乾隆十八年秋天，阳武十三堡决口。九月，铜山张家马路决口，冲垮内堤、缕越堤二百多丈，洪水向南流入灵璧、虹县各县，汇入洪泽湖，夺淮河水道向下奔流。命尹继善督理南河，派遣尚书舒赫德会同白锺山疾驰前往协助办理。同知李焞、守备张宾侵吞公款，延误工期，被学习河务的布政使富勒赫弹劾，经查属实，依法处置。高斌以及协理河务的张师载因为失察获罪，被绑赴刑场观看行刑。当年冬天，决口堵合。
铜山刚刚决口的时候，朝廷交付大臣集议。吏部尚书孙嘉淦独自主张开挖减河，引黄河水流入大清河，大略上奏说：“顺治、康熙以来，黄河在北岸决口的占十分之九。北岸决口，一半冲毁运河，另一半不冲毁运河。所有溃决后的水道，最终都是经由大清河入海。大清河东南侧都是泰山的基岩，河道自古以来没有毁坏，也不会改道。从前黄河南北分流时，大清河已经承受一半黄河水；等到张秋溃决，甚至容纳全部黄河来水，从没听说冲毁城池、淹没百姓的事情，足以证明这条河道有利无害。如今铜山决口难以堵合，两江二三十州县的积水不能排干，所以我提议开挖减河。上游水势被分减，下游水患减轻，决口容易封堵，积水可以早日消退。但黄河水流湍急，如果开挖减河导致主流全部改道，不能不防备，所以主张分减河水入大清河。现在拟开挖的几处减河，距离大清河都不远。大清河流经的只有东阿、济阳、滨州、利津四五个州县，就算发生漫溢，也只是局部灾荒。承受四五个州县局部水灾，就可以消除两江二三十州县的积水，缓解淮、扬两府的危急，其中利害轻重，不用聪明人也能明白。减河开通之后，经过两三个州县境内，如果发生漫溢，修筑土埂抵御；一旦河水进入大清河，河身深阔，两岸需要封堵的地段很少，全部花费不过一二十万两白银。而省下下游堵决口的工程费、赈灾钱粮，至少一二百万两，得失多少也很清楚。没有比这个办法更好的了。”皇上顾虑地形条件存在阻碍，没有采纳。
铜山决口堵合之后，月堤内积水还有七八尺到一丈八九尺深。皇上命在引河兜水坝南侧再开挖引河分减水势，保护新修工程不受冲击。乾隆二十一年，孙家集决口，随即堵合。第二年二月，皇上南巡到天妃闸，视察木龙工程。当时白锺山调任南河总督，会同东河总督张师载上奏：“徐州南北两岸河道非常狭窄，一旦遇到特大洪水，时常溃决。请求挑挖淤积浅滩，增筑堤防，并且封堵北岸支河，做南北分泄洪水的筹划。”奏请得到批准。乾隆二十三年，命安徽巡抚高晋协助办理南河事务。秋季七月，窦家寨新筑土坝决口，洪水直扑毛城铺，冲开金门土坝。高晋上奏：“土坝修得过高，阻挡水势，才造成壅水溃决，不必重新修筑。”皇上没有同意，并且下令开挖蒋家营、傅家洼引河，依旧把洪水导入黄河。乾隆二十六年七月，沁河、黄河同时暴涨，武陟、荥泽、阳武、祥符、兰阳十五处同时决口。中牟杨桥决口宽数百丈，主流直奔贾鲁河。皇上派遣大学士刘统勋、公兆惠疾驰勘察。河南巡抚常钧请求先修筑南岸堤防。皇上认为黄河已经夺流，应当紧急封堵杨桥决口，批评常钧的主张大错，把他调任江西巡抚，任命胡宝瑔为河南巡抚，并且令高晋赶赴河南协助治理。十一月决口堵合，皇上闻讯十分欣喜，下令在工地修建河神庙。
乾隆三十年，皇上南巡，祭祀河神，视察清口东坝、木龙、惠济闸。乾隆三十一年，铜沛厅韩家堂决口，很快堵合。乾隆三十三年，河南巡抚阿思哈请求把河南河工节省的银两用来加高堤岸。河道总督吴嗣爵上奏：“河南省河面宽阔，水流来去不定，险情时而出现时而平复。如果把修筑土埽固定为定额，恐怕各河工官员当成每年固定开支，反而开启虚报工程、冒领经费的弊端。”这项提议于是搁置。第二年，吴嗣爵上奏：“铜瓦厢一带水流上逼，杨桥大工程从第四埽到第二十一埽都直面主流冲刷。请求在桃汛到来之前拆修，分层加镶土料柴草，把埽体压筑牢固。两岸大堤外很多支河积存积水，汛期到来，水流冲向堤身，应当多修土坝拦截。”皇上全部批准他的奏请。乾隆三十七年，东河总督姚立德上奏：“从前修筑土坝保护堤根，连年平安无灾，已经见到成效。请求等到冬春农闲，培筑土坝，密集栽种柳树。几年之后沟槽淤平，可以永久稳固堤根。”皇上下诏嘉奖。乾隆三十八年五月，黄河在朝邑漫溢，水位涨至二丈五尺，很多民房被漂没。乾隆三十九年八月，南河老坝口决口，主流经由山子湖向下流入马家荡、射阳湖入海，板闸、淮安都被淹没，不久堵合。乾隆四十一年，吴嗣爵上奏，黄水倒灌洪泽湖、运河，在清口开挖引河恐怕于事无补。恰逢他调任京城，萨载代理南河总督。皇上命他会同江南总督高晋勘察商议。高晋等人上奏：“我高晋在河工二十多年，多次经历黄河倒灌。只有挑挖清口连通洪泽湖的引河，让清水顺畅下泄，与黄河合流东下，合力冲刷泥沙，黄河不用专门疏浚自然加深，海口不用专门疏通自然通畅。补救弊端，只有这一个办法。”又上奏：“清口西侧修建的木龙，原本希望挑引水流向北，冲刷陶庄淤积的沙土，让黄河不逼近清口。但很难一次性全部冲净，应当在陶庄淤积沙土北侧开挖引河，让黄河河道远离清口，流到周家庄与清水汇合东下。不仅可以杜绝倒灌，淤积泥沙也可以逐步冲刷，圩堤堰坝也能稳固，正所谓治理淮河就是治理黄河。”第二年二月，引河完工。皇上为这项巨大工程告成感到高兴，认为一劳永逸，可以废除数百年依靠清水抵御黄水的旧说法，下令在新口石坝修建河神庙，亲自撰文记述这件事。
乾隆四十三年，祥符决口，十天之内堵合。闰六月，仪封十六堡决口，决口宽七十多丈，位置在各决口上游，水流湍急，经由睢州、宁陵、永城直达亳州涡河，汇入淮河。皇上命高晋率领熟悉河务的文武官员赶赴河南协助堵筑，调拨两淮盐课白银五十万两、江西漕粮三十万石赈济灾民，并派遣尚书袁守侗勘察办理。八月，上游连续涨水，决口继续坍塌二百二十多丈，十六堡刚刚堵合又再次溃决。十二月再次堵合。没过几天，时和驿东西坝相继塌陷。派遣大学士公阿桂疾驰勘察。第二年四月，北坝又塌陷二十多丈。皇上认为仪封工程十分紧要，想起古代投玉璧祭祀河神的典故，特地颁赐白璧与祭文，命阿桂等人到工地举行祭祀。乾隆四十五年二月，决口堵合。这项工程历时两年，耗费国库五百多万两白银，前后五次堵筑才合龙。皇上下令在陶庄河神庙立碑记载这件事。六月，睢宁郭家渡决口，又在考城、曹县决口，不久全部堵合。十一月，张家油房决口堵合之后再次溃开。
乾隆四十六年五月，睢宁魏家庄决口，主流注入洪泽湖。七月，仪封多处漫口，北岸全部洪水涌向青龙冈。十二月，将要合龙的坝体再次塌陷，全部主流从漫口下泄。乾隆四十七年，两次封堵，全都再次塌陷。阿桂等人请求在兰阳三堡大坝之外增筑南堤，开挖引河一百七十多里，导引洪水向下，从商丘七堡穿出堤岸归入黄河主河道，引全部水流回归旧道，曲家楼漫口自然可以封堵。皇上采纳这个方案。第二年二月，引河完工，三月决口堵合。乾隆四十九年八月，睢州二堡决口，依旧派遣阿桂前往工地督办，十一月堵合。
先前皇上考虑河南河工连年漫溢，堤防之外没有泄洪通道，打算顺应地势修建减水坝，大汛期可以分泄洪水，下发阿桂以及河道、巡抚大臣勘察商议。到这时，阿桂等人上奏：“河南堤防，荥泽、郑州土质高硬，靠近广武山，不需要修建减水坝。中牟往下，沙土混杂，有的地段全是流沙，修建减水坝不能保证坚固。至于堤南泄水河道，只有贾鲁河是泄洪要道，流经郑州、中牟、祥符、尉氏、扶沟、西华，到周家口汇入沙河。惠济河是贾鲁河的支流。两条河道狭窄淤垫，如果要用来分减黄河洪水，必须大规模疏浚，耗费巨大，短时间内难以完成。只有兰阳、仪封、高家寨一带河道弯曲，如果挑挖裁弯取直，引导水流向北，河道就能通畅。”皇上赞同这个意见。乾隆五十一年秋天，桃源司家庄、烟墩决口，十月堵合。第二年夏天，睢州再次决口，十月堵合。十二月，山西境内黄河水清二十天，从永宁往下绵延一千三百里。乾隆五十四年夏天，睢宁周家楼决口，十月堵合。乾隆五十九年，丰北曲家庄决口，不久堵合。
嘉庆元年六月，丰汛六堡决口，洪水冲开运河余家庄堤岸，河水从丰县、沛县向北流入山东金乡、鱼台，漫入昭阳湖、微山湖各湖，穿入运河，漫溢运河两岸。江苏山阳、清河多地遭受水灾。南河总督兰锡第导引洪水流入蔺家山坝，引河经由荆山桥分流到宿迁各湖；又开启宿迁十家河竹络坝、桃源顾家庄堤，泄洪重新归入黄河向下流；同时在漫口西南挑挖旧河道，引导主流向东归入主河，绘制地图上报。皇上下令裁弯取直，向南再向东拓宽开挖，让水流直接冲入主河，效果会更好。命两江总督苏凌阿、山东布政使康基田会同勘察筹办。十一月，凌汛到来，坝身再次塌陷二十多丈。当时苏凌阿在江西查办公务，改派东河总督李奉翰赶赴工地协同办理。第二年二月，决口堵合，加封李奉翰太子太保，调任两江总督，兼管南河事务。同年七月，黄河在曹汛二十五堡漫溢。
