宣统三年，武昌起义爆发，朝廷才解除党禁，戊戌政变获罪之人全部平反。这时康有为流亡海外十多年，才打算回国。当时革命军坚持共和，朝廷内部商议实行君主立宪，而康有为提出虚君共和的主张，认为“中国实行帝制数千年，不能骤然更改；大清得天下合乎正道，历代恩德浸润人心。保留帝号统合五族，平息战乱纷争，没有比这更合适的办法。”内阁总理大臣袁世凯顺从革命军的要求，决意改为共和，于是颁布清帝退位诏书。康有为知道空谈无法阻止变局，想要结交手握兵权之人作为依靠，多方游说当权者，数年没有成效。丁巳年，张勋发动复辟，任命康有为为弼德院副院长。张勋打算实行君主立宪，康有为仍然坚持虚君共和。事变失败，康有为躲进美国使馆，不久脱身回到上海。
甲子年，发生驱逐溥仪出宫事件，修改皇室优待条件。康有为发电报抗争，大意说：“优待条件，是大清皇帝与民国临时政府商定，永久有效，由英国公使担保，并且用正式公文通告各国，昭示信义，等同于国际条约。如今政府擅自修改条款，强迫签字认可，又敢带兵搜查皇宫，侵犯皇帝，侮辱驱逐后妃，抢夺宫中珍宝器物，不顾国家信义。仓促胁迫订立盟约，那么对内宪法、对外条约，随时都可以废除，国家还如何立足？皇上心怀天下为公，中外敬仰，本不屑于争夺，这件事实在是民国的耻辱！”第二年，溥仪迁居天津，康有为前去觐见，劝勉溥仪修养德行、增进学识、亲近贤臣、远离奸佞。丁卯年，康有为七十岁，溥仪赐给他“寿”字。康有为亲手写奏疏含泪谢恩，一一陈述所受恩遇与一生艰险经历，言辞悲愤动人。当时康有为感念今昔，内心伤痛至极，哭笑无常。自知病重不起，于是草拟遗书，在青岛病逝。
康有为天资超凡，古今各类学问无不通晓，自信心极强，常常提出开创性论点，往往开一代风气。最初主张孔子改制，之后阐述大同学说，认为太平盛世很快可以实现，晚年领悟天人一体的道理。著作很多，知名的有《孔子改制考》《新学伪经考》《春秋董氏学》《春秋笔削大义微言考》《大同书》《物质救国论》《电通》以及《康子内外篇》、长兴学舍、万木草堂、天游庐讲学记，各国游记，还有诗文集。
论曰：光绪、宣统两朝，世事接连剧变，中国可谓多灾多难。相关史事分别记载在本纪、各篇列传之中。按照断代修史体例，辛亥年之后的事情，照例不能详细记述。但丁巳复辟、甲子驱逐溥仪出宫两件大事，是清帝退位之后两大案件；张勋与康有为，一生都和清室相始终，不能不记载他们的事迹。明末的三位藩王和众多遗臣，史书都不隐讳记载，现在仿照这种体例，详细记述在本篇，希望研究清代兴衰始末的人，可以从中借鉴。
按：关内本这一卷是从上卷移过来的劳乃宣传、沈曾植传，没有张勋传、康有为传。列传末尾有论，文字是：论曰：劳乃宣、沈曾植都学识渊博、见识深远，如果能按照他们的学识，让他们完全施展抱负，他们的治绩会更加远大。无奈朝局变迁，辞官归隐，虽然都侨居海边，但平日里思念故国的心，一刻不曾忘记。最终忧伤憔悴，抱负没能实现就离世。可悲啊！关外一次本在张勋传后面附有张彪传，全文如下：
张彪，字虎臣，山西榆次人。以武生身份归入巡抚标下军队，巡抚张之洞赏识器重他，提拔为外委，跟随张之洞调任广东、湖北，之后到两江。当时新式陆军刚刚编练，张彪担任管带，监督修建江阴江防炮台。再回到湖北，担任护军管带。光绪二十三年，朝廷奏派他前往日本考察军政。回国后，监督修筑汉口后湖堤防工程，创办汉阳兵工厂。多次保荐升任副将，赏赐壮勇巴图鲁勇号，兼任常备军镇统，授松潘总兵，留任陆军第八镇统制官。南北新军在彰德举行会操，赏赐花翎；再次在太湖会操，改勇号为奇穆钦巴图鲁。宣统二年，提拔为湖北提督，加陆军副都统衔。宣统三年，新军兵变，总督瑞澂弃城逃跑，张彪率领卫队巷战，从夜晚打到中午，难以支撑，退兵调水师支援。瑞澂弹劾他挑起事变、擅自逃跑，朝廷下诏革去官职，命他戴罪立功。之后担任湘豫鄂援军总司令，率领残部守卫汉口。禁卫军和北洋军南下，张彪带兵做先锋，多次获胜。收复汉阳之后，恢复原有官职。官军商议改为共和，要求张彪签名，他极力反对，于是称病辞官。东渡日本，回国后定居天津，修建张园隐居。乙丑年，迎接溥仪到张园居住，陈设供给、衣食起居，早晚侍奉十分勤勉。丁卯年秋天，病重，溥仪亲自前来探视，他已经不能起身，勉强睁眼含泪去世，终年六十八岁。
列传二百六十一
吴三桂 耿精忠 尚之信 孙延龄
吴三桂，字长伯，江南高邮人，籍贯辽东。父亲吴襄，明崇祯初年担任锦州总兵。吴三桂凭借武举承袭父亲的荫庇，最初授都督指挥。吴襄因作战失误获罪下狱，朝廷提拔吴三桂为总兵，镇守宁远。洪承畴出关总督军队，集合各镇兵马，吴三桂所部就是其中一支。大军攻打松山，吴三桂战败，连夜领兵撤离。松山被攻破，洪承畴投降，吴三桂因此被降三级，收拢残兵依旧镇守宁远。吴三桂是祖大寿的外甥；祖大寿投降之后，清太宗命张存仁写信招降吴三桂，吴三桂没有回复。
顺治元年，李自成从西安向东进攻，太原、宁武、大同全部陷落，又分兵攻破真定。崇祯帝封吴三桂为平西伯，同时起用吴襄提督京营，征召吴三桂入京护卫。宁远号称有五十万兵马，吴三桂挑选步兵骑兵送入关内，留下精锐部队亲自率领殿后。三月甲辰，军队入关；戊申，部队抵达丰润。而李自成已于乙巳日攻破明朝都城，派遣降将唐通、白广恩领兵向东攻打滦州。吴三桂击败这支军队，收降八千士兵，领兵回头保卫山海关。李自成胁迫吴襄写信招降吴三桂，命唐通用四万两白银犒劳吴军，另派将领率两万人接替吴三桂守卫山海关。吴三桂领兵向西，走到滦州，听说爱妾陈圆圆被李自成部将刘宗敏掳走，大怒，回军击破李自成派来守关的将领；派遣副将杨珅、游击郭云龙上书睿亲王多尔衮请求出兵援助。多尔衮当时正在西征，驻扎翁后，吴三桂的使者赶到。第二天，多尔衮进军西拉塔拉，回信答复吴三桂，答应出兵。
李自成听说吴三桂起兵，亲自率领二十万大军东进，把吴襄带在军中；又派遣他任命的兵政部尚书王则尧招降吴三桂，吴三桂扣留使者不放回。四天之后，多尔衮进军连山，吴三桂又派郭云龙送信催促清军急速进兵。清军连夜出发，越过宁远，驻扎沙河；第二天，距离山海关十里。吴三桂派出侦察兵报告，李自成部将唐通在关外扎营，多尔衮派兵进攻，在一片石交战，唐通败逃。又过一天，清军抵达山海关，吴三桂出关迎接。多尔衮下令陈设仪仗，吹起号角，和吴三桂一同祭天完毕，吴三桂率领部将拜见多尔衮。多尔衮令吴军士兵在肩上系白布作为标识，作为先锋入关。李自成的军队横向排布在山海关一带，列阵等待。多尔衮命令各军面对李自成军队列阵，吴三桂的部队排在右翼最外侧。阵列排定，吴三桂率先和李自成军交战，激战数十回合。到中午，大风扬起尘土，咫尺之间看不清人影，两军呐喊，大风停止。武英郡王阿济格、豫郡王多铎率领两万骑兵从吴三桂阵地右侧突击冲入，骑兵冲杀，击溃敌阵。李自成正骑马站在高岗观战，吃惊说：“这是满洲军队！”策马跑下高岗逃走，李自成军队士气溃散，奔逃溃败。清军追击四十里。当天多尔衮以皇帝名义，晋封吴三桂为平西王，拨马步军各一万归他统领，命他向前追击驱逐李自成。吴三桂将王则尧押送到多尔衮军营，下令斩杀。李自成到永平，杀死吴襄，逃回北京，屠杀吴襄全家，放弃京城向西撤退。朝廷命吴三桂跟随阿济格追击李自成直到庆都，多次交战全部取胜。李自成逃往山西，吴三桂才班师。
世祖定都北京，授予吴三桂平西王印信册书，赏赐白银一万两、马三匹。明朝福王朱由崧在南京称帝，派遣使者封吴三桂蓟国公，又派沈廷扬从海路运送十万石米、五万两白银犒劳军队，吴三桂拒不接受。不久福王派遣侍郎左懋第、都督陈洪范等人出使清廷，又携带财物慰问吴三桂，吴三桂依旧推辞不受。很快朝廷任命英亲王阿济格为大将军向西征讨李自成，吴三桂率领本部兵马跟随，从塞外奔赴绥德。顺治二年，攻克延安、鄜州，进攻西安。李自成数十万军队迎战，吴三桂督军奋力冲杀，斩杀数万人。李自成从武关向南逃走，大军紧随追击，从襄阳直下武昌，李自成兵败身死。大军再向东攻占九江。八月，大军班师回京，赏赐吴三桂绣制朝衣一件、马两匹，下旨晋封亲王，出镇锦州，他的部队分驻宁远、锦州、中右所、中后所、中前所、前屯卫各地。吴三桂上奏说，士兵每人分给土地五晌，各处房屋已成废墟，土地贫瘠，请求增加土地；同时为杨珅、郭云龙以及部将吴国贵、高得捷等人请求世袭爵位，属官童达行等人请求破格提拔；又因为父亲吴襄、母亲祖氏、弟弟吴三辅都被李自成杀害，上奏请求抚恤。朝廷全部应允。吴三桂推辞亲王爵位，交由各部商议，同意他的请求。顺治三年，入京朝见，赏赐白银二万两。
