洪武三年正月，朝廷派遣使者祭祀高丽国内的山川。同年，向高丽颁布科举诏令，王颛上表谢恩，进贡土特产，并且上交元朝授予他的金印。中书省上奏说：“高丽进贡的使者，大多携带私货来中原经商，应当征税；又大量带走中国的物品出境，最好加以禁止。”皇帝都没有准许。洪武五年，王颛上表请求派遣子弟进入太学读书。皇帝说：“入学读书固然是好事，但是渡海路途遥远，不愿意来的不要强迫。”贡使洪师范、郑梦周等一百五十多人来京城，船只遭遇大风沉没，三十九人淹死，洪师范也在其中。皇帝怜悯遇难之人，派遣前元朝枢密使延安答里前去晓谕高丽，不必频繁进贡。但是王颛又派遣门下赞成事姜仁裕前来进贡马匹，庆贺元旦的使者金湑等人也已经抵达京城，皇帝把使者全部遣送回国。皇帝对中书省大臣说：“高丽进贡太过频繁，既拖累他们国内百姓，渡海又有翻船溺亡的危险。应当遵循古代诸侯的礼制，三年朝聘一次。贡品只出产本地物产，不要过分奢华。明确把我的意思告知他们。”
洪武六年，王颛派遣金甲两等人进贡五十匹马，路上死掉两匹，金甲两如实上报。等到进献的时候，他用自己私人的马匹补足数量。皇帝厌恶他不诚实，拒绝接收贡品。洪武七年，高丽派遣监门护军周谊、郑庇等人进贡，上表请求每年进贡一次，进贡路线走陆路，经过定辽，不再渡海；贡文里写贡品是“送交太府监”。中书省上奏：“元朝有太府监，本朝没有这个机构，这种说法不诚恳。”皇帝下令退回贡品。同年，王颛被权臣李仁人弑杀。王颛没有儿子，把宠臣辛肫的儿子辛禑收为养子，于是李仁人拥立辛禑为王。
洪武八年，辛禑派遣判宗簿事崔原来京城报丧，并且说之前贡使金义杀死朝廷使者蔡斌，如今新王辛禑已经诛杀金义，抄没他的家产。皇帝怀疑他说谎，扣留崔原，另外派遣使者前往吊唁祭祀。洪武十年，高丽使者前来，请求给已故国王王颛追加谥号。皇帝说：“王颛被杀已经很久，现在才请求谥号，是想要借朝廷的名义安抚百姓，掩盖弑君的恶行，不能准许。之前扣留的使者，放他回去。”于是释放崔原回国。同年夏天，辛禑又派周谊进贡马匹和土特产，朝廷拒不接受。冬天，高丽又派遣使者，祝贺第二年元旦。皇帝说：“高丽国王王颛被臣子杀害，奸臣把持国政，按照《春秋》大义，弑君的乱臣必须诛杀，还有什么好说。但是前后使者都说是新王所派，中书省应当派人前去查问：新王能不能自主，政令是不是由他发出。如果政令和从前一样，新王没有被权臣控制，那就按照先王的请求，每年进贡一千匹马；明年进贡黄金一百斤、白银一万两、良马一百匹、细布一万匹，同时把扣押在辽东的中原百姓全部送回，这样才能证明王位是真的、政令能通行，我才不再疑虑。不然，就是一群弑君贼人，必定征讨，绝不赦免。”
洪武十一年四月，辛禑再次派周谊前来进贡。洪武十二年，皇帝敕令辽东守将潘敬、叶旺等人严密整顿边防。同年冬天，辛禑派遣李茂芳等人进贡，因为贡品不符合约定，朝廷拒绝接收。洪武十三年，辽东把高丽使者周谊送到京城，皇帝敕令潘敬等人：“高丽有弑君的恶行，又杀害朝廷使者；之前坚持请求进贡，却屡次不遵守约定。如今派周谊前来，只用虚文掩饰欺诈，将来一定会成为边境祸患。从今以后，凡是高丽使者前来，一律拒绝往来。”于是把周谊扣留在京城。洪武十六年高丽前来进贡，朝廷拒绝，命令礼部斥责他们进贡逾期、陪臣轻慢无礼的罪责；如果真心想要遵守约定，就要把前面五年拖欠的贡品一并送来。洪武十七年六月，辛禑派遣司仆正崔涓、礼仪判书金进宜进贡两千匹马，并且上表说黄金不是本国出产，愿意用马匹代替，其余贡品全部遵照约定。辽东守将唐胜宗替高丽求情，皇帝准许。但是辛禑请求为王颛赐谥号、自己承袭王位，没有得到准许。
洪武十八年正月，贡使抵达京城。皇帝对礼部大臣说：“高丽多次请求定下贡期，我多次没有应允，但是他们不停上奏，所以索要岁贡，用来试探他们的诚心，不是贪图这些财物。如今他们愿意遵从约束，应当减少贡品数额，让他们三年进贡一次，每次进贡五十匹马，到洪武二十一年元旦再进贡。”同年七月，辛禑上表请求承袭王位，同时请求给先王赐谥号。皇帝下诏册封辛禑为高丽国王，赐已故王颛谥号恭愍。
洪武十九年二月，辛禑派遣使者进贡一万匹布、一千匹马。九月，上表祝贺，进贡土特产。之后高丽进贡常常超过定额，也没有遵守三年一贡的约定。冬天，皇帝下诏，命令指挥佥事高家奴带绮布到高丽买马。洪武二十年三月，高家奴回国，禀报高丽上表，愿意不收马钱。皇帝下令如数支付马价。早先元朝末年，辽沈战乱，百姓逃难，迁徙到高丽。这次借着买马的机会，皇帝命令高家奴索回流民，高丽送回辽、沈流民三百多人。十二月，皇帝命户部发文告知高丽国王：铁岭以北、东西一带，从前属于开元的土地，归辽东管辖；铁岭以南，从前属于高丽的土地，由高丽治理。各自严守疆界，不许互相侵犯越界。
洪武二十一年四月，辛禑上表说，铁岭一带土地世代属于高丽，请求照旧归本国管辖。皇帝说：“高丽自古以来以鸭绿江为边界，如今编造说辞争夺铁岭，欺诈之心十分明显。把我的话告知他们，安分守己，不要挑起事端。”同年八月，高丽千户陈景前来归降，禀报：这年四月，辛禑想要进犯辽东，命令都军相崔莹、李成桂在西京修缮军备。李成桂派陈景驻守艾州，因为粮草供应不上退兵。国王发怒，杀死李成桂的儿子。李成桂回兵攻破王城，囚禁国王和崔莹。陈景害怕被牵连，所以前来投降。皇帝敕令辽东严加防备，派人打探高丽内情。十月，辛禑请求传位给他的儿子辛昌。皇帝说：“之前听说国王被囚禁，这一定是李成桂的计谋，暂且静观变化。”
洪武二十二年，代理国事的辛昌上奏请求入朝，皇帝不准许。同年，李成桂废掉辛昌，拥立定昌国院君王瑶。洪武二十三年正月，高丽派人来京城禀报这件事。洪武二十四年三月，朝廷下诏到高丽买马。八月，代理国事的王瑶送来所买的一千五百匹马。皇帝说：“三韩君臣悖逆作乱，已经二十四年。如今王瑶继位，是王氏后裔，应当派遣使者慰劳。”十二月，王瑶派儿子王奭入朝，祝贺第二年元旦。王奭还没有回国，李成桂就自立为王，掌控高丽，王瑶被放逐到原州。王氏从五代开始传承数百年的高丽国，到此断绝。
洪武二十五年九月，高丽知密直司事赵胖等人，带着国都评议司的奏疏上奏：“我国自从恭愍王去世，没有子嗣，权臣李仁人拥立辛肫的儿子辛禑主持国事。辛禑昏庸残暴、喜好杀戮，甚至想要起兵侵犯边境，大将李成桂认为不可，带兵折返。辛禑自知罪责深重，惶恐不安，传位给儿子辛昌，国内百姓不服，恳请恭愍王妃安氏挑选宗亲王瑶暂理国事。到现在已经四年，王瑶昏聩，听信谗言，残害功臣旧臣；他的儿子王奭愚钝不明事理，国人都认为王瑶不配主持国家大事。如今奉安氏的命令，把王瑶送回私宅。王氏子孙当中，没有能让天下人信服的人选，朝野人心全都归附李成桂。我们和国内父老共同推举李成桂主持国事，恳请圣主准许。”皇帝认为高丽远在东方海角，不是中原可以直接管控的，命令礼部发文告知：“如果李成桂能够顺应天道、契合民心，不挑起边境争端，两国使者正常往来，就是你们国家的福气，我又何必出兵讨伐。”同年冬天，李成桂听说皇太子去世，派遣使者上表吊唁，同时请求更改国号。皇帝下诏，沿用古名，定国号为朝鲜。
洪武二十六年二月，李成桂派遣使者进贡九千八百多匹马，朝廷下令运送纻丝、绵布一万九千七百多匹作为酬谢。六月，李成桂上表谢恩，进贡马匹、土特产，同时上交之前恭愍王的金印，请求把自己的名字改成李旦。皇帝准许。同月，辽东都指挥使司上奏：朝鲜引诱五百多名女真人，偷偷渡过鸭绿江，打算入侵。朝廷于是派遣使者送去敕令，向李旦讲明祸福。李旦接到敕令，惶恐谢罪，献上贡品，并且把逃亡的军民三百八十人戴上枷锁送到辽东。
洪武二十七年，李成桂（旦）派遣儿子入朝进贡。二十八年，派遣使者柳珣前来祝贺次年元旦。明太祖因为他的表文言辞轻慢，下旨诘问斥责。柳珣说表文是门下评理郑道传撰写的，太祖于是下令捉拿郑道传，放柳珣回国。二十九年，朝鲜送来撰写表文的郑总等三人，上表说表文实际是郑总等人写的，郑道传生病没法执笔。明太祖认为郑总等人挑起两国嫌隙、扰乱邦交，就把他们扣留，不让回国。三十年冬天，又因为表文有讥讽冒犯的话，扣押了朝鲜使者。建文初年，李成桂上表说自己年老，请求让儿子李芳远继承王位，朝廷准许了。