嘉庆三年春天，坝工再次塌陷，李奉翰自我弹劾。皇上派遣大学士刘墉、尚书庆桂实地勘察，并责问李奉翰等人办事拖沓。刘墉等人上奏，漫口已经冲刷成深塘，转眼就要到凌汛，请求推迟到秋后动工。八月，睢州洪水漫溢，河水流入洪泽湖。上游水势已经分流，曹州工程于是在十月堵合。第二年正月，睢州工程也堵合。三月，任命河南布政使吴璥代理东河总督。吴璥上奏：“河南、山东两岸堤岸高度已经增加，但河道淤积依旧。弊病在于丰县、曹县、睢宁多次漫溢，即便堵合之后河水暂时归道安流，引河却不能宽阔通畅；而且徐州河段狭窄，旁泄水量过多，形成河道梗阻。清除淤积的办法，只有束水攻沙，依靠堤防约束水流。听说江南河臣康基田培筑堤防十分认真，应当令他酌情查看堤埽状况，守护闸坝，合理宣泄洪水，河道自然会一天天加深通畅。”皇上命他与康基田商议办理。八月，砀汛邵家坝决口。十二月，已经堵合的堤段再次渗漏，存放工程物料的船只失火，物料几乎烧尽。康基田被革职留任工地效力，调吴璥督理南河，任命河南布政使王秉韬为东河总督，调东河工程物料迅速运往南河。
嘉庆五年冬天，邵家坝堵合。嘉庆六年九月，萧南唐家湾洪水漫溢，十一月堵合。嘉庆八年九月，封丘衡家楼决口，主流奔涌向东北，经由范县抵达张秋，穿过运河向东流入盐河，经利津入海。直隶长垣、东平、开州全都受灾。皇上命布政使瞻住抚恤灾民，又派遣鸿胪卿通恩等人办理赈济，兵部侍郎那彦宝赶赴工地，会同东河总督嵇承志堵筑。第二年二月，决口堵合。
嘉庆十年闰六月，两江总督铁保上奏：“河防的弊病，有人认为海口不畅，有人认为洪泽湖淤积，有人认为河床抬高。这三种说法都不必深究。应当集中力量治理清口，大规模整修各闸坝，借助湖水冲刷泥沙，黄河就能得到治理；湖水有通道汇入黄河，不会壅塞，洪泽湖也能治理。湖水能够入黄，不必担心阻滞，湖患自然平息。”皇上称赞他的奏疏清晰简要。“至于说清水抵御黄水，关键在水位高低，不在于深浅，这个说法固然正确；但湖水不深，怎么能大量蓄水？必须蓄足深水，才有力量抵御黄水。等到大汛过后，会同南河总督徐端，迅速整修高家堰五坝以及各闸坝、支河，酌情施工。”当时有人提议打开王营减坝，改黄河经由六塘河入海。铁保会同南河总督戴均元上奏：“新河道堤防长达四百里，中段洪水漫溢范围广阔，很难施工，需要两三年时间，大约耗费三四百万两白银。封堵减坝，只需要两三个月，花费仅二百多万两。而且旧河有原有河道可以寻找，施工相对容易。”皇上采纳这个建议。嘉庆十一年四月，兵部侍郎吴璥再次担任东河总督。六月，重新设置南副总河，将徐端降职担任此职。七月，宿迁周家楼决口。八月，郭家房决口，先后堵合。
嘉庆十二年六月，山安马港口、张家庄漫溢，洪水分流由灌口入海，很快堵合。七月，云梯关外陈家浦决口，大半洪水经由五辛港流入射阳湖入海。嘉庆十三年二月，陈家浦决口堵合。铁保等人请求修复毛城铺石坝、王营减坝，培修两岸大堤，接续修筑云梯关外长堤，并且加高培厚高家堰、山盱堤后土坡。皇上派遣大学士长麟等人疾驰勘察。太仆寺卿莫瞻菉上奏：“黄河进入江南，全靠淮河来抵御黄水。淮河汇集七十二条河水汇入洪泽湖，依靠高家堰、山盱石堤五座大坝约束，让清水从清口流出汇入黄河入海，这就是束水攻沙的办法。现在治理南河，应当先治理清口，守住五坝。五坝不轻易开闸泄洪，湖水就可以全力冲刷黄河泥沙；黄河不倒灌，运河自然通畅。如今河臣请求接续修筑云梯关外二百多里长堤，那么河道转弯裁直的地方，必须增筑埽体防护。既然设置修防，就要增设厅署、营汛，增派官兵。只会徒增巨额耗费，未必能收到束水冲沙的成效。至于修复毛城滚水坝、疏浚洪河、睢河，用来分泄黄河特大洪水，保护徐州城尚可；如果指望它辅助清水、保障漕运则不行。自从黄水灌入洪泽湖淤积，水势奔涌，高家堰、山盱五坝都很难防守，又怎么能让清水顺畅从清口流出？所以加高培厚五坝，让湖水顺畅下泄，全力抵御黄水，顺流直下，就能冲刷河身，送入大海。”御史徐亮上奏：“铁保等人条陈的各项修防事务，其中原来提议修建高家堰碎石坦坡，用来蓄清刷黄，专心固守高家堰，确实抓住治理全河的关键，以柔克刚，这个办法最好。风浪冲击，碰到缓坡就会平息。如果整个堰体都有碎石坦坡保护，那么五坝就可以永久关闭不开启，清水全力冲刷黄河，淮扬地区可以长久免除水患，这是长久大计，也是眼前最紧急的要务。海口是河道的尾闾，清口是咽喉，高家堰则是心腹。要害之处，应当优先着力。”吴璥也持相同看法。长麟等人回奏：“毛城铺坝容易冲决，不必修复。王营减坝积水太深，难以施工。请求在它西侧改建滚坝，并增筑石坝。碎石坦坡工程绵长，很难短时间完工，先修筑土坡。其余项目按照铁保的提议办理。”戴均元因病免职，徐端再次担任南河总督。
当初陈家浦漫溢，洪水经由射阳湖旁道入海。铁保等人认为开挖新河费用太高，洪水直接走射阳湖入海，相比主河道更近，于是产生改黄河河道的提议。到这时，皇上命吴璥等人实地勘察。吴璥等人上奏：“明代以及康熙年间所有黄河从灌河入海的旧路，前车之鉴都在。现在北潮河汇集马港口、张家庄漫溢的积水，淤积堵塞清晰可见。泄水通道不畅，又不能冲刷出新河槽，除此之外没有别的地方另辟海口。依旧请求修复旧河道，接续修筑云梯关外大堤，约束河水向东入海。”皇上采纳他的意见。同年六月，堂子对岸千根棋杆以及荷花塘决口，冲垮临湖砖堤一百多丈。堂子对岸、千根棋杆很快堵合，荷花塘堵合之后再次塌陷。徐端再次降为副总河，任命吴璥总管南河。第二年正月，荷花塘决口才堵合。这年冬天，修筑高家堰碎石坦坡。嘉庆十五年八月，徐端再次出任南河总督，裁撤副总河。十一月，大风激起大浪，冲垮山盱下属仁、义、智三坝砖石堤三千多丈，高家堰所属砖石堤一千七百多丈。徐端开启高邮车逻大坝以及下游归江各闸坝，并且先封堵仁坝、智坝来泄散水势。当时吴璥在家养病，皇上征询对策。吴璥上奏，义坝也应当一并封堵，高家堰石工务必在明年大汛之前完工。皇上赞许他的建议切中要害。不久，仁、义、智三坝以及马港全部堵合，黄河回归正道入海。
第二年四月，马港再次决口。五月，王营减坝塌陷。七月，邳北绵拐山、萧南李家楼决口。十二月，王营减坝堵合。嘉庆十七年二月，李家楼决口也堵合。嘉庆十八年九月，睢州、睢南薛家楼、桃北丁家庄决口，革除东河总督李亨特职务，由戴均元接替。第二年正月，戴均元调回京城，起用吴璥再次督理东河，主持睢州工程。嘉庆二十年二月，工程堵合。嘉庆二十三年六月，虞城洪水漫溢。嘉庆二十四年七月，仪封、兰阳漫溢，祥符、陈留、中牟再次漫溢。革去叶观潮职务，任命李鸿宾为东河总督。吴璥当时担任刑部尚书，一同前往会商筹划。不久，陈留、祥符、中牟决口全部堵合，但武陟缕堤溃决，叶观潮连续堵筑五道沟槽。随后马营坝决口，主流向东，穿过运河注入大清河，分两条水道入海。仪封缺口不久干涸。皇上下令把叶观潮戴枷在河堤示众。戴均元以大学士身份会同侍郎那彦宝实地勘察，那彦宝留下督办马营坝工程。很长一段时间坝基不能稳定，李鸿宾受到斥责，于是以不熟悉河务为由请求辞职。皇上发怒，罢免他的官职，叶观潮重新担任东河总督。嘉庆二十五年三月，马营口堵合，加封河神金龙四大王、黄大王、朱大王封号。同月仪封再次漫塌，革除叶观潮以及河南巡抚琦善官职。道光帝即位，依旧命吴璥、那彦宝赶赴工地协同办理，十二月决口堵合。
道光元年，礼部右侍郎吴烜上奏：“据御史王锦信函中所说，去年冬天回乡路过黄河，察看原武、阳武一带，堤岸高如山岭，堤内地面很低。过去堤岸比滩地高出大约一丈八尺，自从马营坝漫决，滩地淤积，堤岸只比滩地高出八九尺。如果不抓紧加高堤防，恐怕夏天大水上涨，洪水漫出堤岸。”皇上命河道总督张文浩会同河南巡抚姚祖同实地勘察。道光三年，两江总督孙玉庭、河道总督黎世序加高培厚南河两岸大堤，让堤顶高出洪水最高水位四五尺；除险要工段堤顶另行估算加宽之外，其余堤顶宽度以一丈五尺到二丈为标准。五月工程完工。道光四年十一月，大风，高家堰十三堡决口，山盱周桥息浪庵石堤毁坏一万一千多丈。革除张文浩官职，任命严烺督理南河，派遣尚书文孚、汪廷珍疾驰勘察。侍讲学士潘锡恩上奏：“蓄清敌黄，是相传已久的成法。大汛将要到来，就迅速封堵御黄坝，让黄河水全力东流。如今张文浩延迟封堵这座坝，导致黄河倒灌，酿成这么大的灾祸。况且打算分泄洪水，应当在下游。他却擅自开启祥符闸，引黄水入湖。下游坝口已经进水，上游闸口又灌入黄水，黄河水没有出路，洪泽湖湖底淤积抬高，祸患无穷。”不久文孚等人也持同样看法。张文浩被发配戍边，孙玉庭革职留任。十二月，十三堡、息浪庵决口全部堵合。
道光五年十月，东河总督张井上奏：“每到伏秋大汛期，河工官员都匆忙奔走，抢险不停。等到洪水退去，就认为暂时平安，不再谋划疏浚河身的办法，渐渐导致清水不能顺畅流出，河底越来越高。堤岸不断加高，城池百姓全都处在河床之下，只能依靠每年耗费银两，把黄河维持在高处。”皇上称赞他的话切中时弊。当初琦善等人提议改移海口以分减黄水，抛石护坡蓄积清水。到这时，张井上奏，灌河海口多次改道多次溃决，不能轻易改动；碎石坦坡，也有人提出弊端，不可不长远筹划。当月，增修河南十三厅、山东漕河、粮河二厅各处堤堰坝戧工程，全部采纳张井的请求。
