隆和元年春季正月壬子日，大赦天下，更改年号。甲寅日，减轻田税，每亩征收二升。这个月，慕容暐部将吕护、傅末波攻陷小垒，进逼洛阳。二月辛未日，任命辅国将军、吴国内史庾希为北中郎将、徐兖二州刺史，镇守下邳；前锋监军、龙骧将军袁真为西中郎将、监护豫司并冀四州诸军事、豫州刺史，镇守汝南，二人都授予符节。丙子日，尊奉自己的生母周氏为皇太妃。三月甲寅初一，发生日食。
夏季四月，旱灾。下诏释放轻罪囚犯，赈济穷困百姓。丁丑日，梁州地震，浩衅山崩塌。吕护再次进犯洛阳。乙酉日，辅国将军、河南太守戴施逃奔宛城。五月丁巳日，派遣北中郎将庾希、竟陵太守邓遐率领水军救援洛阳。
秋季七月，吕护等人退守小平津。晋升琅邪王司马奕为侍中、骠骑大将军、开府。邓遐进军驻扎新城，庾希部将何谦和慕容暐部将刘则在檀丘交战，打败刘则。八月，西中郎将袁真进军驻扎汝南，运送五万斛米供给洛阳。
冬季十月，赏赐穷困百姓，每人五斛米。章武王司马珍去世。十二月戊午初一，发生日食。下诏说：“军队还在作战，不能轻易减免赋税徭役。天象失常，旱灾肆虐，难道是政事没有处理妥当，还是埋没了隐居的贤才？应当寻访提拔隐逸人才，废除繁杂苛刻的法令，重新研讨法律条令，全部予以精简放宽。”庾希从下邳退到山阳镇守，袁真从汝南退到寿阳镇守。
兴宁元年春季二月己亥日，大赦天下，更改年号。三月壬寅日，皇太妃在琅邪府第去世。癸卯日，皇帝前去奔丧，下诏司徒、会稽王司马昱总揽朝廷内外所有事务。
夏季四月，慕容暐进犯荥阳，太守刘远逃奔鲁阳。甲戌日，扬州地震，湖泽泛滥。五月，加授征西大将军桓温侍中、大司马、都督中外诸军事、录尚书事、假黄钺。又任命西中郎将袁真都督司、冀、并三州诸军事，北中郎将庾希都督青州诸军事。癸卯日，慕容暐攻陷密城，荥阳太守刘远逃奔江陵。
秋季七月，张天锡弑杀凉州刺史、西平公张玄靓，自称大将军、护羌校尉、凉州牧、西平公。丁酉日，安葬章皇太妃。八月，角宿、亢宿出现彗星，彗星进入天市垣。九月壬戌日，大司马桓温率军北伐。癸亥日，因为皇子降生，大赦天下。
冬季十月甲申日，立陈留王的世子司马恢为陈留王。十一月，姚襄旧部张骏杀死江州督护赵毗，焚烧武昌，劫掠府库财物之后反叛，江州刺史桓冲讨伐斩杀张骏。这一年，慕容暐部将慕容尘在长平攻打陈留太守袁披。汝南太守朱斌趁虚袭击许昌，攻克许昌。
兴宁二年春季二月庚寅日，江陵地震。慕容暐部将慕容评袭击许昌，颍川太守李福战死。慕容评接着进犯汝南，太守朱斌逃奔寿阳。慕容评又进军包围陈郡，太守朱辅据城坚守。桓温派遣江夏相刘岵击退慕容评。把左军将军改名为游击将军，撤销右军、前军、后军将军以及五校三将官职。癸卯日，皇帝亲自耕种籍田。
三月庚戌初一，大规模清查民户，严明法令，这就是庚戌制。辛未日，皇帝生病。皇帝素来喜好黄老学说，不吃五谷，服食求长生的丹药，服药过量，于是中毒，不能处理政务，崇德太后再次临朝摄政。
夏季四月甲申日，慕容暐派遣部将李洪进犯许昌，朝廷军队在悬瓠战败，朱斌逃奔淮南，朱辅退守彭城。桓温派遣西中郎将袁真、江夏相刘岵等人开凿阳仪水道，打通粮运通道，桓温率领水军驻扎合肥，慕容尘再次屯驻许昌。五月，把陈郡百姓迁徙到陆地躲避战乱。戊辰日，任命扬州刺史王述担任尚书令、卫将军。朝廷任命桓温为扬州牧、录尚书事。壬申日，朝廷派遣使者晓谕桓温入朝辅政，桓温不肯听从。秋季七月丁卯日，朝廷再次征召桓温入朝。八月，桓温抵达赭圻，就在那里修筑城池驻扎下来。苻坚的分支将领进犯河南，慕容暐进犯洛阳。九月，冠军将军陈祐留下长史沈劲镇守洛阳，自己率领部众逃往新城。
兴宁三年春季正月庚申日，皇后王氏去世。二月乙未日，朝廷任命右将军桓豁监理荆州、扬州的义城、雍州的京兆各项军事，兼任南蛮校尉、荆州刺史；任命桓冲监理江州、荆州的江夏、随郡，豫州的汝南、西阳、新蔡、颍川六郡各项军事，担任南中郎将、江州刺史，兼任南蛮校尉，并且授予符节。
丙申日，哀帝在西堂驾崩，时年二十五岁。安葬在安平陵。
废帝名叫司马奕，字延龄，是晋哀帝的同母弟弟。咸康八年被封为东海王。永和八年授任散骑常侍，不久加授镇军将军；升平四年授任车骑将军。升平五年，改封为琅邪王。隆和初年，调任侍中、骠骑大将军、开府仪同三司。兴宁三年二月丙申，哀帝驾崩，没有子嗣。丁酉日，皇太后下达诏令说：“皇帝终究没能战胜病痛，灾祸接连降临，后嗣断绝，哀痛刻骨铭心。琅邪王司马奕德行彰明，又是至亲，应当继承储君之位，供奉祖宗宗庙，接续帝王大统。即刻举行登基大礼，来安定人神之心。”于是百官到琅邪王府迎接。当天，司马奕登上皇帝之位，大赦天下。三月壬申，把哀皇帝安葬在安平陵。癸酉，散骑常侍、河间王司马钦去世。丙子，慕容暐手下将领慕容恪攻下洛阳，宁朔将军竺瑶逃奔襄阳，冠军长史、扬武将军沈劲战死。夏季六月戊子，使持节、都督益宁二州诸军事、镇西将军、益州刺史、建城公周抚去世。秋季七月，匈奴左贤王卫辰、右贤王曹谷率领两万部众进犯苻坚所辖的杏城。己酉，改封会稽王司马昱为琅邪王。壬子，册立皇后庾氏。封琅邪王司马昱的儿子司马昌明为会稽王。冬季十月，梁州刺史司马勋反叛，自称成都王。十一月，他率领军队进入剑阁，攻打涪城，西夷校尉毌丘暐弃城逃走。乙卯，司马勋在成都围困益州刺史周楚，桓温派遣江夏相朱序前去救援。十二月戊戌，任命会稽内史王彪之为尚书仆射。
太和元年春季二月己丑，任命凉州刺史张天锡为大将军、都督陇右关中诸军事、西平郡公。丙申，任命宣城内史桓秘为持节、监梁益二州征讨诸军事。三月辛亥，新蔡王司马邈去世。荆州刺史桓豁派遣督护桓罴攻打南郑，魏兴人毕钦起兵响应桓罴。夏季四月，发生旱灾。五月戊寅，皇后庾氏去世。朱序在成都攻打司马勋，司马勋部众溃散，司马勋被擒获处死。秋季七月癸酉，将孝皇后安葬在敬平陵。九月甲午，对梁州、益州实行特赦。冬季十月辛丑，苻坚的将领王猛、杨安攻打南乡，荆州刺史桓豁出兵救援，军队进驻新野，王猛、杨安便退兵。朝廷任命会稽王司马昱为丞相。十二月，南阳人赵弘、赵忆等人占据宛城反叛，太守桓澹退守新野。慕容暐的将领慕容厉攻占鲁郡、高平。
太和二年春季正月，北中郎将庾希获罪，逃亡到海上。夏季四月，慕容暐的将领慕容尘进犯竟陵，太守罗崇将他击败。苻坚的将领王猛进犯凉州，张天锡率军抵御，王猛军队战败。五月，右将军桓豁攻打赵忆，将他赶跑，进军俘获慕容暐的将领赵槃，押送京师。秋季九月，任命会稽内史郗愔为都督徐兖青幽四州诸军事、平北将军、徐州刺史。冬季十月乙巳，彭城王司马玄去世。
太和三年春季三月丁巳初一，发生日食。癸亥，大赦天下。夏季四月癸巳，降下冰雹，大风刮断树木。秋季八月壬寅，尚书令、卫将军、蓝田侯王述去世。
太和四年夏季四月庚戌，大司马桓温率领军队讨伐慕容暐。秋季七月辛卯，慕容暐的将领慕容垂率军抵御桓温，桓温击败慕容垂。九月戊寅，桓温的副将邓遐、朱序在林渚遭遇慕容暐将领傅末波，又大败敌军。戊子，桓温抵达枋头。丙申，因为粮草运输接济不上，烧毁战船撤军返回。辛丑，慕容垂在襄邑追击并击溃桓温的后军。冬季十月，有大星向西坠落，声响如同雷鸣。己巳，桓温收拢溃散士兵，驻扎在山阳。豫州刺史袁真占据寿阳反叛。十一月辛丑，桓温从山阳出发，和会稽王司马昱在涂中会面，谋划后续行动。十二月，桓温修筑广陵城，驻扎在那里。
太和五年春季正月己亥，袁真的儿子袁双之、袁爱之杀害梁国内史朱宪、汝南内史朱斌。二月癸酉，袁真死去，陈郡太守朱辅拥立袁真之子袁瑾接管事务，向慕容暐请求救援。夏季四月辛未，桓温部将竺瑶在武丘击败袁瑾。秋季七月癸酉初一，发生日食。八月癸丑，桓温在寿阳攻打袁瑾，打败了他。九月，苻坚的将领王猛讨伐慕容暐，攻占上党。广汉妖贼李弘和益州妖贼李金根聚众造反，李弘自称圣王，部众一万多人，梓潼太守周虓出兵讨伐，平定叛乱。冬季十月，王猛在潞川大败慕容暐的将领慕容评。十一月，王猛攻克邺城，俘获慕容暐，全部占有前燕国土。
