大同镇：主兵，屯田本色粮七万多石，折色银一万六千多两；耕牛农具银八千多两；盐钞银一千多两；民间运送本色米七千多石，折色银四十五万六千多两；屯田以及民间运送本色草料二百六十八万多捆，草料折银二万八千多两；两淮、长芦盐四万三千多引；京运年例银二十六万九千多两。客兵，京运银十八万一千两，两淮、长芦盐七万引。
山西镇：主兵，屯田粮二万八千多石，折色银一千多两；草料九万五千多捆；民间运送本色米豆二万一千多石，折色银三十二万二千多两；两淮、浙江、山东盐引银五万七千多两；河东盐课银六万四千多两；京运银十三万三千多两。客兵，京运银七万三千两。
延绥镇：主兵，屯田粮五万六千多石；地亩银一千多两；民间运到粮料九万七千多石，折色银十九万七千多两；屯田以及民间运送草料六万九千多捆；两淮、浙江盐引银六万七千多两；京运年例银三十五万七千多两。客兵，两淮、浙江盐引银二万九千多两；京运年例银二万多两。
宁夏镇：主兵，屯田粮料十四万八千多石，折色银一千多两；地亩银一千多两；民间运送本色粮一千多石，折色银十万八千多两；屯田及民间运送草料一百八十三万多捆；两淮、浙江盐引银八万一千多两；京运年例银二万五千两。客兵，京运年例银一万两。
甘肃镇：屯田粮料二十三万二千多石，草料四百三十多万捆，草料折银二千多两；民间运送粮食布匹折银二十九万四千多两；京运银五万一千多两；两淮、浙江盐引银十万二千多两。
固原镇：屯田粮料三十一万九千多石，粮料草料折色银四万一千多两；地亩、耕牛农具银七千一百多两；民间运送本色粮料四万五千多石，粮料草料布匹棉花折银二十七万九千多两；屯田以及民间运送草料二十万八千多捆；两淮、浙江盐引银二万五千多两；京运银六万三千多两；犒赏银一百九十多两。
辽东镇：主兵，屯田粮二十七万九千多石；荒田粮四百多两；民间运银十五万九千多两；两淮、山东盐引银三万九千多两；京运年例银三十万七千多两。客兵，京运年例银十万二千多两。
蓟州镇：主兵，民间运银九千多两；漕运粮食五万石；京运年例银二十万六千多两。客兵，屯田粮料五万三千多石；地亩、马草折色银一万六千多两；民间运银一万八千多两；山东民兵口粮工食银五万六千两；遵化营民壮工食银四千多两；盐引银一万三千多两；京运年例银二十万八千多两；安抚赏赐银一万五千两；犒劳军队银一万三千多两。
永平镇：主兵，屯田粮料三万三千多石；民间运送粮料二万七千多石，折色银二万八千多两；民壮工食银一万二千多两；京运年例银十二万二千多两。客兵，屯田草料折银三千多两；民间运草料三十一万一千多捆；京运银十一万九千多两。
密云镇：主兵，屯田粮六千多石；地亩银二百九十两；民间运银一万两有余；漕运粮食十万四千多石；京运银十六万两有余。客兵，民间运银一万六千多两；民壮工食银九百多两；漕运粮食五万石；京运银二十三万三千多两。
昌平镇：主兵，屯粮折色银二千四百多两；地亩银五百多两；草料折银一百多两；民间运银二万两有余；漕运粮食十八万九千多石；京运年例银九万六千多两。客兵，京运年例银四万七千多两。
易州镇：主兵，屯田粮二万三千多石；地亩银六百多两；民间运银三十万六千多两。客兵，京运银五万九千两。
井陉镇：主兵，屯田粮一万四千多石；地亩银八千多两；民间运送本色米麦一万七千多石，折色银四万八千多两。客兵，京运年例银三千多两。
其余各项杂项开支不再记载。
志第五十九河渠一
黄河上
黄河，唐代以前，都是向北流入大海。北宋熙宁年间，才开始分道流向东南，一支汇合泗水流入淮河，一支汇合济水入海。金代明昌年间，黄河北流河道断绝，整条黄河全部流入淮河。元代黄河时常决口泛滥，至正年间灾害尤其严重，济宁、曹州、郓城一带，被洪水淹没方圆一千多里。贾鲁担任总制，疏导黄河向南流，汇入淮河入海。
明朝洪武元年，黄河在曹州双河口决口，洪水涌入鱼台。当时徐达正在北伐，于是开挖塌场口，引黄河水流入泗水来接济漕运，同时把曹州治所迁到安陵。塌场，就是济宁以西、耐牢坡以南一直通往鱼台南阳的水道。洪武八年，黄河在开封太黄寺堤决口。朝廷下诏令河南参政安然征调民夫三万人堵塞决口。洪武十四年，黄河在原武、祥符、中牟决口，主管官员请求修筑堤防。明太祖认为这是天灾，只下令保护原有堤防而已。洪武十五年春天，黄河在朝邑决口；七月，又在荥泽、阳武决口。洪武十七年，黄河冲垮开封东边的月堤，洪水从陈桥蔓延到陈留，横流几十里；又在杞县决口，洪水灌入巴河。朝廷派遣官员堵塞河道，免除受灾地区的租税。洪武二十二年，黄河淹没仪封，朝廷将仪封县治迁到白楼村。洪武二十三年春天，黄河在归德州东南凤池口决口，洪水经过夏邑、永城。朝廷调发兴武等十个卫的士兵，会同归德百姓合力修筑堤坝，对隐瞒灾情不上报的地方官员予以治罪。这年秋天，黄河在开封、西华各县决口，冲毁百姓房屋。朝廷派遣使臣救济一万五千七百多户灾民。
洪武二十四年四月，河水暴涨，黄河在原武黑洋山决口，洪水向东流经开封城北五里，再向东南经过陈州、项城、太和、颍州、颍上，向东直达寿州正阳镇，全部注入淮河，贾鲁河旧河道就此淤塞。洪水又顺着旧曹州、郓城两处河口淹没东平安山，元代的会通河也被淤泥堵塞。第二年，黄河又在阳武决口，泛滥波及陈州、中牟、原武、封丘、祥符、兰阳、陈留、通许、太康、扶沟、杞县十一个州县，地方官员绘制地图上报朝廷。朝廷征调民夫以及安吉等十七卫士兵修筑河堤。这年冬天天气严寒，工程于是停工。洪武三十年八月，黄河在开封决口，开封城三面被洪水围困。朝廷下诏把仓库改设在荥阳地势高的地方，防备突发灾祸。冬天，蔡河河道改道流向陈州。在此之前，黄河决口，水流从开封向北向东流淌，到这时下游淤塞，河水再次决口向南奔涌。
永乐三年，黄河冲垮温县河堤四十丈，济水、涝水一同泛滥，淹没民田四十多里，朝廷下令修缮堤防。永乐四年，修补阳武黄河决口堤岸。永乐八年秋天，黄河在开封决口，毁坏城墙二百多丈，受灾百姓一万四千多户，淹没田地七千五百多顷。明成祖认为开封是国家屏障重地，专门派遣侍郎张信前往勘察。张信上奏说：“祥符鱼王口到中滦下游二十多里，有旧时黄河堤岸，高度和现在河面齐平，如果疏浚打通，让河水顺着旧道流淌，水势就可以得到消减。”并且绘制地图进献朝廷。当时尚书宋礼、侍郎金纯正在主持开凿会通河。明成祖于是征调十万民夫，命令兴安伯徐亨、侍郎蒋廷瓒会同金纯一同治理河道，同时命宋礼总管全部工程。
永乐九年七月，黄河回归旧河道，从封丘金龙口流出，下到鱼台塌场，汇合汶水，经过徐州、吕梁二洪向南注入淮河。这个时候，会通河已经开通，黄河与会通河汇合，漕运水道全面畅通，朝廷于是商议停止海运，河南的水患也稍稍平息。没过多久，黄河又在阳武中盐堤决口，洪水漫过中牟、祥符、尉氏。工部主事兰芳巡视灾情，上奏：“这处堤坝正处在急流冲击之处，夏秋河水暴涨，水势不能骤然减弱，应当堆砌泥土、打下木桩进行防御，不要让洪水再次祸害百姓。”他又说：“从中滦分流黄河，让一部分河水顺着旧道向北入海，实在是造福后世的举措。但是沿河护岸的埽体只用蒲绳、泥土、杂草修筑，不能持久。可以编织木筐，里面装填石块，这样既能削弱水势，堤坝也能加固。”明成祖全部采纳他的建议。永乐十四年，黄河在开封十四个州县境内决口，洪水经过怀远，顺着涡河流入淮河。永乐二十年，工部因为开封土城堤防屡次溃决，请求疏浚开封东边的旧河道，皇帝批复准许。
宣德元年，连绵大雨，黄河洪水漫溢，殃及开封十个州县。宣德三年，因为黄河水患，把灵州千户所迁到城东。宣德六年，采纳河南布政使的建议，疏浚从祥符到仪封黄陵冈四百五十里淤塞河道。这时候金龙口渐渐淤塞，黄河又多次在开封泛滥。宣德十年，听从御史李懋的提议，疏浚金龙口。