道光六年春天，黄河再次涨水，皇上命张井会同琦善、严烺一同勘察海口。琦善、严烺知道海口不能迁移，于是分条上奏五项办法，都只是临时补救措施。张井上奏：“实地勘察下游，黄河的病根在于河床淤积抬高，浅滩阻塞难以疏浚，海口不能迁移。请求从安东东门工下段北岸另筑新堤，将旧北堤改为南堤，两堤相距八里到十里，中间挑挖引河，引导黄河沿着旧河北侧流到丝网滨入海。河水比堤内滩地高出一丈五六尺，如果引河深挖一丈，水位落差将近三丈，地势条件有利。从东门工到御黄坝六十里，泄水通道通畅，上游水位可以下降四五尺。黄河水位下降，御黄坝就可以开启，启用束清坝，放出清水冲刷黄河，底部淤积泥沙被冲刷干净，黄河水位可以降到一丈多。湖水蓄到七八尺，居高临下，石堤工程也容易守护。”皇上赞许这个方案。于是严烺因为高家堰、山盱新工程出现滑脱，降为三品官调去代理东河总督，任命张井督理南河，淮扬道潘锡恩作为副手，筹划这项工程。而琦善认为改道不是上策，请求开启王家营减坝，深挖主河道，放清水冲刷河道，之后再封堵减坝，引导黄河重回旧道。皇上已经批准施行，给事中杨煊上奏：“嘉庆年间王家营减坝开启，上下游州县全都受灾。如果只是分减黄水而不夺取主溜，何必预先筹划抚恤？现在上奏开启减坝，预先考虑赈灾、堵口事宜，和当年情形一样。下游壅塞，上游溃决，不能不防备。”奏议下发两江总督、河道总督会商。张井最初提出安东改河方案时，反对者认为东门埽体外原有抛置的碎石，正处在河道咽喉，恐怕阻碍水流。张井说有碎石的地方可以拆除一千多方旧碎石，只要上下游水道贯通，绝不会阻碍整条河道。但议论的人始终心存疑虑。等到张井看到杨煊的奏章，再次上奏：“嘉庆年间开启减坝泄洪之后，第二年黄河依旧倒灌。如今河底淤高一丈四五尺，哪里像当年河道深通。加上洪泽湖石工隐患很多，今年二月存水一丈二尺八寸，刮风就出现多处滑脱。秋后湖水最多蓄到三丈，冬季水位只降不升。明年漕船通行，必须黄河水位降到二丈八九尺，清水才能高出黄河一尺。一旦黄河水位抬高，就会发生倒灌。御黄坝外河底抬高，淤积运河、洪泽湖，危害巨大。并且海州积水没有消退，盐河遥堤地势高，排水不畅。开启减坝之后河床会抬高，只会加重四县水灾，对全河水患没有补益。请求在减坝下游安东门工上山安厅李工遥堤之外修筑北堤，斜向东方，依旧和之前改河的堤工相连，延长七千多丈，挑挖河道到八套汇入主河。李工到八套旧堤长四万一千丈，裁弯取直修筑新堤，只需三万二千多丈，可以避开东门碎石的阻碍。黄河水位降低，清水抬高，漕运自然顺畅。总督认为开放减坝已经奏准，不能因为旁人一句话就更改方案，并且列出七条难处驳斥我的提议，我已经逐条回复辩驳。”奏疏送入宫中，皇上终究认为改河是开创性的大工程，采纳琦善的提议。
道光十一年七月，杨河厅十四堡、马棚湾决口，十二月堵合。道光十二年八月，祥符决口。九月，桃源奸民陈瑞趁着河水大涨，纠集众人私自挖开于家湾大堤，放淤肥田，导致决口扩大，夺走全部主流灌入洪泽湖。桃南通判田锐等人被革职发配戍边。当月祥符决口堵合。第二年正月，于家湾决口堵合。道光十五年，任命栗毓美为东河总督。当时原武汛串沟进水，宽三百多丈，水流绵延四十多里，到阳武汛沟尾重新汇入黄河，同时汇合沁河以及武陟、荥泽各处滩地来水，全部冲向堤下。这两处汛地原本没有工程，没有储备柴草物料，堤南北两面都是大水，无法取土筑堤。栗毓美尝试抛砖筑坝，在水流冲击的地方抛投砖块筑成坝体。六十多座坝刚刚完工，狂风暴雨到来，支河首尾多处溃决，但砖坝完好无损。多次试验都有效。于是上奏请求减少购买柴草石料的经费，用来购置砖料，令沿河百姓设立砖窑烧砖，一方石料的银两可以购买两方砖块。推行数年，节省国库白银一百三十多万两，而且工程更加坚固。恰逢有人不认可这个办法，提出异议。于是御史李莼请求停止烧砖。皇上派李莼跟随尚书敬徵实地勘察，最终认为水流湍急的河段砖坝不能依靠，停止烧砖。道光十九年，栗毓美再次上奏，砖坝工程可靠、节省经费，于是准许在北岸马营、荥原两堤，南岸祥符下汛、陈留汛，各购置五千方砖备用。
道光二十一年六月，祥符决口，主流完全改道，洪水包围省城开封。河道总督文冲请求仿照睢州漫口先例，暂缓堵筑。皇上派遣大学士王鼎、通政使慧成勘察商议。文冲又请求迁移省城治所，皇上命会同河南巡抚牛鉴勘察商议。当时黄河水流经由归德、陈州折入涡河，汇入淮河，流入洪泽湖。虽然拆宽御黄坝、束清坝，仍然不足以宣泄洪水，又开放礼、智、仁坝，义河闸也开启泄水。八月，牛鉴上奏，已经过白露，水势渐渐回落，城池没有危险，不宜轻易提议迁城。王鼎等人上奏：“河道水流随时变迁，自古以来没有万全之策，但绝没有决口不封堵、不尽快封堵的道理。按照文冲所说，等一两年之后再堵，还拿睢州工程作为例子。查黄水经过安徽汇入洪泽湖，如果宣泄不及，高家堰就危险，淮扬一带全变成汪洋大湖。况且新河道经过之处，还要修筑新堤，工程费用无法估算。就算侥幸完工，这一两年之内，几十个州县亿万百姓流离失所，怎么能设想。而且睢州漫口和这次情况不同。河臣的奏请绝对不能采纳。”奏疏呈上，罢免文冲职务，戴枷在河堤示众，由朱襄接替。
道光二十二年，祥符决口堵合，耗费国库白银六百多万两，加封王鼎太子太师。七月，桃源十五堡、萧家庄决口，水流穿过运河，经由六塘河下泄。不久，十五堡被泥沙淤积，萧家庄口被冲刷宽一百九十多丈，夺走全部主流，黄河主河道断流。河道总督麟庆打算改道，皇上派遣尚书敬徵、廖鸿荃实地勘察。敬徵等人上奏，改道会妨害漕运，只能汛期守护漫口，引导河水回归旧道，等第二年漕船回空之后，筑坝合龙。皇上采纳。十一月，任命吏部侍郎潘锡恩为南河总督。道光二十三年，御史雷以諴上奏，决口不必封堵，建议把旧河道改为支河，保障漕运。下发潘锡恩勘察商议。潘锡恩上奏，灌口不适合作为黄河河道，北岸没有改河的条件，不敢轻易改动，漕船依旧经由中河灌塘通行。皇上认可，另派侍郎成刚、顺天府尹李德会同勘察。六月，中牟决口，洪水流向朱仙镇，经过通许、扶沟、太康，汇入涡河入淮河。再次派遣敬徵等人赶赴勘察，任命锺祥为东河总督，廖鸿荃督办工程。不久由尚书麟魁替换敬徵。道光二十四年正月，大风，坝体晃动，随后东坝连续五段埽体坍塌，麟魁等人受到不同程度降职处分，依旧留在工地督办。七月，皇上因为连年军费、河工经费同时支出，国库紧张，打算推迟到第二年秋天动工。锺祥等人极力陈述不可拖延。十二月，决口堵合，耗费白银一千一百九十多万两。道光二十九年六月，吴城决口。十月，命侍郎福济实地勘察，会同堵合。
咸丰元年闰八月，丰北下汛三堡决口，全部主流改道，黄河主河道断流。当时侍郎瑞常在江南主持科举考试，命考完试顺路前往勘察，又命福建按察使查文经疾驰前往协同办理。咸丰三年正月，丰北三堡决口堵合，依从河道总督杨以增的请求，敕令修建河神庙。五月大雨，水位上涨水流湍急，丰北大坝再次塌陷三十多丈。皇上斥责杨以增以及承办官员加倍赔偿损失。
咸丰五年六月，兰阳铜瓦厢决口，黄河夺路，经由长垣、东明流到张秋，穿过运河注入大清河入海，黄河原来的南道主河断流。皇上考虑战乱未平，军饷不足，如果顺势引导，让黄河顺畅入海，兰阳决口就可以暂时不封堵。这件事下发河道总督李钧核查上奏。李钧不久上奏三件事：第一，顺河修筑民埝。东西一千多里修筑大堤，耗资巨大，不敢轻易提议。除了临近城池必须筑堤防护之外，其余地方打算根据洪水漫溢范围划定埝基，劝导百姓接续修筑，高度不超过三尺；水小时用来拦水，大水时任由漫过。洪水散开之后力量减弱，边漫边淤积，地面慢慢抬高，还能把沙地变成肥沃土地。第二，遇湾切滩。黄河水性喜好冲刷弯道，涨水时遇到弯道，水流猛烈横向冲决。在弯道对岸，劝导百姓切除滩嘴，拓宽河道，涨水时水流自然裁弯取直，向下通畅，还可以避免水流兜住滩地冲决堤防。第三，堵截支流。现在黄河洪水漫溢，既不能修筑坚固大堤约束水流，也不能开挖引河消减水势，应当趁着冬季水浅流缓，劝导百姓筑坝截断支流，再在下游沟槽横向修筑土埂，高出地面数尺。漫水再来，上游没有来水，下游没有出路，有望渐渐淤积成平地。山东巡抚崇恩也持相同意见。皇上令直隶、山东、河南各省督抚妥善劝导办理。
