弘治六年春天，副都御史刘大夏奉命治理决口。夏季中期，大量漕船聚集过来，于是先在决口西岸开凿月河，保障漕运通行。经营两年，张秋决口终于封堵，又修筑黄陵冈上游堤防。黄河重新向南流淌，漕运河道不再受阻。朝廷把张秋改名叫安平镇，修建祠庙，赐匾额“显惠神祠”，命大学士王鏊撰写记录事迹，刻成石碑。
白昂开挖的高邮复河也完工，赐名叫康济河，西岸全部用石头砌筑。又砌筑高邮湖堤，从杭家闸到张家镇一共三十里。高邮湖堤始建于洪武年间，陈瑄在原有基础上加长，一直延伸到宝应，当地百姓俗称老堤。正统三年把土堤改成石堤。成化年间，在高邮、邵伯、宝应、白马四湖老堤的东边又修筑一重堤防。
王恕担任总河，修缮淮安以南各处溃决堤防，疏浚淮安扬州漕河。加重百姓私自掘开湖堤灌溉田地的处罚，建造闸坝储蓄湖水。等到刘大夏封堵张秋决口，白昂修成康济河，漕运河道上下二十多年没有大灾。
弘治十六年，巡抚徐源上书：“济宁地势最高，必须引上游洸河水接济运河，洸河河口在堈城石滩之上。元朝在这里修闸筑堰，让河水全部流入南旺，分开供给南北运河。成化年间把土堰改成石堰。土堰的好处是水小时拦住河水流入运河，水大的时候关上闸门，防止泥沙淤塞，允许洪水漫过堰向西流。自从改成石堰，洪水肆意漫溢，石堰毁坏，民田也被冲毁；洸河河道被泥沙堵塞，就算闸门完好，也被泥沙压住打不开。请求毁掉石堰恢复土堰，疏通堈城洸河口直到济宁，修筑堈城西边春城口子溃决的堤岸。”
皇帝派遣侍郎李遂前去勘察。李遂上奏：“堈城石堰，一是阻拦泥沙，不让泥沙淤塞南旺湖；二是削弱水势，避免戴村坝被冲毁，不应当拆毁。堰边堆积的泥沙应当疏浚。堈城稍微东边有元朝旧闸，引导洸河水流入济宁，向下连通徐州、吕梁漕河。东平戴村，是汶水入海旧道。永乐初年横筑大坝，拦住汶水流入南旺湖，漕运才得以通行。
现在分水龙王庙到天井闸九十里，水位高出三丈多；如果洸河挖得太深，汶水就会全部向南流向济宁，临清运河就会干涸。洸河口不能深挖疏浚。堈城口到柳泉九十里河段，和漕运无关，可以不用治理。柳泉到济宁，是汶水泗水汇合之处，有二十多里河道需要疏通。春城口，对外阻挡汶水，对内保护民田，堤岸低矮单薄，应当和戴村坝一同加固。”朝廷采纳他的意见。
正德四年十月，黄河在沛县飞云桥决口，洪水涌入运河，不久之后封堵完毕。
明世宗即位之初，黄河多次毁坏漕运。嘉靖六年，光禄少卿黄绾论述泉源的作用：“漕河泉源大多出自山东南旺湖、马场湖、樊村湖、安山湖。泉水汇集的湖泊，应当抓紧疏浚修整，引来更多泉水蓄水，漕运水源才不会枯竭。南旺湖、马场湖堤外孙村地势低洼，如果蓄水成湖，改作漕运通道，尤其可以免除济宁地势高、河道水浅搁浅的痛苦。”皇帝命令总河侍郎章拯商议。
章拯因为黄河水灌入运河，漕船在沛县上游搁浅，遭到御史吴仲弹劾。章拯上奏：“黄河淤塞不能马上疏通，只有金沟口北边新冲出一道河沟，可以让漕船走这里进入昭阳湖，从沙河板桥驶出。原先搁浅的船只，向西经过鸡冢寺，从庙道北口通行。”奏疏下发各部商议，没有得出定论。
给事中张嵩上书：“昭阳湖地势低下，黄河河床地势高，引黄河水进湖里，必定洪水四处漫溢，湖道也会被堵塞。请求罢免章拯，另外挑选大臣。”朝廷采纳张嵩的意见。章拯两次上书请罪请求罢官，皇帝没有准许。最终还是让漕船从昭阳湖中通行。
这年冬天，朝廷把章拯调回京城另行任用，挑选大臣管理河务。朝中大臣纷纷献上治河对策。詹事霍韬说：“之前的方案征调山东、河南几万民夫挖淤泥通漕运。但是泥沙随水而来，一边挖一边淤。如今漕船从昭阳湖经鸡鸣台到沙河，绕路不过一百里。沿着湖泊修筑湖堤，开挖小河，河口设置水闸，用来蓄泄洪水。水涨可以躲避风浪，水浅方便疏浚。三个月修成土堤，一年修成石堤，耗费人力少，见效快。黄河洪水越大，这条运道越好用。对比征调民夫挖淤泥，劳逸差别太大。”
尚书李承勋说：“在昭阳湖东侧另外开凿一条运河，依靠各处泉水供水，从留城、沙河通行最为便利。”这个意见和都御史胡世宁的主张相同。
嘉靖七年正月，总河都御史盛应期按照胡世宁的计策上奏，请求在昭阳湖东边开挖新河，从汪家口向南到留城口，全长一百四十里，限定六个月完工。工程还没有完成一半，盛应期就被罢免，工程停工。之后过了三十年，朱衡顺着当年遗留的河道，疏浚完工。
同年冬天，总河侍郎潘希会加高加固济宁、沛县之间东西两道大堤，阻挡黄河洪水。
嘉靖十九年七月，黄河在野鸡冈决口，徐州二洪河道干涸。督理河漕侍郎王以旂请求疏浚山东各处泉眼接济漕运，修筑长堤约束水流，仿照闸河的制度。清理旧泉一百七十八处，开发新泉三十一处。
王以旂又上奏四件事：第一，各处泉源交给地方官员一并管理，防止淤塞；第二，在境山镇、徐州吕梁二洪下游，分别修建石闸，蓄水数尺行船，闸旁留出月河宣泄汛期洪水；修建四道木闸在武家沟、小河口、石城、匙头湾；准备平底大船驻守各个浅滩，随时捞挖淤泥。
第三，漕河两岸有南旺湖、安山湖、马场湖、昭阳湖四座水柜，用来汇集泉水供给运河。豪强不断侵占湖面，存水越来越少，昭阳湖一部分已经淤成高地，完全违背开国之初设置水柜的本意。应当派遣官员清理湖面，增设闸坝斗门，加固湖堤，开挖沟渠，深挖湖底，恢复四座水柜蓄水能力。
第四，黄河南迁，旧闸口大多淤塞，只剩下孙继口。引导黄河从徐州小浮桥流出，供给徐州二洪行船，这对漕运帮助最大。请在孙继口再多开挖一道沟渠，按时疏浚，保障二洪供水。皇帝批准他的奏疏，把管理泉源的事务专门交给工部部门官员负责。
徐州吕梁二洪，是河漕的咽喉要道。陈瑄曾经凿礁石疏通河道；正统初年，又疏浚洪西边月河。漕运参将汤节又因为二洪水流湍急，容易毁坏船只，在上游筑坝，逼迫河水流入月河，在河南修建石闸抬高水位。成化四年，管河主簿郭升用巨石修筑两岸堤坝，铁锭加固，凿掉洪水里毁坏船只的三百块礁石，修筑里洪堤岸，东西石堤四百多丈。成化十六年，又加修吕梁洪石堤、石坝二百多丈，方便纤夫拉船。到这时修建水闸，行船更加便利。
嘉靖四十四年七月，黄河在沛县大规模决口，洪水漫过昭阳湖，从沙河一直到二洪，汪洋无边，漕运河道淤塞一百多里。督理河漕尚书朱衡实地考察盛应期当年开挖新河的遗迹，请求开凿南阳到留城一带新河。总河都御史潘季驯不同意。
朱衡说：“这条新河正对秦沟，河道有束水卡口。夏秋黄河洪水高涨，昭阳湖承接洪水，不会被洪水完全吞没。”于是下定决心开工，亲自到工地督办，严厉惩罚消极怠工的人。给事中郑钦弹劾朱衡无故兴办很难成功的大工程，虐待百姓邀取功劳。朝廷派遣官员勘察新旧河道利弊。
给事中何起鸣勘察回来上奏：“恢复旧河有五大难处；新河完工也存在三大困难。但是新河大多依托旧堤高地，黄河洪水不容易侵入，疏浚开通之后，漕运一定受益。所谓三大难处：第一，夏村以北地势偏高，担心引水困难；可是高低差距不过两丈，顺着地势加深河道，不怕水浅。第二，三河口泥沙堆积深厚，水流湍急，难免淤堵；修筑坝拦截泥沙，每年定期疏浚，不怕泥沙堆积。第三，马家桥筑堤，微山湖取土不便，河口投放埽料不容易牢固；只要任用合适官员，把堤坝筑得又高又厚，没有不能施工的道理。开挖新河更有利。”
皇帝交给大臣集体商议，大家认为新河已经有进展，不能停工；况且百中桥到留城白洋浅，出境山，一边疏浚一边修补旧堤，也没有完全放弃旧河，众人意见都一致。皇帝才下定主意。
恰逢天降大雨，黄河洪水暴涨，马家桥决口，刚刚修好的东西大堤被冲毁。给事中王元春、御史黄襄弹劾朱衡欺瞒朝廷，耽误国事；何起鸣也改变之前的看法。这时朱衡上奏新旧河道合计一百九十四里全部通航，漕船到南阳出口通行无阻。皇帝下诏，留下朱衡和潘季驯仔细商议开挖上游河道、修筑长堤的利弊。
