弘治七年，疏浚南京天、潮两条河，保障军卫屯田水利。七月，朝廷命令侍郎徐贯和都御史何鉴处理浙西水利。第二年四月工程完工。徐贯刚接到任命，上奏请求带上主事祝萃协助。祝萃乘坐小船，彻底勘察水源与河道走向。徐贯于是下令苏州通判张旻疏导各处河港水流，把水拦在大坝之内。随即挖开白茆港表面泥沙，趁着潮水退去，掘开大坝，用积蓄的大水冲击冲刷，泥沙全部被冲走。潮水往复冲刷，河道越来越宽阔幽深，河水直通大海毫无阻碍。又命令浙江参政周季麟修整嘉兴三十多里旧堤，全部换成石堤，增修湖州长兴七十多里堤岸。徐贯向朝廷上奏：“东南是国家财赋产出之地，却频繁遭受水患。永乐初年，朝廷派夏原吉疏浚治理。当时吴淞江浮沙动荡，没能彻底施工。到现在九十多年，港浦越来越淤塞。臣带领官员实地巡视，疏浚吴江长桥，导引太湖水分散流入淀山、阳城、昆承等湖荡。又开挖吴淞江以及大石、赵屯等浦港，排泄淀山湖的湖水，经由吴淞江流入大海。开挖白茆港白鱼洪、鲇鱼口，排泄昆承湖湖水，经由白茆港注入长江。开挖斜堰、七铺、盐铁等塘浦，排泄阳城湖湖水，经由七丫港入海。下游河道疏通，不再淤塞。又开挖湖州溇泾，宣泄西湖、天目山、安吉各处山涧水流，从西南汇入太湖。开挖常州百渎，宣泄溧阳、镇江、练湖的水流，从西北汇入太湖。又修建各处陡门，排泄漕河多余的水，经由江阴流入长江。上游水路也畅通，不再淤堵。”这项工程，一共修整疏浚河、港、泾、渎、湖、塘、陡门、堤岸一百三十五处，动用民夫二十多万，祝萃出力最多。
巡抚都御史王珣上奏：“宁夏古代有三条水渠，东汉渠、中唐渠都还可以使用。唯独西边一条水渠靠着山脚，长三百多里，宽二十多丈，两岸地势险峻，汉、唐旧迹已经淤埋。应当派遣士兵开挖疏浚，引水向下流淌。就用开挖出来的土修筑东岸，修建营堡驻扎士兵，抵御敌寇进犯。请求拨国库白银三万两，再动用灵州六年的盐税收入，供给工程开销。还请求在灵州金积山河开渠灌溉农田，分给军民租种。”全部得到批准。
弘治十八年，修筑常熟塘坝，从尚湖口直到长江，还有黄、泗等浦港，新庄等沙地三十多处。疏浚杭州西湖。
正德七年，修整广平滏阳河口堤岸。正德十四年，疏浚南京新江口右河。正德十五年，御史成英上奏：“应天等卫屯田分布在江北滁州、和州、六合，地势低洼，屡次被洪水毁坏。从金城港到浊河再抵达乌江三十多里，顺着旧河道疏浚，就可以宣泄洪水，屯田就能受益。”下诏许可。
嘉靖元年，修筑疏浚束鹿、肥乡、献县、魏县的堤岸沟渠。当初，苏州、松江的水道全部被权贵人家侵占。巡抚李充嗣把水域划分成区块，公布开挖办法，一户负责一块，限定工期完工。制造浚川爬，用数百只大木筏，装上木齿，随着潮水进退，搅动冲刷泥沙；配备一百多艘小船，船尾悬挂铁扫帚搅动淤泥。疏浚旧河道，开挖新水渠，大大小小河浦支流，全部通水。皇帝嘉奖他的功劳，赏赐银币。嘉靖二年，修整德胜门东、朝阳门北城墙边河道，修筑仪真、江都五处官塘。
嘉靖十年，工部郎中陆时雍上奏：“良乡卢沟河，涿州琉璃河、胡良河，新城、雄县白沟河，河间沙河，青县滹沱河，下游全都淤塞。应当按时疏浚，让河水流入大海。”皇帝下诏交给巡抚商议办理。
嘉靖十一年，太仆卿何栋勘察京畿水患，提出两点意见。第一点谈论滹沱河。另一条说：“真定鸭河、沙河、磁河，全都发源于五台山，汇集各条支流，流到唐河兰家圈，合流之后流向河间，向东南经过任丘、霸州、天津入海，这是原有河道。河间东南地势高，东北地势低洼，所以河水从兰家口溃决，肃宁、新安都遭受水灾。应当堵塞决口，疏浚旧河道。涿州胡良河，从拒马河分流，到州东汇入浑河；良乡琉璃河，发源于磁家务，有一段潜入地下，到良乡东汇入浑河。近来浑河淤塞，这两条河水流不通，但是下游淤沙只有四五里，请尽快疏浚。”工部批复准予施行。
郎中徐元祉奉命赈灾，上奏说：“河道本是用来泄洪，如今下游反而淤堵；淀泊本是用来蓄水，如今上游反而漫溢。所以京畿频繁遭受水灾：顺天利弊各半，真定利大于害，保定害大于利，河间完全承受水灾。弘治、正德年间，虽然修筑长堤，堵塞决口，很快就又溃决。如今只有疏浚可以施行，一共六条对策。第一，疏浚主河道，让河道宽阔幽深。山西流出的九条大河，向南汇合滹沱河，不侵扰真定各府；向北汇合白沟河，不侵扰保定各府，这是最根本的办法。第二，疏浚支流。让九条大河的水流，一部分经大清河，从紫城口汇入；一部分经文都村，从涅槃口汇入；一部分经白洋淀，从兰家口汇入；一部分经章哥洼，从杨村河汇入。分多路接纳水流，分散水势。第三，疏浚溃决形成的河道。九条大河水流平稳的时候，主河支流可以容纳；洪水上涨，就四处冲垮堤岸。每一处冲决口保留一处，再疏浚连通成一条沟渠，削弱水势，应对洪水。第四，疏浚淀泊河道，让各个淀泊互相连通，接入主河、支流，下游有排水去处。第五，疏浚淤塞河道。九条大河全部回归旧道，高处河道削低，阻滞河段疏通。对于私自围河筑堤的人治罪。第六，疏浚下游河道。九条大河，一条从青县流出，一条从丁字沽流出，两条水流在苑家口交汇。施工必须从苑家口开始，取得成效之后，再一步步推进，这样就能减轻各府的水患。”皇帝赞许，予以采纳。
第二年，香河郭家庄自然冲出一条新河，长一百七十丈，宽五十丈，距离旧河十多里。皇帝下诏，河道官员立刻修缮治理。
嘉靖十三年，巡抚都御史周金上奏：“兰家圈决口，如果堵上，洪水向东泛滥，祸害河间；不堵，东流河道慢慢淤塞，祸害保定。应当保留决口，拓宽疏浚新河，让河水向东北平缓流淌，不会淤塞干涸。”朝廷采纳。
嘉靖二十四年，疏浚南京后湖。早先，胡体乾巡抚吴地，针对松江洪水泛滥，上奏六条对策：开挖河道、疏浚湖泊、削弱上游水势、打通下游泄洪通道、清除潮水带来的泥沙、订立治理农田的制度。这一年，吕光洵巡抚吴地，又上奏苏州、松江五项水利对策：
第一，大力疏浚，做好蓄水泄洪。三吴是水乡，西南承接太湖各个湖泽，地势最低；东北靠近大海，山冈地带，地势比西南高。高地苦于干旱，低洼地苦于涝灾。古人在下游开挖塘浦，导引各处湖水向北流入长江，向东流入大海；又引江潮灌溉山冈旱地。蓄水泄洪有章法，旱灾涝灾都不用发愁。近来纵横的塘浦大多淤塞荒废，只有黄浦江、刘家河还算通畅。但是太湖来水水量浩大，两条河不足以排泄；山冈地带支流又大多堵塞，没法灌溉。于是高地洼地全都受灾，年年报灾。应当先勘察关键地段，在淀山长满芦苇的湖滩，导引太湖水分散流入阳城湖、昆承湖、三泖等湖。再开挖吴淞江以及大石、赵屯等浦港，排泄淀山湖水流入大海。疏浚白茆港、鲇鱼口，排泄昆承湖水流入长江。开挖七浦、盐铁等塘浦，排泄阳城湖水流入长江。再把田间积水全部导入小浦，汇入大河，让来水有归处，积水有泄处。低洼地区就得到治理，不用担心涝灾。再疏浚艾祁、通波来灌溉青浦；疏浚顾浦、吴塘灌溉嘉定；疏浚大瓦等浦港灌溉昆山东部；疏浚许浦等塘浦灌溉常熟北部；疏浚臧村等港灌溉金坛；疏浚澡港等河灌溉武进。凡是山冈地带淤塞的支流，全部挖深拓宽，恢复旧貌。高地也得到治理，不用担忧干旱。这是治理三吴水利的根本。
第二，修整圩岸，抵御洪水。苏州、松江、常州、镇江处在东南下游，苏州、松江又在常州、镇江下游，容易积水，很难排水。就算疏导河浦把水排向江海，秋天大雨洪水上涨，风浪冲击，河浦的水会倒灌进农田，造成灾害。宋代转运使王纯臣，曾经下令苏州、湖州修筑田埂挡水，百姓十分便利。司农丞郏亶也说：“治理河道，要以治理农田为根本。”当地老人都说，二三十年前百姓衣食充足，有余力修整圩岸，田地完好。如今百姓穷困，没有财力修缮，圩岸渐渐毁坏，年年发生水灾。应当命令地方官府专门修整圩岸。圩岸加高，田地自然安全，就算大雨涝灾，也不能造成伤害。还可以迫使湖泽洪水全部流进河浦，不用人为开泄，河水自然湍急。山冈高地，也因为江水水位抬高，可以引水灌溉，不只是对低洼田地有利。