咸丰十一年，御史薛书堂上奏：“南河自从黄河改道，下游没有河工可修，请裁撤南河总督以及下属厅署官员。”交付大臣集议。侍郎沈兆霖上奏：“大禹疏导黄河，上古九河旧道都在山东，入海口在如今沧州。《禹贡》记载的黄河，本就是从东北入海。汉代王莽时期黄河改道从千乘入海，大禹旧道废弃。从东汉到隋唐，河道没有大变。宋神宗年间，黄河分南北两支并行，北支从北清河入海，也就是现在的大清河。元代至元年间，会通河修成，担心黄河北流妨碍漕运，于是堵塞北流。五六百年以来，黄河多次向北决口，官员总是强行把河水引向南流。有人认为黄河一旦进入运河，必然携带泥沙入海，运河也会淤积，顺着水性，北流更合适。乾隆朝，孙嘉淦上奏请求开挖减河引入大清河，奏章论述十分详尽，可以破除北流妨害漕运的疑虑。黄河流入大清河，由利津入海，正是如今黄河改走的这条道路。现在张秋以东，从鱼山到利津海口，百姓都修筑民堰。只有兰仪以北、张秋以南，黄河从决口冲出，夺占赵王河和旧引河，在平原泛滥，田地房舍长期被淹。张秋高家林旧堰残破严重，工程最为浩大。东明、长垣、菏泽、郓城的堤防修筑，相比张秋容易。应当趁现在顺应黄河水性，任由它由大清河入海，晓谕乡绅百姓尽力筹办；或者开挖减河，或者修筑堤堰，全都等水落之后动工。黄河安流，百姓安心耕种，流失的地丁赋税可以恢复，历年赈灾开支可以停止。就此裁撤南河总督及各厅官员，每年可节省国库数十万银两；归德、徐州、淮安一带几千里土地，都能变成沃土，逐步开垦纳税，一举多得。”下发直隶总督恒福、山东巡抚文煜、河南巡抚庆廉、东河总督黄赞汤勘察商议。六月，裁撤南河总督，以及淮扬、淮海、丰北、萧南、宿南、宿北、桃南、桃北各道厅，改设淮扬徐海兵备道，兼管河务。
同治二年，再次裁撤兰仪、仪睢、睢宁、商虞、曹考五个河务厅。六月，上南厅所辖各处发生河水漫溢，洪水从兰阳向下奔涌，直隶、山东境内那些先前已经干涸的村庄，再次被洪水淹没。菏泽、东明、濮州、范县、齐河、利津等州县，洪水都逼近到城墙之下。
代理河道总督谭廷襄上奏说：“黄河已经改道向北流淌，如今阻挡洪水只能依靠民间自行修筑的土埝，从来没有商议过疏导河水的办法。恐怕河道会渐渐淤积抬高，一旦入海口稍有堵塞不畅，后续治理就更加困难。经查，濮州、范县一带有旧时的金堤。臣以前担任山东巡抚的时候，曾经设法组织修筑，但没过多久就再次被洪水冲开缺口；上游与直隶开州相连的地段，也存在堤岸溃口。开州的堤岸不修整，就算濮州、范县修筑堤防，也没有用处。东、长一带的民埝，开州、濮州的金堤，必须想方设法筹集资金，督促百姓修筑，才能保护城池、百姓房舍与坟地。其余河段没有专门设置河务官员，关键在于沿河的地方官主持督修，并且劝导民间捐助集资，弥补民力的不足。请求下令直隶总督、山东巡抚，迅速针对兰阳下游洪水漫溢的区域，选派官员会同当地州县妥善处置。” 朝廷批准了他的奏请。
同年十二月，谭廷襄又上奏：“今年夏秋连续阴雨，来水之大，远超常年。一股洪水直冲向开州，另一股分流流向定陶、曹县、单县。河南省因为原有堤坝，幸而得以保全；直隶、山东却没有这类堤防，只能任由洪水泛滥。到现在已经半年，没有听说直隶拿出什么治理规划，开州的溃口也还没有开工修补。山东遭受的灾害尤其深重。有人主张加高修筑堤埝，有人提议疏浚支流，意见无法统一。濮州金堤工程，也因为开州没有动工，所以无法开工。转眼就要到春季汛期，拿什么抵御洪水？
臣派遣运河道宗稷辰实地勘察，一直走到利津铁门关，测量水势，水深达到六七丈，河水入海的通道并不算不通畅，但是上游仍然到处漫溢，原因就是大清河河道太狭窄，容纳不下大水。像蒲台、齐东、济阳、长清、平阴、肥城等地的民埝溃口，宽几丈甚至几十丈，总数不下三四十处。如果不加修补，来年依旧会洪水漫溢淹地。想要让下游长久安定，必须先开挖支渠来削减洪水，治理工程才能够实施。一定要设法疏浚附近的徒骇河、马颊河，使洪水能够分流排泄；之后再封堵各处溃口，修建坝体保护临近河水的各座城池。这是大清河下游应当优先办理的事务。
至于开州、濮州的金堤，以及和菏泽相连的史家堤，应当先封堵溃口、加固原有堤堰，选择关键地段接续修筑。这是大清河上游需要先行筹划的工程。” 朝廷又把这份奏议下发给直隶总督刘长佑、山东巡抚阎敬铭，命他们共同商议筹划。第二年三月，因为濮州正处在黄河冲要地段，朝廷批准阎敬铭的请求，将濮州州治迁回旧城，同时修筑堤防抵御洪水。
同治五年七月，上南厅胡家屯发生决口。刘长佑上奏说：“水流主流偏向西北，新修筑的金堤，大多被洪水冲毁。开州被洪水冲出数条支流。从开州、滑县交界的杜家寨，到开州、濮州交界的陈家庄，共有五段险工，总长九千六百多丈，都必须加厚加高，才能抵御大水。但是这段河道上游在河南，下游在山东，不是直隶一省能够独立完成的。应当联合河南、直隶、山东三省统一规划、整体修治，再设立防汛工段，拨付经费、筹备物料，才有望一劳永逸。自从黄河改道以后，直隶境内的堤防工程，应当划归河道总督管辖，设立管辖河南、直隶、山东三省的河督，专门负责此事。” 奏疏递上，朝廷命令河道总督苏廷魁实地勘察，会同三省总督、巡抚共同商议方案。
同治七年六月，荥泽十堡决口，洪水又在武陟赵樊村漫溢，洪水向下流往颍州、寿州，汇入洪泽湖。侍郎胡家玉上奏说：“不应当只封堵荥泽新决口、疏浚兰阳旧口。应当效仿古代征调士兵治理黄河的旧例，命令各位将领督率人员分段疏浚旧黄河河道，全部挖深疏通；之后在上游导引河水，把主流引回向东的旧河道。这样河南的水患就不会转移到河北，治理黄河也同时可以保障漕运。” 朝廷将奏议下发直隶总督曾国藩、湖广总督李瀚章、两江总督马新贻、漕运总督张之万，以及河道总督，还有江苏、河南、山东、安徽各位巡抚，一同仔细商议。
曾国藩等人上奏说：“按当前形势考量，黄河不能立刻恢复旧道，有三点难处。兰阳决口至今已经十四年，自铜瓦厢到云梯关以下，两岸河堤长达一千多里，长年失修，堤岸坍塌、河道淤积。如今打算依照旧例，深挖河道、加高堤防，恐怕没有数千万两白银不能完工。而且河工厅、营建制早已裁撤，河兵、民夫四散各地，要一一重新设置，还要分别储备工程物料，修做埽坝，并且预先筹备抢险经费，每年又需要数百万两白银。如今战事刚刚平定，国库空虚，从哪里筹措这笔巨款？这是第一点。
荥泽地处黄河上游，从地势来讲，自然应当先堵塞荥泽决口，兰阳的工程很难同时并举。倘若荥泽口门能把全部黄河水引走，那么兰阳工地就可以干涸无水。现在荥泽口分流不多，主流仍然从兰阳口直接流向利津入海。这里河面宽阔，冲刷形成的深潭很深，施工难度，比起荥泽工程高出数倍。荥泽堵口完工遥遥无期，兰阳工程就更没有把握。原奏折提议掘开旧河道，引黄河水东流，说得未免太过轻易。况且转眼就要到春季，开工已经困难。这是第二点。
汉代黄河在酸枣决口，后来又在瓠子决口，这是征发士卒治理黄河的开端。元、明两代征调民夫服役，动辄十几万之众。如今直隶、山东、江苏、河南捻军刚刚平定，土匪、散兵到处都要防备。现存的勇营，绝不能全部调到黄河岸边，数量也不足以分段挑挖河道。如果再招募几十万民夫，聚集在沿黄河数千里地带，一旦管控失当，滋生事端，尤其令人担忧。这是第三点。应当等到国库充裕之后，再筹划大规模工程。依据时势制宜，只能抓紧堵塞荥泽决口，以此保全河南、安徽、淮扬下游地区。”皇帝认同这个意见。同治八年正月，荥泽决口堵塞合龙。
同治十年八月，黄河在郓城侯家林决口，洪水向东灌入南旺湖，又经由汶上、嘉祥、济宁的赵王河、牛朗河等河道，直奔东南，注入南阳湖。当时廷魁被召回京师，朝廷任命新任河道总督乔松年会同山东巡抚丁宝桢勘察办理。丁宝桢当时正因病休假，于是会同护理巡抚文彬前往工地实地勘查。文彬上奏说：“河道总督远在河南，如果文书往返商议，恐怕耽误紧要工程。一面急速发文通知河督，选派负责坝工、管理各类物料厂的官员，以及熟悉河工的弁兵工匠，携带器械，在年内来山东；一面由臣筹措采购所需物料，保证工程取用。”皇帝责令乔松年限期开工。乔松年上奏，已经命令原先估算工程的官员和熟习河工的人员赶赴山东听候调遣，并下令购置竹缆，招募捆扎埽坝的船只备用。只是已经到立春，春水很快上涨，工程实在没有把握，并且写信请文彬主持这件事。文彬不能决断。丁宝桢抱病处理公务，上奏说：“河道总督掌管河道事务，地方巡抚担负地方治理，都责无旁贷。乔松年却把所有事务全部推给地方，不知是何用意。现在已经过了立春，如果继续等他的确切消息再决定动工与否，恐怕贻误重大工程。况且这个决口不堵，洪水一定会淹没曹州、兖州、济宁十多个州县。如果洪水再向南奔涌，那么清江、淮安、里下河一带形势会更加危急。乔松年既然决意推诿，如果臣也顾忌越权的嫌疑，拖延观望，一定会来不及抢救。臣只能抱病销假，亲自赶赴工地，选定日期开工。等乔松年派遣的人员抵达工地，就责成这批河工官员全权办理，限期完工，保全大局。请求朝廷破格予以保举奖赏，用来激励众人。倘若有人阳奉阴违，有意贻误工程，一经查实，请准许臣随机处置，直接在工地将这些官员正法，惩戒欺君害民之人。”皇帝赞许他勇于担当，同时下谕乔松年应当同心协力，没有立刻加以责罚。