明成祖即位后，派遣官员颁布即位诏书。永乐元年正月，李芳远遣使入朝进贡。四月又派陪臣李贵龄入贡，上奏说父亲李成桂生病，需要龙脑、沉香、苏合、香油这类药材，带着布匹想在中国购买。成祖命太医院直接赏赐药材，把布匹退还给他。李芳远上表谢恩，趁机请求赐予冠冕礼服、典籍。成祖赞许他仰慕中原礼法，赐给金印、诰命、冕服、九章礼服、圭玉、佩玉；赐王妃珠翠七翟冠、霞帔、金坠，以及儒家经籍、各色锦缎布匹。从此以后，朝鲜每年前来进贡四五次。
永乐二年十二月，朝廷下诏依从李芳远的请求，立他的儿子李禔为世子。永乐五年十二月，朝鲜进贡三千匹马送到辽东，成祖命户部运送一万五千匹绢布作为酬答。永乐六年，世子李禔前来朝见，朝廷赏赐织金绮罗。等到他回国时，成祖亲自写诗赐给他。当时朝鲜进献女子入后宫，被封为妃嫔的有四人。这年秋天，朝鲜派陪臣郑擢来报告李成桂去世的消息。朝廷派官员吊祭，赐谥号康献。
永乐十六年，李芳远上奏说世子李禔品行不佳，第三子李祹孝顺友爱、勤学，深得国人拥戴，请求改立为继承人；成祖下诏让他自己抉择。李芳远上表谢恩，又说自己年老，请求让李祹主持国政。朝廷派光禄少卿韩确、鸿胪丞刘泉册封李祹为朝鲜国王。这时成祖已经迁都北京，朝鲜距离京师更近，侍奉明朝的礼节更加恭敬，明朝也格外优待朝鲜，这是其他国家比不上的。
永乐二十年，李芳远去世，赐谥号恭定。二十一年七月，李祹请求立嫡子李珦为世子，朝廷准许。此前成祖曾下令让李祹进贡一万匹马，到这时如数送到，朝廷赏赐白银、绮绢。
宣德二年三月，明宣宗派宦官赏赐白银、纻纱，另外下敕令让朝鲜进贡五千匹马，供给边防使用。九月马匹如数送到。宣德四年，宣宗赐书信给李祹：“珍奇的飞禽异兽，不是朕看重的东西，不要再进献。”后来又下敕给李祹：“金玉制作的器物，不是你们国家出产的，应当停止进贡，只献上本土物产来表达诚心就够了。”正统八年，李祹上奏，请求派遣本国子弟前往太学或者辽东的学校求学，明英宗没有准许，赐给他《五经》《四书》《性理大全》《通鉴纲目》等典籍。
正统元年三月，朝廷放朝鲜妇女金黑等五十三人返回本国。金黑等人从宣德初年来到京师，到这时派遣宦官护送回国。正统三年八月，赐给李祹远游冠、绛纱袍、玉佩、赤舄。在此之前，建州酋长童仓躲避灾祸居住在朝鲜境内，后来又回到建州。朝鲜上奏说：“当初童仓因为走投无路前来依附臣下，臣待他很好。如今他忘恩逃回建州李满住的驻地，臣担心他和李满住合谋侵扰边境。”建州酋长则上奏说，自己的部众被朝鲜追杀，有一百七十多家被扣留。正统五年，英宗下诏命令李祹把这些人送还建州。正统七年五月，晓谕李祹说：“鸭绿江一带的东宁等卫，紧邻你的国境，有很多奸细逃到你的国中，或是被你的国人引诱胁迫而去。不管是汉人还是女真人，一旦抓到，就送到京师。”早先，瓦剌暗中命令女真各部引诱朝鲜，让朝鲜背叛明朝。李祹拒绝了瓦剌，并且把这件事上报朝廷。英宗赞许他的忠心，下敕嘉奖他，还赏赐彩帛。正统九年春天，倭寇侵犯朝鲜边境，李祹命令将领擒获五十多名倭寇，戴上枷锁送到京师。正统十年，又抓获残余倭寇进献。英宗接连下敕褒奖，赏赐的财物等级有所增加。正统十三年冬天，朝廷派遣使者调发朝鲜以及野人女真的军队，在辽东会合，征讨北方敌寇。不久，明英宗在土木堡被俘，郕王即位，派遣官员到朝鲜颁布即位诏书。
景泰元年，朝鲜进贡马匹五百匹。李祹上奏说，原本奉敕准备进贡马匹二三万匹，但是恰逢邻敌挑起战乱，马匹牲畜大量死亡，一时间没办法凑齐。明代宗下诏说：“敌寇现在稍稍平息。已经送到的马匹，按价补偿；还没有送来的，停止进贡。”这年夏天，李祹去世，朝廷派人吊唁祭祀，赐谥号庄宪，册封他的儿子李珦为朝鲜国王。恰逢辽东上奏，开原、沈阳有敌寇入境掳掠人口牲畜，是建州、海西、野人女真的头目李满住等人充当向导。于是朝廷晓谕李珦，让他和明军互相配合，夹击截杀敌寇。这年秋天，朝鲜继续进贡马匹一千五百多匹。朝廷赐给李珦冕服，并且按价补偿马钱。冬天，又赐给李珦以及王妃权氏诰命，册封他的儿子李弘暐为世子。景泰二年冬天，因为建州头目暗中和朝鲜往来，朝廷告诫李珦断绝和建州的使者往来。景泰三年秋天，李珦去世，朝鲜前来报丧。朝廷派遣宦官前去吊唁祭祀，赐谥号恭顺，命令李弘暐继承王位。李弘暐即位三年，因为年纪幼小，又常年患有旧疾，请求让叔父李瑈暂时代理国事。景泰七年，李弘暐上表请求退位，于是朝廷册封李瑈为国王。李瑈请求立儿子李暲为世子，朝廷准许。
天顺三年，边疆将领上奏，建州三卫的都督私下和朝鲜结交，恐怕成为明朝的祸患。于是英宗下敕告诫李瑈，不要做出不守法度的事，以免日后后悔。李瑈上疏辩解，英宗又晓谕他说：“宣德、正统年间，因为你的国家和建州互相攻伐掳掠，朝廷下敕让双方解除仇怨、停止战争，原本并没有允许你们互通往来、赏赐财物、授予官职。他们已经接受朝廷的官职，大王又另外给他们封赏授官，这是和朝廷分庭抗礼。大王一向恪守礼义，为什么还要文过饰非？今后应当断绝私下交往，保全美好的名声。”天顺四年，又晓谕李瑈说：“大王上奏说毛怜卫都督郎卜儿哈串通谋划作乱，已经将他正法。国法只能在本国境内施行，怎么能用在邻国境内？郎卜儿哈有罪，应当上奏朝廷，由朝廷处置。如今你擅自将他杀害，难怪他的儿子阿比车想要复仇。听说阿比车的母亲还在朝鲜，你要尽快把她送到辽东都司，交给阿比车领回，以此化解仇怨。”天顺五年，建州的野人来到义州劫掠杀戮，李瑈上奏请求朝廷下令归还被掳走的人和财物。兵部商议之后说：“朝鲜先前引诱杀害郎卜儿哈，之后又引诱都指挥兀克，放任士兵掳掠兀克的家人。如今野人前来，实际是复仇。应当告知朝鲜，敌寇前来，都是自找的，只要安分守法，或许可以平息边境争端。”英宗采纳了这个意见。
成化元年冬天，朝鲜陪臣李门炯前来朝见，在途中去世。朝廷下令供给棺木，赐祭，还赏赐彩帛慰问他的家人。当时朝鲜频繁进贡奇异宝物，成化三年春天，宪宗下敕晓谕李瑈，只按常规进贡，不要再搜罗珍奇异物。这时朝廷出兵征讨建州女真，下敕命令李瑈出兵协助进剿。李瑈派遣中枢府知事康纯率领一万多士兵渡过鸭绿江、泼猪江，攻破九狝府各处寨堡，斩杀俘获很多敌人。
成化四年正月，李瑈派遣官员前来进献俘虏。宪宗下诏给予优厚赏赐，下敕褒奖。这一年，李瑈去世，赐谥号惠庄。朝廷派遣太监郑同、崔安册封世子李晄为国王，赐给王妃韩氏诰命。使者出发之后，巡按辽东御史侯英上奏说：“辽东连年遭受敌寇侵扰，创伤还没有平复，今年庄稼又歉收，军民缺少粮食。太监郑同一行人随从人员众多，沿途驿站深受骚扰。臣查考旧例，以前常常从翰林院挑选有学问、品行声望好的官员出使外国。如今郑同、崔安都是朝鲜人，祖坟宗族都在朝鲜，见到朝鲜国王，难免屈身迁就，十分有损明朝的国体。恳请停止这次任命，从翰林院、给事中、行人当中挑选一员出使。”宪宗说：“侯英说得很对。从此以后，赏赐财物可以派遣内臣，册封的正副使者，要挑选朝中品行学问兼备的大臣。”
成化六年，李晄病重，因为自己的儿子年纪太小，命令已故世子李暲的儿子李娎暂时代理国事，派遣陪臣上报朝廷。等到李晄去世，赐谥号襄悼，命令李娎继承王位，李娎的妻子韩氏被封为王妃。成化十年，依从李娎的请求，追封李娎的父亲、已故世子李暲为国王，谥号怀简，母亲韩氏为王妃。
成化十一年四月，李娎上奏，建州野人纠合毛怜等卫不停侵扰边境，请求朝廷下令训诫制止。成化十二年十月，李娎为继妻尹氏请求册封，朝廷赐给诰命、冠服。当时朝廷禁止外国买卖兵器，李娎上奏说：“小国北面连接野人，南面靠近倭国海岛，各类兵器缺一不可。制作弓需要的牛角，要仰仗天朝供给。高皇帝的时候曾经赐给我国火药、火炮，恳请准许我国购买牛角，不要和其他外藩一样一并禁止。”兵部商议，允许每年购买牛角五十副；后来朝鲜说不够使用，请求不限数量，宪宗下诏准许加倍购买。
成化十五年十月，朝廷命令李娎出兵，和明军夹击建州女真。李娎于是派遣右赞成鱼有沼率兵抵达满浦江，因为河面结冰，错过了约定时间。之后又派遣左议政尹弼商、节度使金峤等人渡江进剿。成化十六年春天，李娎派遣陪臣前来报捷，宪宗命令宦官带着敕书嘉奖他能够继承前人忠顺，赏赐金币，领兵的官员按惯例赏赐。明朝使者回国的时候，朝鲜派遣大臣许熙护送。许熙走到开州，两千名建州骑兵半路截击，掳走随从三十多人、马二百三十多匹，其他损失财物数量与此相当。消息上报朝廷，英国公张懋、吏部尚书尹旻等人认为辽东连年用兵，不宜轻易再动大军，应当把这个意思告知李娎。宪宗下敕命令辽东守将整顿边防，同时让翻译追查被掳走的人和财物，务必追回，另外赏赐许熙白银、彩帛安抚他。
成化十七年，李娎上奏，继妃尹氏德行败坏，已经废黜，请求册封侧室尹氏。朝廷准许。成化十九年四月，册封李娎长子李㦕为世子。