第三，恢复板闸，防止泥沙淤积。河浦河水从平原流入江海，河水流速慢，潮水势头猛，泥沙随着浪涌，河道很容易淤塞。古人权衡利弊，在距离江海十里左右河道两岸修建水闸，随着潮水开关，阻挡泥沙。干旱就长久关闭蓄水，涝灾就长久开闸泄洪，这就是设置水闸的三大好处。如今大多毁坏淤塞，只有常熟福山闸还留存。当地老人认为，河浦入海口，全都修建水闸，河道就可以长久不淤。
第四，分清轻重缓急，筹措工程经费。
第五，慎重委任官员，保证工程成功。
皇帝下诏全部按照他的建议办理。吕光洵请求专门委任巡抚欧阳必进主持，朝廷准许。嘉靖二十六年，给事中陈斐请求效仿江南水田水利，在江北开挖沟渠，消除水患，增加粮食收成。朝廷批复同意。
嘉靖三十八年，总督尚书杨博请求开发宣府、大同荒地水利。朝廷准许。巡抚都御史翁大立上奏：“东吴水利，从震泽疏导水源汇入长江，三江导流入海；苏州三十六浦，松江八汇，毗陵十四渎，共同调节旱涝。近来因为倭寇作乱，各处河汊，大多钉木桩、筑堤坝用来防御敌寇，水流停滞，泥沙日积月累。渠道渐渐变成高地。太湖周边，百姓围湖种植茭白芦苇，泥沙堆积成滩地；民间又私自修筑圩岸。上游来水变少，水势减弱；黄浦江、娄江又被水师船只占用，下游也淤塞。潮水力量减弱，水利很难兴办，农田渐渐贫瘠。应当在吴淞江、白茆、七浦等处修建石闸，按时开关。深挖拓宽镇江、常州漕河，保证漕运畅通，官府百姓都能获利。”下诏批准。
嘉靖四十二年，给事中张宪臣上奏：“苏州、松江、常州、嘉兴、湖州五府接连遭遇水患。请求疏浚支流河道，接引潮水；修筑圩岸，抵挡激流。白茆港、刘家河、七浦、杨林，还有所有淤塞积水的河渠湖荡，全部疏通。”皇帝认为江南饱受倭患，不能再加重百姓劳役，下令只酌情疏浚部分支流。嘉靖四十五年，参政凌云翼请求专门设置御史监管苏州、松江水利。朝廷下诏，由巡盐御史兼任这个职责。
隆庆三年，开挖湖广竹筒河，宣泄汉江洪水。巡抚都御史海瑞，疏浚吴淞江下游上海一万四千多丈淤塞河道。江面原先宽三十丈，拓宽十五丈，从黄渡到宋家桥，全长八十里。第二年春天，海瑞上奏：“三吴入海的水道，南边是吴淞江，北边是白茆港，中间是刘河。刘河河道通畅；吴淞江疏浚工程正在进行。当地百姓请求开挖白茆港，计划疏浚五千多丈，需要民夫一百六十四万多人。”又上奏：“吴淞江工程快要完工，只有东西两处大坝还没有挖开。当地父老都说昆山夏驾口、吴江长桥、长洲宝带桥、吴县胥口，以及所有可以疏导水流汇入吴淞江的河道，要全部疏浚完毕，才可以打开堤坝。”朝廷听从了这条建议。这一年修筑海盐海塘。过了四年，朝廷采纳巡抚侍郎徐栻的提议，重新疏浚海盐秦驻山向南直到澉浦的旧河道。
万历二年，修筑荆州采穴、承天泗港、谢家湾各处溃决的堤口，又重修荆州、岳州等府以及松滋各县的旧圩堤。
万历四年，巡抚都御史宋仪望上奏说：“三吴地区的水系，东南方向从嘉兴、秀州沿着海岸往北，水流全部奔向松江，顺着黄浦江流入大海；西北方向从常州、镇江沿着长江向东，水流全部流向江阴、常熟。中间太湖蓄积水流，汇聚成巨大的湖泊，水流流进庞山、渎墅、淀山、三泖、阳城各个湖泊。于是开挖浦港疏导湖水，向北经过常熟七浦、白茆各个港汊流入长江；往东北经过昆山、太仓穿过刘家河；往东南连通吴淞江、黄浦江，分别流入大海。众多水系互相连通，四面环绕护卫，地形中间低、四周高，如同倒扣的碗。杭州、嘉兴、湖州、常州、镇江环绕在四周，苏州处在中心，松江承接所有来水，地势最为低洼。请求专门设置水利佥事，来辅佐国家的水利事务。”朝廷交由各部商议，决定派遣御史主管这件事。
万历六年，巡抚都御史胡执礼请求优先疏浚吴淞江长桥段以及黄浦江。在此之前，巡按御史林应训上奏说：
“苏州、松江的水利关键，在于打通吴淞江的中段，恢复它通向大海的水势。太湖流入大海，一共有三条水道：东北方向是刘河，也就是古代娄江的旧河道；东南方向是大黄浦，承袭古代东江的水道；中间就是吴淞江，流经昆山、嘉定、青浦、上海，这是太湖排水的主干河道。如今刘河、黄浦江都通畅，唯独中间的吴淞江淤塞，原因是江河水与海潮相遇，海潮水中泥沙浑浊，要依靠江水快速冲刷才能带走泥沙。刘河单独接纳巴湖、阳澄湖等湖泊来水，又有新洋江、夏驾浦从旁边汇入；大黄浦汇总杭州、嘉兴的水流，又有淀山湖、泖荡从上往下灌注。所以两处水流都清澈迅疾，足以抵御海潮，不会淤积泥沙。
唯独吴淞江的水源出自长桥、石塘之下，流经庞山、九里两座湖泊。如今长桥、石塘已经被泥沙埋没，庞山湖、九里湖也淤积成滩涂，上游来水已经十分微弱。再加上新洋江、夏驾浦分流，把吴淞江的水引入刘河，吴淞江的水势就更加衰弱，抵挡不住汹涌的海潮，无法冲刷浑浊的泥沙。日积月累，河道淤塞，只留下很窄的一道水沟。水流失去原有河道，时常发生涝灾，支流小河港汊也都堵塞。过去肥沃的田地，大半变成荒地。
之前都御史海瑞力排众人的议论，疏浚从上海江口宋家桥到嘉定艾祁八十里河段，侥幸还可以通水。但是从艾祁到昆山慢水港六十多里，全部已经淤积成滩涂，应当赶紧开挖疏浚，合计浅段九千五百多丈，河道拓宽二十丈。这条江一旦疏通，太湖水可以直接入海，沿江的各个河渠就可以引水灌溉农田，青浦大片荒芜的土地，都可以开垦成为良田。”
朝廷全部采纳。到这时，工程完工。林应训又上奏：
“吴江县治处在太湖的正东方，太湖水从这里向下流入吴淞江再入海。宋代这里是漕运通道，官员畏惧湖面风浪危险，于是修建长桥、石塘，方便纤夫拉船通行。长桥长一百三十丈，设有六十二个桥洞。石塘小的地方开有水洞，大的地方建有桥梁，塘内外浦泾河道纵横交错，全都是为了泄洪排水。现在石塘的水洞大半淤塞，长桥里外都已经损毁，只有一两个桥洞还能通水。如果不疏浚这些地方，就算疏通吴淞江下游，终究没有用处。应当开通庞山湖口，从长桥一直到吴家港。那么太湖的水有排泄通道，江水有归宿，水源充沛、水流绵长，带来的好处会非常大。
松江大黄浦，西南接纳杭州、嘉兴来水，西北接纳淀山湖、泖荡各个湖泊的来水，所有水流汇集到黄浦。秀州塘、山泾港这些河道，实际就是黄浦江的水源。淀山湖流入黄浦江的河道渐渐淤浅，应当加以疏浚。另外从黄浦江、横涝、洙泾，经过秀州塘进入南泖，一直到山泾港这一段，一万四千多丈，最急需疏浚。
其他例如苏州的茜泾、杨林、白茆、七浦各个港汊，松江的蒲汇、官绍各个塘堰，常州、镇江的澡港、九曲各条河道，都应当想办法开挖疏导，依次动工修缮。”
万历八年，林应训又上奏：“苏州、松江各府，主干河道、支流港汊共有几百处，大的河道泄洪入海，次一等连通湖泊长江，小的引水灌溉农田。现在吴淞江、白茆塘、秀州塘、蒲汇塘、孟渎河、舜河、青旸港的工程都已经完工，还有几十条支流，应当全部疏浚开通。”朝廷全部批准了他的请求。