同治十一年二月，侯家林决口堵合，朝廷给丁宝桢优厚的嘉奖。在此之前，同知蒋作锦上奏陈述黄河、运河相关事务，朝廷很认可他的主张，下发河道总督、漕运总督、巡抚商议上奏。没过多久，侯家林决口，乔松年、丁宝桢意见不合。等到丁宝桢堵合侯家林，乔松年上奏说：“蒋作锦所陈述的办法很有见地，可以采纳。并且说山东境内黄河洪水泛滥日益严重，运河河道淤积越来越厉害，应当修筑堤防约束黄河水流，先堵塞霍家桥等处决口，修缮南北两岸长堤，让黄河水流向张秋，保障漕运。挑挖张秋南北淤积河段，修建闸坝，便利漕船通行。”皇帝认为乔松年意在顺势疏导河水，不无道理，命令丁宝桢、文彬详细商议，不要固执己见。不久二人复奏：“目前治理黄河的方案，无非两种：一是堵塞铜瓦厢决口，恢复黄河流经徐州、淮安的旧河道；二是在山东修筑堤防，让黄河依旧从利津入海。有人认为二者之中，筑堤束水的方案更好，上下游工程都可以暂缓办理，臣实在看不出可行之处。从铜瓦厢到牡蛎嘴，全长一千三百多里，新建南北两道大堤，两堤之间粗略估算大约十里宽。除去现在已经被洪水淹没的土地不算，还要舍弃数千万顷田地，土地上的百姓数以亿万，如何安置？这是损害国家赋税的第一点。山东沿黄河的州县，离河二三里到七八里的不下十余个，齐河、齐东、蒲台、利津这些县城都紧临水边，修筑大堤必须迁徙百姓避让，这是工程难以实施的第二点。大清河靠近泰山山麓，泰山北面的河水全部向北汇入大清河。除小清河、溜瀰河等可以单独入海之外，其余水系都以大清河作为下游泄洪通道。筑堤约束黄河之后，水位抬高，原有排水口，如果修建闸门就担心黄河倒灌，如果封堵，河水就没有去处，这是妨害原有水利的第三点。山东盐场分布在利津、沾化、寿光、乐安等县，濒临大清河两岸。自从黄河改由大清河入海，重载盐船在湍急水流中逆流航行，通行十分艰难；滩地时常被洪水漫淹，产盐量日渐减少；海滩被黄河泥沙淤积，距离大海变远，海潮难以涌入，山东盐务必然衰败，私盐贩子也会趁机大量兴起。这是妨害盐政的第四点。臣丁宝桢身为地方长官，关系全省大局的事，理当毫无隐瞒如实上奏。如果这个方案对治理漕运确有把握，那么京师粮仓是国家根本大计，尚且需要权衡利害轻重，酌情变通。臣等反复深思核算，实在看不出这个办法可靠，反而深感隐患重重。仍然认为堵塞铜瓦厢，让黄河回归徐州、淮安旧河道才是正确方案。”并且陈述四条便利之处。御史游百川也上奏，黄河与运河一并治理，应当仔细筹划妥善办理。奏折递上之后，朝廷众臣商议，不能决断。
朝廷将此事下发直隶总督李鸿章。李鸿章于是派遣官员遍历山东、河南、徐州、海州，实地勘察测量，希望掌握河势要害。同治十二年六月，李鸿章上奏：“治理黄河的策略，原本不外乎恭亲王等人所说‘审地势，识水性，酌工程，权利害’这四句话，而其中以水流顺逆最为关键。现在铜瓦厢决口宽大约十里，冲刷形成的深潭极深，枯水季节水深仍然超过一二丈。旧河道河床高于地面，决口下游水面高出地面二至三丈不等。如果想要引导黄河回归旧道，必须深挖引河三丈多，才能吸引主流向东。查阅乾隆年间兰阳青龙冈工程，耗费国库银两二千多万两。阿桂当时说引河挖到一丈六尺深，人力已经无法继续施工，如今怎么可能挖到三丈多深？十里宽的口门进占合龙，也是前所未见的工程。开国以来，黄河决口宽度不超过三四百丈，而且多次堵塞多次溃决，常常数年不能完工，如今怎能合龙之后长久稳固？况且从兰阳向下直到徐州、淮安的旧河道，河床高出平地三四丈。近年来躲避洪水的百姓迁居河道之内，村落越来越多，遍地庄稼。如果要把地下三丈深的河水，引到高出地面三丈的旧河道中流淌，河道淤积、随时溃决的危险局面，人人都清楚。旧堤长年干燥，就算加以修缮，一定存在难以察觉的隐患。万一上游放水，下游随即溃决，收拾残局会更加困难。有人认为黄河向北流会横穿运河，为了漕运，必须强行让黄河南流，汇入清口。臣查阅，嘉庆之后清口淤积，夏季黄河水位高于淮河，已经不能开启闸坝输送漕船。道光之后，御黄坝竟然常年不开启，于是改用灌塘之法，从黄浦引黄河水入洪泽湖。湖底迅速抬高，运河水量不足，灌塘的办法也难以施行，于是改为海运。就算现在能恢复旧河道，也不能立刻恢复河运，不是黄河一旦南归就能平安无事。这就是徐州、淮安旧河道难以恢复，并且对漕运没有益处的实际情况。至于河道总督提议在山东境内筑堤约束黄河、接济漕运一事，清口淤积，本身就是借黄济运带来的弊病。如今张秋运河宽度只有数丈，两岸废弃堆积的土山一样高。如果引入含大量泥沙的黄河水，依靠闸坝调节，水位抬高之后，淤积速度会成倍加快。人力有限，怎么能持续挖除不断淤积的泥沙？而且挖出的泥沙依旧堆在历年废弃的土堆之上，风吹雨淋，河床持续抬高，闸坝也会淤塞，时间久了黄河水难以引入。明代弘治年间，荆龙口、铜瓦厢多次大决口，都是因为引黄河水接济张秋漕运，才由此引发巨大水患。临清地势比张秋低数丈，很难保证日后不会发生主流夺河的险情，臣不敢保证不会出现。至于堵塞霍家桥口、修筑大堤，工程尤其艰难。此地本来不是决口，而是黄河主流经过之处，两端没有堤岸，遍地浮沙，没有坚实原生土层。勉强堆筑堤坝，强行逼水下行，浮沙容易坍塌，反而激起水势，耗费巨大。一旦溃决，洪水依旧另外冲穿运河，不会全部汇集到张秋，所有工程就全部白费。至于蒋作锦提议引卫河接济漕运，是因为张秋以北没有清水补给运河，才有这个设想。查元村集以南有黄河旧道，地面多积沙，施工困难。况且整条淮河的水量尚且抵挡不住黄河，还会发生倒灌淤积，一条水浅流缓的卫河，又怎么能抵御黄河、接济漕运？这个想法是沿用山东众水济运的旧思路。殊不知泰山南面，河水全部向西流，顺势疏导，十六个州县一百八十处泉源，水源充沛，足够供给运河。卫河水源微弱，流向本顺，强行改道向南，多有不便。以上就是借黄济运、筑堤束水都没有把握，以及引卫济运不可行的实际情况。既然黄河无法引回旧道，那么正如丁宝桢所说，山东赋税受损、水利遭破坏、城池难以搬迁、盐场时常被淹，隐患确实值得忧虑。臣查大清河原本宽度不过十余丈，如今已经被河水冲刷拓宽到半里多，冬春枯水季节水深仍有二三丈，河岸高出水面又有二三丈，非汛期河道可以容纳五六丈水深，河水在地面之下奔流，这不是人力可以强行逆转，就算祈祷也无法改变的事实。目前北岸从齐河到利津，南岸齐东、蒲台一带，百姓已经接连修筑民埝，虽然高度只有一丈左右，询问当地百姓，洪水盛涨漫出河槽也不过数尺，尚且可以抵御。泰山北面、绣江等河，也挑选险要地段修筑堤防，汛期水位上涨，汛期过后水位消退，受灾不算严重。齐河、济阳、齐东、蒲台、利津各县城，十之八九紧邻河岸，近年防守暂无险情，以后可以根据形势处置。如果仓促商议迁城，经费无从筹措，百姓也难以说服，没有这样可行的办法。山东海口盐场，虽然受黄河淤积影响产盐减少，但山东巡抚从南部调运胶济盐接济，销盐区域不会缺盐，只是盐价略高。黄河在山东固然有灾害，但只要设法维持，不至于酿成大祸。当年乾隆年间，铜山决口堵筑失败，孙嘉淦曾经上奏提议分黄河水流入大清河。后来兰阳大工程屡次功败垂成，嵇璜又请求改黄河入大清河。除此之外裘曰修、钱大昕、胡宗绪、孙星衍、魏源等大臣，很多人都提出类似主张。那时候黄河还没有北徙，尚且有人想要引导黄河向北。如今黄河已经北流，反而想要强行引回南方，难道不是违背水性？大体上，治理南河，一次堵筑工程大约需要七八百万两白银，每年岁修经费大约七百多万两，实在是无底的耗费。如今黄河北移将近二十年，没有发生特大灾变，也没有耗费巨额经费，对比前代已经算是幸事。而且黄河拱卫京师，地势更为有利。自从铜瓦厢向东决口，太平军、捻军窜扰曹州、济宁一带，几乎没有间断，却始终不能渡过黄河一步，北岸有河堤作为防守依托，更是对京师畿辅百世有利。两相比较，黄河留在山东，虽然不必立刻大举治理，但后患较轻；黄河如回归南道，就算大力治理，后患也极为深重，这就是实情。近代治理黄河总是一并谈论治理运河，于是两头为难，最终没有长久良策。臣认为京师漕粮，主要依靠江苏、浙江，国家长治久安，海防更为重要。如今沿海外国商船云集，是千古未有的局面，已经不能闭关自治。不妨借助海运的便利，逐步推广，拓宽商路，充实军粮储备。江苏、浙江漕粮，现在全部走海运。臣之前招募华商购买建造轮船承运漕粮，已经初见成效，由海船运到天津，更为便捷快速。就算海运航道偶有不畅，河务也不能全部废弃。当下治理黄河的办法，不外古人所说“顺着水流所在，增修堤防”这一句话。查北岸张秋以上，原有古大金堤可以依靠固守；张秋以下，河岸高、河水深，应当由山东巡抚随时下令保护、加高培厚民埝。侯家林上下的民埝，应当仿照官堤标准，全部加高加厚，作为长久之计。铜瓦厢决口，河水不断向东冲刷坍塌，时间久了洪水必然向南泛滥。请命令乔松年察看形势，酌情修筑堤埝，和曹州的堤防相连，形成完整防护，约束河水顺道流淌。南河旧河道一千多里，土地已经被百姓开垦耕种，收成不错，请核查土地，征收赋税，避免私垦争夺土地的争端。”奏折呈上，朝廷的决议就此确定。