顺治五年，朝廷命他和定西将军墨尔根侍卫李国翰一同镇守汉中。顺治六年，明宗室朱森滏攻打阶州，吴三桂与李国翰督军击杀朱森滏。有王永强起兵作乱，攻破延安、榆林等十九州县，延绥巡抚王正志、靖远道夏时芳战死；叛军又攻陷同官、定边、花马池。吴三桂督军攻克宜君、同官，斩杀七千多人。进而收复蒲城、宜川、安塞、清涧各县，诛杀王永强任命的官吏。定边、榆林、府谷全部收复。顺治八年，入京觐见，赏赐金册印信。这时明桂王朱由榔称帝，居于南宁，张献忠旧部孙可望、李定国等人都投降南明，率兵侵扰川北各府县。朝廷命吴三桂会同李国翰率军征讨。顺治九年七月，吴三桂与李国翰派兵向西招抚漳腊、松潘，向东攻占重庆；进攻成都，明将刘文秀弃城逃走；又进军攻克嘉定，驻军绵州。刘文秀与王复臣再从贵州进军四川，拉拢倮儸人作为助力，夺回重庆，攻破叙州。吴三桂数次作战失利。刘文秀、王复臣在保宁包围巡按御史郝浴。郝浴催促吴三桂等人前来救援，吴军击杀王复臣，刘文秀领兵撤退。郝浴上奏弹劾吴三桂拥兵观望，吴三桂摘取奏疏中“亲冒矢石”一句，反弹劾郝浴冒领战功，郝浴获罪流放。吴三桂叙军功，每年增加俸禄一千两。其子吴应熊娶公主，任和硕额驸，授三等精奇尼哈番，加少保兼太子太保。
顺治十四年，孙可望背叛南明，攻打朱由榔，李定国抵御，孙可望战败逃往长沙，投降清廷。朝廷下诏授吴三桂平西大将军，会同李国翰率军平定贵州；当时大将军罗讬、经略洪承畴等人从湖南出兵，将军卓布泰等人从广西出兵，三路一同进军。吴三桂等人从汉中出发，途经保宁、顺庆，抵达合州，击败明军，缴获江中战船。李定国派遣部将刘正国、杨武驻守三坡、红关各关隘，石壶关地势尤其险峻，明军据关防守。吴三桂令骑兵沿着山麓行进，步兵攀登山顶，用火炮攻击伏兵，明军惊惶溃散，于是攻下遵义，占领开州。恰逢罗讬等人已经攻克贵阳，卓布泰也从都匀、安远攻入，信郡王多尼率领禁军赶到。李国翰回师遵义，不久病逝。吴三桂疾驰到平越杨老堡和罗讬等人会合，商议分路进兵。吴三桂从遵义出天生桥，听说白文选驻守七星关，于是绕道乌撒土司地界，驻扎沾益。多尼大军进兵曲靖，击败白文选。卓布泰军队进军罗平，击败李定国。
顺治十六年正月，朱由榔逃往永昌。二月，吴三桂和尚善、卓布泰合军攻克云南省城，攻破白文选驻守的玉龙关，夺取永昌，朱由榔逃入缅甸。大军渡过潞江，李定国在磨盘山设伏，清军侦察得知，分八队迎击，斩杀大半伏兵。占领腾越，追击到南甸，才整顿军队，从永昌、大理、姚安撤回。明将马宝、李如碧、高启隆、刘之复、塔新策、王会、刘偁、马惟兴、杨武、杨威、高应凤、狄三品等人，还有景东、蒙化、丽江、东川、镇雄各土司，先后归降。多尼、卓布泰等人率军返回，留下固山额真伊尔德、卓罗等人分兵驻守，下诏命吴三桂镇守云南，总管当地军政民事。谕令吏部、兵部，云南文武官员的任免升降由吴三桂决断。李定国请求进入缅甸救出朱由榔，驻军孟艮。元江土司那嵩和降将高应凤起兵响应李定国。吴三桂督军从石屏进军包围元江，历时一个多月，击杀高应凤，那嵩自焚而死，将此地设立元江府。
顺治十七年，户部上奏，云南每年军饷俸银要九百多万两，提议调回满洲军队，裁撤五分之二绿旗兵。吴三桂认为边疆不安定，不宜削减兵力。这时吴三桂已经暗中怀有异心，藩下副都统杨珅劝说他先除掉朱由榔，断绝天下人的念想。吴三桂于是上奏：“此前秘密上奏进军缅甸，奉旨：‘如果形势不可行，千万不要强行出兵，务必仔细斟酌。’臣反复谋划，认为叛首不除，存在三大隐患、两处难处：李定国、白文选等人驻守三宣六慰，以拥戴桂王为名，召集残兵四处侵扰，这是边境门户之患；土司反复无常，唯利是图，一旦被煽动，到处起兵，这是心腹肘腋之患；投降的将士没有真心归顺，如果边关有警，这些人趁机起事，这是肌理隐患。况且军粮取自民间，不说各省饷粮运送延误，就算运到云南就地采买，百姓已经穷困，米价不断上涨，官府民间同时困乏，筹措粮草的难处就在这里。年年采购、年年输送，百姓财力耗尽，势必逃亡，休养生息的难处又在这里。只有及时出兵，早日平定全境，才是救时的办法。”奏折下发议政王大臣会同户、兵二部商议，朝廷派学士麻勒吉、侍郎石图前往云南征询吴三桂的谋划，才决定出兵。任命内大臣爱星阿为定西将军，率领禁军南征。
吴三桂的部队，五名壮丁抽一人当兵，每两百人设佐领一名，陆续设立数十佐领，任命吴应麒、吴国贵为左右都统分别统领。七月，吴三桂上奏整编降兵，分为十营，每营一千二百人，任用降将担任总兵：马宝、李如碧、高启隆、刘之复、塔新策统领忠勇五营；王会、刘偁、马惟兴、杨威、吴子圣统领义勇五营。十月，又上奏设立援剿四镇，任命马宁、沈应时、王辅臣、杨武为总兵。朝廷全部批准。吴三桂请求安抚南甸、陇川、千崖、盏达、车里各土司，颁发敕印；又传檄缅甸，命令他们交出朱由榔。李定国、白文选多次攻打缅甸，想要救出朱由榔，缅甸连年遭受兵祸，深受其苦，派人告知清军，愿意击破李定国等人，献出朱由榔。顺治十八年，吴三桂派使者到缅甸约定出兵日期，命缅甸在猛卯迎接大军；派遣副都统何进忠以及沈应时、马宁等人领兵从腾越出发，途经陇川，三月抵达猛卯。缅甸又和李定国交战，道路阻断。不久缅甸使者前来迎接军队，恰逢瘴气爆发，何进忠等人带兵撤回。
吴三桂因为马乃土司龙吉兆起兵响应李定国，派遣马宝、高启隆以及游击赵良栋征讨，攻打七十多天，攻破山寨，斩杀龙吉兆，在当地设立普安县。九月，瘴气消退。吴三桂和爱星阿，以及前锋统领白尔赫图，都统果尔钦、逊塔等人督军进攻大理，再出腾越，途经南甸、陇川抵达猛卯，分出两万兵马，派马宁、王辅臣另取姚关、镇康、孟定；又担心蛮暮、猛密二土司帮助李定国，阻断大军后路，留总兵张国柱带领三千人驻守南甸防备。十一月，各路军队在木邦会师。白文选烧毁锡箔江桥逃往茶山，李定国逃往景线。吴三桂令马宁等人率偏师追击白文选，自己和爱星阿直奔缅甸，再传檄要求交出朱由榔。十二月，大军进驻旧晚坡，距离缅甸都城六十里。缅甸使者请求清军进驻兰鸠江沿岸护卫，于是派白尔赫图带领百人前往。缅甸于是捉拿朱由榔和他的母亲、妻子送到清军大营。马宁等人在猛卯追上白文选，白文选带领数千人投降，大军班师。
康熙元年，捷报传到京城，朝廷下诏晋封吴三桂为亲王，命他同时管辖贵州。召爱星阿率领禁军回京。四月，吴三桂捉住朱由榔和他的儿子，用弓弦绞死，押送朱由榔母亲、妻子前往京师，她们在路上自杀。李定国还在边境打探朱由榔消息，吴三桂令提督张勇带领一万多人驻守普洱、元江防备。不久，李定国在猛腊病死。吴三桂招降他儿子李嗣兴，李嗣兴率一千多人归降，南明政权灭亡。康熙二年，派遣王会等人攻打陇纳山蛮，攻破山寨，斩杀首领。康熙三年，派遣刘之复和总兵李世耀领兵从大方、乌蒙出兵，攻打水西土司安坤、乌撒土司安重圣，一并斩杀，在当地设立府：陇纳设平远府，大方设大定府，水西设黔西府，乌撒设威宁府。康熙四年，上奏裁撤云南绿旗兵五千多人。康熙五年，再次派兵在陇箐攻打土司禄昌贤，夺取数十座山寨。滇东全部平定，设立开化府、永定州。
吴三桂最初因为打开山海关迎接清军，地位声望高于孔有德、耿仲明、尚可喜这些降将。孔有德独自领兵平定湖广，收复广西，李定国攻破桂林，孔有德殉国；尚可喜与耿仲明之子耿继茂分兵平定广东、福建；吴三桂的功劳最高。云南、贵州刚刚平定，洪承畴上奏，援引明代黔国公沐英镇守云南旧例，请让吴三桂世代镇守云南。吴三桂又请求下敕，云南督抚受自己节制，将总督府移驻贵阳，提督府移驻大理。占用朱由榔曾经居住的五华山皇宫作为藩王府，增修得华丽高大。没收沐天波的七百顷庄田作为藩王私田。借开挖水渠、修筑城池名义，加重关卡商税，垄断盐井、金矿铜矿山的收益，大肆聚敛财富。派遣使者联络达赖喇嘛，在北胜州开展互市贸易。辽东人参、四川黄连、附子，直接在产地收购运输，官府代为售卖，收取货款。财物充足，借钱给富商，称为藩本。放贷收取利息，拿出盈余钱财收买没有操守的士大夫。挑选各将领子弟、四方宾客，和他们操练军备，说是储备将帅人才。部下士兵很多是李自成、张献忠麾下久经战阵的老兵，骁勇善战，按时操练。管辖范围内文武官吏，自行选拔任用。各省官职空缺，时常直接上奏任命，当时称为“西选”。又多次举荐京城官员、各省将吏辅佐自己。御史杨素蕴上奏弹劾他，吴三桂摘取奏疏中“防微杜渐”四字，请皇帝质问杨素蕴。杨素蕴回奏，说“防微杜渐，是古今通用的道理”，这件事就此搁置。