弘治七年十二月，李娎去世，赐谥号康靖。第二年四月，册封李㦕为国王，妻子慎氏为王妃。弘治十二年，李㦕上奏：“我国百姓屡次有人违禁躲藏在海岛，引诱明朝军民前来，渐渐蔓延。恳请准许我国自行搜捕。如果是天朝境内的人，请求下令当地官员追捕。”当时辽东守臣上奏的内容和李㦕所说一致，朝廷答复准许。弘治十五年冬天，册封李㦕的长子为世子。
正德二年，李㦕因为世子夭折，悲痛生病，上奏请求把国事托付给弟弟李怿，朝鲜国内大臣也上奏请求册封李怿。礼部商议，让李怿暂时代理国事，等李㦕去世之后再正式册封。不久，朝鲜陪臣卢公弼等人前来朝贡，再次请求册封李怿，朝中大臣商议之后没有准许。十二月，李㦕的母妃上奏，说李怿年长贤明，可以托付国政。于是礼部上奏：“李㦕因为重病辞位，李怿作为亲弟接受托付，交接清晰，兄弟友爱，全国臣民都没有异议，应当依从他们的请求。”明武宗于是准许李怿继位，派遣宦官带着敕书册封，赐给他的王妃尹氏诰命。当初李成桂自立为王的时候，和宰相李仁人本不是同族。永乐年间，朝廷下发祭祀山川的祝文，称李成桂是李仁人的儿子，《皇明祖训》里面也记载李仁人的儿子李成桂，改名李旦。后来李成桂的儿子李芳远上奏申辩，明太宗准许改正。到这时编纂《大明会典》，仍然沿用《皇明祖训》里旧的说法记载朝鲜。朝鲜贡使买到《会典》带回本国，李怿上疏详细陈述本国世系，申辩先祖没有弑君作乱的事，请求改正。礼部商议：“《会典》主要记载本朝制度，涉及外国的内容，有疑点的地方，原本就简略记载。况且李成桂得到王位，是太祖高皇帝准许的，他不是李仁人的后人，太宗皇帝的诏书可以作证，应当依从他的请求。”武宗下诏说：“可以。”
正德十五年冬天，朝廷派遣宦官册封李怿的儿子李峼为世子，赏赐李怿金银、丝帛、珠玉，命令他搜罗奇珍异物以及童男童女进献。正德十六年，明世宗即位，礼官上奏说：“天子刚刚登基，应当端正明朝的国体，杜绝外藩轻慢朝廷的开端。请告知李怿，索要童男童女并不是朝廷本意，召回宦官，不要索取贡品。”世宗采纳。
嘉靖二年八月，李怿送来俘获的倭寇进献，同时送还被掳走的八名明朝百姓。朝廷赏赐白银、锦缎。
嘉靖八年八月，朝鲜陪臣柳溥上奏：我国始祖李旦是全州人。二十八世祖李瀚，在新罗担任司空。新罗灭亡之后，六世孙李兢休进入高丽。十三世孙李安社，在元朝担任南京千户所达鲁花赤。元朝末年战乱兴起，李安社的曾孙子李春和儿子李成桂向东迁徙避难。至正辛丑年，也就是恭愍王十年，红巾军攻入朝鲜，李成桂击败叛军立下功劳，被授予武班官职，当时还没有名气。恭愍王没有子嗣，暗中收养宠臣辛肫的儿子辛禑作为儿子，后来恭愍王被宠臣洪伦、宦官崔万生杀害。权臣李仁人诛杀洪伦、崔万生，拥立辛禑，提拔李成桂为门下侍中。辛禑命令李成桂出兵侵犯辽东，李成桂不肯服从，回师国内。辛禑害怕，传位给儿子辛昌。辛昌因为出身伪姓被废，又拥立王氏后裔定昌君瑶，把李仁人流放外地。瑶后来行事无道，国人拥戴李成桂，向高皇帝请求，立李成桂为王，改名李旦，把瑶安置在别的府邸供养，直到终老，李成桂从来没有弑君。永乐、正德年间多次上奏请求更正记载，都得到准许，但是《会典》一直没有改过来。如今重修《会典》，恳请为先祖昭雪。世宗下诏，把这份奏疏交给史馆，编纂的时候订正。
嘉靖十八年二月，睿宗神主祔入太庙，配享明堂的典礼完成，李怿上表祝贺。世宗特意在奉天门接见朝鲜使者，在礼部设宴款待。
嘉靖二十三年冬天，李怿去世。嘉靖二十四年正月，朝鲜报丧，赐谥号恭僖。世宗下诏立他的儿子李峼。李峼即位不到一年就去世，赐谥号荣靖。九月，李峼的弟弟、代理国事的李峘派遣使者前来感谢吊唁、赐谥，请求承袭王位，朝廷准许。
嘉靖二十五年，李峘把漂流到朝鲜的六百多名海外番人送到边境，朝廷赏赐金币。嘉靖二十六年正月，李峘送来咨文说：“福建百姓原本很少渡海来到我国，他们是去日本经商，被大风刮来，前后一共抓到一千多人，这些人都携带兵器货物，以至于明朝火炮落到倭寇手里，恐怕会引发战乱。”世宗下诏：“近年沿海奸民违禁出海，福建尤其严重，常常被外国俘获，有伤国体。命令巡按御史核查弹劾海道官员。同时赏赐国王白银丝帛，表彰他的忠心。”
嘉靖三十一年冬天，李峘上奏，洪武、永乐年间赐给朝鲜的乐器已经破损，请求朝廷赐予律管，另外请求派遣乐官到京师学习校正乐律，朝廷准许。
嘉靖三十五年五月，有四艘倭寇船只从浙江、南直隶战败返航，被风吹到朝鲜境内。李峘派兵围剿，全歼倭寇，救出被掳的明朝百姓以及依附倭寇的三十多人，趁着进贺冬至的机会送来京师。世宗下玺书褒奖。嘉靖三十八年十一月，李峘上奏：“今年五月，二十五艘倭寇战船抵达海岸，臣命令将领李鐸等人，几乎将倭寇全部剿灭，救出明朝百姓陈春等三百多人，其中抓到给倭寇带路的向导陈得等十六人，全部送到京师。”世宗再次下敕奖励，厚赏白银丝帛，李鐸等人也按等级赏赐。
嘉靖四十二年九月，李峘再次上书申辩先祖不是李仁人的后人，如今重修《会典》虽然已经订正，恳请把始祖李旦、李春的名字正式记载进去。世宗命令把他们的名字附录在《会典》之中。
隆庆元年六月，朝廷派遣官员到朝鲜颁布隆庆即位诏书。当时隆庆帝将要去太学，朝鲜使者请求留下来观看典礼，朝廷准许。这年冬天，李峘去世，赐谥号恭宪，命令他的侄子李昖承袭王位。
万历元年正月，给穆宗上尊谥、两宫太后徽号的典礼完成，李昖上表祝贺，进献特产和马匹。当时李昖多次请求赐给《皇明会典》，为他的先祖康献王李旦洗雪冤屈。万历十六年正月，《会典》修成，恰好朝鲜贡使愈泓在京城，请求领受这部书，完成之前的请求，朝廷准许。万历十七年十一月，朝鲜陪臣奇芩等人入朝庆贺冬至，上奏说，今年六月，大琉球国船只遭遇大风漂到朝鲜海岸，船上男女应当送到京师，再给文书遣送回国，朝廷准许。
万历十九年十一月，李昖上奏，倭酋关白平秀吉扬言第二年三月前来进犯。神宗下诏，命令兵部整顿海防。平秀吉，是萨摩州人，最初跟随倭国关白信长。后来信长被部下刺杀，秀吉接管信长的军队，自号关白，胁迫六十多个州归降。朝鲜和日本对马岛隔海相望，时常有倭人往来贸易。万历二十年夏天五月，秀吉分派将领行长、清正等人率领水军逼近釜山镇，悄悄渡过临津江。当时朝鲜长久太平，士兵不熟悉战事，李昖又沉迷酒乐，边防松懈，倭寇突然发难，朝鲜军队望风溃散。李昖舍弃王城，命令次子李珲代理国事，逃往平壤。不久，又逃到义州，请求归附明朝。七月，兵部商议，让李昖驻守险要之地，等待明军；号召全国百姓勤王，谋划收复国土。这时倭寇已经攻入王京，毁坏王陵，掳走王子、大臣，劫掠府库，朝鲜八道几乎全部沦陷，倭寇早晚就要渡过鸭绿江，求援的使者接连不断来到明朝。朝中大臣商议，朝鲜是明朝的藩篱，必须出兵救援。派遣行人薛潘告知李昖复国大义，扬言说十万大军马上就到。但是倭寇已经抵达平壤，朝鲜君臣更加恐慌，出城躲避到爱州。游击史儒率领军队抵达平壤，战死。副总兵祖承训带兵渡过鸭绿江支援，只身逃脱。朝廷震动，任命宋应昌为经略。八月，倭寇攻入丰德等郡，兵部尚书石星无计可施，商议派人前去探查，嘉兴人沈惟敬主动应募。沈惟敬，原本是市井无赖。这时秀吉驻扎在对马岛，分派行长等人把守要害作为后援。沈惟敬到平壤，对行长礼数极其谦卑。行长哄骗他说：“天朝如果按兵不动，我们不久就会退兵，以大同江为界，平壤以西全部还给朝鲜。”沈惟敬把这话传回朝廷。朝臣商议，倭寇的诡计不可信，催促宋应昌进兵。但是石星很相信沈惟敬，上奏任命他为游击，派到军中，并且请求拿出金银用来离间倭寇。十二月，任命李如松为东征提督。第二年正月，李如松率领各路将领进军，在平壤大胜。行长渡过大同江，逃回龙山。朝鲜丢失的黄海、平安、京畿、江原四道全部收复，清正也逃回王京。李如松取胜之后，带着轻骑直奔碧蹄馆，战败，退守开城。详细经过记载在《李如松传》里。
