西藏土兵： 雍正九年，新归附的南称、巴彦等处番民共七十九族，地域处在四川、西藏、西宁之间。雍正十年夏季，四川、西藏以及西宁分别派遣专职官员会同勘定地界：靠近西宁的归西宁管辖，靠近西藏的暂时隶属于西藏。
西宁管辖四十族：阿哩克族，蒙古尔津族，雍希叶布族，玉树族，噶尔布族，苏鲁克族，尼雅木错族，固察族，称多族，洞巴族，多伦尼托克安图族，阿萨克族，克列玉族，克阿永族，克叶尔济族，克拉尔济族，克典巴族，隆布族，上隆布族，札武族，上札武族，下札武族，札武班右族，上阿拉克硕族，上隆坝族，下隆坝族，苏尔莽族，白利族，哈尔受族，登坡格尔吉族，下格尔吉族，格尔吉族，巴彦南称族，南称桑巴尔族，南称隆冬族，南称卓达尔族，吹冷多拉族，巴彦南称界住牧喇嘛，拉布库克住牧喇嘛。
西藏管辖三十九族：纳书克贡巴族，毕鲁族，琫盆族，达格鲁族，拉克族，色尔札族，札嘛尔族，阿札克族，上阿札克族，下阿札克族，夥尔川木桑族，夥尔札麻苏他尔族，夥尔札麻苏他尔，只多族，瓦拉族，夥尔族，麻鲁族，宁塔，尼札尔，参麻布玛，尼牙木札族，利松麻巴族，勒达克族，多麻巴族，羊巴族，依戎夥尔族，夥尔族，彭他麻族，夥尔拉赛族，上刚噶鲁族，下刚噶鲁族，琼布拉克鲁族，噶鲁族，色尔札族，上多尔树族，下多尔树族，三札族，三纳拉巴族，朴族。
以上四十族，共计八千四百四十三户。三十九族，共计四千八百八十九户。雍正年间定制度：族内人户满一千户以上，设千户一名；满一百户以上，设百户一名；不足百户，设百长一名；每千户、百户之下，设置数名散百长。到乾隆末年，另行定制：三十九族设总百户一名，百户十三名，百长五十三名；后来增为百户十六名，百长六十一名。
志一百十
兵六
水师
水师分为内河、外海两类。起初，沿海各省水师，只用来防守海口、搜捕海盗；辖区虽然地处海疆，官制却和内地相同。到光绪年间，南北洋铁甲战舰建造完成，才专门设置官员统带指挥。
内河水师的起源：天聪十年，清军从宁古塔出征瓦尔喀，当地岛屿众多，首次建造战船。
天命元年，朝廷命水师沿乌勒简河出征东海萨哈连部落。
顺治初年，以京口、杭州水师分守海口。顺治八年，开始在沿江沿海各省沿袭明代旧制，设置提督、总兵、副将、游击以下各级武官，编制如同陆军营制。各省设立造船厂，规定战船修造年限：三年小修，五年大修，十年拆造重建。顺治十年，依靠水师攻克舟山，增造战舰，扩充兵额。十四年，增设崇明水师总兵官，调遣江宁、江苏、安徽各省标兵一万人，分守吴淞江以及崇明各处海口。十六年，增设京口左右两路绿旗水师总兵官。十八年，设立吉林水师营，建造斛船以及划子船。
康熙八年，增设福建水师总兵官。十四年，将崇明总兵官改为水师提督。十七年，设立福建水师提督以及参将以下各级官员。二十四年，裁撤京口右路水师，改左路水师为京口总兵官。二十六年，增设南台水师营，设置参将以下官员。二十九年，重新修订战船修造规制：外海的战船、哨船，从新造完工之年算起，三年之后依次进行小修、大修；再过三年，或者大修，或者改造。内河战船、哨船，在小修、大修之后，再过三年，依旧维修继续使用。三十四年，下令总督、巡抚、提督、总兵，凡是维修战船的银两，不得虚报冒领，也不能随意核减，造成船材单薄脆弱。五十二年，命令赶缯等战船，在船首船尾刻写捕盗各营镇的船名，依次编号。五十三年，在海岛之内增设金州水师营，挑选熟悉水性的人充任兵丁。五十六年，设立松江水师营。
雍正二年，下令沿海各地总督、巡抚出海巡视。以往战船由地方文官修造，从此改由军营武官承办。同年设立乍浦水师营。三年，因为满洲兵丁不熟悉水战，增设天津水师营，由满洲、蒙古士兵二千人隶属该营。四年，考虑福建水师长期驻守内地，不耐海上风浪，浙江水师情况尤其严重，于是修改旧制：除了在本省洋面巡逻哨探之外，每年选派船舰官兵，在福建、浙江外洋轮流巡弋、会合会哨，肃清海上匪患。五年，从杭州驻防旗兵当中抽调人员训练水师；江宁驻防旗兵，直接使用镇江原有战船，归江宁将军管辖，督领旗兵练习水战。不久命令四千旗兵全部学习水师军务。令江南、江西各水师营，除弓箭、鸟枪之外，加练藤牌、大刀、钩镰枪、过船枪、钺、斧、标弹等兵器。战船分为大、中、小三等，增练排枪。湖广水师，每一千士兵，增配鸟枪四百杆。六年，规定水师船厂设在省城附近的，战船造好之后，由城内总督、巡抚、提督、总兵共同验收查验。同年，因为浙江水师作战技艺生疏，从福建水师挑选精锐士兵前往浙江教习训练。不久定下浙江战船木料规格，以及船身深浅宽窄的标准，奉天水师也参照这个制度执行。七年，因为旅顺水师官兵不熟悉海战事务，调拨福建水师营精锐士兵前往奉天教习。同年扩充浙江乍浦水师营。八年，调拨江宁驻防士兵八百人隶属乍浦营。不久，各省水师营负责修造战船的官员层层索贿，战船交付之后，又盗卖、损毁船材，各营都有这类弊病，京口标兵问题最为突出，下令总督、巡抚严加惩处。九年，文武官员承办修造战船，常常延误工期，弊端丛生，于是严厉查办相关人员，限期完工，杜绝巧立名目逃避责任、中饱私囊的弊病。
十年，规定天津水师大小赶缯船所用的硬木舵牙、藤篾等配件，收存储备备用。各省战船设置承修官，主管造船事务。由总督、巡抚、提督、总兵委派副将、参将，会同文职道员、知府，领取工银监督修造；委派都司会同府佐文官采办物料施工。隶属于将军标下的战船，委派参领等官办理。到大修、小修年份，各营上报主管部门，题报咨文给承修官，造册领取经费。江南、江西、湖广、福建、浙江、广东各省，在临近修造两个月之前，领银备料；台湾、琼州在四月之前备料；天津、山东在八月之前备料。各营驾船到船厂，承修官在次月开工，按期完工，逾期予以惩处。战船名号各不相同，形制大小不一，全部因地制宜。山东登州、胶州南北两汛海口的赶缯船、双篷船；福建大号赶缯船以及二三号船、双篷艍船；江西南湖营沙唬船；天津大小赶缯船；京口水师船；苏州、狼山、川沙、吴淞水师船；湖北、湖南、广东各水师船的船身尺寸、木板厚薄，全部遵照固定规制，由道员会同副将等官员监督建造。广东外海、内河战船也照此办理。
十一年，定下战船修造的期限：直隶限四个月；福建、台湾限十个月；山东限六个月；江西大修拆造限三个月，小修限两个月；江南限四个月；湖广大修拆造限六个月，小修限四个月；浙江限四个月；广东琼州限六个月；其余各船厂全部限四个月。十二年，裁撤江苏太湖营参将，改设太湖协副将，兼管浙江太湖营游击等官员，定为内河水师营。十三年，议定天津、福建、浙江、广东各处战船所需物料，有的按年更新，有的隔年更换。
乾隆元年，经议准：江南各厂拆造、修理沙唬船、艍缯船；两淮厂拆造沙唬船、修造赶缯船，在工部额定工价之外，另加不同数额的津贴银两，其他船厂同样照办。二年，令山东登、胶南北两汛额定的双篷船、赶缯船，到修造年份，同样增加津贴银。三年，调湖北武昌水师驻守汉口，作为汉阳水师营中军。议准广东各标营外海战船拆造，根据工程大小，加发不等津贴。四年，沿海各省上报工部的战船，缺损的甚至达到十分之二三；有的官员侵吞修船公款，有的把战船租给商人牟利。下令总督巡抚从严查办。又下谕，浙江艍缯船拆修参照江苏成例，艍艄船参照江苏沙唬船成例，酌情增加津贴。五年，再次严令禁止沿海战船缺损、出租谋利的弊病。六年，考虑台湾远隔重洋，战船修造依旧沿用旧制。福建各船厂：兴泉道的泉厂，由兴、泉、永三府协同办理；汀漳龙道的漳厂，由汀、漳、龙三府协同办理；盐法道承办的福建厂，由延、邵、建三府协同办理。七年，裁撤江苏黄浦营官兵，改为提标水师右营。八年，增加福建三处船厂津贴银两。十二年，增加台湾船厂运费。十四年，规定外海、内河水师战船、哨船修造完工之后，承修官要将船身尺寸、器具数目上报主管部门，不得损毁遗失。