正统二年，修筑阳武、原武、荥泽的决口堤岸。之后黄河又在濮州、范县决口。正统三年，黄河再次冲垮阳武以及邳州堤防，洪水灌入鱼台、金乡、嘉祥。过了几年，黄河又在金龙口、阳谷堤、张家黑龙庙口决口，徐州洪、吕梁洪也渐渐变浅，太黄寺巴河分水处水流细弱。正统十三年，才采纳都督同知武兴的建议，调士兵疏浚河道。可是陈留河水夏季上涨，冲垮金村堤和黑潭南岸，修筑工程快要完工，又再次决口。同年秋天，新乡八柳树口也发生决口，洪水漫过曹州、濮州，直抵东昌府，冲毁张秋堤防，冲破寿张沙湾，毁坏漕运河道，向东流入大海。徐州洪、吕梁洪于是水流浅涩。朝廷命工部侍郎王永和前去处理水患。王永和到达山东，沙湾的修复工程还没有完工，就以冬天严寒为由停工，并且上奏说黄河决口发生在卫辉，应当责令河南地方官员堵塞。明英宗严厉斥责他，命令山东三司修筑沙湾，催促王永和堵塞河南八柳树决口，疏浚金龙口，让黄河回归旧河道。
正统十四年正月，黄河又在聊城决口。三月，王永和疏浚黑洋山西湾，引河水经过太黄寺接济运河。沙湾堤坝修筑大半，却不敢把决口完全堵死，设置分水闸，留三个闸洞放水，让河水从大清河入海；又在沙湾西岸设置两孔分水闸，宣泄上游来水，同时请求停止八柳树的工程。朝廷准许。当时黄河水势汹涌泛滥，河水分流进入大清河，不再全部流向徐州洪、吕梁洪。徐、吕二洪河道越发淤浅，临清以南，漕运通行艰难。
景泰二年，朝廷专门下达敕书，命令山东、河南巡抚都御史洪英、王暹协同治理黄河，务必让河水归入漕河。王暹上奏：“黄河在陕州以西，穿行山谷，不会造成灾害；陕州往东，地势平坦，河水容易泛滥，所以水害频发。洪武二十四年黄河改道，从汴梁城北五里左右，流向凤阳注入淮河，这是大黄河；它的支流从徐州以南流出，叫小黄河，用来保障漕运。自从正统十三年之后，黄河重归旧道，从黑洋山后方径直冲向沙湾入海，只剩下小黄河从徐州流出。如今岸高水低，河道随疏浚随即淤塞，所以徐州以南得不到充足水流。我打算从黑洋山东南一直到徐州，督令河南三司开展疏浚；临清以南的工程，交由洪英负责。”没过多久，给事中张文质弹劾王暹、洪英治水没有成效，请求引塌场河水接济徐、吕二洪，疏浚潘家渡以北支流，减轻沙湾的水势；并且打开沙湾浮桥以西河口，筑闸引水灌入临清，另外委派官员督责完工。皇帝没有批准，依旧命王暹、洪英调度治理。
当时朝中议论的官员提出：“沙湾以南地势高，河水不能向南流入运河。应当引耐牢坡河水接济漕运，不让水流经过沙湾，另外开挖河道避开洪水冲击。”又有人说：“如果把耐牢坡的水引向南方，那么北边河道就会干涸缺水。”更有甚者说：“沙湾水流湍急，石块铁器丢下去就像羽毛一样漂浮，人力没办法治理，应当设坛作法，念诵符咒驱除水祸。”明代宗内心十分忧虑，派遣工部尚书石璞前去治河，并且加封河神封号。
石璞到任，疏浚黑洋山到徐州的河道，保障漕运，可是沙湾决口依旧存在。朝廷又派遣宦官黎贤、阮洛，御史彭谊协同治理。石璞等人在沙湾修筑石堤阻挡洪水，开挖两道月河，引水补给运河，同时削弱洪水冲击力。景泰三年五月，沙湾的河水渐渐变小，沙湾堤坝终于修筑完成。朝廷加封石璞太子太保，在黑洋山、沙湾修建两座河神新庙，每年春秋两季举行祭祀。六月，连续下十天大雨，沙湾北岸又一次溃决，洪水夺走运河河水向东流，沿河土地全被淹没。朝廷命洪英督促地方官员修筑，又派宦官黎贤、武艮，工部侍郎赵荣前往协助。景泰四年正月，黄河又在刚刚修补好的决口南边溃决，朝廷再次加封河神封号。到四月，决口才堵塞完毕。五月，雷雨大作，沙湾北岸再次决口，运河河水被冲入盐河，漕运船只全部受阻。代宗再次命令石璞前往。石璞开凿一条三里长的新河，避开决口，上下游连通运河，同时筑坝封堵决口，新河、旧运河都可以行船。工程完工上报朝廷。皇帝担心工程不能长久稳固，让石璞暂时留在当地处置，任命谕德徐有贞为佥都御史，专门处理沙湾水患。
这时河南水患十分严重，原武、西华都迁移县治躲避洪水。巡抚王暹上奏：“黄河旧时从开封北面转向东南流入淮河，不会酿成大祸。正统十三年之后，黄河分成两股：一股从新乡八柳树，顺着旧河道向东经过延津、封丘，冲向沙湾；一股在荥泽决口，漫流原武，直达祥符、扶沟、通许、洧川、尉氏、临颍、郾城、陈州、商水、西华、项城、太康，淹没几十万顷田地，开封受灾尤其严重。虽然曾经在城西修筑三十多里长的大小两道堤防，但是沙土土质容易毁坏，边修筑边溃决，小堤已经被洪水吞没，大堤也损毁大半。请求征调军民夫役合力修筑，防范后续灾祸。”皇帝批准他的奏请。太仆少卿黄仕隽上奏：“黄河分成两道，一道从荥泽向南流往项城，一道从新乡八柳树向北冲入张秋会通河，流经六七个州县，绵延二千多里。百姓流离失所，可是官府依旧征收赋税，请求下令主管官员核查灾情，免除赋税。”皇帝也予以准许。河南巡按御史张澜又上奏：“原武黄河东岸曾经开挖两条河道，接通黑洋山旧水道，引水补给徐、吕二洪。现在黄河改道向北决口，两条河都淤塞不通，担心徐、吕二洪缺水，妨害漕运。黑洋山以北河道略有迂回曲折，请顺着决口新开挖河道，接通旧水道，供水给徐、吕二洪。”皇帝同样采纳。
徐有贞抵达沙湾，上奏治河三条对策：第一，修建水闸。我听说水的本性宜疏导不宜堵塞。大禹凿开龙门、劈开伊阙，用的就是疏导思路。汉武帝堵塞瓠子口终究没能成功；东汉王景疏通汴河，一年就大功告成。现在谈论治水的人很多，只有汉代乐浪人王景创立的修建水门的方法值得借鉴。沙湾一带全是沙土，极易坍塌溃决，单纯筑坝堵口不是好办法。请参照王景的方法加以调整，在河道中设置闸门，闸底夯实，高出常年水位五尺。水小时就关闸蓄水保障漕运；洪水大就开闸泄洪让河水入海，既能保障河道通航，又不会出现淤塞的祸患。第二，开挖分水河。水势浩大就应当分流，水势微弱就应当汇流。现在黄河水势大，经常冲垮堤防；运河水量小，常常干涸。一定要分出一部分黄河水补给运河，才能趋利避害。请勘察适合分流的地点，开挖广济河，向南下穿濮阳、博陵以及旧沙河二十多里，向上连通东西影塘、小岭等地几十里。河道内侧有古大金堤可以依靠加固，外侧有八百里梁山泊可以用来宣泄洪水。新修的两座闸门坚固牢靠，可以调节水量，黄河大水不至于泛滥成灾，水小时也不会干涸阻断漕运。第三，深挖疏浚运河。明代宗下诏，全部依照徐有贞的方案施行。
徐有贞于是跨越济水、汶水，沿着卫河、沁水，顺着黄河，途经濮阳、范县，实地勘察地形水势，上书说：“黄河从雍州流入河南，离开险峻山地来到平坦平原，水流肆意漫流；再从河南流入兖州，土质更加疏松，洪水越发狂暴。沙湾东边的大洪口，正处在洪水冲击要地，于是河堤溃决，抢夺济水、汶水的入海通道。各条河水跟着奔泄，堤防崩毁，河道淤塞；涝时洪水泛滥，旱时河道干涸，漕运就此受阻。如果仓促修筑堤坝堵口，只会让溃决更加严重，淤塞越发厉害。应当先疏导宣泄洪水，水势平缓之后再处理决口，决口堵住之后再疏浚淤积。”
于是开挖渠道疏导水流，从张秋金堤起点向西南，九里到濮阳泺，又九里到博陵陂，六里到寿张沙河，八里到东西影塘，十五里到白岭湾，三里到李鞬，一共五十里。从李鞬向上二十里到竹口莲花池，三十里到大潴潭，再越过范县、濮州继续向西，绵延几百里，经过澶渊接通黄河、沁水。修筑九道堰坝阻挡河水漫溢，每道堰长一万丈，内部填石块，用铁件加固。景泰六年七月，工程竣工，朝廷赐渠道名字叫广济渠。沙湾决口前后将近十年，到这时才彻底封堵。恰逢黄河主流向南流入淮河，徐有贞才得以建功。工程一共耗费木、铁、竹、石数以万计，动用民夫五万八千多人，施工五百五十多天。从此以后，黄河向北分出水流接济漕运，东阿、鄄城、曹州、郓城一带，上百万顷积水洼地重新变成良田。接着疏浚漕运河道，沙湾往北到临清，往南到济宁；又在东昌修建八座水闸，效仿王景水门之法调节水流，山东地区黄河水患就此平息。
景泰七年夏天，河南大雨，黄河在开封、河南、彰德决口。同年秋天，京城周边、山东普降大雨，多条河水一齐泛滥，洪水高出地面一丈多，多处堤岸被冲毁。朝廷依旧命令徐有贞主持修筑。没过多久工程结束，徐有贞回到京城觐见皇帝，朝廷给予丰厚奖赏，提拔他做副都御史。
