽然对外和杨佺期结盟，内心却怀疑他，不肯答应。又担心约束不住他，派堂弟殷遹驻守北部边境，遏制杨佺期。杨佺期无法单独出兵，又猜不透殷仲堪的真实想法，于是收兵。南蛮校尉杨广，是杨佺期的哥哥，想要抗拒桓伟，殷仲堪不允许，就把杨广调出去担任宜都、建平二郡太守，加封征虏将军。杨佺期的弟弟杨孜敬原先担任江夏相，桓玄派兵袭击，把他召来，任命他做咨议参军。
桓玄于是出动军队向西征伐，也扬言救援洛阳。写信给殷仲堪，说杨佺期蒙受国恩，却坐视先帝陵园遭难，应当一同讨伐他。现在自己亲自率领军队直扑金墉，让殷仲堪捉拿杨广；如果做不到，就无法互相信任。殷仲堪原本打算保全两方，收到桓玄书信，知道已经无法制止，回复说：“你沿着沔水进军，不许一兵一卒进入长江。”桓玄于是暂时罢兵。
后来荆州发生大水灾，殷仲堪开仓赈济饥民，粮仓全部空虚。桓玄趁着荆州虚弱出兵攻打，先派兵袭击巴陵。梁州刺史郭铨前去赴任，途经夏口。桓玄对外宣称朝廷派郭铨做自己的前锋，把江夏的兵马交给郭铨，让他督率各路军队一同前进，又秘密通知哥哥桓伟做内应。桓伟慌乱无措，把桓玄的密信拿给殷仲堪看。殷仲堪扣押桓伟作为人质，逼迫他写信给桓玄，言辞十分悲切恳切。桓玄说：“殷仲堪为人不能决断，常常计较成败，替儿子考虑，我哥哥一定不会有危险。”
桓玄抵达巴陵，殷仲堪派兵抵御，被桓玄击败。桓玄进军杨口，又打败殷仲堪的侄子殷道护，乘胜进兵零口，距离江陵只有二十里。殷仲堪派出多路军队抵挡。杨佺期从襄阳赶来救援，和哥哥杨广一同攻打桓玄。桓玄忌惮他们兵力精锐，退兵马头。杨佺期等人再次追击桓玄，拼死作战，杨佺期战败，逃回襄阳；殷仲堪出逃奔往酂城。桓玄派遣将军冯该追击杨佺期，俘获杨佺期。杨广被部下捆绑送给桓玄，桓玄把杨广、杨佺期一同处死。殷仲堪听说杨佺期已死，率领几百人打算投奔姚兴，走到冠军城，被冯该捉住，桓玄下令杀掉殷仲堪。
桓玄就此平定荆州、雍州，上表请求兼任江州、荆州二州刺史。朝廷下诏任命桓玄都督荆司雍秦梁益宁七州诸军事，后将军、荆州刺史，持符节；任命桓脩做江州刺史。桓玄上奏疏极力争夺江州，于是朝廷又让他都督八州以及扬州、豫州八郡，同时兼任江州刺史。桓玄又擅自任命桓伟做冠军将军、雍州刺史。当时叛贼还没有平定，朝廷不敢违背他的心意，只能应允。
桓玄培植任用心腹亲信，兵马日渐强盛，屡次上奏请求讨伐孙恩，朝廷总是不准许。后来孙恩进逼京城，桓玄整训军队，对外宣称勤王，实际上想要观望时局伺机进军，再次上奏请求出兵讨伐。恰逢孙恩已经退走，桓玄才奉朝廷命令解除战备。桓玄任命桓伟镇守夏口，掌管江州；司马刁畅为辅国将军，督八郡军事，驻守襄阳；派遣桓振、皇甫敷、冯该等人戍守湓口。把沮水、漳水一带两千户蛮人迁徙到长江以南，设立武宁郡；又招纳流亡百姓，设立绥安郡。还为各个郡增设郡丞。朝廷征召广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，桓玄全部扣下，不让他们前往京城。桓玄自以为天下三分之二都掌握在自己手中，认为天命归于自己，屡次上报各种祥瑞征兆，当作自己的吉兆。
早先庾楷投奔桓玄，桓玄请求讨伐孙恩的时候，任命庾楷为右将军。桓玄解除战备，庾楷也被免去官职。庾楷看见桓玄正和朝廷结怨，担心桓玄大事不成，灾祸牵连自己，于是暗中勾结后将军司马元显，答应做朝廷的内应。元兴初年，司马元显假借皇帝诏书讨伐桓玄。桓玄的堂兄桓石生当时担任太傅长史，秘密写信通报桓玄。
桓玄原本以为扬州发生饥荒，孙恩叛乱还没有平定，朝廷一定无暇讨伐自己，可以积蓄兵力，静观时机。得知司马元显将要讨伐自己，十分恐惧，想要退守保全江陵。长史卞范之劝桓玄：“公英明谋略，威名震动天下。司马元显乳臭未干，刘牢之已经大失人心。如果大军逼近京城近郊，向天下宣示威势封赏，朝廷土崩瓦解的局面翘足可待。为什么要让敌人攻入境内，让自己陷入困窘！”桓玄十分高兴，留下哥哥桓伟镇守江陵，上表之后率领大军东下，抵达寻阳，向京师发布檄文，罗列司马元显的罪状。檄文传到京城，司马元显大为恐慌，登上战船却不敢出兵。
桓玄起兵犯上，自己也失去人心，常常担心部下不肯效力，多次想要回师。等过了寻阳，没有见到朝廷军队，心中大喜，手下将领官吏士气振作。庾楷密谋泄露，被桓玄抓捕囚禁。军队抵达姑孰，桓玄派冯该、苻宏、皇甫敷、索元等人先攻打谯王司马尚之，司马尚之战败。刘牢之派遣儿子刘敬宣前来向桓玄投降。
桓玄抵达新亭，司马元显的军队自行溃散。桓玄进入京城，假传皇帝诏书说：“义兵纷纷集结，罪责只在司马元显。太傅已经另有教令，解除全国战备，平息战事，顺应义士的心愿。”又假传诏书，任命自己总管百官，担任侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，兼任徐州刺史；再加赐假黄钺、羽葆鼓吹仪仗，带剑武士二十人，设置左右长史、司马、从事中郎四人，允许两百名持兵器卫士上殿。
桓玄上表罗列太傅司马道子和司马元显的罪状，把司马道子流放到安成郡，在街市处死司马元显。桓玄住进太傅府，杀害太傅中郎毛泰、毛泰的弟弟游击将军毛邃，太傅参军荀逊、前豫州刺史庾楷父子、吏部郎袁遵、谯王司马尚之等人；把司马尚之的弟弟丹阳尹司马恢之、广晋伯司马允之、骠骑长史王诞、太傅主簿毛遁等人流放到交州、广州各郡，不久又派人在路上追杀司马恢之、司马允之。
任命哥哥桓伟为安西将军、荆州刺史，兼任南蛮校尉；堂兄桓谦为左仆射，加封中军将军，掌管选官；桓脩为右将军，徐、兖二州刺史；桓石生为前将军、江州刺史；长史卞范之为建武将军、丹阳尹；王谧为中书令、领军将军。大赦天下，改年号为大亨。桓玄辞去丞相，自封太尉，兼任平西将军、豫州刺史。又赐予衮冕礼服，青色绶带，带剑武士增加到六十人；特许佩剑穿鞋上殿，入朝不用小步快跑，奏事的时候不用称呼自己名字。
桓玄打算出京镇守姑孰，询问众人意见。王谧回答：“《公羊传》有记载，周公为什么不去鲁国？是想要天下统一于周王室。希望您安定京城根本，效仿周公的本心。”桓玄赞同这番话，却不肯听从。于是大规模修筑姑孰城府，楼台馆舍山林池沼无不华丽壮观，然后出京镇守姑孰。到姑孰之后，桓玄坚决推辞录尚书事，皇帝下诏准许。但是朝廷重大政务都要向他请示，小事就由桓谦、卞范之决断。
接连战乱不断，百姓饱受兵祸，盼望天下一统。桓玄刚到京城的时候，罢黜奸佞小人，提拔贤才，君子为政的气象初步显现，京城百姓十分欣喜。后来桓玄欺凌朝廷，排挤宰辅大臣，骄奢放纵，大兴各种劳役，朝野上下大失所望，百姓不能安居乐业。当时会稽发生饥荒，桓玄下令官府赈济灾民。百姓流离在江湖之中采摘野果充饥，会稽内史王愉把流民全部召回城中。灾民请求赈济粮食，粮食本就不多，官吏又不及时发放，饿死在路上的灾民十有八九。
桓玄又杀害吴兴太守高素、辅国将军竺谦之、竺谦之的堂兄高平相竺朗之、辅国将军刘袭、刘袭的弟弟彭城内史刘季武、冠军将军孙无终等人，这些人都是刘牢之的党羽，北府兵旧将。刘袭的哥哥冀州刺史刘轨以及宁朔将军高雅之、刘牢之的儿子刘敬宣，一同逃奔慕容德。
桓玄暗示朝廷，凭借平定司马元显的功劳，封自己为豫章公，食邑安成郡，封地二百二十五里，七千五百户；凭借平定殷仲堪、杨佺期的功劳，封桂阳郡公，封地七十五里，食邑二千五百户；原本的南郡公爵位照旧。桓玄把豫章公改封给自己的儿子桓升，桂阳郡公赐给侄子桓浚，降为西道县公。又下诏要求为桓温避讳，天下姓名和桓温相同的全部更改；追赠自己的母亲马氏为豫章公太夫人。
元兴二年，桓玄假意上表请求出兵平定姚兴，又暗示朝廷下诏书不准许。桓玄本身没有实力，只喜欢说大话，计划不能施行，就对外宣称是奉诏所以停止。将要出兵的时候，不做别的筹备，先打造轻便小船，装载服饰玩物、书画珍宝。有人规劝他，桓玄说：“书画玩物应当常常带在身边，况且战争凶险，如果发生意外，可以轻便运走。”众人都暗自嘲笑他。