康熙六年，吴三桂上奏说双眼昏花，精力日渐衰退，请求辞去总管云、贵两省事务。交由各部商议，按照各省惯例，地方事务交给督抚管理，文职官员由吏部提名任命。云贵总督卞三元、云南提督张国柱、贵州提督李本深接连上奏陈述吴三桂功绩，请求继续由他总管两省。圣旨答复：“王爷因精力衰减请求辞官，如果强行让他继续总管，恐怕过度劳累。边疆如果发生战事，王爷仍需要处理。”不久提拔吴应熊为少傅兼太子太傅，命他前往云南探望父亲病情，之后返回京师。吴三桂更加想要把持地方权力，故意挑起和苗、蛮部族的冲突，借故用兵，私自把中甸划给番人放牧、互通贸易。等到卞三元请求回乡养老，甘文焜接任总督，不肯依附吴三桂。吴三桂谎称有外敌入侵，传令甘文焜出兵征剿；等军队赶到，又说敌寇已经退走，传令收兵。藩属文武官吏士兵耗费巨额薪饷，各省上缴赋税不够，又向江南征收，每年两千多万两白银；经费不足就连连续上奏请求拨款，结余也不接受核查。这时尚可喜镇守广东，耿继茂之子耿精忠镇守福建，和吴三桂合称三藩，吴三桂最为骄横跋扈。
康熙十二年二月，皇帝派遣侍卫吴丹、塞扈立慰问吴三桂，赏赐御用貂帽、团龙裘衣、青蟒狐腋袍、腰带，也派遣使者赏赐尚可喜。不久尚可喜上奏称病请求退休还乡，交由各部商议，提议连同他的部队一同迁移。七月，吴三桂也上奏请求撤藩，并且说：“部下人口众多，当年从汉中迁移云南，历时三年才迁移完毕。如今人口更多，请求赐予土地，比世祖当年分给锦州、宁远一带的土地加倍广阔，才能安顿部众。”圣祖察觉三藩分镇、手握重兵是国家隐患，收到吴三桂奏折，下发议政王大臣会同户、兵二部商议上奏。诸王大臣揣测吴三桂上奏不是真心愿意撤藩，如果立刻下令迁移，必定引发动乱，主张不宜撤藩；只有尚书米思翰、明珠认为苗蛮已经平定，吴三桂不宜长期镇守，主张撤藩。于是拟定两套方案上报：一套提议把吴三桂迁到山海关外，另派满洲兵驻守云南；一套提议照旧留吴三桂镇守云南。圣祖说：“吴三桂蓄谋反叛很久，撤藩会反，不撤藩也会反。不如趁现在先行动手，还可以控制局势。”于是批准吴三桂撤藩请求，下谕如果需要满洲军队，等待吴三桂奏请再派遣。随即命令侍郎折尔肯、学士傅达礼携带诏书前往云南。
吴三桂最初上奏，猜想朝廷不会立刻批准，希望朝廷挽留，长久镇守云南。九月，诏使抵达，吴三桂大失所望。和都统吴应麒、吴国贵，副都统高大节，以及女婿夏国相、胡国柱谋划叛乱，部署心腹扼守关口，只允许人进入，不许外出，和使者约定十一月己丑日从云南动身。起事前三日丙戌，邀请巡抚朱国治，胁迫他一同反叛，朱国治不从，吴三桂张贴告示将他斩杀。随即召集各总兵马宝、高启隆、刘之复、足法、王会、张足法等人起兵造反，自称周王天下都招讨兵马大元帅。恢复蓄发，改换明代衣冠，旗帜用白色，步兵骑兵都戴白毡帽。扣押折尔肯、傅达礼；按察使李兴元，知府高显辰，同知刘昆不肯屈服，遭受酷刑，被流放瘴疠之地。胡国柱以及总兵杜辉、柯铎，布政使崔之瑛等人投降。吴三桂传檄到各地，写信给平南、靖南二藩，还有贵州、四川、湖广、陕西旧识将吏，邀约一同响应。派遣马宝领兵作为先锋奔赴贵阳，李本深打算响应。甘文焜写信告知川湖总督蔡毓荣，催促折尔肯、傅达礼的随行官员郎中党务礼、员外郎萨穆哈、主事辛珠、笔帖式萨尔图火速回京报告叛乱。吴三桂派遣骑兵追击，辛珠、萨尔图被杀。甘文焜率领数名骑兵奔赴镇远，镇远副将江义已经收到吴三桂檄文，带兵包围甘文焜，甘文焜殉难。马宝大军抵达，巡抚曹申吉、总兵王永清投降。
十二月，党务礼、萨穆哈抵达京师，吴三桂叛乱的消息上报朝廷。圣祖认为荆州是战略要地，当天派遣前锋统领硕岱率领禁军疾驰驻守。很快任命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，率军征讨吴三桂；分遣将军赫业进入四川，副都统马哈达、扩尔坤驻军兖州、太原待命调遣，同时暂停平南、靖南二藩撤藩。王大臣请求逮捕吴应熊治罪，皇帝下令暂时关押。吴三桂军队攻陷清浪卫；蔡毓荣派遣总兵崔世禄驻守沅州，吴军抵达，崔世禄献城投降；吴军继续进兵，攻陷辰州。
康熙十三年正月，吴三桂僭越称帝，定年号周王元年，部署众将：杨宝荫攻占常德，夏国相攻占澧州，张国柱攻占衡州，吴应麒攻占岳州。偏沅巡抚卢震放弃长沙逃跑，副将黄正卿、参将陈武衡献城投降。襄阳总兵杨来嘉起兵叛乱，郧阳副将洪福进攻提督佟国瑶，被击败，退守山寨，二人都响应吴三桂，接受他授予的官职。吴三桂从云南来到常德，把奏疏交给折尔肯、傅达礼带回京城，言辞傲慢无礼。皇帝下令诛杀吴应熊和其子吴世霖，其余年幼儿子免死没入官府为奴。六月，任命贝勒尚善为安远靖寇大将军，和勒尔锦分路进军。此时云南、贵州、湖南大部分土地落入吴三桂手中；和番人通商，用茶叶换马匹，联合倮儸助战；砍伐木材建造大型战船，组建水师；开采铜矿铸钱，钱币铭文为“利用”。军队所到之处掠夺府库金银、粮仓粮食供给军用。
勒尔锦大军驻扎荆州，吴三桂派遣刘之复、王会、陶继智等人多次用水师攻打彝陵，勒尔锦派将多次击败敌军，但没能渡江。尚善大军驻扎武昌，写信劝吴三桂投降，吴三桂置之不理。吴三桂檄文所到之处，反叛接连爆发：提督郑蛟麟，总兵谭弘、吴之茂在四川反叛；巡抚罗森、降将孙延龄率领孔有德旧部在广西反叛；耿精忠在福建反叛；河北总兵蔡禄在彰德反叛。吴三桂声势更加壮大，又派遣使者交好达赖喇嘛。达赖喇嘛上书朝廷请求停战，皇帝没有准许。朝廷先后派遣经略大学士莫洛、大将军康亲王杰书、贝勒董额等人出征招抚；将军阿密达擒获蔡禄处死。皇帝催促尚善攻打岳州，吴三桂派吴应麒、廖进忠、马宝、张国柱、柯铎、高启隆分路抵御；又派兵窥探江西，沿长江抵达南康，攻陷都昌；再从长沙攻入袁州，占领萍乡、安福、上高、新昌各县。皇帝任命安亲王岳乐为定远平寇大将军，平定江西；简亲王喇布为扬威大将军，镇守江南。这时王辅臣担任陕甘提督，在宁羌反叛响应吴三桂，莫洛战死。吴三桂派遣部将王屏藩进入四川，与吴之茂合兵支援王辅臣。皇帝再次催促尚善速攻岳州，尚善上奏请求增兵，迟迟不进兵。
康熙十四年正月，皇帝命岳乐从袁州攻取长沙。岳乐派兵接连收复上高、新昌、东乡、万年、安仁、新城各县，又攻克广信、饶州。夏国相固守萍乡，久攻不下。皇帝因为岳乐大军向湖南进军，令喇布移驻南昌。吴三桂派遣七万士兵、三千倮儸兵驻守醴陵，修建木城防御；又在岳州城外挖掘三道壕沟，环绕竹木陷阱；在洞庭湖峡口打入木桩阻挡战船；陆军堡垒层层设置鹿角障碍阻挡骑兵。吴三桂从常德前往松滋，水师驻扎虎渡口，隔断勒尔锦、尚善两军，使之无法互通消息；扬言渡江攻打荆州，掘开堤坝淹城，分出岳州守军占据彝陵东北镇荆山；令王会、杨来嘉、洪福合兵攻陷谷城，捉住提督马胡拜，攻打郧阳、均州、南漳。勒尔锦派遣贝勒察尼驻守彝陵，和都统宜理布等人奋力抵御，上奏请求增兵。皇帝斥责勒尔锦逗留不进，没有批准增兵。这一年，察哈尔布尔尼叛乱，皇帝派遣大将军信亲王鄂札、副将军大学士图海击破叛军。
康熙十五年，吴三桂派兵入侵广东，授尚之信为招讨大将军。当时尚可喜已经病重，尚之信于是投降吴三桂。吴三桂另派部将韩大任、高大节率领数万人攻占吉安。皇帝令喇布固守饶州，岳乐攻打萍乡，苦战攻破十二座堡垒，斩杀上万人，夏国相带兵逃走，萍乡收复。大军继续进军收复醴陵、浏阳，进攻长沙。吴三桂派遣胡国柱增兵防守，马宝、高启隆从岳州带兵前来会合。吴三桂从松滋移驻岳麓山，作为长沙后援；又令韩大任、高大节从吉安分兵进犯新淦，驻扎泰和，再次攻陷萍乡、醴陵，切断岳乐大军后路。皇帝严令喇布支援岳乐，喇布才从饶州出兵收复余干、金溪，攻打吉安。高大节率领四千士兵迎战，在大觉寺交战，带领百名骑兵冲入清军阵地，清军退守螺子山。高大节再以少量兵力激战，喇布和副将军希尔根仓促弃营逃跑，清军战败。恰逢韩大任与高大节不和，高大节抑郁而死。喇布再次包围吉安，韩大任不敢出战。勒尔锦得知吴三桂离开松滋，率军渡江夺取石首，派贝勒察尼进攻太平街吴军堡垒，清军战败，退回荆州。同年，大将军、大学士图海接替董额征讨陕西，王辅臣投降。皇帝令将军穆占率领陕西军队奔赴荆州；康亲王杰书从浙江攻入福建，耿精忠投降。尚之信也派遣使者到喇布军中投降。孙延龄听说后，也打算投降；吴三桂派侄孙吴世琮偷袭桂林，捉住孙延龄将他杀死，劫掠柳州、横州、平乐、南宁。
