社稷祭祀：京城以及全国府、州、县都设有社稷坛。京城社稷坛，建在端门右边。世祖定都北京，举行祭告，订立制度。每年春秋仲月上戊日，祭祀大社、大稷，供奉后土句龙、后稷配享。祭祀当日皇帝亲临。坛上铺五色土，各个方位对应相应颜色。奏乐七段，八佾舞。皇帝从阙右门下辇，走北门出入；祭祀时走出拜殿，到壝北门外就位；从北阶登坛上香，到正位献祭；有关官员分祭配位。登北阶，下西阶；不进俎；三跪九叩。其余礼仪比照北郊地坛旧制。
祭祀遇到国忌，不改日期，改换素服。康熙三年，赶上太宗忌日，改为中戊日举行。
雍正二年，平定青海，到社稷坛举行献俘告祭。之后平定边疆叛乱，都举行献俘礼，成为常例。
乾隆十七年，把送燎改为望瘗（望埋）；第二年，增添望瘗乐章。
乾隆三十七年，因皇帝年高修改仪节：帷帐预先安放在拜殿；皇帝御辇到坛外门，换乘礼舆，从右门进，拜殿东阶下下舆，登阶行礼；礼毕依旧乘舆离开。旧例，祭祀遇到风雨，拜位香案挪进殿内，神位祭品依旧露天摆放。皇帝说：“社稷坛制度，不修建房屋，来承接天地阳气。现在神牌平时存放在神库房屋中；临时请到殿内，又有什么忌讳？”乾隆四十一年规定，祭祀遇到风雨，神牌安放到殿内，祭器乐器移到拜殿；突发风雨，就用木龛盖住神牌，拜殿另外设香案。
嘉庆五年，仁宗到社稷坛求雨，参照春秋常规祭祀；只是祭品用肉脯果干，不饮福酒。祭祀前三天和祭祀当天，王公百官斋戒，禁止屠宰，不审理刑狱，其余照旧。并且下谕，皇帝亲自前来祈祷、报谢，都步行，尊崇典礼。
府、州、县社稷坛：顺治元年修建。每年也用上戊日祭祀。府一级叫府社、府稷；州、县叫某州、某县社、某州、某县稷。
世祖继位，定地方祭品：羊一头，猪一头；帛一匹；笾、豆各四件；鉶、簠、簋各两件。地方主祭官斋戒两天；到日子穿朝服在坛上行礼。乾隆八年，朝廷颁发统一祝文。各省定例：为民祈福报功，省城由布政使主持，总督、巡抚陪祭。道员驻扎地方，府州县官主祭，道员陪祭。乾隆十六年，认为尊卑不合，命令主祭陪祭互换。总督、巡抚、道员如果外出巡视，依旧由布政使、府州县官代理祭祀。武官从将军以下，全部陪祀。社稷坛以下其他祭祀，全部照这套规矩。
先农祭祀：天聪九年，禁止滥用民力妨害农事。崇德元年，禁止囤积粮食，督促及时耕种；朝廷重视农业粮食自此开始。顺治十一年，定每年仲春亥日，举行耕耤礼。事前户部、礼部尚书会同顺天府尹，进呈耒耜农具和五谷种子。到祭祀日子，皇帝祭祀先农，献祭礼仪比照朝日坛。祭祀完毕，前往耕耤田地，面向南方站立。随同耕种官员就位。户部尚书捧着耒耜，顺天府尹拿鞭子，向北跪下进呈。皇帝手持耒耜推土三下。府丞捧着青色种子箱，户部侍郎播种；老年农夫随后覆土。耕完，尚书接过耒耜，府尹接过鞭子。皇帝登上观耕台向南坐。王公以下按次序站好。三位亲王各推五下；九卿各推九下。府尹属官拿青箱播种，老农覆土。仪式结束，皇帝前往斋宫。府县官员、众老农夫行礼。三十名农夫拿农具随行。礼毕，皇帝赏赐王公座位，等到农夫把整块田地耕种完毕，鸿胪卿上奏礼成；百官行庆贺礼。设宴招待王公、老农，赏赐每个农夫一匹布；奏乐回宫。当年秋收之后，主管部门上报，择日把粮食存入神仓，用来供给宗庙祭祀谷物。不久定下先农岁祭遣府尹行，大兴、宛平县官陪祀。 每年的祭祀，派遣顺天府尹主持，大兴县、宛平县的官员陪同祭祀。
康熙时期，圣祖曾经亲临丰泽园，示范劝勉农耕。雍正二年，祭祀先农神，举行耕耤礼。皇帝推耒耜三次完毕之后，再多推一次。朝廷颁布新制定的三十六首禾词。赏赐农夫每人四匹布，取消宴席。向全国各地颁发嘉禾图。
乾隆三年，皇帝第一次举行耕耤礼。祭祀前六天，驾临丰泽园演练耕耤仪式。到祭祀当日，祭祀先农神，推耒耜四次。乾隆二十三年，皇帝下达谕旨：“吉利的亥日，到耤田耕作，看重的是劝勉农事。黑色的耒耜、青色的箱器，畚箕、锄头、蓑衣、斗笠，全都寄托着体察百姓疾苦的深意。我们的百姓雨天犁地、晴天除草，身披蓑衣劳作十分辛苦，炎热潮湿也不能躲避。如今搭设棚子、悬挂彩饰，毫无意义。而且短时间使用一次，耗费的钱财抵得上普通人家几十户的家产，就此废除这套陈设。”乾隆三十七年，大臣们顾虑皇帝年事已高，请求停止皇帝亲自行耕耤礼，皇帝没有准许。下令依旧遵照古制推耒耜三次。嘉庆朝以后，依旧如同雍正初年那样，推完三推再加推一次。
各省祭祀先农神，清朝初年没有举办。雍正二年，皇帝的耤田里长出祥瑞的嘉禾，一根禾茎长出三四个稻穗。过了两年，一根禾茎甚至长出九个稻穗。皇帝下达谕旨说：“国家以百姓为根本，百姓以粮食为生存根基。古礼记载，天子的耤田一千亩，诸侯的耤田一百亩。可见耕耤之礼，官员也可以奉行。地方长官理应遵照执行，让官员体会耕种收获的艰难，察看土地肥力好坏，观察天气阴晴雨水。养育百姓、务本重农的道理，正来源于此。”于是朝臣议定制度：顺天府尹，各省总督巡抚以及下属府、州、县、卫，分别修建农坛、设置耤田。从雍正五年开始，每年仲春亥日，率领下属祭祀先农神，行九推之礼。十月初一，颁布时宪历，预先确定第二年耕耤的吉利日期，下发相关部门遵照执行。祭祀所用祭品、礼仪规格，和祭祀社稷神相同。
祭祀先蚕神，清初没有归入官方祀典。康熙年间，在丰泽园设立蚕舍，才开始兴办养蚕的事务。雍正十三年，河东总督王士俊上奏疏请求设立祭祀先蚕的典礼，大略说道：“《周礼》郑玄注释引用房星，把马神当作蚕神。蚕神、马神都出自天驷星，但天驷只能称作马的始祖，实在不是蚕神。《淮南子》引用《蚕经》，说黄帝的元妃西陵氏最早教人养蚕，人类制作衣裳就从她开始。汉代祭祀菀窳妇人、寓氏公主，这件事没有可靠依据。‘先蚕’这个名称，儒家礼经当中没有记载。隋朝才开始修建先蚕坛，建在都城北边三里，坛高四尺。《唐会要》记载，派遣官员祭祀先蚕，规格如同祭祀先农。宋朝景德三年，命令官员代为主持祭祀。明代厘定整理各类祭祀典礼，各类神灵都沿用本来的名号；比如农事起源于炎帝，就只称先农神；养蚕始于黄帝元妃，也应当只称先蚕神。按照周代制度，养蚕相关祭祀在北郊举行。如今京城修建先蚕坛，也适合选在北郊。”礼部商议之后，赞同他的意见。侍郎图理琛上奏，请求在安定门外修建先蚕祠，每年季春吉利的巳日，派遣太常卿用少牢规格祭祀。这套方案还没有来得及实施。
乾隆七年，朝廷才下诏商议皇后亲蚕的典礼。参与商议的大臣认为郊外路途遥远，而且没有通畅水源，缺少浴蚕的地方。考证唐、宋时期后妃举行亲蚕礼，大多在宫苑之内，明代也把先蚕坛改到西苑。清高宗参考前代制度，准许这个提议。命令相关官员勘察选址，于是在西苑东北角修建先蚕坛。坛的三面栽种桑树、柘树。坛的东边是观桑台，台前是桑园，台后是亲蚕门。门内是亲蚕殿，殿后是浴蚕池，池子北面是后殿。宫殿左侧是供蚕妇浴蚕的河道。河道上架设两座木桥，南边木桥的东侧就是先蚕神殿。神殿左边是蚕署，北边木桥东侧是蚕所，全都符合古代礼制。
同年，制定皇后祭祀先蚕神的礼仪，设置蚕室，预先供奉先蚕西陵氏的神位。到祭祀当天辰初时刻，皇后身着礼服乘坐凤辇出宫，走到内矮围墙的左门下辇，进入具服殿，妃嫔随从陪同。盥洗完毕，登上中间台阶，站在南边台阶上的拜位，行六肃礼，三跪三拜。答谢祭福肉的礼仪，从三拜减为两拜。祭祀不宣读祝文，行三次献酒礼。凡是跪拜动作，坛下的妃嫔全都随同行礼。其余流程和祭祀先农的礼仪一致。典礼结束，皇后返回宫中。