这一年，桓玄的哥哥桓伟去世，朝廷追赠开府、骠骑将军，让桓脩接替桓伟的职位。从事中郎曹靖之劝说桓玄，桓脩兄弟内外身居要职，恐怕权势倾覆天下。桓玄采纳建议，任命南郡相桓石康为西中郎将、荆州刺史。桓伟刚办完公侯规格的丧礼，桓玄就奏乐作乐。乐曲刚奏响，桓玄按着节拍痛哭，随即擦干眼泪尽情享乐。桓玄所倚重亲近的只有桓伟，桓伟死后，桓玄陷入孤立危险的处境。可是他谋朝篡位的行迹已经十分明显，自知天下人大多怨恨自己，想要尽快完成篡逆。殷仲文、卞范之又在一旁催促。于是桓玄先调整朝廷百官，解除琅邪王的司徒职务，改任太宰，给予特殊礼遇；任命桓谦为侍中、卫将军、开府、录尚书事，王谧为散骑常侍、中书监，兼任司徒，桓胤为中书令；加封桓脩散骑常侍、抚军大将军。设置学官，教授二品官员子弟几百人。
又假传诏书，加封自己为相国，总领百官；把南郡、南平、宜都、天门、零陵、营阳、桂阳、衡阳、义阳、建平十郡划为楚国封地，担任扬州牧，依旧兼任平西将军、豫州刺史；赐予全套九锡礼器。楚国设置丞相以下官吏，全部依照前代旧制度。又暗示天子驾临前殿，策命授予自己楚国封号。桓玄屡次假意推辞，朝廷下诏命百官前去劝进。桓玄又说：“要天子亲自驾临，我才肯接受册封。”假传诏书追封父亲桓温为楚王，南康公主为楚王后。任命平西长史刘瑾为尚书，刁逵为中领军，王嘏为太常，殷叔文为左卫，皇甫敷为右卫，一共六十多人，担任楚国属官。桓玄解除平西将军、豫州刺史职务，把平西将军府的文武人员划归相国府。
新野人庾仄听说桓玄接受九锡，于是发动义兵，在襄阳袭击冯该，把冯该打跑。庾仄拥有七千部众，在城南修筑祭坛，祭祀祖先七庙。南蛮参军庾彬、安西参军杨道护、江安令邓襄子密谋做内应。庾仄原本是殷仲堪的旧部，桓伟刚死，桓石康还没有到任，所以趁机起兵，江陵震动。桓济的儿子桓亮在罗县起兵，自号平南将军、湘州刺史，以讨伐庾仄为名起兵。南蛮校尉羊僧寿会同石康一同攻打襄阳，庾仄的部众溃散，投奔姚兴，刘彬等人全都遇害。长沙相陶延寿因为桓亮趁着祸乱起兵，派人逮捕他。桓玄把桓亮流放到衡阳，诛杀他的同党桓奥等人。
桓玄假意上表请求返回自己的藩镇，又自己拟写皇帝诏书挽留自己，派遣使者宣读圣旨；桓玄又上表坚决请求归藩，又委婉示意天子亲手写下诏书执意挽留他。桓玄喜好编造虚假言辞，充斥文书简册，大抵都是这类事情。他认为改朝换代之际应当出现吉祥的征兆，就暗中命令各地官府上报临平湖湖水疏通澄澈，让百官聚集起来庆贺。他伪造皇帝诏书说：“灵瑞的事情，朕不敢妄自听闻。这实在是相国至高的德行，所以才感召出现这样的祥瑞。太平教化，从此开启，天下六合之人全都欢欣喜悦，内心的喜悦难以言说！”又谎称江州王成基家中竹子上降下甘露。桓玄认为历代都有避世隐居的高士，唯独自己所处的时代没有，于是征召皇甫谧的六世孙皇甫希之担任著作郎，供给他物资用度，又命令皇甫希之推辞不接受官职，称他为高士，当时的人把这种做法叫作“充隐”。
桓玄提议恢复肉刑，废除钱币交易，提议反复更改，制度变革纷繁杂乱，心志没有定准，制定的条令制度繁多，动辄妨害政务治理。他本性贪婪鄙陋，喜好新奇珍异的事物，尤其喜爱宝物，珍珠美玉从不离手。士大夫家中有名家书法、精美画作以及上好的园林宅院，他全都想要归为己有，又忌惮直接强夺，就通过赌博的方式夺取。派遣下属官吏四处奔走，挖掘果树、移栽竹子，不惜跋涉数千里，百姓家中优良的果树、秀美的竹子被搜刮得一干二净。他乐于听信谄媚吹捧的话语，抵触正直的谏言，有时剥夺自己憎恶之人的财物赏赐给自己宠爱的人。
十一月，桓玄假传皇帝诏令，给自己的冠冕加上十二道旒，设置天子专用的旌旗，出行时清道戒严，回宫时禁止行人通行，乘坐金根车，用六匹马驾车，配备五时副车，设置旄头云罕这类帝王仪仗，乐舞使用八佾，陈设钟虡这类宫廷悬挂的乐器，封自己的王妃为王后，嫡长子为太子，自己的女儿、孙辈的爵位封号全部依照帝王旧有的制度。桓玄大量贬斥朝中大臣，任用他们做太宰的僚属；又伪造诏书，让王谧兼任太保，同时兼任司徒，捧着皇帝的玉玺把帝位禅让给自己。又委婉劝导安帝，把禅位这件事祭告宗庙，安帝迁出皇宫居住到永安宫，把晋朝皇室的神主迁到琅邪庙。
当初，桓玄担心安帝不肯亲手写下禅位诏书，又忧虑拿不到玉玺，逼迫临川王司马宝请求安帝亲手写诏书，趁机夺取玉玺。等到要临殿前举行禅位大典的时候，玉玺早就已经拿到手，桓玄十分欢喜。百官到姑孰劝桓玄僭越称帝，桓玄假意推让，朝中大臣坚决请求，桓玄就在城南七里修筑郊祀高台，登坛篡夺帝位，用黑色公畜祭祀上天，百官列队陪侍，可是礼仪制度不完备，群臣忘记呼喊万岁，也没有避晋帝的名讳。
张贴文书祭告天地说：“晋帝顺应时运，恭敬遵从天命，把帝位交给桓玄。上天设立君主，由人来代为治理，这是帝王兴起的缘由；没有君主就无法治理天下，唯有德行能够执掌天下权柄，所以承接天命治理万物，天下必须归于一统。圣明的时代不能同时有两位君主，没有贤才就不能没有统治者，所以五帝更迭，三代改换王朝。到了汉、魏时期，天下大权都归于有功勋的人。晋朝从中叶开始，接连多灾多难，海西公之乱的时候，晋朝国统几乎断绝；九代君主安定天下的功绩，升降任免贤愚的勋业，如果没有如同大禹一般的功德，中原百姓就要沦为异族统治。太元末年，君子之道衰微，祸患不断累积。到隆安年间达到极点，灾祸波及士人百姓，人伦秩序遭到破坏。我桓玄虽然身处民间，不被朝廷任用，从道义情理上，怎么能没有感慨！平定祸乱的功劳，执掌朝政拨乱反正的业绩，都是仰仗先辈遗留的恩德，我桓玄哪里有什么功劳！恰逢时运变更，众人推举的命运落到我的身上，我以浅薄愚昧的身份，继承帝王大业，担当改朝换代的开端，身居王公之上，实在是仰赖先辈宏大基业，德行才有所依托。我日夜警惕心怀敬畏，不知如何处置。君位不能长久空缺，人神不能没有祭祀，因此不敢不恭敬地举行大典，慎重挑选良辰，登坛接受禅让，祭告上天，以此长久满足天下人的期望，取信万国，敬请神明享用祭品。”
于是下达诏书说：“天地人三才互相依托，上天与人间才能成就功业；天下理当归于一统，正直的君主才能执掌天下契命，帝王的兴起，根源十分深远。自从三皇五帝之后，各朝世代变迁，兴起的缘由虽各有不同，根本道理却是一致。我的父亲宣武王桓温圣德高远，开创宏大基业，天命本就归属于桓氏，道理自古已然。中间遭遇危难，基业没能承接，回望宏大帝业，几乎摇摇欲坠。借着厄运终结的时运，遇上世事变革的机遇，得以铲除奸邪拯救百姓，拯救陷于苦难的世人。晋朝接连遭遇多重祸难，天命已经终结，效仿唐尧虞舜禅让的准则，遵循汉魏的旧例，上天的福禄于是落到我的身上。我德行浅薄，推辞不掉天命，依照旧有的典章，于是在南郊登坛燃柴祭天，从文祖那里接受帝位。想要把这份福泽广布天下，希望和亿万百姓一同开启新的时代。”
随后大赦天下，改年号为永始，赐天下百姓爵位两级，孝顺父母、敬爱兄长、努力耕作的百姓赐爵位三级，鳏夫、寡妇、孤儿、孤老无法维持生计的人，每人赐谷五斛。这些赏赐的制度，只是一纸空文，并没有实际落实。刚刚草拟伪诏的时候，打算把年号定为建始，右丞王悠之说：“建始，是赵王司马伦篡位时使用的伪年号。”于是改为永始，可永始又是王莽开始掌权的年份，这些年号的不祥征兆，冥冥之中和叛逆篡夺相互应验。
又下诏书说：“前朝优待前朝王室后裔，由来已久。到汉魏两代，都给前朝王室分封疆土。晋朝顺应天命，禅位于我，应当效法古制，赐给晋帝封地。把南康郡的平固县作为封地，尊奉晋帝为平固王，车马旗帜、历法正朔全部沿用晋朝旧有的典章。”把安帝迁到寻阳居住，依照当年曹魏安置陈留王的旧例。把永安皇后降为零陵君，琅邪王降为石阳县公，武陵王司马遵降为彭泽县侯。追尊自己的父亲桓温为宣武皇帝，宗庙称为太庙，南康公主追尊为宣皇后。