康熙十六年，尚善分出三千战马增援岳乐部队，吴三桂在七里台截夺这批马匹；又派兵支援吉安，和喇布军队相持。穆占从岳州进军，与岳乐夹击长沙，攻克城池。吴三桂派去支援吉安的军队全部撤退，韩大任弃城逃走，吉安收复。吴三桂从岳麓山迁到衡州，分兵进犯南安、韶州，并增派兵力给吴世琮劫掠广西。康熙十七年，岳乐收复平江、湘阴，吴三桂部将林兴珠率领水师归降。穆占进攻永兴，攻占城池，一并收复茶陵、攸县、酃县、安仁、兴宁、郴州、宜章、临武、蓝山、嘉禾、桂阳、桂东共十二座城池。喇布会同江西总督董卫国追击韩大任，追到宁都，韩大任战败逃往福建，向杰书投降。吴三桂派马宝、胡国柱攻打永兴，都统宜理布、护军统领哈克山出战阵亡。穆占和硕岱等人拼死守城。
这一年，吴三桂六十七岁，起兵六年，地盘日渐缩小，援兵越来越少，想要称帝自娱。部下纷纷劝他登基，于是在三月初一日称帝，改元昭武，以衡州作为定天府。设置百官，大肆封赏诸将，先封国公，其次郡公，再依次封侯、伯。制定新历法，在云南、贵州、四川、湖南举行乡试。把居所改称殿，来不及换成黄瓦，就用黑漆涂刷；修建上万间房屋作为朝房。在衡山筑坛，举行祭天即位大典，文武官员入内朝贺。当天狂风大雨，典礼草草结束。不久吴三桂患上噎膈病；八月，又得痢疾，不能说话。派人召孙子吴世璠从云南前来，人还没到，乙酉日，吴三桂去世。马宝、胡国柱正在猛攻永兴，听到死讯，烧毁营垒，带兵撤回衡州。吴世璠是吴应熊庶子，留在云南，赶赴衡州奔丧，抵达贵阳，部下拥立他称帝，改年号洪化，依靠方光琛、郭壮图作为心腹。方光琛，是吴三桂任命的大学士；郭壮图，封国公。
吴三桂刚刚起兵的时候，部下有人建议急速渡江，全军北上；有人建议直取金陵，扼守长江，切断南北漕运；有人建议出兵巴蜀，占据关中，守住崤山、函谷关稳固根基。吴三桂都没有采纳，屯兵松滋，和勒尔锦隔江对峙，双方都不敢渡江决战。之后回兵支援长沙。晚年才想打通福建、广东通道，联合耿精忠、尚之信再次叛乱，攻打永兴还没有攻克就死去。吴国贵提议放弃湖南，向北争夺天下：陆军从荆襄进军河南，水师直下武昌，抢夺战船顺江攻打江南。众将都不愿放弃云南、贵州，马宝率先反对，提议作罢。
皇帝因为勒尔锦驻守荆州迟迟不进兵，此时尚善去世，贝勒察尼接任安远靖寇大将军，攻打岳州。吴应麒坚守城池，久攻不下。皇帝准备御驾亲征，听闻吴三桂死讯，才停止。催促各路军队分路进军，同时下谕招抚沦陷地区的官民。察尼驻军君山，无法切断水上粮道，这时建造一百艘鸟船、四百艘沙船，搭配三万士兵，水师才组建完成，由贝勒鄂鼐统领。采纳林兴珠计策，一半水师驻守君山，切断常德通道；另一半分驻扁山、香炉峡、布袋口各处；陆军驻守九贵山，切断岳州、衡州通路。水陆营寨绵延百里，岳州吴军粮草耗尽、外援断绝。吴应麒会同诸将江义、巴养元、杜辉，驾驶两百艘大船，乘风冲击柳林嘴。察尼下令水师驾轻便小船，冲到敌舰前方，开炮轰击，敌船大半被毁，士兵落水而死。吴应麒再率领五千人进犯陆石，将军鄂讷、前锋统领杭奇率军迎击，吴应麒战败逃走。杜辉有儿子在清军中，暗中联络打算投降，事情泄露，吴应麒杀死杜辉。吴军诸将互相猜忌内讧，陈华、李超、王度冲等人率领水师投降。吴应麒收拢残兵，带着辎重突围逃往长沙，胡国柱也弃城和他一同逃走。察尼率领水师从岳州进军，收复华容、安乡、湘潭、衡山各县。
勒尔锦听说吴三桂死去，率领军队从荆州渡江。吴三桂留在虎渡上游的水师、驻守镇荆山的陆军全部溃散逃走。清军分兵平定松滋、枝江、宜都、石门、慈利、澧州，进军收复常德。喇布率军攻入衡州，攻取祁阳、耒阳，再进兵攻克宝庆。这时吴国贵从衡州退守武冈，和马宝一同驻守。吴应麒从岳州退守辰州，胡国柱从长沙退守辰龙关，互为犄角死守。穆占大军攻克永明、江华、东安、道州，再攻取永州。岳乐大军从衡州收复常宁，攻打武冈。吴国贵率领两万人据守枫木岭抵抗。岳乐令林兴珠与提督赵国祚督军猛攻，吴国贵战死，军队溃散。贝子彰泰等人追击到木瓜桥，大败吴军，武冈收复。皇帝召岳乐返回京师，彰泰接任定远平寇大将军，令他和穆占商议进攻方略。这一年，将军莽依图等人平定广西，吴世琮败死。
康熙十九年春天，将军赵良栋从略阳攻破阳平关，收复成都。王进宝从凤县攻破武关，夺取汉中。王屏藩退守保宁，清军追击，在锦屏山交战，兵临城下，王屏藩自杀，保宁攻克，继而收复顺庆。将军吴丹、提督徐治都从巫山攻克夔州、重庆，杨来嘉、谭弘先后投降。察尼攻打辰龙关，从小路偷袭攻破关隘，收复辰州。杨宝荫、崔世禄投降。彰泰大军攻克沅州，吴应麒、胡国柱逃往贵阳。皇帝召勒尔锦、察尼回京，催促彰泰与穆占、蔡毓荣等人从沅州，喇布从南宁，吴丹、赵良栋从遵义三路一同进军。吴世璠令吴应麒联合王会、高启隆、夏国相合兵攻入四川，劫掠泸州、叙州，攻陷永宁。谭弘再次反叛，攻占夔州。皇帝再次催促彰泰快速攻下贵阳，命赉塔担任平南大将军，总领广西各路军队。吴丹因为没有支援永宁被罢免，命赵良栋统领四川全军，依旧三路攻入云南。吴世璠征召王会、高启隆、夏国相从四川回援贵阳，令马宝、胡国柱劫掠四川。
十月，彰泰大军攻克镇远，吴世璠部将张足法等人败逃。继续进军收复平越，攻克新添、龙里二卫，兵临贵阳城下。吴世璠和吴应麒等人逃回云南。贵阳连同安顺、石阡、都匀各府全部收复。吴世璠任命的侍郎郭昌、邱元，总兵臧世远、齐聘金、文台等人，率领官吏一百多人、士兵一千三百多人，到彰泰军营投降。清军继续进军，吴世璠所任命总兵蔡国昌、平远知府郑开枢等人献出平远投降。清军在永宁交战，打到鸡公背，吴世璠军队烧毁盘江铁索桥逃走。普安土司龙天祜，永宁土司沙起龙、礼廷试搭建浮桥接应清军渡河。
康熙二十年春天，吴世璠任命高启隆为大将军，联合夏国相、王会、王永清、张足法等人，率领两万人抵御彰泰，再次攻陷平远，驻扎在城西南山上。穆占与提督赵赖进军击破敌军，高启隆等人逃走，王会投降，清军收复平远。彰泰大军进驻安南卫，吴世璠部将线緎、巴养元、郑旺、李继业率领一万多人驻守盘江西坡，布设象阵。清军初次交战被线緎击败。两天之后，彰泰令总兵白成功等人进攻，在沙子哨大战，从午时打到傍晚，清军分队冲锋，线緎连夜撤退。彰泰派遣都统龚图等人追击到腊茄坡，再次交战，线緎退守交水城。清军收复新兴所、普安州，黔西、大定各府全部平定，斩杀吴世璠任命的巡抚张维坚。赉塔大军从田州进军，进驻西隆州。吴世璠部将何继祖率领万人驻守石门坎扼守险隘，赉塔督军分路进攻，夺取关隘，收复安笼所。何继祖退守新城所，又和吴世璠部将詹养、王有功合兵两万人驻守黄草坝，布象阵坚守。赉塔督军猛攻，夺取二十二座堡垒，擒获詹养、王有功，俘虏士兵上千。继续进军攻破曲靖，夺取交水城。线緎等人再次逃走，清军于是攻克马龙州、易龙所、杨林城。彰泰的军队也赶到，两支大军在嵩明会合。
二月，清军进攻云南省城昆明，驻扎在归化寺。吴世璠派遣将领胡国柄等人率领上万士兵布下象阵抵御作战。彰泰、赉塔督促军队进击，大败敌军，斩杀胡国柄以及副将九人，俘虏六百多人；清军乘胜追击，兵临昆明城下。吴世璠麾下将领张国柱、李发美等人先后投降。临安、姚安、大理、鹤庆、丽江各府全部被收复。吴世璠急召马宝、胡国柱、夏国相等人回师救援云南。康熙帝下令赵良栋等分路出兵拦截袭击马宝等人。马宝从寻甸抵达楚雄，屯驻乌木，军队溃散，便同巴养元、赵国祚、郑旺、李继业、郎应璧等人前往姚安投降。胡国柱从丽江、鹤庆逃入云龙州，走投无路，自缢而死。夏国相自从在平越战败之后逃往广西，总兵李国樑派兵围困他，夏国相也和王永清、江义等人出城投降，吴世璠的外援就此断绝。赵良栋的军队从夹江攻克雅州，收复建昌，渡过金沙江，进驻武定，又向前推进驻扎绵竹。九月，赵良栋率军前来，和彰泰、赉塔各路人马会合。当时昆明已经被围困数月，始终没能攻下。赵良栋提议切断昆明湖的水道，主张快速攻城，亲自督兵直抵城下，把城池重重包围。线緎等人密谋捉住吴世璠与郭壮图献城投降，吴世璠与郭壮图全都自杀。十月戊申日，线緎等人开城投降。穆占与都统马齐率先入城，登记叛党，抓获方光琛，连同其子方学潜、侄子方学范，在军前将他们凌迟处死。清军割下吴世璠的尸体，砍下首级传送至京师。吴世璠所任命的将吏一千五百余人、士兵五千有余，全部归降。云南、贵州、四川、湖广各省全部平定。康熙帝下诏宣告大捷，大赦天下。康熙二十一年春天，皇帝采纳议政王大臣的奏请，拆毁吴三桂的骸骨，传示天下示众。将吴世璠的首级悬挂在闹市。凌迟处死马宝、夏国相、李本深、王永清、江义，他们的亲属连坐斩首。斩杀高启隆、张国柱、巴养元、郑旺、李继业，财产妻女全部没收入官府。