过一天，举行躬桑采桑礼。在此之前，在桑园北边修筑观桑台，设置蚕母二人，蚕妇二十七人，蚕宫令、蚕宫丞各一人掌管相关事务。皇后提前散斋一日，跟随采桑的妃嫔以下所有人全部斋戒。当天天刚亮，陪同采桑、侍班的公主等人，在南门之内等候。巳初时刻，皇后出宫，妃嫔随从，前往西苑，进入具服殿。传赞官分别引导妃嫔、公主等人站到采桑的位置。典仪官上奏，请皇后开始行礼。皇后走到桑田畦垄北边正中位置，两名相仪小官快步上前，递上采桑筐、采桑钩。皇后右手拿钩，左手提筐，向东走到田畦外侧。太监挥动采桑旗，敲击钟鼓，歌唱采桑的辞章。皇后东西两侧一共采桑三次，歌声停止。相仪官快步上前接过筐与钩。皇后登上观桑台，接着由妃嫔、公主等人每人采桑五次，朝廷命妇每人采桑九次。采桑完毕，蚕母面朝北跪下，典仪官把采桑的筐交给蚕母，蚕母恭敬接过后退下。把桑叶切碎，交给蚕妇，撒到养蚕的竹箔上面。皇后前往茧馆，传赞官引导妃嫔等人行礼完毕，皇后回宫。养蚕的事务结束后，蚕母、蚕妇挑选好的蚕茧装筐进献。挑选吉利日子举行治茧缫丝礼，皇后再到先蚕坛，亲临织室，亲手缫丝三盆，之后把后续工作交给蚕妇完成这件事。不久，侍郎三德上奏疏说：“亲蚕典礼，是旷世盛大的仪制，请把先蚕坛的殿宇格局、开工完工的日期，交付史馆记录存档。”皇帝下诏准许。乾隆九年三月，皇后才按照这套完整仪制举行亲蚕礼。
之后定下制度，如果皇后不能亲自到场，就派遣妃嫔代为行礼。代行之人在台阶下行礼，从东边台阶上下，不饮福酒、不接受祭肉，也没有其他人陪同祭祀。乾隆十四年，礼部请求派遣妃嫔代为祭祀。当时皇贵妃还没有正式册立为皇后，皇帝下达谕旨：“妃嫔代为祭祀，是代替皇后。地位没有居中宫为后，怎么能够代替皇后行事？”于是命令内务府大臣主持祭祀。等到正式册立皇后之后，才由皇后亲自祭祀。此后，或是皇后亲行，或是官员代理，或是妃嫔代祭，全部等候皇帝下旨决定。
至于各省的相关祭祀，只有乾隆五十九年规定：浙江轩辕黄帝庙的蚕神，以及杭州、嘉兴、湖州所属各处蚕神祠，每年的祭祀归入官方祀典，祭祀器物规格参照祭祀先农神。
地祇 顺治初年，定下五岳、五镇、四海、四渎已经在方泽坛配享，另外修建地祇坛，位置在天坛西侧，同时祭祀天下的名山大川。顺治三年定：北镇、北海合并派遣一名官员；东岳、东镇、东海派遣一名；西岳、西镇、江渎派遣一名；中岳、淮渎、济渎派遣一名；北岳、中镇、西海、河渎派遣一名；南镇、南海派遣一名；南岳单独派遣一名。将要出行祭祀之前，先派官员斋戒一日，行二跪六拜礼，举行三次献祭。
顺治八年，加封兴京永陵所在的山叫启运山，东京陵所在的山叫积庆山，福陵所在的山叫天柱山，昭陵所在的山叫隆业山，一并在地坛接受祭祀。顺治十六年，把东京陵迁到兴京祔葬，取消积庆山的祭祀。第二年，采纳礼官的建议，把北岳的祭祀改到浑源。康熙二年，赐名凤台山为昌瑞山，一并纳入祭祀。康熙六年，派遣官员祭祀，沿用旧制度；唯独南镇、南海，分别各自派遣一名官员。康熙十六年，下诏册封长白山神灵，祭祀规格等同于五岳。从此每年按时望祭，不曾中断。
康熙二十四年，皇帝东巡，祭祀泰山，祝版上面不书写皇帝的名字。祭祀前一日举行斋戒。太常寺准备祝版、香、帛、酒爵，地方官备好祭品牲畜。到祭祀当日，皇帝身穿龙衮礼服，走出行宫；乐器陈列但是不演奏。到达岳庙下轿，进入中门，到临时帷幄歇息，出来盥洗完毕，走到大殿拜位，行二跪六拜礼，祭奠献酒按照常规仪式，不饮福酒、不受祭肉。第二年，再次调整北岳、混同江的祭祀。又过两年，才举行望祭。
康熙三十五年正月，为天下百姓祈求福佑，开始派遣大臣分头前往各地祭告神灵。祭祀对象：五岳，即东岳泰山、南岳衡山、中岳嵩山、西岳华山、北岳恒山；五镇，即东镇沂山、南镇会稽山、中镇霍山、西镇吴山、北镇医巫闾山；四海，东海、南海、西海、北海；四渎，江渎、淮渎、济渎、河渎；还有乌拉长白山。大规模祭祀山河，就从这时候开始。第二年，北方大漠平定，依旧派遣官员祭祀五岳、五镇、四海、四渎。雍正二年，赐予江渎封号涵和，河渎润毓，淮渎通佑，济渎永惠；同时赐东海显仁，南海昭明，西海正恒，北海崇礼。乾隆二年，加封泰宁山为永宁山，按照旧例附祀于地坛。
过了十年，因为第二年要侍奉太后前往泰山举行祭祀，下令大臣商议礼仪。大臣上奏：“古代帝王登上高山，向上天告成，有燔柴的礼仪。圣祖认为相关仪制典籍残缺，过去提议封禅的说法很多都不合正道，于是确定使用祭祀五岳的规格举行祭祀，应当遵照执行。”第二年，皇帝抵达泰安，前一天到岳庙三次上香，一跪三拜。第二天正式祭祀，礼仪和圣祖祭祀五岳的制度一样。又过一年，巡视中原地区，祭祀中岳嵩山，沿用这套礼仪。乾隆十六年，巡视江南、浙江，派遣官员祭祀江、淮、河的河神。此后一共六次南巡，皇帝都亲自祭祀河岳。乾隆十九年，巡视吉林，望祭北镇医巫闾山、长白山，也依照旧礼。
乾隆二十六年，采纳礼官提议，派遣六组官员分别祭祀五岳五镇四海四渎：长白山、北海、北镇一组；西岳、西镇、江渎一组；东岳、东镇、东海、南镇一组；中岳、南岳、济渎、淮渎一组；北岳、中镇、西海、河渎一组；南海单独一组。当时各地大多建有海神庙，唯独北海还没有庙宇。乾隆四十三年，才在山海关修建北海神庙。凡是在地坛举行祈祷仪式，拜位设在北边台阶之下，行三跪九拜，使用埋祭品的瘗礼。光绪初年，加封太白山神保民，医巫闾山神灵应。光绪二十七年，两宫太后去往西安，派遣官员祭祀沿途经过的山川，并且祭告华山、嵩山，遵循礼仪。
其他山川的祭祀：圣祖向北征伐大漠，驻扎噶尔图，命令大学士祭祀当地山川；军队走出卡伦，命令官员祭祀境外山川。从那以后，浙江、大沽、大通海神都修建庙宇祭祀。雍正年间，修建湘江神祠、武昌江神庙；赐广东海阳山神封号安流襄绩。高宗继承帝位，定下星宿海、西域山川、伊犁阿布拉山等各路神灵的祭祀。又因为松花江发源自长白山，仿照望祭北海的制度祭祀。大军西征，祭祀阿勒台、珠尔库、博克达、阿拉克四座大山。又赐太白山、洞庭山、库伦汗山、金山诸神封号。四川、陕西战乱平定，修建终南山神庙。举行木兰秋狝，议定兴安大岭山的祭祀制度：常规祭祀用少牢，战时告祭用太牢；每年仲春举行望祭，礼仪和祭祀五镇相同，祭祀用帛、酒尊、羊、猪各一件，簠、簋各两件，酒爵三只，笾、豆各十件。秋狝之时，王公大臣主持祭祀，增加登一件、鉶两件，其余祭品和春祭一样；另外修建庙宇供奉神灵，赐封号协义昭灵。又加封江西庐山神溥福广济。从仁宗到德宗，先后加封江南、湖北、山东、台湾、安东的江神、河神、海神，还有黄陂木兰山、西藏瓦合山、四川峨眉山诸神，都按时加封或者提升祭祀规格。综合考察本朝祀典，河神相关记载另外见于《河渠志》，其余众多名山大川得到赐号的还有很多，不能全部列举。