天顺元年，修筑祥符护城大堤。天顺五年七月，黄河冲垮汴梁土城，接着冲破砖城，城内积水一丈多，官署民房大半损毁。周王府宫中人员和地方官员全都靠木筏避难，军民淹死的不计其数。襄城县城也被洪水冲垮。朝廷派遣工部侍郎薛远前去勘察，抚恤受灾百姓，减免田租，官署民居依次修复。第二年二月，开挖祥符曹家溜，黄河水势稍稍平复。
天顺七年春天，河南布政司照磨金景辉任满来到京城，上奏：“建国初期，黄河河道在封丘，后来移到康王马头，距离开封城北三十里。当时还有两条支流：一条从沙门注入运河；一条经金龙口通向徐州洪、吕梁洪入海。正统戊辰年，黄河在荥泽决口，河道转向开封城南，全部流入淮河，旧黄河和两条支流全部淤埋，漕运河道也随之变浅。景泰癸酉年，洪水逼近开封城，修筑四十里长堤，耗费巨大，但是洪水一来就溃决，还没有达到冲毁城壕的地步。到天顺辛巳年，洪水突然袭来，土城砖城一同崩塌，七个府县耗费财力人力修筑的堤防全部作废，人心惶惶，不知道祸患什么时候结束。黄河不遵循旧河道，全部涌入淮河，属于河道失常。现在急需疏导分流削弱水势。如果只是把全部洪水丢给淮河，单单依靠筑堤作为长久对策，恐怕开封终究会被洪水吞没。请求朝廷下旨，命令相关部门，先拓宽疏浚金龙口，接通漕河；再勘察旧河道或者另寻泄洪通道，开挖疏浚，平息水患，做长久打算。”皇帝下令按照他的建议办理。
成化七年，朝廷任命王恕为工部侍郎，持皇帝敕令总管河道。明朝设置总河侍郎，就是从王恕开始。当时黄河没有发生大的灾害，王恕把精力全部放在治理漕河上面。
成化十四年，黄河在开封决口，冲毁护城堤五十丈。河南巡抚都御史李衍上奏：“河南屡次遭遇黄河水患，根源都是下游河道淤塞。应当疏浚开封西南新城往下到梁家浅旧河口七里淤塞河段，宣泄杏花营上游洪水；再从八角河口一直通到南顿，分导漫流洪水，免除祥符、鄢陵、睢州、陈州、归德的灾祸。”朝廷下令李衍斟酌施行。第二年正月，迁移荥泽县治躲避洪水，开封决口堤防不久就修补完毕。
弘治二年五月，黄河在开封以及金龙口决口，洪水冲入张秋运河；又冲垮五处埽工，灌入沁水。许多府县受灾，汴梁灾情最重。朝中官员甚至提议迁移开封城躲避水患，布政司徐恪坚决反对，这件事才作罢。朝廷下令大规模调遣士兵修筑河堤。九月，任命白昂为户部侍郎治理河道，赐予专门敕书，命令他会同山东、河南、北直隶三位巡抚，从上游决口直到运河，根据实际情况修筑整治。
弘治三年正月，白昂上奏：“我从淮河一路勘察水势，到达河南中牟等县，看到上游决口的洪水，三成向南流入南岸，七成向北涌向北方。向南决口的洪水，从中牟杨桥到祥符地界分成两支：一支经过尉氏各县，汇合颍水，流到涂山注入淮河；一支经过通许各县，汇入涡河，流到荆山注入淮河。还有一支从归德州通向凤阳亳县，同样汇入涡河入淮河。
向北决口的洪水，从原武经过阳武、祥符、封丘、兰阳、仪封、考城。其中一股从金龙口等地冲入山东曹州，奔袭张秋漕河。去年冬天水位回落，泥沙淤积，这处决口已经淤平，洪水于是汇合成一条大河，从祥符翟家口汇合沁河，经过丁家道口，流往下游徐州。这就是黄河南北分流的大体形势。汇合颍水、涡河进入淮河的几条河道，河滩沙洲众多，水流微弱，应当加以疏浚，分散黄河水势。汇合沁水流向徐州的河道，河道狭窄，容纳不下大水，才有淹没之灾。况且上游金龙口各处虽然暂时淤塞，时间久了还会重新决口，应当在北流经过的七个县修筑堤岸，保护张秋。但是原先敕令只让我治理山东、河南、北直隶，南直隶的淮安、徐州，是黄河必经的关键地带，还没有专人统管。”于是朝廷把淮徐地区也一并交给白昂管理。
白昂举荐郎中娄性协同治河，征调民夫二十五万。修筑阳武长堤，防备洪水冲向张秋；引中牟决口的河水从荥泽杨桥流入淮河；疏浚宿州古汴河接入泗水；疏浚睢河，从归德饮马池，经过符离桥直达宿迁汇入漕河，上游修筑长堤，下游修建减水闸；又开挖十几条月河泄洪，堵塞三十六处决口。使河水流入汴河，汴河入睢河，睢河入泗水，泗水入淮河，最后流入大海，水患稍稍平息。白昂又认为河南黄河入淮河并不是黄河正道，担心淮河终究容纳不下全部洪水，又在鱼台、德州、吴桥修复古长堤；再从东平往北到兴济开挖十二条小河，分别导入大清河和古黄河入海，各个河口修建石堰，根据水势开闭。整体南北同时治理，东南一侧以疏浚河道为主。
弘治六年二月，朝廷任命刘大夏为副都御史，处理张秋决河。在此之前，黄河在张秋戴家庙决口，夺走漕河河水，和汶水汇合向北奔流。朝廷派遣工部侍郎陈政督办治理。陈政上奏：“黄河旧道有两条：一条在荥泽孙家渡口，经过朱仙镇直达陈州；一条在归德州饮马池，和亳州地界相连，过去两条河道全都流入淮河。现在两条旧道都已经淤塞，导致上游水流冲击，河水全部向北奔涌。从祥符孙家口、杨家口、车船口，兰阳铜瓦厢，黄河冲出好几道水流，全部灌入运河。于是张秋上下游形势危急，堂邑到济宁多处堤岸崩塌，戴家庙减水闸河道浅窄，不能泄洪，也被冲垮。请疏浚旧河道，消减上游水势，堵塞决口，阻止下游受灾。”陈政正逐步开展工程，不久就死在任上。孝宗十分忧虑，命令朝中大臣共同举荐有才干可以担当重任的人，大家一致推举刘大夏。朝廷赐下敕书，派他前往治河。
十二月，河南巡按御史涂升上奏：“黄河造成灾害，向南决口祸害河南，向北决口祸害山东。汉代黄河在酸枣决口，后来又溃于瓠子；宋代在馆陶决口，又在澶州溃堤；元代汴梁遭河患，蒲口又被冲垮。但是汉代都城在关中，宋代都城在汴梁，黄河决口受害的不过是沿河几个郡。如今京城全靠会通河每年运输几百万石粮食，如果黄河向北决口，漕运就会面临巨大危机。我广泛搜集各方意见，治理黄河有四条策略：
第一是疏浚。荥阳县、郑州以东，五河以西，饮马河、白露河，都是过去黄河顺着涡河入淮河的旧河道。后来长期南流，有的河口泥沙淤积，排水不畅；有的河道狭窄，容纳不下大水。洪水没有地方分流宣泄，于是泛滥向北决口。现在应当勘察东南上游旧河道，加以疏浚，让主流回归故道，多余洪水归入低洼河道，下游就不会溃决，北岸也没有冲垮堤防的隐患。第二是堵筑堤防。在东南分散水势之后，必须在西北修筑堤岸。黄陵冈一带旧堤残缺破损，应当根据下游东北的地势，距离河水远近，全部修补完整，约束各路河水向东南流淌，经淮河入海，张秋就没有灾祸，漕运河道也可以保全。第三是善用人才，举荐河南佥事张鼐。第四是官员长久任职，请朝廷充分信任刘大夏，在归德或者东昌修建官署，让他在当地就近决断事务。”孝宗认为他说得很对。
弘治七年五月，朝廷派遣太监李兴、平江伯陈锐，会同刘大夏一同治理张秋水患。十二月，张秋决口堵塞工程完工。起初黄河水流凶猛，决口宽九十多丈。刘大夏实地勘察之后说：“下游不能够直接治理，要先处理上游。”于是在决口西南开挖三里多越河，保障粮船通行；疏浚仪封黄陵冈以南贾鲁旧河四十多里，河水从曹州流向徐州，分散水势；又疏浚孙家渡口，另外开挖七十多里新河，引导河水向南，从中牟、颍川向东流入淮河；疏浚祥符四府营淤河，河水从陈留流到归德之后分成两股，一股从宿迁小河口流出，一股顺着亳州涡河，一同汇入淮河。之后沿着张秋运河两岸，东西两边修筑高台，拉起绳索定位，把大船凿开孔洞、内部填塞物料，行驶到决口位置，抽掉堵塞物，把船沉入水中，上面压上巨型埽体。堤坝一边合拢一边被洪水冲开，冲垮就立刻重新修筑，昼夜不停。决口终于封堵成功，外围再修建石堤，如同长长的彩虹，工程才全部完成。孝宗派遣使者送去羊和酒慰劳众人，把张秋改名叫安平镇。