隆庆元年正月，朱衡上书，放弃开挖上游的计划，只拓宽秦沟河道，牢固修筑南部长堤。五月，新河完工，新河在旧河西边三十里。旧河从留城往北，经过谢沟闸、下沽头闸、中沽头闸、金沟闸，经过沛县，经过庙道口闸、湖陵城闸、孟阳闸、八里湾闸、谷亭闸，到达南阳闸。新河从留城往北，经过马家桥闸、西柳庄闸、满家桥闸、夏镇闸、杨庄闸、硃梅闸、利建闸，抵达南阳闸和旧河汇合，全长一百四十多里。又引鲇鱼泉各个泉水以及薛河、沙河水流入新河，在三河河口修筑堤坝，阻挡黄河洪水涌入秦沟，漕运河道就此大通。没过多久，鲇鱼口山水暴发洪水，冲决堤岸，淹没漕运船只。皇帝采纳硃衡的请求，从东邵开挖三条支河来分泄洪水；又在东邵上游开挖支河，经过东沧桥抵达百中桥；开凿豸里沟等地沟渠，让洪水流入赤山湖，经由赤山湖汇入吕孟湖，再顺着境山流出去。
硃衡被征召入朝担任工部尚书，由都御史翁大立接替他治理河道。翁大立上奏说：“漕河依靠泉水供水，而地势东高西低，如果没有湖泊蓄水，河道就会干涸，所以漕河以东都设置蓄水湖柜；如果没有湖泊泄洪，河水就会溃决，所以漕河以西都设置泄洪洼地。黄河洪水逆流奔涌，就以昭阳湖作为洪水漫溢容纳的区域；东部山洪骤然冲来，就以南阳湖作为蓄水的地方。应当从回回墓开挖河道连通鸿沟，让谷亭、湖陵的水流全部汇入昭阳湖；同时疏浚鸿沟废弃旧渠，引导昭阳湖的湖水顺着旧渠向东流到留城。那些湖泊退水后露出的滩地，还可以开垦出几千顷农田。”
翁大立又说：“薛河水流湍急凶猛，如今全部汇入赤山湖，流进微山湖再通往吕孟湖，这是尚书硃衡完成的功绩。只是吕孟湖南边是邵家岭，被黄河泥沙淤积，地势抬升变高；每到秋季洪水到来，能够接纳的水量很小，洪水四处漫溢淹没平原，侵占百姓农田。微山湖西边是马家桥，刚刚草草修筑一道堤坝开辟运道，堤土还没有夯实，就经常被积水冲击；只有丈把宽的堤基，两股水流同时夹击，恐怕会崩塌溃决。应当凿开邵家岭，让水流经由地浜沟流出境山，汇入漕河，这样湖边土地就可以耕种，河堤也不会溃决。另外在马家桥修建减水闸，根据旱涝情况开启或者关闭，这才是保障漕运长久的办法。”皇帝全部听从了他的建议。
隆庆三年七月，黄河在沛县决口，茶城河道被泥沙淤塞，两千多艘运粮船全部被困在邳州。翁大立说：“我巡查徐州，沿着子房山，经过梁山，到达境山，进入地浜沟，一直走到马家桥，这上下八十里之间，可以另外开挖一条河道用来漕运。”这就是后世所说的泇河。翁大立请求召集朝廷大臣商议，皇帝当即下令动工。没过多久，黄河水位回落，原有漕道恢复通航，开挖泇河的提议就此搁置。当时淮河洪水泛滥，从清河到淮安城西三十多里河道淤塞，洪水冲垮礼坝、信坝，向东流入大海，宝应湖的堤坝多处毁坏。山东各条河流的水流通过直河泄入邳州。翁大立把这些灾情上报朝廷。这年冬天，从淮安板闸到清河西湖嘴的疏浚工程快要完工，里口又再次淤塞。
督漕侍郎赵孔昭上奏：“清江这一段五十里的黄河河道，应当修筑堤坝防止黄河泛滥；淮河高良涧一带七十多里，应当修筑堤坝抵御淮河涨水。”皇帝下令抓紧疏浚里口，和翁大立商议筑坝事宜，同时商议海口堵筑以及宝应月河两件工程。
隆庆四年六月，淮河以及鸿沟、境山的疏浚工程竣工。翁大立刚要上奏完工，各河洪水突然暴涨，在仲家浅决口，洪水和黄河汇合，茶城又一次淤塞。没过多久，从泰山庙到七里沟，淮河河道淤塞十多里，淮河水从硃家沟旁漫出，流到清河县河南镇汇入黄河。翁大立请求修建新庄闸，方便回空船只通行，同时疏浚古睢河，宣泄黄、淮两处洪水；并且分出一部分河水，从鱼沟流到草湾，保全南北漕运通道。皇帝命令新任总河都御史潘季驯统筹规划。不久，黄河在邳州大规模决口，睢宁运道淤塞一百多里。翁大立请求开挖泇口、萧县两条河道。恰逢潘季驯堵上各处决口，黄河水流回归主河道，漕船得以通行。翁大立、赵孔昭都因为延误漕运被削去官籍，开挖泇河的提议最终没能实行。
隆庆五年四月，黄河又在邳州王家口决口，从双沟往下，南北出现十多处决口，损失漕船、运粮士兵数以千计，损失粮食四十多万石，匙头湾往下八十里河道全部淤平。于是，开凿胶莱海运的提议纷纷兴起。恰逢潘季驯上奏邳州河道治理完工。皇帝因为漕运延误，派遣给事中雒遵前往实地核查。总漕陈炌和潘季驯都被罢免官职。
隆庆六年，朝廷采纳雒遵的建议，修筑从茶城到清河的长堤五百五十里，每三里设置一处铺所，每铺安排十名役夫，设置官员分段负责守卫。又接续修筑茶城到开封的两岸河堤。采纳硃衡的意见，修缮丰县、沛县的大黄堤。
硃衡又上奏：“漕河从仪真一直到张家湾，全长两千八百多里，河道形势一共分为四段，情况各不相同。清江浦以南、临清以北，都远离黄河，不需要耗费太多人力治理。只有茶城到临清这一段，依靠各山泉筑闸汇水形成河道，距离黄河很近；清河到茶城这一段，黄河本身就是运河。茶城以北，要防备黄河决口河水灌入运河；茶城以南，要防备黄河决口河水向外漫流。防御黄河，就是保护运河。因此从茶城到邳州、宿迁，要加高修筑两岸大堤；宿迁到清河，全部堵塞河道缺口，用来防止黄河水向外漫溢——黄水一旦外泄，运河主河道必然淤积，去年徐州、邳州的灾祸就是这个缘故。从茶城秦沟口到丰县、沛县、曹县、单县，新建、加筑堤坝，连接原先的缕水旧堤，用来防止黄河水向内灌入——黄水一旦灌入，主河道必然溃决，过去曹县、沛县的水患就是这个缘故。这两处工程完工之后，河水被约束在河道之内，就不会出现旁侧决口、中间溃塌的隐患。氵市县窑子头到秦沟口，应当修筑七十里长堤，连接古北堤。徐州、邳州之间，河堤紧贴河道，应当在新堤外面再修筑遥堤。”皇帝下诏全部采纳他的建议，把这件事交给总河侍郎万恭办理。
万历元年，万恭上奏：“祖宗时期建造浅船将近一万艘，并不是不知道大船满载可以减少船只数量，而是因为闸河河道水浅，所以规定船只载重不能超过四百石。船只形制是船底平、货舱浅；船底平坦，吃水就不会太深；货舱浅，装载货物就不会过载。又规定浅船吃水不能超过六拏，大拇指和食指张开的距离为一拏，六拏也就三尺多，明确要求船只吃水要浅。如今不遵守旧制度，争相雇佣民间船只搭运漕粮。雇佣民船有三项害处，搭运漕粮有五项害处，全都损害河道。请求全部恢复旧制度。”皇帝听从。
万恭又请求恢复淮南各处平水闸，上奏说：“高邮、宝应各个湖泊方圆几百里，西边接纳天长县七十多条河的来水，只依靠百里长堤抵挡洪水。如果一味阻挡洪水，不做疏导宣泄，一定会冲垮大堤。所以祖宗定下制度，在长堤上设置几十座小闸，还规定：‘只可以让湖泊蓄水加深，不可以一味加高堤坝’，安排浅船、浅夫挖取湖中淤泥来加厚堤身。水闸多，水位就容易下降，堤坝就稳固；经常疏浚，湖泊就越深，堤岸就越厚实，用意十分深远。近些年，官府畏惧修缮水闸的劳苦，每毁坏一座闸，就把一座闸填埋。时间久了，所有水闸全部被填埋，长堤就变成一道死板的屏障。又畏惧疏浚湖泊的辛苦，湖面每浅一尺，就把堤坝加高一尺。时间长久，湖水被抬升，高邮、宝应一带就像处在盂盆之中，四面受水。况且湖漕如果没有堤坝，就和没有漕河一样；湖堤如果没有水闸，就和没有堤坝一样。陈瑄当年修建几十座减水闸，湖水涨溢就开闸泄洪保护堤坝，水位回落就关闭闸门保障漕运，是最完善的办法。年代久远之后，减水闸旧迹不复存在，湖水快要淹没堤岸。请求重新修建平水闸：闸门要修得密，闸门密，洪水就能疏导，不会有水位壅高泛滥的祸患；闸门要修得窄，闸门窄，水流势头就缓和，不会有冲垮堤岸的危险。”工部尚书硃衡复核上奏，同意万恭的请求。于是在仪真、江都、高邮、宝应、山阳一共设置二十三座水闸，疏浚五十一处浅滩，每处配置两艘捞浅船、十名捞浅役夫。