封儿子桓升为豫章郡王，叔父桓云的孙子桓放之为宁都县王，桓豁的孙子桓稚玉为临沅县王，桓豁的次子桓石康为右将军、武陵郡王，桓秘的儿子桓蔚为醴陵县王。追赠桓冲为太傅、宣城郡王，给予特殊礼遇，依照晋朝安平王的旧例，让桓冲的孙子桓胤继承爵位，担任吏部尚书；桓冲次子桓谦为扬州刺史、新安郡王，桓谦的弟弟桓脩为抚军大将军、安成郡王。兄长桓歆为临贺县王，桓祎为富阳县王。追赠桓伟为侍中、大将军、义兴郡王，由儿子桓浚继承爵位，任辅国将军，桓浚的弟弟桓邈为西昌县王。
封王谧为武昌公，配二十人班剑仪仗；卞范之为临汝公，殷仲文为东兴公，冯该为鱼复侯。又把始安郡公降为县公，长沙郡公降为临湘县公，庐陵郡公降为巴丘县公，各自食邑一千户。康乐、武昌、南昌、望蔡、建兴、永脩、观阳这些封爵全都降为食邑百户，公、侯的名号依旧保留。又普遍给各地征镇将领提升军号，各有等级差别。任命相国左长史王绥为中书令。尊崇桓谦的母亲庾氏为宣城太妃，给予特殊礼遇，赏赐辇车。称桓温的坟墓为永崇陵，安排四十人守卫。
桓玄进入建康皇宫，狂风猛烈，旌旗仪仗全都被吹得倾倒歪斜。等到在西堂举行小型宴会，安排歌舞乐伎，大殿上设置绛色绫罗帐幕，帐幕边缘用金线刺绣，四角制作金龙，龙头悬挂五彩羽葆流苏。大臣私下互相议论说：“这很像丧车，和王莽的仙盖是一类东西。龙角，正对应《周易》所说亢龙有悔的卦象。”又制造金根车，用六匹马驾车。
这个月，桓玄来到听讼观审阅囚犯，无论罪行轻重，大多予以赦免释放。有拦车乞讨的人，有时也加以抚恤。他就喜欢施行这类小恩小惠。自认本朝属水德，壬辰那一天，在祖庙举行腊祭。把尚书都官郎改名为贼曹郎，又增设五校、三将以及强弩、积射武卫这类武官。元兴三年，也就是桓玄永始二年，尚书文书中把“春蒐”错写成“春菟”，所有签署这份文书的官员全都遭到贬黜罢官。桓玄对国家大政置之不理，却专门纠察细枝末节的小事，大抵都是这类情况。
立妻子刘氏为皇后，打算修缮宫殿，于是迁居到东宫。又把东掖门、平昌门、广莫门以及皇宫各门，全都修建成三条通道。新造大型辇车，可以容纳三千人就坐，需要二百人抬行。桓玄喜好出游打猎，因为身体肥胖不能骑马，又制造徘徊舆，车上设置转动机关，回转移动毫无阻滞。
桓玄没有追尊自己的曾祖、祖父，对相关礼制心存疑惑，向群臣询问。散骑常侍徐广依据晋朝典制，认为应当设立七庙，并且说敬重父亲，儿子就会心悦；地位越高，情理越应当得到伸张；道义越宏大，敬奉先祖的礼法越要周全。桓玄说：“《礼记》说三昭三穆，加上太祖一共七庙，那么太祖必定是宗庙的主祭，昭、穆都是后辈的称谓，由此可知不能逆着辈分来排。礼制规定，太祖神位面朝东方，左边是昭，右边是穆。像晋朝的宗庙，宣帝被列入昭穆序列，不能处在太祖的位置。昭穆次序错乱，太祖没有合适位置，失误就太大了。”桓玄的曾祖以上名位低微不显贵，所以不想把他们列入宗庙序列，又看到王莽设立九庙遭到前代史书讥讽，于是只设立一座宗庙，郊祭、庙祭只斋戒两天。秘书监卞承之说：“祭祀不能上及远祖，由此可知大楚的国运不会长久。”桓玄拆毁晋朝的小庙，用来扩建楼台亭榭。他庶母的祭祀没有固定场所，忌日还接待宾客、宴饮游乐，只有庶母去世的时候哭一次。还在服丧期内，不停止演奏音乐。
桓玄出游水门，狂风把仪仗伞盖吹飞。夜里，江水大浪冲入石头城，大桁桥被冲毁，死伤很多人。大风吹动朱雀门楼，门楼上层坠落到地上。
桓玄篡夺帝位之后，骄纵奢侈荒淫，没有节制地游猎，夜以继日。兄长桓伟下葬的日子，早上哭吊，晚上就出去游乐；有时候一天之内多次骑马外出。他性情急躁暴虐，征召命令严厉急促，值班官员全都把马拴在官署门前，皇宫之内喧闹杂乱，完全没有朝廷的体面。于是百姓困苦疲惫，朝野上下身心劳顿，心怀怨恨盼望动乱的人家十有八九。刘裕、刘毅、何无忌等人一同谋划复兴晋朝。刘裕等人在京口斩杀桓脩，在广陵斩杀桓弘；河内太守辛扈兴、弘农太守王元德、振威将军童厚之、竟陵太守刘迈谋划在京城做内应。
到约定日期，刘裕派遣周安穆通报消息，刘迈惶恐不安，就把这件事告诉桓玄。桓玄大为震惊，立刻诛杀辛扈兴等人，周安穆骑马逃走得以幸免。桓玄封刘迈为重安侯，过了一夜又把他杀掉。
刘裕率领义军抵达竹里，桓玄退回皇宫，百官徒步跟随，征召侍从官员全部进入官署值守。赦免扬州、豫州、徐州、兖州、青州、冀州六州的罪犯，任命桓谦为征讨都督，授予符节，让殷仲文接替桓脩，派遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷向北抵御义军。刘裕等人在江乘和敌军交战，临阵斩杀吴甫之，进军到罗落桥，又和皇甫敷交战，砍下皇甫敷的首级。桓玄得知消息十分恐惧，召集各类方术之士推算祸福，施行厌胜巫术。桓玄问群臣：“朕难道要失败了吗？”曹靖之回答：“上天震怒，百姓怨恨，臣实在为此感到恐惧。”桓玄说：“百姓或许会怨恨，上天为什么发怒？”曹靖之答道：“晋朝宗庙被迁移，神主漂泊没有安身之处；大楚的祭祀，不能追祭先祖，这就是上天发怒的原因。”桓玄说：“你为什么不劝谏？”曹靖之回答：“在座的诸位大臣都以为如今是尧舜盛世，臣哪里敢说话！”桓玄越发愤怒恐惧，派桓谦、何澹之驻守东陵，卞范之驻守覆舟山西侧，合计两万兵马，抵挡义军。
刘裕抵达蒋山，让体弱的士兵披上油布披风登上山头，多处张开军旗，几路军队一同向前推进。桓玄侦察的士兵回来报告：“刘裕军队布满四处，不知道有多少人。”桓玄更加惶恐，派遣武卫将军庾颐之带领精锐士兵，增援各路军队。当时东北风猛烈，义军放火，烟尘漫天，呐喊战鼓之声震动京城。刘裕手持钺斧率军冲锋，桓谦各路军队瞬间溃败。桓玄率领几千亲信，嘴上声称要奔赴战场作战，却带着儿子桓升、侄子桓浚从南掖门出逃，向西赶到石头城，命令殷仲文备好船只，一同向南逃窜。
当初桓玄在姑孰的时候，将相星多次出现异常天象；篡位的当晚，月亮靠近太白星，又进入羽林星的星区，桓玄十分厌恶。等到战败逃跑，心腹之人劝他拼死作战，桓玄来不及回答，只是用马鞭指向天空。桓玄连续几天吃不上饭，身边侍从端来粗劣的饭食，桓玄难以下咽。桓升当时只有几岁，抱着桓玄的胸口安抚他，桓玄悲痛不能自制。
刘裕让武陵王司马遵总揽朝廷政务，设立临时朝廷，统辖百官。派遣刘毅、刘道规追击桓玄，诛杀桓玄的各位侄子，还有桓石康的兄长桓权、桓振的兄长桓洪等人。
桓玄逃到寻阳，江州刺史郭昶之供给器物物资和士兵。殷仲文从后面赶来，远远望见桓玄的船只，旌旗车马服饰全是帝王的规格，叹息说：“失败之后还能重新振作，确实是可以的。”桓玄于是逼迫晋安帝一同向西行进。桓歆聚集部众攻打历阳，宣城内史诸葛长民把他击溃。桓玄在逃亡途中撰写起居注，记述自己抵御义军的战事，自称自己谋划指挥，算无遗策，是手下将领违背调度，才招致战败，并不是自己用兵的过错。于是顾不上和下属谋划商议，只专心构思撰写，把起居注传送到各处。桓玄抵达江陵，桓石康接纳他，在城南搭建幔帐房屋，任命百官，任用卞范之为尚书仆射，其余官职大多任用资历浅薄的人。大规模修整水军，不到三十天，拥有两万部众，楼船兵器装备十分充足。桓玄对同党说：“你们都是出身清贵追随朕的人，京城篡位的叛贼很快就要到军门前来请罪。你们看我等重回石头城，就如同身处云霄之上。”