过了一段时间，朝廷采纳宋仪望的提议，专门设置苏、松水利副使，任命许应逵担任这个职务。许应逵于是疏浚吴淞江八十多段，修筑塘堰九十多处，开挖新河一百二十三条，疏浚原有内河一百三十九条，修筑上海李家洪到老鸦嘴海岸堤坝十八里，朝廷调拨国库银两二十万两。许应逵只用了其中一半银两就完成了工程。万历三十七、三十八年，阴雨连绵，洪水泛滥，水患越来越严重。又过几年，给事中归子顾上奏：“宋代吴淞江宽九里，元朝末年淤塞。正统年间，周忱在江心设立水位标识，进行疏浚。之后崔恭、徐贯、李充嗣、海瑞，前后一共五次疏浚吴淞江。到如今四十多年，水利荒废无人治理。应当让吴淞江河道宽阔、水流湍急，塘浦支流四通八达分流洪水。”奏疏递上去，被留在宫中没有批复。巡按御史薛贞再次请求推行这项工程，下发各部商议，最终没有动工。到天启年间，巡抚都御史周起元再次请求疏浚吴淞江、白茆塘。崇祯初年，员外郎蔡懋德、巡抚都御史李待问，都上书提出这个请求。又过一阵，巡抚都御史张国维请求疏通吴江长桥七十二个桥洞以及九里湖、石塘各处水洞。御史李谟又请求疏浚吴淞江、白茆塘。全部下发各部讨论，最终都没能实施。
万历十年，增筑雄县横堤八里，抵御滹沱河暴涨的洪水。
万历十三年，朝廷任命尚宝少卿徐贞明兼任御史，担任垦田使。徐贞明还在做给事中的时候，就曾经上书，请求在西北地区兴修水利，效仿南方圩田的制度，引水开垦水田。工部答复商议：“京城附近各个府县，上游十五条河的水流全部汇集到猫儿湾一处，入海口又十分狭窄，所以到处泛滥成灾。必须多开挖支河，疏浚入海口，水势才可以平缓，疏浚工程才可以实施。但是工程浩大、耗费繁多，如今百姓劳苦、国库空虚，正追求简省事务，请搁置这个提议。”这件事就此作罢。后来徐贞明遭到贬官，撰写《潞水客谭》一书，列举十四条应当兴修水利的主张。当时巡抚张国彦、副使顾养谦正在蓟州、永平兴修水利，已经取得成效。于是给事中王敬民举荐徐贞明，朝廷特地把他召回京城，赐予敕书，命他勘察水利。徐贞明先治理京东各州县：密云燕乐庄；平谷水峪寺、龙家务庄；三河塘会庄、顺庆屯地；蓟州城北黄厓营，城西白马泉、镇国庄，城东马伸桥，沿着林河往下到别山铺，沿着阴流河往下直到阴流；遵化平安城，沿着运河往下到沙河铺以西，城南铁厂、涌珠湖往下韭菜沟、上素河、下素河一百多里；丰润南部的大寨、剌榆坨、史家河、大王庄，东边的榛子镇，西边的鸦红桥，沿河五十多里；玉田青庄坞、后湖庄、三里屯以及大泉、小泉，一直到沿海地带，从水道沽关、黑严子墩到开平卫南面宋家营，东西一百多里，南北一百八十里。一共开垦田地三万九千多亩。等到徐贞明准备到真定治理滹沱河沿岸土地的时候，御史王之栋上奏说：“滹沱河不是人力可以治理的，只会耗费钱财、骚扰百姓。”皇帝听信这番话，打算惩处提议兴修水利的官员。申时行说：“开垦农田创造利益，却说成祸害百姓，这个说法十分荒谬。之所以有人这么说，有两个原因：北方百姓闲散懒惰，畏惧劳作，水田耕种辛苦，手上磨出厚茧，这是第一点不便；权贵豪强大量侵占滩地，不需要耕种，坐收芦苇柴草的收益；如果开垦成为农田，划归农户，归官府管理，他们现有的利益就全部失去，这是第二点不便。但是站在国家大局来看，少数人的不便是小事，国家得到的利益才是大事。只需要斟酌地势，体察民情，沙碱土地不必全部开垦，原有黍麦旱地不必强行改成水田；需要的劳役，全部官府出钱招募，既不违背民情，又不浪费土地资源，这才是为国家谋划的长远计策。”于是徐贞明没有被治罪，但是北方开辟水田这件事，最终还是停止了。
巡抚都御史梁问孟修筑横城堡边墙，担心宁夏遭受黄河水患，请求修筑西岔河堤坝，约束河水向东流。朝廷批准。万历十九年，尚宝丞周弘禴上奏：“宁夏河东有汉坝、秦坝，请效仿河西的汉坝、唐坝，用石头加固，在渠道外面开挖一条大渠，向北连通鸳鸯各个湖泊。”皇帝下诏准许。
万历二十三年，黄河、淮河洪水暴涨泛滥，淮安、扬州被大水淹没。议事的官员大多提议打开高家堰，分流淮河洪水。宝应知县陈煃升任御史，担心高家堰一旦打开，会毁坏百姓田地、盐场，请求从兴化、盐场往东，疏浚白涂河、石达口、廖家港，分成多条河道，分别入海；然后从下游往上游，疏浚清水沟、子婴沟，再多打开瓜州、仪征的闸口宣泄洪水。给事中祝世禄也说：“有人打算放淮河水从广阳湖、射阳湖入海。广阳湖宽度仅仅八里，射阳湖只有二十五丈，名义上是湖，实际就是河道。而且距离大海三百里，河道迂回又浅又窄，高邮、宝应七个州县的洪水，全靠这一条水道排泄，如果再把淮河洪水导入这里，田地民居、盐场，一定全部遭殃。广阳湖东边有大湖，方圆六十里，湖北口有旧官河，从官荡到盐城石达口，通往大海只有五十三里，这是疏导淮河入海便利的途径。”奏疏下发工部以及河漕官员商议，全部遭到阻挠，没有实行。不久总河尚书杨一魁上奏：“黄河水倒灌，根源就是入海口堵塞。分流黄河的工程完工之后，石达口、廖家港、白驹场入海口，金湾河、芒稻河，应当抓紧开挖疏通。”朝廷下令按照他的提议实施。
万历三十年，保定巡抚都御史汪应蛟上奏：“易水可以灌溉金台，滹沱河可以灌溉恒山，溏水可以灌溉中山，滏水可以灌溉襄国，漳水可以灌溉邺下。瀛海处在众多河流下游，号称河中，和江南水乡没有区别。至于山间泉水、地下水源，到处都有。应当各处修筑水坝闸门，开挖渠道、修筑堤防；地势高的地方引水自流灌溉，地势低洼的地方用水车提水。使用南方水田耕作的办法，六郡之内，可以开辟几万顷水田，京城附近百姓从此富足，永远免除旱涝灾害。万一沿河地区粮食歉收，也可以向南改征赋税，向北采购粮食。这是国家无穷无尽的收益。”皇帝批复许可。汪应蛟于是在天津葛沽、何家圈、双沟、白塘，命令海防士兵屯田耕种，每人分配四亩田，一共开垦五千多亩，其中水稻田两千亩，收成丰厚。汪应蛟又上书：“如果开垦七千顷土地，每年可以收获粮食二百多万石，这就是实践已经见到成效的。”
这一年，真定知府郭勉疏浚大鸣泉、小鸣泉四十多处泉眼，灌溉田地一千顷。邢台达活泉、野狐泉汇成牛尾河，百泉汇成澧河，修建二十一座水闸、两道堤坝，灌溉田地五百多顷。
天启元年，御史左光斗采用汪应蛟的办法，恢复天津屯田，命令通判卢观象管理屯田水利。第二年，巡按御史张慎言说：“从支河往西，静海、兴济之间，有上万亩肥沃土地；河的东边，还有盐水沽等肥沃田地，可惜全部荒废。如今卢观象开垦寇家口以南三千多亩田地，田间沟渠、水塘设置，种植、疏浚的方法都完备可行，百姓为什么还害怕开垦呢？大体开垦耕种分为五种方式：第一种叫官种，耕牛、种子、农具、耕作、雇工全部由官府提供，收获的粮食也全部归官府。第二种叫佃种，百姓愿意开垦但是没有财力，耕牛种子农具由官府供给，收获的时候官府收取十分之四。第三种叫民种，有财力的佃户自己认领开垦田地，开垦成熟之后，按照几年平均产量，官府收十分之一赋税。第四种叫军种，就是海防营士兵耕种葛沽的田地，每人耕种四亩，交租两石；因为士兵本身有军饷，所以租税较重。第五种叫屯种，明初卫所军队原有屯田，五十亩或者一百亩为一份，屯田士兵每年向官府缴纳十分之七的粮食，作为官军俸禄开销，这是开国之初兵农合一的优良制度。官种、佃种、民种、军种四种办法已经推行；唯独屯种，如今士兵和屯田制度已经割裂，屯田只剩虚名。应当挑选各个卫所多余屯田，开垦天津肥沃土地，仿照官种制度推行。”奏疏下发主管部门，朝廷任命太仆卿董应举管理天津到山海关的屯田。董应举规划数年，开垦田地十八万亩，囤积粮食不计其数。
崇祯二年，兵部侍郎申用懋上奏：“永平泺河各条支流，河道宽阔平缓，可以疏浚渠道防备旱涝，山坡空地适合栽种作物。应当命令地方官勘察地势水源，为百姓兴办水利。”朝廷听从。
志第六十五兵一