当初李如松誓师的时候，想要斩杀沈惟敬，听参军李应试劝说才作罢。这次战败之后，李如松士气低落，宋应昌急于求成，倭寇也缺粮，有退兵的想法，于是封贡的提议兴起。宋应昌收到倭寇写给沈惟敬的书信，于是命令游击周弘谟和沈惟敬一起去告知倭寇，交出王京、放回王子，明军就如约放他们回去。倭寇果然在四月放弃王城逃走。汉江以南一千多里的朝鲜故土重新收复，兵部上奏，应当让国王回国驻守，明朝各路军队长期在外作战疲惫，依次撤回为宜。神宗下诏准许。宋应昌上疏说：“釜山虽然靠海，仍然属于朝鲜境内。如果倭寇看到我们撤兵，突然再次入侵，朝鲜抵挡不住，之前的功劳就全部白费。现在派兵协同防守是上策，就算商议撤兵，也应当暂缓，等倭寇全部回国，酌情留下军队戍守。”兵部商议，留下江浙士兵五千人，分驻险要地方，同时告知李昖整顿训练本国军队，不要只依靠外援。不久沈惟敬从釜山回来，带着倭使前来求和，但是倭寇随即进犯咸安、晋州，逼近全罗道，声称要重新占据汉江以南，以王京、汉江为边界。李如松认为全罗道土地肥沃，南原府更是咽喉要道，于是命令众将分守要害。不久倭寇果然分路进攻，明军都有斩获。兵科给事中张辅之、辽东都御史赵耀都上奏，不可以轻易接受倭寇封贡求和。七月，倭寇从釜山转移到西生浦，送回朝鲜王子和大臣。当时明军长期在外，听到撤兵的消息，军心难以长期稳住。宋应昌请求留下刘綎的川兵、吴惟忠、骆尚志等人的南方士兵，加上蓟州、辽东的军队一共一万六千人，交由刘綎部署，驻守尚之大丘，每月军饷五万两，由户部、兵部供给。在此之前，朝廷拿出国库银两供给军费，已经耗费上百万。朝臣上奏，掏空内地财力支援边疆不是长久之计，请求让留下的川兵由刘綎训练，军饷由朝鲜自行筹办。于是神宗下诏撤回吴惟忠等人的部队，只留下刘綎的军队防守。让朝鲜世子临海君李珒驻守全罗、庆尚一带，任命顾养谦为经略。九月，李昖因为三都收复，国土光复，上表谢恩。但是当时倭寇仍然占据釜山。石星一心主张议和。九月，兵部主事曾伟芳上奏：“关白秀吉主力已经回国，行长留在釜山等候。知道我军没有全部撤走，不敢贸然进攻。他想要回去禀报秀吉卷土重来，但是海上风向不利，又苦于寒冬。所以议和他们也要走，不和议他们也要走。沈惟敬之前在倭营谈判的时候，咸安、晋州紧跟着就陷落。现在朝廷指望议和换来来年不被攻打，急于议和，恰恰是催促倭寇再来。所以议和倭寇会来，不和议倭寇也会来。应当让朝鲜自己防守，抚恤阵亡将士家属，练兵积粮，谋求自强。”神宗认为说得很对，下敕反复告诫李昖。
万历二十二年正月，李昖派遣金晬等人进献特产谢恩。礼部郎中何乔远上奏：“金晬哭着说倭寇猖獗，朝鲜百姓被杀害的有六万多人。倭人的言辞傲慢无礼，沈惟敬和倭寇私下往来，不说和亲，只说是请求投降。臣把万历十九年被掳到倭国的明朝人许仪寄回内地的书信、倭寇回复刘綎的书信，以及多年来应对倭寇的方略呈上，恳请陛下下敕立刻停止封贡的提议。”神宗下诏交给兵部商议。当时朝臣纷纷上奏，都主张停止封贡，专心备战防守。八月，顾养谦上奏讲封贡的方案：进贡道路从宁波入境，册封秀吉为日本国王，命令行长部下倭寇全部撤回，才履行封贡约定。九月，李昖上奏请求准许求和保国。神宗严厉斥责朝中大臣阻挠，剥夺御史郭实等人的官职。下诏让小西飞来京师，召集多名大臣当面商议，定下三条要求：第一，命令倭寇全部撤回本国；第二，只册封，不允许朝贡；第三，发誓永远不侵犯朝鲜。倭使全部答应，消息上报。神宗又在左阙当面训示，言辞反复叮嘱。十二月，封贡的事情定下来，任命临淮侯李宗城为正使，都指挥杨方亨为副使，和沈惟敬一起前往日本，赐给秀吉金印，授予行长都督佥事。
万历二十三年九月，李昖上奏请求立次子李珲为世子。早先，李昖庶长子临海君李珒落入倭寇手中，受惊吓生病；次子光海君李珲收拢流民残兵，立下不少功劳，所以李昖上奏请求立他为世子。礼部尚书范谦上奏，继承国统要遵守长幼次序，不能乱了名分，朝廷没有准许。这次李昖再次上奏，援引永乐年间恭定王的先例请求，礼官坚持原来的意见，没有同意。万历二十四年五月，李昖再次上疏请求立李珲，礼部依旧坚持不可，神宗依从礼部的意见。当时储君未定，朝廷内外人心惶惶，所以尚书范谦三次上疏，坚持反对改换世子。
九月，册封使者抵达日本。在此之前，沈惟敬到釜山，私下把蟒袍、翼善冠、地图、兵书、良马送给秀吉。而李宗城因为贪淫，被倭国守臣驱逐，丢下印信文书连夜逃走。事情上报，神宗下令抓捕审问。于是任命杨方亨为正使，加授沈惟敬神机营官职，担任副使。等到带着册封文书抵达日本，秀吉生气朝鲜王子没有亲自前来道谢，只派两个使者送来白土绸祝贺，不肯接见使者，对沈惟敬说：“当初说好归还两位王子、三位大臣、三都、八道，遵守天朝约定，现在只派低级官员、微薄礼物来祝贺，是羞辱小国，还是羞辱天朝？我暂且留下石曼子的军队驻守釜山，等候天朝处置，之后再撤兵。”第二天，倭国献上贡物，派遣使者带着两道表文，跟着册封使者渡海到朝鲜。朝臣商议，派使者到朝鲜取回表文查验，一道是谢恩表，一道是请求天子处置朝鲜的文书。
当初，杨方亨谎报去年从釜山渡海，秀吉在大阪接受册封，随即回到和泉州。但是倭寇依旧责怪朝鲜，军队照旧驻守釜山，谢恩表迟迟不送出，杨方亨空手回来。这时沈惟敬才交出表文，查验之后发现文书潦草，封面上用丰臣秀吉的印章，不奉明朝正朔，没有臣子的礼节。宽奠副总兵马楝上报，清正率领两百艘战船屯驻机张营。杨方亨这才说出全部实情，把罪责推给沈惟敬，同时呈上石星前后写的亲笔书信。神宗大怒，下令逮捕石星、沈惟敬审问。任命兵部尚书邢玠总督蓟州、辽东军务；改任麻贵为备倭大将军，主管朝鲜战事；佥都御史杨镐驻守天津，整顿防备；杨汝南、丁应泰到军中参谋。
五月，邢玠抵达辽东。行长修建营楼，清正开垦土地，岛上倭寇储备饮水，索要朝鲜地图，邢玠于是下定决心出兵。麻贵从鸭绿江东进，手下士兵只有一万七千人，请求增兵。邢玠认为朝鲜士兵擅长水战，于是上疏请求从四川、浙江募兵，同时调发蓟州、辽东、宣府、大同、山西、陕西的军队以及福建、吴淞水师，刘綎统领川军、汉兵听候调遣。麻贵秘密上报，等宣府、大同的援兵赶到，趁着倭寇没有防备突袭釜山，就可以擒获行长，赶走清正。邢玠认为这是奇计，传令杨元驻守南原，吴惟忠驻守忠州。
六月，几千艘倭船停靠釜山，杀害朝鲜郡守安弘国，渐渐逼近梁山、熊川。沈惟敬带着两百营兵，出入釜山。邢玠表面安抚他，传令杨元突袭抓获沈惟敬，押送到麻贵营中，沈惟敬被捕之后，倭寇的向导就断掉了。七月，倭寇攻占梁山、三浪，攻入庆州，进犯闲山岛。朝鲜统制元均军队溃败，闲山岛失守。闲山岛在朝鲜西部海口，西面屏障南原，是全罗道的外围屏障，一旦失守，沿海没有防备，倭寇可以直接扬帆驶向天津、登州、莱州。明军三千水兵刚刚抵达旅顺，闲山岛失守之后，经略传令防守王京西面的汉江、大同江，扼守倭寇向西进军的道路，同时保护运粮通道。
八月，清正围攻南原，连夜突袭，守将杨元逃走。当时全州守将陈愚衷，距离南原只有一百里，南原告急，陈愚衷不敢出兵救援，听说南原被攻破，弃城逃跑。麻贵派遣游击牛伯英前去支援，和陈愚衷合兵，驻守公州。倭寇于是进犯全罗、庆尚，逼近王京。王京位于朝鲜八道中心，东边有乌岭、忠州阻挡，西边连通南原、全州。自从南原、全州失守，东西两面都是倭寇，明军兵力单薄，于是退守王京，依托汉江天险。麻贵向邢玠提议，放弃王京退守鸭绿江。海防使萧应宫认为不行，从平壤日夜兼程赶到王京阻止他。麻贵派兵驻守稷山，朝鲜也调遣都体察使李元翼从乌岭出兵忠清道，阻挡倭寇兵锋。邢玠亲自赶到王京，人心才安定下来。邢玠召见参军李应试询问计策，李应试问朝廷的方针是什么。邢玠说：“表面作战、暗中议和，表面征剿、暗中安抚，这是内阁定下的八字密令，不能泄露。”李应试说：“那就好办了。倭寇反叛，是因为觉得议和没有指望；他们不杀杨元，还在等着朝廷处置。只要派人告诉他们沈惟敬还活着，他们就会退兵。”于是邢玠派遣李大谏去见行长，冯仲缨去见清正。九月，倭寇抵达汉江，杨镐派遣张贞明拿着沈惟敬的手书前去，责备倭寇擅自出兵，违背等候处置的约定。行长、正成也责怪清正贸然进兵，于是退兵驻扎井邑。麻贵随即上奏，报青山、稷山大捷。萧应宫上奏揭发：倭寇是因为沈惟敬的书信才退兵，青山、稷山根本没有交战，怎么能报捷？邢玠、杨镐大怒，弹劾萧应宫胆怯，没有亲自去劝降沈惟敬，把萧应宫逮捕。