吴三桂麾下众将领之中，马宝、王屏藩最为骁勇善战。马宝原本是农民起义军，后来归降南明桂王朱由榔，担任将领。桂王逃奔南甸，马宝投降吴三桂，担任忠勇中营总兵。吴三桂起兵反叛，马宝领兵担任先锋，接连攻陷贵州直到湖广南部边境各郡县，被封为国公。他两次攻入广西，一次攻入四川；战败之后逃往姚安，前往希福军中投降，到这时被处死。王屏藩也是吴三桂所倚重的大将，接替高启隆担任忠勇左营总兵。吴三桂叛乱，命他进入四川声援王辅臣。王屏藩从秦州退守保宁，在蟠龙山击败清军。康熙十九年，清军攻克保宁，王屏藩自杀。
那些独掌一方兵权、叛附吴三桂助纣为虐的大将有：云南提督张国柱，贵州提督李本深，总兵王永清，副将江义，四川总兵谭弘、吴之茂，湖广总兵杨来嘉，广东总兵祖泽清；其中陕西提督王辅臣兵力最强，造成的战乱最为惨烈。
张国柱原本是明朝副将，后来归降清廷。跟随续顺公沈永忠攻取湖南，又跟随尚可喜平定广东，屡次升迁官至提督。吴三桂反叛，授予他大将军，封为国公。攻陷衡州、围困长沙、会战岳州，都依靠张国柱出力。等到清军围困吴世璠，张国柱才从大理出城投降。
李本深是明朝总兵高杰的外甥。高杰死后，李本深以提督身份统领其部众。后来归降豫亲王多铎，被授予三等精奇尼哈番，逐步升迁做到提督。吴三桂叛乱，授他为将军。彰泰大军攻克贵阳，李本深出城投降。
王永清镇守黔西镇，江义任职镇远协，二人杀害甘文焜，先后依附吴三桂。到这时一同被处死。
谭弘早年作为明朝将领归降清廷，多次升迁官至总兵。吴三桂反叛，谭弘与四川提督郑蛟麟、总兵吴之茂合谋造反。郑蛟麟原是明朝都司，在松山归降大清。吴三桂派他进犯汉中，战败之后，再次归降。唯独谭弘奋力作战，多次攻打郧阳。吴三桂授他为将军，封国公。谭弘死后，其子谭天秘逃到万县，很久之后才出来投降，被押送京师。同年五月，谭天秘被凌迟处死。
吴之茂，与王屏藩合兵支援王辅臣，攻打秦州，奋力作战，战败逃往松潘。回师与王屏藩一同守卫汉中，城池被攻破之后被俘，押送京师处死。
杨来嘉原本是郑锦麾下将领，归降后被授总兵。吴三桂反叛，他与副将洪福一同叛乱，吴三桂授他为将军。杨来嘉屡次攻打南漳，洪福屡次攻打均州。勒尔锦率军渡过长江，洪福率先投降。杨来嘉战败逃往巫山，又逃到重庆。重庆城破，出城投降，押送京师，还没抵达就在途中死去。
祖泽清是祖大寿之子，占据高州反叛，归附吴三桂。尚之信投降之后，祖泽清也投降。不久再度反叛，朝廷命尚之信讨伐他，攻克高州，抓获祖泽清与其子祖良楩，押送京师凌迟处死。
王辅臣早年做过盗贼，外号“马鹞子”。跟随姜瓖作乱，后来归降英亲王阿济格。不久以侍卫身份跟随洪承畴南征，侍奉洪承畴十分恭谨，被任命为总兵。吴三桂挽留他，任命为援剿右镇，跟随吴三桂攻入缅甸，击破桂王，升任提督。吴三桂叛乱，派人招诱他造反，王辅臣把这件事上报朝廷，被授予三等精奇尼哈番，其子王继贞也得到官职。经略大学士莫洛从陕西进入四川，令王辅臣随军。大军驻扎宁羌，王辅臣胁迫部众杀害莫洛，起兵反叛。吴三桂授他为大将军，固原、定边、临洮、兰州、同州的文武官吏全都依附他。大将军贝勒董额领兵征讨。王辅臣固守平凉，清军久攻不下。大学士图海接替统帅，督军猛攻，王辅臣才开城投降。皇帝下诏恢复他的官爵，加太子太保，授靖寇将军，跟随图海驻守汉中。王辅臣内心惶恐不安，与妻妾上吊自尽，却没有死成；图海撤军回朝，王辅臣随同前往西安，一夜之间死去。皇帝没有过重治罪，只下令停止爵位世袭，罢免王继贞官职。
耿精忠，靖南王耿继茂之子。顺治年间，耿继茂送他入京侍从皇帝，清世祖授他一等精奇尼哈番，娶肃亲王豪格之女，封为和硕额驸。康熙十年，耿继茂去世，耿精忠承袭王爵。康熙十二年，耿精忠上疏请求撤藩，朝廷准许，派遣侍郎陈一炳前往福建办理相关事务。吴三桂反叛，朝廷下令仍旧让耿精忠留镇福建，召回陈一炳。吴三桂写信招降耿精忠，耿精忠与藩下都统马九玉，总兵曾养性、江元勋，参领白显忠、徐文耀、王世瑜、王振邦、蒋得鋐等人密谋响应吴三桂；唯独马九玉认为不可，曾养性等人全都赞成起事。
康熙十三年三月，耿精忠发兵造反，胁迫总督范承谟，范承谟不肯屈服，耿精忠便将他逮捕囚禁，连同他的宾客随从、家属一并关押。巡抚刘秉政投降。耿精忠自称总统兵马大将军，下令蓄发，改换明朝衣冠，铸造钱币，名为“裕民通宝”。任命曾养性、白显忠、江元勋为将军，分兵攻陷延平、邵武、福宁、建宁、汀州各府。约吴三桂合兵攻入江西，唆使潮州总兵刘进忠扰乱广东；又邀约郑锦出兵夺取沿海郡县作为声援。浙江总督李之芳听闻叛乱，出城驻守衢州，派遣副将王廷梅等人四处抵御作战。康熙帝命将军赉塔出兵浙江，将军希尔根出兵江西，削夺耿精忠爵位，发布檄文声讨。朝廷依旧派遣郎中周襄绪，会同耿精忠的护卫陈嘉猷携带敕书前往招抚，耿精忠将二人扣留在军中。曾养性与林冲、徐尚朝、冯公辅、沙有祥等人率领一万多人出仙霞关，攻陷江山、平阳；游击司定猷捆绑总兵蔡朝佐，献城投降。叛军渡过飞云江，攻打瑞安，没能攻下。调转军队攻打温州，总兵祖弘勋献城投降。巡道陈丹赤、永嘉知县马閟殉难。耿精忠授祖弘勋为将军，叛军扩充到十万人，攻陷乐清、天台、仙居、嵊县；宁海、象山、新昌、余姚各县的地方盗匪纷纷起事。曾养性向耿精忠请求，授给这些匪首官职，令他们屯守大岚山，袭扰绍兴、宁波。叛军攻破黄岩，总兵阿尔泰投降。耿精忠分兵进犯金华；耿精忠与其部将周列、王飞石、桑明等人攻陷广信、建昌、饶州。又联合玉山、永丰的土寇向东进犯常山，攻陷开化、寿昌、淳安、遂安各县。另外派兵攻打徽州、婺源、祁门。
康熙帝任命康亲王杰书为奉命大将军，贝子傅喇塔为宁海将军，率领大军进军浙江；又以岳乐、喇布两支军队作为策应。将军赉塔的军队驻扎衢州，曾养性从常山前来进犯，赉塔会同李之芳派兵击退敌军。副将牟大寅在常山作战，斩杀耿精忠部将张宏。洪起元在绍兴作战，收复嵊县。鲍虎在淳安作战，擒获王飞石、桑明，收复寿昌、遂安。曾养性、徐尚朝等人率领五万人进攻金华，副都统玛哈达、总兵陈世凯等人在木道山与其交战，斩杀两万多人，曾养性逃往天台。康熙十四年，曾养性再次率领数万步兵骑兵攻打金华，派遣部将朱飞熊带领水军水陆并进；傅喇塔率军出击，斩杀朱飞熊，曾养性退兵屯守茂平岭。巡道许弘勋攻破大岚山土寇，斩杀匪首。傅喇塔率军从小路绕到茂平岭后方，曾养性军队溃败，清军收复黄岩、乐清。曾养性退守温州，傅喇塔督兵合围。玛哈达击败徐尚朝、冯公辅、沙有祥等人，收复处州。穆赫林击败林冲，收复仙居。喇布领兵协助将军额楚平定徽州、婺源、祁门。将军希尔根也收复建昌、饶州。
岳乐大军进驻南昌，传谕耿精忠，耿精忠回信言辞傲慢。皇帝又派遣耿精忠的弟弟耿聚忠携带敕书劝降，耿聚忠抵达衢州，耿精忠拒不接纳。耿精忠的母亲周氏，劝阻耿精忠不要叛乱，耿精忠不听，周氏愤懑而死。耿精忠攻打衢州，屡次战败，任命马九玉为将军，领兵屯驻江山。此时郑锦的军队赶到，占据泉州、漳州一带，与耿精忠发生冲突。尚可喜请求援军，皇帝令喇布从江西进军广东。耿精忠派遣部将邵连登等人袭扰建昌，进攻抚州、赣州。吴三桂军队攻陷袁州、吉安，两地叛军互为犄角，阻挡清军进兵。尚之信也发动叛乱。
康熙十五年春天，傅喇塔从黄岩进攻温州，奋力作战，屡次攻破敌军营垒。曾养性凭借江水险阻抵抗，清军数月不能逼近城池。皇帝催促杰书从金华赶赴衢州，进军福建。八月，杰书会同赉塔、李之芳督兵攻打马九玉，两军大战于大溪滩，马九玉败逃，清军攻克江山。招降仙霞关守将金应虎，大军于是入关，攻克浦城。郑锦的军队侵犯兴化，即将兵临福州。耿精忠形势日渐窘迫，打算出城投降；先行派人杀害范承谟及其宾客嵇永仁等人。杰书大军进驻建阳，写信劝耿精忠归降，耿精忠回信请求宣读诏书赦免罪过。清军继续前进，攻克建宁，进驻延平。耿精忠派遣其子耿显祚，连同周襄绪、陈嘉猷出城迎接清军。杰书命人宣读敕书，耿精忠于是出城投降，请求随军讨伐郑锦，立功赎罪。杰书上报朝廷，皇帝下诏恢复耿精忠的爵位，任命其弟耿昭忠为镇平将军，驻守福州，命耿精忠随军征讨郑锦。郑锦战败，退回台湾。清军于是移师前往潮州，刘进忠出城投降，朝廷令耿精忠驻守此地。曾养性困守温州，屡次出城交战，傅喇塔督军击破他。曾养性落水，退回城中固守；耿精忠投降之后，曾养性也随之归降，依旧担任藩下总兵。