刘大夏等人上奏：“安平镇决口已经封堵，黄河下游向北经过东昌、临清直到天津入海，漕运已经恢复。但是必须修筑黄陵冈河口，引导上游黄河往南流向徐州、淮河，才可以保障漕运长久平安。”朝廷讨论批准这个提议。弘治八年正月，封堵黄陵冈以及荆隆等七处河口，十五天完工。黄陵冈处在安平镇上游，河口宽九十多丈；荆隆等口又在黄陵冈上游，宽度四百三十多丈。黄河水流到这里水面宽阔，奔涌浩荡，都是要害位置。各处河口全部堵死后，上游黄河水流重新回到兰阳、考城，分道经过徐州、归德、宿迁，向南汇入运河，会合淮水向东奔流入海，向南的旧河道得以恢复。大名府修筑长堤，起于胙城，经过滑县、长垣、东明、曹州、曹县，一直到虞城，一共三百六十里。西南荆隆口新筑堤坝起于家店，经过铜瓦厢、东桥，抵达小宋集，一共一百六十里。两道大堤互相护卫，石坝全部加固增厚，溃决的祸患就此平息。孝宗因为黄陵冈工程完工，下诏修建黄河神祠镇护河道，赐匾额“昭应”。同年秋天，征召刘大夏等人返回京城。荆隆，就是过去的金龙口。
弘治十一年，黄河在归德决口。工部员外郎、管河官员谢缉上奏：“黄河一条支流原先从徐州城东小浮桥流入漕河，向南直达邳州、宿迁。如今黄河上游在归德州小坝子一带冲开决口，和黄河别的支流汇合，经过宿州、睢宁，由宿迁小河口流入漕河。于是从小河口往北到徐州水流减弱，河道淤浅。而且徐州洪、吕梁洪，依靠沁水补给；沁水从沁源、河内，流经归德到徐州小浮桥流出，虽然和黄河源头不一样，但是近几年黄河、沁水河道混在一起。现在黄河从归德向南决口，恐怕会裹挟沁水一同向南，那么徐、吕二洪就会淤浅受阻。请求尽快堵塞归德决口，迫使黄河水流流向徐州接济漕运；再疏浚沁水淤积，让沁水流入徐州补给徐、吕二洪，河水充沛，漕运才能通畅。”孝宗听从他的意见。
没过多久，河南管河副使张鼐上奏：“我曾经请求修筑侯家潭口决河，保障徐、吕二洪。自从六月以来，河水四处泛滥，潭口被洪水侵蚀越冲越深，工程耗费巨大，很难完工。我曾经实地勘察水势，荆隆口堤坝以内有旧河道连通贾鲁河，经过丁家道口流往徐州、淮河，遗迹还在。如果在上游武陟木栾店另外开凿渠道，向下接通荆隆口旧河道，等到黄河向南改道，就把河水引入这条渠道，充沛水流就能补给二洪，粮船运输就不会受阻。”孝宗把他的提议下发给总漕都御史李蕙商议。
两年之后，兖州知府龚弘上奏：“副使张鼐看到黄河向南流动，想要从荆隆口分出沁水流入贾鲁河，又从归德西王牌口分水也汇入贾鲁河，全部经丁家道口流向徐州。但是今年秋天河水从王牌口向东流淌，不走丁家道口向南，反而逆流往东北冲到黄陵冈，再从曹县流入单县，向南连接虞城。请求命令地方官员尽快拿出疏浚修筑的方案。”于是河南巡抚都御史郑龄上奏：“徐、吕二洪依靠黄河、沁水两股河水合流供给。如今丁家道口上下游有十二处堤岸溃决，总共宽三百多丈，河道淤积三十多里。上游洪水肆意奔流，曹县、单县遭受灾害，安平镇也面临危险；下游洪水四散漫溢，萧县、砀山受灾，漕运航道受阻。疏浚修筑河道是当务之急。”工部批复同意，于是修缮丁家道口上下游堤岸。
起初，黄河从原武、荥阳分成三道：一道经亳州、凤阳到清河口，汇入淮河入海；一道从归德州经过丁家道口，抵达徐州小浮桥；一道顺着洼泥河经过黄陵冈，也抵达徐州小浮桥，也就是贾鲁河。等到黄河在黄陵冈决口，向北冲向张秋，侵夺漕运河道，刘大夏前去堵塞决口，黄河才依旧从清河口入海。弘治十八年，黄河突然向北迁徙三百里，河道改到宿迁小河口。正德三年，再次向北迁徙三百里，到达徐州小浮桥。正德四年六月，又向北迁徙一百二十里，抵达沛县飞云桥，全部流入漕运河道。
这个时候，黄河向南的旧河道淤塞，河水全部向北奔涌。单县、丰县之间河道狭窄，洪水漫溢，黄河冲垮黄陵冈、尚家等处堤防，曹县、单县田地房屋大量被淹没，洪水甚至包围丰县城池，河面两岸宽达一百多里。漕运总督以及山东镇守、巡抚官员，担心黄河顺着钜野、阳谷旧道，抢夺济宁、安平运河，各自上书陈述看法。方案还没有确定。正德五年九月，黄河再次冲垮黄陵冈，洪水涌入贾鲁河，四处泛滥，直逼丰县、沛县。御史林茂达也担心向北决口危害安平镇，请求疏浚仪封、考城上游旧河道，引黄河向南分流削弱水势，之后堵塞决口，修复旧堤。
工部侍郎崔岩奉命治理黄河，疏浚祥符董盆口、荥泽孙家渡，又疏浚贾鲁河以及亳州旧河各几十里，修筑长垣各县决口堤防以及曹县外堤、梁靖决口。工程还没结束，突降暴雨，堤坝溃决。崔岩上奏：“黄河水流冲击越发猛烈，洪水流入王子河，这也是黄河旧道，如果不在上游多分散水势，决口恐怕很难堵死。不如在曹县、单县、丰县、沛县增筑堤防，不让黄河继续向北迁移，以此保护漕运。”同时请求另外委派懂水利的大臣共同商议。明武宗斥责崔岩治水不力，派侍郎李堂接替。李堂上奏：“兰阳、仪封、考城旧河道淤塞，河水全部涌入贾鲁河，经过黄陵冈抵达曹县，冲垮梁靖、杨家两处河口。侍郎崔岩也曾疏浚修筑，但是当地地势高，河床淤积，一边疏浚一边淤塞，水势消减有限，决口也难以封堵。梁靖往下地势最低，各路洪水汇聚形成大河，直奔沛县。就算这里决口修筑完成，也没有空间容纳全部河水，洪水一定会回头冲击黄陵冈堤防，妨害漕运。那些已经淤埋的古河道，很难重新疏通。请求从大名三春柳到沛县飞云桥，修筑三百多里长堤，阻挡黄河向北迁徙。”武宗批准。正德六年二月，工程还没有完工，李堂上奏：“陈桥集、铜瓦厢都需要加高加固，请设置一名副使专门管理河道。”恰逢河南爆发民变，朝廷把李堂召回京城，下令暂缓不急的工程。河务交给管河副使，筑堤工程就此停工。
正德八年六月，黄河又在黄陵冈决口。工部商议，这个地方跨越大名、山东、河南，各地官员权责分散，请专门派遣重臣。于是任命管河副都御史刘恺兼管这件事。刘恺上奏，率领众人祭祀河神，过了两天，黄河水流自行向南偏移。尚书李鐩于是请求祭祀河神，赏赐刘恺羊肉美酒。刘恺对治河束手无策，只会把功劳归于河神。曹县、单县遭受水害一天比一天严重。
明世宗即位之初，总河副都御史龚弘上奏：“黄河自从正德初年，河道变化无常，不断向北移动。黄河各股水流汇为一体，流到黄陵冈之前转向向南，流出徐州汇入运河。黄陵冈原先修筑三道埽坝，已经被洪水冲毁两道。我担心山西、陕西山洪暴发，再加上连绵大雨，黄河会决口冲向张秋，重新顺着旧道入海。我曾经修筑长堤，从长垣经过黄陵冈直到山东杨家口，绵延二百多里。现在计划距离旧堤十里左右再修一道新堤，长度、高度、宽度和旧堤相当。就算洪水漫过旧堤，流到十里之外，流速放缓，就不会发生大的溃决。”世宗予以批准。自从黄陵冈决口之后，开封以南不再受黄河祸害，而河北徐州、沛县各个州县，黄河河道频频变动。
嘉靖五年，漕运总督都御史高友玑请求疏浚山东贾鲁河、河南鸳鸯口，分散宣泄洪水，不让灾祸集中在某一处。工部商议之后，担心会祸害山东、河南，没有准许。这年冬天，任命章拯为工部侍郎兼任佥都御史，总管治河。
在此之前，大学士费宏上奏：“黄河流到汴梁以东分成三条支流，虽然时有冲决，但不会酿成大祸。正德末年，涡河等河道一天天淤浅，黄河大股向南的水流没有地方分散，于是从兰阳、考城、曹州、濮州直奔沛县飞云桥、徐州溜沟，全部涌入漕河，洪水四处漫溢，这就是前几年的水患。近来，沙河到沛县河床浮沙淤积，官民船只只能绕行昭阳湖。每年春夏，湖水变浅，漕运必然阻断，涡河等河道必须尽快疏浚。”御史戴金上奏：“黄河流入淮河一共有三条通道：从中牟到荆山汇入淮河的是涡河；从开封经过葛冈小坝、丁家道口、马牧集鸳鸯口，抵达徐州小浮桥口的是汴河；从小坝经过归德城南饮马池到文家集，经过夏邑到宿迁的是白河。弘治年间，涡河、白河上游淤塞，所有压力全部落到徐州。应当从小坝到宿迁小河，连同贾鲁河、鸳鸯口、文家集的淤塞河段全部疏通，流入淮河的河道不止一条，徐州的水患就会减轻。”御史刘栾上奏：“曹县梁靖口南岸，旧有贾鲁河，向南到武家口十三里，已经被黄沙填平，必须开挖疏浚；武家口往下到马牧集鸳鸯口一百一十七里，就是过去通向徐州的小黄河旧道，河道还没有完全干涸，也要疏通。”漕运总兵官杨宏也请求疏浚归德小坝、丁家道口、亳州涡河、宿迁小河。高友玑和章拯也多次提出相同主张。全部下发工部讨论。工部认为开挖贾鲁旧道、疏浚涡河上游工程浩大，难以完成，不可以轻易动工，只商议修筑堤防约束河水，让水流回归主河道。