十一月，邢玠征调的各路大军集结完毕，神宗拿出国库银两犒劳军队，赐给邢玠尚方宝剑，派御史陈效监军。邢玠召集众将，把军队分成三协。杨镐和麻贵率领左右二协，从忠州、乌岭向东到东安，直奔庆州，专攻清正。派遣李大谏稳住行长，约定不让他出兵支援清正。又派遣中协驻守宜城，东边支援庆州，西边扼守全罗道。其余军队和朝鲜军队会合，假装攻打顺天等地，牵制行长向东增援。十二月，大军在庆州会合。麻贵先派人送财物给清正假意议和，然后率领大军突袭倭营。当时倭寇屯驻蔚山，城池依山险要，中间一条江水连通釜山营寨，陆路从彦阳通往釜山。麻贵打算专攻蔚山，担心釜山倭寇从彦阳来支援，于是布置很多疑兵，又派兵阻断水路，进逼倭人堡垒。游击摆寨率领轻骑引诱倭寇进入埋伏圈，斩杀四百多人，俘获倭方勇将，乘胜攻下两座营栅。倭寇被烧死无数，逃到岛山，接连修筑三座寨堡。第二天，游击茅国器率领浙兵率先登城，接连攻破堡垒，斩获很多倭寇，倭寇紧闭寨门不出。岛山比蔚山地势更高，石头城墙十分坚固，明军仰攻，伤亡很大。众将商议说：“倭寇水路艰难，粮草难以持续，只要围困他们，不用作战就能活捉清正。”杨镐等人同意这个想法，分兵围困十天十夜，倭寇粮草断绝，假意约定投降，拖延进攻。很快行长的援兵大批赶到，打算绕到明军后方。杨镐来不及下令，骑马向西奔逃，各路军队全部溃散。明军撤回王京，士兵死亡两万。神宗听说之后震怒，罢免杨镐，等候审问，任命天津巡抚万世德接替。详细记载在《杨镐传》。
万历二十六年正月，邢玠因为上一次战役缺少水军，没能取胜，于是增募江南水兵，筹划海运，做长久作战的准备。二月，都督陈璘带领广东兵，刘綎带领四川兵，邓子龙带领浙江、南直隶的军队先后抵达。邢玠把军队分为三协，水陆四路，每路设置大将。中路董一元，东路麻贵，西路刘綎，水路陈璘，各自驻守防区，伺机征剿。当时倭寇也分三处据点：东路清正占据蔚山；西路行长占据粟林、曳桥，修筑好几层营寨；中路石曼子占据泗州。行长的水师轮番运送粮草，往来迅捷。明军约定日期同时进军，不久传来辽阳警报，李如松战死，神宗下诏让董一元回师支援辽阳，中路改由董一元之外的将领统领。
当初丁应泰弹劾杨镐的时候，李昖上奏，请求神宗决断，安抚朝鲜，完成征讨。神宗没有准许。丁应泰曾经把修筑城池作为杨镐的罪状，说如果让朝鲜修成坚固城池，将来会成为明朝隐患，李昖上奏申辩。神宗说：“连年出兵、耗费军饷，是因为你们国家一向忠心顺服，不要因为别人的谗言自我怀疑。”
九月，将士分路进军。刘綎进逼行长营寨，约行长会面谈判。第二天攻城，斩杀九十二人。陈璘水军配合堵截，焚毁倭船一百多艘。行长悄悄派出一千多骑兵拦截，刘綎作战失利退兵，陈璘也弃船撤退。麻贵进军蔚山，斩获不少，倭寇假装撤退引诱他。麻贵进入空营，伏兵四起，明军战败。董一元攻下晋州，乘胜渡江，接连摧毁两座倭寨。倭寇退守泗州老营，明军苦战攻下，进逼新寨。新寨三面临江，一面连通陆地，引海水作为壕沟，上千艘倭船停泊寨下，修筑金海、固城两座营寨作为两翼。十月，董一元派遣将士四面攻城，用火器击碎寨门，士兵争相上前拔除栅栏。忽然营中火药爆炸，浓烟冲天。倭寇趁机冲杀，固城的倭寇也赶来支援，明军大败，逃回晋州。神宗得知，下令斩杀两名游击示众，董一元等人戴罪立功。当月，福建都御史金学曾上报，七月九日平秀吉去世，各路倭寇都有回国的想法。十一月，清正率先乘船撤退，麻贵于是占领岛山、酉浦，刘綎攻下曳桥。石曼子率领水军救援行长，陈璘半路截击，大败敌军。倭寇全部扬帆回国。倭寇祸乱朝鲜七年，明朝和朝鲜损失数十万士兵，耗费数百万军饷，一直没有必胜把握，直到秀吉死去，战祸才平息。
万历二十七年闰四月，朝廷颁布平定倭寇的诏书通告天下，又下敕晓谕李昖：“倭奴平秀吉肆意作乱，践踏你的国土。朕感念你一向忠心，十分怜悯。七年之中，朕一心对付这个贼寇。起初小规模征讨，后来尝试包容，最后大举讨伐。不轻易杀戮是上天的本心，用兵实在是迫不得已。安定边疆、平定战乱，务求扫平敌寇。上天厌恶凶暴，暗中除掉元凶，大军乘势追击，倭寇尽数被剿灭，海边恢复安宁。捷报传来，朕才放下忧劳。大王虽然收复国土，如同重新立国，收拾残破局面，会格外艰难。倭寇虽然撤退，同族之人还在。现在命令邢玠带领大军回京，酌情留下万世德等人分兵戍守。大王应当卧薪尝胆，不忘往日耻辱，坚守忠孝，延续前代忠顺。”五月，邢玠上奏东征善后十条事宜：一、留下戍守军队，马步水陆合计三万四千多人，战马三千匹；二、确定每月军饷，每年白银九十一万八千多两；三、确定粮草，所需米豆分派辽东、天津、山东等地，每年十三万石；四、保留中路海防道；五、裁撤饷司；六、慎重选用将领；七、增设巡捕；八、划分防守区域；九、安排操练；十、责成朝鲜本国承担防务。朝臣商议：“多年疲惫消耗，现在战事刚停，应当稳固内地根本，不适合再增加繁重开支。况且朝鲜经历战乱，不只受倭寇侵扰，还要承受明军驻扎带来的负担。所以善后事宜，应当和朝鲜商议，先看朝鲜财力能不能支撑，再决定明军的去留。至于增买马匹、增设标兵、设立巡捕、增设管粮佐官，全部停止。”神宗命令督抚和朝鲜国王商议之后上奏。八月，李昖进献特产，资助朝廷大工程，按惯例褒奖赏赐。十月，李昖请求留下八千水兵戍守，撤回的官兵驻扎辽阳防备警报。万历二十八年四月，李昖请求把义州等粮仓剩下的米豆运回辽阳。户部商议，转运耗费太大，不如直接送给朝鲜，救济残破的百姓，彰显朝廷恩德。神宗下诏：“可以。”
万历二十九年二月，兵部批复总督上奏的七条善后方略：一、训练士兵。朝鲜百姓勇猛耐寒，但是军服宽袍大袖，训练没有章法，应当教他们军队编组的方法；二、扼守要地。朝鲜三面靠海，釜山正对对马岛，巨济岛次之，都要重兵驻守，蔚山、开山等地也要戍守；三、修整险要关隘。王京北面靠山，南面环海。忠州左右乌岭、竹岭，道路狭窄，有一夫当关的险要，旧日营垒遗址还在，尽快修缮；四、修筑城池。朝鲜八道，十分之九没有城池。平壤西北鸭绿江、浿江，都连通大海。如果倭寇另外派一支军队占据平壤，王京就断绝支援，这些地方都要筑城屯兵；五、打造兵器。倭寇擅长陆战，不擅长海战，战船笨重，不利于进攻。准许仿照福船样式打造一百多艘作为奇兵，另外增造神机百子火箭；六、寻访人才。朝鲜看重世袭官职，底层百姓世代服役，人才被禁锢，很多人投奔倭国、敌寇，成为祸患，应当破格选拔；七、修明内政。明朝东南沿海，登州、旅顺是门户，镇江是咽喉，支援的军队不能全部撤走。稳固明朝边防，也是保护朝鲜。神宗下诏，让朝鲜努力推行。九月，李昖上奏，之前赐给的诰命、冕服在战乱中丢失，请求补发，朝廷准许。
当时倭国内乱，对马岛岛主平义智把投降的朝鲜人全部送回，写信请求议和，还扬言德川家康准备运送几十万石粮食，作为军费，以此胁迫朝鲜。朝鲜和对马岛隔海相望，岛上不产粮食，依靠朝鲜供给米粮。战争爆发之后，双方停止贸易，所以岛主千方百计逼迫朝鲜议和。秀吉死后，明军全部撤回，朝鲜十分畏惧倭寇，想要和倭人议和，又害怕得罪明朝。十二月，李昖把倭岛求和的事上报朝廷请旨。兵部认为远方形势难以预判，命令总督万世德酌情商议，神宗准许。万历三十年十一月，李昖上奏，倭国使者频繁前来要挟议和，战争苗头渐渐显露，请求朝廷选派将领带兵，督促朝鲜训练军队、修整边防。神宗说：“之前已经留下将士教习，现成的办法都在，不必再派遣军队。下敕让朝鲜使者带回训诫。”万历三十三年九月，李昖再次请求册封李珲为世子，礼部依旧坚持立长的规矩，没有同意。万历三十五年四月，李昖上报德川家康求和，兵部商议，由朝鲜自己斟酌处置。从此双方议和往来不断，三年之后才定下开市贸易的约定。
万历三十六年，李昖去世。光海君李珲自称代理国事，派遣陪臣报丧，并且请求赐谥号。神宗厌恶他擅自掌权，没有准许，命令朝鲜臣民公议之后上报。这时后金已经征服各部，势力渐渐靠近朝鲜。兵部商议，命令朝鲜大力整修军备，整顿边防，同时下令辽东督抚镇将派遣使者，告知后金不要侵犯朝鲜。神宗准许。十月，依从朝鲜臣民的请求，册封李珲为国王。万历三十七年二月，赐李昖谥号昭敬，派遣官员赐给李珲和王妃柳氏诰命。
当初，朝鲜国土沦陷，依靠明朝才得以收复，倭寇放弃釜山逃走。但是倭寇暗中图谋扩张，祸患不断。于是海上流言，说倭寇打算夺取釜山，朝鲜和倭寇私下勾结。万历四十一年九月，总兵杨宗业上报这件事。李珲上疏辩解，神宗下敕安抚劝解。
万历四十二年四月，李珲上奏，请求追封生母金氏。礼部查阅《会典》，嫡母受封而生母早逝的，可以追封，于是册封金氏为国王次妃。万历四十三年十一月，李珲上表祝贺冬至，趁机上奏，买回《吾学编》《弇山堂别集》等书，书中记载朝鲜的事迹和《会典》记载矛盾，请求订正。礼部说：私人野史不足采信。但是国王因为记载和逆党并列而羞耻，应当体谅他的诚意，把奏疏交给史馆。神宗回复准许。之前李珲的生母已经得到封号，这时李珲又请求赐给冠服。礼官认为金氏是侧室，礼制有等级差别，坚持不同意。万历四十五年正月，李珲再三恳请，神宗因为他反复哀求，勉强准许。