十五年，因为福建、浙江海域绵延数千里，远通海外异域，所有外海商船、内洋货船，依靠水师巡护，尤其依赖两省总巡官员，督率弁兵保护商旅、肃清盗匪。但旧制度不够周全，每年二月出海巡哨，九月撤回，时间太长。于是命令各镇总兵每两个月举行一次会哨。会哨当月，上半月先巡查北洋，再巡查南洋；下半月先巡查南洋，再巡查北洋。定海、崇明、黄岩、温州、海坛、金门、南澳各水师总兵，南北轮流巡海，约定地点，依次衔接，前后接续，由督抚派员稽查。至于台澎水师，依旧沿用旧例。
十六年，令福建三江口营大小战船，按季度整理清洗。十七年，规定各省水师，除江南省沙唬船、巡快船，福建省艍艄船轻便好用，广东虎门协营水域沙洲礁石曲折之外，其余沿海各省战船，一律加装头巾、插花，借助风力，方便巡哨。巡船仿照民船样式，随时修整。五十四年，外海、内河战船，旧例保留一半用来捕盗，其余船只按届期依次改造，全部准许延期三个月；福建、浙江、江南、山东各省，统一延期半年。五十五年，因为搜捕海盗之时战船笨重迟缓，准许水师将领请求，仿照民船样式改造战船，以求行驶迅捷。五十八年，广东海盗猖獗，从南澳到琼州、崖州，绵延一千多里；水师战船虽有大小上百艘，只能分守本营洋面，不足以追捕，商船遭劫掠的奏报接连不断。历年捕盗都租借东莞米艇，但数量不多，百姓负担沉重。于是筹拨白银十五万两，建造载重二千五百石的大米艇四十七艘，二千石的中米艇二十六艘，一千五百石的小米艇二十艘，限定三个月完工，按照全省水师各营、依据海道远近，分布在上下洋面，配兵巡捕，弥补旧船的不足。五十九年，浙江定海县舟山外海的五奎山，外洋船只都在此停泊，实为沿海要地；从定海镇标之内酌情调拨官兵，轮番驻守。六十年，沿海战船过于笨重，不利于捕盗，每次修造耗费巨大，通令各督抚，到拆造年份，全部仿照商船形制改造，省下的浮滥经费，用作外洋缉捕经费。
嘉庆二年，浙江战船全部仿照民船改造。山东战船也参照浙江的办法。其余沿海战船，到应当拆造年份，一律改小尺寸，仿照民船样式改造，方便操练和防守。五年，下谕各省水师，原先设有统巡、总巡、分巡以及专汛各官员出海巡哨。时间一久，出现委派千总这类低级武官代巡的弊病。此后规定总兵担任统巡，副将、参将、游击担任总巡，都司、守备担任分巡；遇到事故，按品级依次代理巡哨，不许低级官员擅自代替。山东水师原本没有统巡这类职名，也一体执行这套制度。九年，各省战船一向遵照工部颁发的固定样式，只能在近海巡查，不能远航外洋，常常另外雇商船出海捕盗。朝中大臣提议战船改用商船样式，讲求实用。随即下谕，江苏滨海地区多次发生盗劫，所有旧式战船，令地方大臣仿照广东、福建、浙江的先例，立刻改造。十一年，晓谕沿海地方官员：乾隆五十五年，曾经严令统兵官认真训练水师，时间久了逐渐懈怠，官兵完全不练习驾船操帆，出海之时还要雇用舵工，名义上是水师官兵，实则不懂水性。此后通令所辖各营，限期训练，帆、舵所有驾船技艺，都必须熟练掌握；技艺最优的破格提拔，懈怠者加以惩处。二十一年，恢复天津水师营汛，从福建、浙江、两广、两江各省裁撤的水师当中，依照旧制募满兵额，划归天津水师，分营管辖。二十二年，增设天津水师总兵官，专责管理。
道光四年，下谕福建地方官员：先前因为福建战船笨重，驾驶不便，裁撤十五艘，其余船只等到拆修年份，令承修官仿照同安梭船样式全部改造。之后福建洋面米艇缉盗效果依旧不佳，已经改造的胜字六号米艇八艘不用裁撤；其余到修造期的捷字六号十二艘、存营的胜字一号十号两艘、修竣的胜字三号一艘，全部裁撤。十年，令直隶、浙江、福建领兵官员增派哨船，梭织巡查南北洋面。同年，定下水师人员一年考核一次的制度，各领兵官亲自带队出海，当面查验。又严格规定调任外海水师人员的制度：外省世袭武官，或是陆路武官申请改任水师，确有才干或者立过军功的，由总督巡抚保举题奏。十三年，整顿浙江水师，增造阔船、舢板船。十五年，各省水师废弛，不愿出海巡哨，盗案接连发生，严令水师提督、总兵切实训练、缉捕盗贼。十八年，各省战船每逢修造，承办官员冒领经费、中饱私囊，造船不合规格，或以旧船冒充新船，又疏于操练养护，最终朽坏。令领兵大臣核查处置。十九年，令总督、巡抚、提督、总兵禁止将领克扣索贿，甄别淘汰劣员；如有申请改任、招募人员，不得徇私包庇。
二十年，各省战船修造草率，还有工期积压拖延的弊病。福建船厂所造的成字四号大船，刚拆造完工就破损。从道光六年到二十年，积压待修船只多达三十艘。承办官员全部予以惩处。各厂待修船只，严加催办。水师各船在巡洋之余，各提督、总兵大员命令官兵操练、洗刷船只，不许长期停泊在海岸闲置。又因为广东虎门海口是海防中路要地，以西的香山、以东的大鹏为左右两翼。嘉庆十五年，设置水师提督统辖各路。香山副将所领水师兵力较厚；大鹏参将所辖官兵仅有九百多人。道光十年，又分为两营；它管辖的大屿山以及尖沙嘴洋面，是外国船只聚集停泊之处，于是选择要地修建两座炮台，与水师相互依托护卫；将澄海副将改为大鹏协副将，移驻九龙山，增加水师员额，兼顾守卫炮台；增造大号、中号米艇四艘，快船两艘，从水师各协营抽调官兵，巡缉洋面。
二十一年，因为外国舰船坚固、火炮精良，原有外海水师实力不足以抗衡，形同虚设，朝廷打算将水师改为陆军，专门防守内地。不久考虑海盗袭扰，完全依靠水师搜捕；广东虎门是外海屏障，尤其依赖水师，于是议定暂缓裁撤水师。
二十二年，海上作战全靠火炮，下令各地大臣训练官兵，以火炮射击精准与否作为官兵考核取舍标准。又因为海上交战两年，福建、广东、江苏、浙江水师接连战败，命令四川、湖广等省采购巨木，迅速建造坚固战船，驶往福建、浙江等省防守海疆。不久发现各省原有战船，像快蟹、拖风、捞缯、八桨这类船只，只适合在内河港湾使用；新造的船只也只能在内河巡逻，难以在外海冲锋作战。唯独潘仕成捐资新造的船只坚固合用，火炮配置得力；他还仿照美国兵船制作船样一艘，又参照英国中型兵船样式，调集各地工匠改造大船。原定按例修造的战船全部停工，把经费挪用于新船建造。并且将船炮图说下发江苏、福建、浙江三省督抚仔细勘察，确定适用样式，由广东制造，分别运送到各省。另外，湖北省境内长江绵延一千多里，原有宜昌镇标，荆州、汉阳各水师营，战船无法承载火炮。广东工匠何礼贵曾经在海外造船，能制造火轮以及各类战船，下令前往湖北，考察哪类战船适合长江航行，就参照海船样式酌情修改。裕泰计划建造的开浪船不适用于海战，这项计划被废止。
二十三年，下令沿海各提督、总兵，每年出海巡洋结束之后，把经历的情形全部上报朝廷。三十年，浙江省水师废弛，下令主管官员整治船炮，严禁奸民接济海盗，并令沿海将领按时出海会哨。同时晓谕山东地方官，把三汛战船、四县水勇合并为一支，派专员统带，往来策应；在关键岛屿架设大炮。
咸丰元年，长江流域辽阔，令张亮基等人购置船炮，择要驻守。三年，调广东外海水师拖罟战船，以及快蟹、大扒等船共一百艘，由大员统率，经海路驶往江宁，协助围剿太平军。同年，江忠源上奏请求大量建造战船，平定江面匪患。不久令两广总督，把广东拖罟船式样行文通知四川、湖广各督抚，在本省或者湖北宜昌一带迅速挑选工匠，建造水师战船一百多艘，每船载兵五十人，三个月完工。同时令湖南、湖北两省购船募兵，和长江下游艇船合力防守长江。不久发现购买的民船不合用，于是收购大型江船，仿照广东船式架设火炮，连同广东招募的红单船、租赁的拖罟船，驶往江南剿贼。又因为广东内河以及沿海各厅县，都有捐资建造用于捕盗的快蟹船；道光年间江海捕盗全依靠这种船。船头安放巨炮，船侧排列子母炮，勇丁技艺精练，确实最擅长水战。下令这些船只由海路到长江会师。同年，曾国藩在湖南试造战船，因为初造船只规模太小，于是参照广东拖罟船、快蟹船两种形制，先造十艘，后续再增造二三十艘，以能够承载千斤大炮为标准。拖罟船，则由两湖督抚按样式制造。