太和六年春季正月，苻坚派遣将领王鉴前来援救袁瑾，将军桓伊迎头痛击，大败王鉴。丁亥，桓温攻克寿阳，斩杀袁瑾。三月壬辰，监益宁二州诸军事、冠军将军、益州刺史、建城公周楚去世。夏季四月戊午，大赦天下，赏赐粮食给穷困孤苦百姓，每人五斛。苻坚的将领苻雅讨伐仇池，仇池公杨纂投降。六月，京城连同丹阳、晋陵、吴郡、吴兴、临海全都发生大水。秋季八月，任命前宁州刺史周仕孙为假节、监益梁二州诸军事、益州刺史。冬季十月壬子，高密王司马俊去世。十一月癸卯，桓温从广陵进驻白石。丁未，入朝皇宫，图谋废立君主，诬陷皇帝做藩王之时就早已患有阳痿的疾病，宠臣相龙、计好、朱灵宝等人侍奉内宫寝居，田氏、孟氏两位美人生下三个男孩，朝廷打算分封立为藩王，当时人们都感到疑惑。桓温就此委婉劝说太后效仿伊尹、霍光废黜昏君的举动。己酉，在朝堂召集百官，宣读崇德太后的诏令：“王室历经艰难，穆帝、哀帝在位时间短促，没有养育出皇位继承人，东宫空虚。琅邪王司马奕是哀帝同母弟弟，因此入继皇位。不料他不修德行，竟然到这般地步。昏聩混乱，行事屡屡违背礼法。这三个男孩，不知究竟是谁的子嗣。人伦道义沦丧，丑恶名声传遍四方。既不能够守护社稷宗庙，而且这些私生子渐渐长大，还要把他们立为藩储。欺瞒祖宗，将要动摇国家根基，这种事如果可以容忍，还有什么不能容忍！现今废黜司马奕，降为东海王，返回王府，供给护卫的规格全部依照汉朝废黜昌邑王的旧例。只是我不幸遭遇重重忧患，感念生者逝者，心如刀割。为国家社稷大计，实在是迫不得已。落笔之时悲痛郁结，言语难以诉说。”于是百官进入太极前殿，当天桓温派散骑侍郎刘享收缴皇帝的玉玺绶带。皇帝头戴白纱便帽，身穿单层衣衫，步行走下西堂，乘坐牛车驶出神兽门。群臣跪拜辞别，无不叹息落泪。侍御史、殿中监率领一百名士兵护送东海王回到王府。
当初，桓温怀有谋反的心思，想要先在黄河以北建立战功，博取天下声望。等到枋头战败，威名受挫，便暗中谋划废立君主，以此扩张自己的权势。但是忌惮皇帝恪守道义，担心招致世人非议。觉得深宫之内，床笫之间的事情容易捏造诬陷，于是宣称皇帝不能行房事，就此实施废黜羞辱。早先，皇帝常常为此忧虑，曾经召来方士扈谦占卜，卜卦完成，扈谦回答：“晋朝王室如同磐石一般稳固，但是陛下有离开皇宫的卦象。”最后果真应验。
咸安二年正月，朝廷再降封司马奕为海西县公。四月，把他迁徙到吴县居住，下令吴国内史刁彝负责防卫，又派遣御史顾允监视他。十一月，妖贼卢悚派弟子殿中监许龙清晨来到海西公门前，声称奉太后密诏，要迎接海西公重新登基。海西公起初打算听从，听从保姆的劝谏才作罢。许龙说：“大事即将成功，为什么要听妇人的话？”海西公说：“我获罪被贬到此，有幸得到朝廷宽宥，怎敢轻举妄动！况且太后如果下诏书，应当派遣朝廷官员前来，怎么会单单派你过来？你必定是作乱。”于是呵斥左右捆绑许龙，许龙恐惧逃走。海西公明白天命已经不可挽回，深深惧怕飞来横祸，于是摒除思虑，无忧无虑，整日饮酒纵情，亲近姬妾，生下孩子也不养育，希望以此保全性命。当时世人怜悯他，为他作歌。朝廷看到海西公安于屈辱，便不再把他当作祸患。太元十一年十月甲申，海西公在吴县去世，时年四十五岁。
史臣评论说：穆帝幼年继位，依靠母后教化，朝廷内外安定无事十余年。依靠武安桓温的才干，开拓边境；推行仁厚教化，覆盖江汉地区，这就是孔子所说的，对他没有可以非议的地方。哀帝宽厚仁惠，具备君主的资质，却沉迷祭祀祈求上天，损害了自己的德行。东海王司马奕拒绝许龙的迎立，隐忍屈从胁迫自己的臣子，这就是所说的柔弱战胜刚强，得以安享天年。
赞语说：幼主垂衣而治，以大孝为根本，遵从贤德母后，养成恭敬的品行。西征玉垒，北征金墉。远方蛮夷部族，无不前来归附。哀帝宽厚仁爱，天命归于其身。海西公身逢多事之秋，灾祸接连降临。桓温并非伊尹那样的贤臣，海西公也不是昌邑王那样昏聩无道。
帝纪第九 简文帝 孝武帝
简文皇帝名叫司马昱，字道万，是晋元帝最小的儿子。幼年就聪慧过人，深受元帝喜爱。郭璞见到他，对别人说：“能够振兴晋朝国运的，一定是这个人。”等到长大成人，清虚寡欲，格外擅长清谈玄理。永昌元年，元帝下诏：“先祖武王、先父恭王治理琅邪封国，世代承袭，如今封国没有继承人，宗庙祭祀无人主持，我常常为此感伤。司马昱仁厚明智，有器度见识，可以恭敬供奉宗庙，告慰先人的恩德。封司马昱为琅邪王，依旧享有会稽、宣城的食邑。”咸和元年，他的生母郑夫人去世。司马昱当时七岁，哀号痛哭，坚持要服重丧。成帝怜悯他，准许他的请求，于是改封他为会稽王，授任散骑常侍。咸和九年，升任右将军，加授侍中。咸康六年，晋升抚军将军，兼任秘书监。建元元年夏季五月癸丑，康帝下诏：“太常掌管天地祭祀，主持宗庙事务，职责十分重大。所以从古到今选拔任用，无不是挑选当世有声望、学识儒雅的人才。王叔会稽王司马昱崇尚清虚，一心钻研道义，从容身居高位，在朝堂议论国事。任命他兼任太常，原有官职照旧。”永和元年，崇德太后临朝听政，司马昱升任抚军大将军、录尚书六条事。永和二年，骠骑将军何充去世，崇德太后下诏，命司马昱独揽朝廷政务。永和八年，升任司徒，他坚决推辞不肯就职。穆帝行冠礼之后，司马昱叩头请求交还朝政，太后不允许。废帝即位，因为琅邪王封国没有后嗣，又改封司马昱为琅邪王，封他的儿子司马昌明为会稽王。司马昱坚决推让，所以虽然受封琅邪王，却依旧保留会稽王的封号。太和元年，升任丞相、录尚书事，上朝不需要小步疾走，朝拜报姓名之时不直呼名字，可以佩剑穿鞋登上大殿，赏赐羽葆鼓吹仪仗、持剑卫士六十人，司马昱又坚决推辞。等到废帝被废黜，皇太后下达诏令：“丞相、录尚书事、会稽王司马昱，是中宗元帝后裔，德行美好，才识高远，超脱世俗，久为朝野仰望，已经辅佐三代君主。德化广为传播，天下人心归附已经很久。应当顺应上天与百姓的心愿，登上帝王之位。主管官员遵照旧有典章，按时施行。”于是大司马桓温率领百官来到太极前殿，备好皇帝车驾仪仗，到会稽王府迎接司马昱，司马昱在朝堂更换礼服，头戴平巾帻，身穿单衣，面朝东方叩拜，接受玉玺绶带。
咸安元年冬季十一月己酉，司马昱即皇帝位。桓温出居中堂，命令士兵守卫皇宫。乙卯，桓温上奏请求废黜太宰、武陵王司马晞以及他的儿子司马总。皇帝下诏命令魏郡太守毛安之率领所属禁军守卫宫殿，改年号为咸安。庚戌，派遣兼任太尉周颐到太庙祭告祖先。辛亥，桓温派弟弟桓秘逼迫新蔡王司马晃来到西堂，让他自己供认和太宰武陵王司马晞等人谋反。简文帝对着司马晃流下眼泪，桓温把这些人全都交付廷尉关押。癸丑，处死东海王司马奕的两个儿子以及他们的生母。当初，简文帝因为淡泊高贵，接连辅佐三代君主，桓温一向敬畏忌惮他。刚刚即位的时候，桓温打算上书陈述自己的功绩，简文帝接见他，对着桓温悲伤哭泣，桓温惶恐说不出话。到这时，有关官吏迎合桓温心意，上奏请求诛杀武陵王司马晞，简文帝不批准。桓温再三坚持，简文帝亲手写下诏书答复：“如果晋朝国运绵长，那么你就遵照之前的诏令行事。如果天命已经转移，请你给贤能之人让出位置。”桓温读完诏书，吓得浑身冒汗，脸色大变，不敢再进言。乙卯，废黜司马晞和他的三个儿子，流放到新安。丙辰，把新蔡王司马晃放逐到衡阳。戊午，皇帝下诏：“王室多遭祸乱，穆帝、哀帝早早离世，皇位屡次空缺，国家没有君主。东海王司马奕凭借皇帝母弟的亲近身份继承大统，在位多年，昏乱违背纲常，人伦败坏，大祸即将降临，祖宗神灵都无所依托。皇太后担忧国家基业，定下废立大计。大司马顺应天意人心，谋划宏大，亲自率领群臣，恭敬遵从太后诏令。扫除祸乱，朝廷纲纪重光，于是轮到我，继承宏大的帝业。就算是伊尹安定殷商，霍光安定汉朝，功绩也不能超过他。我德行浅薄，身居帝位，深深担忧能力不足以担当重任，战战兢兢，不知道如何治理天下。希望和天下百姓除旧布新，大赦天下，允许百姓聚饮五日，文武官员晋升二等，孝顺忠贞之人、鳏寡孤独百姓，每人赏赐五斛米。”己未，赏赐桓温部下三万士兵，每人布一匹，米一斛。庚申，任命大司马桓温为丞相，桓温不接受。辛酉，桓温从白石撤军，镇守姑孰。任命冠军将军毛武生都督荆州沔中、扬州义城各项军事。十二月戊子，下诏京城已经积存多年粮食，暂且停止一年向京城转运粮食。庚寅，把东海王司马奕降为海西公，食邑四千户。辛卯，第一次向太庙进献酃渌美酒。