万历四十七年，杨镐率领马林、杜松、刘綎等人出兵，被后金军队击败。朝鲜助战的士兵将领，有的投降，有的战死。李珲上书告急，神宗下诏优厚抚恤。十一月，兵部批复：朝鲜进贡的道路，应当增兵防守。神宗下诏在镇江等地设置兵将，由经略熊廷弼调配。万历四十八年正月，李珲上奏：“敌兵八月攻破北关，金台吉自焚，白羊投降。铁岭一战，蒙古宰赛也被消灭。听说后金商议，朝鲜、北关、宰赛都帮助南朝，如今北关、宰赛都灭亡，不能让朝鲜独自留存。又听说后金在牛毛寨、万遮岭驻军，打算劫掠宽奠、镇江一带。宽奠、镇江和昌城、义州各堡隔水相望，形势十分孤危。敌寇如果从叆阳鸦鹘关取道，绕过凤凰城，一天就能长驱直入，宽奠、镇江、昌城都难以自保。辽东关内八座驿站，关外东江一座孤岛，彼此隔绝，消息不通，实在令人寒心。恳请速调大军，互相配合，巩固边防。”当时辽东塘报传言，朝鲜和后金议和，朝中大臣都认为李珲表面依附明朝，暗中顺从后金，有人提议派遣使者训诫，有人提议派兵监护，议论纷纷。李珲上疏辩解：“两百年来，小国忠心侍奉天朝，生死不变。”言辞恳切。礼部、兵部请求下敕安抚，稳定他的心。神宗同意，但是敕书由朝鲜陪臣带回，不派遣明朝官员前往。
天启元年八月，更改朝鲜贡道，从海路到登州，直达京师。当时毛文龙以总兵镇守皮岛，招收流民当兵，粮草依靠朝鲜供给。十一月，李珲上奏，本国财力难以持续供给军粮，请求仿照万历东征旧例，从山东运送粮食，朝廷准许。天启三年四月，朝鲜国内大臣废掉李珲，拥立他的侄子绫阳君李倧，以昭敬王妃的名义，让李倧暂时代理国事，命令议政府行文给辽东督抚上报，毛文龙也上奏报告。登州巡抚袁可立上奏：“李珲如果真的无道，应当由太妃正式上奏，等候朝廷再立新君。”奏疏留在宫中没有批复。八月，王妃金氏上疏请求册封李倧。礼部尚书林尧俞上奏：“朝鲜废立这件事，朝中大臣意见不一：有人主张兴师问罪，有人主张不要急于征讨，先接受贡物查清实情；有人主张用大义责问，观察民心向背；有人主张让李倧征讨敌寇来证明忠心。只有毛文龙一个人说李珲确实失德，李倧诛杀叛臣，一心侍奉朝廷。陛下奉天命讨伐叛逆，维护纲常，出兵征讨是正道。但是也考虑朝鲜一向恭顺，和别的外藩不一样，可以派遣正直可靠的大臣，会同毛文龙，召集朝鲜臣民反复问询核实。调查清楚之后，再由陛下决断。”熹宗准许。十二月，礼部再次上奏：“之前臣和兵部行文给登州巡抚，同时写信给毛文龙，派遣官员前去核查。现在送来朝鲜宗室、八道臣民联名的十二份文书，都说李倧恭顺。而且朝鲜陪臣接连哀告，国家正处在危难之时，必须有君主主持国政。恳请先颁下敕书，让李倧统理国事，命令他出兵征粮，和毛文龙配合出奇破敌，等局势稳定之后，再派遣重臣正式册封。这样怀柔小国，同时巩固边防。”熹宗准许。天启四年四月，册封李倧为国王。
天启五年十二月，毛文龙上奏：“朝鲜叛党李适、韩明琏等人在昌城起兵，直奔王京，已经被我抓获。残余叛党韩润、郑梅逃入建州，左议府尹义立和他们约定做内应，计划今年冬天大举进犯朝鲜。我已经通知朝鲜国王防守，暂时把铁山的军民转移到云从岛获取柴草。”登莱巡抚武之望上奏：“毛帅从五月开始，在须弥修建营寨，就是云从岛。十月又把军民商人迁过去充实岛上，铁山就空了。所以朝鲜各道怀疑毛文龙有逼迫侵占的意图，甚至布兵防备。毛帅所说李适叛乱、尹义立做内应的事，臣也略有耳闻，但不敢轻易相信。如果相信，会加重朝鲜的猜忌；如果不信，又怕留下后患。”兵部上奏：“牵制后金的是朝鲜，联结朝鲜的是毛文龙，节制毛文龙的是登州巡抚。现在巡抚和总兵不和，导致总兵和属国不和，非常不利。”熹宗下诏勉励巡抚、总兵同心协力，韩润、尹义立等人交给朝鲜自行处置。李倧又请求把辽民迁回内地安置。兵部说：“辽民的去留，由毛文龙决定。毛文龙一天不走，辽民就不会离开海岛。朝鲜可以把辽民驱赶到岛上，但是不能强迫他们离开海岛。应当命令毛文龙把辽民全部安置到岛上，登州巡抚按期运粮到朝鲜，酌情救济，方便屯垦。”熹宗同意。
天启六年十月，李倧上疏说：天朝对于小国，恩德如同覆盖万物。前些年李珲昏乱，暗中勾结敌国，上天震怒，降下废黜的惩罚。臣刚刚代理国事，不敢稍有安逸，立刻任命陪臣张晚为主帅，李适为副手，调集国内精锐军队，驻守宁边，全部听从毛文龙节制，等候协同剿敌的时机。但是李适手握重兵，暗中图谋叛乱，于是和龟城府使韩明琏起兵造反，直逼京城。张晚收拢残兵尾随追击，和京城守军内外夹击，叛贼全部被诛杀，但是西部的军备物资、各处粮仓积蓄，在这场战乱中消耗一空。
毛文龙在整个辽东沦陷之后，孤军渡海，寄居海上，前后招收几十万辽地流民，也是小国所依靠的力量。只是我国战乱不断，土地贫瘠，百姓穷困，对内要供给本国军需，对外还要供应毛文龙军队的口粮，粮食有限，很难支撑。辽民饥饿，分散在村落，强壮的抢夺百姓，弱小的乞讨求生。朝鲜军民不堪骚扰，抛弃家乡，迁往内地。辽民跟着逃难，也随之南下。从昌城、义州以南，安州、肃州以北，外来流民占六七成，本地百姓只剩三四成。之前已经上奏说明情况，兵部已经定下处置方案，臣不敢再打扰朝廷。
至于韩润和弟弟韩潭，是叛贼韩明琏的子侄，逃亡在外，勾结敌寇入侵。他们已经叛国，不是臣能掌控的。尹义立曾经担任判书，原本不是议政大臣。之前被派去接待毛文龙，办事不力，被罢官回家，没有反叛的心思。毛文龙根据王仲保等人的诉状上报，全部没有实据。想来一定有奸邪小人，欺骗督抚，挑拨离间。
毛文龙驻守海外多年，臣和他交往将近十年。粮草供给快要枯竭，双方都很艰难，但是彼此情谊没有减少。他迁移到须弥，只是为了安置众多军民，就近获取柴草。军队转移，本是常事。流言四起，臣原本并不在意。但是看到部院、巡抚的文书，说担心毛文龙逼迫朝鲜，说要驱赶流民、驱赶毛帅，甚至说朝鲜布置军队防备，怀有二心，看来海外实情，朝廷没有完全了解。臣请求送走辽民，只是因为国力供养不起，一开始并不是担心被逼迫。臣正要和毛文龙同心协力，建功报答天朝，哪里敢有一丝防备猜忌的心思。
熹宗回复说：“国王和东镇毛文龙和睦相处，爱戴朝廷，忠心在奏疏里表露无遗。毛文龙的军队长期孤悬海外，朝鲜百姓、辽地流民杂居一处。外来人口太多，粮食产出少，消耗大。要不是国王说明，朕难以清楚万里之外的情况。但是毛文龙的军队，对朝廷来说是牵制敌寇的力量，对朝鲜来说就是唇齿相依的盟友。海上粮草运输，已经命令相关部门安排，按期运送救济。逃难的辽民，也让毛文龙妥善安排，不要成为国王的负担。传言不实，不必放在心上，你们同心协力，好好努力。”
天启七年三月，兵部呈上毛文龙的奏报：“朝鲜官员、百姓勾引敌寇攻打铁山，我军阵亡千人，朝鲜百姓死亡六万，粮草一百多万被烧毁，敌寇随即攻打朝鲜。”熹宗下敕，让毛文龙看准时机救援。登州巡抚李嵩上奏：“朝鲜叛臣韩润等人带领后金军队攻入安州，节度使南以兴自焚而死，明朝援兵都司王三桂等人全部阵亡。”不久又上奏：“义州、郭山、凌汉山城都被攻破，平壤、黄州不战而逃，敌寇直抵中和，巡逻骑兵出入黄州、凤山一带，又分兵攻打云从岛，劫掠毛文龙营地，国王和士民迁到江华岛避难。”当时后金军队所向披靡，朝鲜城池望风溃散，后金派遣使者招降李倧。李倧求和，后金才撤军。九月，李倧上奏战乱情形。这时熹宗驾崩，崇祯帝即位，下诏书安抚勉励。
崇祯二年，把每年两次进贡改为一次进贡。早先辽东路断绝，贡使从登州、莱州海路行走，已经十多年。袁崇焕督师之后，上奏改为觉华岛路线，路途迂回危险，朝鲜多次请求恢复旧路。这一年六月，朝鲜派遣户曹判书郑斗源从登州海路前来，写信给登州巡抚孙元化，请他代为上奏请求。孙元化派人护送使者，同时上报朝廷。崇祯帝认为海路已经定下制度，更改路线是方便朝鲜自己，没有准许。同年六月，督师袁崇焕在双岛斩杀平辽将军左都督毛文龙。崇祯六年六月，李倧写信给总兵黄龙：“毛文龙旧部孔有德、耿仲明率领两万士兵投降后金，向朝鲜索要粮草。我国因为孔有德等人之前在皮岛祸害朝鲜，所以没有答应。”黄龙上报朝廷。崇祯十年正月，清太宗皇太极亲自带兵征讨朝鲜，责备朝鲜背弃盟约、帮助明朝，朝鲜城池接连溃败。朝鲜告急，崇祯帝命令总兵陈洪范调发各路水师前去救援。三月，陈洪范上奏，军队出海。没过几天，山东巡抚颜继祖上奏，属国已经失守，江华岛被攻破，世子被俘，国王投降。后金正在打造战船，攻打皮岛、铁山，兵锋锐利。应当立刻下令沈世魁、陈洪范，坚守皮岛是第一要务。崇祯帝责备颜继祖不能谋划救援。不久，皮岛也被后金攻破，朝鲜从此和明朝断绝往来，没过几年，明朝也灭亡了。朝鲜在明朝虽然是藩属国，待遇和内地差不多，朝贡络绎不绝，赏赐繁多，记载不完，这篇只记录和治乱相关的大事。至于风土物产，之前史书已经记载，这里不再重复。