四年，令广东租用的红单船二十三艘，加上修缮完成的十九艘，一共四十二艘，由一名武官统一统领驶入长江。同年，太平军侵扰东南，水师兵力不足以围剿堵截；下游只有广东红单船、拖罟船陆续集结到瓜洲，上游只有曾国藩新造战船从湖南顺流而下，抵达武昌。九江、安庆等地还没有战舰。令张亮基、骆秉章购置江船、钓钩船；裕瑞、夏廷樾在四川采购木料，与骆秉章商议办理。不久骆秉章认为四川造船，长江险远，水运不便，仍然在湖南采料造船。两湖士绅丁善庆遵照曾国藩定的样式，已经造好大板艇五十艘，长龙船等船只也陆续完工。长江剿贼，在江南取胜，以红单船、拖罟船最优，船体雄壮，载炮最多，但只能顺风航行，逆风难行，适合宽阔江面，不适合狭窄港汊。在湖南作战取胜，以舢板船、长龙船、快蟹船三种最优，往来灵便，最适合搜捕，但水流湍急时，向下行驶之后很难逆流而上，兵力分散、力量单薄。令湖南水师沿江攻剿，和江南水师会合，各发挥长处，争取获胜。
六年，曾国藩在江西所造战船最为得力，令福济挑选将领，带领工匠前往庐州仿造，所需洋炮，从上海拨款置办运送。同年，胡林翼考虑长江水师自五年春天回驻武汉之后，战舰不多，于是和骆秉章商议，督领船炮局官员尽力筹措，水师再度振兴。湖南绅局送到军营的船械，大小战船三百余艘，火药四十多万斤，炮弹一百四十万斤，其余军械齐备；朝廷下优诏嘉奖。水师重在火炮，广东运来洋炮二百尊，后续再运六百尊，装配各战船，从武汉直到九江，所向克敌。只是长江水战上下游形势不同：武汉以上，适合轻便战船；九江、安庆以下江面开阔，适合大型战舰；秋冬风大宜用大船，春夏适合小艇。战船炮位大小，应当根据时节、地域增减调整。请求令两广总督继续采购四百斤至一千五百斤大小洋炮共八百尊，全部替换旧式炮位，方便向东进剿。八年，天津原有水师在道光年间陆续裁撤，于是筹划复设，巩固海防。令福建、广东地方官员各自抽调大型战舰，配齐火炮器械，经海路驶往天津，设立水师三千人。十年，令清淮筹防局筹措经费，作为防湖水师常年开支，增设淮扬水师营，保护两淮盐场，同时协助陆军。芜湖孤悬江中，令曾国藩筹划设立宁国水师，进攻芜湖，作为收复金陵的基础；增设太湖水师，作为收复苏州的基础。
同治二年，下谕沿海总督举荐水师将才。又令曾国藩所统内江水师、都兴阿所统扬防水师当中，有能力胜任外海水师任务的人员，各自举荐上报。四年，在山东省仿照长江战船样式建造长龙、舢板船，适合黄河水文航行。水师驻守黄河、运河，堵截流窜贼寇，必须分段扼守，但河道绵长，兵力难以调遣。于是山东增造长龙船，并加造舢板船十艘，由高级武官统领巡防。五年，改造江南海口红单广艇三十艘，连同原有广艇一共四十艘，分守海口。六年，整顿福建台湾海防，添置龙艚等船只。
七年，曾国藩上奏提议改革水师制度：江南水师原本分外海、内河两支，外海水师六千七百七十六人，武官一百一十八名；内河水师八千二十一人，武官一百三十三名。战船数量，参考道光二十四年江南旧例，水师战船二百七十五艘，大多朽坏；另造舢板船一百三十五艘，大艍船十二艘，全部船只大约只能载兵两千数百人，可额定兵额还有一万多人。白白耗费军饷，有水师之名，却缺少可用战船，应当大幅调整，讲求实效。江苏水师的营制、饷银章程全部参照长江水师；外海红单广艇也略微增加兵饷，和李鸿章、丁日昌等大臣协同筹办，兼顾外海防御与内陆捕盗，平衡旧制新规。等章程确定，福建、广东等沿海各省水师都可以酌情参照推行。
八年，朝廷部臣议定，采纳曾国藩的奏请，将江苏水师改为内洋、外海、里河三大支，以便控扼江海。里河水师，以原有提标右营、太湖左营、太湖右营，再加新设淞北、淞南二营，一共五营，归提督统辖。舢板船各营数量不等，一律维修补足，不许缺额。原太湖七营，改为里河五营，裁撤的官兵并入提标候补补缺。马新贻等人继续议定：九江水师营改为城守营，设置四处陆汛；鄱阳营改为两处陆汛；洞庭水师营改为龙阳城守营；岳州水师营酌情留存水兵，归陆路管辖；荆州水师营保留数量不等的官兵。九年，谕令定安等人，宁灵各军运送粮饷艰难，增造炮船由黄河转运。大小战船共三十二艘，编为一营，设置统带等官。
十年，沈葆桢上奏，外海兵轮已经造好，应当选派懂兵事的大员督领操练。不久任命福建水师提督李成谋为兵船统领。同年，曾国藩拟定江南水师章程初稿十四条，之后马新贻等人增补为二十五条，再删减合并定为二十一条。外海六营依次巡哨；内洋五营划定各自汛地；里河五营划定汛界。淞南营、淞北营、太湖左营、太湖右营酌情增造战船。水师原辖陆汛，合并调整留防。京口三营的陆汛、炮堤，划分归属管辖。重新调整管辖营队，保留守备官员，重要汛地多留陆军。制定将官处罚条例，规定各营船只数量，核定外委员额，确定裁撤岗位后的薪粮标准，规定营官建造衙署地点、各营座船数目、官兵额定人数、书吏名额，雨篷旗帜经费、官兵粮饷标准，各船枪炮配置数量，各船火药炮弹额度，核算全部饷银总额，下发主管部门审议执行。十一年，丁宝桢调拨福建制造的安澜兵轮前往山东洋面巡缉；瑞麟调拨福建小号兵轮前往奉天海口巡缉。
光绪四年，裁撤广东轮拖巡船水勇两千三百多人。五年，各省兴办水师，奉天、直隶、山东、江苏、浙江、福建、广东先后停泊兵轮，编组水师。但沿海各省形势各不相同，操练方法无法统一。吴淞口地处南北海疆正中，于是任命江南提督李朝斌担任外海兵轮统领，督率各省大小兵轮，定期在吴淞口会合操练。六年，新购置的蚊炮船好用便利，继续向外洋采购数十艘，招募福建、广东沿海精壮百姓充任水师，分驻北洋各处海口。七年，奉天旅顺口原有旗营，艇船朽坏，官兵疲弱，全部裁撤，改由陆军巡防，另用快炮防守海岸。此时丁汝昌从英国带领战舰回国，是中国水军远航外海的开端；于是提拔丁汝昌担任水师提督。
八年，江南防务布局先海后江，朝中商议打算将长江水师提督移驻吴淞口，狼山、福山、崇明三镇标隶属其下；江南提督移驻淮、徐，福建水师提督改为闽浙水师提督。不久左宗棠、彭玉麟上奏复议，认为海防不外战、守两端：进攻应当集中重兵，防守应当凭险布防，沿用旧制更为妥当。福建水师裁兵加饷之后，实有水师六千九百余人，旗营水师三百余人；各营拖罾、龙艚、快艇等大小战船实存四十艘，台湾、澎湖战船六艘，大小兵轮十艘，应当联合浙江水师一同会操，官制依旧维持旧制。
九年，广东内河肇庆段江面绵延六百多里，仅有小型巡船二十多艘，兵力分散不足；九龙洋面水浅，大船难以通行，于是在两处各增设浅水兵轮船。十年，试造尖底舢板船，布置海口。不久因为船身单薄弱小，停造。十一年，彭玉麟认为海防日益紧迫，提议在吴淞设立水师总统，分设两镇：一镇驻守直隶大沽，盛京、直隶、山东、江南各处海口战船归它统管；一镇驻守福建厦门，浙江、福建、台湾、广东各处海口战船归它统管。两镇每年巡遍沿海口岸，在吴淞会哨。这就是南北洋水师构想的开端。十二年，商议裁减浙江沿海水师。不久浙江巡抚刘秉璋上奏，原有额定战船二百五十余艘，太平天国战乱之后，购造的不到半数。光绪八年，已经裁撤战船十三艘，停修旧船三艘，已经达到裁兵三成的指标。负责外海巡防的红单船十一艘，不在裁减之列。十四年，台湾开发日渐扩大，将安平水师副将改为台东陆路副将，鹿港游击改为安平水师游击，承担新设地方镇守任务。十五年，福建内河水师原有炮船九十八艘，连年裁撤，实存三十艘；每船配水兵六人，专门在内洋巡捕。十六年，调拨福建海坛水师驻防福清县境内，肃清海盗。十七年，从湖南选锋水师中、前、后、左、右营抽调一千六百多人，分守省城以及岳州等地；调拨长胜、毅安水师四百多人，分守辰州、沅州、常德等处；调拨澄湘水师三百多人，分守衡州等处，明确各自职责。同年，奉天辽河下游原有巡船，上游只有陆军兼管巡查，没有水师。于是增造长龙炮船一艘，舢板船八艘，从练军挑选弁勇，往来梭巡辽河上下游以及省南洋河。