咸安二年春季正月辛丑，百济、林邑国王各自派遣使者进献地方特产。二月，苻坚在辽东讨伐慕容桓，灭掉慕容桓势力。三月丁酉，皇帝下诏：“我接连辅佐三代君主，不能让世道太平，以至于海西公丧失德行，几乎倾覆晋朝国运。仰仗祖宗神灵护佑，皇太后德行贤明，藩镇辅臣忠良贤才，百官尽心效力，才得以荡除祸乱，重焕朝纲。我才德微薄，身居王公之上，想要依靠众多贤臣弥补朝政过失。应当重视农业，抑制工商业，杜绝浮华攀比，让善恶分清，贤愚有别；官府没有恶政，士人没有怨言，如果没有奖惩劝勉，德行礼教如何推行？况且强敌尚未消灭，徭役没有止息，只要不是军国、祭祀必须的开销，一切奢华繁琐耗费全部裁减。那些隐居深山、超脱世俗的贤才，虽然志向高远，避世山林，但委屈他们高尚的节操，来辅佐朝廷治理天下，难道不比只顾保全个人高洁，遗忘救济天下大义更好吗？古代不会向过去的时代求取贤才，所以我如今殷切盼望当世的隐士出山。朝廷内外百官，各自勤勉处理本职，好的举动务必上报，恶行不得隐匿，希望不再出现诗人讽刺朝政的诗篇，而我得以实现虚心求贤的心愿。”癸丑，下诏说：“我继承祖宗宏大基业，却不懂治国之道，担心不能理顺政务，光大先代功业，日夜警惕忧虑，如同踏在薄冰之上。依靠辅宰大臣忠良有德，功业堪比伊尹、霍光，诸位公卿竭尽诚心，君臣同心协力，内外臣子尽心匡扶，文武大臣舍身奉公，希望依靠这些，终能安定天下。每每想到战乱没有平息，官府百姓都疲惫困苦，藩镇担负治理疆土的重任，戍边将士长期征战，有的人白头戍守军营，功劳得不到封赏；有的人长期服役，家中没有一点存粮，我何尝不是凌晨起床，夜半难眠。虽然不能亲自巡行安抚，也要把这份心意传达出去。可以派遣大使到大司马府，慰问各地州牧长官，直至边境戍守将士，宣读诏令，大加犒劳，了解他们的疾苦。还要统筹发放赏赐，务必周全普惠。”乙卯，下诏：“经历动乱之后，各项制度不完备，百官俸禄都十分微薄，这是顺应时局的举措。但是在朝为官，俸禄却不足以维持家用，不符合治理国家的制度。如今国库储备渐渐充裕，可以酌情增加官吏俸禄。”豫章出现祥瑞的驺虞。夏季四月，把海西公迁徙到吴县西柴里居住。追贬庾皇后为夫人。六月，派遣使者册封百济王余句为镇东将军，兼任乐浪太守。戊子，前护军将军庾希起兵造反，从海陵攻入京口，晋陵太守卞眈逃奔曲阿。秋季七月壬辰，桓温派遣东海内史周少孙讨伐庾希，将他擒获，在建康街市处斩。己未，册立会稽王司马昌明为皇太子，皇子司马道子为琅邪王，兼任会稽内史。当天，简文帝在东堂驾崩，时年五十三岁。安葬在高平陵，庙号太宗。留下遗诏，命桓温辅佐朝政，参照诸葛亮、王导辅政的旧例。
简文帝年少就风度出众，举止得体，潜心研读典籍，不讲究居住环境，坐席积满灰尘，也安然自若。曾经和桓温、武陵王司马晞一同乘车出游版桥，桓温突然下令擂鼓吹号角，车马疾驰，士兵奔跑，想要观察二人反应。司马晞十分恐惧，请求下车，而简文帝神色安然，毫无惧色，桓温由此对他敬畏佩服。桓温手握军政大权，屡次建立大功，又完成废立君主，威势震慑朝廷内外。简文帝虽然身居帝位，只是拱手守礼而已，常常担心自己遭到废黜。在此之前，荧惑星进入太微垣，不久海西公就被废。等到简文帝登基，荧惑星又进入太微垣，简文帝内心十分厌恶这件天象。当时中书郎郗超在宫中值班，简文帝召他进来，说：“寿命长短，我本不放在心上，只是不会再发生废黜君主这样的事了吧！”郗超说：“大司马桓温对内安定社稷，对外谋划开拓疆土，非常变故不会发生，我愿意用全家百口性命担保。”等到郗超请假探望父亲，简文帝对他说：“替我向你的父亲致意，家国局面落到如今这般地步！都是我不能用道义匡扶朝廷，惭愧感慨，言语难以表述。”于是吟诵庾阐的诗句：“志士痛朝危，忠臣哀主辱”，眼泪流下沾湿衣襟。简文帝虽然心性豁达，但是没有拯救时局的宏大才干，所以谢安评价他和晋惠帝属于一类，只不过清谈玄学略胜一筹罢了。僧人支道林曾经评价：“会稽王司马昱有超脱的外在气度，却缺少济世的精神才干。”谢灵运梳理他一生行事，也把他比作周赧王、汉献帝一类的君主。
孝武皇帝名叫司马曜，字昌明，是简文帝第三个儿子。兴宁三年七月甲申，受封会稽王。咸安二年秋季七月己未，被立为皇太子。当天，简文帝驾崩，太子登上皇帝位。下诏说：“我遭遇巨大丧祸，痛失先帝，呼天抢地，无处倾诉。年纪幼小，帝位岌岌可危，深切思虑社稷的重任，十分担心不能承担。仰仗祖宗的神灵，世代积累的功德。先帝淳朴玄默的教化，遗泽留存百姓之中。辅政大臣贤才辈出，功勋盛大德行深厚。先帝临终托付国事，实在要依靠他们匡扶训导。各位王公恪守职责，百官勤于政务。希望我这孤弱之身有所依靠，帝王基业不会坠落。先帝遗留恩泽广布天下，我想要发扬光大这份恩惠，安抚黎民百姓。大赦天下，和百姓一同除旧布新。”九月甲寅，追尊生母会稽王妃为顺皇后。冬季十月丁卯，将简文皇帝安葬在高平陵。十一月甲午，妖贼卢悚清晨闯入宫殿，游击将军毛安之等人出兵擒获卢悚。这一年，三吴发生大旱灾，很多百姓饿死，皇帝下诏当地官府赈济灾民。苻坚攻占仇池，擒获秦州刺史杨世。
宁康元年春季正月己丑初一，改换年号。二月，大司马桓温入朝朝见。三月癸丑，下诏免除丹阳竹格等四座浮桥的通行赋税。夏季五月，发生旱灾。秋季七月己亥，使持节、侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书、大司马、扬州牧、平北将军、徐兖二州刺史、南郡公桓温去世。庚戌，晋升右将军桓豁为征西将军。任命江州刺史桓冲为中军将军、都督扬豫江三州诸军事、扬州刺史，镇守姑孰。八月壬子，崇德太后临朝主持国政。九月，苻坚将领杨安进犯成都。丙申，任命尚书仆射王彪之为尚书令，吏部尚书谢安为尚书仆射，吴国内史刁彝为北中郎将、徐兖二州刺史，镇守广陵。重新设置光禄勋、大司农、少府官职。冬季十月，西平公张天锡进献地方贡品。十一月，苻坚的将领杨安攻陷梓潼以及梁州、益州，刺史周仲孙率领五千骑兵向南逃走。
宁康二年春季正月癸未初一，大赦天下。追封已故会稽世子司马郁为临川献王。己酉，北中郎将、徐兖二州刺史刁彝去世。二月癸丑，任命丹阳尹王坦之为北中郎将、徐兖二州刺史。丁巳，彗星出现在女宿、虚宿星区。三月丙戌，彗星出现在氐宿。夏季四月壬戌，皇太后下诏：“近来天象失常，上天降下灾异征兆，仰望这些异变，心中震恐畏惧。借着灾异求取福祥，是自古的道理，我怎敢不收敛反省，思考治国的中正之道？另外三吴是富庶重地，朝廷依赖的大郡，水灾旱灾接连到来，百姓失去生计，我日夜忧虑，无法释怀，应当及时救济，拯救困顿百姓。三吴义兴、晋陵以及会稽受灾最重的县，全部免除一年租布赋税；灾情稍轻的准许免除半年；官府赈济借贷给百姓的粮食，全部直接赐给百姓，不用归还。”五月，蜀人张育自称蜀王，率领部众包围成都，派遣使者向晋朝称臣归附。秋季七月，凉州发生地震，山体崩塌。苻坚将领邓羌攻打张育，消灭张育势力。八月，因为即将举行皇后册封，暂且禁止民间婚嫁。九月丁丑，彗星出现在天市垣。冬季十一月己酉，天门蜑族贼人攻打郡府，太守王战死，征西将军桓豁派兵讨伐平定叛乱。长城人钱步射、钱弘等人作乱，吴兴太守朱序讨伐平定。癸酉，镇远将军桓石虔在垫江击败苻坚的将领姚苌。
宁康三年春季正月辛亥，大赦天下。夏季五月丙午，北中郎将、徐兖二州刺史、蓝田侯王坦之去世。甲寅，任命中军将军、扬州刺史桓冲为镇北将军、徐州刺史，镇守丹徒，尚书仆射谢安兼任扬州刺史。秋季八月癸巳，册立皇后王氏，大赦天下，文武官员晋升一级。九月，皇帝讲习《孝经》。冬季十月癸酉初一，发生日食。十二月癸未，神兽门失火。甲申，皇太后下诏：“近来日食告警，水旱灾害频发，虽然反省过失寻求救灾之法，但是方法不够周全。赏赐贫苦百姓粮食，每人五斛。”癸巳，皇帝在中堂举行祭奠先圣的释奠礼，祭祀孔子，以颜回配享。