就在这一年，黄河上游洪水暴涨，向东北冲到沛县庙道口，横切断运河，从鸡鸣台口灌入昭阳湖。汶水、泗水向南的水流被裹挟向东；从飞云桥流出的黄河水向北漫流，几十里河道被泥沙淤埋。洪水淹没丰县，丰县只能迁移县治躲避水患。
第二年，章拯上奏：“荥泽北边孙家渡、兰阳北边赵皮寨，都可以引水向南流入涡河，再往东进入淮河。但是这条水道向东经过凤阳长淮卫，会经过寿春王的陵园，一旦泛滥后果不堪设想。只有宁陵北边的坌河，连通饮马池，抵达文家集，再经过夏邑到宿州符离桥，从宿迁小河口流出。从赵皮寨到文家集，一共二百多里，把这条河道疏通，就可以分散水势，又不会威胁皇家陵园。”并且绘制地图进献朝廷。世宗下令限期动工。但是黄河在曹县、单县、城武县的杨家口、梁靖口、吴士举庄决口，洪水冲入鸡鸣台，抢夺运河河道，沛县境内七八里河道被泥沙填埋，粮船无法通行。御史吴仲把灾情上报，弹劾章拯不能办好治河事务，请求挑选能干的官员接替。这年冬天，朝廷任命盛应期为总督河道右都御史。
当时，光禄少卿黄绾、詹事霍韬、左都御史胡世宁、兵部尚书李承勋，各自上奏治河方略。
黄绾说：“漕河依靠山东山泉来水，不必借助黄河。不如开挖兖州、冀州之间地势两边高、中间低洼的地带，引导黄河向北，从直沽入海。”
霍韬说：“有人想要引黄河从兰阳流向宿迁。洪水如果泛滥徐州、沛县，还有徐州洪、吕梁洪约束阻挡，东北群山如同高墙，洪水有边界限制。如果河道改从兰阳流出，归德、凤阳千里平地，黄河肆意奔涌，好几个府都会变成泽国，灾祸就不止徐沛一带。卫河从卫辉汲县到天津入海，就是古黄河的河道。现在可以在河阴、原武、怀庆、孟县一带勘察地形，把黄河水引入卫河，流到临清、天津，徐州、沛县的洪水压力就能减半。元代漕船渡过长江进入淮河，到封丘以北，走一百八十里陆路运到淇门，转入御河抵达京城，御河就是卫河。现在导引黄河流入卫河，冬春可以顺着卫河到临清、天津，夏秋依旧走徐州、沛县，这样漕运两处水道都可以利用，一举两得。”
胡世宁说：“黄河流过汴梁之后，向南分出两道：一道从汴梁西边荥泽，经过中牟、陈州、颍州，到寿州入淮河；一道从汴梁东边祥符，经过陈留、亳州，到怀远入淮河。东南还有一道，从归德、宿州，经过虹县、睢宁，到宿迁流出。向东又分出五道：一道从长垣、曹州、郓城流向阳谷；一道从曹州双河口流到鱼台塌场口；一道从仪封、归德到徐州小浮桥；一道从沛县南边飞云桥流出；一道从徐州沛县中间的境山、北溜沟流出。六条河道全都汇入漕河，再向南汇合淮河入海。如今这些旧道大多淤塞，只剩下沛县这一条河道。河水全部汇集一处，水势浩大，河道狭窄承受不住，于是泛滥成灾，最近又漫进昭阳湖，水流放缓泥沙淤积。应当利用旧河道分散水势。汴河西边疏浚孙家渡直到寿州，分散上游洪水；汴东南通往怀远、宿迁，以及正东小浮桥、溜沟各条水道，挑选合适的加以疏浚，宣泄下游洪水；或者修复武城南边废弃旧堤，连接丰县、单县，直达沛县北边庙道口，防备黄河向北泛滥，这些都是治理黄河的紧要事务。站在保障漕运角度，可以在昭阳湖东面，滕县、沛县、鱼台、邹县之间的独山、新安社地方，另外开凿一条一百多里运河，南边接留城，北边接沙河，加厚西岸堤防挡住湖水，把昭阳湖当作黄河洪水滞蓄的洼地，这才是上策。”
李承勋上奏：“黄河汇入运河一共有六条支流。涡河源头淤塞之后，河水向北从小黄河、溜沟等处流出，没过几年这些河道也相继淤埋，所有水流全部从飞云桥涌出，丰县、沛县遭受灾祸，金沟一带漕运河道淤塞。好在东面群山阻挡，昭阳湖还可以行船。如果黄河继续向北迁移，径直奔流入海，安平镇旧道就会危险，单县、谷亭百万百姓性命堪忧；再往北去，济宁到临清运河各路河水跟着东流大海，漕运就彻底断绝。我的愚见是勘察六条旧河道，疏导河水向南，避免冲决堤防，下游河道必须疏浚。想要保全丰县、沛县、单县、谷亭百姓，必须依托旧堤修筑，加固西北堤防，不让洪水向外漫溢，上游堤防不能不修。”
他提出在昭阳湖东面新开运河的主张，和胡世宁相同。世宗把这些意见下发给河道总督讨论。
嘉靖七年正月，盛应期上奏，采纳胡世宁的策略，请求在昭阳湖东面新开运河。恰逢黄河在庙道口三十余里决口，于是另外派遣官员疏浚赵皮寨、孙家渡、南北溜沟，分散上游洪水；修筑从武城以西直到沛县南边的堤防，防止向北溃决。遇上旱灾，朝廷下诏反省过失，谏官上奏请求停止新河工程，于是把盛应期召回京城，派工部侍郎潘希曾接替。潘希曾到任上奏：“之前赵皮寨疏浚没有打通，我已经疏通孙家渡口分散黄河水势，请下令河南巡抚潘埙督促管河副使，按期完工。”世宗批准。潘希曾又上奏：“漕河庙道口往下几十里突然淤塞，是因为黄河决口洪水从西边横冲过来，裹挟运河河水向东流入昭阳湖，运河水流不再向南；飞云桥的洪水又时常向北漫流。现在应当在济宁、沛县之间加高加固东堤，阻挡洪水冲入昭阳湖；再修筑西堤抵御黄河冲击，水流不会分散变缓，庙道口就再也不用担心淤塞。”世宗也予以采纳。
嘉靖八年六月，单县、丰县、沛县三县长堤修筑完工。嘉靖九年五月，孙家渡河堤完工。过了一个月，黄河在曹县决口。一股从胡村寺东边，向东南流到贾家坝进入古黄河，经过丁家道口从小浮桥汇入运河；一股从胡村寺东北分成两支：一支向东南经过虞城到砀山，汇合古黄河流向徐州；一支向东北顺着单县长堤抵达鱼台，漫成大片积水，沿着谷亭流入运河。单、丰、沛三县长堤发挥阻挡作用，没有酿成大祸。潘希曾上奏：“黄河从归德流向徐州汇入漕河，是原本的河道。永乐年间，曾经疏浚开封支河到鱼台接济浅涩漕道。弘治之后，黄河改道从单县、丰县流出沛县飞云桥，归德旧道淤塞，鱼台支河也被填埋。如今黄河主流重归旧道，水患远离，支流到达鱼台，漕运就不用担心水浅，这是漕运的福气，国家的幸事。”世宗十分高兴，下令相关部门记录这件事，把潘希曾召回京城。从此丰县、沛县渐渐不再遭灾，但是鱼台频繁遭遇洪水。
嘉靖十一年，总河佥都御史戴时宗建议把鱼台作为滞蓄洪水的区域，上奏：“黄河北岸临近漕运河道；向西南分流的河道一共有四条：从孙家渡流向寿州；从涡河口流向怀远；从赵皮寨流向桃源；从梁靖口流向徐州小浮桥。往年四条河道全部淤塞，黄河全部向北奔涌，曹县、单县、丰县、沛县、鱼台接连受灾。现在灾祸集中到鱼台，可以暂且让出这片地方容蓄洪水，顺势导引洪水流入昭阳湖，经过新开河道，从留城、金沟、境山流出，治理起来就省力。四条分洪河道之中，涡河途经皇家祖陵，不敢轻易动工；其余三条还留有旧河道遗迹。趁着鱼台洪水壅积，命令开封河工修筑埽体堤坝，逼迫黄河水分散多道下泄，鱼台水势就会减弱。等到水位回落完工，连同前面三条河道一共四条水道分泄洪水，黄河水患就可以平息。”
第二年，都御史朱裳接替戴时宗，上奏两件治河事宜，大意说：“应当按照戴时宗的规划开挖三条支流；同时堵塞梁靖口以东，黄河流入鱼台运河的岔口，阻挡黄河洪水，谷亭镇以南二百多里淤塞的运河就可以疏浚，这叫堵住黄河岔口，修复漕运。黄河从谷亭汇入运河，顺流向南，两天就可以抵达徐州；从徐州逆流北上，要四天才能到谷亭。利用黄河水接济漕运好处很大。担心黄河向北改道，从鱼台、金乡、济宁冲向安平镇，冲垮运河堤岸；又或者几条分流河道有一处淤塞，谷亭以南运河同样会被冲毁。要修缮加固堤岸，约束黄河河水汇入运河，这叫借助黄河水流保障漕运。”世宗下诏让朱裳实地勘察处置。
嘉靖十三年正月，朱裳又上奏：
“如今梁靖口、赵皮寨河道已经打通，孙家渡正在疏浚。唯独涡河这一支，因为赵皮寨下游睢州野鸡冈，正河淤塞五十多里，洪水漫过平地涌入涡河。应当开挖加深拓宽，引导漫流洪水回归主河道；在睢州张见口修筑一百多里长堤直到归德郭村，防止洪水泛滥。还要经常疏浚梁靖口下游，开挖仪封月河接入主河道，一直连通小浮桥。那么黄河北岸的水势就会减弱。