桓玄经历战败逃亡之后，担心法令不能整肃，于是轻易发怒，随意杀人，很多人离心生出怨恨。殷仲文劝谏说：“陛下年少就声名远扬，远近之人都敬服；平定荆雍，匡扶京城，威名传遍八方。登上帝位之后遭遇这场厄运，并不是威严不足。百姓殷切盼望陛下的恩泽，应当弘扬仁政，收拢人心。”桓玄发怒说：“汉高祖、魏武帝也多次遭遇失败，只是手下将领作战失利而已！因为天象凶险，所以回到旧楚故都，而这些小人愚昧迷惑，无端生出是非，应当用严厉手段纠治，不该施行恩惠。”桓玄身边的人称呼桓玄为“桓诏”。桓胤劝谏：“诏，是用于文辞号令的，不能拿来当作人的称谓。汉魏的君主都没有这种叫法，只听说北方胡人把苻坚称作‘苻诏’。希望陛下效法古代帝王的准则，可以为后世万世效法。”桓玄说：“这个叫法已经传开，现在下诏废除，反而不吉利。如果确实应当更改，等战事平定之后再说。”荆州的郡守看到桓玄流亡在外，有的派遣使者上表，言辞不安劝他，桓玄全都不接受，反而命令各地上表庆贺迁都。
桓玄派遣游击将军何澹之、武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭会同郭铨，率领几千士兵驻守湓口。又派遣辅国将军桓振前往义阳招募兵马，桓振到弋阳，被龙骧将军胡哗击败，桓振单人骑马逃回。何无忌、刘道规等人在桑落洲击败郭铨、何澹之、郭昶之，进军寻阳。桓玄率领二百艘战船从江陵出发，任命苻宏、羊僧寿为先锋。任命鄱阳太守徐放为散骑常侍，想要派他游说劝降义军，对徐放说：“这些人不识天命，才妄自发兵，害怕祸事聚集在一起，不能回头。你是三州之人信任的人，可以明白宣示我的心意，如果他们解散军队放下兵器，我会和他们重新开始，各自授予官职，不剥夺他们的名分。江水在此为证，我绝不食言。”徐放回答：“刘裕是起事的主谋，刘毅的兄长被陛下诛杀，这两个人都不能游说。我可以把陛下的旨意转告何无忌。”桓玄说：“如果你出使能成功，就任用你做吴兴太守。”徐放于是接受使命，进入何无忌的军营。
魏咏之在历阳击败桓歆，诸葛长民又在芍陂打败桓歆，桓歆单人骑马渡过淮河。刘毅率领刘道规以及下邳太守孟怀玉，和桓玄在峥嵘洲交战。当时义军只有几千人，桓玄兵力强盛，可是桓玄害怕战败，经常在主船旁边预备轻便小船，所以桓玄的士兵没有作战的斗志。义军借着大风放火，将士奋勇争先，桓玄军队大败，烧毁军用物资连夜逃跑，郭铨投降。桓玄旧部刘统、冯稚聚集四百人，偷袭攻占寻阳城，刘毅派遣建威将军刘怀肃讨伐平定叛乱。桓玄把永安皇后以及自己的皇后留在巴陵。殷仲文当时在桓玄的船上，请求换乘别的船只收拢溃散士兵，趁机背叛桓玄，侍奉两位皇后投奔夏口。桓玄进入江陵城，冯该劝他再次出兵作战，桓玄不听，打算离开前往汉川，投奔梁州刺史桓希。可是人心背离，命令无法推行。桓玄骑马出城，来到城门，身边侍从在暗处砍杀桓玄，没有砍中，前后互相厮杀，死伤遍地，桓玄勉强登上船只。荆州别驾王康产侍奉安帝进入南郡官府，太守王腾之率领文武官员守卫护驾。
此时益州刺史毛璩派自己的侄孙毛祐之、参军费恬护送毛璩弟弟毛璠的灵柩到江陵，随行有二百士兵。毛璩的侄孙毛脩之担任桓玄的屯骑校尉，引诱桓玄前往蜀地，桓玄听从。走到枚回洲，费恬和毛祐之迎击桓玄，箭矢如雨。桓玄宠幸的侍从丁仙期、万盖等人用身体遮蔽桓玄，身中几十支箭死去。桓玄中箭，儿子桓升就帮他拔掉箭。益州督护冯迁拔出刀冲上前，桓玄拔下头上的玉导递给冯迁，说道：“你是什么人？竟敢杀害天子！”冯迁说：“我要杀的，不过是窃居天子之位的叛贼罢了。”于是斩杀桓玄，时年三十六岁。又斩杀桓石康、桓浚等五人首级，庾颐之战死。桓升喊道：“我是豫章王，各位不要杀我。”被押送到江陵街市斩首。
当初桓玄在皇宫之中，常常心神不安，仿佛被鬼神滋扰，对亲近的人说：“我恐怕自己将要死去，所以才和世事相争。”元兴年间，衡阳有母鸡变成公鸡，过了八十天鸡冠又枯萎。桓玄建立大楚，衡阳属于他的国土，从篡位到败亡，正好八十天。当时有童谣传唱：“长干巷，巷长干，今年杀郎君，后年斩诸桓。”凶兆就是这样应验。郎君，指的是司马元显。
这个月，王腾之侍奉安帝进入太府居住。桓谦也在沮中聚集部众，为桓玄举办丧事，设立灵堂，私自定桓玄谥号为武悼皇帝。刘毅等人把桓玄的首级传送出来，悬挂在大桁示众，围观的百姓没有不欢欣庆贺的。
何无忌等人在马头攻打桓谦，在龙洲攻打桓蔚，全都打败敌军。义军乘胜快速进军，桓振、冯该等人在灵溪抵御，刘道规作战失利，战死一千多人。义军撤退驻扎在寻阳，重新修整战船兵器。毛璩亲自兼任梁州刺史，派遣将领攻打汉中，杀死桓希。江夏相张畅之、高平太守刘怀肃在西塞矶攻打何澹之，将其击败。桓振派桓蔚接替王旷镇守襄阳。刘道规进军讨伐武昌，打败伪太守王旻。魏咏之、刘藩在白茅击溃桓石绥。义军从寻阳出兵。桓亮自封江州刺史，进犯豫章，江州刺史刘敬宣把他击退。义军进驻夏口。伪镇东将军冯该等人驻守夏口，扬武将军孟山图占据鲁城，辅国将军桓山客驻守偃月垒。刘毅攻打鲁城，刘道规攻打偃月垒，何无忌和檀祗把战船列在江中，防止敌军逃跑。义军奋勇登岸冲锋，喊声响动山谷，从辰时打到午时，两座城池全都被攻破，冯该溃散逃走，活捉桓山客。刘毅等人平定巴陵。毛璩派遣涪陵太守文处茂向东进军，桓振派遣桓放之担任益州刺史，驻守夷陵，文处茂迎战，桓放之战败逃回江陵。
义熙元年正月，南阳太守鲁宗之发动义兵偷袭襄阳，击败伪雍州刺史桓蔚。何无忌各路军队驻扎在江陵的马头，桓振挟持安帝，出兵驻守江津。鲁宗之率领部众来到柞溪，打败伪武贲中郎温楷，进兵纪南。桓振亲自攻打鲁宗之，鲁宗之战败。此时蜀军占据灵溪，刘毅率领何无忌、刘道规等人击破冯该的军队，向前推进，当即收复江陵。桓振看见城中起火，知道城池已经陷落，就和桓谦等人向北逃走。这一天，晋安帝复位。大赦天下，只诛杀叛逆党羽，下诏唯独赦免桓胤一人。桓亮从豫章起兵，自封镇南将军、湘州刺史。苻宏进犯安成、庐陵，刘敬宣派遣将领讨伐，苻宏逃入湘中。二月，桓谦、何澹之、温楷等人投奔姚兴。桓振和苻宏从涢城出兵，偷袭攻下江陵，刘怀肃从云杜出兵讨伐桓振，将其击败。广武将军唐兴斩杀桓振以及伪辅国将军桓珍；刘毅在临鄣斩杀伪零陵太守刘叔祖。桓亮、苻宏再次出兵侵扰湘中，杀害郡守官吏，檀祗在湘东讨伐苻宏，斩杀苻宏；广武将军郭弥在益阳斩杀桓亮，其余聚众自立名号的叛党全部被平定。朝廷下诏，把桓胤以及他的党羽流放到新安各郡。
义熙三年，东阳太守殷仲文和永嘉太守骆球谋反，打算拥立桓胤继承帝位，曹靖之、桓石松、卞承之、刘延祖等人暗中互相勾结，刘裕依次抓捕诛杀他们，连同他们的家属一同处死。后来桓谦逃入蜀地，蜀地叛贼谯纵任命桓谦为荆州刺史，让他率兵东下，荆楚很多百姓响应桓谦。桓谦到达枝江，荆州刺史刘道规斩杀桓谦；梁州刺史傅歆又斩杀桓石绥，桓氏家族就此覆灭。
卞范之，字敬祖，济阴宛句人。聪慧悟性高，在当世享有美名。太元年间，从丹阳丞升任始安太守。桓玄年少的时候就和他交游，等到桓玄担任江州刺史，征召卞范之做长史，把心腹重任托付给他，暗中的谋划计策，没有不由卞范之决断的。后来桓玄将要篡夺叛乱，任命卞范之为丹阳尹。卞范之和殷仲文暗中草拟禅位策命，晋升卞范之为征虏将军、散骑常侍。桓玄僭越称帝，任命卞范之为侍中，配二十人班剑仪仗，晋升后将军，封临汝县公。桓玄禅位的诏书，就是卞范之撰写的。
桓玄奢侈无度，卞范之也大肆修建府邸宅院。自认为是辅佐桓玄篡位的元勋，十分骄傲自夸，依仗富贵傲视他人，自家子弟骄横傲慢，众人既畏惧又憎恨他。义军起兵，卞范之在覆舟山西侧屯兵，被刘毅击败，跟随桓玄向西逃亡；桓玄又任命卞范之为尚书仆射。桓玄被刘毅等人击败，身边侍从四散逃离，只有卞范之还在身旁。桓玄之乱平定之后，卞范之在江陵被处斩。