十九年，令提督黄翼升检阅长江提标五营、上江十三营、下江四营，定下训诫条例：不许官兵长期上岸居住，戒除不良嗜好，勤习武艺，摒弃虚文，不能沾染绿营积习、日久懈怠。福建、浙江大臣会商，浙江有元凯、超武两艘兵轮，福建有伏波、琛航、靖远三艘兵轮，和沿海水师协同捕盗。浙江水师船只裁减之后仅剩五十余艘；福建自马江之战之后，仅剩艇船二十九艘，于是在宁波海口租赁红单船八艘，酌情调拨官兵，清剿海盗。二十四年，令江苏省外海、内洋、里河、太湖四支水师，一律酌情裁减水勇。二十五年，安徽省江防下游东西梁山设有炮堤炮台，上游阑江矶前江口以及省城江心洲也设有炮台，但缺少水师。于是调拨澄清营炮船二十五艘，加上长江水师芜湖、裕溪、大通、安庆、华阳各营，联络防守。同时令长江五省总督、巡抚各派将领，不分地域界限，严密布防。二十六年，奉天凤凰厅沿海一带向来是盗匪巢穴，北洋曾经派兵轮巡海；各支小港口应当驻扎水师，于是在大孤山、太平沟、沙河三处口岸，各造兵船三艘，配水师巡缉。三十四年，浙江杭、嘉、湖三府捕匪兵力单薄，从原有水师抽调游击一队驻守嘉兴府，增练游击三队分布嘉兴、湖州各河港，游击小队驻守杭州省城；租赁上海商人小火轮十艘，拖拽梭船巡查水道，以求快捷。在南洋船坞建造浅水兵轮四艘，装配快炮八尊；江苏也建造浅水兵轮四艘，协同内河水师，参照欧美各国规制编组联队，用于防御剿匪。以上就是水师建设整治的大致概况。
水师兵额增减、船械装备配置，由各省随时核定。外海水师，北起盛京，南到福建、广东，凡拖缯船、红单船这类战船归它管辖。内河水师，则统管各省用于巡逻警戒的舢板等船只。奉天、直隶、山东、福建的水师战船，都属于外海水师。江西、湖广的水师战船，全部属于内河水师。江南、浙江、广东的水师战船，分属外海、内河两类。另外还有专门训练的部队，包括巡湖水师、巡盐水师、亲兵营、练军营。同治年间以后，又增订长江水师、太湖水师的规制，相比旧有的制度更加详备。
水师巡防的规制：外海水师巡查守备盛京一带，以协领担任总巡官，佐领、防御、骁骑校担任分巡官。直隶等沿海各省，以总兵官为总巡官，副将及以下官员担任分巡官。各自在所管辖的辖区内，率领水师沿着海岸往返巡行，稽查奸徒、禁止暴乱。两处辖区交界的地方，约定日期会合会哨，把巡逻缉捕的情况，上报所属的将军、总督、提督，再由上级委派官员核查。如果因为大风海上受阻不能按期抵达，就在各船厂到达辖区边界当天呈报。每年固定的巡期，从二月、四月、五月开始，到九月任务结束返回营地。如有逃避不去巡逻，或是巡逻不能遍及辖区的，按照军法论罪。
内河水师巡防的制度：长江从四川巫山向东，出三江口，进入湖广地界，经过岳州、武昌、兴国，抵达江西地界，再经九江、江宁、京口等地，向东一直流入大海。各省将军、总督、提督、总兵，分别委派八旗与绿营的官兵，沿着长江巡游巡逻，抵达辖区边界后折返。
从康熙朝以后，朝廷认为外海作战适合使用大型战船，内河作战适合轻便小船，所以战船形制多次更改。而管辖区域广阔，水师兵员数额时常增加，遇到战事，增造的战船就更多。征讨吴三桂之役，朝廷命令尚善率领水师进入洞庭湖，攻取岳州。等到鄂鼐统领水师时，增造鸟船一百艘、沙船四百三十八艘，设置水师三万人。征讨台湾的战役，命令万正色督率湖南、浙江战船二百艘，由海路奔赴福建。姚启圣也修造战船三百艘，组建水师两万人。施琅攻克澎湖，动用战船三百艘、水师两万人。施世骠平定朱一贵之乱，动用大小战船六百多艘。乾隆年间征讨缅甸，朝廷命令湖广船匠在蛮暮造船，取道金沙江进攻缅甸，同时调派福建、广东水师前去助战。李长庚围剿海上海盗，在福建建造大型战船三十艘，命名为霆船，装配大炮四百尊，集合福建、浙江水师全部力量，在远洋辗转作战，最终平定蔡牵。
道光以后，海上警报接连不断，旧式木船抵挡不住西洋铁舰的坚固锐利。同治五年，才开始仿照欧洲兵轮样式，在福建省开设船厂制造轮船。江苏最初配置轮船四艘。同治十一年，广东、山东各配置轮船一艘，奉天配置小轮船一艘，全都配属水师。
此后沿海各省购置军舰，每年都有增加，旧式水师战船陆续裁撤淘汰。到光绪中期，统计各省外海、内河现存战船数量：奉天外海缯船十艘。直隶外海长龙船二艘，先锋舢板船四十八艘。山东外海拖罾船十四艘，内河哨船六艘。江苏外海轮船二艘，艇船八艘，内洋轮船二艘，舢板船六十艘；内河舢板船、艇船三百八十五艘，长江舢板船七十六艘，督阵舢板船七艘，长龙船十艘，巡哨舢板船一百二十八艘。安徽舢板船二百八十二艘，长龙船十五艘，八团船一艘，枪划十艘，护卡巡船十五艘，督阵舢板船七艘，轮船二艘。江西长龙船十五艘，舢板船二百六十三艘，督阵舢板船六艘，轮船一艘。福建外海长龙船一艘，舢板船十九艘，小艇十四艘，哨船十四艘，龙艚船二艘，拕艚船一艘；内河炮船三十艘。浙江外海钓船二十七艘，艇船十二艘，龙艚船十七艘，哨船二艘，快船一艘；内河大舢板船五十八艘，中舢板船八十四艘，飞划船四十九艘，长龙船座船二百十三艘，枪船八艘，炮船五艘。湖北督阵大舢板船八艘，长龙船十二艘，舢板船一百八十艘。湖南督阵大舢板船四艘，长龙船四艘，舢板船六十艘。广东外海大小轮船二十二艘，巡船十四艘，拕船十艘，长龙船一艘，扒船一艘；内河两橹桨船一艘，橹船一艘，桨船四十艘，巡船一百九十六艘，急跳船十五艘，平底桨船二艘，快哨船二艘，快船十四艘，快桨船七艘，䑩艚船四艘，橹船二艘。
各省战船，全都分属各标营，选择合适地点停泊屯守，按时会合会哨。外海的旧式水师战船，随着近代海军制度逐步建立，只承担沿海捕盗的任务。各省内河战船，全都仿照长江水师舢板船的样式。只有专门用于巡查缉捕的船只，要在支流港汊航行，讲究轻便快捷，船型略有差别。
漕河水师、河防水师的营制，创始于明代隆庆年间。清代略微修改旧制。由卫所士兵专门负责漕粮运输，绿营官兵专门保护漕运，另外设置城守营守护城池。将漕运院与巡抚的职权分开。漕运总督标下，统辖左、右、中三营以及城守四营，驻扎在山阳县以及漕运要道，分地布兵。淮安一带原本是黄河、淮河交汇之地，特地修建两座大闸，设置河兵和堡夫驻守。河营于是和漕营地位相当，都设有副将、参将、游击、守备等武官。河营官员升迁的条例，参照军功等次，专门负责修筑加固堤防，不承担缉捕盗贼的职责。
清代水师武功鼎盛：固守洞庭平定吴三桂叛乱，远洋作战歼灭蔡牵，控制长江平定太平天国，东南数千里水域，兵威仗船传播，贤臣猛将，建功立业，功绩超过前代。等到海禁大开，西洋铁甲巨舰纵横海上，传统水师旧制，木船难敌铁甲，于是丧失依靠。这是时代大势所迫，并不是谋划失当。
各省原有额定船只、分防的制度，依次记述于本篇：东三省、直隶、山东、江南（附带太湖湖标、漕标各水师）、浙江、福建、广东、广西、湖南、湖北、安徽、长江水师。
东三省沿海各口岸，以金州、旅顺口最为紧要。清初就已经设立水师建制。松花江、嫩江贯穿吉林、黑龙江腹地。所设立的水师营汛，从吉林向北延伸到墨尔根、黑龙江一带。到光绪年间，旅顺修建海军港口，驻扎铁甲战舰，规制和从前完全不同。东部的图们江、混同江上，常有俄罗斯战舰越境侵扰，旧式水师船弱兵少，无力抵御。下面记述经制水师：