直省神祇 顺治初年，命令各府、州、县修建神祇坛，每年春秋第二个月，由地方官主持祭祀。雍正三年定下制度：主祭官员斋戒两天，身穿朝服办理祭祀，礼仪参照社稷坛。乾隆八年，向各省颁发祭祀神祇的祝文。乾隆二十二年，规定各府、州、县祭祀境内山川，定在春秋第二个月的戊日。风神、雷神各类神灵，朝廷专门赐封号、立庙祭祀。从世宗到德宗末年，不断增加赐封。凡是列入官方祀典的神灵，地方官员按时恭敬祭祀；祭品用羊一头、猪一头，五盘果品，帛一份，酒尊一个，酒爵三只；宣读祝文、叩拜，沿用旧例。
志五十九 礼三（吉礼三）
历代帝王陵庙 传心殿 先师孔子 元圣周公 关圣帝君 文昌帝君 祭纛 祀炮 京师群祀附 五祀 八蜡 直省祭厉
历代帝王庙 顺治初年，在京城西边阜成门内修建历代帝王庙，庙宇朝南。正中是景德崇圣殿，九开间；东西两庑各七开间，各设一座燎炉；后面是祭器库，前面是景德门。门外建有神库、神厨、宰牲亭、井亭、钟楼、斋戒的居所，设施完备。
明代祭祀历代帝王，元世祖入庙受祭，辽、金的帝王不在祭祀之列。到这时采纳礼官的意见：辽、金在宋代分别统治北方疆域，他们的太祖应当入庙受祭；元朝开拓广阔疆土，功业始于元太祖，按礼制应当尊崇。一同配享的大臣，辽代耶律赫噜，金代尼玛哈、斡里雅布，元代穆呼哩、巴延，明代徐达、刘基，全部入庙从祀。
祭祀当日，一名大臣主持正殿祭祀。正殿供奉伏羲、神农、黄帝、少昊、颛顼、帝喾、唐尧、虞舜、夏禹、商汤、周武王、汉高祖、汉光武帝、唐太宗，宋太祖辽太祖金太祖金世宗，元太祖元世祖，明太祖，一共二十一位帝王，用太牢祭祀。四名分献官主持东西两庑的祭祀。两庑供奉风后、力牧、皋陶、夔、龙、伯益、伯夷、伊尹、傅说、周公旦、召公奭、太公望、召虎、方叔、张良、萧何、曹参、陈平、周勃、邓禹、冯异、诸葛亮、房玄龄、杜如晦、李靖、郭子仪、李晟、张巡、许远、耶律赫噜、曹彬、潘美、张浚、韩世忠、岳飞、尼玛哈、斡里雅布、穆呼哩、巴延、徐达、刘基，一共四十一位功臣，用少牢祭祀。
顺治十四年，圣祖亲自到帝王庙祭祀。祭祀前完成斋戒，第二天天刚亮，皇帝车驾从西华门出宫，到帝王庙下辇，进入帷幄，盥洗完毕，走进正殿就位上香。在三位帝王神位前行二跪六拜，奠帛、献酒、宣读祝文，都在初献环节完成。总共三献，分献官按照仪制祭祀两庑。派遣官员代祭，则身穿朝服。王公主持祭祀，从景德左门进入，登上东边台阶，站在台阶之上；其余官员从右门进入，站在台阶之下，全部行三跪九拜，不饮福酒、不受祭肉，没有陪祀人员。
顺治十七年，礼官上奏议论：帝王庙只祭祀开国君主，应当增加治国有方的守成君主；同时取消宋代大臣潘美、张浚的从祀。皇帝采纳。于是增加祭祀商中宗、商高宗，周成王、周康王，汉文帝，宋仁宗，明孝宗；辽太祖、金太祖、元太祖暂时取消祭祀。圣祖即位之后，因为他们开国的功绩，又恢复祭祀。
康熙六十一年，皇帝下达谕旨：“帝王庙祭祀历代君主，有的朝代只祭祀一两位；有的祭祀臣子，却不祭祀当朝君主，这样有所偏颇。凡是做过天下之主的，除去亡国、暴虐无道被杀的，都应当入庙受祭。明朝国事败坏，始于万历、泰昌、天启三朝，明神宗、明光宗、明熹宗不应当受祭祀；国家灭亡的罪责不在明愍帝（崇祯）。”于是大臣商议，正殿增加供奉夏启、仲康、少康、杼、槐、芒、泄、不降、扃、廑、孔甲、皋、发；商太甲、沃丁、太庚、小甲、雍己、太戊、仲丁、外壬、河亶甲、祖乙、祖辛、沃甲、祖丁、南庚、阳甲、盘庚、小辛、小乙、武丁、祖庚、祖甲、廪辛、庚丁、太丁、帝乙；周成王、康王、昭王、穆王、共王、懿王、孝王、夷王、宣王、平王、桓王、庄王、僖王、惠王、襄王、顷王、匡王、定王、简王、灵王、景王、悼王、敬王、元王、贞定王、考王、威烈王、安王、烈王、显王、慎靓王；汉惠帝、文帝、景帝、武帝、昭帝、宣帝、元帝、成帝、哀帝、明帝、章帝、和帝、殇帝、安帝、顺帝、冲帝、桓帝、灵帝、昭烈帝；唐高祖、高宗、睿宗、玄宗、肃宗、代宗、德宗、顺宗、穆宗、文宗、武宗、宣宗、懿宗、僖宗；辽太宗、景宗、圣宗、兴宗、道宗；宋太宗、真宗、仁宗、英宗、神宗、哲宗、高宗、孝宗、光宗、宁宗、理宗、度宗、端宗；金太宗、章宗、宣宗；元太宗、定宗、宪宗、成宗、武宗、仁宗、泰定帝、文宗、宁宗；明成祖、仁宗、宣宗、英宗、景帝、宪宗、孝宗、武宗、世宗、穆宗、愍帝，合计一百四十三位帝王。
从祀的功臣，新增黄帝的臣子仓颉；商代仲虺；周代毕公高、吕侯、仲山甫、尹吉甫；汉代刘章、魏相、丙吉、耿弇、马援、赵云；唐代狄仁杰、宋璟、姚崇、李泌、陆贽、裴度；宋代吕蒙正、李沆、寇准、王曾、范仲淹、富弼、韩琦、文彦博、司马光、李纲、赵鼎、文天祥；金代呼噜；元代博果密、托克托；明代常遇春、李文忠、杨士奇、杨荣、于谦、李贤、刘大夏，一共四十人。这一年，世宗登基，依照大臣的决议执行，增设神主，把这道谕旨刻在石碑上。
乾隆元年，给明建文帝定谥号恭闵惠皇帝，入帝王庙受祭，排位在明太祖之后。重新规定帝王庙祭祀使用鹿脯、鹿肉酱，增加鹿一头；两庑祭品更换肉酱，增加猪一头。乾隆十四年，唐尧虞舜时期五位贤臣，只有契还没有祭祀，于是在成汤庙后面修建殿宇，由地方官祭祀，仿照孔庙崇圣祠的制度。最初，帝王庙正殿铺设青绿色琉璃瓦；乾隆十八年重修，改换为黄色琉璃瓦。
乾隆四十九年，皇帝对大臣下达谕旨：“从前圣祖下令增祀帝王，圣训十分公允。但是当时参与商议的大臣没能深刻领会，把辽、金列入祭祀，却遗漏东西晋、北魏、五代。如果说南北朝属于偏安政权，辽、金同样没有统一中原。两晋的君主，有人因为司马氏篡夺天下就排斥，却忘了三国正统在于蜀汉昭烈帝刘备。司马氏之后，南朝皇位屡次更迭；宋武帝夺取晋朝天下，篡夺的罪责无法回避。其余帝王得国手段不正，但后代君主能够安稳守业，也算是中等君主。蜀汉到初唐有很多贤明君主，怎么能够遗漏？至于朱温之后的五代，有的出身盗寇，有的是叛臣，五十多年国运摇摇欲坠；周世宗继承基业，开拓疆土，功绩卓著，却被排斥不在庙中。数百年间，这些君主得不到祭祀，哪里是后世公论？又如北魏占据黄河以北，道武帝、太武帝都勤于治理，也应当表彰。从前杨维桢写《正统辨》，认为正统属于宋朝，不属于辽、金、元，这个观点十分妥当。如今礼制祭祀辽金，却废弃两晋，会让后人疑惑本朝区分南北政权，不符合祭祀本意。明神宗、明熹宗败坏法度，崇祯继位已经无力回天，虽然国破身死，不能和荒淫昏君一概而论。圣祖撤掉神宗、熹宗神位，保留崇祯，十分公允。但是商议的人又提议祭祀汉桓帝、汉灵帝，难道忘了汉朝怎么灭亡的吗？你们再仔细重新商议。”不久大臣议定：增加两晋、北魏、五代各个帝王入祀；唐宪宗平定祸乱、金哀宗殉国，也应当入庙。皇帝准许。
同治四年，增加散宜生配享，排位在毕公高之后；高允从祀，排位在赵云之后。
陵寝之祭 清太宗征讨明朝，到达燕京，就派遣贝勒阿巴泰等人前往金太祖、金世宗的陵寝祭祀。顺治建立国号，以礼安葬明崇祯帝、皇后；下诏保护明朝十二座皇陵，按时祭祀，禁止砍伐陵地草木放牧；划拨土地，设置守陵官员和陵户。每年四时的祭品，由户部置办。第二年，规定每年春秋第二个月派遣官员祭祀。顺治六年，明朝皇陵依旧设置太监，房山金陵也设置陵户。
