五月壬午，是五月初一，官军收复宁波、镇海。癸未日，郑元善把军队移驻汝宁；太平军攻陷陕西山阳；命令多隆阿督办陕西军务。甲申日，天降雨水；命令吴振棫赶赴山西协助防御剿贼。乙酉日，命令明谊火速赶赴塔城和俄国勘定边界；徐宗幹剿灭台湾匪乱。丙戌日，赐予徐郙等一百九十三人进士及第、进士出身，等级各有不同。丁亥日，因为诸暨百姓包立身招募乡勇杀贼，下谕左宗棠酌情任用他。李世忠军队拦截攻打江南来支援的贼军，大获全胜。己丑日，广西官军收复太平，刘长佑赶赴浔州督率剿匪。太平军攻陷渭南。壬辰日，把王履谦发配新疆。太平军包围温州、瑞安，下谕庆端等人进兵支援，同时让左宗棠兼顾；太平军进犯潼关，下谕沈兆霖传令马德昭支援陕西。乙未日，彭玉麟、曾国荃各军收复太平、芜湖城以及金柱关、东梁山各个关隘，赏赐李成谋黄马褂。官军会同英、法军队攻克南桥、柘林、奉贤各处城池；攻打南桥的时候，法国提督卜罗德阵亡，皇帝下谕悼念，赐给祭祀恩典，赏赐他家属珍宝财物。丙申日，太平军窜犯陕州。铜仁、石阡苗匪、教匪十分猖獗，下谕毛鸿宾、韩超联合围剿。戊戌日，命令侍郎恒祺会同崇厚办理葡萄牙通商事务。当时英国打算调印度军队前来协助剿贼，下谕曾国藩等人迅速攻克金陵、苏州、常州，杜绝外国觊觎中国的心思。己亥日，太平军攻陷兴义，官军收复霍丘。庚子日，前任太常寺少卿李棠阶上奏，请求师傅辅导皇帝之余，预先防范身边近臣谄媚逢迎，讲习《御批通鉴辑览》和《大学衍义》，皇帝下谕嘉奖答复。辛丑日，官军收复台州仙居、黄岩等六个县；贼目吴建瀛等人献出南汇投降；官军收复川沙；贼军攻陷嘉定；免除直隶旗人历年拖欠地租。壬寅日，官军进攻雨花台。甲辰日，采纳曾国藩的提议，依旧把安庆作为安徽省城；设立长江水师提督，衙门设在芜湖；任命恒祺为办理葡萄牙通商全权大臣。总理各国事务衙门上报法国公使照会，田兴恕残害教民，下谕骆秉章、劳崇光查办。乙巳日，陈玉成押解送往京城，下诏在途中将他凌迟处死；汝州团练头目李瞻谋划叛乱，官军剿灭叛乱。丙午日，李世忠渡过长江攻克龙潭等处贼垒，进攻九洑洲，下谕曾国藩管辖调度李世忠；告诫明谊，依照条约地图和俄国辨析边界，锡霖协助办理北部边界勘定。丁未日，官军收复陕西山阳。戊申日，占据山阳的贼军窜往郧西；英蕴发配盛京。四川匪寇攻陷太平厅，窜扰陕西定远。张芾在临潼县安抚反叛回部，被回部抓获遇害。辛亥日，彭玉麟、曾国荃各军攻克秣陵关各个隘口，进逼金陵；太平军攻陷湖州，在家乡的福建粮道赵景贤殉难。
六月壬子，是六月初一，耆龄因为救援浙江行动迟缓，革除官职，仍旧留任效力。乙卯日，下谕李续宜调度淮北剿捻军务，同时管束苗沛霖。丙辰日，僧格林沁军队攻克金楼贼垒。戊午日，命令六部九卿再次议定何桂清罪名。庚申日，四川匪寇攻陷西乡；官军收复定远。李鸿章督率程学启等人攻打太平军，大败敌军。西安、同州汉人和回人发生械斗，焚烧渭北众多村镇；下谕分别招抚讨伐，只分辨是非曲直，不分汉人、回人。壬戌日，四川军队收复太平。癸亥日，太平军攻陷郧西。甲子日，何桂清被判处斩首。乙丑日，直隶发生蝗灾。丙寅日，太平军从伊洛向南逃窜，命令胜保率军追剿。陕西回匪攻打西安、同州，催促雷正绾进入潼关。戊辰日，告诫领兵大臣不许弄虚作假、滥行保举；总督巡抚严令州县，不可以借着受灾请求减免赋税，暗地里依旧私自征收赋税。庚午日，匪寇攻陷天柱。癸酉日，大学士桂良去世，追赠太傅；颁发敕书奖赏廓尔喀国王。甲戌日，下诏凡是被贼军掳掠之后归来的难民，全部免罪；严格执行丢失城池的律法；订立比利时通商条约。常清等人上奏，俄国人声称哈萨克汗阿勒坦沙拉已经归附俄国。下谕核实情况酌情处理，命令各个哈萨克部落首领另外推举承袭汗位人选。乙亥日，严令文煜等人缉拿直隶马贼；命令谭廷襄赶赴兖州、沂州剿办各路匪寇以及流窜捻匪。丙子日，官军收复青田。丁丑日，批准僧格林沁请求，招抚苗沛霖。己卯日，石达开窜入綦江，官军大败石达开，贼军于是窜向珙县、高县。庚辰日，催促多隆阿救援西安剿灭回匪，不要被和谈迷惑，同时遣散被胁迫的普通回部百姓。这个月，免除直隶、河南拖欠赋税以及杂粮赋税。