列传第二百九外国二
安南
安南，就是古代交阯之地。唐代以前，都隶属于中国。五代的时候，才被当地人曲承美占据。北宋初年，朝廷册封丁部领为交阯郡王，传三代之后，被大臣黎桓篡夺王位。黎氏政权传三代，又被大臣李公蕴篡夺。李氏传八代，没有子嗣，传位给女婿陈日炬。元朝的时候，多次攻破安南。
洪武元年，安南国王陈日煃听说廖永忠平定两广，打算派遣使者归顺，因为云南还有梁王，没能成行。十二月，太祖命令汉阳知府易济前去招抚。陈日煃派遣少中大夫同时敏，正大夫段悌、黎安世等人，带着表文前来朝见，进贡特产。第二年六月抵达京师。太祖很高兴，赐宴招待，命令侍读学士张以宁、典簿牛谅前往安南，册封陈日煃为安南国王，赐驼纽涂金银印。诏书说：“安南国王陈日煃，你的先祖世代镇守南疆，向中国称藩，恪守臣子本分，世代保有封国。朕承蒙天地庇佑，平定中原，送信告知。你立刻上表称臣，派遣使者前来朝贺，效法前人，安定远方百姓。感念你的诚心，十分值得嘉奖。所以派遣使者带着印信，依旧封你为安南国王。啊！广施仁爱，效法贤明帝王的盛举；爵位高于五等，让你继承世代的美名。好好修德，长久做朝廷藩辅，钦此。”赐给陈日煃《大统历》、织金文绮纱罗四十匹，同时敏以下使者都有赏赐。
张以宁等人抵达安南的时候，陈日煃已经去世，侄子陈日熞继位。陈日熞派遣大臣阮汝亮前来迎接，想要领取诰命印信，张以宁不给。陈日熞又派遣杜舜钦等人到京师请命，张以宁留在安南等候朝廷旨意。当时安南和占城交战，太祖命令翰林编修罗复仁、兵部主事张福前去劝双方停战，两国都遵从诏令。第二年，杜舜钦等人到京师报丧。太祖穿着素服，在西华门接见，命令编修王廉前去祭奠，赠送白银五十两、帛五十匹助丧。另外派遣吏部主事林唐臣册封陈日熞为王，赐金印以及织金文绮纱罗四十匹。王廉出发之后，太祖想到汉代马援树立铜柱镇抚南蛮，功劳很大，命令王廉顺路祭祀马援。不久，向安南颁布科举诏令，又因为重新确定山川神号、平定沙漠，两次派遣使者下诏告知安南。陈日熞派遣上大夫阮兼、中大夫莫季龙、下大夫黎元普等人谢恩，进贡特产。阮兼在途中去世，太祖下诏赏赐国王和使者，护送阮兼灵柩回国。不久，罗复仁等人回国，上奏说拒绝了安南赠送的财物，没有接受。太祖赞许，加赏莫季龙等人。
洪武四年春天，安南派遣使者进贡大象，庆贺朝廷平定漠北，又派使者跟着张以宁一行人来京师朝见。这年冬天，国王陈日熞被他的伯父陈叔明逼迫致死。陈叔明害怕朝廷降罪，进献大象和土产贡品。贡品隔了一年才送到京城，礼部官员发现奏表署名不是陈日熞，盘问之后得知实情，明太祖下诏拒绝接受贡品。陈叔明又派使者入朝进贡、谢罪，并且请求朝廷册封自己。他的使者谎称陈日熞是生病去世，陈叔明本来在外避让，是国内众人推举他主持国政。太祖下令安南国人给陈日熞服丧，暂且准许陈叔明使用前代国王的印信处理国事。洪武七年，陈叔明派使者前来谢恩，自称年纪老迈，请求让弟弟陈煓代理国政，太祖准许。陈煓遣使谢恩，请示朝贡的时间。太祖下诏规定安南三年进贡一次，新王即位再来朝见。没过多久安南又遣使入贡，太祖命相关官员劝退使者，并且定下规矩：使者不能超过三四个人，贡品不要丰厚奢侈。
洪武十年，陈煓出兵攻打占城，战败身死。他的弟弟陈炜继位，派人向明朝报丧，太祖派宦官陈能前去吊祭。当时安南自恃强盛，想要吞并占城，结果反而大败。太祖派官员告诫已经退位的陈叔明不要挑起战事、自取灾祸，因为实权其实还掌握在陈叔明手里。陈叔明进献特产谢罪。广西思明府的土官控告安南侵犯边境，安南也反过来控告思明侵扰他们的疆界。皇帝下发檄文，逐条列举安南奸邪欺瞒的罪状，下令边境守臣不要接纳安南的使者。陈炜害怕，派遣使者前来谢罪，连年进贡阉竖、金银、紫金盘、黄金酒尊、大象、马匹等物品。皇帝命令助教杨盘出使安南，让他们供给云南的军粮，陈炜随即运送五千石粮食到临安。洪武二十一年，皇帝又命令礼部郎中邢文伟携带敕书与礼品前去赏赐。陈炜派遣使者道谢，又进献大象。皇帝认为进贡太过频繁，而且贡物奢华，下令依旧三年进贡一次，不要进献犀角、大象。当时安南的国相黎季犛把持大权，废黜国王陈炜，不久又将陈炜杀害，拥立陈叔明的儿子陈日焜主持国事，依旧假借陈炜的名义向朝廷入贡。朝廷不知情，接纳了贡使，过了好几年才发觉此事，命令广西守臣拒绝安南使者入境。黎季犛十分恐惧，洪武二十七年派遣使者从广东入境进贡。皇帝发怒，派遣使者前去诘问斥责，退回他们的贡品。黎季犛更加害怕，第二年又编造说辞前来进贡。皇帝虽然憎恶他弑君叛逆，但不想兴师远征，于是接纳了他的进贡。当时朝廷大军正在征讨龙州赵宗寿，皇帝命令礼部尚书任亨泰、御史严震直晓谕陈日焜，让他不要心生疑惧。黎季犛听到消息，稍稍安心。皇帝又派遣刑部尚书杨靖晓谕黎季犛，让他运送八万石粮食供给龙州的军队。黎季犛只送来一万石粮食，另外献上黄金一千两、白银二万两，声称龙州陆路艰险，请求把粮食运到凭祥洞。杨靖没有同意，命令他运送二万石粮食到沲海江，这条江距离龙州只有半天路程。杨靖于是上奏说：“陈日焜年纪幼小，国家大事全都由黎季犛父子决断，他们竟敢这样观望拖延。”这时皇帝因为赵宗寿已经归降，调兵征讨向武各地蛮夷，于是晓谕杨靖，准许收下二万石粮食供给军队，免去黎季犛送来的金银。第二年，黎季犛通报前国王陈叔明的死讯。皇帝认为陈叔明本身就是篡位弑君之人，如果派人吊祭，等于鼓励作乱，就没有遣使吊祭，下发檄文告知安南。
思明土官黄广成上奏说：“从元朝设立思明总管府开始，它管辖的左江各州县，东边到上思州，南边以铜柱作为边界。元朝征讨交阯的时候，在距离铜柱一百里的地方设立永平寨万户府，派兵驻守，命令安南人供给守军粮草。元朝末年天下大乱，安南人攻破永平寨，越过铜柱二百多里，侵占思明下属的丘温、如嶅、庆远、渊、脱五个县的土地。最近他们又向任尚书申请，在思明洞登之地设置驿站。我曾经上奏此事，承蒙朝廷派遣杨尚书前来勘查核实。恳请陛下下令安南归还这五个县的土地，依旧以铜柱划定边界。”皇帝命令行人陈诚、吕让前往安南晓谕，黎季犛固执不肯归还土地。陈诚亲自写信劝告陈日焜，黎季犛回信争辩，还以陈日焜的名义写信送到户部。陈诚等人返回朝廷复命，皇帝知道安南终究不肯归还土地，就说：“蛮夷之间互相争斗，自古以来就有。他们仗着顽劣，迟早会招来祸患，暂且等待时机。”建文元年，黎季犛杀死陈日焜，拥立陈日焜的儿子陈颙。不久又杀害陈颙，改立陈颙的弟弟陈案，陈案还在襁褓之中，很快也被黎季犛杀掉。黎季犛大肆屠杀陈氏宗族，自立为王，改姓名为胡一元，给他儿子黎苍改名叫胡奃，自称是帝舜后裔胡公的后人，僭越国号为大虞，年号元圣，不久自称太上皇，传位给胡奃，朝廷对此并不知情。
明成祖登基之后，派遣官员带着即位诏书告知安南。永乐元年，胡奃自行署名为权理安南国事，派遣使者上表朝贡，说：“高皇帝在位的时候，安南国王陈日煃最先诚心归附，不幸早早去世，后继无人。我是陈氏的外甥，被众人推举，暂且主持国事，到现在已经四年。恳请上天恩赐封爵，我誓死效忠朝廷，绝无二心。”这件事下发礼部商议，礼部官员心生怀疑，请求派遣官员前去查访核实。于是朝廷命令行人杨渤等人携带敕书，晓谕安南的大臣与父老，查清陈氏有没有后人继承王位、胡奃被推举这件事是真是假，据实上报。朝廷赏赐胡奃的使者之后，打发他们回国，又派遣行人吕让、丘智送去绒锦、文绮、纱罗。不久，胡奃的使者跟着杨渤等人回到京师，呈上安南大臣、父老联名的表文，说辞和胡奃欺骗皇帝的话一样，请求朝廷立刻册封胡奃。皇帝于是命令礼部郎中夏止善册封胡奃为安南国王。胡奃派遣使者谢恩，但是在安南国内，他依旧以帝王自居。