明朝依靠武力平定天下，革除元朝旧制度，从京城一直到各府县，全部设立卫所。地方卫所归都司统辖，京城卫所归五军都督府统辖；皇帝直属的上十二卫，不在五军都督府管辖之内。有征伐战事，朝廷任命将领担任总兵官，调遣卫所士兵归他指挥；战事结束，将领交还印信，官兵各自返回所属卫所。这继承了唐代府兵制度的精神。明成祖迁都北京，全部遵循明太祖旧制；但是宦官开始监督军队，祸乱的苗头就此出现。洪熙、宣德之后，国家安于太平，没过多久就发生土木堡之变。于谦创立团营制度，挑选精锐士兵，统一号令，士兵和将领互相熟悉，这套制度很不错。宪宗、孝宗、武宗、世宗四朝，京营制度多次更改，军队的威势却越来越衰弱。卫所士兵苦于轮番到京城服役，京城军队被大量杂役占用。到明朝末年，军籍名册大量空缺，军队兵员损耗严重，各地流民起义四起，天下分崩离析。宦官在山海关投降，京城禁军在城下溃败，明朝就此灭亡。现在把明代完备的军事制度，以及关系军政的相关史事，记述在本篇之中。
本篇包含：京营、侍卫上直军、皇城守卫、京城巡捕、四卫营。
京城军队三大营：五军营、三千营、神机营，这三套制度在永乐年间全部完备。
最初，明太祖设立统军元帅府，统辖各路武装部队，不久改为大都督府，任命侄子朱文正为大都督，调度全国军队。京城内外设置大小两处教场，分别训练四十八卫士兵。之后拆分设立前、后、中、左、右五军都督府。洪武四年，全国士兵合计二十万七千八百多人。
明成祖把京城卫所增加到七十二个。又把步骑军队分作中军，左掖、右掖，左哨、右哨，这就是五军营。每年调中都、山东、河南、大宁的军队轮番到京城，隶属五军营。设置提督内臣一人，武官二人，掌号头官二人；大营坐营官一人，把总二人；中营坐营官一人，马队、步队把总各一人。左右掖、左右哨的官员设置与此相同。另外设立十二营，掌管随皇帝出行的马队官军，设把总二人。设立围子手营，操练负责宫廷护卫的叉刀手以及京卫步兵官军，设置坐营官一人，统辖四个司，以一、二、三、四编号，每司设把总二人。设立幼官舍人营，操练京城卫所的低级武官以及承袭武官的子弟，设坐营官一人，四司各设把总二人。以上就是五军营的建制。
之后，收纳塞外归降士兵三千人，设立三千营，分五个司。第一司掌管执掌皇帝大驾龙旗、宝纛、勇字旗，背负皇帝御宝以及兵仗局器物的值班官军；第二司掌管执掌二十队勇字旗、大驾旗纛金鼓的值班官军；第三司掌管传令营旗牌，保管御用监盔甲、尚冠、尚衣、尚履器物的值班官军；第四司掌管执掌大驾勇字旗、五军红盔贴身护卫官军；第五司掌管杀虎手、马轿、前哨马营明甲护卫官军，随侍东宫的武官子弟，辽东防御归来的官军。三千营设提督内臣二人，武官二人，掌号头官二人；坐司官五人，日常操练把总三十四人，值班护卫把总十六人，明甲把总四人。这就是三千营建制。
后来征讨交阯，获得火器制作使用方法，设立神机营训练火器。提督内臣、武官、掌号头官，配置和三千营相同，军队同样分五军。中军，设坐营内臣一人，武官一人；下属四个司，每司设监枪内臣一人，把司官一人，把总官二人。左右掖、左右哨配置相同。又因为得到都督谭广上交五千匹马，设立五千下营，操练火器以及随驾护卫的马队官军，设坐营内臣、武官各一人，下属四司，每司设把司官二人。这就是神机营建制。
平时，五军营操练行营阵法；三千营操练巡逻放哨；神机营操练火器。皇帝御驾亲征的时候，大营驻扎中央，五军营分驻四周，步兵在内，骑兵在外，骑兵外面是神机营，神机营外围修筑环形防御工事，周长二十里，工事之内允许砍柴采集物资。三大营制度大体如此。
洪熙年间，才开始任命一名武官总领京营军政。宣德五年，采纳成国公朱勇的提议，挑选京城卫所士兵归入五军营训练。第二年，命令六科给事中、监察御史以及锦衣卫官员核查各卫军士人数。明宣宗征讨朱高煦，击败兀良哈，都是依靠京营取得胜利。正统二年，再次听从朱勇的建议，命令锦衣卫等卫、守陵卫士兵留下一半；值班护卫的旗校归锦衣卫监督操练，其余全部归入三大营。土木堡之变，京营士兵几乎全军覆没。
明代宗任命于谦担任兵部尚书。于谦认为三大营各自有一套训练号令，临战时才临时调遣，将领和士兵互不熟悉。于是从各营挑选精锐士兵十万人，分十个营团练。每营设都督一人，号头官一人，都指挥二人，把总十人，领队一百人，管队二百人。从三大营都督里面推举一人担任总兵官，派宦官监督，兵部尚书或者都御史一人担任提督。剩下的士兵留在原来的大营，称作老家。京军制度发生第一次重大变革。明英宗复辟，于谦被杀，团营制度被废除。
明宪宗即位，恢复团营，增加为十二营。成化二年又废除团营，把士兵分为一等、次等分别训练。不久筛选出一等士兵十四万多人。宪宗认为人数众多，下令依旧分十二营团练，并且定下名号：奋、耀、练、显四武营；取、果、效、鼓四勇营；立、伸、扬、振四威营。任命十二位侯爵掌管十二营，每营配备都指挥辅佐，派宦官监督，由勋臣担任提督，这支精锐部队叫选锋。不能入选精锐的士兵依旧留在老家，承担杂役。团营制度又发生变化。成化二十年，设立殚忠营、效义营，训练京城卫所武官子弟和余丁。这两个营永乐年间曾经设立，后来废弃，这时重新恢复。没过多久，因为没有实际作用又裁撤。宪宗在位时间很久，十分重视京营，但是兵员缺额达到七万五千多人，大多被权贵隐瞒侵占。又任用汪直总督团营，京城禁军由宦官掌管，就是从宪宗开始。
明孝宗即位，任命都御史马文升担任提督。这时营中士兵长期苦于繁重工程劳役。成化末年，余子俊就曾经上书谈及这个弊病，马文升又极力陈述劳役士兵的害处。还请求每个营挑选马步精锐士兵二千人，遇到警报就可以调遣；并且遵循洪武、永乐旧例，五天操练一次，两天演习布阵安营，三天练习武艺。孝宗予以采纳。当时兵部尚书刘大夏上书陈述十项军政弊端，又上奏请求减少修建乾清宫征用的士兵。宦官说刘大夏不顾朝廷重大工程。大学士刘健说：“爱惜士兵，本就是兵部尚书的职责。”皇帝采纳。恰逢户部主事李梦阳极力抨击役使士兵的害处，并且指责掌管军队的宦官。言辞牵涉寿宁侯，李梦阳被关进诏狱，他的提议就此搁置，无法推行。
明武宗即位，十二团营精锐士兵仅仅六万零五百多人，体质稍弱的只有二万五千人。给事中葛嵩请求挑选五军营、三千营的精锐归入团练，保留八万多人留在营中承担杂役。惠安伯张伟胡乱援引旧制度反对，这件事就此作罢，士兵被权贵私自占用的情况依旧如故。刘瑾叛乱，太监张永率领京军前去讨伐，宦官的权势越来越重。等到流民起义爆发，边将江彬等人得到皇帝宠信，请求调边疆军队入京城防卫。于是调集九边精锐骑兵家丁数万人来到京师，称作外四家。设立两座官厅，挑选团营、勇士营、四卫军士兵在西官厅操练，正德元年挑选的官军在东官厅操练。从此，东西官厅的士兵成为精锐选锋，十二团营反倒沦为承担杂役的老家。武宗去世，大臣依据遗诏裁撤东西官厅。
那时候皇家土木工程繁多，边将掌权，京营军政败坏到极点。给事中王良佐奉皇帝命令挑选士兵，按照军籍登记有三十八万多人，实际现存不到十四万，能够选拔入伍的仅仅两万多人。
明世宗即位，过了一段时间，采纳朝臣建议，任命一名懂军事的文臣统领京营。当时额定兵员十万七千多人，实际在册只剩一半。专门管理京营的兵部尚书李承勋请求补足十二万兵员。各部商议，遵照弘治年间旧例，年老士兵用壮丁替补，逃亡、死亡的士兵，责令清军官按期补齐。世宗批准。嘉靖十五年，都御史王廷相提督团营，上书指出三大弊病：第一，士兵常年被分派各种土木工程劳役，整年不能参加操练，名义上是团营备战的士兵，实际和普通农夫没有两样；第二，士兵更替顶替的时候，小官吏索要巨额贿赂，贫苦士兵拿不出钱财，就只能让年老体弱的人勉强服役，强壮青年却不能入伍训练；第三，家境富裕的士兵害怕操练、调遣打仗，花钱贿赂军官，把自己划入“老家”名册；贫苦士兵就算年老疲惫，却还要经常操练。奏疏切中时弊。不久天地宗庙宫殿大规模兴建，征用士兵更多。兵部建议把士兵分成两批，一半操练，一半遣返回家，朝廷把这一半人的军饷拿出来雇人干活。皇帝下诏实行一年。之后边疆警报频繁，团营实际兵力不足，只选出骑兵三万人，依旧沿用东西官厅名号，剩下的全是老弱士兵，继续被营官、宦官私自役使。