万恭又说：“清江浦河段六十里，是陈瑄疏浚到天妃祠东边，汇入黄河。漕运船只驶出天妃口进入黄河、穿过清河，只需要很短时间。后来黄河涨水，倒灌进天妃口，清江浦就频繁淤积。议事的官员不去治理天妃口，反而直接把它封堵，想要让淮河水不和黄河交汇；另外开挖新河接引淮河，认为‘接引清水，不接引浊水，就不会淤积’。却不知道黄河本就不是安稳流淌的河流，夏秋洪水大发的时候，向西裹挟淮河水几十里，一同灌入新开的河道。原来的天妃口，只是一处黄河泥沙淤积；现在淮河、黄河在新闸开河口交汇，变成两处淤积。为了避开一处淤积，反而生出两处淤积，还形成淮河黄河交汇的浅滩。每年征调成百上千民夫疏浚，刚刚完工，洪水一过又重新淤塞。还让漕船要绕道八里浅水阻滞地带才能抵达清河，哪里比得上从原来天妃口通行便利？请求修建天妃闸，让漕船直接抵达清河。漕运结束、黄河洪水大涨的时候，关闭闸门隔绝黄河水；洪水退落，开启天妃闸方便商船通行。新河口不用疏浚就可以。”朝廷于是修建天妃庙口石闸。
万恭又说：“从黄河进入闸河是茶城，到临清板闸，一共七百多里，过去有七十二处浅水险段。自从开挖新河之后，汶河水流平缓，地势高低相差不大，七十二处浅滩全部变成通畅河道。只有茶城和黄河交汇的地方，漕运繁忙时节，正好赶上黄河水位下落，两处水位高低不能衔接，所以出现茶城黄家闸的浅滩，连年成为祸患。祖宗时期，曾经修建境山闸；新河修成水位平稳之后，这座闸被淤泥掩埋一丈多。这座闸上游距离黄家闸二十里，下游距离茶城十里。可以依托旧闸基座垒石重建。这样就能控制黄家闸以外二十里上游来水，承接茶城以内十里下游河道；借助二十里河道的水势，冲刷十里狭窄河道，没有什么冲不开的阻碍。”于是修复境山旧闸。
万恭提出这三项建议，尚书硃衡审核批准推行，给漕运带来长久便利。但就在这个时候，茶城年年淤积，万恭还在上报主河道水流安稳，回空船只通行迅速。给事中硃南雍因为很多回空船只受阻，弹劾万恭隐瞒实情、玩忽职守。皇帝严厉斥责万恭，将他罢官。
万历三年二月，总河都御史傅希挚请求开挖泇河避开黄河的凶险，没有付诸实施。傅希挚又请求疏浚梁山往下的河道，和茶城河道交替使用：旧河道淤塞就开通新河道，同时疏浚旧河道；新河道淤塞就开通旧河道，同时疏浚新河道；修筑大坝截断水流，始终保证其中一条河道畅通，防备意外。皇帝下诏采纳他的请求。工程还没有完工，黄河就在崔镇决口，淮河在高家堰决口，高邮湖在清水潭、丁志等地溃堤，淮安城几乎被淹没。淮安知府邵元哲开挖菊花潭，宣泄淮安、高邮、宝应三座城市的积水，东边粮草物资才勉强得以通行。
第二年春天，督漕侍郎张翀认为修筑清水潭堤坝工程量太大，难以完工，打算让粮船暂时从圈子田通行。巡按御史陈功反对这个方案。河漕侍郎吴桂芳上奏：“高邮湖老堤，是陈瑄修建。后来白昂开挖月河，距离湖泊几里，中间修筑土堤，东边修筑石堤，两头修建闸门，叫做康济河。中堤以西、老堤以东，有几万亩民田，就是所说的圈子田。湖泊和月河相隔太远，老堤残破失修，于是洪水灌入圈子田，圈子田又变成一片湖泊。中堤溃决毁坏，只有东堤独自承受几百里湖面风浪，清水潭的溃决，是必然的结果。应当遵从弘治年间王恕的提议，依托老堤修建月河，只修缮东西两道堤防，花费少，工程容易完成。”皇帝下令按照他的建议施行。这一年，邵元哲修筑淮安长堤，又疏通盐城石达口，让洪水向东流入大海。
万历五年二月，高邮石堤将要完工，吴桂芳请求沿着老堤十几丈的地方开挖月河。他说：“白昂修建的康济月河距离老堤太远，人们习惯月河的安稳，忽略老堤抵御湖水的作用。年复一年不加检修，老堤、中堤全部毁坏，东堤不可能独自保全。现在月河紧贴老堤，就便于管理维护。”御史陈世宝论述江北河道，请求在宝应湖堤外侧补筑石堤，石堤东面再修筑一道堤，开辟月河，让漕船在月河中航行。两项提议一并批准实施。这年冬天，高邮湖土石两道堤防、新开漕河南北两座闸门、老堤加砌石料、增修护堤木城等工程全部竣工。吴桂芳又和邵元哲增筑山阳长堤，从板闸到黄浦绵延七十里；废弃通济闸不再使用，修建兴文闸，修缮新庄等各闸；修筑清江浦南堤，新建板闸漕堤，南北和新旧堤防相连。板闸就是原来的移风闸。堤坝、水闸一同修整完毕，淮安、扬州一带漕运河道渐渐稳固。
万历六年，总理河漕都御史潘季驯修筑高家堰，在清江浦柳浦湾以东加筑礼坝、智坝，修缮宝应、黄清等八处浅滩堤防，修建高邮、宝应四座减水闸；又拆掉新庄闸，在甘罗城南改建通济闸。明朝初年运粮，从瓜洲、仪真到淮安叫做里河；经过五坝转入黄河叫做外河，两条河道互不连通。等到开凿清江浦，在天妃口设置闸门，每年春夏漕运结束之后，就关闭闸门阻挡黄河倒灌。时间久了制度松弛，闸门不再封堵，黄河水就倒灌进来。嘉靖末年，封堵天妃口，在浦南三里沟开挖新河，设置通济闸接引淮河水。之后又采纳万恭的建议，恢复天妃闸。没过多久，又采纳御史刘光国的建议，扩建通济闸，从仲夏到深秋，隔一天放行一次回空漕船。后来闸门启闭没有定规，河道淤积越来越严重，开挖硃家口引来清水冲刷，仅仅勉强通行小船。到这次改建在甘罗城南，闸门正对淮河来水，黄河水流不能直接冲击闸门。
万历十年，督漕尚书凌云翼考虑运船从清江浦出口多有艰险，于是在浦西开挖永济河四十五里，起点在城南窑湾，经过龙江闸，到杨家涧出武家墩，折向东，汇合通济闸出水口。新建三座闸门，规避清江浦的航行风险。这个时候漕河治理大体完成，淮安、扬州十多年免于水灾。
当初，黄河为害漕运，从金龙口向东泛滥，会通河因此淤塞。等到沙湾、张秋各闸被封堵，漕运才得以安定，但徐州、氵市一带屡次遭受黄河灾害。到崔镇、高家堰决口，黄河、淮河同时暴涨祸害漕运，灾害转移到淮安、扬州地区，湖泊溃决就会毁坏漕运。潘季驯依靠高家堰阻挡洪泽湖洪水，让堰东四座湖泊不受淮河洪水侵扰，漕运才不再遭破坏。然而治理河漕的官员们，始终畏惧湖泊带来的水患，日夜惴惴不安。
万历十三年，朝廷采纳总漕都御史李世达的提议，开挖宝应月河。宝应汜光湖，是各个湖泊之中水流最湍急凶险的，方圆一百二十多里。槐角楼处在湖泊正中，湖岸弯曲如同簸箕，瓦店在它南边，秤钩湾在它北边。西风吹起大浪，经常打翻船只。陈瑄在湖的东岸修筑大堤，拦蓄湖水作为漕运航道。上游接纳各路来水，下游缺少泄洪通道，于是冲刷出八处浅滩，汇集成六处深水潭，兴化、盐场各个盐场全部被淹没。淮河水又从周家桥漫入湖中，淹死百姓，妨害漕运。武宗末年，郎中杨最请求开挖月河，工部驳回没有实行。嘉靖年间，工部郎中陈毓贤、户部员外郎范韶、御史闻人诠、运粮千户李显都上书提议，商议之后没能动工。到这时，工部郎中许应逵提出方案，李世达采纳他的建议上奏，朝廷才下决心动工。一共疏浚河道一千七百多丈，修建三座石闸、两座减水闸，修筑堤防九千多丈，其中三分之一是石堤，附属子堤五千多丈。工程完工，赐名弘济河。不久把石闸改为平水闸。许应逵又修筑高邮护城大堤。后来，弘济河南北两座闸门，夏秋淮河涨水，吞吐洪水不及，很多船只倾覆。神宗末年，督漕侍郎陈荐，在南北两头各开挖月河削弱水势，水流才归于平缓。
万历十五年，督漕侍郎杨一魁请求修缮高家堰保护上游，砌固范家口防止旁侧决口，疏浚草湾削弱黄河水势，修复礼坝保护新城。皇帝下诏全部听从。杨一魁又改建古洪闸。早先，汶河、泗河的河水在茶城汇入黄河。隆庆年间，黄河浊流倒灌，阻碍运船通行；郎中陈瑛把黄河入河口移到茶城以东八里，修建古洪、内华两座闸门，漕河从古洪闸出口。后来黄河洪水暴发，这里淤积越来越严重。杨一魁改建古洪闸之后，皇帝又采纳给事中常居敬的意见，下令在古洪闸外增筑镇口闸，距离黄河仅仅八十丈，河水吞吐更加便利，有利于粮船运输。
工部尚书石星整理潘季驯、常居敬上奏的善后举措，请求划分地段明确官员职责：接续修筑塔山缕堤、清江浦草坝，新建宝应西堤，石砌邵伯湖堤，疏浚里河淤浅，这些工程在淮安、扬州开展；核查恢复南旺、马踏、蜀山、马场四座湖柜，修建坎河滚水坝，增建通济、永通两座闸门，核查恢复安山湖湖区土地，这些工程在山东开展。皇帝采纳他的意见。没过多久，各项工程全部完工。
万历十九年，潘季驯上奏：“宿迁以南，地势西边低洼，请打开缕堤泄洪。泥沙跟随洪水漫入洼地，土地随着泥沙淤积抬高，水患就可以消除，还能节省治理经费。”又请求把高家堰土堤改为石堤，修筑满家闸西边拦河坝，让汶河、泗河河水全部流入新河。在李家口设置减水闸，排泄沛县的积水。皇帝全部采纳。十月，淮河、湖泊洪水大涨，江都淳家湾石堤、邵伯南坝、高邮中堤、硃家墩、清水潭全部决口。郎中黄日谨刚刚把决口堵筑完毕，山阳堤防又溃决。