康熙十六年，耿精忠遣耿显祚入京侍从，授散秩大臣。藩下参领徐鸿弼等人赴兵部递交状词，告发耿精忠归降之后仍然暗藏反叛图谋；耿昭忠也将徐鸿弼等人的诉状上报，皇帝将奏章留在宫中，没有下发处置。康熙十七年，皇帝令耿精忠返回福州，回乡办理祖父与父亲的丧事。这年秋天，吴三桂死去。杰书上疏请求诛杀耿精忠，皇帝下谕：“如今广西、湖南、四川都已平定，叛党之中盼望归顺朝廷的人何止千百。骤然诛杀耿精忠，恐怕会令有心归降之人寒心。应当令他主动请求入京觐见，这样事情才能安稳妥当。”康熙十九年，耿精忠请求入京朝见。皇帝任命马九玉为总兵，统辖耿藩旧部兵马。耿昭忠、耿聚忠再次上疏弹劾耿精忠，皇帝才下发徐鸿弼等人的诉状，令法司审讯治罪，将耿精忠关入监狱，派遣耿聚忠前往福州安抚其部众。同年，尚之信因为悖逆叛乱被诛杀。康熙二十年，云南平定。康熙二十一年，法司结案上报，皇帝对大臣说打算宽恕耿精忠。大学士明珠上奏，耿精忠忘恩反叛，罪行超过尚之信。于是耿精忠与曾养性、耿显忠、江元勋、刘进忠、徐文耀、王世瑜、王振邦、蒋得鋐一同在闹市凌迟处死。耿显祚、祖弘勋等人全部斩首。刘秉政被押解京师，途中死亡。
尚之信，平南王尚可喜之子。顺治年间，尚可喜送他入京侍从皇帝，清世祖因为尚可喜功勋卓著，令尚之信俸禄品级比照公爵。康熙十年，圣祖应允尚可喜的请求，命尚之信协助处理藩中军务。尚之信酗酒、喜好杀人；尚可喜年老多病，在别处另建住宅居住，尚之信擅自发号施令，不受约束。康熙十二年，尚可喜采纳幕僚金光的计策，上疏请求带领两佐领的部众告老还乡，定居海城，由尚之信承袭王爵，留镇广东。
金光，浙江义乌人，辅佐尚可喜多年，凭借抓捕佛山乱民江鹏翥的功劳，授予鸿胪寺卿的官衔。他多次向尚可喜告发尚之信残暴凶横的情状，为尚可喜谋划，希望尚可喜能够亲自入京面奏皇帝。皇帝将尚可喜的奏疏下发各部商议，下令令尚可喜连同部众一同迁移，派遣尚书梁清标前往广东办理撤藩事务。吴三桂反叛，朝廷命尚可喜继续留镇广东，召回梁清标。总兵刘进忠占据潮州叛乱，尚可喜派遣次子尚之孝领兵讨伐。皇帝授尚之孝为平南大将军，命尚之信以讨寇将军的头衔协同筹划征剿。郑锦派兵援助刘进忠。总兵祖泽清又占据高州反叛；孙延龄部将马雄引领吴三桂将领董重民、李廷栋、王弘勋等人攻陷雷州、廉州二府。尚之孝退守惠州。康熙十五年春天，尚可喜病情加重，尚之信代为处理藩中事务。吴三桂招诱尚可喜藩下水师副将赵天元、总兵孙楷宗相继反叛。尚之信于是投降吴三桂，派兵把守尚可喜王府，告诫下人不得向尚可喜禀报事务，杀死金光示众。撤掉尚之孝的兵权，令他侍奉尚可喜，尚可喜忧愤而死。
吴三桂授尚之信招讨大将军、辅德公，不久晋封辅德亲王；任命董重民为两广总督，驻守肇庆。谢厥扶原本是疍户，率领数百艘缯船依附马雄。赵天元反叛一事，实际是谢厥扶引诱促成。吴三桂也授谢厥扶为将军，令他与董重民水陆相互支援，多次传檄催促尚之信出兵。尚之信拿出府库白银十万两贿赂，对方便不再催促。
不久尚之信派遣使者前往喇布军中，上疏请求立功赎罪，皇帝下敕安慰晓谕。康熙十六年，尚之信再次上疏，请求朝廷下令催促喇布大军进入广东。尚之信暗中唆使董重民麾下士兵鼓噪索要军饷，趁机擒获董重民；击败谢厥扶，谢厥扶逃入海上。尚之信派遣副都统尚之瑛迎接清军，上疏陈述全境归顺朝廷，请求叙赏藩下总兵王国栋、长史李天植等人辅佐之功。当时天下战乱未平，加上尚可喜曾经立下大功，皇帝予以包容，命尚之信承袭平南亲王，王国栋等人恢复原有官职。尚之信遣使进贡，皇帝下谕说：“从前你的先人在世时，屡次进献地方特产。近年战乱，使者往来断绝。每每想到你的先人忠贞不二，为国忘家，朕十分痛惜！王爷能够继承先人的志向，派遣使者远道而来，朕见到贡品就想起你的先人。王爷应当安抚治理粤东，继承你先人未完成的报国之志。进贡这类小事，劳民费财，从今暂且停止。”
同年秋天，吴三桂派遣侄孙吴世琮占据广西。巡抚傅弘烈率军征讨，收复梧州、浔州，计划攻取桂林。尚之信令总兵尚从志率领三千人随同作战。皇帝令尚之信从韶州出兵攻取宜章、郴州、永州，尚之信拒不赴任。将军莽依图攻打韶州，击败吴三桂部将马宝、胡国柱等人。皇帝命尚之信移师梧州，尚之信又不奉命。康熙十七年春天，皇帝考虑莽依图孤军深入广西，命尚之信策应支援。尚之信依旧以高州、雷州、廉州三府刚刚平定为由，上疏请求留守省城。皇帝于是命他出兵接应莽依图，尚之信派遣王国栋领兵赶赴宜章。等到吴三桂死后，尚之信才主动请求亲自进军广西，朝廷任命他为奋武大将军，随军一同进兵。康熙十八年，赵天元归降，尚之信上疏请求诛杀他。大军进驻横州，尚之信自称患病，立刻折返。皇帝命令他把所属兵马交给莽依图一同进兵，尚之信令藩下总兵时应运领兵前往。莽依图将要攻打桂林，留时应运驻守南宁。吴三桂叛军占据武宣，尚之信又上疏称海防紧要，打算召回时应运。皇帝再次下谕催促他进兵。康熙十九年春天，尚之信才亲自领兵攻打武宣。
尚之信和尚之孝素来不和。因为尚之孝曾经掌兵，尚之信不想让他留在广州，上疏请求把尚之孝遣送京师。尚之信残暴多疑，喝醉就发怒，拔出佩刀刺人，又多次用响箭射人。孙楷宗叛乱之后归降，皇帝赦免其罪，尚之信却用杖刑将他打死。护卫张永祥替尚之信送奏疏到京师，皇帝召见张永祥，授总兵一职。尚之信故意打压刁难，多次用鞭子棍棒羞辱他。护卫张士选言语触怒尚之信，尚之信放箭射伤他，致残其脚，众护卫心中都愤愤不平。王国栋会同副都统尚之璋、总兵甯天祚密谋捉拿尚之信。巡抚金俊上疏：“尚之信凶残暴虐，仍然怀有异心。臣观察他身边侍从都心怀义愤，于是秘密会同都统王国栋等人商议对策，尚之信很快就可以擒获。请求下令议定诛杀，作为身为人臣心怀二心者的警戒。”王国栋也上疏自述，与金俊、尚之璋、甯天祚合谋捉拿尚之信；又代尚之信的母亲舒氏、胡氏上疏：“尚之信怙恶不悛，存有不臣之心。恐怕灾祸连累宗族，请求朝廷将他处死。”皇帝下谕催促尚之信出兵。
尚之信前往武宣之后，张永祥、张士选赶赴京师告发叛乱阴谋。皇帝派遣侍郎宜昌阿借巡视海疆的机会前往潮州，传谕将军赉塔调兵；同时令总督金光祖、提督折尔肯、副都统金榜选、总兵班际盛宣读诏书逮捕尚之信。尚之信与金光祖、金榜选、班际盛等人攻克武宣，尚之信入城。金光祖等人屯驻城外，收到王国栋的密信，合兵包围城池，宣读诏书抓捕尚之信。尚之信被捕，押回广州，上疏自我申辩。皇帝下令削夺他的王爵，押解京师。藩下军队驻扎广西，谣传大军要开往云南，随即分兵把守各处城池，军心惶恐不安。皇帝命宜昌阿、赉塔宣读敕书安抚晓谕。七月，宜昌阿准备押解尚之信前往京师。李天植怨恨王国栋发难，告知尚之信的母亲，会同尚之信的弟弟尚之节、尚之璜、尚之瑛，邀约王国栋前来议事，埋伏士兵杀死王国栋。赉塔带兵抓捕审讯，李天植承认是自己策划此事，声称尚之信并不知情。护卫田世雄作证，确实是尚之信指使李天植杀害王国栋。案件上报朝廷，皇帝下令赐尚之信自尽；尚之节、尚之璜、尚之瑛、李天植全部斩首。舒氏、胡氏免罪，家产不予抄没。田世雄因为没有提前告发，判处杖刑、流放。皇帝又告诫宜昌阿：“尚之信虽然有罪，他的妻儿不可凌辱，应当护送返回京师。”又下令核查废除尚之信施行的各项苛政。尚之信所统十五佐领兵马，改归汉军，驻防广州。
尚之信刚刚叛乱之时，提督严自明依附他。严自明原为明朝参将，归降清廷，跟随总督孟乔芳征抚陕西、甘肃，又征讨张献忠、击破桂王，立有战功，授三等阿思哈尼哈番。尚之信派他攻打南康，战败逃往南安，在尚之信之前归降，授銮仪使，后来病死。
孙延龄，汉军正红旗人。父亲孙龙跟随孔有德归降大清，授二等阿思哈尼哈番，跟随孔有德前往广西。孔有德将女儿孔四贞许配给孙延龄。孔有德殉国之时，孙龙也战死，朝廷加授拖沙喇哈番，由孙延龄承袭爵位。当时孔四贞年纪尚幼，回到京师，孝庄皇后将她养在宫中，赐白银万两，俸禄比照郡主。孔四贞长大之后，朝廷命她仍旧嫁给孙延龄。