嘉靖二十九年，俺答入侵，兵部尚书丁汝夔核查京营，可用士兵不到五六万人。把士兵赶出城门迎敌，士兵都痛哭不敢向前，各位将领也相顾失色。丁汝夔被处死。大学士严嵩请求整顿军政，做好善后。吏部侍郎王邦瑞代理兵部事务，上奏：“建国之初，京城精锐部队不少于七八十万，优秀将领层出不穷。自从三大营改为十二团营，再改成东西官厅，军力虽然不如明初，但是军籍还有三十八万多人。如今武备长期废弛，在册士兵只剩十四万多，真正参加操练的不过五六万人；名册上可以领军饷，战时却调不动部队。等到敌骑深入，要打仗要防守，都没有可用士兵。就算现存的士兵，大多是老弱疲惫、市井游民，盔甲兵器临时拼凑。弊病根源不在于士兵逃亡，而在于士兵被私自占用；不在于普通士兵，而在于各级将领。提督、坐营、号头、把总这些官员，大多是贵族纨绔子弟，平时占用营中士兵干私活，虚报名字领取军饷；到操练的时候，临时召集市井百姓，装模作样演戏罢了。以前尚书王琼、毛伯温、刘天和，都想要整顿军务。但是将领害怕损害自己利益，暗中阻挠，士兵又习惯骄横懒惰，四处散布流言，整顿就此中断，祸患延续到今天。希望皇帝果断推行整顿，派遣官员仔细核查。”世宗认同，命令兵部商议改革方案。
于是全部裁撤团营、东西官厅，恢复三大营旧制度。把三千营改名为神枢营，废除提督、监枪等宦官职务。设置武官一名，叫总督京营戎政，任命咸宁侯仇鸾担任；文臣一名，叫协理京营戎政，由王邦瑞出任。下设副将、参将等官员二十六名。之后又采纳部议，把原来四武营归入五军营中军，四勇营归入左右哨，四威营归入左右掖。各设坐营官一人，作为正兵，负责守城；参将二人，负责出征征讨。世宗因为营制刚刚重新确立，到太庙祭告，正式推行新制度。又派遣四名御史，在京畿、山东、山西、河南招募士兵四万人，分别归属神枢营、神机营。每营设副将一人，增加六名善战将领分管训练。大将统辖的三营士兵，平时称为练勇，战时重新调整职务名号。
五军营：大将一人，统兵一万，总管三营的副将、参将、游击、佐击以及坐营官；副将二人，各统兵七千；前后左右参将四人，各统兵六千；游击四人，各统兵三千。另外预备兵员六万六千六百六十人。
神枢营：副将二人，各统兵六千；佐击六人，各统兵三千。另外预备兵员四万人。
神机营编制和神枢营相同。
之后确定三大营官员名额：五军营一百九十六员，神枢营二百零八员，神机营一百八十二员，合计五百八十六员。京城所有卫所士兵，全部分属三大营。可以拆分为三十个小营，合起来就是三大营。世宗在位期间，营制多次改动，到后期连中军、哨、掖这些名号也取消，只称为战守兵，同时设立车营。
按照旧例，五军都督府设立官署、授予印信，只管军籍名册，不负责军营操练；负责操练的官员不授予印信。京营戎政设置官署、颁发印信，就是从仇鸾开始。仇鸾正受皇帝宠信，向世宗提议，挑选边军六万八千人，轮番入京，和京军一同训练；又命令京营将领分管训练边军。于是边军全部隶属于京师。边塞遇到警报，边将不能调集本地军队，边疆防务越来越败坏。仇鸾死后，裁撤他设立的戎政厅各类属官；入卫京师的边军，唯独撤回甘肃的部队。
隆庆四年，大学士赵贞吉请求收回将领过重权力，改革营制。他极力说：“设立戎政府、铸造大印，把几十万军队交给一个人统辖，违背明太祖、明成祖分府分营管理军队的本意。请把九万官军分作五个大营，每个大营选一名将领分别训练。”皇帝下发朝臣讨论。兵部尚书霍冀说：“世宗皇帝反复斟酌定下营制，不应当改动。只是不应该设置专门的大将，戎政官不应当配有印信，可以采纳赵贞吉的部分建议。”皇帝批复同意。于是三大营各设总兵一人，副将二人；参佐类官员增减调整，每营十人。五军营士兵分属两个营，每营十支队伍，由两位副将分别统领。总兵用侯爵、伯爵担任，不久改称为提督。同时任用三名文臣，也叫提督。自从设置六名提督之后，各人意见不一，遇到事情几个月不能决断。给事中温纯上书指出弊端，于是裁撤六提督，依旧设立总督、协理两名长官。
万历二年，采纳给事中欧阳柏的请求，重新给戎政官颁发印信，裁撤两名坐营官。万历五年，巡视京营的科臣林景旸请求扩大招募士兵，设立精锐选锋。当时张居正当政，讲究考核实绩，大臣纷纷上书谈论军政，核心目标就是补足兵员、选拔良将，京营事务得到整顿。时间久了，皇帝懈怠政务，朝臣开始党同伐异，风气苟且懒惰，京营又一天天废弛。万历三十六年，兵部尚书李化龙掌管京营，上奏罗列京营积累的各类弊病。皇帝下发各部讨论，终究没有振作革新。等到战事兴起，总督京营赵世新请求把教场改到城内，方便操练；太常少卿胡来朝请求调京军戍守边疆，变弱为强。这些提议都没有起到实际作用。
天启三年，协理京营的侍郎朱光祚上奏请求裁撤“老家”士兵，替换为年轻力壮的人。老家士兵心怀怨恨，拿瓦片石块投掷朱光祚，改革就此失败。当时魏忠贤掌权，设立宫内操练，增设宦官担任监视、把牌等各类小监，大量招募壮丁，各营士兵很多依附宦官。
崇祯帝即位，裁撤监督军队的宦官，没过多久又重新启用。戎政侍郎李邦华痛心京营败坏，请求淘汰老弱、清理虚报冒领军饷，挑选勇武之人做皇帝亲军。营中士兵向来骄横，有人造谣说士兵将要哗变；勋贵、宦官也痛恨李邦华损害自己利益，流言四起。皇帝罢免李邦华，改用陆完学，把李邦华的改革全部推翻。除原有京营监督之外，总理捕务二人，提督禁门、巡视点军三人，崇祯帝都任命御马监、司礼监、文书房的宦官担任。于是京营事务完全被宦官掌控。崇祯十年八月，皇帝检阅城防，盔甲旌旗声势浩大，大臣全都腰系玉带骑马跟随。军队看见皇帝车驾，都高呼万岁。崇祯十分高兴，把陆完学召到御帐慰劳，赏赐金杯饮酒，但是这只是表面排场而已。
当时战事越来越紧急，皇帝派遣京军出外征讨防守，全部派宦官监军。宦官待遇优厚，依仗权势骄横跋扈，抢夺将士的战功，随意侮辱军官士兵，将士人心离散。周延儒再次入内阁辅政，劝说皇帝停止宫内操练，撤回各路监军宦官，京军撤回京师。但是营中将领大多是宦官亲信，不懂军事；士兵只需要挂名领取军饷，花钱买人顶替成风，早上名册是甲，晚上就换成乙，就算有军籍档案，也分不清真实人员。皇帝多次下圣旨要求操练，但是每天到场操练的不过二三百人，天还没黑就解散。十万营兵，侥幸躲过查验的不计其数，玩忽法令不受惩罚的数不胜数。崇祯曾经问戎政侍郎王家彦，王家彦回答：“现在只有严格禁止花钱买人顶替，改革操练制度，或许还有一丝补救希望，但是大势已经无法挽回。”皇帝听了很不高兴，这件事作罢。崇祯十六年，襄城伯李国祯总管京营军政，宦官王承恩监督京营。第二年，流民起义军攻入居庸关，抵达沙河。京军出城抵御，听见炮声就溃散逃回。起义军长驱直入攻打京城，登上城墙防守的，只有曾经在内宫操练过的三千宦官，京城就此陷落。
大体上说，京军衰败，根源在于士兵被私自占用、花钱买闲差。弊病始于纨绔出身的营帅，加上宦官监视军队，最终导致国家灭亡。
南京京营
明成祖迁都北京之后，才命令五军都督府留守南京的官员担任南京守备，统辖南京所有卫所。洪熙初年，派宦官担任南京守备。宣德末年，设置参赞机务官。景泰年间，增设协同守备官。成化末年，任命南京兵部尚书参赞机务，地位高于南京其他五部。之前北京设立神机营，南京也增设神机营，和大小教场一同训练士兵。士兵常年操练，只有刮风下雨才停止。有士兵逃亡脱籍，明宪宗命令南京六科给事中、御史定期到两处教场核查点名。成国公朱仪和太监安宁感到不便，谎称军营是机密重地，御史核查士兵名册不合规矩。皇帝反而责罚御史，规定只由南京守备、参赞机务官检阅军队，定为制度。