万历二十一年五月，连绵大雨。漕河洪水泛滥，冲垮济宁以及淮河各处堤岸。总河尚书舒应龙提议：修筑堽城坝，阻挡汶河南流；开挖马踏湖月河口，引导汶河向北；开启通济闸，放开月河土坝，削弱汹涌的水势。皇帝听从他的奏请。数年之内，会通河上下游通行无阻。但是黄河、淮河同时涨水，高家堰和高邮堤防屡次溃决，妨害漕运。舒应龙最终被罢官。上书献策的人络绎不绝，却拿不出确定可行的方案。
杨一魁接替舒应龙担任总河尚书，极力主张分泄黄河、疏导淮河。治理过了一年，工程将要完工，他又请求放泄湖水疏通漕渠，上奏说：“高邮、宝应各个湖泊原本都是肥沃田地，自从淮河、黄河洪水倒灌壅塞，才变成一片泽国。如今入海入江通道已经疏浚完毕，应当开挖整治泾河、子婴沟、金湾河各处水闸以及瓜洲、仪真两座闸门，大规模泄放湖水，依托原有湖地开挖渠道，和高邮宝应月河相连。既可以避开湖中行船风浪的危险，湖水退落之后露出土地，交给百姓耕种，逐步制定赋税征收，可以补充河工经费。”皇帝下令按照这个方案执行。当时下游河道疏通之后，淮河水渐渐安定，可是黄河在黄堌口决口。督漕都御史褚鈇担心湖水泄放太多，徐州、邳州河道淤塞，极力请求封堵泄水闸。杨一魁坚决不同意，疏浚两条河口到小浮桥旧河道保障漕运。但是黄河主流向南迁徙，二洪漕段经常缺水干涸；朝廷又大规模疏浚黄堌下游李吉口，引黄河水接济漕运，没过多久又淤积。
杨一魁调回朝廷主管工部事务。万历二十六年，刘东星接任总河，延续杨一魁旧有的治理方案，李吉口淤积得越来越高。每到冬天，就在当地开挖一条小河，春夏引水到徐州，这样维持了三年，大体上到秋天就淤塞。于是又开挖赵家圈河道接引黄河水，同时推进泇河工程接济漕运。赵家圈很快就淤塞，泇河还没有修成，刘东星就去世了。于是凤阳巡抚都御史李三才提议，从镇口闸到磨儿庄效仿闸河制度，每三十里设置一座闸，一共在河道中建六座闸门，调节汶河、济河来水，勉强维持漕运通行。漕船抵达京师，再也不能按期到达。刘东星在职期间，开挖邵伯月河，长十八里，宽十八丈多，避开湖泊航行的风险；又开挖界首月河，长一千八百多丈，两处各修建两座石质金门闸，漕船从中获益。
万历三十二年，总河侍郎李化龙才大规模开挖泇河，从直河到李家港二百六十多里，完全避开黄河的危险河段。李化龙因亲人丧事离职，总河侍郎曹时聘完成剩余工程，上疏陈述泇河的功绩：“舒应龙最先开挖韩家庄宣泄湖水，泇河线路初步打通；刘东星大规模拓宽良城、侯家庄河段试行漕运，河道渐渐拓宽；李化龙向上开挖李家港，凿开都水石，向下开通直河口，疏浚田家庄，竭尽全力经营，已经有半数漕船通行，河道才算正式开辟；所以我才能接续前人，宣告工程竣工。”接着上奏六项善后事宜，漕运通道从此大为通畅。此后每年三月打开泇河坝，漕船从直河口进入泇河；九月开启召公坝，漕船重归黄河航行，粮船和官民船只全部遵照这个制度。
万历四十四年，巡漕御史硃堦请求修复泉源湖泊水柜，上奏说：“宋礼修筑戴村坝，截断两条汶河入海通路，引水灌注运河；又疏导洙水、泗水、洸水、沂水各条河流补给运河。汶河汇集众多泉水全力供给漕河，但是流程遥远，水量不断消耗，已经很难支撑。流到南旺之后，又分出四成向南接济淮河，六成向北流往卫河，水量被分得更加单薄。况且这些水源夏秋涨水，冬春枯竭，就算夏秋季节遇到不下雨也会干涸。宋礼预先考虑到河水不可完全依靠，于是沿着昭阳湖、南旺湖、马踏湖、蜀山湖、安山湖各个湖泊修建斗门，称之为水柜。漕河水涨，就把溢出的河水储存在湖泊；河水水位下降，就开闸放水补给漕河。蓄水泄洪有严格法度，私自开闸盗水要治罪，所以无论旱涝，漕运都有保障。年代久了禁令松弛，湖泊变浅可以耕种，大多被权贵豪强侵占，昭阳湖已经被开垦成藩王田地。近来山东半年不下雨，泉水快要断流，查阅图册寻找旧日水柜，却没有人知道它的位置。请求下令治理河道的官员清查核实，抓紧修筑堤坝斗门，扩大蓄水储备。”皇帝采纳他的请求。
正当朝廷商议疏浚泉湖的时候，黄河在徐州狼矢沟决口，洪水顺着蛤鳗各个湖泊流入泇河，从直河口流出，运船逆水行船十分艰险。督漕侍郎陈荐开挖武河等河口，宣泄洪水，平缓水势。两年之后，决口被泥沙淤积封堵，黄河才回归旧河道。总河侍郎王佐增修月坝来防御洪水。泰昌元年冬天，王佐上奏：“各处湖泊水柜已经恢复，安山湖恢复湖区五十五里，确实有利于漕运。请求把水柜的兴废好坏，作为考核河务官员优劣的标准。”皇帝听从。
天启元年，淮河、黄河洪水泛滥，在里河王公祠决口。淮安知府宋统殷、山阳知县练国事奋力把决口堵塞。天启三年秋天，外河又有好几处决口，不久封堵完毕。这年冬天，疏浚永济新河。自从凌云翼开凿这条河，没过多久就废弃封闭。总河都御史刘士忠曾经打开闸门帮助漕运，之后又再次封堵。淮安主河道三十年没有疏浚。于是商议先疏浚新河，让回空漕船通行，再疏浚主河道，从许家闸到惠济祠，长一千四百多丈；重建通济月河小闸，漕船全部走主河道，新河再次封闭。当时王家集、磨儿庄河段水流湍急越来越严重，漕储参政硃国盛谋划另开河道保障漕运，命令同知宋士中，从泇口往东到宿迁陈沟口，又逆骆马湖向上走到马颊河，往返实地勘察。于是提议开挖马家洲，疏通马颊河口的淤塞，上游连接泇河水流，下游避开刘口的险滩；又疏浚三汊河流沙河段十三里，开挖滔庄河一百多丈，深挖小河二十里，开挖王能庄河段二十里，连通骆马湖湖口；修筑封堵张家等几十条沟口，约束水流归入漕河。新修河道一共五十七里，命名为通济新河。天启五年四月，工程完工，漕运船只走这条新河，不再受刘口、磨儿庄各处险滩困扰。第二年，总河侍郎李从心开挖陈沟十里河道，完成这项工程余下的部分。
崇祯二年，淮安苏家嘴、新沟大坝同时溃决，淹没山阳、盐城、高邮、泰州百姓田地。崇祯五年，又冲垮建义北坝。总河尚书硃光祚疏浚骆马湖，避开十三处河道险段，命名顺济河。崇祯六年，良城到徐塘河道淤塞变成平地，漕运延误期限，硃光祚被剥夺官职，刘荣嗣接替他。
崇祯八年，骆马湖淤塞阻断航道。刘荣嗣在徐州、宿迁开挖河道，引黄河水入新河道，遭到弹劾，受到重罚。侍郎周鼎接替，全力治理泇河：疏浚麦河支河，修筑王母山前后坝、胜阳山东堤、马蹄厓十字河拦水坝，疏浚良城闸到徐塘口六千多丈。崇祯九年夏天，泇河重新通航，从宿迁陈沟口汇入大河。周鼎又修缮高家堰以及新沟漾田营堤防，加修天妃闸石工，清除南旺湖彭口沙石，疏浚刘吕庄到黄林庄一百六十里河道。但这时黄河、淮河洪水泛滥一天比一天严重，河水倒灌侵害漕运。周鼎任职五年，最终因为漕运阻滞被削去官职。继任的侍郎张国维，刚刚到任，就因为运河干涸缺水受到责罚。
崇祯十四年，张国维上奏：“济宁运道从枣林闸逆流而上，经过师家庄、仲家浅两座闸门，年年苦于河道淤浅，经常引泗河河水从鲁桥汇入运河补给。夏秋洪水季节，足够行船；但是河水裹挟泥沙入运河，水退泥沙淤积，有利也有弊。旁边白马河汇集邹县各处泉水，和泗河汇合之后从鲁桥流出，水势弱小抵挡不住泗河，河道大半淤塞，不能为漕运所用。但是白马河上游宽阔的河段，正好对着仲家浅闸。如果引导白马河水从此处流入运河，相比鲁桥，地势落差大，把细小水流变成大股水流，还能减少泥沙淤积，补给仲家浅、师家庄、枣林闸，有三项好处。”
他又说：“南旺处于地势最高处，只能依靠泰安、新泰、莱芜、宁阳、汶上、东平、平阴、肥城八个州县的泉水，经由汶河汇入运河，运河才能通航。如今东平、平阴、肥城境内河道被泥沙阻断，请抓紧疏浚。”又上奏六条治运对策：第一，恢复安山湖水柜接济北闸河段；第二，改挖沧浪河，从万年仓出口，便利四座水闸行船；第三，疏通汶河、陶河上游水源，接济邳州一带漕运；第四，改变沂河河道，从徐塘口流出，同时惠及邳州、宿迁；剩下两条就是疏浚三州县淤沙、改造白马湖河道。皇帝下令斟酌施行。张国维又疏浚淮安、扬州漕河三百多里。在这个时期，河务官员竭尽全力修补各处工程，南河稍稍安定，北河却多次出现浅滩阻碍航运。而河南地方官员堵截黄河水用来淹没农民起义军。黄河在开封大规模决口，下游河道一天天淤高，河务局面越发败坏。没过多久，明朝就灭亡了。