顺治八年，制定历代帝王陵寝的祭祀制度：淮宁伏羲陵，滑县颛顼陵、帝喾陵，内黄商中宗陵，西华商高宗陵，孟津汉光武帝陵，郑州周世宗陵，巩县宋太祖、宋太宗、宋真宗、宋仁宗陵，赵城女娲陵，荣河商汤陵，曲阜少昊陵，东平唐尧陵，中都轩辕陵，咸阳周文王、周武王、周成王、周康王陵，泾阳汉高祖陵、唐宣宗陵，咸宁汉文帝陵，长安汉宣帝陵，富平北魏孝文帝陵，三原唐高祖陵，醴泉唐太宗陵，蒲城唐宪宗陵，酃县神农陵，宁远虞舜陵，会稽夏禹陵，江宁明太祖陵，广宁辽太祖陵，房山金太祖、金世宗陵，宛平元太祖、元世祖陵，昌平明宣宗、明孝宗、明世宗陵。都在陵寝的享殿举行祭祀，有的依托陵寝筑坛；只有元朝帝王陵寝实行望祭。
顺治十六年，皇帝巡行京畿，亲自到崇祯帝陵酹酒祭奠，定谥号庄烈愍皇帝。
凡是皇帝巡幸经过的地方，都要祭祀帝王陵庙；国家有重大庆典，也派遣官员祭告。康熙二十一年，云南叛乱平定，派遣官员祭祀历代陵寝，颁发册文、香、帛，赏赐黄伞一把，御仗、龙纛各两件。凡是建立大功，都按照这套典礼祭祀。康熙二十三年南巡，途经江宁，拜祭明太祖陵；下旨命令官员巡查，守陵人员严加防护。过了五年，巡行会稽，祭祀大禹陵，祝版书写皇帝名字，行三跪九拜礼。驻跸江宁，祭祀明太祖陵，礼仪和祭祀大禹陵相同。平时巡幸祭祀帝王陵寝，一般行二跪六拜，这两次属于特殊恩典。康熙三十八年再次南巡，看见明太祖陵残破损毁；下诏仿照周朝分封杞国、宋国延续前朝祭祀的旧例，授予明朝后裔官职，让他们世代守护皇陵。康熙四十二年西巡，派遣官员祭祀女娲陵；到陕西，派人祭祀沿途各座帝王陵；祭祀周文王、周武王时，祝版书写皇帝名字，是为了尊崇圣王。
康熙六十一年，留下遗谕：“明太祖出身平民，统一天下，功业超越汉、唐、宋诸位帝王。末年遭遇灾荒，朝廷内大臣争斗，外面盗贼四起，才导致国家覆灭。考察明代后面几位君主，没有明显荒淫堕落的行为，只是国运到此为止。而且本朝很多制度，都是承袭明代。应当寻访明朝宗室后裔，酌情授予爵位，让他们主持春秋两季祭祀。”世宗即位，授予朱之琏一等世袭侯爵，每年前往江宁明孝陵、昌平明十三陵主持祭祀，从此成为定例。
帝尧的陵寝历来有两处：一处在平阳，一处在濮州。濮州东南的谷林，就是古时雷泽。乾隆元年，修整厘定陵寝，确定谷林为尧陵旧址；平阳尧陵依旧由地方官按时祭祀。同时修整神农陵、虞舜陵，设置陵户看管。乾隆十一年，因为陕西是古代建都之地，帝王陵墓众多，命令地方长官查考《会典》没有记载的陵墓，责令地方官府加以保护。乾隆十三年，皇帝亲临曲阜，拜祭少昊陵；此后东巡，都亲自祭祀。乾隆十六年，挑选姒氏（夏禹后裔）一人，授予世袭八品官，主持大禹陵祭祀。赵城女娲陵庙宇原有塑像，皇帝认为亵渎神灵，下令撤去塑像，改立神位，禁止民间私自祈祷。
乾隆十八年，拜谒泰陵，典礼完毕，前往房山祭祀金太祖陵，赏赐完颜氏后裔官爵、布帛。
乾隆二十六年，规定帝王陵寝，和五岳五镇四海四渎、孔子阙里，一样派遣官员祭祀。乾隆四十一年，礼官上奏：“正史记载尧陵，《汉书·地理志》写济阴郡成阳县有尧冢、灵台；《刘向传》记载尧安葬在济阴；《晋书·地理志》记载成阳是舜捕鱼的地方，尧的坟墓在城西。《宋史·礼志》记载尧陵在濮州雷泽东面谷林山。《吕氏春秋》《帝王世纪》、《水经注》引用《述征记》、《括地志》、《太平寰宇记》、《路史》、《集古录》各家记载，都和正史吻合。后汉元和年间起，官方就在谷林举行祭祀。明代洪武虽然改到东平祭祀，都属于山东境内。乾隆初年确定谷林为尧陵，考据古史纠正讹误，可以永久遵从。以后祭告都沿用旧制度。平阳那处尧陵，由当地官府祭祀，参照东平旧例。”
不久，大理寺卿尹嘉铨请求停止明宣宗、明世宗陵寝的祭告。大臣商议认为：“明宣宗有很多善政，不能凭借几件事非议；明世宗残害忠良、亲近奸佞，史书评价属实，应当停止祭祀。”皇帝采纳。
乾隆四十九年，南巡到江宁，祭祀明太祖陵。礼部上奏礼仪：三次斟酒，每斟一次行一拜。皇帝下令，参照祭祀少昊陵的礼仪，行二跪六拜，不再斟酒奠祭，定为制度。
乾隆五十年，皇帝去往汤山，途经昌平，亲自到明成祖陵酹酒祭奠，下令修缮；修建定陵享殿，同时恢复明世宗的陵寝祭祀。
嘉庆元年，不再派遣京城官员，命令各省副都统、总兵主持帝王陵祭祀。嘉庆九年，拜谒东陵，途经盘山，视察明十三陵。旧例，到长陵拜奠，其余陵寝派王公大臣祭拜。这一天仁宗亲自前往所有陵墓，三次奠酒，然后三拜。
望祭元太祖、元世祖陵，原先地点在德胜门外，畅春园、圆明园南边。皇帝认为不合古制，下令以后举行庆典望祭，改在清河以北、昌平以南选择地点行礼。
道光十六年，规定明十三陵春秋祭祀，由世袭侯爵主持；侯爵不到，由明朝宗室当中品级高的人代理，或是派遣散秩大臣，定为永久制度。
光绪七年，下谕禁止开垦明陵周边土地。
传心殿 顺治十四年，沿袭明代制度举行经筵，在弘德殿祭祀先师孔子。康熙十年恢复经筵，派遣官员祭告。康熙二十四年，修建传心殿，位置在文华殿东侧。殿正中供奉皇师伏羲、神农、轩辕；帝师尧、舜；王师禹、汤、周文王、周武王，神位全部朝南。东边供奉周公，西边供奉孔子。祭祀器物规格参照帝王庙。每当皇帝举行经筵，提前派遣大学士前来祭告。从这时开始，才有祭祀传心殿的典礼。
第二年，皇帝将要举行经筵，下诏说：“先圣先师，传承圣贤道统，光辉如同日月星辰。我继承圣贤心学，不断效法，慢慢体会其中道理，落实到政务教化，希望不和圣贤的道理相违背。我要亲自前往传心殿行礼。”祭祀当天准备香烛，鉶一件，笾、豆各两件；奠帛、献酒，宣读祝文。皇帝身穿衮服，行二跪六拜礼。太子春秋会讲，也要先到传心殿祭告。每月初一、十五，派遣太常卿供奉酒果上香。雍正四年，规定经筵当日必须举行祭告礼，成为定例。
乾隆六年，皇帝亲自祭祀传心殿；乾隆六十年退位归政，又举行一次。仁宗、宣宗、文宗，都曾经亲自到此祭告；之后不再有皇帝亲祭。经筵的仪制，另外记载在嘉礼部分。
至圣先师孔子 崇德元年，在盛京修建孔庙，派遣大学士范文程祭祀。供奉颜子、曾子、子思、孟子配享。规定春秋第二个月上旬丁日，举行释奠礼。
世祖平定中原，把京城国子监作为最高学府，修建文庙。文庙布局方正，主体朝南；西侧是持敬门，朝西。前面是大成门，门内陈列二十四把戟，十面石鼓；东西廊房各十一间，向北。大成殿七开间，三层台阶；东西两庑各十九间，配套房舍格局和大成门内一致，朝南。启圣祠正殿五开间，东西两庑各三间；燎炉、瘗坎、神库、神厨、宰牲亭、井亭全部依照规制建造。
顺治二年，尊号定为大成至圣文宣先师孔子。春秋上丁日，派遣一名大学士主祭，两名翰林官分献，国子监祭酒主持启圣祠祭祀；先贤、先儒配享从祀。遇到特殊变故，改在次丁或者下丁日。每月初一，国子监祭酒举行释菜礼，陈设酒、芹菜、枣、栗子。先师和四配行三献礼，十哲、东西两庑由监丞等人分献。每月十五，国子监司业上香。
正殿正中供奉先师孔子，神位朝南。四配：复圣颜子，宗圣曾子，述圣子思子，亚圣孟子。十哲：闵子损、冉子雍、端木子赐、仲子由、卜子商、冉子耕、宰子予、冉子求、言子偃、颛孙子师，神位东西相向。