思明管辖的禄州、西平州、永平寨都被安南侵占，皇帝下令让他们归还，胡奃拒不听从。占城向朝廷控诉安南侵扰掠夺，皇帝下诏令安南和占城修好。胡奃表面上遵奉诏令，实际上依旧不断劫掠，还授予占城首领印章，逼迫占城成为自己的属国，又抢夺朝廷赏赐给占城的物品。皇帝十分厌恶他，正要派遣官员严厉斥责，这时安南旧臣裴伯耆来到京师，诉说国难：“我的祖父、父亲都是执掌国政的大夫，为国殉难。我的母亲是陈氏的近亲。我年少时侍奉国王，官至五品，后来隶属于武节侯陈渴真，担任副将。洪武末年，我代替陈渴真在东海抵御敌寇。叛贼黎季犛父子弑主篡位，屠戮忠良，被灭族的有上百户，我的兄弟、妻子儿女也惨遭杀害。黎季犛派人抓捕我，想要把我剁成肉酱。我抛下军队逃亡，躲藏在山谷之中，一心想要来到京城，向陛下吐露实情，辗转好几年，才得以见到天子。黎季犛原本是前经略使黎国髦的儿子，世代侍奉陈氏，享受朝廷给予的荣宠；他的儿子黎苍，也身居要职。一朝篡夺王位，改换姓名，僭越称帝、改立年号，不尊奉朝廷命令。忠臣义士无不痛心疾首，希望陛下兴吊民伐罪的大军，延续陈氏断绝的宗祀，铲除奸凶，重新拥立陈氏后人，我就算死去也永垂不朽。我愿意效仿申包胥的忠节，在宫阙之下哀告，恳请皇帝明察。”皇帝看完奏书十分感动，命令相关部门供给裴伯耆衣食。恰逢老挝送来陈天平，陈天平说：“我是陈日烜的孙子，陈奣的儿子，陈日煃的弟弟。黎贼把陈氏宗族几乎杀光，我逃到外地才得以幸免。我的部下被忠义之心激励，推举我为主，讨伐叛贼。正要召集兵马，叛军追兵赶到，我仓皇出逃，躲藏在深山岩洞之中，九死一生，才抵达老挝。听闻陛下登基，我才有了依靠。我不远万里匍匐前来，在圣明的朝廷哀告。陈氏的后裔只剩下我一个人，我和叛贼不共戴天。恳请圣上天慈怜悯，迅速派出大军，奉行上天的讨伐。”皇帝更加感动，安排馆舍安置陈天平。
胡奃刚好派遣使者前来庆贺元旦，皇帝把陈天平带出来给使者看，使者全都惊愕下拜，有人流下眼泪。裴伯耆向使者申明大义，使者惶恐无言。皇帝对身边大臣说：“胡奃父子悖逆作乱，鬼神都不能容忍，安南国内的臣民一起帮他们欺瞒朝廷。整个国家的人都成了罪人，我怎么能够容忍。”永乐三年，朝廷命令御史李琦、行人王枢携带敕书斥责胡奃，让他把篡逆弑君的实情上报朝廷。云南宁远州又控诉胡奃侵占七座村寨，掳走当地女子。胡奃派遣大臣阮景真跟随李琦等人入朝谢罪，狡辩说自己不曾僭越称帝、改立年号，请求迎接陈天平回国，尊奉陈天平为国君，并且归还禄州、宁远州的土地。皇帝没有料到这是骗局，答应了他的请求。命令行人聂聪携带敕书前去晓谕：“如果真的迎回陈天平，以国君之礼侍奉他，朝廷就册封你为上公，把大片郡地封给你。”胡奃又派阮景真跟随聂聪等人回来复命，说愿意迎接陈天平。聂聪极力说胡奃诚心可信，皇帝于是安排陈天平返回安南，敕令广西左、右副将军黄中、吕毅率领五千士兵护送。
永乐四年，陈天平入朝辞别皇帝，皇帝重重赏赐他，同时敕封胡奃为顺化郡公，管辖所属各州县。三月，黄中等人护送陈天平进入鸡陵关，快要到芹站的时候，胡奃埋伏士兵截杀陈天平，黄中等人战败退回。皇帝勃然大怒，召见成国公朱能等人商议，下定决心出兵讨伐安南。七月，朝廷任命朱能佩戴征夷将军印，担任总兵官；四平侯沐晟佩戴征夷副将军印，担任左副将军；新城侯张辅为右副将军；丰城侯李彬、云阳伯陈旭为左、右参将，率领大军南征。朱能走到龙州的时候病逝，张辅接替他统领军队。大军进入安南坡垒关，传布檄文，列举胡一元父子二十条大罪，告知安南百姓朝廷打算拥立陈氏子孙的本意。军队驻扎在芹站，在昌江搭建浮桥渡河。前锋抵达富良江北岸的嘉林县，张辅从芹站西边另走一条道路，抵达北江府新福县，打探到沐晟、李彬的军队也从云南抵达白鹤，于是派遣骠骑将军朱荣前去会合。当时张辅等人分路进军，所到之处全都攻克。叛贼沿着江岸树立栅栏，在多邦隘增筑土城，城栅相连九百多里，强行征发江北百姓二百万人驻守。所有江河入海口都打下木桩，他们的东都严加守备，水陆军队号称七百万，打算靠持久战拖垮官军。张辅等人于是把营寨迁移到三带州个招市江口，建造战船。皇帝担心叛贼拖延战事，等到瘴气发作来拖累官军，敕令张辅等人一定要在第二年春天消灭叛贼。十二月，沐晟驻扎在洮江北岸，和多邦城对峙。张辅派遣陈旭攻打洮江州，搭建浮桥渡兵，两路大军一同抵达城下，攻克多邦城。叛贼所依仗的就是这座城池，城池失守之后，叛军胆气尽丧。大军沿着富良江南下，直捣东都。叛军弃城逃走，官军占领东都，进逼西都。叛军焚烧宫室，乘船逃往海上。各郡县相继归降，敢于抵抗的全都被攻破。当地百姓上书控诉黎氏的罪状，每天多达上百份。
永乐五年正月，官军在木丸江大败黎季犛，宣诏寻访陈氏的子孙。这时有一千一百二十多名当地耆老来到军营门前，说：“陈氏族人已经被黎贼杀光，没有可以继承王位的人。安南原本就是中国的土地，请求依旧归入朝廷版图，和内地郡县一样。”张辅等人把这件事上报朝廷。不久官军又在富良江大破叛军，黎季犛父子乘坐几条小船逃走。各路军队水陆并进追击，抵达茶笼县，得知黎季犛逃往乂安，于是沿着举厥江，追到日南州奇罗海口，命令柳升出海追击。叛军接连战败，溃不成军。五月，官军在高望山抓获黎季犛和伪太子，安南全境平定。大臣们请求按照耆老所说，在安南设立郡县。
六月初一，皇帝下诏通告天下，把安南改名为交阯，设立三司：任命都督佥事吕毅掌管都司事务，黄中担任副手；前工部侍郎张显宗、福建布政司左参政王平担任左、右布政使；前河南按察使阮友彰担任按察使；裴伯耆被授予右参议；又命令尚书黄福同时掌管布政司、按察司。设置交州、北江、谅江、三江、建平、新安、建昌、奉化、清化、镇蛮、谅山、新平、演州、乂安、顺化一共十五府，分别管辖三十六个州、一百八十一个县。另外设置太原、宣化、嘉兴、归化、广威五个州，直接隶属于布政司，管辖二十九个县。其余险要之地，全部设立卫所控制。朝廷下令相关部门，对被杀害的陈氏诸王追加谥号，修建祠堂、修整坟墓，每处安排二十户人家负责洒扫祭祀。陈氏宗族遇害的人追赠官职；战死之后尸骨暴露在外的军民，统一安葬。原本在安南做官的人照旧任职，和朝廷新任命的官员一同治理地方。黎氏施行的严苛政令全部废除，被关押的囚犯全部释放。礼遇年长有德的人，设立养济院，收留无依无靠的鳏寡孤独。对于有才德的隐士，以礼征召送到京师。又下诏寻访山林隐逸、通晓经术、贤良方正、孝悌力田、正直廉洁、熟悉政务、精通算学兵法、体格魁梧、能言善辩、勇猛有力、通晓阴阳术数、擅长医药的各类人才，全都以礼请来，送往京师录用。于是张辅等人先后举荐九千多人。九月，黎季犛、黎苍父子被押送到京师，和伪将相胡杜等人一起交给司法官处置。赦免黎苍的弟弟卫国大王黎澄、儿子黎芮，官府供给他们衣食。
永乐六年六月，张辅等人整顿军队返回京城，献上交阯地图：东西宽一千七百六十里，南北长二千八百里。安抚百姓三百一十二万多人，俘获蛮人二百零八万七千五百多人，缴获大象、马、牛二十三万五千九百多头，粮食一千三百六十万石，船只八千六百七十多艘，兵器二百五十三万九千八百件。朝廷于是大行封赏，张辅晋升英国公，沐晟晋升黔国公，其余将士各有赏赐。
当时朝廷在交阯任命的官吏，都主张宽厚治理这片新归附的土地，但是当地蛮人自认为和中原人不是同类，常常惶恐不安。陈氏旧官简定，先前已经归降，正要被送往京师，他和同党陈希葛逃走，和化州伪官邓悉、阮帅等人谋划叛乱。简定僭越称帝，年号兴庆，国号大越。他出没在乂安、化州的深山之中，等到官军主力撤走，就出兵攻打盘滩咸子关，扼守三江府往来要道，侵扰交州附近州县。慈廉、威蛮、上洪、天堂、应平、石室等州县全都响应叛军，守将多次出兵讨伐，全都无功而返。消息传到朝廷，朝廷任命沐晟为征夷将军，统领云南、贵州、四川四万军队，从云南出兵征讨。同时派遣使者携带敕书，宣布归降的人可以世代承袭官职。叛军不肯接受招抚，沐晟和叛军在生厥江交战，官军大败，吕毅以及参赞尚书刘俊战死。
永乐七年，战败的消息传到京师，朝廷再次征调南畿、浙江、江西、福建、湖广、广东、广西四万七千士兵，跟随英国公张辅出征。张辅考虑叛军依托江河湖海，陆路作战不利于官军，于是驻扎在北江仙游，大规模建造战船，安抚遭受战乱流离的百姓，接连攻破慈廉、广威各处叛军营寨。探查到叛军头目邓景异扼守南策州卢渡江太平桥，张辅进军咸子关。伪金吾将军阮世多率领两万叛军，在对岸设立营寨，排列六百多艘战船，在东南打下木桩用来阻挡官军。当时是八月，西北风猛烈，张辅督令陈旭、朱广、俞让、方政等人战船一齐进发，火炮箭矢如雨，斩杀叛军三千人，活捉伪监门将军潘低等二百多人，缴获战船四百多艘。随即进军攻打邓景异，邓景异先行逃走，官军平定交州、北江、谅江、新安、建昌、镇蛮各府。继续追击，在太平海口击败邓景异，抓获他的同党范必栗。
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