志第六十二·河渠四·运河下、海运
江南运河，从杭州北郭务到谢村北边，经过十二里洋、塘栖，德清的河水汇入这里。越过北陆桥进入崇德县境内，经过松老抵达高新桥，海盐的分支河道连通过来。绕过崇德县城向南，转向东北，抵达小高阳桥东，经过石门塘，折向东，到达王湾。到皁林，水深将近一丈。经过永新，进入秀水县地界，越过陡门镇，往北是分乡铺，稍微往东是绣塔。向北沿着嘉兴县城西边继续向北，驶出杉青三闸，抵达王江泾镇，松江运粮船只从东边过来汇合。往北到平望驿，向东连通莺脰湖，湖州运粮船只从西边新兴桥过来汇合。往北到松陵驿，经过吴江抵达三里桥，北边是震泽，南边是黄天荡，水势汹涌澎湃，夹浦桥屡次毁坏重建。向北经过苏州城东鲇鱼口，河水从ＢＣ塘汇入。向北抵达枫桥，顺着射渎经过浒墅关，过白鹤铺，就是长洲、无锡两县的边界。锡山驿河段水浅，仅仅刚能浮起瓦砾。过黄埠，抵达洛社桥，江阴九里河河水汇入。往西北到达常州。旧时漕河穿过常州城内，从东水门入城，西水门出城。嘉靖末年防备倭寇，改走城南护城河。江阴，顺塘河水从城东流过连通丁堰，沙子湖在它西南，宜兴钟溪的河水流入湖中。再往西，直渎河水汇入；再往西是奔牛闸、吕城闸，常州、镇江的分界就在这里，两处都建有月河用来调节水量，后来全部废弃。它南边是金坛河，溧阳、高淳的河水从这里流出。丹阳县城南二十里是陵口，城北二十五里是黄泥坝，过去都设置水闸。练湖的水位比漕河高出好几丈，一部分水经三思桥，一部分经仁智桥，全部流入漕河。往北经过丹徒镇，有猪婆滩，到处都是松软泥沙。丹徒以上的运道，水位高低依靠长江潮水涨落。过镇江，驶出京口闸，闸外堆积沙洲绵延二十丈，可以停泊船只躲避风浪，从这里驶入长江，和瓜洲隔江相对。从北郭务到京口，全程八百多里，水流平缓。经过嘉兴到苏州，众多河流汇集；到常州以西，地势渐渐抬高，河水容易泄走，水位时高时低，不停疏浚也不停淤塞，常常还要借助孟渎河、德胜河两条河道，向东驶入大江，抵达扬州、泰州。
洪武二十六年，朝廷曾经命令崇山侯李新开挖溧水胭脂河，打通浙江漕运，免除丹阳转运物资以及大江风浪的危险。但是苏州、松江、常州三吴地区的粮食，仍然要走常州、镇江一线。洪武三十一年，疏浚奔牛、吕城二坝河道。
永乐年间，修筑练湖湖堤。命令通政张琏征调十万民夫，疏浚常州孟渎河；又疏浚兰陵沟，向北延伸到孟渎河闸，长六千多丈，向南到奔牛镇，长一千二百多丈。之后，又疏浚镇江京口、新港、甘露三处港口，连通长江。漕船从奔牛逆流上到京口，水位低落的时候，就改走孟渎河向西去往瓜洲，抵达白塔，成为常规路线。
宣德六年，采纳武进百姓的请求，疏浚德胜新河四十里。宣德八年工程完工。漕船从德胜河北驶入长江，正对泰兴的北新河，顺着泰州坝抵达扬子湾再进入漕河，比白塔河还要便利。于是漕河、孟渎河、德胜河三条河道同时通行，都可以承担漕运。
正统元年，朝中大臣上奏：“从新港到奔牛，漕河一百五十里，过去用水车引长江潮水灌入运河，既行船又灌溉农田。请求拨官钱置办水车。”皇帝下诏批准。但是这三条河的入江口，地势都是从低往高，河水水量交替涨落。正统八年，武进百姓请求疏浚德胜河和北新河；浙江都司萧华请求疏浚孟渎河。巡抚周忱定案，疏浚两条河，不再修筑北新河堤坝。白塔河大桥闸按时启闭；常州、镇江漕河也一并疏浚。
景泰年间，漕河再次淤塞，漕船全部改走孟渎河。景泰三年，御史练纲上奏：“漕船从夏港、孟渎驶入长江，逆流航行三百里，才到达瓜洲。德胜河正对北新河，白塔河又和孟渎斜向相对，从这两处横渡江面路程更近，应当大力疏浚淤塞河段。”皇帝命令尚书石璞负责办理。恰好有人提议开凿镇江七里港，引金山上游江水流入丹阳，避开孟渎河的风险。镇江知府林鹗认为这条路线迂回，多岩石，还会毁坏百姓田地坟墓，不如疏浚京口闸、甘露坝，路程短，用工少。于是采纳林鹗的意见。浙江参政胡清又提议拆除新港、奔牛各处土坝，修建石闸积蓄泉水，也得到批准。但是疏浚德胜河、开凿七里港的提议都搁置。虽然修建石闸，蓄水量依旧不大，漕船还是大多走孟渎河。
天顺元年，尚宝少卿凌信上奏，粮船走镇江里河更加便利。皇帝认同，命令粮储河道都御史李秉打通七里港口，引长江水注入运河，同时疏浚奔牛、新港的淤积。巡抚崔恭又请求增设五道闸门。到成化四年，闸门工程才完工。于是漕船全部走里河；走另外两条河道的，只有回空船只和其他民间船只。定下制度：孟渎河口和瓜洲、仪真各个港口，每三年疏浚一次。孟渎河道宽阔，不太容易淤积；里河没过多久就会干涸，漕运又要改走孟渎河。
弘治十七年，朝中大臣再次上奏走夏港、孟渎、远涉大江的害处，请求抓紧疏浚京口淤积，引练湖之水补给运河。皇帝下诏迅速办理。正德二年，重新开通白塔河，修复江口、大桥、潘家、通江四道闸门。正德十四年，采纳督漕都御史臧凤的建议，疏浚常州上下游里河，漕船畅通五十多年。
万历元年，河道又渐渐干涸，再次开展疏浚。岁贡生许汝愚上书：“建国之初设置四座闸门：京口闸、丹徒闸，防止三江来水枯竭；吕城闸、奔牛闸，防止五湖湖水流失。丹阳到镇江，有三处湖泊蓄水：练湖、焦子湖、杜墅湖。年代久远，百姓侵占开垦，焦子湖、杜墅湖已经干涸，只剩练湖，也遭到侵占，四座闸门形同虚设。请求恢复三处湖泊旧貌保障漕运。”总河傅希挚回复：“练湖已经疏浚，焦子湖、杜墅湖水源不足，修复没有益处。”这个提议就此搁置。没过多久，练湖又淤浅。
万历五年，御史郭思极、陈世宝先后请求恢复练湖，疏浚孟渎河。给事中汤聘尹提议，在京口闸旁边另外修建一座闸门，引长江水向内流入，涨潮开闸，落潮关闸。御史尹良任上奏：“孟渎渡江抵达黄家港，江面宽阔，江流平稳，从这里到泰兴，再去往湾头、高邮，仅仅二百多里，可以免除瓜洲航行不可预测的灾祸。至于京口向北横渡金山，大江中心遇到大风就有船只沉没的危险，应当清理甘露港两岸被侵占的洲田十多里，方便船只停靠避风。”
御史林应训又上奏：“从万缘桥到孟渎，两岸山崖陡峭，遇到暴雨洪水很容易崩塌；再加江潮携带泥沙涌入，难免淤塞。应当在万缘桥、黄连树各修建一座闸门，用来蓄水泄洪。练湖从西晋陈敏拦截马林溪，汇集长山八十四条溪流的水灌溉云阳，湖堤叫做练塘，又叫练河，大约四十里长。环湖设置十三个涵洞。宋代绍兴年间，湖中修筑横堤，分为上湖、下湖，设立上、中、下三道闸门。八十四条溪流的水先经辰溪流入上湖，再通过三道闸门流往下湖。洪武年间，运道阻滞，依托下湖东堤修建三座闸门，借助湖水接济漕运，后来渐渐被填埋。现在应当全部取缔侵占的田地，重新疏浚成湖。上湖四周是高地，是八十四条溪水的来路，怕湖水轻易流走；下湖地势平坦，只比漕河高出几尺，常常担心水量不足。如果堤坝坚固，湖水充足，就可以按时放水补给运河。要铲除五千多亩被侵占的田地，封堵沿湖私自开挖的涵洞，只保留原有十三处泄洪涵洞。冬春季节全部封闭，不许私自开启。练湖没有外来大河水源，全靠拦蓄雨水溪流，加高湖堤、修复闸门，保证湖水充足，才能接济漕运。我亲自实地查看，上湖地势高，是溪水汇聚之处，容易漏水；下湖地势平缓，水量常常不够。只要湖水充沛，堤岸坚固，运河就可以得到充足水源。”这些奏章全部下发主管部门斟酌商议。
万历十三年，镇江知府吴捴谦再次上奏：“练湖中间横堤，应当责令官府每年初春就修缮加固，防止洪水冲垮，严禁权贵豪强侵占。”皇帝听从。万历十七年，疏浚武进横林漕河。