孔有德麾下众将之中，线国安功劳最高。线国安和孔有德一同起兵归降。跟随大军入关，向西击破李自成，向南击败桂王，多次升迁官至广西提督，驻守南宁。李定国攻破桂林，杀光线国安的家人。线国安会同总兵马雄、全节奋力作战，收复桂林，赶走李定国。多次加官至太子太保、征蛮将军，封三等伯，统领孔有德旧部驻守桂林。康熙五年，线国安因年老请求退休。
皇帝因为孙延龄是孔有德的女婿，孔四贞在军营长大，熟习骑射，通晓军事，于是任命孙延龄为镇守广西将军，接替线国安统领孔有德旧部。赐给孔四贞郡主仪仗，夫妻一同前往广西赴任。孙延龄渐渐骄横放纵。康熙十一年，御史马大士弹劾孙延龄擅自任命武官。兵部驳回奏请之后，孙延龄依旧上疏请求，行事放肆，不守臣规，皇帝下令申明禁令加以约束。康熙十二年，他麾下都统王永年，副都统孟一茂，参领胡同春、李一第等人罗列孙延龄纵容士兵残害百姓的罪状，行文上报总督金光祖，金光祖奏报朝廷。皇帝派遣侍郎勒德洪前往查办，查实罪状，请求逮捕孙延龄治罪，皇帝特意下诏宽恕他。吴三桂反叛，皇帝授孙延龄抚蛮将军，起用线国安担任都统。当时全节早已去世，马雄接替线国安担任提督，朝廷令马雄与巡抚马雄镇一同筹划剿贼防御。
康熙十三年二月，孙延龄举兵反叛，杀死王永年、孟一茂、胡同春、李一第，囚禁马雄镇及其家属。皇帝下诏削夺他的官爵，发布檄文声讨。孙延龄上疏谎称金光祖、马雄引诱王永年等人谋害自己，皇帝查明是诬陷，下谕令尚可喜与金光祖谋划进攻。孙延龄自称安远大将军，传布檄文到平乐、梧州各府。马雄与总兵江义也占据柳州反叛，响应吴三桂。线国安病死。孙延龄招纳万羊山的土著盗匪，连同自己本部设立五镇，每镇士兵两千人。不久又自称安远王。庆阳知府傅弘烈，早在吴三桂未反的时候，上疏揭发吴三桂图谋不轨的事情，被贬谪流放苍梧。孙延龄叛乱之后，授傅弘烈为将军。傅弘烈劝说孙延龄迎接清军归降，孔四贞也极力规劝。康熙十六年，孙延龄派遣傅弘烈前往江西迎接清军。吴三桂侦查得知此事，派侄孙吴世琮领兵进逼桂林，擒获并杀死孙延龄；孔四贞领兵抵抗作战。吴世琮留下部将李廷栋驻守桂林，出兵劫掠平乐、浔州、横州、南宁。傅弘烈回到平乐，孙延龄旧部刘彦明、徐洪镇、徐上远等人擒斩李廷栋，和线国安之子线成仁一同归降。孔四贞返回京师。
马雄也曾跟随孔有德南征立功，授二等阿思哈尼哈番。他与江义一同反叛，江义会同严自明攻打南康，战败逃走。马雄不久在雒容病死。其子马承荫归降，进封伯爵，授左江总兵。康熙十九年二月，马承荫再次叛乱，欺骗傅弘烈登船，突袭攻破其大营，杀害傅弘烈。六月，再度投降，被押解京师，判处死刑。江义被革除官职，遣送回原籍。
论赞说：圣祖刚刚亲政之时，将国家大事书写在大殿柱子上，第一件便是“三藩”。尚可喜请求告老还乡，原本没有主动提出撤藩；撤藩的提议出自朝廷大臣廷议，本意实出于皇帝。吴三桂起兵反叛，耿精忠等人响应，东南六七个行省全部沦陷敌手。皇帝率先调兵驻守荆州，阻挡叛军，不让他们迅速北上。分批派遣禁军屯驻太原、兖州、江宁、南昌，各军首尾呼应，逐步推进，千里奔赴作战而军队不至于疲惫。吴三桂头发花白才起兵，以为皇帝年纪尚轻，辅佐开国的诸王老将都已离世，事变突发朝廷一定会惊慌失措。等到听说皇帝从容调度，军情传递迅速，边关将领遵令行事，才感叹事态超出预想。在朝堂之上制定谋略取得胜利，难道不是这样吗！皇帝不想归罪于提议撤藩的大臣；吴三桂等人如果遵诏撤藩，朝廷本也会曲意保全他们。可惜吴三桂等人不能明白这番心意！
列传二百六十二 洪秀全
洪秀全，广东花县人。年少时喜好饮酒赌博，品行无赖，靠占卜游历广东、湖南一带。有个叫朱九畴的人，倡导上帝会，又叫三点会，洪秀全和同乡冯云山拜他为师。朱九畴死后，众人推举洪秀全做教主。官府搜捕紧迫，洪秀全便前往香港加入耶稣教，借此对抗官府。不久偕同冯云山到广西传教，定居桂平。当时洪秀全的妹夫萧朝贵，以及杨秀清、韦昌辉都家在桂平，互相结交。贵县石达开也前来入教。洪秀全曾经患病，谎称自己病死七天之后复活，能够预知未来。他宣称：“上帝召唤我，天下将有大劫难，只有拜上帝才能免除灾祸。”凡是会中男子互称兄弟，女子互称姊妹，想要所有人平等，假借西洋宗教的名义。他自称能够与上天对话，说天父名叫耶和华，耶稣是他的长子，自己是次子。此后常常独自待在一间屋内，不许旁人偷看，不吃不喝，一连数日才出来。出来之后就说自己和上帝商议大事，众人都惊骇信服。又编造宝诰、真言等伪书，秘密传播。暗中蓄发，藏身深山。唆使人分头前往武宣、象州、藤县、陆川、博白各县，引诱百姓入会。
起初，广西连年饥荒，盗匪四起。湖南雷再浩、新宁李沅发又窜入广西作乱。广西盗匪张家福等人各自率领数千党徒，四处劫掠。洪秀全趁此时机，和杨秀清创立保良攻匪会，操练兵马、筹集军饷，前来归附的人越来越多。桂平知县设计诱捕洪秀全，搜出入会名册十七本；巡抚郑祖琛迟疑不决，最终释放了他。洪秀全出狱之后，杨秀清率众迎接，招纳亡命之徒，贵县秦日纲、林凤祥，揭阳海盗罗大纲，衡山洪大全都前来归附，部众达到万人。冯云山饱读诗书，富有谋略，负责编排队伍、规划攻守方略。这一年是丁未年，对应“红羊”的谶语，于是趁机在金田起兵作乱。朝廷罢免郑祖琛，起用前云贵总督林则徐担任钦差大臣前往督师。林则徐在途中病逝，朝廷用两广总督李星沅接替，赴广西剿贼。叛贼窜到平南恩旺墟，副将李殿元击退他们；贼寇再次反扑，巡检张镛不屈殉难；贼寇依旧逃回金田。李星沅传令清江协副将伊克坦布进兵攻打，伊克坦布被包围阵亡。李星沅调镇远总兵周凤岐前去救援，大战一昼夜，斩杀数百贼寇，包围才得以解除。皇帝看到贼势日渐强盛，任命前漕运总督周天爵代理广西巡抚；周天爵奏请让提督向荣专门围剿金田。
咸丰元年，洪秀全僭越称帝，伪号天王，放火焚毁村落，驱赶部众分路袭扰桂平、贵县、武宣、平南等县，攻入象州。皇帝命广州副都统乌兰泰会同征讨，任命大学士赛尚阿为钦差大臣，率领都统巴清德、副都统达洪阿火速赶赴广西布防。乌兰泰抵达象州，三战全胜，上疏说：“广西贼寇大多是乌合之众，唯独东乡这伙人僭称尊号、设立官职、改换服饰、蓄留头发，怀有远大图谋，凶悍远超一般盗匪，实在是心腹大患。”周天爵主张移营步步进逼，把贼寇驱赶到罗渌洞一网打尽，向荣不认同这个方案。传令贵州镇总兵秦定三移营大林，堵截贼寇向北逃往象州的道路，秦定三也不遵从命令。四月，洪秀全从大林突围逃往象州，进犯桂平新墟。赛尚阿增调四川军队，招募乡勇，合计三万人，分兵扼守险要关隘。一日之内七战全胜，斩杀俘获两千贼寇，贼寇依旧逃回新墟。七月，贼寇窜入紫金山，山前以新墟作为门户，后方以双髻山、猪仔峡作为要害。巴清德带领四川、湖南乡勇绕到后山，上下夹击夺取双髻山，贼寇大败，屯守风门坳。向荣率领各路军队分三路进攻，阵斩韦昌辉的弟弟韦亚孙、韦十一等人，贼寇才逃走。清军追击，恰逢天降大雨，军械全部遗失。
闰八月，贼寇分两路向东逃往藤县，向北进犯永安，攻陷永安城，于是建国号太平天国。洪秀全自立为天王，妻子赖氏为王后，建元天德。封杨秀清为东王，军政大事全部由他决断；萧朝贵为西王，冯云山为南王，韦昌辉为北王，石达开为翼王，洪大全为天德王；秦日纲、罗亚旺、范连德、胡以晃等四十八人，担任丞相、军师等伪职。当时官军占据优势，贼寇自知不敌，已有溃散的打算。唯独杨秀清献策封王，以此笼络部众，本将覆灭的贼势再度复燃。九月，大军移驻阳朔，合力攻打永安，贼寇分兵驻守莫家村。乌兰泰在秀才岭设立中军大旗，上方架设红色伞盖，地下埋设地雷，引诱贼寇前来，烧死四千贼众；大军趁势进攻，于是攻克莫家村。
咸丰二年正月，清军围困永安，摧毁东西炮台。二月，石达开把军队分成四支，在寿春营击败清军，进而攻破古束冲、小路关。伪丞相秦日纲由水窦屯驻仙回岭。乌兰泰分兵两面夹击，斩杀数千贼寇，擒获伪天德王洪大全，用囚车押送京师，在闹市凌迟处死。当时大雨倾盆，乌兰泰率领精兵进山，山路泥泞湿滑，贼寇趁清军阵势尚未稳定，短兵突击，清军大败。洪秀全采纳杨秀清的计策，从瑶山、马岭的小路直奔桂林。乌兰泰率领残兵追到城南将军桥，身受重伤，死于军中。三月，贼寇直扑广西省城。向荣提前绕道赶到省城，贼寇随即抵达，城中已有防备，相持不能破城，贼寇解围向北撤走。