秋季七月壬午，是七月初一。甲申日，安集延匪首倭里罕闯入喀什噶尔卡伦骚扰，官军击败这股匪寇；浩罕发生内乱，伯克迈里被杀。丁亥日，命令景纹调遣达木蒙古兵以及夥尔等番族士兵赶赴西藏。己丑日，因为陕西回匪大肆屠杀汉人，催促多隆阿等人进入潼关；不久下谕斥责多隆阿行动迟缓，命令胜保分兵支援陕西。袁甲三因病辞官，任命李续宜为钦差大臣，督办军务。庚寅日，李鸿章军队攻克金山卫。辛卯日，甘肃撒拉回匪投降；安集延匪寇逃出卡伦。俄国人宣称哈萨克、布鲁特属于该国辖地，朝廷命令常清核查核实，由总理各国事务衙门分辨审理，命明绪会同明谊勘察西部边界相关事务。壬辰日，任命倭仁协办大学士。甲午日，四川匪寇攻占洋县。戊戌日，四川官军收复长宁。朝廷命令爱仁、王茂荫秘密察访陕西官吏的治政情况。提拔知州秦聚奎担任大顺广道，会同遮克敦布办理直隶、山东防务。己亥日，因纵容士兵劫掠，将总兵田在田革除官职。庚子日，沈兆霖督师征剿撒回部，返回途中行至平番，突发山洪，沈兆霖遇难去世。太平军流窜到南阳，朝廷命胜保进入陕西督办军务，管辖调度各路军队。任命熙麟为陕甘总督。批准冯子材的奏请，裁剪淘汰镇江驻军。癸卯日，毛鸿宾进剿贵州匪寇接连取得胜利，下谕令韩超谋划收复被侵占的土地，命刘长佑遣散瑶人武装，毛鸿宾会同各路军队围剿贵州、广西各处匪寇。甲辰日，福建官军收复宣平、松阳、瑞安。任命庆端为福州将军，耆龄为闽浙总督。乙巳日，李续宜遭遇母亲丧事，皇上下诏强令他夺情留任，代理安徽巡抚。丙午日，西北天空出现彗星。中国、葡萄牙通商条约订立完成。命令僧格林沁统管河南、山东军务，总督管束总督、巡抚以下各级官员，和李续宜磋商办理安徽剿匪事务。总理各国事务衙门奏请设立同文馆，教习外国语言文字，朝廷予以批准。丁未日，鲍超的军队收复宁国。官军收复景宁、云和。湖北官军收复郧西。谕令刑部清理积压案件。当初，广东恩平、阳春、新兴等县土著、客籍民众互相争斗，历时九年未能平息。到这时，下谕令劳崇光劝导双方停止争斗，预先筹划善后举措。戊申日，因为出现星象异变，皇上下诏要求百官直言朝政得失。庚戌日，林福祥、米兴朝因城池失守、临阵逃避，被判处斩首。谕令都兴阿切实核查沿江厘金税收。云南回匪攻占永昌、龙陵、腾越。这个月，免除江西义宁等州县拖欠的赋税、芦课。
八月辛亥初一，因为台州民间团练收复府县，下诏免除同治元年、二年当地钱粮赋税。壬子日，李鸿章军队攻克青浦。反复告诫各地督抚彻底革除捐输、抽取厘金、强制勒索等各类弊政。癸丑日，准许京城官员按减成比例，发放部分现钱作为俸禄。甲寅日，回匪围困咸阳等城池，谕令胜保进入潼关督师进剿。乙卯日，剥夺哷徵呼图克图的封号以及黄缰赏赐。因为西藏局势平定，停止调遣番兵以及四川调拨的军饷。下诏令顺天府、直隶地区捕杀蝗虫。己未日，徐之铭奏请阻止张亮基率领军队进入云南。朝廷下谕斥责他被回人胁迫牵制，没有准许他的请求。辛酉日，下谕严防陕西匪寇勾结甘肃回匪。壬戌日，命令胜保分出部分军队赶赴山西，命英桂筹办山西省防务。癸亥日，令胜保剿办渭北回匪，多隆阿剿办渭南回匪，同时兼顾镇平防务。