崇祯元年，疏浚京口漕河。崇祯五年，太常少卿姜志礼写下《漕河议》，说：“神宗初年，我的先辈姜宝写过《漕河议》，主管官员采纳推行，不用大规模开挖河道，漕运安稳二十多年。后来湖泊被人租种，妨害漕运，每年都要耗费大量人力疏浚。老人们有句话：‘京口闸的闸底和虎丘塔顶齐平’，由此可以看出一味挖河没有多大用处，蓄水护湖才是根本。现在应当废除湖泊租佃，修缮闸门，加高加固上湖、下湖围堤，把湖水蓄深。漕河的闸门，不只是京口、吕城、新闸、奔牛几处，陵口、尹公桥、黄泥坝、新丰、大犊山，处处都原有闸门，现在全部废弃，都要修复。运道支流，武进洞子河、连江桥河、扁担河，丹阳简桥河、陈家桥河、七里桥河、丁议河、越渎河，胜村溪大坝头，丹阳甘露港南小闸口，都要抓紧修整。奔牛、吕城北边，各设置减水闸。每年十月用土封堵，商船民船一律盘坝转运。这些都是旧有制度，应当遵照执行。近来有人提议开挖九曲河，让漕船直接从泡港闸驶入长江，直达扬子桥，避免瓜洲开闸等待延误，可以试验之后再推行。回空粮船和官船，应当走长江，在河庄设置闸门启闭管理。多项工程同时兴办，漕运事务才能完善。”这份提议最终没有实施。
江漕，就是长江漕运。湖广漕船顺着汉水、沔水往下到浔阳；江西漕船驶出章江，过鄱阳湖，在湖口汇合；再加上南直隶宁国、太平、池州、安庆、江宁、广德的船只，一同驶入长江，进入仪真通江闸，逆流经过淮安、扬州进入闸河。瓜洲、仪真一带，是漕运的咽喉要道。
洪武年间，给辽东军队输送粮饷的船只，从仪真上溯淮安，从盐城出海；输送粮草到山西、河南的船只，也是从仪真前往淮安，盘坝转入淮河。长江江口一共设置十三处坝、闸。疏浚扬子桥河到黄泥湾，九千多丈。
永乐年间，疏浚仪真清江坝、下水港、夹港河，修缮沿江堤岸。洪熙元年，疏浚仪真坝河。之后定下制度：仪真坝下黄泥滩、直河口两个港口，瓜洲两处港口，常州孟渎河，全部每三年疏浚一次。宣德年间，采纳侍郎赵新、御史陈祚请求，疏浚黄泥滩、清江闸。成化年间，在仪真通江港口修建三座闸门，江都修建两座留潮通江闸门。后来通江港口淤塞。弘治初年，重新开通，又在总港口修建闸门蓄水。仪真、江都两县之间，有五处官塘，筑闸蓄水，灌溉民田，被豪强占为私产，仪真、扬州之间运道因此受阻。嘉靖二年，御史秦钺请求恢复五处官塘，得到批准。万历五年，御史陈世宝上奏：“仪真江口距离闸门太远，请在上下游十几丈的位置增建两道闸门，随湖水水位启闭，将要出江的船只全部引导进闸，避免延误。”奏章呈上，建议得到实行。
白塔河，在泰州。上游连通邵伯，下游接入长江，斜对着常州孟渎河和泰兴北新河，是浙江漕运的一条捷径。这条河最早由陈瑄开挖。宣德年间，听从赵新、陈祚请求，朝廷命令陈瑄征调四万五千民夫疏浚，修建新闸、潘家庄闸、大桥闸、江口闸四座闸门。正统四年，洪水冲垮闸门，河道淤塞，都督武兴于是废弃不用，漕船依旧在瓜洲盘坝转运。瓜洲的坝，洪武年间设置，一共十五座，分列东西两港之间。永乐年间，废弃东坝改成木料储存场地，只保留西港七座坝。漕船失去停泊港湾，屡次遭遇风浪危险。英宗初年，重新疏浚东港。之后巡抚周忱在白塔河大桥闸修筑堤坝，按时开启关闭，一部分漕船改走这里。等到镇江里河疏浚完工，漕船驶出甘露、新港，直接渡江去往瓜洲；白塔河、北新河因为江路艰险遥远，就不再使用。
卫漕，就是卫河。源头出自河南辉县，流到临清和会通河汇合，向北直达天津。临清往北，都叫做卫河，详细记载在本篇其他部分。
白漕，就是通济河。源头来自塞外，流经密云县雾灵山，称作潮河川。富河、罾口河、七渡河、桑乾河、三里河都在这里汇合，总名叫白河。向南流经过通州，汇合通惠河、榆河、浑河等河流，也叫潞河。全长三百六十里，到直沽汇合卫河入海，依靠这条河开展漕运。杨村以北，地势居高临下，河底多淤沙。夏秋涨水饱受涝灾，冬春水量微弱，河水苦涩。河道冲决改道，和黄河情况很像。耎儿渡，处在武清、通州之间，是最关键危险的河段。从永乐到成化初年，一共八次决口，每次都征调民夫修筑堤坝。正统元年那次决口，灾害尤其严重，朝廷专门下令太监沐敬、安远侯柳溥、尚书李友直随机处置，调五军营五万士兵，加上一万民夫修筑决堤。又命令武进伯硃冕、尚书吴中，动用五万人，在距离河西务二十里开挖一条新河，引导白河水流入新河。两项工程同时完工，百姓十分便利，赐河名叫通济，册封河神为通济河神。在此之前，永乐二十一年就修筑通州到直沽河岸，遇到冲决就随时修补，成为惯例。通济河修成之后，也多次发生决口，不停修筑。万历三十一年，采纳工部建议，疏浚通州到天津的白河，挖深四尺五寸，挖出来的沙土就用来修筑两岸河堤，定为制度。
大通河，是元代郭守敬开凿。从大通桥向东，抵达通州高丽庄，和白河汇合，流到直沽，汇合卫河入海，全长一百六十多里。十里设置一道闸门，蓄水行船，名叫通惠河，因为白河、榆河、浑河汇流，也叫潞河。洪武年间渐渐荒废。
永乐四年八月，北京行部上奏：“宛平、昌平的西湖，景东牛栏庄，青龙华家ＢＧ山三处闸门，河水冲垮堤岸。”朝廷下令征调军民修缮。第二年又上奏：“从西湖、景东到通流闸，一共七道闸门，河道淤塞。从昌平东南白浮村到西湖、景东流水河口，长一百里，应当增设十二道闸门。”皇帝听从。没过多久，闸门全部被泥沙填埋，不能通行船只。
成化年间，漕运总兵官杨茂上奏：“每年漕船到张家湾就弃船上岸，用车转运到京城，运费开销巨大。元代通惠河的石闸还保留，水深二尺左右，修缮闸门蓄水，用小船驳运粮食十分便利。”还有人提议在三里河，从张家湾烟墩桥往西疏浚河道停泊船只。奏章下发大臣集体商议，朝廷派遣尚书杨鼎、侍郎乔毅实地勘察。二人上奏：“原有二十四座旧闸，原本通船。但是元代引水从皇宫墙外流过，船只可以进入城内海子湾。现在河水从皇城金水河流出，旧日河道不能恢复。而且元代从白浮泉向西逆流引水，如今那里靠近皇家山陵，恐怕破坏地脉。一亩泉又要穿过白羊口山沟，两条河水冲断山路，很难导引。城南三里河原本没有源头，正统年间修缮京城护城河，担心雨水多泛滥，才凿开正阳桥东南低洼地带，开挖泄洪口，才有三里河这个名字。从泄洪口往外八里，才接上浑河。旧河道两岸很多民居坟墓，河水浅、河道窄，还需要引来其他水源补给。西湖草桥水源出自玉匠局、马跑等地，泉水流量不大。元代曾经启用金口河，水流汹涌冲毁民房，很快就废弃。只有玉泉、龙泉、月儿泉、柳沙泉，都出自西北，顺着山脚流淌，可以引入西湖。请求疏浚西湖水源，关闭分水清龙闸，引导各路泉水汇入高梁河；一半河水从金水河流入皇城，另一半顺着城外护城河绕行，在正阳门东边汇集。封闭护城河出水口，不让河水和三里河合流。大通桥闸河，根据旱涝启闭闸门，船只就可以靠近粮仓，十分便利。”皇帝采纳建议。正要征调九万军民动工，恰逢出现灾异，下诏停止各项大工程。主管部门考虑漕运事关重大，调四万人疏浚护城河；西山玉泉以及通往张家湾的河道，慢慢逐步推进。过了五年，下令平江伯陈锐、副都御史李裕、侍郎翁世资、王诏，督率漕军疏浚通惠河，沿用杨鼎、乔毅之前的方案。第二年六月，工程完工。从大通桥到张家湾浑河口六十多里，疏浚三处泉源，增建四道闸门，漕船勉强通行。但是元代导引的昌平三处泉源全部无法恢复，只依靠西湖一处水源，还只能分一半水量；河道狭窄，水位涨落很快。不到两年，河道又阻滞不通。正德二年曾经疏浚一次，修缮大通桥到通州十二道闸门，四十一座坝。
嘉靖六年，御史吴仲上奏：“通惠河多次尝试修复，都被权贵阻挠。通流等八道闸门遗迹还在，依托旧迹施工，工程量不大，每年可以节省二十多万两陆路转运费用。历朝历代漕运都直达京师，没有把国家粮仓放在五十里之外的道理。”皇帝心里认同，命令侍郎王軏、何诏和吴仲一同实地勘测。王軏等人上奏：“大通桥地势比白河高出六丈多，如果向下深挖到七丈，引白河水直达京城，所有闸门都可以废除，但是很难做到。只能修缮原有闸河。但通流闸在通州老城里面，穿过两道水门；南浦闸、土桥闸、广利闸都处在闹市，船只搬运粮食很不方便。只有白河边上旧小河废弃堤坝往西不到一里，有堰水小坝，应当把它修好，连通普济闸，可以省去四道闸门两处关口的搬运人力。”尚书桂萼认为方案不妥，请求改修三里河。皇帝把奏章交给大学士杨一清、张璁。杨一清说：“依托旧闸，采用驳运搬运的办法，可以节省运军人力开销，应当果断推行。”张璁也说：“这是一劳永逸的举措，桂萼所说的方案花费巨大，很难办成。”皇帝否决桂萼的提议。