这一年夏秋，黄河在开州焦丘、濮州兰庄决口，又在东明岳新庄、石庄户民埝溃决，洪水分流涌向金乡、嘉祥、宿迁、沭阳，汇入六塘河。丁宝桢勘察后，计划在郓城张家支门筑堤堵口。不久丁宝桢请假回乡扫墓。同治十三年春天，水流进一步向南，溃溢泛滥，无法收拾。两江总督多次上奏报灾。九月，丁宝桢返回任上，改在菏泽贾庄修建大坝。十二月开工。
光绪元年三月，东明决口堵塞，并且修筑李连庄以南南堤二百五十里。当时河道总督曾国荃请求设立南岸七个河厅。户部商议，等到直隶、山东、河南筹到防汛专款之后再定。光绪二年春天，代理山东巡抚李元华上奏：“黄河南大堤，从贾庄到东平二百多里都坚固完好。只是上游连接直隶、河南，从东明谢寨到考城七十多里，完全没有堤防，这项工程刻不容缓。往年侯家林堵合之后，众人畏惧经费巨大，无暇顾及，于是才有贾庄决口。这次贾庄以下堤防虽然稳固，上游如果不修筑，一旦漫溢溃决，不只是前功尽弃，河南、安徽、江苏依旧受灾，山东更是首当其冲。臣打算调遣勇营士兵，同时招募民夫，修筑这七十多里长堤。担心多方协调不便，已经和直隶总督、河南巡抚商议协同办理。濮州、范县百姓，自从黄河改道，遭受洪水淹没十多年。贾庄决口之后，才有一点生机；贾庄堵合，依旧受灾。南堤距离北面金堤六七十里，用来护卫京师尚可，却保护不了濮州、范县的村庄田地。当地士绅百姓原本想要修筑北堤，只是财力不足，请求朝廷酌情补贴经费。修成之后，派遣官兵统一防守维修，濮州、范县、阳谷、寿张、东阿五县，可以涸出千余顷土地。另外濮州、范县以上，黄河分为两股水流。打算在寿张、东阿境内黄河下游，开挖两道引河，希望把两股河水合并为一条主河道。在南堤以北、黄河以南再修筑小堤约束水流，又能涸出千余顷田地。北堤上游有八里地段属于开州管辖，如果不统一修筑，不仅北堤工程白费，京畿地区也难保不受水患。已经和直隶总督商议派遣人员协助，尽快完工。修筑堤防占用直隶、河南土地，当地百姓受益有限，山东百姓获益极大，地价补偿应当由山东承担。上游河道收束变窄，下游水流湍急，不可不防。从东平到利津入海口九百多里，已经命令沿河州县，在原有民堤基础上加高培厚，酌情发放补贴，以工代赈。各项工程合计大约需要经费二千多万两。这就是黄河拟办工程概况。”此事下发相关部门商议。
光绪五年，黄河在历城溞沟决口。第二年再次决口。光绪八年，历城桃园决口，十一月堵合。光绪九年，山东巡抚陈士杰主持修建张秋以下两岸大堤。当时山东连年遭遇河患，朝中官员多次上奏论及此事。皇帝派遣侍郎游百川急速前往，会同勘察。游百川上奏：“历来讨论治河的人，分为主张黄河南归旧道、留在北道两派。臣仔细观察形势，将来遇到伏秋大汛洪水暴涨，黄河再次向东改道，自行寻找旧道，也不是没有可能。如果依靠人力强行引河南归，形势上万分艰难。第一，北堤溃决之后，已经被冲刷殆尽，筑堤、进占堵口工程浩大。并且黄河主流向北，在河道中间筑坝合龙，水势震荡剧烈，工程很难有把握。第二，旧河道旁沙山很难开挖，徐州、海州一带干涸的旧河道内淤积土地一千多里，百姓全都开垦耕种。一旦逼迫百姓迁移，百姓怎肯甘心失去产业？所以黄河南归的主张不必再讨论。大清河原本是汶水、济水交汇之处，自从黄河汇入，起初河水在河床之内流淌，如今河床淤积抬高，泄洪能力不足。济河上下游，北岸济阳、惠民、滨州、利津；南岸青城、章丘、历城，直到邹平、长山、高苑、博山，共有十一处漫溢决口。黄河汇入济水已经二十八年，一开始因为山东没有成熟治河案例，放任百姓自行修筑埝堤，就算多次决口，地方也不愿上奏，隐患积累至今。如今洪水泛滥数百里，淹没数百村庄，走遍灾区，景象惨不忍睹。臣拟定三项办法。第一，疏通河道。黄河刚流入济水时尚可容纳，泥沙日积月累抬高河床，入海口淤积尤其严重。泥沙淤积河底，人力很难清理。办法只有多用船只，携带铁篦、混江龙，在河道来回拖拽刷沙，不让泥沙沉积，慢慢加深河道。疏导的办法，没有比这个更合适的。第二，分泄黄河洪水。黄河汇入济水之后，水势危急。大清河北面，徒骇河距离最近，马颊河稍远，鬲津河更靠北。大清河和徒骇河最近处在惠民白龙湾，相距大约十里。如果在这里修建减水坝，分洪水流入徒骇河，地势便利。再设法疏通沙河、宽河、屯民河等支流，引水进入马颊河、鬲津河，分道入海，就不用担心洪水漫溢。第三，抓紧修筑缕堤。民间自行修建的缕堤紧靠河岸，大多不合工程规范，单薄残缺，反复坍塌，百姓多次修筑，财力耗尽。打算从长清直到利津，南北两岸先修筑缕堤，顶冲险段再加修重堤，总长六百多里，依旧借助民力，发放补贴，可以按期完工，保护百姓免受水害，百姓自然愿意配合。有人说治水不要与水争夺土地，最好的办法是统一修筑遥堤。但是济南、武定二府土地狭小，人口稠密，修建遥堤会大量占用农田，百姓失去土地，不是他们愿意接受的。其间村镇、坟墓不计其数，齐河、济阳、齐东、蒲台、利津县城都临近河岸，一旦大堤逼近城池，百姓人心惶恐。收购民间田地，经费不少于四五百万两，工程艰难耗资巨大，可以作为远期规划。臣之所以请求修建缕堤救急，不敢轻易提议遥堤，原因就在这里。”陈士杰不同意这个主张。恰逢海丰籍御史吴峋上奏，徒骇、马颊引河不可轻易开挖。朝廷命令直隶总督李鸿章会同陈士杰一同勘察，结论和吴峋一致。于是确定方案，修筑两岸长堤。
同年黄河在利津十四户决口，光绪十年三月堵合。闰五月，历城河套圈、霍家溜，齐河李家岸、陈家林、萧家庄，利津张家庄、十四户相继决口，先后堵合。这一年两岸大堤完工，大堤距离河道数百丈，也就是缕堤。但山东百姓依旧守护临河民埝，官府也下令优先守民埝，民埝溃决之后再守大堤，堤内村庄没有安排迁徙。洪水大涨漫出河槽，田地房屋全部被淹，居民就自行掘开大堤泄水，官府无法禁止。从此百姓只守民埝，不再守护大堤。光绪十一年，萧家庄、溞沟再次决口，齐河赵庄也决口。十二月，溞沟、赵庄堵合。第二年二月，萧家庄堵合。六月，河套圈再次决口，济阳王家圈、惠民姚家口、章丘河王庄、寿张徐家沙窝相继决口。只有王家圈工程暂缓办理，其余当年全部堵合。山东境内黄河虽然多次决口，但大多只是分流，没有完全夺改主河道。每次堵筑，花费几万到几十万两白银，最多不超过一二百万两，比治理南河时期节省很多，淹没土地也较少，是因为地势平坦、水流相对平缓。
光绪十三年六月，开州大辛庄决口，洪水灌入山东，濮州、范县、寿张、阳谷、东阿、平阴、禹城全部上报受灾。八月，郑州黄河决口，黄河主流改道，经贾鲁河汇入淮河，直入洪泽湖。原来的黄河主河道断流，王家圈的旱口才得以堵合。郑州决口之后，很多官员主张不必堵塞，可以趁这个机会恢复黄河旧道。户部尚书翁同龢、工部尚书潘祖荫一同上奏：“黄河自从大禹之后，在北方流淌三千六百多年，在南方流淌不过五百多年，所以黄河由云梯关入海，并不能称作旧道。就算把它当成旧道，现在洪水注入洪泽湖，地势北高南低，无法引导河水从清口流出，距离旧道还有一百多里，形势上绝不可能恢复旧道。有人认为山东连年遭水患，庆幸黄河改向南流。却不知道黄河水性本就偏向北流。自从金章宗之后，黄河虽然多股分流；整个明代，北岸决口十四次，南岸决口五次；本朝顺治、康熙以来，北岸决口十九次，南岸十一次。况且淮河没有固定的干流通道，黄河入淮之后，哪里有稳定的入海出路？下游排水不畅，上游必然再次决口，一旦决口洪水依旧冲入山东，山东的水患依旧无法消除。黄河向南注入洪泽湖，有两大灾患、五点隐患。黄河涌入洪泽湖，淮河出口淤积，长久不能通水，只有张福口引河宽度不过数丈，大水向东以运河作为下游通道，仅仅依靠东堤防护，形势岌岌可危。如今突然加入黄河大水，堤防必定难保。这是第一大灾患。洪泽湖淤积，高家堰堤防早已不可依靠，黄河水势凶猛，入湖之后堤防随时可能崩塌。洪水不是向东冲击里下河，就是向南灌入扬州，江苏、安徽一带河湖连成一片，东南大局不堪设想。这是第二大灾患。里下河是产粮重地，如果被洪水淹没，漕粮从哪里筹集？这是第一点隐患。就算漕粮产地不受影响，黄河携带泥沙淤积运河，漕船难以通行；或是洪水漫溢，纤道被毁，漕船停滞。而且山东原本依靠黄河水接济运河，黄河一旦南去，沂河、汶河水势微弱，水源不足，河运必然废弃。这是第二点隐患。两淮盐场，都在范公堤以东。范公堤一旦失守，盐场淹没，国家盐税从何征收？这是第三点隐患。颍州、寿州、徐州、海州民风强悍，百姓流离失所，难保不滋生动乱。这是第四点隐患。黄河洪水汇入淮河，不可能长久蓄在湖中，一定会另寻入海通道，洪水突然横溢，江南百姓性命难保。这是第五点隐患。流入洪泽湖的洪水，也必须尽早筹划泄洪通道。里下河地势西北高、东南低，应当顺着水向下流的趋势，从兴化以北，经过朦胧、傅家坞汇入旧黄河，避开云梯关淤积泥沙，向北疏浚大通口，接入潮河汇入淮河入海口，河道径直，地势便利，经费也不至于过分巨大。”