西庑从祀先贤：澹台灭明、宓不齐、原宪、公冶长、南宫适、公皙哀、商瞿、高柴、漆雕开、樊须、司马耕、商泽、有若、梁鱣、巫马施、冉孺、颜辛、伯虔、曹卹、冉季、公孙龙、漆雕徒文、秦商、漆雕哆、颜高、公西赤、壤驷赤、任不齐、石作蜀、公良孺、公夏首、公肩定、后处、鄡单、奚容蒧、罕父黑、颜祖、荣旗、句井疆、左人郢、秦祖、郑国、县成、原亢、公祖句兹、廉洁、燕伋、叔仲会、乐欬、公西舆如、狄黑、邽巽、孔忠、陈亢、公西蒧、琴张、颜之仆、步叔乘、施之常、秦非、申枨、颜哙、左丘明、周敦颐、张载、程颢、程颐、邵雍、朱熹，一共六十九人。
先儒：公羊高、穀梁赤、伏胜、孔安国、毛苌、后苍、高堂生、董仲舒、王通、杜子春、韩愈、司马光、欧阳修、胡安国、杨时、吕祖谦、罗从彦、蔡沈、李侗、陆九渊、张栻、许衡、真德秀、王守仁、陈献章、薛瑄、胡居仁，一共二十八人。
启圣祠，启圣公（孔子父亲）神位居中朝南。配位先贤：颜无繇、曾点、孔鲤、孟孙氏，东西相向。两庑从祀先儒：周辅成、程珦、蔡元定、朱松。
顺治九年，世祖亲临国子监，举行释奠祭祀先师。王公百官斋戒陪同祭祀。祭祀之前，衍圣公带领孔、颜、曾、孟、仲五家世袭五经博士，孔氏族人五人，颜、曾、孟、仲各家二人赶赴京城；五家在京城做官的子孙全部参与祭祀。同年，设置孔氏南宗博士一人，主持西安孔庙祭祀。
顺治十四年，给事中张文光上奏：“追封王号已经属于过分尊崇圣人；‘大成文宣’四个字，也不足以概括圣人德行，应当改尊号为至圣先师。”朝廷采纳。康熙六年，向国子监颁行中和韶乐。康熙二十二年，皇帝亲笔题写“万世师表”匾额悬挂大成殿，同时颁给全国各地方学宫。康熙二十六年，御制《孔子赞序》和颜、曾、思、孟四篇赞文，刻在石碑上，颁发全国各地。
康熙五十一年，因为朱熹阐发圣贤学问，升入十哲，排位在卜子商之后。不久下令宋代范仲淹从祀孔庙。
雍正元年，下诏追封孔子五代为王。于是追封木金父为肇圣王，祈父为裕圣王，防叔为诒圣王，伯夏为昌圣王，叔梁纥为启圣王。把启圣祠改名为崇圣祠。肇圣王神位居中，裕圣王在左，诒圣王在右，昌圣王次左，启圣王次右，全部朝南。配享、从祀人员照旧。
雍正二年，皇帝到国子监举行释奠。世宗认为，配享庙庭的贤儒，有的从前罢祀应当恢复，有的从前遗漏应当增补，还有适合进入崇圣祠的，命令大臣考据商议。大臣上奏方案，皇帝说：“戴圣、何休不是纯粹的儒者；郑众、卢植、服虔、范甯只坚守一家学说，比起郑康成学识醇厚通达有差距。其余各位儒者是否妥当，再仔细议定。”再次商议上奏之后：
恢复从祀六人：林放、蘧瑗、秦冉、颜何、郑康成、范甯。
新增从祀二十人：孔子弟子县亶、牧皮；孟子弟子乐正子、公都子、万章、公孙丑；汉代诸葛亮；宋代尹焞、魏了翁、黄幹、陈淳、何基、王柏、赵复；元代金履祥、许谦、陈澔；明代罗钦顺、蔡清；本朝陆陇其。
进入崇圣祠一人：宋代张迪（张载之父）。
不久下令避讳孔子名“丘”，地名用字改为“邱”，读音不变；唯独“圜丘”一词不改动。
雍正四年八月仲丁，世宗亲自到孔庙释奠。从前春秋两祭没有皇帝亲祭制度，从这时开始确立。祭品牺牲、笾豆规格和丁祭相同；行二跪六拜礼，奠帛献酒全部跪姿，依旧宣读祝文，不饮福酒不受祭肉。尚书分献四配，侍郎分献十一哲以及东西两庑。第二年，定下八月二十七日孔子诞辰，官吏军民全部斋戒一日，成为惯例。又过一年，御书“生民未有”匾额，依照旧例颁行各地。雍正十一年，制定皇帝亲祭礼仪，香案前行三上香。
乾隆二年，下谕大成殿以及大成门改换黄色琉璃瓦，崇圣祠用绿色琉璃瓦。恢复元代吴澄的从祀资格。乾隆三年，把有子若升为十二哲，排位在卜子商之后；朱熹位次移到颛孙子师之后。
同年上丁日，皇帝亲临国子监释奠。仪仗出行，到孔庙门外下辇。进入中门，到临时幄次，出来盥洗完毕，走进大成中门，登上台阶，三上香，行二跪六拜。相关官员依次献祭。正殿祭祀时，分献官登上东西台阶，走进左右侧门，到四配、十二哲神位前上香献祭；两庑分献官分别到先贤先儒神位前上香献祭。献祭完毕，皇帝三拜；亚献、终献和初献流程一致。释奠使用三献礼，从这时候开始。
祭祀崇圣祠，主祭官拜位在台阶之下；承祭官登上东阶，进左门，到肇圣王神位前上香。分献官登上东西台阶，进入左右门，分别到配位、两庑从祀神位前上香，行三跪九拜。奠帛、读祝，在初献进行，一共三献，典礼完毕。从此成为固定仪轨。
乾隆十八年，修正国子监丁祭祭品，参照曲阜阙里孔庙，使用少牢；十二哲东西各一桌祭品；东西两庑各三桌。崇圣祠四配，两庑东西各一桌。十二哲每位配帛一份，东西两庑共用两筐帛。分献安排：正殿东西，翰林官各献三次酒；西庑国子监四名官员，一共献三次酒；十二哲、两庑斟酒，由国子监在学生员承担。规定两庑神位顺序，按照史书传记记载的时代先后排列。
乾隆三十三年，文庙修缮完工，大门悬挂“先师庙”匾额，正殿和殿门题为“大成”，皇帝亲笔题写匾额，立碑记述这件事。从内府古礼器当中挑选十件：牺尊、雷文壶、子爵、内言卣、康侯爵、鼎盟簋、雷纹觚、召仲簋、素洗、牺首罍，颁发给国子监。
乾隆五十年，新建辟雍完工，皇帝亲临讲学，照旧先举行释奠。嘉庆年间，两次举行临雍讲学大典。
道光二年，下诏刘宗周从祀；道光三年汤斌；道光五年黄道周；道光六年陆贽、吕坤；道光八年孙奇逢，都作为先儒从祀孔庙。道光八年，湖北学政王赠芳请求把陈良入祀，皇帝认为陈良言行没有可靠记载，搁置提议。不久御史牛鉴请求李颙从祀，礼部意见同意，皇帝驳回。道光十六年，下诏孔庙不能和佛、道庙宇混在一起。之后又把宋代文天祥、谢良佐列入配享。咸丰初年，增加先贤公明仪，宋代李纲、韩琦从祀。
咸丰三年二月上丁，举行释菜礼；六天之后，临雍讲学。圣贤后裔、国子监生员，环绕辟雍桥听讲，人潮云集。
咸丰七年，增加孔子兄长孟皮从祀崇圣祠；先贤公孙侨从祀文庙；宋代陆秀夫、明代曹端一并入祀。
咸丰十年，采纳礼官意见：从祀大典，以阐扬圣学、传承道统作为评判标准。其余人物，根据事迹归入忠义祠、名宦祠、乡贤祠。已经在帝王庙配享的名臣重臣，不要再讨论孔庙从祀。同治二年，御史刘毓楠认为新定从祀标准太过严苛，像宋代黄震这类人不能入祀，担心败坏人心风俗；皇帝批评他迂腐荒谬。
同年，汉代毛亨，明代吕棻、方孝孺，一同入庙从祀。重新修订从祀位次，全部按照时代排序。定为：
东庑：公羊高、伏胜、毛亨、孔安国、后苍、郑康成、范甯、陆贽、范仲淹、欧阳修、司马光、谢良佐、罗从彦、李纲、张栻、陆九渊、陈淳、真德秀、何基、文天祥、赵复、金履祥、陈澔、方孝孺、薛瑄、胡居仁、罗钦顺、吕棻、刘宗周、孙奇逢、陆陇其。
西庑：穀梁赤、高堂生、董仲舒、毛苌、杜子春、诸葛亮、王通、韩愈、胡瑗、韩琦、杨时、尹焞、胡安国、李侗、吕祖谦、黄幹、蔡沈、魏了翁、王柏、陆秀夫、许衡、吴澄、许谦、曹端、陈献章、蔡清、王守仁、吕坤、黄道周、汤斌。
绘制位次图，颁发全国各省。同治七年，宋代袁燮、先儒张履祥从祀。光绪初年，增加陆世仪。之后汉代许慎、河间献王刘德，先儒张伯行，宋代辅广、游酢、吕大临，也相继入祀。
光绪二十年仲秋上丁，皇帝亲自前往孔庙释奠，恢复饮福、受胙的礼仪。