第二年六月，吴仲上报河道完工，接着上奏五件后续事宜：“大通桥到通州石坝，地势高出四丈，流沙很容易淤积，需要经常疏浚。管理河道官员要专职负责，不要兼任其他差事。官吏、闸夫因为漕运改革被裁减，应当恢复原有编制。庆丰上闸、平津中闸已经废弃不用，应当改建在通州西水关外。驳船建造费用、每年维修经费，酌情安排。”皇帝因为前朝多次勘察筹划都没能完工，吴仲等人四个月就完成工程，下诏给予奖赏，全部批准他的请求。吴仲又请求留下督工郎中何栋专职管理河道，做长久规划。皇帝听从。嘉靖九年，何栋升任右通政，依旧管理通惠河河道。这个时候，吴仲外放任处州知府，把自己编撰的《通惠河志》进献朝廷。皇帝下令交给史馆，收录进《大明会典》，并交付工部刊印流传。从这之后，漕船直接抵达京城，一直到明朝末年。百姓感念吴仲的功绩，在通州修建祠堂祭祀他。
蓟州河，是运送蓟州官军粮饷的通道。明朝初年，依靠海运给蓟州供应军粮。天顺二年，大河卫百户闵恭上奏：“南京以及直隶各个卫，每年调派士兵运粮三万石送到蓟州等卫粮仓，要渡七十多里大海，风浪十分凶险。新开的沽河，正北对着蓟州，和水套、沽河笔直相通，绵延四十多里，路线径直，水深条件好，只有四分之一地段被阻隔。如果开挖连通河道，就可以消除海上航行的祸患。”奏章下发总兵都督宋胜、巡按御史李敏实地核查。宋胜等人回奏有利可行，于是开挖直沽河，河宽五丈，水深一丈五尺。成化二年疏浚一次，成化二十年再次疏浚，同时疏浚鸦鸿桥河道，在丰润县修建海运粮食仓库。正德十六年，运粮指挥王瓚上奏：“直沽东北新河，转运蓟州军粮，河水很浅，只有潮水上涨才能行船。边关经常粮草匮乏，应当疏浚加深拓宽。”皇帝听从。最初新河每三年疏浚一次，嘉靖元年改为两年一次，定为常例。嘉靖十七年，疏浚殷留庄大口到旧仓店，长一百一十六里。
丰润环香河，成化年间开挖，每年运送十几万石粮食供给蓟州东路军队。后来河道淤塞废弃，军粮改由蓟州调拨，十分不便。嘉靖四十五年，采纳御史鲍承廕的请求，重新修复这条河，并且在北济、张官屯、鸦鸿桥修建三道闸门拦蓄河水。
昌平河，运送各皇陵卫所官军军饷。起点在巩华城外安济桥，终点到通州渡口，全长一百四十五里，其中三十里淤浅难以通行。隆庆六年大规模疏浚，运送长陵等八卫官军每月四万石军粮，河道得以通航。万历元年，再次疏通巩华城外旧河道。
海运，开始于元代至元年间。伯颜任用硃清、张瑄从海上运送粮食到京师，第一年只有四万多石，之后逐年增加，最多达到三百多万石。最初海上航线一万三千多里，十分险恶；后来开辟新航线，路程稍微直一些。殷明略又开辟新海道，更加便利。但全部航行大洋，顺风的时候，从浙西到京城不过十天，船只粮食沉没损失的数量也很多。
洪武元年，太祖命令汤和建造海船，给北伐的军队输送粮草。天下平定之后，招募水手运送莱州洋海仓的粮食供给永平。后来辽东以及北方多次用兵，靖海侯吴祯、延安侯唐胜宗、航海侯张赫、舳舻侯硃寿，先后从海上转运辽东军粮，成为常例。调集江南、浙江沿海卫所一百多艘大船，运粮几十万石。赏赐将校绸缎、胡椒、苏木、钱钞不等；民夫免除家中一年徭役，溺水死亡的人给予优厚抚恤。洪武三十年，因为辽东军粮储备充足，命令辽东军士就地屯田耕种，停止海运。
永乐元年，平江伯陈瑄督办海运，运送粮食四十九万多石，供给北京、辽东。永乐二年，因为海运船只只能抵达直沽，还需要小船转运到京城，朝廷下令在天津修建一千四百处露天粮仓，扩大粮食储备。永乐四年，定下海运、河运并行的制度。陈瑄每年海运粮食一百万石，在直沽尹儿湾城修建百万石粮仓，天津卫调拨一万士兵守卫。到这时，规定江南税粮一部分走海运，一部分经淮河、黄河，再陆运转入卫河，抵达通州，定为常制。陈瑄上奏：“嘉定濒临大海，处在江流冲要，地势平坦，没有高大岛屿山峰。海船停泊，遇上风浪，很容易触礁搁浅失事。应当在青浦堆筑土山，设立标识，让行船人知道避险，消除海上航行的隐患。”皇帝下诏批准。永乐十年九月工程完工。土山方圆百丈，高三十多丈，赐名叫宝山，皇帝亲自撰写碑文记录这件事。
永乐十三年五月，朝廷再次废除海运，只保留遮洋一总，负责运送辽东、蓟州的粮食。正统十三年，朝廷将登州卫的一百艘海船裁减为十八艘，调拨其中五艘运送青州、莱州、登州的布匹、棉花、钞锭共十二万多斤，每年赏赐给辽东的军队。
成化二十三年，侍郎丘浚进呈《大学衍义补》，请求寻访海运旧道，让海运与河漕并行。他大致说道：“一艘海船可以装载一千石粮食，相当于三艘河运船只，需要的士卒也大幅减少。河漕相比陆运，能节省十分之三的耗费；海运相比陆运，能节省十分之七的耗费。虽然有船只沉没人员溺亡的风险，但是省去了纤夫劳作、转运浅滩的开销、等候通行的值守，利害大致可以相抵。应当寻访熟悉海上航道的人，实地勘察研讨。”他的提议没有得到施行。弘治五年，黄河在金龙口决口，有人请求恢复海运，朝中大臣商议之后，认为此计不可行。
嘉靖二年，遮洋总负责运输的粮食，有两万石在海上漂没，官军五十多人溺水身亡。嘉靖五年，朝廷停止登州建造海船的事务。嘉靖二十年，总河王以旂因为河道淤塞不通，上奏说：“海运虽然难以推行，但是平度州东南有一条南北新河，元朝的时候修建闸坝，河道直通安东，船只全程沿着内海航行，路途快捷又没有危险，值得研究筹划。”皇帝认为海上航道迂回遥远，驳回了他的提议。嘉靖三十八年，辽东巡抚侯汝谅上奏：“从天津进入辽东的海路，从海口到右屯河通堡不到二百里，沿途的曹泊店、月坨桑、姜女坟、桃花岛，全都可以停泊船只。”六部商议之后，批准实行。嘉靖四十五年，顺天巡抚耿随朝勘察海上航道：从永平向西出海，航行一百四十五里到达纪各庄，再航行四百二十六里抵达天津，全程都是靠着海岸行船。其中有一百二十里需要驶入外海，沿途有建河、粮河、小沽河、大沽河，可以躲避大风。皇帝一开始准许他的建议，不久之后，因为御史刘翾上奏反对，这件事就作罢。同年，朝廷采纳给事中胡应嘉的建议，裁撤遮洋总。
隆庆五年，徐州、邳州一带运河淤塞，朝廷采纳给事中宋良佐的提议，重新设置遮洋总，保留海运的旧制。山东巡抚梁梦龙极力论述海运的好处，上奏说：“海上航道南面从淮安到胶州，北面从天津到海仓，本就是岛上居民和商人往来通行的路线。我派遣士兵分别从淮安、胶州运送米麦前往天津，全部顺利抵达。淮安到天津一共三千三百里，如果顺风，二十天就可以到达。船只行驶在近海，岛屿连绵相接，就算起风也有停靠的地方，比殷明略旧时的海上航道更加安全便利。五月之前海风柔和顺向，这个时候出海，可以保证没有灾祸。”朝廷下令调拨附近地区的漕粮十二万石，交由梁梦龙试行海运。
隆庆六年，王宗沐负责督理漕运，请求推行海运。皇帝下诏命令从淮安出海运送十二万石粮食。这条海运路线：从云梯关向东北，途经鹰游山、安东卫、石臼所、夏河所、齐堂岛、灵山卫、古镇、胶州、鳌山卫、大嵩卫、行村寨，全部是海面航行。从海洋所经过竹岛、宁津所、靖海卫，转向东北经过成山卫、刘公岛、威海卫，向西经过宁海卫，也都是海面航行。从福山的芝罘岛到登州城北新海口的沙门等岛屿，向西途经桑岛、母已岛；从母已岛向西经过三山岛、芙蓉岛、莱州大洋、海仓口；从海仓向西经过淮河海口、鱼儿铺，向西北经过侯镇店、唐头塞；从侯镇向西北，顺着大清河、小清河河口、乞沟河驶入直沽，抵达天津卫。全程一共三千三百九十里。