奉天旅顺口，顺治初年设立水师营，配属山东赶缯船十艘，开始编设营汛。康熙十五年，设置水师协领二人，佐领二人，防御四人，骁骑校八人，水兵五百人。康熙五十三年，由浙江、福建两省船厂建造大战船六艘，经海路运到奉天，驻守海口。
金州水师营隶属于城守尉，有水兵一百人。
吉林水师营，顺治年间设置四、五、六品武官。光绪十四年，增设总管一人，六品官二人。
齐齐哈尔水师营，康熙二十三年，设总管一人，四品官二人，六品官二人，造船事务四、五、六品官各一人，领催八人，水兵二百六十八人，后来增至五百六十八人；大战船二艘，二号战船十五艘。康熙四十年，调拨十艘战船划归黑龙江。雍正年间，调拨六艘划归墨尔根，留存大小战船二十五艘、江船五艘、划子船十艘。
墨尔根水师营，康熙二十三年，设四品官一人，领催一人，由本城协领兼管，共有战船六艘，水兵四十三人；雍正年间增造战船六艘。
黑龙江水师营，康熙二十三年，设总管一人，五品官二人，六品官二人，领催八人，战船三十艘，水兵四百一十九人。康熙四十年，从齐齐哈尔调拨战船增补，共有大战船十艘，二号战船四十艘，江船十艘，划子船十艘。
直隶省水师，始于雍正四年，设立天津水师营，设都统一员，驻守天津，专门防守海口，水师共二千人。省内各河，全部归陆汛管辖，不设内河水师。乾隆八年，增设副都统一人，水师一千人，大小赶缯船二十四艘，䑸仔船八艘。乾隆三十二年，因为海口无事，白白耗费军饷，全部裁撤。嘉庆二十一年，重新设置水师一千人。不久设立大名镇，水师总兵并入大名镇，实际留存守备一人，参将一人，千总二人，把总三人，水师四百九十一人。嘉庆十九年，直隶总督那彦成认为官兵虚设，战船大多朽坏，上奏请求裁撤，依旧并入大名镇。咸丰八年，因为海疆警报频发，增设海口六营，在大沽南北两岸修筑炮台，共有大炮台五座，平炮台十座，大炮九十九尊，水师三千人，以五百人为一营，分编左右六营。咸丰九年，水师员额减为一千八百人。同治八年，总督李鸿章上奏请求拟定营制，设立大沽协副将，驻守新城海口，防守炮台。光绪元年，李鸿章在大沽、北塘等地增建炮台，购置欧洲铁甲快船、碰船、水雷船，由海军将领统辖，不归旧式协标管辖。
直隶的内河水师战船，创设于同治年间，仿照长江水师制度，设立督标水师中营，管带官一人，哨官三十二人，水师四百七十六人，舢板战船三十二艘，驻扎三岔河口；亲兵总哨官一人，哨官十四人，水师二百零二人，舢板战船十四艘，驻扎西沽河口。
山东，顺治元年，最先在登州府设立水师营，由守备、千总等官统领，共有沙唬船、边江船十三艘，水兵三百八十六人，驻扎水城，分守东西海口。顺治十五年，将沂州镇移到胶州，胶州水师改为陆营。顺治十八年，临清镇移驻登州，原本隶属于城守营的水师，改为前营水师。康熙四十三年，增设游击二员以及守备以下各级武官，水师扩至一千二百人，沙唬船更换为赶缯船二十艘，分巡东西海口，东到宁海州，西至莱州府，分为前后两营，各司其职。康熙四十五年，将前营水师移驻胶州，巡哨南海；后营水师驻守水城，巡哨北海。康熙五十三年，裁撤后营经制武官，裁减水师七百人，调拨赶缯船十艘送往旅顺口，只保留前营水师游击等官，赶缯船十艘，分南北二汛，游击、守备各统领一半兵船。雍正七年，每船增兵十人，两汛一共增兵百人，增造双篷艍船七艘，每船配兵三十人；南汛分配艍船三艘，北汛艍船四艘，北汛增派武官一员。雍正九年，再增设艍船三艘，增兵一百九十人，每艘艍船一共配兵四十人，南北汛各五艘。雍正十二年，增派武官六人，又在成山头增设东汛水师，从南北汛各抽调赶缯船一艘、双篷艍船一艘，分配作战守备士兵，抽调南北汛武官四人，配船巡逻成山、马头嘴一带，和各汛汇合信号，全部归水师前营管辖，由本镇总兵统辖。定制如下：
前营水师，游击、守备各一人，千总二人，把总四人，外委千总二人，外委把总四人，水战兵八百人，守兵二百人，赶缯船十艘，双篷艍船十艘，每船各附带一只脚船。南汛驻扎胶州头营子，游击一人，把总二人，外委千总、外委把总各一人，赶缯船四艘，双篷船四艘，共配置战守士兵四百人；南部巡哨到和江南交界的莺游山，东到荣成县马头嘴，与东汛汇合信号。东汛驻扎养鱼池，千总、把总各一人，外委千总、外委把总各一人，赶缯船四艘，双篷艍船四艘，共配置战守士兵四百人；向南巡哨至马头嘴，和南汛会合，向北巡哨至成山头，和北汛会合。北汛驻扎登州府水城，中军守备、千总、把总各一人，外委把总二人，赶缯船四艘，双篷艍船四艘，共配置战守士兵四百人；向南巡哨至成山头，和东汛会合，向北巡哨至隍城岛，是和直隶水师、盛京水师的分界。
江南水师：顺治初年，江苏松江等营，各有捕盗小快船四十艘；常州、镇江等营，各有一二十艘不等。康熙七年，清查销毁沿江沿海各营出海船只，内河快船也一并裁撤。之后巡抚马祜、提督杨捷上奏，请求苏、松、常、镇四府，各塘汛设置水师巡船三百二十五艘，平定水盗。雍正元年，江苏、浙江督抚会商，因为太湖跨两省，历来是盗贼巢穴，于是在湖滨各口增设水师营汛巡船，划分辖区巡防。湖内两省交界地带，令参将各自率领水师联合巡逻缉捕。雍正五年，命京口八旗营仿照天津水师制度，设立京口水师营，调拨京口大小战船二十艘到江宁操练。驻守江宁的水师，满洲、蒙古士兵共一千人，设协领四人，佐领、防御、骁骑校各十二人。这就是江南水师的开端。
镇守京口左右两路水师，设统兵官二人，分别统领左右营，每营配备沙船二十八艘，水艍船八艘，犁缯船八艘，舵手、碇手二百二十人，水手、工匠役夫四百九十二人。康熙二十一年，改归江南提督标下统辖，分为中、左、右三营。康熙三十六年，裁撤总兵官，设置副将以下各级武官；每营设沙船二十三艘，唬船七艘，小巴船四艘，水手四百六十八人。自雍正二年之后，多次改调划拨，每营留存唬船二艘，小巴唬船七艘，渡马浅船六艘。
江南提督水师标兵：顺治四年，开始设置参将以下武官，分为中、左、右、前、后五营以及城守六营。中营：唬船一艘，巡船十五艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘。左营：唬船三艘，巡船十五艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘。右营：原本浦江游巡哨船四艘，后改为哨船一艘，桨船一艘，二橹哨船一艘，巡船七艘。前营：中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船二十二艘。后营：唬船一艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船八艘。
松江城守营：唬船一艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船一艘。
金山营：巡船十三艘。
柘林营：巡船四艘。
青村营：巡船二艘，小哨船一艘。
南汇营：大罟船二艘，小哨船四艘。
川沙营：捕匪大罟船三艘，放洋大罟船三艘，大罟船二艘，小哨船二艘，小号二橹哨船二艘。
刘河营：巡船八艘。
吴淞营：沙船三艘，艍犁船四艘。
福山营：沙船四艘，官渡船四艘，巡船十六艘；后来改为福山镇标，设置总兵以下各级武官。
太湖营：沙船、快船、巴唬船一共三十二艘；后来改为太湖协标，设置副将以下武官。
常州营：巡船二十九艘。
江阴营：唬船二艘，巡船七艘。
靖江营：唬船二艘。
杨舍营：巡船二艘。