嘉靖年间，言官多次上奏南京营伍兵员损耗的弊病。嘉靖二十四年冬天，下诏设立振武营，挑选各营精锐士兵充入，再补充淮安、扬州矫健勇猛之人。江北原本有池河营，专门负责守城，守护皇陵寝庙。振武营、池河营各有士兵三千人，由勋臣统领，另外开辟教场训练。但是振武营士兵很多都是无赖之徒。管理粮饷的侍郎黄懋官克扣士兵钱粮，士兵哗变，殴打黄懋官致死。朝廷诛杀带头作乱的人，任命户部尚书江东担任参赞机务。江东对士兵一味宽纵，士兵更加骄横，毫无军纪。给事中魏元吉上书揭发，朝廷举荐浙直副总兵刘显前往提督军务。刘显还没到任，池河营士兵再次哗变，殴打千户吴钦。朝廷催促刘显立刻赴任，允许他带五百四川士兵随行，动乱才平定。隆庆元年，裁撤振武营，把剩下一千多士兵依旧归入大小教场和南京神机营。
万历十一年，参赞机务的南京兵部尚书潘季驯上奏：“操练士兵原定名额十二万，现在只剩两万多。世袭军户和招募士兵各占一半，招募士兵按照旧例死亡逃亡之后不再补充，营伍因此空虚。请求按照世袭军户的制度，及时补齐缺额。”之后王遴接替潘季驯，上奏：“大小教场，新旧官军两万三千多人。效仿北京和边疆制度，三千一百二十人为一支，每支分中、左、右哨，可以编成七支。剩下士兵归旗鼓官统辖，预备补充各营缺额。”朝廷批准。巡视的科臣阮子孝极力抨击南京营伍种种积弊，言辞切中要害，但是始终没有真正整顿。不久采纳尚书吴文华的提议，给参赞机务官增授旗牌，可以按军法处置违纪人员，允许相机调遣军队。万历三十一年，增设南京中军标营，挑选大教场士兵一千多人，由中军参将统领训练。制度条文虽然完备，但是官员苟且偷安，军政萎靡和北京一模一样。到崇祯年间，起义军攻陷庐州、凤阳，占据长江上游，有攻打南京的意图。南京将士整日惶恐，只以守护皇陵、保卫南京城作为借口，只盼望起义军不向东进攻。最后史可法担任参赞机务的南京兵部尚书，想要革除积累百年的弊病，但是为时已晚，最终无力回天。
侍卫上直军制度
明太祖称吴王的那一年十二月，设立拱卫司，管理校尉，隶属于大都督府。洪武二年，改为亲军都尉府，统辖中、左、右、前、后五卫军，仪銮司也归它管辖。洪武六年，铸造守卫金牌，铜质镀金，长一尺，宽三寸。用仁、义、礼、智、信作为编号。两面都刻篆字，一面写“守卫”，一面写“随驾”。金牌由尚宝司保管，卫士值班的时候佩戴，下班之后交还。洪武十五年，撤销亲军都尉府和仪銮司，设立锦衣卫。锦衣卫下辖南北镇抚司十四个所，管辖将军、力士、校尉，负责皇帝车驾护卫、巡查缉捕。之后挑选公、侯、伯爵、都督、指挥的嫡出次子，设立勋卫散骑舍人；府军前卫以及旗手等十二个卫，各设置带刀官。锦衣卫管辖的将军，最初叫天武将军，后来改称大汉将军，一共一千五百人。设置千户、百户，总旗七名。这支部队自成体系，下班之后按照制度操练；兵员缺额达到五十人才进行补充。每月俸禄粮食两石，积累功劳可以提拔为千户、百户；死亡之后，可以由家中身材魁梧勇武的子弟顶替，没有合适子弟，就从民户挑选补充。
永乐年间，设立五军营、三千营。增设红盔将军、明甲将军以及叉刀围子手，负责宫廷宿卫。校尉、力士，从民间挑选身体健壮、没有劣迹罪责的壮丁充任。力士最初隶属于旗手卫，后来改归锦衣卫和腾骧四卫，专门掌管皇帝出行金鼓旗帜，守卫皇宫四门。校尉原本隶属于仪銮司，仪銮司并入锦衣卫之后依旧归属，掌管皇家仪仗，细分十司：掌管皇帝车驾、华盖、掌扇、旌节、旗帜、班剑斧钺、戈戟、弓箭、驯养御马；另外承担御前传唤差遣，三天轮一次班。设置总旗、小旗，由勋贵武官统领。一共六名主管武官：一人管理大汉将军、散骑舍人、府军前卫带刀官；一人管理五军营叉刀围子手；四人管理神枢营红盔将军。皇帝生日、元旦、冬至，大型祭祀、斋戒、册封、派遣祭祀、颁布诏令，全部出动护卫，值班三千人；其余时间轮流值守，仪仗服饰等级相应降低。郊祀、御前讲经、皇帝出巡，侍从护卫都有固定规制，详细记载在《礼志》当中。平时，值班将军一百人，早晚在午门外等候，夜里负责打更巡夜。五军营叉刀官军，全部在皇宫内宿卫。主管侍卫的官员每日轮一人当值；唯独管理锦衣卫将军、叉刀手的官员，每天侍奉御前。严格处罚脱岗、擅自离开岗位的人员。
总计：锦衣卫大汉将军一千五百零七人；府军前卫带刀官四十人；神枢营红盔将军二千五百人，把总指挥十六人；明甲将军五百零二人，把总指挥二人，大汉将军八人；五军营叉刀围子手三千人，把总指挥八人；勋卫散骑舍人没有固定名额；旗手等卫带刀官一百八十人。以上就是侍卫亲军大致规模。
正统之后，嫔妃、公主、公侯、权贵宦官子弟获得官职，很多人挂名在锦衣卫领俸禄，不用实际履职。正德年间，靠奏请、传旨得到官职的人，又有几百人。明武宗喜好蓄养勇士，曾经把四十七名千总、把总，以及一千一百名锦衣卫挂俸武官子弟，编入御马监家将勇士，领取军饷参加骑射操练。又规定大汉将军，经过考核可以任百户，五年之后正式授官，写进法令。侥幸做官的门路大开，恩赏泛滥，宫廷护卫制度开始衰败。到万历年间，卫士大量被派私活、花钱买清闲差事，弊病和三大营一样。虽然定下擅离职守扣罚月粮的法令，但是无法根除。
明太祖设立锦衣卫，原本只负责皇家仪仗。当时国家多用重刑，有罪的人常常交给锦衣卫审讯，锦衣卫介入刑狱就从这时开始。明成祖登基，把锦衣卫当作心腹。下属南北镇抚司：南镇抚司处理锦衣卫内部案件，管理军匠；北镇抚司专门审理皇帝下诏查办的大案。北镇抚司审讯案情、上奏案情，可以直接呈报皇帝，不用报告锦衣卫长官。审讯手段残酷，造成很多祸患，详细记载在《刑法志》。锦衣卫侦查民间动静，由带印的官员奉旨率领官校执行。东厂太监侦查案件，也要从锦衣卫调派官校，因此锦衣卫常常和宦官互相勾结。皇宫守卫，动用二十二卫士兵，不单单依靠锦衣卫；门禁也属于侍卫值班事务。京城巡捕设有专门官员，也经常命令锦衣卫官员协同办理。锦衣卫地位亲近、权力重大，这种状况贯穿整个明代。
当初明太祖攻占婺州，挑选富家子弟充当宿卫，称为御中军。之后设立帐前总制亲兵都指挥使司。不久裁撤，设立都镇抚司，隶属大都督府，统领亲兵巡逻警戒。金吾前后卫、羽林左右卫、虎贲左右卫、府军左右前后卫，定期轮番入宫护卫，称为亲军。亲军有事可以直接上奏兵部，不用经过五军都督府。平定天下之后，改都镇抚司为留守，设立左、右、前、后、中五卫，掌管内府铜符，每天派两个人核查守卫情况，夜里也是如此，这就是皇城守卫官军。
洪武二十七年，重新制定皇城门禁条例。凡是百官上朝，宫门开启之后，值班都督、将军以及带刀指挥、千百户、镇抚、舍人先进宫，百官才按次序入宫。值班亲军三天一轮换。宦官出入宫门，必须核对符牌严格搜查；携带金银财物出宫，要查验勘合凭证；携带兵器、毒药入宫，立刻抓捕治罪；失职没有察觉的官员从重治罪。百姓上书言事，不许阻拦。明太祖体恤卫士辛苦，家中遇到婚丧、疾病、生子等不得已的事，可以自己申请告假；家中没有男丁，父母都生病，允许回家侍奉，病好再回来服役。
之前皇宫新建成，明太祖对中书省下令：“作战受伤残废，不能编入军队的士兵，可以在宫墙外修建房屋安置，白天谋生，夜里巡逻警戒。”之后规定，十二卫随驾值班士兵，每人每月发放三百钱。洪武二十八年，又在四门修建房屋，让恩军给卫士做饭。恩军，指免死的罪犯以及归降士兵。