冯云山、罗大纲作为先锋，攻陷兴安、全州，准备顺江直取长沙。浙江知县江忠源在蓑衣渡阻击，冯云山中炮身亡，贼寇改道逃往道州。道州民风强悍，多有会党，贼寇所到之处，众人争相效死，声势再度壮大。六月，贼寇攻陷江华、宁远、嘉禾。七月，攻陷桂阳州；江忠源领兵追至，一战击退贼寇，贼寇奔赴郴州。萧朝贵自负胆略过人，认为其他贼首迟缓怯懦，又侦查得知长沙守军单薄，可以突袭攻取，于是率领李开芳、林凤祥，经由永兴、茶陵、醴陵奔袭长沙，在城南设立大营。八月，萧朝贵攻打长沙南门，官军反击，萧朝贵战死，尸体埋在老龙潭，后来被挖出枭首。洪秀全听闻萧朝贵战死，从郴州赶来，督促攻城，攻势更加猛烈。九月，挖掘地道攻城，多次未能成功。
十月，洪秀全在南门外得到伪玉玺，宣称是上天所赐，胁迫部众高呼万岁。当夜渡过湘水，由回龙塘逃往宁乡，抵达益阳。掳掠民船数千艘，从临资口驶出，横渡洞庭湖，攻陷岳州。岳州城中原先储藏吴三桂遗留的军械，至此全部落入贼寇手中。贼寇进入长江，十天之内抢夺五千艘船只，妇女、财物全部装载船上。洪秀全乘坐龙舟，树立黄旗，排列巨炮，夜晚悬挂三十六盏大灯，其余船只照此设置，数十里火光如同白昼，顺江东下。十一月，攻陷汉阳。十二月，进攻武昌。当时杨秀清主管军令，李开芳、林凤祥、罗大纲掌管军务。恰逢长江、汉水冬季水浅，贼寇抢夺船只搭建浮桥，用铁索相连，直通省城，分城门进攻。向荣火速赶到，约城内守军里外夹击；巡抚常大淳担心开城会生出变故，没有应允。地雷引爆，城墙崩塌，武昌陷落。洪秀全下令，百姓蓄发，束戴头巾。在小别山下修筑高台，登台演说，宣称吊民伐罪。
咸丰三年，皇帝因为赛尚阿久战无功，任命两广总督徐广缙为钦差大臣。此时石达开攻打武昌，徐广缙滞留岳州不敢进兵，皇帝下旨斥责其罪，改任向荣为钦差大臣，日夜猛攻。贼寇放弃武昌，乘船东下，部众号称五十万，粮草、军械、女子、财货全部放在船上，步兵骑兵分两岸夹江行进，向九江进发，接连攻下黄州、蕲水等十四个州县；抵达广济县，攻占武穴镇。两广总督陆建瀛率领两万多士兵、一千五百艘战船逆流而上，遭遇贼寇不战而逃，前部全军覆没，陆建瀛狼狈逃回金陵。贼寇逼近九江继续东下，收缴官军丢弃的火炮军械，攻破安庆，巡抚蒋文庆殉难。贼寇抢夺无数白银粮食，水陆并进，抵达金陵，沿着城墙修筑二十四座营垒，备好战船，从新州大胜关连绵到七洲里，昼夜轮番攻城，挖掘地道毁坏城墙，守城士兵溃败混乱。陆建瀛改换衣服出逃，被贼寇杀害。将军祥厚会同副都统霍隆武等人驻守满城，两天之后城破，全部战死。城中男女死者四万多人，阉割童子三千多人，以此发泄守城遭到抵抗的愤恨。
洪秀全攻破金陵之后，在此建立伪都城，拥精兵六十多万。部下纷纷上表称颂他是明代后裔，首先拜谒明太祖陵，举行祭祀大典。祝文写道：“不肖子孙洪秀全得以光复我大明先帝南部疆土，在南京登极，一切遵循洪武元年祖制。”军士夹道三次高呼汉天子，颁布登极诏书。大规模封赏将士，王位分为四等，侯爵五等。设置天、地、春、夏、秋、冬六官丞相，为第六等；殿前三十六检点，第七等；殿前七十二指挥，第八等；炎、水、木、金、土正副一百将军，第九等；炎、水、木、金、土九十五总制，第十等；炎、水、木、金、土正副一百监军，第十一等；前、后、左、右、中九十五军帅，第十二等；前、后、左、右、中四百四十五师帅，第十三等；前、后、左、右、中二千三百七十五旅帅，第十四等；前、后、左、右、中一万一千八百七十五卒长，第十五等；前、后、左、右、中四万七千五百两司马，第十六等。从检点到两司马，都有同级别的职官名目。这套制度大致分为朝内官、军中官、守土官三类：朝内官如掌朝门左右史之类，名目繁多，不断新增；军中官设总制、监军、军帅、师帅、旅帅、卒长、两司马。凡是攻城作战，常由国宗或者丞相领兵；而训练士兵、编排队伍、安营筑垒、列阵出兵，都交由军帅负责，经由监军、总制上报领兵大帅决断。大小官员层层节制，指挥灵便，体系分明，很有驾驭部众的办法。守土官有郡总制、州县监军、乡军帅、乡师帅、乡旅帅、乡卒长、乡两司马。地方上的诉讼、钱粮事务，由军帅、监军筹划，最终由总制定案，地方重大民政，都可以决断。
定都金陵之后，贼寇分兵攻占府、厅、州、县，就地设立军帅以下各级官员，归监军统管，由总制镇守；监军、总制听命于伪朝廷。军帅到两司马称为乡官，乡官由本地人担任。军帅同时管理军民政务，师帅、旅帅、卒长、两司马依次统属，全部依照军队体制。另外设有女官：女军师、女丞相、女检点、女指挥、女将军、女总制、女监军、女军帅、女卒长、女管长，也就是女两司马，总计女官六千五百八十四人。女军四十军，女兵十万人，同级职官名目与男官相同。男女官员合计三十多万，临时增设、恩赏的伪职还不算在内。
他们的军制：每一军统辖一万二千五百人，由军帅统领，总制、监军监察。军帅之下管辖五名师帅，每名师帅统领二千五百人。每名师帅管辖五名旅帅，每名旅帅统领五百人。每名旅帅管辖五名卒长，每名卒长管辖四名两司马。每一两司马管辖五名伍长，二十名伍卒，合计二十五人。
阵法共四种：第一种叫牵阵法。凡是部队转移，必须下令使用牵阵行军法。每一两司马手持一面旗帜，身后跟随二十五人。百人队伍，中间设卒长旗一面；五百人，中间设旅帅旗一面；二千五百人，中间设师帅旗一面；一万二千五百人，中间设军帅旗一面；军帅、监军、总制乘车骑马随行。一军走完，下一军接续前进。宽阔道路令士兵双行，狭窄道路单行，鱼贯行进。行军打乱队列者斩首。牵线行军之时，一旦遭遇敌军，队伍首尾勾连缠绕，顷刻集结。战败时，听到鸣金才能撤退，依旧保持牵线队形，不许四散乱跑。第二种叫螃蟹阵，是三列横向排布的阵形。中间一队人数少，两翼人数多。战法是看敌军分成几队，随即变换阵型应对。如果敌军只有左右两队，就把中军拆分增补两翼，同样变为两队。如果敌军前后各一队，就分出两翼前锋合为一队，把后半部与中军合并横列，作为前队接应。如果敌军某一侧兵力更多，就变阵偏重一侧与之对抗。如果敌军分作四五队，也拆分成四五队依次抵挡。大阵包裹小阵的打法，有的先用小队试探敌军，再出动大军包围；有的假装战败引诱敌军追击，伏兵四起合围敌军，变化无穷。至于削减左翼增补右翼，调动后队改作前队，临阵指挥由主帅决定，士兵全部看大旗指向冲锋，没有人敢落后。第三种叫百鸟阵。这套阵法用于平原旷野，以二十五人为一小队，分成上百小队，如同繁星散布，让敌军无法判断兵力多少。敌军士气受挫，就合并各队发起进攻。第四种叫伏地阵。敌军追击，到山穷水尽之地，忽然一面大旗伏倒，千百面旗帜一齐偃伏，转瞬之间全军伏地，不见一人。敌军看到前面空无一人，惊疑徘徊。贼寇潜伏一段时间，忽然一面大旗立起，千旗齐举，急速冲向敌军，常常转败为胜。
他们修筑营垒，有的依江临河，有的依托木筏、山地、村镇，或是包围敌营，筑营多效法古法。每几座营寨必定修建望楼瞭望敌情。守城不搭帐篷，每五个城垛架设木板小屋。木墙、土墙周围也搭建板屋。地处要冲之处，挖掘多层壕沟，修筑多重城墙；壕沟务求宽深，密布竹签。双层城墙用两层木板，横向木枋固定，墙体中空如同夹层，中间填充沙石、砖块泥土。修筑二重城墙，防御设施不定，有的密集栽种树木，有的堆积盐包、糖包，或是浸水棉包，极为坚固。攻城专门依靠地道，称为“鼇翻”。除土营之外，还有木营、金营。召集各类工匠，各营由指挥统领。总制到两司马的设置，和土营体制相同。设立九支水营，每军由军帅统领。只是士兵未经训练，不能作战，只靠船只众多震慑敌人而已。
旗帜也分等级：伪东王黄绸旗，红字，绿边，一丈见方；其余诸王也都是黄绸旗红字，靠镶边区分。伪西王白边，伪南王紫边，伪北王黑边，伪翼王蓝边；旗帜长宽每降一等减少五寸。豫王、燕王，黄绸尖旗，红字，水红边；国宗黄绸尖旗，红字，镶边参照所属王的颜色，长宽八尺。侯爵，黄绸尖旗，长宽七尺八寸。丞相，黄绸尖旗，长宽七尺五寸。检点，黄绸尖旗，长宽七尺。以上都是红字，水红镶边。指挥，黄绸尖旗，黑字，水红镶边，长宽六尺五寸。将军直到两司马，都是无镶边黄旗，尖顶，黑字，长宽从六尺往下递减到二尺五寸。一军之内大小黄旗多达六百五十六面。
军中号令，依靠击鼓、鸣金、吹螺、摇旗。凡是集合出兵，都擂鼓、吹海螺、摇旗召集部众。作战时击鼓呐喊，收兵鸣钲。有老军、新军、童子军。尤其擅长派遣间谍混入敌营。擅长远途布局，声东击西，避实击虚；以进为退、以退为进，常常出人意料，使官军落入圈套。这就是他们行军作战的大致情况。
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