镇江城守营：顺治十五年，设置镇守苏、松水师总兵官，分中、左、右水师三营，每营沙船九艘，赶缯船五艘；不久改为参将统领，配备巡船二十三艘。
江南督标游兵营：顺治初年隶属于操江巡抚标下，设游击以下武官，大唬船一艘，小唬船二十七艘。康熙元年，裁撤并入督标。
奇兵营：顺治初年，跟随操江巡抚驻防安徽，改为太平右营，设游击以下武官。康熙元年裁撤，并入安庆营。
瓜洲营：顺治二年，设守备以下武官，专门防守江北水汛，唬船八艘。康熙元年，改设参将，并入江南督标。康熙十一年，改为瓜洲城守备，唬船八艘。各县分防水师：宝应汛船十五艘，氾水汛船十四艘，永安汛船二十三艘，高邮汛船十六艘，江都汛船十四艘。
淮安庙湾营：顺治初年，设游击以下武官，沙船五艘，唬船四艘。
佃湖营：雍正九年，从庙湾营分出驻防，设都司以下武官，沙船三艘，巡船四艘，唬船一艘，内河巡哨船一艘。
营城营：顺治三年，设守备以下武官，唬船四艘，小巡船四艘。乾隆十一年，改为唬船一艘，巡海哨船二艘，三号、四号沙船二艘，小巡船四艘。
小关营：雍正十一年，由盐城营分防，设都司以下武官，沙船二艘，唬船一艘，快船一艘。
海州营：顺治四年，设游击以下武官，小巡船五艘。康熙三年，并入东海营，增配沙唬船十艘。
东海营：顺治初年，设守备以下武官。顺治十八年裁撤。康熙十八年复设。分防汛地：鹰游内外洋汛䑩船二艘，大浦汛商船二艘，海头汛唬船一艘，临洪口汛哨船二艘，高公岛汛沙船一艘。
江苏抚标左右营：顺治四年，设参将以下武官，左营巡船十艘，右营巡船十艘。
苏州城守营：顺治四年，设参将以下武官，巡船五十八艘。
平望营：顺治三年，设游击以下武官，巡船十七艘。最初隶属于提督标，乾隆以后改归巡抚标，巡船二十艘。
福山营：由提督标分出驻防，设游击以下武官，沙船四艘，巡船六艘，官渡船四艘，船数沿用旧制。道光年间，因为地处海疆要地，改为镇标，设总兵以下武官，分为中、左、右三营。
淞北营：原本隶属于督标内河水师，同治十一年改归江南提标水师，增设副将以下武官，仿照长江水师制度，配备舢板船十六艘。
淞南营：同治十一年改隶里河淞北协标，增设游击以下武官，仿照长江水师制度，舢板船、座船合计三十七艘。
江北狼山镇标：顺治十八年，设总兵以下武官，分中、左、右三营。中营：赶缯船一艘，沙船一艘，唬船三艘，渡船五艘。左营：赶缯船一艘，沙船二艘，唬船三艘，渡船六艘。右营：赶缯船六艘，沙船一艘，唬船四艘，渡船三艘。
泰州营：顺治二年，设游击以下武官，赶缯船二艘，沙船二艘。
掘港营：顺治三年，设守备以下武官，唬船三艘。
康熙二十三年，将京口将军标下沙船二十二艘、唬船十八艘划归狼山镇标，作为海口巡防水师。康熙二十八年，调拨战船四艘归还京口。康熙四十八年，分为中、左、右三营。中营赶缯船三艘，沙船二艘。左营赶缯船三艘，沙船三艘。右营赶缯船四艘，沙船二艘，唬船四艘。雍正十年，实际留存大小水师船二十二艘。雍正十三年，右营增小哨沙船一艘。同治五年，增设绥通、绥海二营，隶属长江水师提督。
江南福山镇标：道光二十三年，设总兵以下武官，分中、左、右三营；以旧有的福山营水师作为福中营，苏松奇兵营水师作为福左营，杨厙水师作为福右营。中营原有巡船十五艘，年久朽坏无存，用沙船四艘更换阔头舢板船五艘；左营配备大小舢板船八艘；右营配备大小舢板船五艘。同治九年，重定营制，将中营并入左右营；左营原来管辖的海门厅西半洋沙等汛，划归通州营；左营分为中、左、右三哨，驾驶巡船十二艘出海巡缉洋面；右营驻守陆地各汛。
太湖水师，创设于雍正年间。太湖横跨苏州、常州、湖州，是吴地巨大湖泊。湖中风浪和江海不同，所以巡湖水师，船型也不一样。卫所巡检使用巡船，水师使用哨船。雍正二年，设立太湖营游击、千总、把总各一人。雍正五年，大钱汛口是浙江濒湖要道，增设守备、千总各一人，把总三人。原本额定战守水兵一千人，历年裁并，实际留存水战兵一百八十六人，守兵四百七十二人，分守各处：甪头汛士兵一百八十五人，沙快船五艘；西山汛士兵六十九人，沙快船二艘；浙江乌程汛士兵一百九十七人，沙快船九艘；伍浦汛士兵六十九人，快巡船九艘；南浦汛士兵一百零七人，快巡船九艘。雍正七年，用沙船六艘承担湖中大汛巡防，其余改造小号巡船二十艘，巡查缉捕支流小港。雍正九年，水师分为左右二营。左营守备驻守简村，管辖六汛，在震泽县境内；千总一人驻守鲇鱼口，管辖十二汛，跨吴县、吴江、震泽地界；把总二人，一人驻守东山，管辖八汛，在吴县境内；一人驻守吴江，管辖八汛，跨吴江、震泽地界。右营守备驻守周铁桥，管辖六汛，跨宜兴、阳湖地界；千总一人驻守马山，管辖十四汛，跨常州、无锡、阳湖地界；把总二人，一人驻守鼋山，管辖七汛，在吴县境内；一人驻守凤川，管辖七汛，跨宜兴、荆溪地界。乾隆年间，设副将以下武官；水师战船，巴唬船十六艘，沙船三艘，大快船七艘，小快船三十二艘。到道光年间，留存巴唬船十六艘，沙船二艘，大快船六艘，小快船二十艘，桨船十艘。咸丰年间太平天国战乱之后，营伍船械全部损失。同治年间重整水师，全部更改旧制，仿照长江营制，设立太湖协标二营，舢板战船三十六艘。以上就是江南水师的制度。
江南省内的长江水师，是瓜洲镇标，下辖瓜洲营、孟湖营、三江营、江阴营，战船、兵额，和各省长江水师相同。
河道总督标营一共二十营。雍正七年，把漕标右营改隶河标设立，巡船九艘。山清里河上营，康熙十七年设立，船六十八艘。里河下营，雍正六年从里河营分出设立，船十三艘。外河上营，船一百十四艘。山安海防河营，雍正七年从外河营分出设立，船五十四艘。高堰上营，康熙三十八年从盱眙营分出设立，船三十四艘。山盱下营，雍正七年从高堰营分出设立，船十七艘。桃源安清营，康熙三十八年设立，船二十三艘。扬河上营，康熙十七年设立，船八十二艘。扬河下营，雍正七年设立，船十四艘。徐河南北营，雍正六年设立，船三十艘。邳睢河营，顺治初年设立，船七十五艘。宿虹南北营，顺治初年设立，船一百艘。桃源南北营，顺治初年设立，船六十八艘。宿迁运河营，雍正六年设立，船十九艘。所有河防各营，设守备以下武官；各类船只分为浚船、柳船两类，用来修治河工，以军营制度管理。
漕运总督水师标营，分中营、左营、右营、城守四营。中、左、右三营承担保护漕运的职责，城守四营负责地方防务，驻扎山阳县以及漕运途经之地。漕粮的运输，由卫所士兵承担。
浙江水师：杭州协钱塘水师营，顺治初年设守备等官，士兵一百一十五人。鳖子门汛士兵七十九人，新城汛士兵三十一人，塘栖汛士兵九十三人，钱江汛士兵七十七人，富阳汛士兵一百五十人；防守河庄山唬船四艘，运河内河快唬船十一艘，钱塘江渡马船六艘。
乍浦水师营，雍正二年，定海镇右营改归乍浦，设参将等官，水战兵二百四十人，守兵二百七十六人，战船十艘。内洋岑港管辖洋面汛三十三处，内洋沥港管辖洋面汛十五处，内洋岱山管辖洋面汛十九处。
嘉兴协营，设副将等官，驻守府城，士兵四百三十二人，快唬船五艘。海盐汛士兵一百七十五人，快唬船三艘。乍浦汛士兵二百一十三人，快唬船二艘。澉浦汛士兵一百人，快唬船一艘。石门汛士兵一百一十人，快唬船四艘。桐乡汛士兵七十六人，快唬船二艘。濮院汛士兵六十一人，快唬船三艘。新城汛士兵四十人，快唬船一艘。平湖汛士兵九十九人，快唬船三艘。嘉善汛士兵七十人，快唬船二艘。嘉兴汛士兵六十九人，快唬船二艘。王江泾汛士兵五十六人，快唬船二艘。雍正十年，裁撤快唬船二十艘，改造成大号巡船二十艘、小号巡船二十艘，分配各汛。