永乐年间定下制度，各个卫守卫皇宫各负责一片区域：从午门到承天门左右，延伸到长安左右门，直到皇城东西两侧，归旗手卫、济阳卫、济川卫、府军卫、虎贲右卫、金吾前卫、燕山前卫、羽林前卫八卫负责；东华门左右到东安门左右，归金吾左卫、羽林左卫、府军左卫、燕山左卫；西华门左右到西安门左右，归金吾右卫、羽林右卫、府军右卫、燕山右卫；玄武门左右到北安门左右，归金吾后卫、府军后卫、通州卫、大兴卫。各个卫持有太祖颁发的铜符，分别叫承、东、西、北，以各门命名。巡逻的官员拿铜符左半片，守门官员拿右半片；巡逻官到来，两片相合核验，再交接公务。各门守卫官员，夜里拿申字牌巡夜，编号从一到十六。内皇城有四十处卫士营房，外皇城七十二处营房，全部设置铜铃，依次传递报警。内皇城左右，一百名将军轮流打更，每更二十人；四门八名走更官，往来巡查，在登记簿盖章作为凭证。都督以及带刀千百户，每天一人拿申字牌在宫内值宿，核查各门士兵。后来五军都督府改制，改由侯爵、伯爵负责这件事。
洪熙初年，重新铸造卫士佩戴的腰牌。当时亲军兵员缺额，卫士得不到替补。皇帝打算调其他卫士兵守卫端门、直门。兵部尚书李庆认为不妥。仁宗说：“君主治理天下重在恩德收服人心，如果人心归向，就算不是旧亲军，又有什么可担心。”宣德三年，命令御史核查卫所士兵。天顺年间，增加一名给事中参与核查。成化十年，兵部尚书马文升上奏：“太祖设立亲军指挥使司，不归五军都督府管辖。明成祖设立亲军十二卫，又增加几千勇士，归御马监管辖，负责值班护卫，由心腹大臣统领。如今制度日渐废弛，勇士营和普通军营没有两样，皇宫之内护卫兵力稀少，各个宫门守卫士兵尤其瘦弱，连盔甲都穿戴不动。应当命令御马监从现有士兵挑选训练；守卫官员要严格管束队伍，盘查出入，防范祸乱萌芽。”宪宗表示赞同，但是没有真正整顿。
正德初年，严格皇城红铺巡逻制度，每天派留守卫指挥五名，监管宫内宫外夜巡士兵。兵部郎中、主事各一人，会同御史、锦衣卫核查巡逻，不许兼任别的差事。嘉靖七年，增加值班官军衣粮，每五年发放一次。万历十一年，皇城内外设置两名把总，分东西两片管理。这时门禁越来越松弛，卫所士兵被宦官役使，营房经常空无一人，甚至雇佣市井乞丐应付点名。叉刀、红盔护卫，太阳升起才入宫值班，值班室经常空着；夜间打更的将军，要向上司交钱，值更、传号、巡城、登记凭证等制度全部废弃。万历十五年，再次重申门禁制度。后来给事中吴文炜请求恢复全部旧制度，奏疏没有批复。万历末年，守卫金牌丢失很久才被发现。梃击案，一个普通男子张差，居然闯入皇宫大殿，就可以看出防卫松弛到什么地步。之后国事多艰，天启、崇祯两朝虽然多次下令整顿，终究无法挽回，一步步走向灭亡。
京城巡捕
洪武初年，设立兵马司，稽查奸邪坏人。夜里发放巡牌，旗士拿着巡牌，检查城门锁钥，盘查夜间出行的人。后来交给卫所镇抚官管理，归中军都督府统辖。永乐年间，增设五城兵马司。宣德初年，京城盗贼多，增加官军一百人，协助五城兵马司抓捕盗贼；又增加五百夜间巡逻士兵。成化年间，才命令锦衣卫官员会同御史监督巡捕。成化末年，调拨团营士兵二百人参与巡捕。弘治元年，命令三千营挑选指挥以下武官四名，率领精锐骑兵巡查京城城外；又派五名锦衣卫官、旗手卫等卫武官各一名，分片巡逻，巡捕士兵配发巡捕牌。弘治五年，设置把总都指挥，专门负责巡捕。正德年间，增设把总，划分京城城外防区，向南到海子，向北到居庸关，向西到卢沟桥，向东到通州；城内增设两名把总，增调团营士兵，定下官兵赏罚条例。正德末年，巡逻士兵增加到四千人，专门设置参将统领。
嘉靖元年，城外再增设一名把总，一共五名把总；分管城内东西二路，城外西南、东南、东北三路，增加兵马五千。从士兵中十人选一，设立五百精锐侦察骑兵，提高粮饷待遇。参将负责操练，兵部郎官监督。此时京营弊病积累很久，巡捕营同样破败。嘉靖三十四年，巡捕营实际士兵只剩三百多人。根据给事中丘岳等人的上书，罢免指挥樊经，禁止把巡捕军马拿来私用。万历十二年，采纳兵部提议：京城内外发生盗窃，卯时到申时归兵马司负责，酉时到寅时归巡捕官负责；盗贼人多，双方合力围剿。之后士兵名额加倍，皇帝出行、复审案件的时候，巡捕士兵列队驻守街口。虽然有名册档案，人马实际疲弱不堪使用。巡捕营配置：提督一人，参将二人，把总十八人，巡捕士兵一万一千人，战马五千匹。盗贼横行，甚至偷窃皇宫器物；官府拿到盗贼绳索物证，却抓不到人。崇祯时期，任命兵部左侍郎专门督管巡捕。但是巡捕营大半空领粮饷，马匹大多雇人骑乘；限期五天破案，官员公然无视法令，依旧如故。
四卫营
永乐时期，北方逃回的军卒，安排他们饲养马匹，供给粮食房屋，称为勇士。后来很多靠进献马匹得以充入勇士，归御马监官员管理，名义上隶属于羽林卫，实际上不受卫所管辖。人员冒名顶替，领取粮饷无法核查。宣德六年，专门设立羽林三千户所统辖，一共三千一百多人。不久改为武骧左卫、武骧右卫、腾骧左卫、腾骧右卫，叫做四卫军。挑选本卫四名武官担任坐营指挥，派太监监管，单独开辟教场操练，号称禁兵。盔甲器械和其他军队不一样，在京城之内横行，人员经常被宦官隐瞒侵占。弘治末年，勇士一万一千七百八十人，旗军三万零一百七十人，每年消耗粮食五十万石。孝宗采纳朝臣意见核查清理；又规定宦官举荐的勇士，必须经过兵部检验，才可以发放粮饷，每五年登记人员名册，定为法令。每年省下国库几十万开销。明武宗即位，宦官宁瑾请求恢复被裁汰人员。言官和兵部尚书刘大夏坚决反对，武宗不听。设立东西官厅之后，挑选四卫勇士归入西官厅，由边将江彬、太监张永掌管。
明世宗登基，下诏：除弘治十八年原有名额之外，其余全部裁撤；补选兵员，必须由兵部审核驳回不合格人选。御马监牛马羊，命令巡视科道官员清点数目。后来皇帝直接下旨免除清点，马匹大量虚报。几年之后，御马太监闵洪假传圣旨挑选四卫营武官。给事中郑自璧上书弹劾他欺瞒朝廷，奏疏没有答复。过了很久，兵部尚书李承勋请求把兵员挑选核查依旧归兵部负责，宦官认为不便。世宗听从李承勋。嘉靖十六年，又下令恢复登基诏书裁撤的四千人。五年之后，宦官上奏勇士只剩五千多人，请允许让他们的子侄补充入伍，防备边疆战事。兵部官员说：“原定名额五千三百三十人，嘉靖八年清查的时候就已经超出定额；而且四卫营本来就不是为边防设立。”皇帝采纳兵部意见。但是冒名顶替、私自占用士兵、虚报领饷的各类弊病依旧如故。万历二年，裁撤两名坐营官。之后规定营官缺额由兵部选拔任用。后来又被宦官阻挠，官员任免权回到御马监。很多大臣上书反对，皇帝没有听从。万历四十二年，给事中姚宗文检阅四卫营，上奏：“额定官勇三千六百四十七，实际只有一半；战马一千四十三匹，几乎没有。官旗七千二百四十，实际四千六百多，马匹情况同样不堪。请求交给司法官追究罪责。”皇帝置之不理。天启末年，巡视御史高弘图请求效仿三大营，分弓弩、短兵器、火器，加强训练。到崇祯时期，提督内臣曹化淳上奏，把四卫营改为勇卫营，任命周遇吉、黄得功担任统帅，于是练成一支劲旅，出兵攻打起义军，屡次立功。黄得功的士兵在黑布上画虎头做盔甲标识，起义军看见“黑虎头军”，大多望风逃走，战斗力远超过普通京营。
志第六十六兵二卫所班军（开篇）
明太祖攻下集庆路，称吴王，撤销各翼统军元帅，设立武德、龙骧、豹韬、飞熊、威武、广武、兴武、英武、鹰扬、骁骑、神武、雄武、凤翔、天策、振武、宣武、羽林十七卫亲军指挥使司。废除元朝沿袭下来的枢密、平章、元帅、总管、万户各类武官名号；核定编制：五千人为指挥，一千人为千户，一百人为百户，五十人为总旗，十人为小旗。