殷仲文，是南蛮校尉殷觊的弟弟。年少就富有文才辞藻，容貌俊美。堂兄殷仲堪把他举荐给会稽王司马道子，司马道子就征召他做骠骑参军，十分赏识厚待他。不久转任谘议参军，后来担任司马元显的征虏长史。恰逢桓玄和朝廷产生嫌隙，桓玄的姐姐是殷仲文的妻子，朝廷猜忌离间，殷仲文被降职为新安太守。殷仲文虽然和桓玄是姻亲，平时交往并不亲密；等到听说桓玄攻克京城，就丢弃郡治投奔桓玄。桓玄十分高兴，任命他做谘议参军。当时王谧受到礼遇却不被亲信，卞范之被亲信却礼数浅薄，殷仲文得到的宠幸优待，同时超过王谧、卞范之二人。桓玄将要作乱，让殷仲文总管诏令文书，任命他为侍中，兼任左卫将军。桓玄九锡的策命文辞，出自殷仲文手笔。
当初，桓玄篡位进入皇宫，坐床忽然塌陷，手下大臣大惊失色。殷仲文说：“大概是圣上德行深厚，大地都承载不住。”桓玄十分喜悦。殷仲文身为辅佐篡位的亲贵重臣，大肆抬高自己，车马器物服饰极尽华丽，家中姬妾几十人，丝竹音乐不曾断绝。本性贪婪吝啬，大肆收受贿赂，家中积累千金，依旧常常觉得不够。桓玄被刘裕击败，殷仲文跟随桓玄向西逃跑，他的珍宝玩物全部埋到地下，后来全都变成泥土。走到巴陵，殷仲文趁机侍奉两位皇后投奔义军，担任镇军长史，之后转任尚书。
安帝刚刚复位，殷仲文上表请求自我解职：“臣听说巨浪冲击山谷，江河之中没有安稳游弋的鱼；狂风席卷原野，树林之中没有静止的枝条。为什么？力量弱小就会被强大势力胁迫，自身微弱就没有办法保全自己。这个道理虽然可以讲说，但臣实在不敢拿自己来类比。当年桓玄篡乱之时，遭受逼迫的人确实很多。至于微臣，罪过实在深重。对上不能在危难之时献出生命，为国殉难；对下不能像伯夷、叔齐那样拒绝伪朝俸禄，辞官归隐。于是安享伪朝的恩宠，窃取伪朝的封爵，参与草拟篡夺帝位的文书，没有坚守气节。道义名节就此一同沦丧，心志操守就此遭受玷污，本应当处以死刑，以此分辨忠奸。恰逢镇军将军刘裕匡扶社稷，广施宽仁，赦免微臣性命，彰显朝廷宽大信义。既保全我的性命，又给予我官职。当时皇帝流离在外，天道人事都不安定，顾不上进退名节，于是勉强任职，和常人一样。如今天子复位，天下除旧布新，法令制度已经明确，众人都怀念旧朝，臣又怎么厚着脸皮，身居显赫的官位！请求解除我的官职，在家等候治罪。虽然离开朝廷，内心依旧眷恋朝廷。”皇帝下诏不允许他辞官。
殷仲文在初一随同众人来到大司马府，府中有一棵老槐树，他久久凝视槐树叹息道：“这棵树枝叶婆娑，再也没有生机了！”殷仲文一向有名望，自认为必定会执掌朝廷大权，过去自己轻视的谢混等人，如今都和自己地位相当，常常郁郁不得志。忽然被调任东阳太守，内心更加愤愤不平。刘毅爱惜人才，对殷仲文十分敬重礼遇；殷仲文赴任的时候，刘毅和他宴饮游玩一整天。走到富阳，殷仲文感慨叹息：“看这里的山川地势，应当会再出一个孙策。”何无忌十分仰慕殷仲文。东阳郡属于何无忌管辖，殷仲文许诺顺路前去拜见何无忌，何无忌因此更加殷切盼望，命令府中文士殷阐、孔宁子等人撰写文章，等候殷仲文到来。殷仲文失意恍惚，最终没有前去拜访。何无忌怀疑殷仲文轻视自己，勃然大怒，想要中伤陷害他。恰逢慕容超向南进犯，何无忌对刘裕说：“桓胤、殷仲文才是心腹大患，北方的敌寇不值得忧虑。”义熙三年，又告发殷仲文和骆球等人谋反，殷仲文和他的弟弟南蛮校尉殷叔文都被诛杀。殷仲文之前照镜子，看不到自己的面容，没过几天就遭遇祸难。
殷仲文擅长写文章，被当世看重。谢灵运曾经说：“如果殷仲文读书能有袁豹的一半，那么他的文才就不会逊色于班固。”这是说殷仲文文辞丰富，但是读书太少。
史臣评论说：桓玄行凶作乱，依托父亲留下的基业。心怀奸邪本性，因为得不到重用而心怀怨愤；包藏狼子野心，上表喊冤。登高煽动怨愤，窥伺时机发动叛乱，暗中图谋非分的帝位。一开始借助殷仲堪的宠信，不久就杀害殷仲堪满足私欲，于是占据整个楚地，驱使强悍的士兵；趁着晋朝朝政衰败，借着会稽王司马道子昏乱放纵，施展狡诈的计谋，助长凶暴的野心，胆敢率领部众，在国内举兵作乱。上天降下祸乱，凶徒势力强盛，一年之间，倾覆晋朝国祚。自以为效法唐尧禅让虞舜，改立新朝君临天下，帝业刚刚建立，国运可以长久。转眼义旗迅猛举起，忠臣勇士奋勇奔袭，很短时间就收复京城，没过一月元凶就被诛杀。延续濒临断绝的晋朝国运，重整崩坏的纲纪。由此可知，帝王神器不能暗中窃取，上天福禄不能妄自占有。帝王，必须功业高于天下，德行普济众生，出现龙凤祥瑞，降下吉兆，然后登临帝位，享有盛名，满足天下人的拥戴。像桓玄这样渺小狂妄之徒，哪里值得一提！他只不过扰乱纲常，宗族覆灭，为后来刘宋王朝的兴起扫除障碍罢了！
赞语说：桓玄，小字灵宝，是奸邪之辈，世代累积凶德。不能恪守忠信和顺，一心做奸邪之事。肆意叛逆篡夺帝位，依仗威势放纵恶行。违背上天残害百姓，宗族覆灭国家败亡。
列传第七十
王弥 张昌 陈敏 王如 杜曾 杜弢 王机 祖约 苏峻 孙恩 卢循 谯纵 载记序
王弥，东莱人。家中世代出任二千石的高官。祖父王颀，在曹魏担任玄菟太守，晋武帝时期，官至汝南太守。王弥有才干，广泛阅读典籍。年少的时候在京城行侠仗义，隐士董仲道见到他，对人说：“这个人声音如同豺狼，眼神如同豹子，喜好动乱，乐于祸事，如果天下大乱，他不会做安分的士大夫。”
晋惠帝末年，妖贼刘柏根在东莱的惤县起兵，王弥率领家仆追随他，刘柏根任命他做长史。刘柏根死后，王弥在海边聚集徒众，被苟纯击败，逃进长广山做贼寇。王弥擅长权谋，每次劫掠，必定预先谋划成败，谋划没有失算；弓箭骑术敏捷，体力过人，青州一带称他为“飞豹”。后来率兵进犯青州、徐州，兖州刺史苟晞迎战，大败王弥。王弥收拢溃散的部众，势力再次壮大，苟晞和他接连交战，不能取胜。王弥进兵攻打泰山、鲁国、谯郡、梁郡、陈郡、汝南、颍川、襄城各郡，攻入许昌，打开官府仓库，夺取兵器，所到之处城池陷落，杀害很多郡守县令，拥有几万部众，朝廷无法制服。
恰逢天下大乱，王弥进兵逼近洛阳，京城大为震动，皇宫城门白天都关闭。司徒王衍率领百官守城，王弥驻扎在七里涧，朝廷军队出兵进攻，大败王弥。王弥对同党刘灵说：“晋朝军队还很强盛，我们没有可以落脚的地方。刘元海当年在洛阳做质子，我和他在京城交往，交情很深。如今他自称汉王，我们前去投奔他，可以吗？”刘灵表示赞同。于是渡过黄河归附刘元海。刘元海听说十分欢喜，派遣侍中兼任御史大夫到郊外迎接，写信给王弥说：“因为将军拥有盖世的功勋，超凡的德行，所以才派人迎接。盼望将军到来，我会亲自到将军的馆舍，打扫坐席，洗好酒杯，恭敬等候将军。”
等到王弥拜见刘元海，劝刘元海称帝。刘元海对王弥说：“我原本以为将军如同窦周公，如今看来，你真是我的孔明、仲华。烈祖刘备曾经说：‘我得到将军，就如同鱼得到水。’”于是任命王弥为司隶校尉，加封侍中、特进，王弥坚决推辞。让王弥跟随刘曜攻打河内，又和石勒攻打临漳。
永嘉初年，王弥进犯上党，包围壶关。东海王司马越派遣淮南内史王旷、安丰太守卫乾讨伐王弥，在高都、长平之间交战，晋军大败，士兵战死十分之六七。刘元海提升王弥为征东大将军，封东莱公。王弥和刘曜、石勒攻打魏郡、汲郡、顿丘，攻陷五十多处堡垒，把当地百姓全部征调充当士兵。又和石勒攻打邺城，安北将军和郁弃城逃跑。晋怀帝派遣北中郎将裴宪进驻白马讨伐王弥，车骑将军王堪进驻东燕讨伐石勒，平北将军曹武进驻大阳讨伐刘元海。曹武的部将彭默被刘聪击败战死，各路晋军全部撤退。刘聪渡过黄河，怀帝派遣司隶校尉刘暾、将军宋抽抵御，都抵挡不住。王弥、刘聪率领一万骑兵来到京城，焚毁太学、国子学。东海王司马越在西明门交战，王弥战败退走。王弥又率领两千骑兵进犯襄城各县。河东、平阳、弘农、上党几郡流落迁徙到颍川、襄城、汝南、南阳、河南的流民有几万家，被当地本地人欺辱，全都焚烧城邑，杀害郡守县令，响应王弥。王弥又集合两万士兵会同石勒攻打陈郡、颍川，驻扎阳曜，派遣弟弟王璋和石勒一同进犯徐州、兖州，击败司马越的军队。