湖州协营，设副将等官，驻守府城，士兵四百七十六人，快巡船十三艘。左营分防：双林汛士兵五十人，快巡船三艘；德清汛士兵三十四人，快巡船四艘；新市汛士兵四十二人，快巡船四艘；含山汛士兵四十二人，快巡船四艘；菱湖汛士兵三十九人，快巡船五艘。右营分防：泗安汛士兵五十人，快巡船三艘；长兴汛士兵四十四人，快巡船二艘；武康汛士兵二十人，快巡船一艘；马要汛士兵二十人，快巡船一艘；乌镇汛士兵二十四人，快巡船一艘；南浔汛士兵五十八人，快巡船六艘；菁山汛士兵十六人，快巡船一艘；梅溪汛士兵八十人，快巡船二艘。
绍兴协营，设副将等官，水师一千八百七十二人，沿用卫所制度，设临海、观海二卫，沥海、三江二所。雍正十年，设立周家路水师汛，配置绍字一号、二号巡船二艘。
宁波府：顺治三年，设水师营参将二人，分左右二营，水战兵四百人，守兵四百人。顺治十四年，设立宁台温水师总兵官及下属武官。康熙九年，设立水师提督以及左右二路总兵官，康熙十七年裁撤。设总兵官一人，统辖中、左、右水师三营，士兵三千人，春秋两汛率领战船出海巡缉。战船数量随时增减改动。顺治三年，水师左右二营，大小战船五十二艘。康熙九年，定海镇左右二营，战船四十九艘。顺治十四年，水师左、右、前、后四营，战船二百零二艘。康熙元年，水师前、左、右三营，战船一百七十三艘。康熙九年，定海镇中、左、右三营，战船八十艘，增设哨船二十艘。历年裁汰，最终定制：水艍船十二艘，犁缯船、七号水艍船一艘，中号犁缯船五艘，沙船七艘，双篷艍船十三艘，唬船二艘，哨船二十艘。象山城守营，设副将等官，哨船四艘；海口汛士兵一百五十人，哨船十艘。雍正四年，裁存哨船四艘。昌石营，设都司等官，汛兵五百六十五人，战船六艘。镇海营，原本设定海水师左右二营；雍正二年，改设镇海营参将等官，汛兵二百三十五人，哨船八艘。
台州府：顺治十四年，设立宁台总镇。顺治十五年，改为水师提督，不久改为总兵。设立黄岩镇标三营，水师二千七百七十五人，战哨船二十五艘。游击驻守海门，都司驻守前所。右营分防七处洋汛：玉环山、干江、鸡齐山、标桃屿、石塘、龙王堂、沙护。中营分防六处洋汛：郎几山、黄礁门、深门、三山、老鼠屿、川礁。左营分防八处洋汛：圣堂门、米筛门、白岱门、牛头门、靖寇门、狗头门山、茶盘山、迷江山。
温州府：顺治三年，设副将等官。顺治十三年，改为总兵官，设镇标中、左、右水师三营，战哨船二十二艘。中营水战兵六十五人，守兵一百五十二人，战船九艘，快哨船二艘，钓船三艘。分两处巡防：一处专门防守三盘口，水师一百六十二人，战船二艘；一处专门防守长沙洋面，水师一百二十八人，沙战船二艘。分防汛地共七处：霓岙、黄大岙、三盘、大门、长沙、鹿西、双排。左营水战兵六十八人，守兵一百七十三人，战船九艘，快哨船二艘。分两处巡防：一处专守凤山汛，一处专守南龙洋面。分防汛地共五处：凤凰山、铜盘山、南龙山、大瞿山、白脑门。右营管辖陆地汛兵。瑞安水师营，设副将等官，水战兵九十八人，守兵一百四十三人；内洋巡哨战船四艘，外洋巡哨战船五艘，快哨船四艘，钓船二艘。分两处巡防：一处专守北关洋，水师七十人，战船一艘；一处专守官山洋，水师五十人，战船一艘。分防汛地共六处：北关、官山、金乡岙、琵琶山、南鹿山、四大屿。玉环水师营，设参将等官，水战兵一百四十五人，守兵二百五十四人，八桨船四艘，战船四艘，快哨船四艘。左营管辖陆地汛兵。右营水师一百八十四人，战船四艘。分两处巡防：一处专守坎门，水师六十五人，战船一艘；一处专守长屿，水师三十四人，战船一艘。内洋三汛：乌洋、梁湾、黄门。外洋一汛：沙头。左右营率水师一百八十四人、战船一艘轮巡洋面。另外江口水师一百八十四人，战船四艘。
雍正二年，额定四类战船：水艍船、赶缯船、双篷船、快哨船。六桨船、八桨船，是雍正七年以后增设。
福建水师：顺治十三年，初设福建水师三千人，唬船、哨船、赶缯船、双篷船一百多艘。康熙二十四年，裁撤双篷船八十艘，留二十艘分防台湾、澎湖岛。雍正三年，在福州、漳州、台湾三处各设船厂，制造外海、内河大小战船。雍正七年，设立泉州船厂，修造各提督、总兵、协标水师战船。福州船厂承修四十六艘。泉州船厂承修四十八艘。漳州船厂承修五十二艘。台湾船厂承修九十六艘。乾隆十六年，命令三江口战船按季度烘烤清理船底。乾隆三十三年，裁撤哨船五十艘。嘉庆四年，令战船全部改为同安船样式。嘉庆五年，裁撤内地额定战船三十艘，增造米艇船三十艘，编号“胜字号”。嘉庆七年，将福宁府陆路镇标左营改为水师左营，驻守三沙海口，造新字号战船十二艘。嘉庆十年，增造台湾水师同安梭船三十艘，编号“善字号”，分属台湾协标中、左、右三营。嘉庆十一年，增造米艇八艘，编号“捷字号”；另增大型横洋梭船二十艘，分编集字号十艘、成字号十艘，分防内地。嘉庆十三年，裁撤中号、小号梭船十七艘。嘉庆十四年，增造集字号、成字号大同安梭船二十艘，捷字号米艇八艘。嘉庆十五年，裁撤台湾港口善字号船二十一艘；在鹿耳门增置守港战船十六艘，编号“知字号”；增造八桨快船十六艘，编号“方字号”。嘉庆十六年，裁撤各营中号、小号梭船三十七艘。道光二年，裁撤捷字号、胜字号米艇合计十五艘，剩余战船改为一、二、三号同安梭船形制。道光七年，裁撤台湾水师营知字号、方字号船共三十二艘、善字号船九艘；另造白底艍船三十二艘，编顺字号十六艘、济字号十六艘，分拨台湾协标中左右三营、澎湖协标、艋舺营。
外海战船名称共十类：赶缯船、双篷艍船、双篷船、平底哨船、圆底双篷䑩船、白艕䑩船、哨船、平底船、双篷哨船、平底䡅船。内河战船名称共九类：八桨船、六桨平底小巡船、花驾座船、八桨哨船、小八桨船、中八桨船、大八桨船、花官座船、哨艍船。每船配水师人数多少，依据船只大小而定。
提督标分中、左、右、前、后五营。中营战船九艘，左营八艘，右营八艘，前营十艘，后营十艘。总督标水师左营战船二艘。金门协标后来改为镇标：左营战船九艘，右营九艘；改镇标之后增战船二艘。海坛协标后改为镇标：左营战船十艘，右营八艘。闽安协标左营战船七艘，右营七艘。福宁镇标左营战船十艘。烽火营战船十一艘。南澳镇标战船十艘。铜山营战船十一艘。台湾协标中营战船十九艘，左营十四艘，右营十六艘。澎湖协标左营战船十七艘，右营十六艘，艋舺营十四艘。
广东水师：顺治九年设置武官一千人，之后设立总督标水师，驻扎肇庆府，分为中、左、右、前、后五营。中营：二橹桨船一艘，急跳船一艘。左营：桨船二艘，急跳船一艘，舢板船三艘。右营：桨船二艘，急跳船二艘。前营：急跳船二艘，舢板船四艘。后营：桨船一艘，急跳船一艘，舢板船三艘。水师营二橹桨船十四艘，四橹桨船六艘，急跳船六艘。四会营四字号桨船三艘。新会营急跳船一艘，急跳桨船一艘，小舢板船二艘。后来改为肇庆城守协标，管辖左右营、四会营、那扶营、永安营；新会营改隶提标水师的顺德协。
巡抚标管辖水师左右营、广州协左右营、三水营、前山营、顺德协左右营、新会左右营、增城左右营、大鹏营、永靖营。光绪二十九年裁撤广东巡抚，各营分归提督标以及广州城守协。
水师提督标，康熙元年设立，驻守惠州府，辖四营。嘉庆之后移驻虎门，分中、左、右、前、后五营，香山协左右营，顺德协左右营，新会左右营，大鹏左右营，赤溪协左右营，清远右营，广海寨营，永靖营。共有六橹船十一艘，八橹船四艘，十橹船二艘，十二橹船二艘，米艇十一艘，捞缯船六艘，快桨船二十七艘，浅水桨船十二艘，巡船十四艘，二橹船六艘，四橹船十二艘，艍船四艘。之后裁撤广海寨营，清远左右营划归三江口协标，永靖营改归抚标，之后又改隶城守协标，增设赤溪左右营。
南澳水师镇标，左营战船十艘，隶属于福建省；右营赶缯船九艘，䑸仔船六艘，八桨船二艘。澄海协：左营艍船二艘，膨仔船二艘，乌䑡船一艘，快桨船三艘；右营赶缯船一艘，艍船二艘，䑸仔船一艘，乌䑡船一艘，快桨船二艘。海门营赶缯船二艘，艍船二艘，䑸仔船四艘，快桨船四艘。达濠营艍船二艘，䑸仔船一艘，快桨船一艘。