黄河流过鱼台之后，水流渐渐向北，就有越过济宁、奔向安平、向东流入大海的趋势。朝廷曾经商议堵塞岔河河口来保护运河，但是河水势头汹涌，恐怕很难一下子堵死。就算堵住了，河水也难免横向决口，黄陵冈、李居庄这些地方免不了遭受水患。徐州往上到鲁桥，泥沙淤积停滞，山东各处泉水水量微弱，运河航道必定会淤涩难行。请求修筑从城武到济宁的缕水大堤，长达一百五十多里，用来防范黄河向北漫溢。再把鲁桥到沛县的东堤一百五十多里修筑得坚固厚实，用石块加固。从鱼台到谷亭疏通淤塞的河道，引水进入漕运河道，以此缓解鱼台、城武的水患，这是顺着河水本性，不和河水争夺土地的办法。
孙家渡、涡河两条支流都从怀远流出，汇合淮河水流抵达凤阳，流经皇陵、寿春王陵，再到泗州，流过祖陵。皇陵地势高，不用担忧；祖陵却三面临近河水，寿春王陵距离河水尤其近。祖陵应当修筑土堤，寿春王陵应当砌造石岸，但是这件事关系重大，不敢轻易动工。清江浦口正处在黄河、淮河交汇的要冲，两条河水涨水就漫进河口，由此造成淤塞，阻碍漕运，应当把河口疏浚得又深又宽。同时修筑堤防防备洪水上涨，修建坝体保护行船，这些工程都不能拖延。过去淮河单独流入大海，海口还有迂回分流的水道，安东上下又有涧河、马逻等港口来分泄河水入海。如今黄河汇入淮河，水势已经和从前大不相同，那些港口、迂回水道全都已经淤埋堵塞，河水不能快速排泄，下游壅塞，上游就泛滥漫溢，阻塞运河航道。应当依次开挖疏通各处沟港，对于海口淤积的沙洲，多安排龙爪船来回搅动冲刷，拓宽河水入海的通道，这就是所说的疏导下游的办法。
黄河从鱼台流出虽然可以借此便利漕运，但是河道没有几十年不发生变迁的。一旦黄河改道别处，那么徐州、沛县一带河道必定干涸。应当大力疏浚山东各处泉水，让水流汇集到汶河，这样徐州、沛县的河渠就不用担心干涸，就算岔河河口被堵塞，也没有祸患了。”工部回复，全部采纳他的提议，皇帝批准施行。没过多久，刘裳因亲人去世离职守孝，朝廷任命刘天和以总河副都御史的身份接替刘裳。
这一年，黄河在赵皮寨决口，河水流入淮河，谷亭河道断流，庙道口又发生淤塞。刘天和征调十四万民夫疏浚河道。不久，黄河忽然从夏邑大丘、回村等村镇冲开好几处河口，转向东北，流经萧县，流到徐州小浮桥。刘天和上奏说：“黄河从鱼台、沛县流入漕运河道，让漕船通行顺畅几十年，可是它也淤塞河道、毁坏闸座、阻隔泉水径流、冲宽河床，造成的危害也很大。如今黄河已经改道，从虞城、萧县、砀山流往小浮桥，而榆林集、侯家林两条流入运河的支流，全都淤塞断流，便利消失，只剩下祸患。应当疏浚鲁桥到徐州二百多里淤塞的河道。”皇帝下诏许可。
嘉靖十四年，朝廷采纳刘天和的建议，在曹县梁靖口东边的岔河河口修筑压口缕水堤，又修筑曹县八里湾到单县侯家林的一道长堤。这年冬天，刘天和分条上奏几件治河事务，其中说道：“鲁桥到沛县的东堤，从前提议砌石抵御横流，如今黄河已经向南迁徙，可以不必修筑。孙家渡从正统年间，整条黄河就从这里向南改道，弘治年间淤塞，多次开挖又多次淤堵，终究不能疏通。现在赵皮寨的河道一天天被水流冲得宽阔，如果再开挖渡口，让河水一并流入涡河，不只是两条河道水流阻滞，恐怕还会对皇家陵寝造成威胁，应当维持现状，不用治理。从前提议在祥符盘石、兰阳铜瓦厢、考城蔡家口各处增筑月堤。臣认为黄河应当重点防范的是北岸，应当选择距离主河道较远的位置，分别修筑大堤、中堤各一道，修补加固，让北岸七八百里的堤防连接完整、高大厚实，那么之前勘查计划修筑的各道堤防，就都包含在其中，其余规划的堤防全都可以停止修建。”皇帝也听从了他的意见。
嘉靖十五年，督漕都御史周金上奏：“自从嘉靖六年之后，河道越发向南偏移，其中一条水道顺着涡河径直奔向长淮；另外梁靖口、赵皮寨两条支流分别流入清河，汇集到新庄闸，于是河水倒灌进里河。河水退去泥沙留存，河道一天天淤塞。当地老人们都说，黄河从汴地流来，河水本就浑浊，涡河、淮河、泗河河水清澈，新庄闸正处在浑浊黄河与清澈河水交汇的水口。黄河、淮河汇合之后，过去给沛县带来的水患，如今转移到了淮安。因此请求在新庄另外开挖一条河渠，设置水闸，用来蓄水泄洪。”朝廷采纳了这个建议。
嘉靖十六年冬天，朝廷采纳总河副都御史于湛的提议，开挖地丘店、野鸡冈各口上游四十多里河道，河水经由桃源集、丁家道口流入旧黄河，拦截涡河河水汇入黄河，充实徐州、吕梁二洪的水量。嘉靖十八年，总河都御史胡缵宗开挖考城孙继口、孙禄口的黄河支流，以此减轻归德、睢州的水患，同时引水灌注徐州、吕梁二洪，并且在这两处河口修筑长堤，又修补马牧集的决口。
嘉靖二十年五月，朝廷任命兵部侍郎王以旂总管河道事务，协同总河副都御史郭持平谋划处置。前一年，黄河南迁，在野鸡冈决口，河水顺着涡河经过亳州流入淮河，以往的各个决口都已经堵塞。从孙继口、考城流向丁家道口，再从虞城流入徐州、吕梁二洪的水量，只剩下原来的十分之二。郭持平治理河道很久，没有成效，被降低俸禄，戴罪办事。王以旂到任之后上奏：“建国初期，漕运河道只依靠各处泉水以及汶河、泗河供水。黄河水势迅猛、河水浑浊，河道迁徙无常，所以徐有贞、白昂、刘大夏都极力排斥借黄河水接济漕运的做法。如今有幸黄河南迁，各处水闸恢复旧貌，应当疏浚山东各处泉水，把水引入野鸡冈新开挖的河道，补给徐州、吕梁二洪；再在沛县以南修筑长堤，仿照闸河的模式聚拢水流，一切以便利漕运为目的。”第二年春天，郭持平请求疏浚孙继口、扈运口、李景高口三条河道，让河水向东经过萧县、砀山流入徐州，接济漕运。这年秋天，朝廷采纳王以旂的建议，在孙继口之外另外开挖一条河渠泄洪，补给徐州、吕梁二洪的水量。工程历时八个月，三处河口的工程完工，王以旂、郭持平都得到奖赏，随后王以旂被召回京城。没过多久，李景高口又发生淤塞。
早些时候，黄河在丰县决口，朝廷把县治迁到华山，过了很久才迁回原来的县治所在地。黄河在孟津、夏邑决口，两地县城也都迁徙。等到野鸡冈决口之后，凤阳沿淮河的各个州县多遭水患，朝廷就商议迁徙五河、蒙城躲避洪水。但是临淮关乎祖陵风水地势，不能迁徙，于是采纳巡按御史贾太亨的意见，下令河道、巡抚两位大臣赶紧疏浚砀山河道，把河水引入徐州、吕梁二洪，削弱向南倾泻的水势。
嘉靖二十六年秋天，黄河在曹县决口，洪水灌入县城，水深二尺，漫过金乡、鱼台、定陶、城武，冲击谷亭。总河都御史詹瀚请求在赵皮寨各个河口多开挖支流河道，分散水势。皇帝下诏准许。
嘉靖三十一年九月，黄河在徐州房村集到邳州新安决口，漕运航道淤塞阻断五十里。总河副都御史曾钧上奏治理黄河的方略，于是疏浚房村到双沟、曲头的河道，修筑徐州高庙到邳州沂河的堤防。他又上奏说：“刘伶台到赤晏庙一共八十里，是黄河的下游，淤积泥沙堵塞河道，应当优先疏浚。其次是草湾老黄河口，洪水冲击淹没安东全县，也应当抓紧修筑堤防，还要修建长堤、矶嘴，抵御水流冲击。另外三里沟新河口比旧河口水位高出六尺，开挖旧河口虽然有泥沙淤塞的隐患，但是造成的危害较轻；开挖新河口免不了洪水淹没的风险，可是漕船航行很便利。应当暂时封闭新河口，修建水闸，同时加高加固高家堰长堤，新庄各处水闸用石块砌筑，阻挡泛滥的洪水。”皇帝命令侍郎吴鹏赈济受灾百姓，全部采纳曾钧的奏请。
三里沟新河，是督漕都御史应槚，从前为了引黄河水接济漕运，开挖清河口连通黄河形成的河道。如今黄河入海，下游涧口、安东都淤积抬高，河道壅塞，水位渐渐抬升，河水倒灌进清河口，泥沙沉积，河道屡次疏浚屡次淤堵。三里沟处在淮河下游、黄河尚未汇合的河段，所以封闭清河口，开挖这条新河，让漕船经由通济桥逆流沿沟驶出淮河，再抵达黄河。