光绪三十二年十二月，把孔子祭祀提升为大祀。孔子祭祀，明代成化、弘治年间定为八佾舞蹈，十二套笾豆祭品。嘉靖九年，采纳张璁的提议，降为中祀。康熙时期，国子监祭酒王士禛曾经请求恢复成化弘治旧制，提议一直没有落实。到这时命令礼部拟定礼仪上奏。礼部上奏：“孔子德行和天地齐等，道义超过百代帝王。从汉到明代，祭祀制度多有缺憾。圣祖到阙里祭祀孔子，行三跪九拜，曲柄黄伞留在孔庙。世宗亲临国子监，上香、奠帛、献酒全部跪行；孔庙改用黄瓦，追封孔子五代为王；孔子诞辰举国斋戒，避讳圣人名讳。高宗举行释奠，效法圣祖，亲自完成三献，定为常礼。尊崇报答功德，已经超过前代，暗含升为大祀的用意。世宗谕旨说：尧舜禹汤文武的圣贤大道，依靠孔子才没有断绝；《论语》一书贴近日用，让万世纲常明确，名分分辨，人心端正，风俗淳厚，所以称得上生民未有。圣训前后一脉相承。如今虽然学派众多，朝廷公开尊崇圣教，足以实现经书端正、百姓向善的巨大功效。”
奏章上报之后，文庙全部改换黄瓦；乐舞使用八佾，增加武舞；释奠大典皇帝亲到，有大事派遣亲王代替。四配由大学士分献，十二哲、两庑由尚书分献。祭祀当天，从大成左门进入，登台阶进大殿左门，行三跪九拜；上香、奠帛、献酒全部跪姿，三献全部皇帝亲自完成，进出仪式相同。亲王代为祭祀，则四配由尚书分献，其余由侍郎；从大成右门出入，不饮福不受胙。崇圣祠原本亲王主持；如果是代替释奠大典，就用大学士。配位由侍郎分献，西庑内阁学士分献；其余照旧。光绪三十四年，定下文庙九开间、三层台阶五组陛阶的规制。
御史赵启霖请求把王夫之、黄宗羲、顾炎武从祀孔庙，交由礼部商议。之前署理礼部侍郎郭嵩焘、湖北学政孔祥霖请求王夫之从祀；江西学政陈宝琛请求黄宗羲、顾炎武从祀，都被驳回。这一次礼部议论：“三人身处明末，倡导钻研经书教化天下，德行学问并重。但是王夫之《黄书》《原极》寄托《春秋》大义；黄宗羲《明夷待访录》《原君》《原臣》发挥孟子思想，文字近于激烈。只有顾炎武学问纯粹醇厚，可以准许顾炎武从祀；王夫之、黄宗羲留待再议。”皇帝下令三个人全部准予从祀。
阙里曲阜孔庙，国家大事举行祭告，记载在前面祭告篇章。春秋两季祭祀规格和国子监一样。康熙年间圣祖东巡亲祭，礼部拟定仪制：皇帝穿龙衮礼服，仪仗陈列，行二跪六拜；四配、十哲、两庑、启圣祠，派遣官员分献。随行官员文官知府、武官副将以上，衍圣公以及孔颜曾孟后裔做官的，全部陪祀。皇帝觉得礼仪不够郑重，下令重新拟定。于是迎神、送神全部三跪九拜；乐章和国子监略有差别，提前派太常寺乐官、乐舞生前去练习。皇帝亲自撰写祝文。祭祀当日，到奎文阁前下辇，到斋所短暂休息；从帷幄出来，进入大成门，登殿完成释奠；到诗礼堂听讲经书。典礼完毕，遍览庙中车服礼器。更换常服，前往孔林，跪奠三爵酒，三拜；赏赐衍圣公以下不等银币。曲柄黄伞留在孔庙。扩大孔林土地，免除赋税。立御制碑文刻石。另外修建子思子庙，仿照颜、曾、孟三庙格局。
雍正三十二年，孔庙修缮完工，皇子前去祭祀，在杏坛行礼。雍正二年，曲阜孔庙遭遇火灾，派遣官员到阙里慰祭；命令大臣重建。阙里的乐工到太常寺学习乐舞，冠服完全和国子监一致。雍正八年工程完工，黄瓦画栋，规格如同宫殿。登、簋、簠、鉶、笾、豆、尊、爵，全部由内府颁发，立碑记事，专门下诏书命皇五子前往祭祀。
乾隆八年，制定阙里孔庙祭祀乐章。乾隆二十三年，皇帝东巡亲祭，沿用旧礼；派遣大臣专门祭祀颜庙、曾庙、思庙、孟庙，御制四贤赞刻石碑。盛京学宫所需乐器，乾隆年间才命令顺天府尹依照《皇朝礼器图》制作；鎛钟、特磬由内廷制造，颁给国子监以及全国学宫；府丞挑选精通音律的佾生送到太常寺学习舞蹈。热河成为皇帝巡行驻地，兴办学校，大成殿神龛案台仿照国子监，祭器乐器也完全相同。
至于全国府、州、县的释奠，由当地主官主持，礼仪参照国子监，顺治初年就推行。雍正五年定制度：各省总督、巡抚、学政，上丁日率领下属祭祀文庙。学政主持考试，先要拜谒文庙；府、州、县官带领下属在本地文庙行礼。乾隆六年，命令全国学宫设立先贤先儒神位。同治初年，颁发从祀先儒位次图。光绪末年升为大祀，各省文庙建筑、礼器、乐舞，崇圣祠祭品，全部和国子监看齐，礼节沿用旧制。
元圣周公 顺治十七年，给事中黏本盛上奏，请求在文庙后面另外修建传圣祠。交给礼部商议。礼官回复：“祭祀周公，过去在国子监。唐代显庆年间，认为周公制礼作乐，功绩堪比帝王，把他放在孔庙，想要尊崇反而贬低。于是改为在帝王庙配享，不再和国子监孔子同祭。现在又要在文庙后面修建传圣祠，违背尊崇周公的本意。”这件事就此搁置。
康熙二十三年，圣祖到阙里祭祀孔子，下诏：“周公是古代大圣人，制礼作乐，法度流传万世。曲阜有周公庙，应当举行祭祀。”于是派遣亲王和礼部尚书前往，皇帝亲自撰写祝文，行三献礼。祭品羊一头、猪一头，五盘果品，酒尊一个，酒爵三只，责令地方官府置办。第二年，授予东野氏（周公后裔）一人五经博士，主持周公庙祭祀。康熙二十六年，御书周公庙碑文，仿照文庙样式刻碑。乾隆十二年东巡，增加登一件、鉶两件，簋、簠各两件，笾、豆各八件；派遣亲王行礼。配享的鲁公，派遣礼部尚书祭祀。第二年，皇帝亲临曲阜，亲自上香，一跪三拜。此后东巡，皇帝都亲自拜谒。乾隆四十三年，仿照孔氏南宗先例，设置当阳博士，守护周公陵墓。
关圣帝君 清初定都盛京，在地载门外修建关帝庙，御赐匾额“义高千古”。世祖入关，又在地安门外修建关帝庙，每年五月十三日祭祀。顺治九年，敕封忠义神武关圣大帝。雍正三年，追封关羽三代为公爵：曾祖光昭公，祖父裕昌公，父亲成忠公，神位安放在后殿。增加春秋两季祭祀。洛阳、解州的关羽后裔授予世袭五经博士，主持祭祀。定下春秋祭祀仪制：前殿由大臣主祭，后殿由太常寺长官主持。祭祀当日天刚亮，大臣身穿朝服从庙左门进入，登上台阶站定拜位，上香，行三跪九拜，三献祭品，不饮福酒不受祭肉。祭祀后殿行二跪六拜。雍正十一年，增设当阳博士一人，守护关羽陵墓。
乾隆三十三年，认为原先谥号壮缪不够公允，改谥号神勇，加号灵佑；庙宇大殿和大门，绿瓦改换黄瓦。乾隆四十一年下诏：“关羽扶助汉室，气节刚正。陈寿撰写《三国志》多带个人偏见，史书旧谥号暗含贬抑，不能传信后世。现在编纂《四库全书》，改谥号为忠义，武英殿刊刻，把这份谕旨附在史书末尾，彰显公道。”嘉庆十八年，林清攻入紫禁城，相传关帝显灵护卫皇宫；命令皇子按照仪制祭祀答谢，加封仁勇。道光年间加号威显。咸丰二年加号护国，咸丰三年加号保民。关帝祭祀升入中祀；行礼三跪九叩，乐曲六奏，八佾乐舞，礼仪比照帝王庙。五月告祭，主祭官提前一日斋戒，不奏乐，祭祀完毕不撤祭品；供奉鹿、兔、果品、酒。接着追封关羽三代为王，祭品规格比照崇圣祠；加封精诚绥靖，御书“万世人极”匾额，摹刻颁发各地。同治九年加号翊赞，光绪五年加号宣德。
各省关帝庙，一年三次祭祀，使用太牢。主祭官提前斋戒，不审理案件刑罚；前殿由当地长官主持，后殿府县佐官主持；陈设礼仪大致和京城一样。