碣石水师镇标，康熙八年展界，分中、左、右三营，米艇十艘，哨船一艘。平海营：康熙元年，惠州协右营驻守平海所；雍正四年设立平海营，隶属镇标，一号赶缯船一艘，二、三、四号艍船三艘，五、六、七、八号拖风船四艘，一号快船一艘。归善城守营，舢板哨船十三艘。惠来营，属于陆路。潮州镇标，分中、左、右三营。城守营快船五艘。饶平营快船四艘。黄冈协左右营：左营哨船二艘，右营哨船二艘。
北海镇标及城守营，康熙初年设立。康熙二十三年改设龙门水师协标，分左右二营。左营水师八百二十三人，右营八百一十一人；合计大米艇三艘，中米艇四艘，小米艇一艘，捞缯船三艘，艍船一艘。乾隆二十年之后，实际留存赶缯船二艘，艍船四艘，拖风船一艘，快马船三艘。旧辖硇州营，大小战船二十七艘，后来改隶高廉水师镇标。
高廉镇标阳江营：嘉庆十五年，把南韶连镇标左翼士兵移驻阳江，设立阳江镇标。左营大米艇五艘，捞缯船二艘；右营大米艇三艘，捞缯船一艘；之后改归高廉镇标。电白营双篷艍船七艘。吴川营外海双篷艍船二艘，外海拖风船三艘，桨船二艘。硇州营前身是乾体营，大战船十三艘，龙艇六艘，哨船五艘。康熙四十二年改为硇州营，留存赶缯船三艘，艍船六艘，拖风船十二艘，外海双篷船四艘，快桨船七艘。东山营大米艇一艘，捞缯船二艘。
雷琼镇标，康熙二十七年设立，分左右二营，赶缯船二艘，艍船六艘，快哨船六艘。雍正年间增快哨船十艘。嘉庆十五年改称水师营，左营水师八百七十六人，右营水师八百八十八人。海安营，康熙初年设副将等官；康熙八年改设游击，隶属镇标，大小哨船共二十艘。白鸽寨营，顺治初年设参将等官，大小哨船九艘；康熙年间裁撤，留存哨船三艘。海口营，嘉庆十五年设立水师协标，左营水师四百九十二人，右营四百八十五人；后来改为参将，合并左右两营为一营。崖州水师协标，中营为陆路；右营水师一、二、三号拖风哨船三艘，四、五、六号艍船三艘。
另有广东驻防八旗营水师，乾隆十年设置领催等三十人，水师四百七十人，分左右二营，工匠役夫十二人，教习副工兵一百人。
广西水师，原先驻扎柳州，后来移驻龙州。康熙二十一年，考虑梧州地处两广中心，扼守三江要道，把额定武官士兵分出一半，在浔州、南宁一带，设置哨船巡逻守备。此后只有梧州、浔州、平乐、南宁、庆远各府设有经制水师，人数不多。
到光绪初年，漓江、左江、右江水路绵长，盗贼众多，设立水师五营。后来因为军饷不足，合并为三营。不久增募勇丁，共有巡哨船一百四十艘，兵丁一千三百多人。仍然难以覆盖各处，于是再设水师五军，依据水路长短，确定战船数量。桂林府到平乐府，为中军汛地，设将领四人，巡船四十艘，士兵五百人。梧州府到浔州府，为前军汛地，设将领二人，巡船二十艘，士兵三百五十二人。太平府到南宁府，为左军汛地，设将领三人，巡船三十艘，士兵三百七十六人。庆远府到武宣，为右军汛地，设将领四人，调拨车扒船四艘，巡船三十六艘，士兵五百三十六人。南宁府至百色等厅河面，为后军汛地，设将领三人，扒船八艘，巡船二十艘，士兵四百二十四人。这是光绪末年的制度。
旧有水师官兵船数记述如下：梧州府水师三营，设副将等官，水师一千人，塘船十三艘，快船六艘，舢板船三十八艘。庆远府协标左营，兼管水师哨船二艘。平乐府水师哨船四十七艘。广运营八桨哨船七艘，柳兵哨船七艘。大亮营八桨哨船一艘，柳兵哨船一艘。大定营八桨哨船一艘，柳兵哨船二艘。足滩营柳兵哨船十二艘。浔州府左营，兼管来宾江口水师哨船、勒马汛水师哨船。南宁府隆安县水塘十八处，哨船十五艘，水师一百四十人；横州水塘二十处，哨船三艘，水师三十四人。永淳县水塘九处，哨船一艘，水师十人。
湖北水师：武昌府城守营，旧有水师营，设守备以下武官。乾隆二年，划归汉阳营，承担长江、汉水巡防。武昌省城，城守营留存内河巡哨船五艘，下游道士洑营巡江船三艘。汉阳城守营兼管水师营，战船三艘，虎战船一艘，汉川虎战船二艘。黄州协营，巡江船三艘。蕲州城守营，巡江船二艘。荆州水师营，设守备以下武官，战船二十五艘，巡江船二艘。宜昌府水师，顺治十三年设立彝陵镇，辖水师前后二营。康熙十九年改为彝陵水师协标。乾隆元年改为宜昌镇标，依旧设水师前后二营，战船三十艘，小䑡船十一艘。经太平天国战乱，旧制全部被毁。同治年间设立长江水师。湖北境内的长江水师，为汉阳水师镇标，下辖汉阳营、田镇营、簰洲营、巴河营。战船、兵额，和各省长江水师规制相同。
江西水师：清初设立九江镇标水师营、南湖水师营、鄱湖水师营，配备唬船二十艘，分头驻守水域、巡防江面，各营配置塘船一艘。康熙元年，将九江镇标改为九江协标，有水师兵员七百七十三人，增置沙船三十艘、水上巡哨船十七艘。乾隆年间，实际留存沙船八艘、唬船二十三艘。之后这支水师改为城守营。同治八年，裁撤城守营。原来的南湖水师营、鄱湖水师营，自长江水师设立之后，也全部裁撤。长江水师中隶属于江西的部分，是湖口水师镇标，统辖湖口营、吴城营、饶州营、华阳营、安庆营，战船数量、兵员编制，和各省长江水师制度相同。
安徽省水师：安庆镇标、寿春镇标以及游兵营、泗州营，全都配有战船。顺治初年，安庆镇标游兵营隶属于操江巡抚标下。康熙元年，改归江南总督标下管辖。泗州营原先隶属于江南提督标下，后来改归安徽巡抚标下。安庆镇标，分兵防守怀宁、桐城、望江、东流、贵池、铜陵以及江西彭泽县等地，配备大唬船一艘、小唬船二十二艘。游兵营，分防和州、无为、含山、铜城、繁昌、芜湖、当涂等地，以及江苏江宁县，配备大唬船一艘、小唬船二十七艘。寿春镇标，颍州营有哨船二艘；泗州营配备扒唬船四艘。经历太平天国战乱之后，水师战船全部损毁。同治年间设立长江水师，隶属于安徽的部分，是长江提督标中营，驻扎太平府，统辖裕溪营、芜湖营、大通营、金陵营，战船、兵额，制度和各省长江水师一致。
湖南水师：清初设立辰州、洞庭两个水师营。康熙二十八年，裁撤辰州水师，改设岳州水师营，由岳州营参将一并管辖，设置守备等武官；编制有头舵战兵六十八人，水步战兵六十五人，水守兵一百四十八人，分防岳州府城以及东西湖、上下江两处汛地。从雍正到嘉庆年间，兵员数额多次增减，最后留存头舵战兵三十四人，水步战兵三十九人，水守兵一百四十二人，战船十八艘。
洞庭水师营，原先设置洞庭协标。嘉庆二年，将洞庭副将、都司移驻常德，把常德升格为协；将常德游击、守备移驻洞庭，洞庭协改为水师营，设置游击等武官，战兵一百零九人，守兵四百三十六人，战船十二艘，另配分防小船、巡游小船各十艘，分驻龙阳县以及东西湖各汛地。天下太平日久，各级将官与士兵全都居住在陆地，战船破损不予修缮，旧有的制度渐渐荒废。
咸丰三年，曾国藩在湖南筹建水师，建造战船、训练兵勇，其中长龙船、舢板船尤其便于作战。太平天国平定之后，到同治八年，裁撤水勇，正式设立长江水师。在湖南境内的水师，设置岳州镇标四营，即岳州营、沅江营、荆州协标营、陆溪营。原先设立的岳州水师，并入岳州城守营；原洞庭水师，并入龙阳城守营。
咸丰战事兴起之后，经常在省城驻扎水师二营，湘潭驻水师一营，衡州驻水师一营；益阳县由省城调拨战船驻防，常德驻水师一营，辰州驻一营，靖州洪江驻一营；澧州由常德调拨战船驻防；又在岳州、安乡合驻水师一营。这部分水师不在国家经制正式水师编制之内，但划分区域驻守巡逻，交错布防，实际上和经制水师互为辅助。
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