当时疏浚徐州、邳州的工程快要完工，一夜之间河水暴涨，河道又重新淤塞。皇帝采纳严嵩的提议，派遣官员祭祀河神。吴鹏、曾钧又联合上奏，请求抓紧修筑疏浚草湾、刘伶台，在三里沟建造水闸，接引泗水的清澈水流；并且在徐州往上到开封，开挖一两条支流，分散河水水势。这年冬天，漕运河道工程竣工，曾钧晋升为侍郎。
嘉靖三十七年七月，曹县新集河道淤塞。新集地界连接梁靖口，河道经过夏邑、丁家道口、马牧集、韩家道口、司家道口，到萧县蓟门流出小浮桥，这就是贾鲁河旧河道。自从黄河水患加剧，另外开挖支流从小河泄洪分散水势，这条主干河道就渐渐淤浅。到这时黄河在这里决口，河水冲向东北的段家口，分成六条水道：大溜沟、小溜沟、秦沟、浊河、胭脂沟、飞云桥，全部经由运河流到徐州二洪。另外分出一条支流，从砀山坚城集流到郭贯楼，又分成五条水道：龙沟、母河、梁楼沟、杨氏沟、胡店沟，也经由小浮桥汇集到徐州二洪。新集到小浮桥二百五十多里的旧河道就此淤塞，无法恢复。从此以后，黄河河道忽东忽西，没有固定走向，河水依靠多条支流分泄，好几年没有发生大规模溃决。但是水流被分割之后水势变弱，部分河段水深仅仅二尺，有见识的人预料河道必定会淤塞。
到嘉靖四十四年七月，黄河在沛县决口，上下游二百多里的漕运河道全部淤塞。整条黄河水流逆行，从沙河到徐州以北，再往下到曹县棠林集，向北分出两支：向南流淌的一支绕过沛县戚山杨家集，流入秦沟抵达徐州；向北流淌的一支绕过丰县华山东北，从三教堂流出飞云桥。河水又再分成十三条支流，有的横向冲断原有河道，有的逆向灌入漕运河道，流到湖陵城口，漫散在湖泽滩地，一直蔓延到徐州，水面浩渺无边，黄河的灾害到了极点。朝廷于是任命朱衡为工部尚书，同时管理河务与漕运，又任命潘季驯为佥都御史，总理河道。第二年二月，又派遣工科给事中何起鸣前往实地勘察河工情况。
朱衡巡视各个决口，原先的旧河道已经变成陆地，但是盛应期开凿新河的旧遗迹还在。这片地域地势较高，就算洪水泛滥到昭阳湖，河水也不能再向东流，于是朱衡定下计划，开挖疏浚这条新河。潘季驯却认为，这条新河土层浅薄，泉水四处涌出，耗费人力钱财无穷无尽；留城以上的旧河道刚刚淤塞，可以修复。两个人从此产生矛盾。何起鸣到沛县勘察完毕，回京上奏：“旧河道难以恢复，有五点原因。黄河整体改道之后，上游就会发生变动，新集、庞家屯、赵家圈都属于上游。耗费数不清的钱财，投入到河水已经舍弃的旧河道，势必不会成功，这是第一点。自留城到沛县，已经变成一片汪洋大水，没有地方施工，这是第二点。洪水横亘几十里，人连徒步通行都做不到，十万民夫没有安身之处，这是第三点。挖掘疏浚就会陷入淤泥，修筑堤防又没有合适的土料；而且封堵南边决口，洪水就会向北奔涌，这是第四点。夏秋季阴雨连绵，很难保证不会再次被洪水淹没，这是第五点。开挖新河耗费更少，还可以杜绝日后溃决的祸患。应当采纳朱衡开挖新河的主张，同时兼顾潘季驯的意见，不要完全废弃旧河道。”朝中大臣商议定案，朱衡于是决断动工开挖新河。
当时潘季驯坚持恢复旧河道的主张，朝中很多大臣也认同。于是朝廷勘察商议新集、郭贯楼等上游地段。朱衡上奏说：
“黄河从境山以北流出，闸河就会淤塞；从徐州以南流出，徐州、吕梁二洪就会干涸；只有从境山到小浮桥四十多里这一段，才对漕运两边都有利，没有害处。自从黄河泛滥横流，砀山郭贯楼的支流河道都已经淤塞，河水改道，从华山分成南北两支：向南从秦沟流出，位置在境山以南五里左右，可以利用河水补给运河；唯独向北流向沛县西边以及飞云桥，逆流上冲鱼台，造成极大祸患。
朝廷不忍心百姓遭受水灾，一心想要恢复旧河道，命令勘察上游地段。但是我考察地形，有五点不可行。从新集到两河口全都是平原高地，没有一点原有河道可以利用；郭贯楼到龙沟虽然还有一点河道形态，却都是新近淤积的泥沙，没有立足施工的条件，这是不可行第一点。凡是黄河流经之处，很少不产生祸患；走新集，商州、虞城、夏邑就要受灾；走郭贯楼，萧县、砀山就要受灾。如今改回旧河道，鱼台、沛县的灾难就会转移到萧县、砀山，这是不可行第二点。河水从华山向西倾泻，居高临下势不可挡。想要在中间开凿河渠，把河水引向南方，必须修筑大坝横向拦截，阻挡河水向东奔逃。在汹涌洪水之中修筑好几里长的大坝，施工难度极大，这是不可行第三点。需要征调民夫三十万，工程旷日持久，骚扰三个省份，这是不可行第四点。接连兴办大型工程，耗费钱财几百万，一旦经费接续不上，之前全部的努力就会毁于一旦，这是不可行第五点。只应当拓宽秦沟，让下游水道通畅，修筑南岸长堤，防范洪水奔涌溃决，这样就可以解救鱼台、沛县饱受洪水淹没的百姓。”
朝廷采纳他的意见。朱衡于是开挖从鱼台南阳到沛县留城一百四十多里的新河，又疏浚旧河道自留城往下，到境山、茶城五十多里，新河在这里和黄河汇合。又修筑马家桥堤三万五千二百八十丈，石堤三十里，阻拦黄河从飞云桥流出，逼迫河水流向秦沟，进入徐州二洪。于是黄河不再向东侵袭，漕运航道畅通，沛县原先的河道就此断流。工程还没有完工，黄河又在沛县决口，冲毁马家桥堤。官员们纷纷上奏，请求罢免朱衡。没过多久工程全部竣工。皇帝十分高兴，写下四首诗记录这件喜事，赏赐给在宫中值班的各位大臣。
隆庆元年五月，朱衡加封太子少保。黄河刚开始决口的时候，支流四散漫流到各处陆地，之后水流向南汇入浊河。等到新河完工，河水全部流向秦沟，南北各处支流的河水全都汇集到此。但是黄河水势越发暴涨。隆庆三年七月，黄河在沛县决口，自考城、虞城、曹县、单县、丰县、沛县一直到徐州全部遭受灾害，茶城河道淤塞，漕船被困在邳州，无法前进。之后航道虽然勉强恢复通行，但是黄河洪水在沛县四处泛滥，秦沟、浊河河口的泥沙刚疏浚完就又淤堵。朱衡已经被召回京城，工部以及总河都御史翁大立，都请求在梁山以南另外开挖一条河道用于漕运，避开秦沟、浊河的险患，这就是后来所说的泇河。皇帝下令勘测地势，这件事没有付诸实施。
隆庆四年秋天，黄河洪水暴涨，茶城再次淤塞；山东沙河、薛河、汶河、泗河河水同时暴涨，在仲家浅冲决运河堤防，洪水经由梁山流出戚家港，汇入黄河。翁大立又请求顺着水势疏浚这条水道。这个时候淮河也发生大洪水，从泰山庙到七里沟河道淤塞十多里，河水从各个沟渠旁漫出，流到清河县河南镇汇入黄河。翁大立又上奏：“开启新庄闸，方便漕船回航，恢复陈瑄旧时的河道，淮河的水患就可以解除。唯独黄河在睢宁、宿迁之间迁徙不定，泗州祖陵让人担忧。请求疏浚古睢河，河道从宿迁经过宿州，抵达小浮桥，排泄徐州、吕梁二洪的洪水；再规划修复清河、鱼沟的分洪河道，向下连通草湾，避免洪水冲击的祸患，这样南北漕运航道差不多可以保全。”当时翁大立已经要调任京城，正在等候接替，潘季驯又被起用为都御史总理河道。工部命令潘季驯筹划处置。
九月，黄河又在邳州决口，从睢宁白浪浅到宿迁小河口，河道淤塞一百八十里，运粮船只受阻，不能通行。翁大立上奏：“近来黄河水患不在山东、河南、丰县、沛县，而是集中在徐州、邳州。所以我之前想要开挖泇河口，拉开运河与黄河的距离；开挖萧县河，分散河水流量。正是因为河床淤积浮沙，河面不断抬高，为将来做长远考虑。如今秋天洪水接连到来，泛滥成灾。权宜之计，是舍弃旧河道，顺应新冲出来的水道；长久的策略，是开挖泇河，避开洪水。”请求朝廷在两个方案之中做抉择。工部商议，主张堵塞决口，命令翁大立逐条陈述利弊上报。翁大立于是同时呈上三套方案：开挖泇河口、顺应新冲河道、恢复旧河道，并且说明三套方案各有利弊。恰逢翁大立被免去官职，方案没有定下来；而潘季驯主张恢复黄河旧河道。
当时茶城到吕梁，黄河被两岸约束，水流宣泄不畅，又不能够向外决口。到隆庆五年四月，黄河从灵璧双沟往下，向北冲开三处决口，向南冲开八处决口，支流四散漫溢，主流大体流向睢宁，从小河口流出；匙头湾八十里的主河道全部淤塞。潘季驯征调五万民夫，把这十一处决口全部堵塞，同时疏浚匙头湾，修筑缕堤三万多丈，匙头湾旧河道得以恢复。不久，因为漕船在新的水流河道中航行，很多船只沉没，潘季驯被罢官。