之后王弥和刘曜攻打襄城，进而进逼京城。当时京城发生大饥荒，人吃人，百姓流离逃亡，公卿大臣逃到河阴。刘曜、王弥攻陷皇宫，抵达太极前殿，放任士兵大肆劫掠。把怀帝囚禁在端门，逼迫侮辱羊皇后，杀害皇太子司马诠，挖掘皇家陵墓，焚烧宫室宗庙，城池府库被洗劫一空，百官男女遇害三万多人，把怀帝押送到平阳。
王弥纵容士兵劫掠，刘曜制止，王弥不听。刘曜斩杀王弥的牙门将王延示众，王弥大怒，和刘曜带兵互相攻打，死伤一千多人。王弥的长史张嵩劝谏：“明公和国家一同开创大业，事业才刚刚起步，就互相攻伐，拿什么去面见主上！攻破洛阳的功劳确实在将军，可是刘曜是皇族，应当稍微退让他几分。晋朝王濬、王浑平定吴国的旧事，前车之鉴不远，希望将军好好考虑。就算将军率兵不肯回去，那你的子弟宗族该怎么办！”王弥说：“说得好，如果没有你，我听不到自己的过失。”于是去向刘曜谢罪，二人恢复往日交情。王弥说：“我得知过错，是张长史的功劳。”刘曜对张嵩说：“你好比是朱建，何况范生呢！”各自赏赐张嵩一百斤黄金。
王弥对刘曜说：“洛阳是天下的中心，四面山河险固，城池宫殿不用重新建造，可以把都城从平阳迁到这里。”刘曜不听，烧毁城池率军离开。王弥愤怒地说：“这个屠各异族小子，哪里有做帝王的志向！你要把天下怎么办！”于是率领部众向东驻扎在项关。
当初，刘曜怨恨王弥抢先攻入洛阳，不等自己到来，到这时二人矛盾已经很深。刘暾劝说王弥回去占据青州，王弥觉得可行，就任命左长史曹嶷为镇东将军，拨给他五千士兵，携带大量宝物返回故乡，招纳逃亡之人，同时接自己的家眷。王弥的部将徐邈、高梁就率领几千部曲跟随曹嶷离去，王弥势力越发衰弱。
早先，石勒忌惮王弥骁勇善战，常常暗中防备。王弥攻破洛阳之后，多次送给石勒美女珍宝来交好。当时石勒擒获苟晞，任命苟晞做左司马。王弥对石勒说：“您俘获苟晞并且重用他，多么高明！让苟晞做您的左膀，我做您的右臂，平定天下不在话下。”石勒更加猜忌王弥，暗中图谋除掉他。刘暾又劝王弥征召曹嶷，借助曹嶷的兵力除掉石勒。于是王弥派刘暾前往青州，命令曹嶷带兵前来和自己会合，又假意邀约石勒一同攻打青州。刘暾走到东阿，被石勒的巡逻骑兵抓获。石勒看到王弥写给曹嶷的书信，勃然大怒，杀掉刘暾。王弥对此毫不知情，石勒埋伏士兵偷袭王弥，杀死王弥，吞并他的部众。
张昌，原本是义阳的蛮族。年少做平氏县县吏，武力过人，常常给自己占卜，说自己应当富贵。喜欢谈论攻战谋略，同辈人都嘲笑他。等到李流进犯蜀地，张昌隐匿逃亡半年，聚集几千徒众，抢夺官府的旌旗仪仗，谎称朝廷派他招募士兵讨伐李流。恰逢《壬午诏书》征调勇武士兵前往益州，这支军队叫“壬午兵”。天下接连多难，方术之士说江东会有帝王兴起。这次征调，百姓都不愿意西征。张昌的党羽借此蛊惑人心，百姓都不肯应征。而诏书催促出发十分急迫，所经过的地方，如果百姓停留五天，当地二千石的长官就要被罢免。因此郡县长官全都亲自驱赶百姓上路，百姓走不远，就聚集在一起劫掠。这一年江夏粮食大丰收，几千流民到这里讨饭糊口。
太安二年，张昌在安陆县石岩山聚集部众，距离江夏郡八十里，各路流民以及逃避兵役的人大多前去投奔他。张昌改名叫李辰。江夏太守弓钦派兵讨伐，每次都被张昌打败。张昌部众一天天增多，于是攻打江夏郡。弓钦出城交战，大败，带着家人向南逃奔沔口。镇南大将军新野王司马歆派遣骑督靳满在随郡西面讨伐张昌，大战一场，靳满战败逃走，张昌缴获兵器，占据江夏，取用郡府仓库物资。编造妖言说：“会有圣人出世。”山都县小吏丘沈在江夏遇见张昌，张昌把他称作圣人，准备盛大车马服饰迎接，立丘沈做天子，设置百官。丘沈改名叫刘尼，自称是汉朝皇室后裔。张昌担任相国，张昌的兄长张味任车骑将军，弟弟张放任广武将军，各自统领军队。在石岩山中修建宫殿，又在岩石上编织竹子做成鸟的模样，披上五彩织物，在旁边堆上肉，引来群鸟聚集，谎称凤凰降临；又说珠袍、玉玺、铁券、金鼓自动出现。颁布大赦文书，年号定为神凤，郊祭、服饰制度全部依照汉朝旧例。凡是不响应招募的人，就诛灭全族。又散布谣言：“长江淮河以南要发动叛乱，朝廷大军出动，会把所有人全部诛杀。”小人互相煽动，人心惶恐，江沔一带一时间纷纷起事，竖起牙旗，擂响战鼓，响应张昌。一个月之内，部众达到三万人，都用绛色头巾裹头，脸上插上毛。江夏、义阳的士民百姓大多追随，只有江夏旧族江安令王伛、秀才吕蕤不肯依附。张昌用三公的职位征召二人，王伛、吕蕤悄悄带着宗族逃奔汝南，投靠豫州刺史刘乔。同乡期思令李权、常安令吴凤、孝廉吴畅集结五百多户良民，追随王伛等人，不参与叛乱。
新野王司马歆上奏朝廷：“妖贼张昌、刘尼妄称神圣，贼寇数以万计，绛色头巾，毛饰脸面，挥刀舞戟，锋芒不可抵挡。请求朝廷下令各路军队，分三路救援。”于是刘乔率领军队驻守汝南抵御贼寇，前将军赵骧率领八千精锐士兵驻守宛城，协助平南将军羊伊防守。张昌派遣部将黄林担任大都督，率领两万人攻打豫州，先锋李宫想要劫掠汝水沿岸百姓，刘乔派遣将军李杨迎击，大败李宫。黄林向东攻打弋阳，太守梁桓据城坚守。张昌又派遣部将马武攻破武昌，杀害太守，张昌亲自接管马武的部众。向西攻打宛城，击败赵骧，杀死羊伊。进攻襄阳，杀害新野王司马歆。张昌另外派遣石冰向东攻破江州、扬州，擅自任命郡守长官。当时五个州的地盘都迫于威势归附叛乱。又派遣部将陈贞、陈兰、张甫攻打长沙、湘东、零陵各郡。张昌虽然横跨五州，任命州牧郡守，任用的都是凶狠的盗匪小人，没有法度约束，只知道劫掠，人心渐渐离散。
这一年，朝廷下诏任命宁朔将军、兼任南蛮校尉刘弘镇守宛城。刘弘派遣司马陶侃、参军蒯桓、皮初等人，率领军队在竟陵讨伐张昌；刘乔又派遣将军李杨、督护尹奉，率军进攻江夏。陶侃等人和张昌连日苦战，大败张昌，接纳上万投降的人。张昌逃窜藏匿到下俊山。第二年秋天，张昌被擒获，首级送到京城，同党全部诛灭三族。
陈敏，字令通，庐江人。年少有才干，以郡中廉吏的身份补授尚书仓部令史。赵王司马伦篡位作乱，三王起兵，军队长期屯聚不肯解散，京城粮仓空虚。陈敏提议说：“南方的米谷已经储存几十年，快要腐烂，却不通过漕运运往中原救急，不能解救当下的危难。”朝廷采纳他的建议，任命陈敏为合肥度支，之后升任广陵度支。
张昌作乱，派遣部将石冰等人奔赴寿春。都督刘准惶恐无计。当时陈敏统领大军驻守寿春，对刘准说：“这些人本就不愿远赴边疆戍守，被逼才做贼寇。乌合之众，容易瓦解。我请求率领运输粮草的士兵，您分配兵力，一定可以打败他们。”刘准增派兵力给陈敏出击，击败吴弘、石冰。陈敏乘胜追击，交战几十次。当时石冰兵力是陈敏十倍，陈敏以少击众，每战取胜，打到扬州。回师讨伐徐州叛贼封云，封云的部将张统斩杀封云投降。陈敏因功劳授任广陵相。
晋惠帝流亡长安，四方混战，陈敏于是生出割据江东的想法。他的父亲听说这件事，愤怒说：“毁灭我陈家门户的，一定就是这个儿子！”父亲去世，陈敏离职守孝。东海王司马越要向西迎接皇帝，以朝廷名义起用陈敏为右将军、授予符节，担任前锋都督，写信给陈敏：
将军献策疏通漕运充实国库，立下漕运的大功。遭遇张昌、石冰之乱，又率先率领义兵，以少敌众。外部没有强大援军，内部没有谋划的助手，孤身挺立，谋略纵横，在马首想出奇计，危难之时定下良策，威名震动江南，光彩照耀扬楚。攻打坚固的城池，历经三十多场战斗，军队没有损耗，强敌自行覆灭。五州得以收复，贡品输送朝廷，难道不都是将军的功劳吗！
如今羯族贼寇聚集，盘踞黄河济水一带，流窜藏匿在陈留，一开始只是劫掠，最终图谋不轨。将军熟习孙吴兵法，已经立下实战功绩。我和将军情谊深厚，希望将军克制丧父的哀痛，放下守孝的心思，脱下丧服拿起兵器，解救国家危难。天子流亡远方，銮驾没有返回，我向东遥望，心中挂念皇家陵寝。要依靠将军奋力作战，皇帝车驾才可以回还。将军统领麾下兵马，接到书信即刻发兵，粮草军需，任凭将军调度运输。