太元元年春季正月壬寅初一，皇帝举行加冠典礼，拜谒太庙。皇太后把朝政交还皇帝。甲辰，大赦天下，改换年号。丙午，皇帝开始亲自主持朝政。任命征西将军桓豁为征西大将军，领军将军郗愔为镇军大将军，中军将军桓冲为车骑将军，加授尚书仆射谢安中书监、录尚书事。甲子，拜谒建平四座先帝陵墓。夏季五月癸丑，发生地震。甲寅，皇帝下诏：“近来上天屡次降下灾异告诫，我内心惶恐警惕。希望能够审慎断案，宽缓死刑，赦免过错罪人，借着天象大变，和天下百姓重新开始。”于是大赦天下，文武官员各晋升一等。六月，封河间王司马钦的儿子司马范之为章武王。秋季七月，苻坚将领苟苌攻占凉州，俘虏刺史张天锡，全部占据凉州领土。乙巳，废除按照田亩收租的制度，王公以下百姓，每人征收三斛米，正在服徭役的人免除赋税。冬季十月，把淮北流民迁徙到淮南安置。十一月己巳初一，发生日食。下诏御膳官减少膳食规格。十二月，苻坚派遣将领苻洛攻打代国，俘获代王涉翼犍。
太元二年春季正月，接续断绝的王侯世系，恢复功臣的封爵。三月，任命兖州刺史朱序为南中郎将、梁州刺史、监沔中诸军，镇守襄阳。闰三月壬午，发生地震。甲申，狂风大作，树木折断，房屋掀翻。夏季四月己酉，降下冰雹。五月丁丑，发生地震。六月己巳，狂风卷起沙石。林邑国进献地方特产。秋季七月乙卯，老人星出现。八月壬辰，车骑将军桓冲入朝觐见。丁未，任命尚书仆射谢安为司徒。丙辰，使持节、都督荆梁宁益交广六州诸军事、荆州刺史、征西大将军桓豁去世。冬季十月辛丑，任命车骑将军桓冲都督荆江梁益宁交广七州诸军事，兼任护南蛮校尉、荆州刺史；尚书王蕴担任徐州刺史、督江南晋陵诸军；征西司马谢玄担任兖州刺史、广陵相、监江北诸军。壬寅，散骑常侍、左光禄大夫、尚书令王彪之去世。十二月庚寅，任命尚书王劭为尚书仆射。
太元三年春季二月乙巳，修建新皇宫，皇帝暂时移居会稽王府邸。三月乙丑，雷雨狂风，毁坏房屋，折断树木。夏季五月庚午，陈留王曹恢去世。六月，发生大水。秋季七月辛巳，皇帝迁入新皇宫。乙酉，老人星出现在南方夜空。
太元四年春季正月辛酉，大赦天下，遭受水旱灾害的郡县减免租税。丙子，拜谒建平七座先帝陵墓。二月戊午，苻坚派遣他的儿子苻丕攻陷襄阳，俘获南中郎将朱序，又攻占顺阳。三月，爆发大规模瘟疫。壬戌，皇帝下诏：“凶寇猖獗，边防城池陷落，边境危机比平日更加严重。朝廷内外百官，务必尽心竭力处理各项政务。又加上谷物歉收，百姓物资匮乏。宫廷供给，务必厉行节俭；宗室亲族俸禄、百官官俸，暂且减半。各类徭役开销，如果不是军国要务，全部停止减省，来应对当下时局。”癸未，派遣右将军毛武生率领军队讨伐蜀地。夏季四月，苻坚将领韦钟攻占魏兴，太守吉挹战死。五月，苻坚将领句难、彭超攻占盱眙，高密内史毛璪之被敌军俘获。六月，大旱。戊子，征虏将军谢玄和彭超、句难在君川交战，大败敌军。秋季八月丁亥，任命左将军王蕴为尚书仆射。乙未，狂风扬起沙石。九月，盗贼杀害安太守傅湛。冬季十二月己酉初一，发生日食。
太元五年春季正月乙巳，拜谒崇平陵。夏季四月，大旱。癸酉，对五年以下刑期的罪犯实行大赦。五月，大水。任命司徒谢安为卫将军、仪同三司。六月甲寅，雷电击中含章殿四根柱子，同时打死两名内侍。甲子，因为连年饥荒歉收，大赦天下，太元三年之前百姓拖欠的租税债务全部免除；鳏寡孤独老弱无法维持生计的百姓，每人赏赐五斛米。丁卯，任命骠骑将军、琅邪王司马道子为司徒。秋季九月癸未，皇后王氏去世。冬季十月，九真太守李逊占据交州造反。十一月乙酉，把定皇后安葬在隆平陵。
太元六年春季正月，皇帝开始信奉佛法，在皇宫之内修建精舍，招纳僧人居住。丁酉，任命尚书谢石为尚书仆射。开始设置督运御史官职。夏季六月庚子初一，发生日食。扬州、荆州、江州发生大水。己巳，改革制度，削减繁杂开销，裁减官吏士卒七百人。秋季七月丙子，赦免五年以下徒刑犯人。甲午，交址太守杜瑗斩杀李逊，交州平定。发生大饥荒。冬季十一月己亥，任命镇军大将军郗愔为司空。会稽人檀元之造反，自称安东将军，镇军参军谢蔼之讨伐平定叛乱。十二月甲辰，苻坚派遣襄阳太守阎进犯扰竟陵，襄阳太守桓石虔讨伐，生擒阎震。
太元七年春季三月，林邑范熊派遣使者进献地方贡品。秋季八月癸卯，大赦天下。九月，东方五个藩属国家派遣使者前来进贡。苻坚将领都贵焚烧沔北田地庄稼，掳掠襄阳百姓离去。冬季十月丙子，出现打雷天气。
太元八年春季二月癸未，漫天弥漫黄色雾气。三月，始兴、南康、庐陵发生大水，平地积水五丈。丁巳，大赦天下。夏季五月，辅国将军杨亮讨伐蜀地，攻下五座城池，擒获苻坚将领魏光。秋季七月，鹰扬将军郭洽和苻坚将领张崇在武当交战，大败张崇。八月，苻坚率领大军渡过淮河，朝廷派遣征讨都督谢石、冠军将军谢玄、辅国将军谢琰、西中郎将桓伊等人率军抵御。九月，下诏司徒、琅邪王司马道子录尚书六条事。冬季十月，苻坚弟弟苻融攻占寿春。乙亥，各路晋军和苻坚在淝水交战，大败前秦军队，俘获斩杀数万人，缴获苻坚的帝王车驾以及云母车。十一月庚申，下诏卫将军谢安到金城犒劳凯旋军队。壬子，册立陈留王世子司马灵诞为陈留王。十二月庚午，因为寇乱刚刚平定，大赦天下。任命中军将军谢石为尚书令。解除禁酒的禁令。开始增加百姓赋税，每人征收五石米。前句町王翟辽背叛苻坚，在河南起兵；慕容垂从邺城赶来和翟辽会合，攻打镇守洛阳的苻坚之子苻晖。仇池公杨世逃回陇右，派遣使者向晋朝称臣归附。
太元九年春季正月庚子，封武陵王的孙子司马宝为临川王。戊午，册立新宁王司马晞的儿子司马遵为新宁王。辛亥，拜谒建平四座先帝陵墓。龙骧将军刘牢之攻克谯城。车骑将军桓冲部下将领郭宝讨伐新城、魏兴、上庸三郡，三郡归降。二月辛巳，使持节、都督荆江梁宁益交广七州诸军事、车骑将军、荆州刺史桓冲去世。慕容垂从洛阳会同翟辽攻打镇守邺城的苻坚之子苻丕。三月，任命卫将军谢安为太保。苻坚的北地长史慕容泓、平阳太守慕容冲一同起兵反叛苻坚。夏季四月己卯，太学增加一百名学生名额。封张天锡为西平公。派遣竟陵太守赵统攻打襄阳，收复襄阳。苻坚将领姚苌背叛苻坚，在北地起兵，自立为王，国号秦。六月癸丑初一，崇德皇太后褚氏去世。慕容泓被叔父慕容冲杀害，慕容冲自称皇太弟。秋季七月戊戌，派遣兼任司空、高密王司马纯之前往洛阳拜谒修缮五座先帝陵墓。己酉，安葬康献皇后于崇平陵。百济派遣使者前来进贡。苻坚和慕容冲在郑西交战，苻坚军队战败。八月戊寅，司空郗愔去世。九月辛卯，前锋都督谢玄在鄄城攻打苻坚的兖州刺史张崇，攻占鄄城。甲午，加授太保谢安大都督扬、江、荆、司、豫、徐、兖、青、冀、幽、并、梁、益、雍、凉十五州诸军事。冬季十月辛亥初一，发生日食。丁巳，河间王司马昙之去世。乙丑，因为天象错乱，大赦天下。庚午，册立前新蔡王司马晃的弟弟司马崇为新蔡王。苻坚青州刺史苻朗率领部众前来归降。十二月，苻坚的将领吕光在河西自行行使帝王权力，自称酒泉公。慕容冲在阿房登上伪皇帝之位。
太元十年春季正月甲午，拜谒各处先帝陵墓。二月，设立国学。蜀郡太守任权斩杀苻坚的益州刺史李平，益州平定。三月，荥阳人郑骞献出郡城归降晋朝。苻坚国内大乱，派遣使者上表，请求晋朝接应。龙骧将军刘牢之和慕容垂在黎阳交战，晋军战败。夏季四月丙辰，刘牢之会同沛郡太守周次，和慕容垂在五桥泽交战，晋军再次战败。壬戌，太保谢安率领军队救援苻坚。五月，大水。苻坚留下太子苻宏守卫长安，自己逃往五将山。六月，苻宏前来归降，慕容冲攻入长安。秋季七月，苻丕从枋头向西撤退，龙骧将军檀玄追击，被苻丕击败。发生旱灾，饥荒。丁巳，老人星出现。八月甲午，大赦天下。丁酉，使持节、侍中、中书监、大都督十五州诸军事、卫将军、太保谢安去世。庚子，任命琅邪王司马道子为都督中外诸军事。当月，姚苌杀死苻坚，自立伪皇帝。九月，吕光占据姑臧，自称凉州刺史。苻丕在晋阳登上伪皇帝之位。冬季十月丁亥，评定淝水之战的功绩，追封谢安为庐陵郡公，封谢石为南康公，谢玄为康乐公，谢琰为望蔡公，桓伊为永修公，其余将士封赏各有等级。这一年，乞伏国仁自称大单于、秦河二州牧。
太元十一年春季正月辛未，慕容垂在中山登上伪皇帝之位。壬午，翟辽偷袭黎阳，俘获太守滕恬之。乙酉，拜谒先帝各座陵墓。慕容冲的部将许木末在长安杀死慕容冲。三月，大赦天下。泰山太守张愿献出郡城反叛，归降翟辽。夏季四月，册封百济王世子余晖为使持节、都督、镇东将军、百济王。代王拓跋珪开始改国号为魏。癸巳，任命尚书仆射陆纳为尚书左仆射，谯王司马恬为尚书右仆射。六月己卯，发生地震。庚寅，任命前辅国将军杨亮为西戎校尉、雍州刺史，镇守护卫洛阳皇家陵寝。秋季八月庚午，封孔靖之为奉圣亭侯，主持孔子祭祀。丁亥，安平王司马邃之去世。翟辽进犯谯地，龙骧将军朱序将他击退。冬季十月，慕容垂在河东击败苻丕，苻丕逃往东垣，扬威将军冯该攻打斩杀苻丕，把首级传送到京城。甲申，海西公司马奕去世。十一月，苻丕的将领苻登在陇东登上伪皇帝之位。