隆庆六年春天，朝廷再次任命朱衡掌管河工，任命兵部侍郎万恭总理河道。二人到任之后，搁置开挖泇河的提议，专心治理徐州、邳州河段，修筑长堤，从徐州一直到宿迁小河口，全长三百七十里；同时修缮丰县、沛县的大黄堤。黄河主河道水流安稳，漕运航道全面畅通。朱衡于是上奏：“河南多次遭受黄河水患，大力修筑堤防，如今得以几十年平安无事，是因为防守严密，平时就做好防备。徐州、邳州是粮食漕运的正道，既然多方修筑了堤防，就应当多方加以守护。请求每里安排十名民夫值守防护，每三里设置一处铺舍，每四铺安排一名老人巡视督查。夏秋洪水时节，五月十五就上堤值守，九月十五才撤下；愿意携带家眷住在堤上的，听凭他们。”皇帝下诏采纳这个提议。六月，徐州、邳州河堤工程完工，于是命令朱衡返回工部，赏赐朱衡以及总理河道都御史万恭等人银币，各有等级。
这一年，御史吴从宪上奏：“淮安往上、清河往下，正是淮河、泗水、黄河、大海水流交汇冲击的地方。黄河洪水向内奔涌，海潮逆向倒灌，河水滞留一段时间，泥沙随即堆积，所以河道一天天淤塞。应当在春夏时节疏浚治理，下游水道通畅，洪水泛滥自然平息。”皇帝当即命令朱衡和漕运大臣勘察商议。同时，代理郎中职务、管理河道事务的陈应荐，开挖海口新河，河道长十里多，宽五丈五尺，深一丈七尺，动用民夫六千四百多人。
朱衡即将被召回京城的时候，上奏疏说：“国家治理黄河，不外乎疏浚浅滩、修筑堤防两条对策。疏浚浅滩的办法，或是耙捞，或是戽水，或是逼使河水冲刷，或是引水避开淤积；这些是可以依靠人力办到的。但是茶城是黄河和淮河交汇的地方，到清河，茶城、清河河段没有哪一年不出现淤浅。因为两条河水的力量此消彼长：黄河水势强盛，就裹挟泥沙淤塞河道；等到黄河水退，淮河、漕河的水流占上风，就冲刷泥沙打通航道。这里七八分要依靠水力，不能只依靠人力。修筑堤防，分为截水堤、缕水堤两种。截水堤可以用在闸河，不能用在黄河。因为黄河水流湍急凶猛，裹挟着各处洪水的力量，再坚固的堤岸都能冲毁，怎么能单单靠一道堤坝抵挡它？缕水堤就是在河道两岸修筑堤防，不让河水向两旁溃决，让河水顺着地势向下奔流入海。这是顺应水性治理，不是靠人力强行对抗河水本性，所以这样的治理方式，一百五六十年一直被沿用。清河的淤浅问题，参照茶城的办法处理，每当黄河涨水、落水的时候，就开挖疏导河沟，引导淮水冲刷泥沙；就算涨水的时候被淤塞，落水之后自然会被冲开，不值得忧虑。唯独清江浦水势最弱，河口出口正好正对黄河。应当在黄河洪水大涨的时候，严格关闭各处水闸，不让泥沙淤积。至于海口，自从隆庆三年海啸，海水倒灌低洼地带，积水很难排泄，要时常疏浚，不能让它淤堵。修筑黄河两岸的堤防，只应当修建缕水堤，不可以打着拦截洪水的名义修建截水大堤。”奏疏递上去，皇帝只是批复知晓。
志第六十河渠二黄河下
万历元年，黄河在房村决口，朝廷修筑从㟏子头到秦沟口的堤防。第二年，给事中郑岳上奏：“漕运航道从茶城到淮安五百多里，自从嘉靖四十四年黄河大水爆发，淮水入海的河口，海沙渐渐淤积，如今堆积得几乎和山一样高。从淮河往上，河水流速变缓，泥沙越发淤积。于是邳州河道变浅，房村发生决口，吕梁、徐州二洪河床被泥沙垫平，茶城出现河水倒灌，这些祸患根源都在这里。如今不去治理海口淤积的泥沙，却天天在徐州、沛县一带修筑堤岸；桃源、宿迁往下的河道，听任洪水肆意泛滥。百姓遭受洪水的苦难，没有休止的时候。”同时献上宋代李公义、王令图的浚川耙清沙方法。皇帝命令河道大臣勘察回奏，采纳他的主张。同年秋天，淮河、黄河同时洪水泛滥。万历三年八月，黄河在砀山以及邵家口、曹家庄、韩登家口向北决口；淮河也冲垮高家堰向东泛滥。徐州、邳州，淮河南北千里土地被洪水淹没。从此以后，桃源、清河上下河道淤塞，漕运船只受阻好几年，淮安、扬州频繁爆发水患。总河都御史傅希挚改建砀山月堤，暂时保留三处河口泄洪。这年冬天，把这三处河口全部封堵。
万历四年二月，督漕侍郎吴桂芳上奏：“淮安、扬州洪水奔腾肆虐，是因为海边的分支港汊早就淤埋，河水入海只有云梯关这一条通道，导致海潮推来横积沙洲，河水泛滥，盐城县、安东县、高邮、宝应灾情不可收拾。朝廷转运粮食，只急迫处理漕运，来不及顾及百姓疾苦。所以朝廷设置官员，大多只负责治理黄河，却不知道治理入海通道。请求设置水利佥事一名，专门负责疏通入海河道，考察地理形势，像草湾以及老黄河故道都可以引导河水入海，何必只依靠云梯关一处？”皇帝下达嘉奖诏书，批准他的请求。
吴桂芳又上奏：“黄河水流抵达清河，和淮河汇合，流经清江浦外河，向东到草湾，再转向西南，经过淮安新城外河，转到安东县城前，径直向下从云梯关入海。近年来关口多处淤塞，河道一天天变浅。唯独草湾地势低洼，黄河多次在这里冲决，眼看就要夺取安东县作为入海通道；因为关乎县城安危，每次决口都加以堵塞。去年，草湾东边自行冲开一处决口，应当在决口西边开挖新河口，承接此处的水流；再从金城到五港修筑堤防约束河水。俗话说：‘拯救大范围的苦难，不能顾惜小局部的损失。’如今淮安、扬州、凤阳、泗州、邳州、徐州受害，何止一处。安东自从多条洪水汇集，只剩下文庙、县署还残存一点屋架，县城眼看就要陷落。不如舍弃安东县城，来保全整个淮河流域。”皇帝不愿意舍弃安东，但是下令按照他的请求开挖草湾新河。八月工程完工，河道总长一万一千一百多丈，堵塞二十二处决口，动用民夫四万四千人。皇帝因为海口得到疏浚，水患渐渐平息，赏赐吴桂芳等人，各有等差。
没过多久，黄河在韦家楼决口，又冲垮沛县缕水堤，丰县、曹县长堤。丰县、沛县、徐州、睢宁、金乡、鱼台、单县、曹县无数田地房屋被洪水淹没，河水侵蚀宿迁县城。皇帝采纳吴桂芳的请求，迁徙县城，修筑土城躲避洪水。于是御史陈世宝请求恢复老黄河旧河道，上奏说：“老黄河从桃源三义镇，经过清河县北边，到大河口汇合淮河入海。漕运航道从淮安天妃庙横渡淮河往下，十里到大河口，从三义镇出口流向桃源旧黄河，一共七十多里，这就是老黄河。到嘉靖初年，三义镇河口淤塞，黄河改道，从清河县南边和淮河汇合。从那以后漕运不再走大河口，直接从清河北上。近来崔镇多次决口，黄河水势渐渐趋向旧河道。如果重新打开三义镇河口，引导黄河水流到清河北边，要么让河水到大河口和淮河汇合，要么从清河县西边另外开挖一条河，引导淮河从黄河上游流出，那么漕运就没有危险，淮河、泗水也不会被黄河洪水抬升水位。”工部回复，准许施行。
吴桂芳上奏：“淮河过去经过清河，汇合黄河奔向大海。自从去年秋天黄河在崔镇决口，清江浦主河道泥沙淤积，淮河河口堵塞。于是淮河水流微弱，黄河水势强盛，淮河抢不走草湾的入海通道，整条淮河南迁，泛滥淹没山阳、高邮、宝应一带。从前湖水深度不超过五尺，湖堤高七尺；如今湖堤加到一丈二，湖水还是漫过堤顶。应当赶紧加固湖堤，削弱洪水水势。”工部商议认为，必须让淮河有宣泄归宿，湖堤才能够保全，命令吴桂芳等人仔细谋划。皇帝批复许可。
开挖新河、加固湖堤两种主张还没有定下来，黄河又在崔镇决口，宿迁、沛县、清河、桃源两岸堤防多处毁坏。黄河河床一天天淤积抬高，淮河被黄河逼迫向南迁徙，这是万历五年八月。傅希挚提议堵塞决口，约束河水回归漕运主河道。吴桂芳想要依靠水流冲刷自然形成河道，作为老黄河入海通道。皇帝下令抓紧堵塞决口，等水势稍稍稳定，再采纳吴桂芳的提议。当时给事中汤聘尹提议引导淮河流入长江，避开黄河洪水。恰逢吴桂芳上奏：“黄河水流向着老黄河旧河道奔涌，向下流速迅疾，淮河于是趁着空隙涌入清口旧水道，淮安、扬州的水患渐渐消退。”工部下令实地勘察，因为黄河淮河已经汇合，就搁置了导淮入江的提议。
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