当时司马越讨伐豫州刺史刘乔，陈敏带兵前去会合，和司马越一同在萧地战败。陈敏趁着中原大乱，请求向东返回，收拢军队占据历阳。恰逢吴王常侍甘卓从洛阳回来，陈敏唆使甘卓假称皇太弟的命令，任命陈敏为扬州刺史，又擅自授给江东名门顾荣等四十多人将军、郡守官职，顾荣等人假意顺从。陈敏让自己的儿子娶甘卓的女儿，二人内外勾结。扬州刺史刘机、丹阳太守王广全都弃官逃跑。陈敏的弟弟陈昶知道顾荣等人怀有二心，劝陈敏杀掉他们，陈敏不听。陈昶率领几万精兵驻守乌江；弟弟陈恢率领钱端向南进犯江州，刺史应邈逃跑；弟弟陈斌向东攻占各郡，于是占据吴越全境。陈敏命令下属上表，自封都督江东军事、大司马、楚公，封十郡，加九锡，上报尚书，声称要从长江进军黄河，迎接皇帝车驾。
东海王的军谘祭酒华谭听说陈敏擅自封官，顾荣这些江东望族都接受陈敏的伪官，于是写信给顾荣等人：
石冰作乱的时候，朝廷看重陈敏微薄的功劳，给他越级的礼遇，授予上将的职位，希望他能像猎犬一样建功破贼。可是陈敏本性凶狠狡诈，见识浅薄，贪图权位违背天命，依仗兵力作威作福，窃据吴会之地。对内任用凶狠的弟弟，对外任用武人官吏；对上辜负朝廷的恩宠，对下辜负宰辅的厚待。天道要惩罚恶人，人神都不会护佑。就算依仗长江天险，性命也危如朝露。坚守忠义节操，是君子高尚品行；屈身依附叛逆，是义士的耻辱。王蠋一介平民，尚且坚守气节不肯屈服；豫让仰慕道义，不惜身死燕国。何况吴会的仁人，都受过朝廷恩宠，有的镇守名郡，有的在朝廷做近臣，却屈身在奸贼的朝廷，向叛贼低头跪拜，难道不羞耻吗！过去龚胜绝食，不肯在王莽的朝廷做官；鲁仲连宁可赴海，也耻于做秦国臣子。君子的道义，千年相通，揣测诸位的胸襟，难道甘心这样！
过去东吴武烈皇帝孙坚，一代美名，虽然在宛叶奋勇作战，也在襄阳遭受挫败。孙策壮志，志在收复中原，临江奋发，却身死丹徒。就算依靠先祖天命，天生雄才大略，尚且对内依靠慈母贤明教诲，对外依靠张昭、顾雍等人直言劝谏，又有诸葛、顾、步、张、朱、陆、全各大世家辅佐，才能威慑百越，割据江南。可是兵家起家的政权，传不过三代，国运不到百年，就归降称臣。如今陈敏不过是仓部令史，出身低微，才能浅薄，想要追随桓王、大皇帝的功业，就算远看前代贤才，也绝不可能做到。诸位低头屈从，不能谋划翟义讨伐叛逆那样的义举；顾先生俯首，已经遭受伪朝的羁绊羞辱。皇帝即将东归，就要入主皇宫，百官穿戴官服，齐聚朝堂。朝廷决胜的谋略，已经在帷幄之中谋划。之后调动荆州军队顺流东下，徐州精锐向南占据堂邑；征东将军的劲旅，在历阳耀武扬威；架设浮桥横渡长江渡口，战船渡过瓜步。军威震慑丹阳，在建邺擒获叛贼，诸位到时候有什么脸面面对中原的士大夫！
小小叛贼阻隔江河，音讯遥远。我遥望南方，心中怀念诸位。忠义之人，哪个时代没有！国家危难不能安定，社稷危亡不能保全，那还有什么可贵！永长向来德高望重，我一向敬重；彦先年少之时，我们交情深厚；公胄早年相交，恩情很重；令伯道义声名在外，和我亲近交好。我想要和诸位一同效力朝廷，在帝王史册立下功勋。如果不愿如此，也可以泛舟河渭，击楫高歌。为什么要屈身在小小叛贼手下，遭遇叛逆的祸难！过去我们志同道合，如今境遇截然不同；从前一体同心，现在身属两方。遥望南方长叹，心中思念的只有诸位！希望好好谋划，保全良策。
陈敏才能平庸，没有长远谋略，骤然占据江东，刑罚政令没有章法，得不到英雄豪杰信服；而且他的子弟凶横残暴，到处祸害百姓。周玘、顾荣这些人常常害怕祸事降临，又收到华谭的书信，都心生惭愧。周玘、顾荣秘密派遣使者通报征东大将军刘准，让朝廷军队逼近长江，自己做内应。刘准派遣扬州刺史刘机、宁远将军衡彦出兵历阳。陈敏派弟弟陈昶和将军钱广驻守乌江抵御，又任命弟弟陈闳做历阳太守，戍守牛渚。钱广的家在长城，是周玘的同乡，周玘暗中唆使钱广除掉陈昶。钱广派遣下属何康、钱象假装向陈昶禀报文书，陈昶低头看文书，何康挥刀斩杀陈昶，宣称州府已经杀掉陈敏，敢乱动的诛灭三族，吹响号角作为内应。钱广已经带兵驻守朱雀桥，陈列士兵在河水南岸。周玘、顾荣又劝说甘卓，甘卓于是背叛陈敏。陈敏率领一万多人准备和甘卓交战，还没有渡河，顾荣挥动白羽扇，陈敏的军队当即溃散。陈敏单人骑马向东逃到江乘，被义兵斩杀，母亲妻子儿女全部处死，会稽各郡把陈敏的弟弟全部诛杀，一个不留。
王如，京兆新丰人。原本是州府武吏，遭遇战乱流亡迁徙到宛城。当时朝廷下诏，命令所有流民全部遣返回故乡。王如认为关中残破饥荒，不愿意回去。征南将军山简、南中郎将杜蕤各自派兵押送流民，限定时间出发。王如暗中集结无赖少年，夜里偷袭两支军队，把他们打败。杜蕤出动全部军队攻打王如，在涅阳交战，杜蕤军队大败。山简抵挡不住，转移驻扎夏口，王如又攻破襄城。于是南安庞实、冯翊严嶷、长安侯脱各自率领部众攻打城镇，杀害很多长官响应王如。没过多久，部众达到四五万人，王如自号大将军，兼任司州、雍州牧。
王如害怕石勒攻打自己，送给石勒丰厚财物，结为兄弟，石勒也想利用王如的势力，便接纳交好。当时侯脱占据宛城，和王如不和。王如游说石勒：“侯脱名义上是晋朝臣子，实际上是贼寇。我常常担心他偷袭我，兄长应当防备。”石勒本来就怨恨侯脱对自己怀有二心，忌惮王如和侯脱互相支援，所以没有进攻。听到王如的话十分高兴，连夜命令全军早早吃饭待命，鸡鸣就要出发，迟到的斩首。清晨直扑宛城攻打，十二天攻破城池，石勒斩杀侯脱。王如于是大肆劫掠沔水、汉水一带，进逼襄阳。征南将军山简派遣部将赵同率兵攻打，连年不能取胜，兵力智谋都耗尽，只能据城固守。王澄率领军队奔赴京城，王如半路截击，大败王澄。
王如军中连年播种的谷物全都长成杂草，军中发生大饥荒，各股部众互相劫掠攻杀。官军前来讨伐，部众纷纷投降。王如无计可施，投奔王敦。王敦的堂弟王棱欣赏王如骁勇，请求王敦把王如划归自己麾下。王敦说：“这类人凶狠险恶，很难驾驭，你性格急躁，不能包容，会再生祸乱。”王棱再三请求，王敦就把王如给了他。王棱把王如安置在身边，十分厚待。王如多次和王敦手下将领比试射箭，屡次发生争斗犯错，王棱果然不能容忍，杖责王如。王如以此为奇耻大辱。早先，王敦有谋逆的心思，王棱常常劝谏，王敦怨恨他和自己作对。等到王敦听说王如被王棱羞辱，暗中派人激怒王如，怂恿王如杀掉王棱。王如拜见王棱，趁着宴会，请求舞剑助兴，王棱答应。王如舞刀，一步步向前逼近。王棱厌恶呵斥，王如不肯停下，喝令左右把他拉开，王如直接上前杀死王棱。王敦听说，假装吃惊，随即抓捕王如处死。
杜曾，新野人，是南中郎将杜蕤的远房堂弟。年少骁勇过人，能够身披铠甲在水中游泳。一开始担任新野王司马歆的镇南参军，历任华容县令，官至南蛮司马。每次作战，勇猛冠绝三军。永嘉之乱，荆州饥荒道路断绝，原牙门将胡亢在竟陵聚集部众，自号楚公，任命杜曾为竟陵太守。后来胡亢和自己手下互相猜忌，诛杀几十员骁勇部将。杜曾内心不安，暗中谋划除掉胡亢，于是低声下气侍奉胡亢，胡亢没有察觉，十分信任他。恰逢荆州贼寇王冲自封荆州刺史，部众强盛，多次派兵劫掠胡亢的地盘，胡亢十分忧虑，向杜曾询问对策。杜曾劝他出兵攻打王冲，胡亢听从。杜曾禀告胡亢，把帐下刀戟交给工匠打磨，暗中引来王冲的军队。胡亢派出精锐骑兵抵御王冲，城内空虚，杜曾趁机斩杀胡亢，吞并他的部众，自号南中郎将，兼任竟陵太守。杜曾向刘务求取女儿，没有得到，就杀光刘务全家。恰逢晋愍帝派遣第五猗担任安南将军、荆州刺史，杜曾到襄阳迎接第五猗，让侄子娶第五猗的女儿，于是割据沔汉一带。