太元十二年春季正月乙巳，任命豫州刺史朱序为青、兖二州刺史，镇守淮阴。丁未，大赦天下。壬子，狂风毁坏房屋折断树木。戊午，慕容垂进犯河东，济北太守温详逃奔彭城。翟辽派遣儿子翟钊进犯陈郡、颍川，朱序将他击退。夏季四月戊辰，尊奉李氏夫人为皇太妃。己丑，降下冰雹。高平人翟畅拘捕太守徐含远，献出高平郡归降翟辽。六月癸卯，朝廷送上丝帛礼币，征召隐士戴逵、袭玄之入朝。秋季八月辛巳，册立皇子司马德宗为皇太子，大赦天下，文武官员晋升二等，允许百姓聚饮五日，赏赐百官布帛各有等差。九月戊午，恢复新宁王司马遵的武陵王爵位，立梁王司马逢的儿子司马和为梁王。冬季十一月，松滋太守王遐之在洛口讨伐翟辽，击败翟辽。
太元十三年夏季四月戊午，任命青兖二州刺史朱序为持节、都督雍梁沔中九郡诸军事、雍州刺史；谯王司马恬之为镇北将军、青兖二州刺史。夏季六月，大旱。乞伏国仁死去，他的弟弟乞伏乾归继承伪位，自称河南王。秋季七月，翟辽部将翟发进犯洛阳，河南太守郭给抵御，击败敌军。冬季十二月戊子，潮水涌入石头城，冲毁大桁浮桥，造成人员死亡。乙未，大风刮得天色昏暗，延贤堂失火。丙申，螽斯则百堂、客馆、骠骑府库房全部起火。己亥，加授尚书令谢石卫将军、开府仪同三司。庚子，尚书令、卫将军、开府仪同三司谢石去世。
太元十四年春季正月癸亥，下诏：淮南战争俘获、发配官府作坊劳作的俘虏全部释放，男女自行婚配，供给一百天口粮；那些被当做军功赏赐给将士的俘虏，全部出钱赎出，挑选襄阳、淮南肥沃土地，各设立一个县安置他们。彭城妖贼刘黎在皇丘僭号称皇帝，龙骧将军刘宰之讨伐平定叛乱。二月，扶南国进献地方特产。吕光自称三河王。夏季四月甲辰，彭城王司马弘之去世。翟辽进犯荥阳，俘获太守张卓。六月壬寅，使持节、都督荆益宁三州诸军事、荆州刺史桓石虔去世。秋季七月甲寅，宣阳门四根门柱失火。八月，姚苌袭击打败苻登，俘获苻登的伪皇后毛氏。丁亥，汝南王司马羲去世。九月庚午，任命尚书左仆射陆纳为尚书令。冬季十二月乙巳，降雨，树木结出冰挂。
太元十五年春季正月乙亥，镇北将军、谯王司马恬之去世。龙骧将军刘牢之和翟辽、张愿在泰山交战，晋军战败。征虏将军朱序在太行山击败慕容永。二月辛巳，任命中书令王恭为都督青兖幽并冀五州诸军事、前将军、青兖二州刺史。三月己酉初一，发生地震。戊辰，大赦天下。秋季七月丁巳，彗星出现在北河星区。八月，永嘉人李耽起兵作乱，太守刘怀之讨伐平定。己丑，京城发生地震。彗星出现在北斗星区，侵入紫微垣。沔中各郡以及兖州爆发大水。龙骧将军朱序在滑台攻打翟辽，大败翟辽，张愿前来归降。九月丁未，任命吴郡太守王珣为尚书仆射。冬季十二月己未，发生地震。
太元十六年春季正月庚申，重新修建太庙。夏季六月，慕容永进犯河南，太守杨佺期击败慕容永。己未，章武王司马范之去世。秋季九月癸未，任命尚书右仆射王珣为尚书左仆射，太子詹事谢琰为尚书右仆射。新太庙修建完工。冬季十一月，姚苌在安定击败苻登。
太元十七年春季正月己巳初一，大赦天下，免除百姓拖欠的租税旧债。夏季四月，齐国内史蒋喆杀死乐安太守辟闾浚，占据青州造反，北平原太守辟闾浑讨伐平定叛乱。五月丁卯初一，发生日食。六月癸卯，京城地震。甲寅，潮水涌入石头城，冲毁大桁浮桥；永嘉郡潮水暴涨，沿海四县很多百姓遇难。乙卯，大风折断树木。戊午，梁王去世。慕容垂在黎阳袭击翟钊，击败翟钊，翟钊投奔慕容永。秋季七月丁丑，太白星白天出现。八月，新修东宫。冬季十月丁酉，太白星再次白天出现。辛亥，都督荆益宁三州诸军事、荆州刺史王忱去世。十一月癸酉，任命黄门郎殷仲堪为都督荆益梁三州诸军事、荆州刺史。庚寅，改封琅邪王司马道子为会稽王，封皇子司马德文为琅邪王。十二月己未，发生地震。这一年，从秋天一直不下雨，延续到冬天。
太元十八年春季正月癸亥初一，发生地震。二月乙未，再次地震。三月，翟钊进犯河南。夏季六月己亥，始兴、南康、庐陵爆发大水，水深五丈。秋季七月，旱灾。闰七月，妖贼司马徽在马头山聚集党羽，刘牢之派遣部将讨伐平定。九月丙戌，龙骧将军杨佺期在潼谷攻打氐族首领杨佛嵩，击败杨佛嵩。冬季十月，姚苌死去，他的儿子姚兴继承伪位。
太元十九年夏季六月壬子，追尊会稽王太妃郑氏为简文宣太后。秋季七月，荆州、徐州发生大水，庄稼受损，朝廷派遣使者赈济抚恤。八月己巳，尊奉皇太妃李氏为皇太后，宫殿名号叫崇训宫。慕容垂在长子攻打慕容永，斩杀慕容永。冬季十月，慕容垂派遣儿子慕容恶奴进犯廪丘，东平太守韦简和慕容垂部将尹国在平陆交战，韦简战死。这一年，苻登被姚兴杀死，苻登太子苻崇逃往湟中，僭称皇帝。
太元二十年春季二月，修建宣太后的宗庙。甲寅，散骑常侍、光禄大夫、开府仪同三司、尚书令陆纳去世。三月庚辰初一，发生日食。夏季六月，荆州、徐州大水。十一月，魏王拓跋珪在黍谷攻打慕容垂之子慕容宝，打败慕容宝。
太元二十一年春季正月，修建清暑殿。三月，慕容垂攻打平城，占领平城。夏季四月，新建永安宫。丁亥，降下冰雹。慕容垂去世，儿子慕容宝继承伪位。五月甲子，任命望蔡公谢琰为尚书左仆射。发生大水。六月，吕光登上伪天王之位。秋季九月庚申，孝武帝在清暑殿驾崩，时年三十五岁。安葬在隆平陵。
孝武帝年少就聪慧悟性过人。简文帝驾崩的时候，他年仅十岁，到傍晚还不去哭丧，身边近臣劝谏，他回答：“哀痛到极点自然会哭泣，哪里有固定的时间？”谢安曾经赞叹，他义理思辨的水准不比先帝逊色。等到亲掌大权之后，很有帝王气度。后来却沉溺酒色，几乎通宵饮酒。末年，长星出现，孝武帝内心十分厌恶，在华林园举杯祝告长星：“长星，敬你一杯酒，自古以来哪里有长生不死的天子！”太白星连年白昼出现，地震、水旱灾异接连不断。孝武帝清醒的时候很少，身边缺少正直大臣，终究不能改过。当时张贵人得到宠幸，年纪将近三十，孝武帝和她开玩笑说：“按照你的年纪，应当被废黜了。”张贵人心中暗自恼怒。傍晚，孝武帝喝醉，突然暴亡。当时司马道子昏聩糊涂，司马元显专擅大权，竟然不去追查凶手。早先，简文帝看到谶语写着：“晋祚尽昌明。”等到孝武帝即将降生，李太后梦见神人对她说：“你要生下男孩，给他取字叫昌明。”等到降生，东方刚刚破晓，于是取名昌明。简文帝后来领悟谶语含义，流下眼泪。等到修建清暑殿，有见识的人认为“清暑”读音反过来近似“楚”，是悲怆哀亡的征兆。不久孝武帝驾崩，晋朝国运从此走向衰败。
史臣评论说：前代史书说，如果没有废黜昏君，哪里会迎来兴盛。如果是天赋神勇，接受天命继位，如同腾云高飞，拯救倾覆的时局；就像少康依靠少量部众复兴帝业，成汤凭借七十里土地开创王业；挽回已经崩坏的山河，修复已经紊乱的天道；但简文帝所处的局面，完全不是这种情况。简文帝心性淡泊，身处动乱之时，政令由桓氏把持，自己只负责宗庙祭祀。太宗简文帝去世，孝武帝继承帝位，上天保佑，奸雄桓温自行离世。那个时候，向西越过剑阁占据蜀地，向北兵临黄河洛阳；荆吴的军队声势浩大，贤才接连出世，旧日德泽尚存。谢安可以安定朝野人心，王彪之足以整顿朝廷法度，桓冲日夜操劳王室，谢玄善于决断军务。上天眷顾晋朝，强大的前秦覆灭。当时少年君臣，意气风发，想要建功于边塞；可是朝廷制度没有完善，威望恩德没能树立；司马道子败坏朝政，王国宝招揽一众小人；官职封赏不再出自天子本意，贿赂刑罚充斥权贵家门；苛捐杂税一年比一年繁重，愁苦百姓一年比一年增多。所以闻人奭、许荣上书朝廷，孝武帝明知他们正直敢言，却厌恶听逆耳忠言，整日酣饮沉醉。就算“昌明”的谶语应验，又哪里仅仅是天命？晋朝国运衰落，更多是人为造成。古语说：“大国朝政还没有彻底衰败，小国已经遭遇倾覆祸乱。”恰逢苻坚遭遇国运厄运，淝水大败，孝武帝谥号为“武”，评价已经算是优厚了。