文昌帝君 明代成化年间，在元代旧祠基础上重建文昌庙，位置在北京地安门外，后来残破。嘉庆五年，潼江叛乱平定。当初贼寇窥视梓潼文昌祠，望见山上祠庙旗帜就退兵。于是皇帝御书“化成耆定”匾额，表彰灵异功绩。动用内库钱财重修庙宇，第二年夏天完工。仁宗亲自拜谒，行九拜礼。下诏：“文昌帝君掌管文运，尊崇圣道、驱除邪祟，天下百姓尊崇，和关圣帝君同等，应当列入官方祀典。”大学士朱珪撰写碑记，大略说：“文昌星见于《史记·天官书》，斗魁六星，上边匡状四星就是文昌宫。《尚书》‘禋六宗’，孔颖达引用郑玄注解：司中、司命，就是文昌第五星、第四星。《周礼·大宗伯》记载：升烟祭祀司中、司命。郑玄注释就是文昌星。可见祭祀文昌，始于虞舜，见于周礼，汉晋时期还配合郊祀。《元命苞》记载：上将掌威武，次将调理左右，贵相梳理文事，司禄奖赏功臣、选拔人才，掌管爵位科举由来已久。又有说法，帝君周朝化身张仲，以孝友闻名；隋唐化身王通。看李商隐《张亚子庙诗》，孙樵《祭梓潼神君文》；《化书》记载唐玄宗开元年间册封左丞；《通考》记载唐僖宗封为济顺王；宋真宗改封号英显；宋哲宗加封辅元开化文昌司禄帝君；元代再加宏仁封号，都有史料可以考证。”
礼官商议定案：每年春祭在二月初三帝君诞辰；秋祭在仲秋挑选吉日举行，派遣大臣前往祭祀。前殿供奉文昌帝君正神，后殿供奉帝君祖先，祭祀规格和关帝相同。咸丰六年，将文昌帝君祭祀升格为中祀。礼臣上奏，请求增高殿基台阶、扩大庙宇规制，派遣亲王主持祭祀；后殿由太常寺长官亲自前往行礼，行二跪六拜之礼，演奏六套乐舞，采用八佾文舞，朝廷批准施行。各行省的文昌庙，由当地官员按时举行祭祀；没有修建祠庙的地方，就在公共处所设置神位进行祭祀。祭祀完毕，撤去神位，连同祝文、帛币一同送到燎炉焚烧。
旗纛的祭祀
天命十年，后金攻克沈阳，军队回师驻扎在浑河，宰杀牛只祭祀军旗。天聪元年征讨朝鲜，第二年大军凯旋，都树立军旗拜祭上天。从这以后，出兵、班师都把祭祀军旗作为常例，当时军旗神位附设在关帝庙内。顺治帝入关之后，才开始举行望祭（遥望而祭）。
凡是皇帝御驾亲征，选定吉日启程，先在堂子内门外竖立御营黄龙大旗，按照左右两翼分设八旗大旗、火器营大旗各八面，排列在黄龙大旗后方，全部面朝北方。皇帝身穿戎装、佩带佩刀，出宫骑马，进入堂子街门之后下马。在圜殿行礼完毕，走出内门向军旗神灵行礼，率领随军出征的将士行三跪九叩之礼，礼官不宣读赞辞。祭祀完成后奏起礼乐，皇帝车驾出发；领侍卫内大臣、掌管军旗的侍卫率领亲军，高举军旗随行。
大军凯旋归来举行祭祀：到祭祀当日，陈设帝王仪仗，从郊外五里处一直排布到堂子门外。皇帝车驾抵达郊外，下舆之后按照仪制拜祭军旗。朝廷派遣大将出兵，祭祀礼仪与此相同。圣祖征讨噶尔丹凯旋，第二天在安定门外修筑祭坛，祭祀随军的军旗，使用太牢祭品，从这时开始派遣大臣主持行礼。雍正初年，定下每三年举行一次旗纛祭祀。
所有祭祀用的军旗，都收藏在内府之中，祭祀的时候才陈设出来。各省祭祀旗纛，派遣武官身着戎装行礼。
炮位的祭祀
天聪五年，铸造红衣大炮，炮身镌刻“天佑助威大将军”字样，之后带着这门大炮攻破子章台，攻克大凌河，行军携带红衣大炮就是从此时开始。
之后下命令让汉军携带大炮进入山海关。顺治帝定都北京，定下制度：每年秋季九月初一，在卢沟桥沙锅村陈设炮位，就地铺设席子作为祭坛，祭坛面朝西方，由八旗汉军都统主持祭祀事务。大炮按照八旗左右翼分列摆放，祭品使用果品、少牢。祭祀时辰到，先祭祀镶黄旗炮位；都统身着补服，上香，行三跪九叩礼，完成三次献祭，诵读祝文。其余七旗炮位祭祀流程完全一样。副都统及以下官员陪同祭祀。圣祖征战凯旋，在德胜门外设立祭坛，祭品规格和祭祀军旗一致。世宗也定下三年举行一次炮位祭祀。
乾隆十四年，满洲火器营开始祭祀八旗子母炮神，由火器营总统主持祭祀，礼仪参照汉军祭祀火炮的仪轨。此后规定满洲祭祀火炮依从汉军旧例，每年秋季九月到卢沟桥演炮，就在演炮当天举行祭祀。乾隆三十年，祭祀火炮开始使用祝版，并且专门置办一套祭祀礼器。
群祀
先医之祭
一开始沿袭明代旧制，在太医院景惠殿举行祭祀，每年仲春上旬甲日，派遣官员行礼。祭祀三皇：正中供奉伏羲，左边神农，右边黄帝。四位配享：句芒、风后、祝融、力牧。东廊配享十四人：僦贷季、岐伯、伯高、少师、雷公、伊尹、淳于意、华佗、皇甫谧、巢元方、韦慈藏、钱乙、刘完素、李杲。西廊配享十四人：鬼臾区、俞跗、少俞、桐君、马师皇、扁鹊、张机、王叔和、葛洪、孙思邈、王冰、朱肱、张元素、朱彦修。由礼部尚书主持主祭，东西两廊分献祭品由太医院官员负责。行礼采用三跪九叩，完成三献礼。雍正年间，下令太医院全体官员都要斋戒陪同祭祀。
都城隍庙
清代有两处都城隍庙。旧沈阳城隍庙，从元朝延续到明朝，祭祀典礼从未中断。清初在沈阳建都之后，将它升格为都城隍庙，地方官员按时祭祀。北京的城隍庙，修建在宣武门内。顺治八年仲秋，派遣太常寺卿前往祭祀，之后每年定为常例，祭品用太牢，献祭礼仪和祭祀先医相同。万寿节派遣官员祭祀，额外增加果品。雍正年间，改派遣大臣主祭，之后又命令亲王行礼。紫禁城内的城隍庙建在紫禁城西北角；皇城城隍庙修建在西安门内，名叫永佑宫，万寿节或者秋季九月，派遣内务府大臣主持祭祀，祭品用少牢。
北极佑圣真君庙
坐落在地安门外日中坊桥东，名叫灵明显佑宫。顺治年间定下制度，万寿节派遣官员祭祀，后来改为派遣大臣。陈设五盘果供、十五盘饼饵、三只茶碗，行礼行三跪九叩。
火神庙
建在日中坊桥西。康熙初年，定下每年六月二十三日派遣太常寺卿祭祀，之后改派大臣，祭品用少牢。雍正年间，祭品改用太牢。祭祀帛最初用白色，乾隆年间改成赤色，其余仪制参照北极佑圣真君祭祀。
东岳庙
在朝阳门外，每年万寿节举行祭祀。
龙神祭祀
黑龙潭庙修建在京城西北金山山顶，圣祖、世宗都亲自撰写碑记。乾隆五年，赐予封号“昭灵沛泽”。玉泉山神庙，乾隆九年赐号“惠济慈佑”。昆明湖祠，旧名广润灵雨祠，赐号“安佑普济”；嘉庆年间，追加封号“沛泽广生”。京城附近发生旱灾，皇帝亲自到黑龙潭庙祈祷。乾隆四十六年，黑龙潭再加封号“昭灵广济”。嘉庆时期，正式列入国家祀典，派遣散秩大臣前往惠济祠祭祀。河神庙建在绮春园内，供奉天后、龙神、河神，春秋两季祭祀，派遣圆明园大臣主持，礼仪、祭品规格比照都城隍庙。
还有没有固定时间、固定场所的祭祀，以及地方官员按时专门举行的祭祀： 后土司工之神：顺治初年定制度，但凡大兴土木，依照工程所在方位修筑左右祭坛，搭建彩棚，派遣官员前往祭祀，祭品用少牢、饼食果品。若是大型工程安装屋脊吻兽，祭祀琉璃窑神和各位门神，礼仪和祭祀司工神一样。咸丰年间，赐予圆明园春雨轩司工神封号“昭休敷禧真君”，土母封号为夫人；命令内务府大臣春秋两季祭祀。
司机神：顺治末年设立织造局，开始举行祭告，由礼部长官主持。
司仓神：通州三座粮仓，原本只有西仓有神祠；京城内七座粮仓，只有右翼兴平仓建有祠庙。雍正年间加以修缮扩建，之后左翼海运仓修建祠庙，京城外储济仓等五座粮仓都设立神位。由仓场侍郎主祭，祭品少牢、果品，仓监督陪祀，行二跪六拜礼。
以上各类祭祀都在黎明时分举行，参与祭祀的官员全部身穿朝服，这就是这类祭祀的大体情况。至于奉特旨在北京修建的各类祠宇，详见后文。