当时陶侃刚刚打败杜弢，乘胜攻打杜曾，有轻视杜曾的心思。陶侃的司马鲁恬劝谏陶侃：“古人打仗，先要估量对方将领。如今您手下将领没有能比得上杜曾的，不能轻易逼迫。”陶侃不听，进军把杜曾围困在石城。杜曾军队骑兵多，陶侃军中缺少战马。杜曾悄悄打开城门，冲破陶侃军阵，绕到陶侃军队后方，从背后反击，陶侃军队大败，几百士兵落水淹死。杜曾打算前往顺阳，下马向陶侃行礼告辞离去。之后写信给平南将军荀崧，请求讨伐丹水的贼寇来效力赎罪，荀崧接纳他。陶侃写信给荀崧说：“杜曾凶狠狡诈，他手下士兵都是豺狼，如同枭鸟食母一般凶恶。这个人不死，荆州就不得安宁，希望您记住我的话。”荀崧认为宛城兵力薄弱，要借助杜曾做外援，没有听从陶侃。杜曾又率领两千多流亡士兵包围襄阳，攻打几天不能攻克，撤兵回去。
等到王暠担任荆州刺史，杜曾抗拒朝廷。王暠派遣部将未轨、赵诱攻打杜曾，全都被杜曾杀害。王敦派遣周访讨伐杜曾，多次交战不能取胜。周访暗中派人沿着山林开辟道路，出其不意偷袭杜曾，杜曾军队溃败。杜曾的部将马俊、苏温捉住杜曾，向周访投降。周访打算将杜曾送到武昌，可是硃轨的儿子硃昌、赵诱的儿子赵胤都请求杀掉杜曾来报杀父之仇，于是斩杀了杜曾，硃昌、赵胤分割他的肉生吃了。
杜弢，字景文，是蜀郡成都人。祖父杜植，在蜀地很有名望，晋武帝时官至符节令。父亲杜眕，担任略阳护军。杜弢早年凭借才学出名，州里举荐他为秀才。遇上李庠作乱，杜弢到南平避难，南平太守应詹爱惜他的才干，以礼相待。后来杜弢出任醴陵令。当时巴蜀流亡百姓汝班、蹇硕等好几万家，散布在荆州、湘州一带，遭受当地原有百姓的欺压，心中全都满怀怨恨。恰逢叛贼李骧杀害县令，在乐乡屯兵聚集部众，有几百人，杜弢与应詹出兵攻打李骧，将他击败。蜀人杜畴、蹇抚又在湘州作乱，湘州参军冯素和汝班素有矛盾，便对湘州刺史荀眺说：“这些流亡百姓全都要造反。”荀眺信以为真，打算把流民全部诛杀。汝班等人害怕被杀，聚集人马响应杜畴。当时杜弢身在湘中，叛贼部众共同推举杜弢做首领，杜弢自称梁益二州牧、平难将军、湘州刺史，攻破各个郡县，荀眺舍弃城池逃奔广州。广州刺史郭讷派遣始兴太守严佐率领军队攻打杜弢，杜弢迎击，大败严佐。荆州刺史王澄又派遣王机攻打杜弢，在巴陵战败。杜弢于是放纵士兵大肆施暴，假意向山简投降，山简任命他为广汉太守。
荀眺逃走之后，湘州本地人士推举安成太守郭察代管湘州事务，郭察于是率领军队讨伐杜弢，反而被杜弢打败，郭察战死。杜弢接着向南攻破零陵，向东进犯武昌，杀害长沙太守崔敷、宜都太守杜鉴、邵陵太守郑融等人。晋元帝下令征南将军王敦、荆州刺史陶侃等人讨伐杜弢，前后交战几十次，杜弢手下将士大量死亡，杜弢于是请求投降。晋元帝没有准许。杜弢就写信给应詹说：
国运艰难，祸乱最先从我们益州兴起；本州百姓流离迁徙，来到荆州土地。流民所遭受的对待，如同被丢弃的废物，困顿倒地死去的人几乎过半，受尽苦难，这些都是足下亲眼所见。外来流民与本地百姓很难长久相安，嫌隙很容易产生，没想到乐乡爆发变乱，事出意外。那时我就和足下想要消解猜忌嫌怨，设法捉拿叛贼头目，只是担心谋划不够长远，兵力不足以攻克坚固的敌垒。等到身处湘中，众人惧怕死亡只求活命，于是互相集结，本意只想保全自身守善自保，等到天下稍稍安定，就向朝廷献上诚心。不久山简公镇守夏口，我就把全部情况向他详细陈述。山简公能够看清局势开合的时机，洞察困厄与通达的气运，在众人猜疑我的时候接纳我，如果不是见识高远洞察世事，谁又能做到这样！西州的百姓能够蒙受清明的恩泽，不只是洗去自身的过错，简直如同再生骨肉的恩情。山简公去世之后，这件事就此中断，无论贤愚之人都悲痛万分，我私下心中哀伤。我本打算派遣滕永文、张休豫前往朝廷，完整陈述起事以来的全部经过，但是担心贪图功名的小人会向圣上进谗言挑拨离间，在街市上杀害我的使者，坐实我叛逆的罪名，所以不敢派遣使者前来。可甘卓、陶侃的大军骤然杀到，水陆兵马十万，旌旗照耀山林水泽，战船布满三江。军威诚然盛大，但我的部众并不畏惧。晋文公攻打原国，把坚守信义作为根本，所以能让诸侯归服。陶侃一边宣读赦免文书，一边紧接着进军讨伐，这哪里是遵奉天子明诏，向天下树立法度的做法！逼迫有心归顺朝廷的人沦为叛逆寇贼，逼迫一心向善的部众背负不可赦免的罪责，这不是不作战就使人屈服的谋略。驱赶拼凑起来的乌合之众，要和抱着必死决心的人决战，看不到取胜的机会。我的一片赤诚，可以贯通神明，西州来的士人百姓，足下大致是清楚的。难道要让我们蒙受冤屈，不能向朝廷申诉吗！
从前虞卿不看重大国卿相的高位，和魏齐共患难；司马迁为李陵仗义直言，就算遭受宫刑也毫无悔憾。足下威望远达千里，声名传遍汶衡一带，对上应当为国家思考平定祸乱的计策，对下可以替旧日相交的友人辨明是非曲直，这难道不是游刃有余的事吗！盼望足下把我的这封书信转呈朝廷，派遣朝廷大使前来，让我能够剖露真心，就算死去也没有遗憾。我私下料想朝廷一定会重整法度，在圣明时代匡扶天下，让我能够跻身义士行列，手持兵器做先锋，到京城迎接天子，到边远之地扫荡凶徒，就算身死，也如同活着一般。如果能够如此，先平定中原各州，再收复故土，只求朝廷供给我部众口粮，让我们逆流向西返回故土，铲除李雄这个逃亡寇贼，恢复从前向朝廷进贡的旧例，贡献微薄功劳弥补过往的罪责，重建本州，向相邻州郡谢罪，这也是我的志向，一切听凭朝廷裁决。
我本是边远州郡的贫寒士人，和足下出身际遇完全不同，确实不足以打动您，让您拯救我的危局。但只要朝廷明察我的忠诚，那么衡山、岳水一带就能蒙受忠顺者应当得到的宽恕，长江、湘水地区也不用再承受讨伐叛乱的战事，成全足下宽宏接纳的名望，拯救我部下深陷苦难的众人，怎么能对此闭口不言！现在十几万百姓日夜戒备劳苦，一心想要回到田间安度生活。衡岳、长江、湘水环绕在我们四周，如果我此番所言有半点虚假，赤诚之心不能昭明，那么益州、梁州都会遭受灾祸，不只是我一家遭殃而已。
应詹读信之后十分同情杜弢，于是把杜弢的书信呈递朝廷，同时上奏说：“杜弢是益州秀才，向来有清白的名望，文采事理俱佳，办事才干出众。从前奉命流落寄居在我的郡内，他心志坚贞清白，是我所切实了解的。李骧在乐乡作乱，劫掠良民百姓，当时杜弢拿出自家财物，招募忠义勇士，登坛歃血盟誓，义气慷慨。恰逢李骧攻打焚烧南平，杜弢于是向东来到汉水一带，和湘中同乡相遇，众人看重他平日的声望，于是相互依附集结。推究杜弢最初的本心，他并不是最先挑起叛乱的人。但是湘川遭到破坏，确实是杜弢的罪责，也是因为战事接连发生，祸乱才不断蔓延。看杜弢这封书信，他的赤诚之情表露无遗。从前硃鲔在洛阳心中疑惧，光武帝指着河水表明诚意，硃鲔感念道义归降，最终为国效力，得到封侯的恩宠，这就是宽恕过错、录用功劳的例子。我私下认为如今正逢国运衰败，应当谋求长远大计。春秋时齐国赦免射中齐桓公的罪过，晋国宽恕砍伤晋文公的仇怨，才能够成就辅佐王室的大功，成就匡扶天下的美名。何况杜弢等人本来没有那样深重的罪孽，如今叩头请求归顺。我认为可以派遣大使宣示天子圣旨，在上广布恩泽，让下层百姓蒙受好处，那么上下和睦安定，江东就不会再有战乱的忧患。”晋元帝于是派遣前南海太守王运接受杜弢投降，宣读诏书实行大赦，所有参与叛乱的人全部赦免，加封杜弢为巴东监军。
杜弢接受任命之后，各路想要立功的将领依旧不停进攻他。杜弢满腔愤怒，于是杀害王运，派遣部将王真率领三千精锐士兵充当奇兵，从江南出兵，直扑武陵，切断官军的运输通道。陶侃派遣伏波将军郑攀半路截击，大败王真，王真徒步逃回湘城。这时陶侃各路大军一同进逼，王真投降陶侃，杜弢党羽四散崩溃。杜弢就此逃亡，下落不明。
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