赞语说：君主如同旌旗垂飘，君臣之道不能通达。简文帝沉静淡泊，免遭权臣加害。孝武帝登上朝堂，奸雄桓温身死。燕国战乱四起，各方势力纷争。酒宴充斥皇宫，举杯劝告灾星。国运气势衰落，人事先已凋零。
帝纪第十 安帝 恭帝
安皇帝名叫司马德宗，字德宗，是孝武帝长子。太元十二年八月辛巳，被立为皇太子。太元二十一年九月庚申，孝武帝驾崩。辛酉，太子登上皇帝位，大赦天下。癸亥，任命司徒、会稽王司马道子为太傅，代理国政。冬季十月甲申，将孝武皇帝安葬在隆平陵。天降大雪。
隆安元年春季正月己亥初一，皇帝举行加冠礼，改换年号，文武官员晋升一等。太傅、会稽王司马道子叩头交还朝政。任命尚书右仆射王珣为尚书令，领军将军王国宝为尚书左仆射。二月，吕光部将秃发乌孤自称大都督、大单于，国号南凉。在金昌攻打吕光部将窦苟，大败窦苟。甲寅，尊奉皇太后李氏为皇太后。戊午，册立皇后王氏。三月，吕光之子吕纂被乞伏乾归击败。吕光的建康太守段业自称凉州牧。慕容宝在蓟城击败北魏军队。夏季四月甲戌，兖州刺史王恭、豫州刺史庾楷起兵，以讨伐尚书左仆射王国宝、建威将军王绪为名。甲申，朝廷处死王国宝和王绪，来安抚王恭，王恭才罢兵。戊子，大赦天下。五月，前司徒长史王廞在吴郡造反，王恭出兵讨伐平定叛乱。慕容宝部将慕容详在中山僭称皇帝，慕容宝逃往黄龙。秋季八月，吕光遭到仆射杨轨、散骑常侍郭黁进攻，吕光之子吕纂击退二人。九月，慕容宝部将慕容麟在中山斩杀慕容详，随即僭称皇帝。冬季十月，慕容麟被北魏军队打败。
隆安二年春季三月，两处龙舟失火。夏季五月，兰汗弑杀慕容宝，自称大将军、昌黎王。秋季七月，慕容宝之子慕容盛斩杀兰汗，僭称长乐王，代行天子职权。兖州刺史王恭、豫州刺史庾楷、荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄、南蛮校尉杨佺期等人起兵反叛。八月，江州刺史王愉逃往临川。丙子，宁朔将军邓启方和慕容德部将慕容法在管城交战，晋军战败。丙戌，慕容盛在黄龙僭称皇帝。桓玄在白石大败朝廷军队。九月辛卯，授予太傅、会稽王司马道子黄钺。派遣征虏将军会稽王世子司马元显、前将军王珣、右将军谢琰讨伐桓玄等人。己亥，在牛渚击败庾楷。丙午，会稽王司马道子驻守中堂，司马元显守卫石头城。己酉，前将军王珣驻守北郊，右将军谢琰布防宣阳门。辅国将军刘牢之进驻新亭，派儿子刘敬宣击败王恭，王恭逃奔曲阿长塘湖，湖尉抓捕押送京城，将他处斩。于是派遣太常殷茂晓谕殷仲堪、桓玄，桓玄等人逃往寻阳。冬季十月，新野上报出现祥瑞驺虞。丙子，大赦天下。壬午，殷仲堪等人在寻阳会盟，推举桓玄做盟主。十一月，任命琅邪王司马德文为卫将军、开府仪同三司，领军将军王雅为尚书左仆射。十二月己丑，魏王拓跋珪登上帝位，年号天兴。京兆人韦礼率领襄阳流民反叛，归降姚兴。己酉，前新安太守杜炯在京口造反，会稽王世子司马元显讨伐斩杀杜炯。秃发乌孤自称武威王。
隆安三年春季正月辛酉，封宗室司马蕴为淮陵王。二月甲辰，河间王司马国镇去世。林邑范胡达攻占日南、九真，继而进犯交址，太守杜瑗击败范胡达。段业自称凉王。仇池公杨盛派遣使者向晋朝称臣，进献地方贡品。三月己卯，追尊自己的生母陈夫人为德皇太后。夏季四月乙未，加授尚书令王珣卫将军，任命会稽王世子司马元显为扬州刺史。六月戊子，任命琅邪王司马德文为司徒。慕容德攻占青州，杀害龙骧将军辟闾浑，随即在广固僭称皇帝。秋季八月，秃发乌孤去世，他的弟弟秃发利鹿孤继承伪位。冬季十月，姚兴攻占洛阳，俘获河南太守辛恭靖。十一月甲寅，妖贼孙恩攻陷会稽，内史王凝之被杀；吴国内史桓谦、临海太守新蔡王司马崇、义兴太守魏隐全都弃官逃走；吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸遇害。朝廷派遣卫将军谢琰、辅国将军刘牢之迎击，赶跑孙恩。十二月，桓玄偷袭江陵，荆州刺史殷仲堪、南蛮校尉杨佺期一同遇害。吕光册立太子吕绍为天王，自己称太上皇。同一天，吕光去世，吕纂弑杀吕绍自立为王。这一年，荆州发生大水，平地积水三丈。
隆安四年春季正月乙亥，大赦天下。二月己丑，彗星出现在奎宿、娄宿，运行侵入紫微垣。三月，彗星出现于太微垣。夏季四月，发生地震。孙恩进犯浃口。五月丙寅，散骑常侍、卫将军、东亭侯王珣去世。己卯，会稽内史谢琰被孙恩打败，战死沙场。孙恩转而进犯临海。六月庚辰初一，发生日食。出现旱灾。辅国司马刘裕在南山击败孙恩，孙恩部将卢循攻陷广陵，杀死三千多人。朝廷任命琅邪王师何澄为尚书左仆射。秋季七月壬子日，太皇太后李氏驾崩。丁卯日，实行大赦。这个月，姚兴讨伐乞伏乾归，乞伏乾归投降。八月丁亥日，尚书右仆射王雅去世。壬寅日，将文太后安葬在修平陵。九月癸丑日，发生地震。
冬季十一月，宁朔将军高雅之在余姚和孙恩交战，朝廷军队大败。任命扬州刺史司马元显为后将军、开府仪同三司，都督扬、豫、徐、兖、青、幽、冀、并、荆、江、司、雍、梁、益、交、广十六州各项军事；任命前将军刘牢之为镇北将军；封司马元显的儿子司马彦璋为东海王。十二月戊寅日，有彗星出现在天市垣。这一年，黄河以西各郡拥戴凉武昭王李玄盛担任秦、凉二州牧、凉公，定年号为庚子。
五年春季二月丙子日，孙恩再次进犯浃口。吕超杀死吕纂，拥立他的兄长吕纂僭越登上伪王位。三月甲寅日，众多星星向西陨落，掠过太微垣。夏季五月，孙恩进犯吴国，吴国内史袁山松战死。沮渠蒙逊杀死段业，自封为大都督、北凉州牧。六月甲戌日，孙恩抵达丹徒。乙亥日，京城内外戒严，百官都迁入官署居住。冠军将军高素、右卫将军张崇之守卫石头城；辅国将军刘袭用栅栏截断淮口；丹阳尹司马恢之戍守长江南岸；冠军将军桓谦、辅国将军司马允之、游击将军毛邃布防白石；左卫将军王嘏、领军将军孔安国驻守中皇堂。征召豫州刺史、谯王司马尚之回京护卫京师。宁朔将军高雅之在广陵的郁洲攻打孙恩，被叛贼俘获。
秋季七月，段玑杀死慕容盛，慕容盛的叔父慕容熙把段氏族人全部诛杀，随即僭越称帝。九月，吕隆向姚兴投降。冬季十月，姚兴率军进犯北魏，大败之后退回。这一年发生饥荒，朝廷下令禁止酿酒。
元兴元年春季正月庚午初一，大赦天下，改换年号。任命后将军司马元显为骠骑大将军、征讨大都督；镇北将军刘牢之作为司马元显的前锋；前将军、谯王司马尚之担任后军，出兵讨伐桓玄。二月丙午日，皇帝身穿军装，在西池为司马元显饯行。丁巳日，派遣兼侍中、齐王司马柔之手持驺虞幡向荆、江二州宣告朝廷诏令。丁卯日，桓玄在姑孰击败朝廷军队，谯王司马尚之、齐王司马柔之都战死。任命右将军吴隐之为都督交、广二州诸军事、广州刺史。
三月己巳日，刘牢之背叛朝廷归降桓玄。辛未日，朝廷军队在新亭大败，骠骑大将军、会稽王世子司马元显，东海王司马彦璋，冠军将军毛泰，游击将军毛邃全部遇害。壬申日，桓玄自任侍中、丞相、录尚书事，任命桓谦为尚书仆射，把太傅、会稽王司马道子迁到安城。不久桓玄又自称太尉、扬州牧，总领百官，任命琅邪王司马德文为太宰。临海太守辛景进攻孙恩，将孙恩斩杀。这个月，秃发利鹿孤去世，他的弟弟秃发傉檀继承伪王位。
秋季七月乙亥日，新蔡王司马崇被他的奴仆杀害。八月庚子日，尚书下舍发生火灾。冬季十月，冀州刺史刘轨反叛，投奔慕容德。十二月庚申日，会稽王司马道子被桓玄杀害。朝廷特赦广陵、彭城两地大逆罪以下的犯人。
元兴二年春季二月辛丑日，建威将军刘裕在东阳击败徐道覆。乙卯日，桓玄自称大将军。丁巳日，冀州刺史孙无终被桓玄杀害。夏季四月癸巳初一，发生日食。秋季八月，桓玄又自号相国、楚王。九月，南阳太守庾仄起兵起义，被桓玄击败。冬季十一月壬午日，桓玄把皇帝迁到永安宫。癸未日，把太庙的祖先神主迁移到琅邪国。十二月壬辰日，桓玄篡夺皇位，把安帝降为平固王。辛亥日，安帝流亡到寻阳。
元兴三年春季二月，安帝身在寻阳。庚寅的夜晚，江水巨浪冲入石头城，淹没淹死不少百姓。乙卯日，建武将军刘裕率领沛国刘毅、东海何无忌等人发动义兵。丙辰日，在京口斩杀桓玄所任命的徐州刺史桓修，在广陵斩杀青州刺史桓弘。丁巳日，义军渡过长江。三月戊午日，刘裕在江乘斩杀桓玄部将吴甫之，在罗落斩杀皇甫敷。己未日，桓玄的军队溃散逃跑。庚申日，刘裕设置留守的朝廷台省，完备配置百官。壬戌日，桓玄的司徒王谧推举刘裕代理镇军将军、徐州刺史，都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州各项军事，授予符节。刘裕让王谧兼任扬州刺史、录尚书事。辛酉日，刘裕诛杀尚书左仆射王愉、王愉之子荆州刺史王绥、司州刺史温详。