至于各行省，对于抵御灾害、捍卫地方，对百姓有功德的人物，朝廷赐予封号，建立专门祠庙，当地官府按照典制按时祭祀。
世祖时期：宿迁祭祀河神宋代谢绪。
圣祖时期：成都祭祀诸葛亮；福建以及各省祭祀天后宋代林氏女子。
世宗时期：各省祭祀猛将军元代刘承忠。起初直隶总督李维钧上奏：“发生蝗灾，当地百姓向猛将军庙祈祷，蝗灾就会平息。”于是下旨各省修建庙宇祭祀。不久两江总督查弼纳也上奏称：“凡是建有猛将军庙的地方就没有蝗灾，没有庙宇的地区就遭受蝗害。”这份奏疏遭到皇帝斥责。皇帝下诏说：“水旱蝗灾，地方督抚应当反省政务得失，不可一味依靠祈祷。” 钱塘祭祀伍员，封为英卫公；临安祭祀钱镠，封为诚应王；萧山祭祀宋代张夏，封为静安公；绍兴祭祀明代知府汤绍忠，封为宁江伯，后来莫龙附享祠中；汶上祭祀明代尚书宋礼，封为宁漕公，老人白英以永济神身份一同附祀；灌县祭祀秦代蜀郡太守李冰，封为敷泽兴济通裕王，其子李二郎封为承绩广惠英显王；德清祭祀元代戴继元，封为保济显佑侯；徐闻祭祀原水师副将江启龙，封为英佑骁骑将军，后来张瑜附祀，赐号襄靖普佑；江南山阳祭祀唐代许远，封为威灵显佑王；浮梁祭祀张巡，赐号显佑安澜。
高宗时期：陈留祭祀河神守才，后来在江南修建庙宇叫灵佑观；清河祭祀明代张襄，封为彰灵卫漕将军；广西祭祀蜀将武当，封为显佑英济广福王；沿河各县祭祀原河道总督朱之锡，封为助顺永宁侯。
仁宗时期：追封天后的父亲为积庆公，母亲为夫人；永绥、镇筸祭祀宋代杨灏，封为宣威助顺靖远侯；芜湖祭祀蜀汉孙夫人；曹县祭祀张飞、赵云；江南山阳祭祀湖神谭氏，封为昭灵显佑水府都君；南昌祭祀旌阳县令许逊，封为灵感普济神；全国各省祭祀纯阳演正警化孚佑帝君唐代吕岩；仁和祭祀宋代蒋崇仁（孚顺侯），他的弟弟蒋崇义（孚惠侯）、蒋崇信（孚佑侯）；会稽祭祀汉代曹娥，封为福应夫人；慈溪祭祀天井潭神宋代刘扬祖；义乌祭祀明代漕运总管陈道兴；都昌左蠡镇祭祀元代将军长兴；湖州、苏州祭祀太湖神明王天英；高邮祭祀露筋祠神；淮扬运河厅祭祀宋代耿裕德，封号康泽灵应侯；汉城祭祀窦孝妇；钱塘祭祀五代曹杲，封号金华将军。
宣宗时期：翁源祭祀詹姓三位元代神灵，全部封为侯爵；建德祭祀原知府王光鼎；浙江新城祭祀周雄，封号宣灵王；黔阳祭祀殉难知县周文煜；鄞县祭祀宋代晁说之，封号孚惠侯；白鹤山庙神唐代任侗；茅山庙神张仁皓；长沙祭祀元代李育万，封号广济李真人；莆田祭祀宋代钱氏未嫁女子；萧山祭祀元代杨伯远妻子王氏；同时祭祀唐代董戈管、张实、张耀、张圣，宋代卢万，原知县贾国桢、姚文熊；浙江祭祀太湖神晋代张贲；邹溪庙神宋代裴肃；仁和祭祀宋代施全，立兴福庙供奉；奉化祭祀元代马称德，立进林庙供奉；滕县祭祀明代冯克利，立三界庙供奉；慈溪祭祀汉代张竟与其子张齐芳；杭州供奉灵感广大观音大士，加封慈济；郫县祭祀古蜀王杜宇、开明；绵州祭祀汉代蒋琬；新宁祭祀宋代陈仲真；钦州祭祀原副将景懋；永定河、张秋镇都祭祀九龙陈将军；福建归化祭祀莘氏，封号福顺夫人。
文宗时期：临清、东昌、河南正阳关都祭祀金龙四大王，靖远侯、镇远侯、绥远侯，全部晋封王爵；永城供奉观音大士、孚佑帝君；潮阳和江南高堰祭祀显佑安南神；潮阳祭祀威显灵佑王；广东祭祀明代石康县令罗神；长沙供奉晋代陶淡与其侄子陶烜，都称陶真人；桂平祭祀宋代甘佃，封号孚应惠济王；连江供奉唐代陈昌之女（崇福昭惠慈济夫人），黄助（孚济将军）与其弟黄昭远将军；会稽祭祀回向庙神汉代陈德道；杭州、嘉兴、汤阴、武昌都祭祀宋代岳飞；三水供奉玄坛正一真神；灵山祭祀明代朱统鉴将军；潮州祭祀汉代王伉，封号安济王；奉化祭祀汉代陈鸿；归善祭祀明代王守仁、后唐何泽、元代谭道；歙县祭祀唐代汪华，陈代程灵洗以及他的儿子程文季；严州祭祀唐代邵仁祥，封号孚惠王；镇洋祭祀元代李禄（忠正王）、宋代杨滋（忠惠侯）；寿宁祭祀马氏女子，封号懿政天仙；全州供奉唐代周全真（无量寿佛）、柴崇泆（威信侯）；攸县祭祀唐代陈皎，号杉仙真人；淳安祭祀吴代贺齐，封山阴侯；宜章祭祀唐代黄师浩，封武陵侯；四会供奉宋代阮子郁大师、梁慈能化师；南雄供奉练氏，封号圣化夫人；淮安祭祀周王子晋，封号普惠祖师。
穆宗时期：金龙四大王封号增加到四十字，在封丘、临清、张秋镇、六塘河设立庙宇祭祀；追封原河道总督栗毓美为诚孚栗大王，附祀郓城神庙；广东供奉卢惠能（大鉴禅师）、陈道明（灵通侍者）；宝山祭祀原知县胡仁济；广州祭祀唐代陈四公、陈五公；广丰祭祀明代太保胡德济；浏阳祭祀宋代指挥温康孟；襄垣祭祀唐代焦姓神灵，封号昭泽王；山阴祭祀元代杨兴嗣；福建永安祭祀唐代李肃，封号田王；广东供奉冼夫人（石龙太夫人），赐号慈佑夫人；上饶祭祀唐代李德胜，封号鹰武将军；善化供奉唐代邱姓神灵（朗公普济真君）、明代李润济真人；罗定祭祀殉难州同金芳，封护国神；贵州祭祀唐代南霁云；会昌供奉晋代赖公神；新会祭祀宋代戴存仁；上虞祭祀宋代陈贤，封号显应侯，尊为护国潮神；张秋镇祭祀明代杨四将军，原河道总督黎世序封为孚惠河神；长沙供奉周福寿真人、瞿餐岑真人；温州祭祀唐代杨精义；阳曲祭祀晋大夫窦犨；孟县祭祀晋国赵武；上虞祭祀唐代桑宪保，号桑王神；沿河地区祭祀原祥河同知王仁福，封为将军；南安供奉宋代郭忠，号广泽尊王；栖霞供奉元代丘处机真人；麻城祭祀五脑山土主神张瑞；高要供奉宋代卢僧，号太保神；邵阳祭祀唐代郑洞天；黔阳祭祀唐代孝子刘三将军；江都供奉汉代杜女仙、康紫霞女仙；平江祭祀唐代杨耀庭孝仙。
德宗时期：瓯宁供奉三圣夫人；福建供奉葛长庚（白玉蟾真人）；增城供奉宾公佛；上杭供奉黄仙师、幸仙师；介休供奉田志超（空王古佛）；双流供奉大朗和尚；广德祭祀汉代张渤；项城祭祀傅宗龙；宁武祭祀明代周遇吉；封丘祭祀汉代百里嵩；长乐祭祀唐代郭子仪；长沙祭祀雷万春；交城祭祀晋大夫狐突；潞城祭祀唐代李靖；临海祭祀唐代林洪；云阳祭祀张飞；广西祭祀汉代马援、明代王守仁。
光绪二十七年，慈禧、光绪两宫向西避难之后回銮，御船渡过黄河，风浪平静没有险情，特意给各类大王、将军神灵追加封号。凡是列入国家祭祀的神灵都有封号，不能全部记录，只记载其中著名的。有的在前朝已经受封，本朝再加封号；有的本朝初次册封，之后屡次加封，这类都予以省略。朝廷定例，封号满四十字就不再增加，间或有破例的情况，但不属于常制；只有金龙四大王在四十字之外再加“锡祜”；天后封号加到六十字，又加赐“嘉佑”。
五祀
最初沿用旧制，每到岁末，在太庙西庑合祭户、灶、中霤、门、井五神。顺治八年订立制度：每年孟春，在宫门外祭司户神；孟夏，在大庖之前祭司灶神；季夏，在太和殿台阶祭司中霤神；孟秋，在午门西侧祭司门神；孟冬，在大庖井前祭司井神。中霤、午门门神两次祭祀，由太常寺掌管；户、灶、井三神祭祀，由内务府掌管。从此改为分开祭祀，不久又恢复合祭旧制。等到圣祖整理修订祀典，再次取消分祭，同时停止各神单独祭祀。只保留腊月二十三日宫中祭祀灶神，成为固定习俗。
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