万历元年，即墨福山岛发生海难，七艘运粮船损坏，数千石粮食沉没，十五名军丁溺水身亡。给事中、御史纷纷上奏弹劾此次失事，海运就此废止，不再实行。万历二十五年，倭寇作乱，朝廷从登州运送粮食供给朝鲜的军队。山东副使于仁廉再次上奏：“给辽东输送军饷，没有比海运更好的办法；推行海运，没有比登州、莱州更合适的起点。登州、莱州距离金州六七百里，到旅顺口仅仅五百多里，顺风扬帆，一两天就可以到达。又有沙门岛、鼍矶岛、皇城岛分布在海路中间，是天然的海上中转站，可以停靠避风。只有皇城岛到旅顺口这二百里路程稍远，遇上顺风不到半天就可以渡过。如果从天津前往辽东，大洋之中没有可以停泊的地方；淮安到胶州虽然只有三百里，但是从胶州到登州路途千里，礁石众多，航行艰难。唯独登州、莱州接济辽东，地理形势便利，事情容易办成。”当时朝中很多人认为他的建议很有道理，但最终没有施行。万历四十六年，山东巡抚李长庚上奏请求推行海运，朝廷专门设置一名户部侍郎来督办这件事，相关记载详见《李长庚传》。
崇祯十二年，崇明人沈廷扬担任内阁中书，再次陈述海运的便利，并且编纂《海运书》五卷进献给朝廷。皇帝下令建造海船进行试验。沈廷扬乘坐两艘海船，装载数百石粮食，崇祯十三年六月初一从淮安出海，当月十五日抵达天津。途中因为等候风向停泊五天，实际航行只用了十天。皇帝十分高兴，提拔沈廷扬为户部郎中，命令他前往登州，和巡抚徐人龙商议筹划海运。山东副总兵黄荫恩也上奏陈述九条海运的方略，皇帝当即下令让他督办海运。在此之前，宁远的军饷，大多由天津的船只运到登州，等候东南风把粮食运到天津，再等候西南风转运到宁远。沈廷扬直接从登州把粮食输送到宁远，节省了大量经费。不久朝廷命令他前往淮安管理海运事务，遭到督漕侍郎朱大典的阻挠，于是改令他驻守登州，专门负责宁远的粮饷供应。崇祯十六年，升任光禄少卿。福王在位的时候，命令沈廷扬率领海船防守长江，不久又命他兼管粮务。南京陷落之后，沈廷扬辗转追随唐王、鲁王，最终殉难。
嘉靖年间，朝中大臣纷纷上奏商议恢复海运，漕运总兵官万表说：“从前实行海运的时候，每年溺水死亡的人不止十万。运粮的船只、驾船的士兵、统管士兵的官员，都难免遭遇海难。如今人们主张海运，动辄引用丘浚的言论，这是不懂得实际事务的看法。”
志第六十三河渠五
淮河、泇河、卫河、漳河、沁河、滹沱河、桑乾河、胶莱河
淮河，发源于河南平氏县的胎簪山。流经桐柏，水流开始变得浩大。向东流到固始，进入南畿颍州境内，向东汇合汝水、颍水等多条河流。流经寿州北面，肥水汇入淮河。流到怀远县城东面，涡水汇入。向东经过凤阳、临淮，濠水汇入。又向东流经五河县南面，接纳浍水、沱水、漴水、潼水，水势盛大，水流湍急。流经泗州城南，稍微向东，汴水汇入。流过龟山脚下，河道转而向北，汇集洪泽湖、阜陵湖、泥墩湖、万家湖的湖水。向东北流到清河，向南和黄河汇合，也就是古代的泗口，又叫清口，是黄河、淮河交汇的要冲。淮河的南岸，漕河汇入，就是清江浦口。淮河再向东，流经淮安北面、安东东南，最终流入大海。
永乐七年，淮河在寿州决口，淹没中都。正统三年，淮河在清河泛滥。天顺四年，淮河在凤阳泛滥。朝廷都是随时修筑堤坝，没有造成重大灾害。正德十二年，淮河再次冲决漕河堤坝，洪水灌入泗州。泗州是明朝祖陵的所在地，地势最为低洼。最初，淮河从安东云梯关入海，没有泛滥的祸患。等到淮河与黄河交汇之后，黄河水势强盛，抢夺淮河入海的河道，淮河抵挡不住黄河，常常向东泛滥。陈瑄开凿清江浦，并且修筑高家堰旧堤阻挡洪水。淮安、扬州依靠这道堤坝得以安稳，但是凤阳、泗州一带却屡次遭受水灾。嘉靖十四年，朝廷采纳总河都御史刘天和的提议，修筑堤坝保护祖陵，高家堰堤坝加固之后，淮河顺畅地从清口流出，凤阳、泗州的水患就此平息。隆庆四年，总河都御史翁大立上奏，疏浚淮河的工程完工，淮河也长久没有大灾。
万历三年三月，高家堰堤坝决口，高邮、宝应、兴化、盐城变成一片汪洋。黄河水流紧随淮河，渐渐逼近凤阳、泗州。朝廷于是下令修建泗州祖陵护城石堤二百多丈，泗州靠着石堤稍稍得以安宁。这时，总漕侍郎吴桂芳上奏：“黄河在崔镇决口，清河河道淤塞。黄河水势强，淮河水势弱，黄河南下淹没山阳、高邮、宝应，应当赶紧加固湖堤。”皇帝命令仔细权衡利弊。给事中汤聘尹提议引导淮河江水流入长江。恰逢黄河顺着老黄河河道奔流入海，淮河得以趁着空隙从清口流出。吴桂芳把情况上报，汤聘尹的提议就搁置下来。
万历六年，总河都御史潘季驯上奏：“高家堰，是淮安、扬州的门户，也是黄河、淮河的关键。想要引导黄河入海，必须依靠淮河的水流冲刷泥沙。淮河向南决口，泥沙就会淤积停滞，清口也会被堵塞。黄河必然溃决泛滥，上游河水漫流平地，邳州、徐州、凤阳、泗州都会被大水淹没。淮河出问题，黄河就会出问题；黄河出问题，漕运也跟着受害，这是环环相扣的形势。”于是朝廷修筑高家堰大堤，从武家墩起，经过大小涧、阜陵湖、周桥、翟坝，全长八十里，阻止淮河水向东漫溢。又因为淮河北岸有王简口、张福口两处水口，河水从此泄入黄河，淮河的水力被分散，清口容易淤浅，而且黄河的洪水也大多从这里倒灌进淮河，于是修筑堤坝堵住两处水口。让淮河没有向东泄洪的通道，黄河的水不能倒灌进淮河，淮河全部水流涌向清口，汇合黄河一同入海。但是淮河虽然从清口流出，向西仍然漫溢凤阳、泗州。
万历八年，阴雨成涝，淮河洪水逼近泗州城，甚至漫到祖陵的台阶之下。御史陈用宾把灾情上报朝廷。给事中王道成于是上奏：“黄河还没有涨水，泗州一带接连下雨积水，清口已经宣泄不及。应当命令治理河道的官员，疏通堵塞的水道。”潘季驯上奏：“黄河、淮河汇合向东奔流，水流十分迅疾。泗州地势高低起伏，雨水积水无法宣泄，所以造成泛滥。想要开挖疏浚，下游河道已经很深，没有可以疏浚的地方；想要筑堤堵水，上游的洪水不能强行拦截。”皇帝于是命令潘季驯实地勘察，最后听任洪水自行消退。万历十六年，潘季驯再次担任总河，给泗州增筑数千丈护城石堤。
万历十九年九月，淮河洪水淹没泗州，水位高过城壕，官府于是关闭水关，防止洪水灌入城内。城内积水无法排出，百姓十之八九被淹，洪水还逼近祖陵。朝中大臣关于疏导泄洪的提议各不相同。潘季驯认为应当听凭积水自行消退。恰逢潘季驯呕血，请求辞官，进言的官员趁机请求准许他离职。皇帝派遣给事中张贞观前往实地勘察，会同总河尚书舒应龙等人详细商议之后上报，却没有确定可行的方案。接连几年，淮河向东冲决高良涧，向西淹没泗州祖陵。皇帝大怒，罢免舒应龙的官职，派遣给事中张企程前往勘察。很多官员提议拆毁高家堰，总河尚书杨一魁和张企程不同意，极力主张分泄黄河、疏导淮河。于是修建武家墩经河闸，泄出淮河水，经由永济河流到泾河，再注入射阳湖入海。又修建高良涧、周桥减水石闸，用来排泄淮河洪水：一路顺着岔河流入泾河；一路经过草子湖、宝应湖汇入子婴沟，全都流入广洋湖入海。又疏浚高邮茆塘港连通邵伯湖，开凿金家湾，河水顺着芒稻河注入长江，疏导淮河暴涨的洪水，淮河水患才得以平息。后来这三座闸渐渐淤塞废弃。
崇祯年间，黄河、淮河洪水泛滥，又有大臣提议掘开高家堰。在朝廷做官的淮安、扬州籍官员联合上奏极力反对，这个提议才作罢。但是那时候建义各个水口屡次决口，洪水向下淹没兴化、盐城，淮河的水患一天比一天严峻。
泇河有两处源头：一处出自费县南山的山谷，沿着沂州向西南流淌；一处出自峄县君山，向东南流，和费县发源的泇河汇合，称为东泇河、西泇河。两条河水汇合之后，向南接纳彭河水，从马家桥东流过微山湖、赤山湖、吕孟湖等湖泊，翻过葛墟岭，向南经过侯家湾、良城，抵达泇口镇，汇合蛤鳗湖、连汪湖等湖泊。向东接纳沂水，流经周湖、柳湖，接入邳州东面的直河。向东南抵达宿迁的黄墩湖、骆马湖，通过董沟、陈沟汇入黄河。引泗水、沂水补给漕运河道，避开黄河的凶险。这个设想最早由翁大立提出，之后傅希挚继续推动，最后由李化龙、曹时聘完成工程。
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