皇帝命令两江总督曾国荃、漕运总督卢士杰筹划商议。恰好曾国荃、卢士杰也上奏：“黄河洪水汇入淮河向东下泄，危险远超寻常水患。治水不外疏导、防御两项策略，疏导更为重要。洪泽湖原有两处出水口，都是经由运河入长江。如今大灾来临，不得不在湖上游多开辟泄洪通道，分泄洪水，广泛采纳各方意见。桃源有成子河，南边连通洪泽湖，北接旧黄河，再往北是中运河。如果疏浚成子河，连通旧黄河，直达中运河，两岸修筑堤防，就可以引导漫溢洪水，沿杨庄旧河从云梯关入海，这是洪泽湖上游新开的泄洪通道。清河有碎石河，西边连接张福口引河，向东抵达旧黄河，大规模疏浚之后，也可以引洪水沿杨庄旧河从云梯关入海，这是洪泽湖下游新开辟的通道。询问当地年长者，都说除此之外没有更好办法。所以臣等商定，立刻勘察估算、动工，不敢拘泥旧例，来回拖延耽误时机。”皇帝认可，派遣前山西布政使绍諴、降职浙江按察使陈宝箴、前山东按察使潘骏文迅速赶赴郑州工地，随同河道总督成孚、河南巡抚倪文蔚办理河务。当时工程、赈灾所需款项巨大，急需经费，户部上奏六项筹款办法：一、裁撤防汛长夫；二、停止购置军械船只机器；三、停止发放京师官员、兵丁的米折银两；四、酌情调遣附近防军协同施工；五、命令盐商捐输，给予奖赏；六、预征当铺、票号赋税。奏上之后，下诏批准裁撤长夫、盐商捐输、预征赋税，其余几项不予准许。九月，命令礼部尚书李鸿藻会同刑部侍郎薛允升赶赴勘察，李鸿藻留下督办工程。当时洪水漫溢，河南中牟、尉氏、扶沟、鄢陵、通许、太康、西华、淮宁、祥符、沈丘、鹿邑等州县多处被淹，水深四五尺到一二丈。朝廷特地拨内库白银十万两，截留京饷三十万两赈灾抚恤。河工经费紧迫，采纳御史周天霖、李世琨的请求，专门开设郑工捐纳事例。革除成孚官职，任命李鹤年代理河道总督。
十月，山东巡抚张曜上奏：山东黄河淤积，海潮顶托，河道难以容纳洪水，请趁这次机会恢复南河旧道。下发李鸿藻、李鹤年商议。李鸿藻等人于是奏请尽快统筹办理。皇帝批示：“恢复黄河旧道一事，多次有大臣上奏，但工程浩大，耗资极多，绝不可能在决口没有堵塞之前同时并举。这份奏折谈论应当恢复旧道，只是空谈道理，文字简略，思虑粗浅。所有利害轻重、地势高低、工程量大小、工期紧迫程度，没有通盘筹划、逐条详细上奏。这么重大的事务，朝廷怎能仅凭寥寥几句话，做出决断？恢复旧道的提议，可以暂时搁置。奏折说各项工程先从下游开工，南河旧道现在情况如何，工程能否快速动工，经费能否立刻筹措，有没有阻碍，命令曾国荃、卢士杰、崧骏迅速估算上奏。”曾国荃上奏：“黄河洪水向东奔流，淮河南北属于下游，应当筹划分泄洪水的办法。请疏浚杨庄以下旧黄河二百多里，用来分泄沂河、泗水，腾出中运河，预备洪泽湖大水，容纳北来黄河洪水，上游就有泄洪通道。淮河经由三河坝向东直下，运河堤防压力极大，势必开启闸坝泄洪，里下河如同处在锅底，但是支流众多。如果预先疏导，让水流顺河道而行，百姓田庐性命才可以保全。翁同龢、潘祖荫所说，确实符合水向下流的本性。已经派遣官员实地勘察，请求调派熟悉河工的江苏按察使张富年督办工程。”朝廷批准。在此之前侍郎徐郙上奏统筹黄河全局。倪文蔚上奏：“徐郙奏折提议，在口门北岸上游酌情开挖引河，在上南厅以下河道开挖川字形引河，修建排水坝。这三项都是河南必须办理的工程，也是前人行之有效的办法。臣之前提议在宽阔河段切滩清淤，和徐郙开挖引河、川字河思路一致。河工官员认为近年河势略有变化，需要重新筹划方案，还有人认为引河不宜开挖。参与施工的民夫，都是需要赈济的灾民，无论什么工程，都是应当兴办的事务。将来或者协助疏浚运河，或者修筑河堤，可以会同河督随时调度。”奏折批复知道此事。
十二月，曾国荃、卢士杰上奏：“翁同龢等人陈述两大灾患、五点顾虑，如同亲身经历，替臣等把心中想法上奏给皇上。已经派遣人员分头勘察。从傅家坞进入旧黄河，经过云梯关直到大通口，测量地势，北面高出一丈五到七尺，依照水向下流的本性，并不适合。不敢不遵从圣旨，在兴化境内另想疏导办法。查下河入海河道，新阳河、射阳河最为重要，斗龙港次之。只是支流淤塞，排水不畅。兴化所属大围闸、丁溪场古河口小海，淤积严重。疏浚之后，如果高邮开启闸坝，洪水就可以顺流，经由新阳等河顺畅入海。闸门狭窄过水不畅的地方，另外在左右开挖越河，使河水顺畅下泄。其余主干、支流河道，再陆续挑选关键地段开挖，逐步疏通，和翁同龢、潘祖荫奏折思路一致，方法不同而目标相同。”
光绪十四年正月，曾国荃等人再次上奏：“徐郙统筹河务奏折说，淮扬一带实在没有空间容纳黄河，应当先筹划泄洪办法，再考虑堵合决口，切中要害。至于提议开挖天然引河与张福口引河，本是淮河入黄河的咽喉，前人导淮的主张，都是从引河入手。只是张福口淤积过高，开挖不得法，还担心沂河、泗水倒灌。顺清河是清江三座闸的水源，过去筑坝自保。黄河北徙之后，这道坝废弃已久。现在引导淮水入黄河，仍然要修筑顺清坝，三闸才能保全。派员勘察河底，虽然北高南低，深挖之后，尚可找平水位。顺清河水深流急，多备土料石料，也可以设法堵筑。卢士杰亲自勘察，陈家窑可以开挖引河，上接张福口，下到吴城七堡，功用和碎石河一样。已经在十月分段开挖，从张福口、内窑河到顺清河，开挖深度一丈四尺至二丈。希望上游多泄一分洪水，下河就少受一分灾害。工段之中，也调派营兵协助挑挖，补足民夫数量。以上办法，和这位侍郎所奏江南几条方略不谋而合。”
在此之前，皇帝预料黄河将来仍然向北流，下谕：趁水流暂时减小，疏浚东明长堤、开州河道，加高培厚堤埝。到这时，李鸿章上奏：“直隶境内黄河长八九十里，全部疏浚工程量巨大，耗费繁多。就算挑选北面几处局部开挖，也要二三十万两。两岸河滩高于河心一二丈，河道尚可容纳洪水。只有东明南堤多年被冲刷，急需挑选险要地段修筑。已经调派大名练军开春赶赴工地，同时招募民夫施工。开州全部堤防残破严重，已经派员估算修缮。长垣南岸小堤距离河道较远，可以暂缓办理。北岸民埝，劝令民间自行培修，不能过度缩窄河道，妨害全局。”
六月，小杨庄决口堵合。同月，李鸿藻上奏，郑工两处大坝，已经进占筑坝六百一十四丈，口门还剩余三十多丈。伏秋洪水暴涨，人力难以施工，请求等到秋汛减退之后继续施工。皇帝下严旨斥责，罢免李鹤年官职，和成孚一同发配军台效力。李鸿藻、倪文蔚都降三级留任。任命广东巡抚吴大澂代理河道总督。吴大澂上奏：“医生治病，一定要探明病因；病人服药，一定要寻求对症的药方。臣每日驻守河边，询问乡间老人旧闻，对照前人记载，知道河南河患不是不能治理，问题在于没有对症治理。单纯筑堤不是良策，镶修埽工不是长久之计，关键在于修建挑水坝，挑引水流，借水流冲刷泥沙。水流归到河道中心，河水不冲击堤岸，堤防自然稳固，河患自然减轻。河厅任职多年官员都说，咸丰初年荥泽还有二十多道砖石坝，堤外都是滩地，主流远离堤岸，依靠坝体修建埽工防护险段，堤根埽工不多。自从旧坝失修，数年之内全部毁坏废弃，河道越来越逼近大堤，埽工越修越多，河厅官员疲于补救，顾此失彼，每逢险情，就酿成大灾。河工官员把镶埽当成唯一办法，遇到主流固定冲刷一处，刚镶筑好就塌陷，几乎束手无策。臣亲自督促道厅官员抛投石垛，三四丈深的急流，抛投石块一二尺，水流就向外偏移。才知道水深流急之时，抛石才是救急办法，功效十倍于埽工。用石块导引水流，水势放缓，埽工才能稳固。历代河臣如潘季驯、靳辅、栗毓美，都主张修建挑水坝导引水流，确实不假。现在数十年废弃的关键工程，数十道应当修复的大坝，不可能短时间全部完工。只能在郑工经费内精打细算，省下一万两，就多购置一万两石料；省下十万两，就多做十万两坝工。虽然属于善后工程，趁现在河道干涸施工，人力容易施展。不然郑工合龙之后，明年春夏出险，一定会措手不及。不敢说一次治理就能根除水患，至少比放任不治、隐患越来越重要好。如果办法对症，一年可见小成效，三五年之后一定有大成效。”皇帝嘉奖勉励他。
吴大澂又上奏：“历来修筑坝垛，都使用条砖碎石。每逢大汛急流，坝底不断被淘刷，砖块容易被冲散，大块石料也会坍塌。听说西方有水泥，掺沙子搅拌粘合，不怕水侵蚀。趁引河还没有放水，各处要修建挑坝，河道现在干涸，打算在砖石缝隙涂抹灌注水泥，把零散砖石结成整体，坝基连成一片，可以抵御河水冲击，节省石料而且工程坚固，算是一劳永逸的办法。”奏折上报，朝廷知晓。十二月，郑工决口堵合，耗费国库白银一千二百万两。正式任命吴大澂为河道总督，下诏在工地修建河神庙，兴建黄大王祠，赐匾额，黄大王与党将军一并加封尊号。同年七月，长垣范庄决口，不久堵合。光绪十五年六月，章丘大寨庄、金王庄决口，洪水分流由小清河入海；长清张村、齐河西纸坊也决口，山东沿河州县多遭淹没。这年冬天堵合。