辛未日，桓玄逼迫安帝向西出行。丙戌日，安帝秘密颁下诏书，说自己被桓玄拘禁逼迫，朝廷政务荒废，命令武陵王司马遵依照旧典，秉承皇帝旨意总领百官处理政务，加授侍中，其余官职照旧。同时大赦谋反大逆以下的罪犯，唯独桓玄一族的后人不予宽恕。夏季四月己丑日，大将军武陵王司马遵行使皇帝权力，总揽朝政。庚寅日，安帝抵达江陵。庚戌日，辅国将军何无忌、振武将军刘道规在湓口和桓玄部将庾稚、何澹之交战，大败敌军。桓玄又逼迫安帝向东行进。五月癸酉日，冠军将军刘毅在峥嵘洲和桓玄交战，再次打败桓玄。己卯日，安帝再次到达江陵。辛巳日，荆州别驾王康产、南郡太守王腾之侍奉安帝住进南郡。壬午日，督护冯迁在貊盘洲斩杀桓玄。皇帝的车驾回到江陵，恢复帝位。甲申日，安帝下诏说：“奸贼叛逆篡国，自古就有。我没能防微杜渐，才导致流离流亡。依靠镇军将军刘裕英武谋略奋发，忠勇冠绝当世；冠军将军刘毅等人素来心怀忠诚，同心谋划大计。义军声威大振，官吏百姓尽效节义，国家得以安定，天下共同庆贺。大赦天下，凡是被胁迫屈从叛逆的人，一概不予追究罪责。”戊寅日，把祖先神主送回太庙。
闰月己丑日，桓玄旧部扬武将军桓振攻陷江陵，刘毅、何无忌退守寻阳，安帝又落入叛贼手中。六月，益州刺史毛璩讨伐伪梁州刺史桓希，将他斩杀。秋季七月戊申日，永安皇后何氏驾崩。八月癸酉日，把穆帝章皇后的神主合葬进永平陵。九月，前给事中刁骋、秘书丞王迈之谋反，被处死。冬季十月，卢循进犯广州，广州刺史吴隐之被卢循打败。卢循俘获始兴相阮腆之后退兵。慕容德去世，他哥哥的儿子慕容超继承伪王位。
义熙元年春季正月，安帝身在江陵。南阳太守鲁宗之发动义兵，偷袭攻破襄阳。己丑日，刘毅驻扎在马头。桓振挟持安帝屯驻江津。辛卯日，鲁宗之在柞溪击败桓振部将温楷，进军驻扎纪南，被桓振打败。振武将军刘道规攻打桓谦，把桓谦赶跑。皇帝车驾得以复位，安帝和琅邪王司马德文登上刘道规的船只。戊戌日，安帝下诏说：“我德行浅薄，早年继承宏大的帝业。没能安抚远近，遏制奸恶叛贼。逆臣桓玄趁机作乱，欺瞒天人，篡夺帝位。我流离流亡，沦落荒远之地，宣皇帝开创的基业几乎要倾覆断绝。依靠镇军将军刘裕忠武果断，忠诚冠绝古今。一开始就运筹谋划，贤才志士与他同心；挥泪誓师，义士为之感动。所以义兵一出，大奸贼奔逃溃败；多次施展兵威，元凶被斩首。可是逆贼桓振猖狂，在荆郢继承凶逆。幸得社稷上天护佑，义旗再次告捷，奸徒溃败，我才得以复位。这实在是宗庙神灵庇佑，勤王将士的功勋。不应当由我一人独享这份福运，想要和亿万百姓一同迎来新的开端。大赦天下，改换年号，只有桓玄、桓振一族及其同党不在赦免之列。百官爵位晋升二级，鳏寡孤独每人赏赐五斛谷物，准许百姓聚饮五天。”
二月丁巳日，留守台省备好皇帝车驾仪仗，前往江陵迎接安帝。弘农太守戴宁之、建威主簿徐惠子等人谋反，被诛杀。平西参军谯纵杀害平西将军、益州刺史毛璩，占据蜀地反叛。三月，桓振再次袭击江陵，荆州刺史司马休之逃奔襄阳。建威将军刘怀肃讨伐桓振，斩杀桓振。安帝从江陵回到京城。乙未日，百官到宫门请罪。安帝下诏说：“这不是各位卿相的过错，全都回去履行本职。”戊戌日，为章皇后举行三天哀悼，皇帝在西堂临哭。刘裕以及何无忌等人上表坚决请求辞官，皇帝没有准许。庚子日，任命琅邪王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，加封镇军将军刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。甲辰日，下诏说：“近来国家历经祸难，人口财物凋敝，日常宫廷供奉还照旧不变，这哪里符合体恤百姓、如同禹汤归罪于己的训诫！可以酌情裁减节省。”
夏季四月，刘裕回到京口镇守。戊辰日，皇帝在东堂为他饯行。五月癸未日，禁止使用绢扇以及摴蒲博戏。游击将军、章武王司马秀，益州刺史司马轨之谋反，被处死。桓玄旧部桓亮、苻宏、刁预进犯湘州，守将将他们击退。秋季八月甲子日，封临川王的儿子司马修之为会稽王。冬季十一月，乞伏乾归攻打仇池，仇池公杨盛大败乞伏乾归。这一年，凉武昭王李玄盛派遣使者上表向晋朝称藩臣服。
义熙二年春季正月，益州刺史司马荣期在白帝攻打谯纵部将谯子明，击败对方。夏季五月，封高密王的儿子司马法莲为高阳王。秋季七月，梁州刺史杨孜敬获罪，被处死。冬季十月，论定匡复国家的功劳，封车骑将军刘裕为豫章郡公，抚军将军刘毅为南平郡公，右将军何无忌为安成郡公，其余人封赏各有等级。乙亥日，任命左将军孔安国为尚书左仆射。十二月，盗贼杀害零陵太守阮野。
义熙三年春季二月己酉日，车骑将军刘裕入朝朝见皇帝。诛杀东阳太守殷仲文、南蛮校尉殷叔文、晋陵太守殷道叔、永嘉太守骆球。己丑日，大赦天下，解除禁酒的禁令。夏季五月，发生大水灾。六月，姚兴部将赫连勃勃在朔方僭越称天王，定国号为夏。秋季七月戊戌初一，发生日食。汝南王司马遵之获罪，被处死。八月，派遣冠军将军刘敬宣持符节监督征讨蜀地各项军事。冬季十一月，赫连勃勃大败秃发傉檀，秃发傉檀逃奔南山。这一年，高云、冯跋杀死慕容熙，高云僭越登上帝位。
义熙四年春季正月甲辰日，任命琅邪王司马德文兼任司徒，车骑将军刘裕为扬州刺史、录尚书事。庚申日，侍中、太保、武陵王司马遵去世。夏季四月，散骑常侍、尚书左仆射孔安国去世。甲午日，加封吏部尚书孟昶为尚书左仆射。冬季十一月辛卯日，打雷。梁州刺史杨思平获罪，被处死。癸丑日，大风把树木连根拔起。这个月，秃发傉檀僭越登上凉王位。十二月，陈留王曹灵诞去世。
义熙五年春季正月辛卯日，大赦天下。庚戌日，任命抚军将军刘毅为卫将军、开府仪同三司，加封辅国将军何无忌为镇南将军。庚戌日，寻阳发生地震。二月，慕容超部将慕容兴宗进犯宿豫，阳平太守刘千载、南阳太守赵元都被贼军俘获。三月己亥日，降下大雪，平地积雪数尺。车骑将军刘裕率军讨伐慕容超。夏季六月丙寅日，太庙发生雷击。刘裕在临朐大败慕容超。秋季七月，姚兴部将乞伏乾归在苑川僭越称西秦王。九月戊辰日，离班弑杀高云，高云的部将冯跋攻打离班，将其杀死。冯跋僭越登上王位，国号仍然叫燕。冬季十月，北魏清河王拓跋绍弑杀国主拓跋珪。
义熙六年春季正月丁亥日，刘裕攻打慕容超，攻克城池，齐地全部平定。这个月，广州刺史卢循反叛，进犯江州。三月，秃发傉檀和沮渠蒙逊在穷泉交战，秃发傉檀大败。壬申日，镇南将军、江州刺史何无忌和卢循在豫章交战，朝廷军队大败，何无忌战死。夏季四月，青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜领兵入京护卫京师。五月丙子日，大风，树木被拔起。戊子日，卫将军刘毅和卢循在桑落洲交战，朝廷军队战败。尚书左仆射孟昶心中恐惧，自杀身亡。己未日，大赦天下。乙丑日，卢循抵达淮口，京城内外戒严。大司马、琅邪王司马德文都督宫城各项军事，驻守中皇堂；太尉刘裕驻守石头城；梁王司马珍之屯守南掖门；冠军将军刘敬宣屯守北郊；辅国将军孟怀玉屯守长江南岸；建武将军王仲德屯守越城；广武将军刘怀默屯守建阳门；在淮口修筑柤浦、药园、廷尉三处营垒抵御叛军。丙寅日，太庙屋顶的鸱尾遭雷击。秋季七月庚申日，卢循逃走。甲子日，派遣辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史蒯恩等人率军追击。这个月，卢循进犯荆州，荆州刺史刘道规、雍州刺史鲁宗之等人击败卢循。又在华容打败徐道覆，贼军又逃回寻阳。八月，姚兴部将桓谦进犯江陵，刘道规将其击败。冬季十一月，蜀地叛贼谯纵攻陷巴东，守将温祚、时延祖战死。十二月壬辰日，刘裕在豫章击败卢循。