天下平定之后，根据要害地理位置设置卫所：一个府的要害设立所，数个府连在一起的要害设立卫。大体五千六百人为一卫；一千一百二十人为一个千户所；一百一十二人为一个百户所。百户所下设两个总旗，十个小旗，大小编制层层统属，组成军队。
征兵分为三类：从征，归附，谪发。从征，就是各个将领原本统辖的士兵，攻占地方之后就地留守戍守。归附，是元朝以及各路割据势力归降的士兵。谪发，是犯罪的人发配充军。这些士兵全部实行军户世袭制度。这就是卫所制度的大致情况。
洪武三年，把杭州卫、江西卫、燕山卫、青州卫升格为都卫；又设置河南都卫、西安都卫、太原都卫、武昌都卫。洪武四年，朝廷铸造使用御宝的金符以及调遣军队用的走马符牌。用宝金符是两块小金牌，中书省、大都督府各保存一块。朝廷下诏书调发军队，中书省、大都督府拿着金牌入宫，内府取出御宝加盖，方才执行调兵。走马符牌用铁铸造，一共四十枚，金字、银字的各二十枚，收藏在内府。有紧急军务需要调遣，出使的官员佩戴符牌出行。不久走马符牌改为金符。凡是军机类文书，除大都督府、中书省的长官之外，其他人不允许擅自上奏。皇帝下诏调遣军队，中书省、大都督府要一同复核上奏，之后交回符牌，请出御宝执行诏令。
洪武五年，设置亲王护卫指挥使司，每个王府设三处护卫；每卫设置左、右、中、前、后五个千户所；每千户所，设两名千户，十名百户。另设两个围子手所；每所设一名千户。
洪武七年，重新申明确定兵卫制度：有征伐调遣任务时，军队归各位将领统领；战事结束之后，士兵解散回归各自卫所。
洪武八年，将在京的留守都卫改设为留守卫指挥使司；地方上的都卫改为都指挥使司，一共十三处：北平、陕西、山西、浙江、江西、山东、四川、福建、湖广、广东、广西、辽东、河南。另外设置两个行都指挥使司：甘州、大同。全部隶属于大都督府。
洪武九年，挑选公、侯、都督、各卫指挥的嫡长子、嫡次子担任散骑、参侍舍人，隶属于都督府，承担皇宫宿卫，或是代理各卫所的事务。
洪武十三年，丞相胡惟庸因谋反罪被诛杀，朝廷裁撤中书省，顺势把大都督府拆分为五军都督府，分别统辖各地的军队、都司与卫所。第二年，又设置中都留守司以及贵州都指挥使司、云南都指挥使司。
洪武十五年三月，颁布军法定律。
洪武十六年，下诏命令各都司上报所辖卫所的城池、水路陆路里程地图。
洪武二十年，设置大宁都指挥使司。同年，命令兵部制作军籍勘合，上面记载军士从军履历、调补卫所的年月、在营家中男丁的数目，发给京城内外卫所的军士，勘合副本收藏在内府。
洪武三十年，制定武官役使军士的制度：指挥、指挥同知、指挥佥事可以役使四名军士；千户三名；百户、镇抚两名，全部调用正式军户士兵，每三天轮值一次，轮值结束返回队伍操练。卫所公署厅堂值守六名，守卫城门两名，看守监狱四名，看管库房一名，全部选用年老军士担任，每月轮换一次。
建文帝即位之后，设置河北都司、湖广行都司。明成祖朱棣登基，把这两处机构全部裁撤，将原来燕山三护卫升格为亲军，连同建文帝时期设立的孝陵卫，全都不归五军都督府管辖。后来各个帝王陵寝设置卫所，都依照这个成例。把山西行都司统辖的各卫军士迁移到北平，设立卫所开展屯田耕种。
永乐元年，裁撤北平都司，设立留守行后军都督府，将大宁都司迁到保定。
第二年，重新规定卫所屯田、戍守的军士数额：靠近边境地势险要的地方，戍守士兵多于屯田士兵；内地平坦偏僻之地，或是地势险要但是粮草运输难以抵达的地方，屯田士兵多于戍守士兵。
永乐七年，设置调军勘合，用勇、敢、锋、锐、神、奇、精、壮、强、毅、克、胜、英、雄、威、猛十六个字，编排一百组编号。皇帝制书敕令调遣军队、派遣将领，勘合字号能够对上，才准许执行命令。
永乐十八年，北京营建完成，南京众多卫所大量调往北京。
宣德五年，朝廷采纳平江伯陈瑄的建议，让卫所官员管理漕运，东南地区的军士从此疲困不堪。
宣德八年，裁减卫军的余丁，正式军士之外，每名军户只留一名余丁，其余全部遣返回乡。没过多久，又因为预备操练的幼丁数量不足，家里有三丁到七八丁的军户，从中选一人服役，其余人听凭他们谋生，由官府供给军装。正式军士如果死亡，就令选留的余丁补入军伍，不再到乡里勾取其他男丁补充军籍。
在这一段时期，都指挥使和布政使、按察使并称为三司，属于镇守一方的封疆大吏。而统兵在外的重臣，文官武官没有固定的任职界限，社会依旧看重武职，军政事务整饬有序。
正德年间以后，武职滥授冒领的现象严重，武官被世人轻视。朝廷内部的兵部、六科给事中，地方的监军、总督巡抚，轮番对武官进行弹劾压制，五军都督府形同多余的摆设，武将帅臣地位低贱如同差役。总兵官到兵部领受敕命，都要下跪行礼；偶尔有人只行长揖之礼，就会被指责不合礼法。到明朝末年，卫所的军士，哪怕一个普通生员都可以随意役使。武官地位一再被轻视，军力日渐衰弱，再加上军丁被隐匿侵占、军额虚浮冒领等种种弊害，以至于整个天下的军队，都不能够胜任作战防守的任务，明朝就此灭亡。
崇祯三年，范景文以兵部侍郎的身份驻守通州，上书进言：“按照祖宗旧制，内地边境，卫所如同棋子一样遍布天下，军户隶属于卫，依靠屯田供养军队。后来这套制度遭到破坏，正式军户之外招募百姓充当士兵；屯田之外又向百姓征收赋税充当军饷。使得在册的军户，既不能上阵冲锋，甚至连披甲作战的军人都算不上。陛下大力整顿各项政务，怎么可以让确定数额的军籍变得无从核查，有用的军饷消耗去向不明？”于是分条上奏清查整顿的数件事宜，最终没有得以推行。
当初，洪武二十六年核定全国的都司卫所，总计都司十七个，留守司一个，京城内外卫三百二十九个，守御千户所六十五个。等到明成祖在位二十多年，卫所多有增设改动。之后各地设置变化不一，现将名称分列于下文，用来供后人考证参考。
上十二卫
金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫、锦衣卫、旗手卫。
五军都督府所属卫所
左军都督府
在京
（本府在京所属卫，凡是永乐十八年调往北京驻守的，都在卫名下面标注“调北京”，不再重复写调迁年月，后面四个都督府体例相同）留守左卫（调北京）、镇南卫（调北京）、水军左卫、骁骑右卫（调北京）、龙虎卫（调北京）、英武卫、沈阳左卫（调北京）、沈阳右卫（调北京）。
在外
浙江都司
杭州前卫、杭州右卫、台州卫、宁波卫、处州卫、绍兴卫、海宁卫、昌国卫、温州卫、临山卫、松门卫、金乡卫、定海卫、海门卫、盘石卫、观海卫；海宁千户所、衢州千户所、严州千户所、湖州千户所。
辽东都司
定辽左卫、定辽右卫、定辽中卫、定辽前卫、定辽后卫、铁岭卫、东宁卫、沈阳中卫、海州卫、盖州卫、金州卫、复州卫、义州卫、辽海卫、三万卫、广宁左屯卫、广宁右屯卫、广宁前屯卫、广宁后屯卫；广宁中护卫，后来改为屯卫。
山东都司
青州左护卫，后来改为天津右卫；青州护卫，裁撤；兖州护卫，裁撤；兖州左护卫，后来改为临清卫；登州卫、青州左卫、莱州卫、宁海卫、济南卫、平山卫、德州卫，后来改隶属于后军都督府；乐安千户所，后来改名武定千户所，隶属于后军都督府；胶州千户所、诸城千户所、滕县千户所。
右军都督府
在京
虎贲右卫（调北京）、留守右卫（调北京）、水军右卫、武德卫（调北京）、广武卫。
在外
云南都司
云南左卫、云南右卫、云南前卫、大理卫、楚雄卫、临安卫、景东卫、曲靖卫、金齿卫、洱海卫、蒙化卫；马隆卫，改设为云南右护卫，之后裁撤；平夷卫、越州卫、六凉卫；鹤庆千户所，裁撤。
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