光绪十六年二月，山东巡抚张曜上奏：“从前南河总督管辖河工九百多里，东河总督管辖五百多里。自从铜瓦厢决口，黄河流入山东，裁撤南河总督，东河总督管辖河段仅二百余里。如今东河河段长九百里，河床日益淤积抬高，全靠堤防防护。今年臣驻守工地二百多天，督修防汛事务，日夜繁忙。请求把菏泽到运河口二百多里河道划归河道总督管辖，和原有管辖里程相当。”户部商议认为这段工程历来由巡抚带领地方官兼管，河督协调起来不便。张曜再次上奏：“沿黄河州县，原本由河臣兼管，官员缺额依旧会同河督提名补授，有功过，河督也可以参奏举荐，不存在协调不便的问题。请求一并下发河督商议。”在此之前吴大澂派遣人员测绘直隶、山东、河南全黄河图，到这时图纸绘制完成进呈朝廷。五月，齐河高家套决口，不久堵合。
光绪十八年六月，惠民白茅坟决口，黄河主流北移，直入徒骇河入海。利津张家屋、济阳桑家渡、南关、灰坝同时决口，洪水都汇入白茅坟漫溢水流，归入徒骇河。七月，章丘胡家岸决口，大堤之内一片汪洋，迁出历城、章丘、济阳、齐东、青城、滨州、蒲台、利津八县灾民三万三千二百多户。起初河道总督许振祎请求从每年六十万两常规经费中，提取十二万两交给河防局，采购石料物料，预先防汛，由河督主管。到这时户部要求分项报销。许振祎上奏：“黄河重大险情，依靠规章不如依靠用人。如果只讲制度条例，历来报销旧案，工部、河工都清楚。历年增加经费和郑工一千数百万两报销，没有听说不合条例。如果讲用人，臣近年改革办法，连年大险接连发生，都抢修保全，得以安澜。添置石料，很多开支本就不完全符合旧条例。臣设立河防局，有两层用意。一是担心河厅官员遇到险情互相推诿，借口无钱无料，所以提取这笔巨款作为预先防汛储备；二是担心河厅官员办事不实，委派官绅临时协助补救。这十二万两全部送到工地，不许截留分毫，也不准支取薪水。河南官绅百姓全都知道。就像今年保住大险，仅仅购石一项就花费十一万多两，其余用来修补郑工金门开裂的堤防。这类开支不能分项报销。多方采购石料，随处抢堵，险情未平持续抛石，险情平定就停止，这类工程也不能绘图逐项说明。”皇帝批准按他的请求办理。同年白茅坟各口堵合。
光绪二十一年六月，寿张高家大庙、齐东赵家大堤决口。不久，济阳高家纸坊、利津吕家洼、赵家园、十六户决口。这年冬天依次堵合。第二年六月，利津西韩家、陈家决口。御史宋伯鲁上奏陈述山东河工积弊：一、虚报冒领、蒙混报销，应当严格制定惩处条例；二、物料收发，应当设法稽查；三、重申赔修旧例，防止工程随意改名规避责任；四、武官应当认真巡查。下诏山东巡抚严革积弊，命令有河务的各省督抚核查，遇到劣员从严参劾。光绪二十三年正月，历城小沙滩、章丘胡家岸决口，随即堵合。十一月凌汛，利津姜家庄、扈家滩决口，洪水经由沾化降河入海。光绪二十四年六月，山东黑虎庙决口，洪水穿过运河向东下泄，依旧汇入黄河主河道。历城杨史道口、寿张杨家井、济阳桑家渡、东阿王家庙决口，洪水分别流入徒骇河、小清河入海。朝廷派遣李鸿章会同河道总督任道镕、山东巡抚张汝梅一同勘察。不久裁撤东河总督，很快又重新设置。
光绪二十五年二月，李鸿章等人上奏：“山东黄河自从铜瓦厢改道流入大清河，正值战乱，没有时间治理。同治末年，渐渐溃溢，才开始修筑上游南堤。光绪八年之后频繁决口，于是全面修筑两岸大堤。百姓原先在河边修建小埝，紧逼黄河水流。大堤修成之后，官府劝百姓守护民埝，部分改为官方守护。于是大堤长期失修，每逢洪水上涨，民埝溃决，洪水居高临下冲垮大堤，这是历年失事的根本原因。上游曹州、兖州所属南北堤合计四百多里，两堤相距二十到四十里，民埝偶然溃决，洪水在两堤之间归入主河；大规模溃决则大堤也难保。南北埝工二十四处，同治以来只决口四五次，这是上游情况。中游济南、泰安所属两岸堤、埝各占一半，总长五百里。南岸上段靠山无堤，下段守埝；北岸上段守大堤，下段守埝，规制参差不齐，都是因为堤内村庄难以迁徙，只能临时保全。下游武定、定陶所属南岸全守大堤，北岸全守民埝，总长五百多里，地势越来越平坦，水势更大，险工七十多处，二十五年间已经决口二十三次，这是中下游情况。山东河工修建防护本属初创，很多工程因为经费不足，没有遵循传统治河法度。前任巡抚李秉衡多次上奏陈述山东遭受河害、治河艰难，说几乎没有一年不决口，一年数次决口。朝廷多次耗费巨款，百姓常年不得安宁。如果不依照旧制大规模整治，如何对得起朝廷爱护百姓的心意？臣等详细考证古来治河办法，汉代贾让把处于洪水要道的百姓迁走，把土地让给水，才是上策。前任巡抚陈士杰修建中下游两岸大堤，总长千里，两堤相距五六里到八九里，在此基础加高培厚防守，可以算作中策。只是有些地方废弃大堤而守民埝，比如南岸泺口上下，一百一十里守民埝。上段靠近省城六十里，商贾云集，险情暂时平缓，可以暂缓调整；下段险工极多，十多年决口九次，打算迁出埝外二十多个村庄，放弃民埝，守护大堤，离河水远一些，防守更容易稳固。这是南岸计划迁民废埝的方案。北岸堤防从长清到利津四百六十里，埝外堤内有数百村庄。民埝紧靠急流，河面狭窄，河道处处弯曲，每处弯道都是险工。河床淤高，埝外地面如同锅底，各村百姓不可能长久安居。而且民埝一旦溃决，大堤必然跟着溃决。想要保全埝外数百村庄，连带堤外数千村庄一同受灾，实在不是良策。但是百姓安土重迁，多次遭受洪水，不愿远迁，不可能短时间议定。现在规划北岸，从长清官庄到齐河六十多里河面尚且宽阔，利津到盐窝七十多里土地盐碱贫瘠，不便移民，都把民埝当作大堤，埝外百姓不用迁徙。齐河到利津还有三百二十里，民埝紧贴河岸，有的地方距离河道不足一里，势必要废弃民埝、守护大堤。但北堤大半残破，没有退守依靠，工程经费巨大，移民也十分困难，只能暂时守护原有民埝。这是北岸区分地段，以埝代堤、将来再考虑弃埝守堤的方案。南北大堤，是河工第一要务。现在多处低矮单薄，打算把拟改作大堤的民埝、临时民埝，全部按照传统河工标准培修加高，足以抵御汛期洪水。下游入海尾闾，关系整条黄河大局。查铁门关旧河道还有八十多里，越往下越宽阔深邃，直通大海，地势比丝网口、韩家垣顺畅，工程费用也更低。但修建拦河大坝、开挖引河、修筑两岸大堤，耗资巨大。入海口不治理，整条黄河都会有隐患，必须仔细勘察估算。这是培修两岸大堤、整治入海口的方案。预估总经费九百三十多万两，分五六年完工。”朝廷同意，先拨国库白银一百万两，交给山东巡抚毓贤督办。
毓贤上奏：“黄河治理办法，确实如同部臣所说，拓宽河面、加固堤身、疏通尾闾三件事最为关键。尾闾的祸患，铁板河最为严重。黄河携带大量泥沙，到海口没有约束，水流散漫无力，再加上海潮作用，泥沙胶结坚硬如同铁板，排水不畅，洪水四处横溢，所以海口没有十年不出问题。打算修建长堤直达淤积滩地，抵御海潮。就算不能直达大海，向前推进一分，就多一分益处。堤埝低矮单薄，培修时土方一定要充足，夯筑务必坚实，重点防护。河道弯道，一处弯道一处险工。上游贾庄、孙家楼；中游坰家岸、霍家溜、桑家渡；下游白龙潭、北镇家集盐窝，都是著名重大险工，其余险段更多，必须裁弯取直。但是也要观察地势，引河上口必须迎对主流，下口直通河心才可行。蒲台以西魏家口到东边宋庄，大约四十里，黄河在此分流，主河道承受三分之二来水。如果顺势修堤建坝挑引水流归入北汊，主河就算淤积，蒲台城池也能永久免除水患。这是裁弯取直收益最大的工程，准备勘察估算开工。”奏折上报，朝廷知晓。
光绪二十六年，义和团起事，没有继续申请经费。之后时局日益艰难，没有余力讨论河防。当年凌汛，滨州张肖堂家决口。第二年三月堵合。六月，章丘陈家窑、惠民杨家大堤决口，随即堵合。黄河刚刚北徙之时，忠亲王僧格林沁曾经请求裁撤河道总督。后来东河河务改由巡抚兼管，河道总督乔松年再次提出同样请求。到这时河道总督锡良上奏：“直隶、山东河工长期由总督、巡抚管辖，河南巡抚本就兼有管理河道职责。请求仿照山东旧例，改为督抚兼管，裁撤东河总督。”朝廷批准。光绪二十八年夏天，利津冯家庄决口。秋天，惠民刘旺庄决口。第二年二月，刘旺庄堵合。六月，利津宁海庄决口，十二月堵合。光绪三十年正月，凌汛，利津王庄、扈家滩、姜庄、马庄决口，随即堵合。六月，黄河在甘肃皋兰泛滥，淹没沿河二十多处村庄；山东利津薄庄决口，淹没村庄、盐窝二十多处。
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