义熙七年春季二月壬午日，右将军刘藩在始兴斩杀徐道覆，把首级传送到京城。夏季四月，卢循逃向交州，交州刺史杜慧度斩杀卢循。秋季七月丁卯日，任命荆州刺史刘道规为征西大将军、开府仪同三司。冬季十月，沮渠蒙逊讨伐凉国，凉武昭王李玄盛出兵交战，打败沮渠蒙逊。
义熙八年春季二月丙子日，任命吴兴太守孔靖为尚书右仆射。三月甲寅日，山阴地面下陷四尺，发出雷鸣一般的声响。夏季五月，乞伏公府弑杀乞伏乾归，乞伏乾归的儿子乞伏炽盘诛杀乞伏公府，僭越继承伪王位。六月，任命平北将军鲁宗之为镇北将军。秋季七月甲午日，武陵王司马季度去世。庚子日，征西大将军刘道规去世。八月，皇后王氏驾崩。辛亥日，高密王司马纯之去世。九月癸酉日，将僖皇后安葬在休平陵。己卯日，太尉刘裕杀害右将军、兖州刺史刘藩、尚书左仆射谢混。庚辰日，刘裕假传皇帝诏书说：“刘毅心怀祸心，在南方图谋叛乱；刘藩、谢混协助作乱，肆意施展奸恶。仰赖辅政大臣明察，抓住时机挫败凶徒，叛党已经诛杀，国家得以安定。好生是帝王的根本德行，宽赦罪囚广施仁惠，依靠的是上天恩泽。何况这次祸乱起于首恶元凶。大赦天下，唯独刘毅不在赦免之列。文武官员普遍晋升一级。凡是孝顺忠义、被埋没隐逸的人才，务必让他们得到举荐任用。”己丑日，刘裕率军讨伐刘毅。刘裕的参军王镇恶攻破江陵城，刘毅自杀。冬季十一月，沮渠蒙逊僭越号称河西王。十二月，任命西陵太守朱龄石为建威将军、益州刺史，率军讨伐蜀地。分出荆州十个郡设置湘州。这一年，庐陵、南康一共发生四次地震。
义熙九年春季三月丙寅日，刘裕杀害前将军诸葛长民以及他的弟弟辅国大将军诸葛黎民、堂弟宁朔将军诸葛秀之。戊寅日，加封刘裕为镇西将军、豫州刺史。林邑国范胡达进犯九真郡，交州刺史杜慧度将他斩杀。夏季四月壬戌日，废除临沂、湖熟两处皇后脂泽田四十顷，把田地赏赐给贫苦百姓，开放湖池，准许百姓捕捞。封镇北将军鲁宗之为南阳郡公。秋季七月，朱龄石攻克成都，斩杀谯纵，益州平定。九月，封刘裕的次子刘义真为桂阳公。冬季十二月，安平王司马球之去世。这一年，高句丽、倭国以及西南夷铜头大师都前来进献贡品。
义熙十年春季三月戊寅日，发生地震。夏季六月，乞伏炽盘率军攻打秃发傉檀，灭掉秃发傉檀的政权。秋季七月，淮北刮起大风，毁坏房屋。九月丁巳初一，发生日食。林邑国派遣使者前来进献贡品。这一年，修建城东府。
义熙十一年春季正月，荆州刺史司马休之、雍州刺史鲁宗之都起兵，对刘裕怀有二心，刘裕率军讨伐二人。庚午日，大赦天下。丁丑日，任命吏部尚书谢裕为尚书左仆射。二月丁未日，姚兴去世，他的儿子姚泓继承伪王位。三月辛巳日，淮陵王司马蕴去世。壬午日，刘裕和司马休之在江津交战，司马休之战败，逃奔襄阳。夏季四月乙卯日，青、冀二州刺史刘敬宣被他的参军司马道赐杀害。五月甲申日，彗星两次出现。甲午日，司马休之、鲁宗之出逃投奔姚泓。论平定蜀地的功劳，封刘裕的儿子刘义隆为彭城公，朱龄石为丰城公。己酉日，霍山山体崩塌，出土六枚铜钟。秋季七月丙戌日，京城发生大水灾，毁坏太庙。辛亥月末，发生日食。八月丁未日，尚书左仆射谢裕去世，任命尚书右仆射刘穆之为尚书左仆射。九月己亥日，大赦天下。
义熙十二年春季正月，姚泓派遣部将鲁轨进犯襄阳，雍州刺史赵伦之击退鲁轨。二月，加封刘裕为中外大都督。夏季六月，赫连勃勃攻打姚泓的秦州，攻陷秦州。己酉日，刚被任命的尚书令、都乡亭侯刘柳去世。秋季八月，刘裕和琅邪王司马德文率军讨伐姚泓。丙午日，大赦天下。冬季十月丙寅日，姚泓部将姚光献出洛阳投降。己丑日，派遣兼司空、高密王司马恢之前去修缮拜谒五座先帝陵墓。
义熙十三年春季正月甲戌初一，发生日食。二月，凉武昭王李玄盛去世，世子李士业继位，担任凉州牧、凉公。三月，龙骧将军王镇恶在潼关大败姚泓部将姚绍。夏季，刘裕在河曲击败北魏将领鹅青，斩杀鹅青的副将阿薄干。这个月，凉公李士业在鲜支涧大败沮渠蒙逊。五月，刘裕攻克潼关。丁亥日，会稽王司马修之去世。六月癸亥日，林邑进献驯象、白鹦鹉。秋季七月，刘裕攻克长安，俘获姚泓，收缴传国礼器，送回京城。南海叛贼徐道期攻陷广州，始兴相刘谦之讨伐平定叛乱。冬季十一月辛未日，尚书左仆射、前将军刘穆之去世。
义熙十四年春季正月辛巳日，大赦天下。青州刺史沈田子在长安杀害龙骧将军王镇恶。夏季六月，刘裕担任相国，晋封为宋公。冬季十月，任命凉公李士业为镇西将军，封为酒泉公。十一月，赫连勃勃在青泥以北大败晋军。雍州刺史朱龄石焚毁长安宫殿，逃往潼关。不久军队大规模溃败，朱龄石战死。十二月戊寅日，安帝在东堂驾崩，时年三十七岁。安葬在休平陵。
安帝智力低下，从小到大，不会说话，就连寒暑的变化，也分辨不清。所有举止行动，都不能由自己做主。所以桓玄篡夺帝位的时候，他因此得以保全性命。当初有谶语说：“昌明之后有二帝。”刘裕打算要禅代晋朝，就暗中指使王韶之把安帝勒死，拥立恭帝，用来应验“二帝”的谶语。
恭帝名叫司马德文，字德文，是安帝的同母弟弟。起初封为琅邪王，历任中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司，加授侍中，兼任司徒、录尚书六条事。元兴初年，升任车骑大将军。桓玄执掌朝政之后，恭帝晋升为太宰，赐予衮龙冠冕礼服，绿色绶带。桓玄篡夺皇位，把恭帝降为石阳县公，和安帝一同居住在寻阳。等到桓玄战败，跟随安帝来到江陵。桓玄死后，桓振突然杀到，跃马挥舞戈矛，一直冲到台阶之下，瞪着眼睛对安帝说：“我们桓家有什么对不起国家的，却遭到这样的屠戮！”恭帝走下坐榻对桓振说：“这哪里是我们兄弟的本意啊！”桓振才下马行拜礼。桓振被平定之后，恭帝重新做琅邪王，又兼任徐州刺史，不久被授为大司马，兼任司徒，赐予特殊礼遇。
义熙二年，设置左右长史、司马、从事中郎共四人，赐予羽葆鼓吹的仪仗。义熙十二年，安帝下诏说：“大司马德行敦厚，是皇室至亲；太尉功勋宏大光耀。二人共同理顺人伦，调和阴阳之气，才俊之士都翘首盼望，想要辅佐朝廷。可是他们崇尚谦抑淡泊，府署不征召人才，固然合乎大雅谦虚的道义，却违背急需贤才辅佐世事的要务。从前用蒲轮安车征召贤士，奇才纷纷出世；东平王开设府署，英杰前来归附，人才济济的盛况，我十分向往。可以下令大司马、太尉二府，依照旧例征召掾属官吏，一定能够选拔贤才，追随前代贤人的风范。”恭帝这才开始征召僚属。当时太尉刘裕都督中外所有军队，皇帝下诏说：“大司马地位崇高责任重大，是皇室至亲贤臣。虽然府署受刘裕调度，但是恭帝本人不必向刘裕行致敬之礼。”
刘裕北上征伐的时候，恭帝上奏疏，请求率领自己的属官随军出征，前去拜谒先帝山陵。朝廷准许，恭帝就和刘裕一同出发。主管官员认为身在军中，不能拜辞祖庙，恭帝又上奏疏说：“我领兵出征在外，将要历经寒暑，不能到陵墓宗庙表达心意，内心的遗憾无穷无尽。恳请陛下开恩，特地准许，让我能够稍稍表达赤诚之心，踏上征途没有遗憾。”朝廷准许了他的请求。灭掉姚泓之后，恭帝回到京城。
义熙十四年十二月戊寅日，安帝驾崩。刘裕伪造安帝遗诏说：“我大晋承受天命，功业覆盖天下。我德行浅薄，遭遇重重祸难，有幸依靠辅宰大臣，挽救倾覆的国运。又蒙受上天保佑，铲除祸乱，才得以登上帝位，平定四海。正要依靠贤臣，革新宏大基业，却重病垂危，将要离世。仰望祖宗天命，要托付给亲贤之人。大司马琅邪王，出身先帝，德行光明厚重，应当继承储君之位，万众归心。命他登临晋朝帝位，承奉宗庙祭祀，秉持中正，调和天下。传布最后的诏命，不要废弃我高祖的伟业。”当天，恭帝登上皇位，大赦天下。
元熙元年春季正月壬辰初一，改换年号。因为安帝的陵墓还没有安葬，不举行朝会大典。册立褚氏为皇后。甲午日，征召刘裕回朝。戊戌日，有彗星出现在太微垣西侧藩星。庚申日，把安皇帝安葬在休平陵。恭帝接受朝见，心中愁苦，并不喜乐。任命骠骑将军刘道怜为司空。秋季八月，刘裕迁移镇守寿阳。任命刘怀慎为前将军、北徐州刺史，镇守彭城。九月，刘裕自己解除扬州刺史的职务。冬季十月乙酉日，刘裕任命他的儿子桂阳公刘义真为扬州刺史。十一月丁亥初一，发生日食。十二月辛卯日，给刘裕加授特殊的礼遇。己卯日，太史上奏，东方四次出现黑龙。
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