甲子日，资助遣散林自清所练部众返回云南。乙丑日，陕西回匪围困朝邑。特普钦等人上奏，呼兰开垦荒地的百姓日益增多，请求设置理事同知等官职，朝廷商议之后予以施行。命傅振邦协助谭廷襄办理军务。丙寅日，下谕各省清查官吏出身资历。丁卯日，李续宜获准假期办理丧事，由唐训方暂时代理他的职务。命福济会同景纹处理西藏事务。命僧格林沁管辖调度淮北各路军队，对苗沛霖、捻匪一面围剿一面招抚。辛未日，陕西回匪向西窜往同州，通往朝邑的道路得以打通。叛匪首领洪容海前往鲍超军营投降，率领自己的部众攻克广德。壬申日，北新泾的围困解除，上海防务全部肃清。癸酉日，甘肃回匪窜犯凤翔。太平军、捻军联合进犯淅川，攻占竹溪、竹山。甲戌日，批准王公大臣的奏请，停止护送文宗灵柩迁往山陵的相关事务，命令近支亲王恭敬代替举行典礼。镇江设立海关征收洋税。丙子日，谕令胜保传令马德昭的军队驻守长武一带，防备回匪窜入甘肃。提拔雷正绾担任陕西提督。丁丑日，台湾官军解除嘉义的围困。官军收复处州以及缙云。命令总兵黄开榜接管田在田原来统率的军队。戊寅日，准许直隶增募骑兵搜捕马贼。官军收复清溪。命耆龄专门办理援助浙江的军务。己卯日，山东军队围剿捻匪大获全胜。胜保上奏，在斜口击败回匪，西安解围，匪寇窜往渭北。朝廷下谕斥责他只顾保全自身。命雷正绾协助胜保办理军务。官军收复浙江余姚、广西阳朔。因为太平军窜入阌乡，催促郑元善率军赶赴河南、洛阳一带。
闰八月辛巳初一，庆端的军队收复缙云。甲申日，多隆阿军队攻克荆紫关。乙酉日，湖北官军收复竹山、竹溪。贵州官军收复天柱、邛水。太平军窜到老河口。回匪围困泾阳，传令雷正绾率军进剿，西安解除戒严。丁亥日，法库门回民发生械斗，玉明等人将双方劝解调散。催促文煜、谭廷襄捉拿直隶、山东交界的马贼。戊子日，回匪再度攻打西安。云南匪寇从四川窜到砖坪。太平军从阌乡窜入永宁。准许河南征收长芦盐厘补充军饷。己丑日，洪容海投降的部众再次叛乱，占据广德。辛卯日，多隆阿军队围剿捻匪大获全胜，解除商南围困。调遣驻守南苑的吉林、黑龙江骑兵赶赴山西。壬辰日，谕令韩超会同提督江忠义筹划贵州军务，堵截林自清率领部众进入贵州。任命李棠阶为军机大臣。命德勒克多尔济等人增派军队巡查黄河防务。甲午日，谕令各省裁撤州县的各类额外摊派耗费。规定百姓赴京城控诉的案件，专门交由按察使审讯查办。乙未日，下诏要求举荐人才。命薛焕、李鸿章处理普鲁士换约的相关事务。催促各省迅速解送京城粮饷。丙申日，任命倭仁为大学士。谕令多隆阿扼守武关。戊戌日，多隆阿围剿亳州、颍州向西流窜的捻匪大获全胜，赏赐黄马褂。太平军再次攻占慈溪，官军联合英、法军队收复慈溪，华尔战死沙场。庚子日，谕令劳崇光等人筹措供应京城粮仓的粮食，江苏等省新征收的漕粮，征收粮食实物运往京城。张亮基弹劾徐之铭、岑毓英专横跋扈。准许法国将领勒伯勒东留驻宁波防守。谕令潘铎安抚云南汉民、回民。辛丑日，准许袁甲三返回原籍，命唐训方赶赴临淮接管军务，马新贻暂时统领袁甲三的部队。曾国藩奏请选派大臣会同办理军务，皇上没有应允，依旧安抚勉励他，并且传旨慰问军中感染疫病的将士。谕令景纶等人严厉搜捕吉林的邪教匪众。壬寅日，命富明阿火速赶赴扬州协助都兴阿办理军务。癸卯日，胜保请求招抚三原等地回匪，朝廷没有批准。甲辰日，任命刘长佑为两广总督。准许田兴恕暂时留在贵州剿匪。乙巳日，石达开窜扰綦江一带，官军进剿将其击败。回匪窜入邠州、宝鸡等地。丙午日，河南捻匪李如英投降。戊申日，石达开窜往仁怀。己酉日，任命官文为文华殿大学士，倭仁为文渊阁大学士。
九月辛亥日，孝静成皇后牌位升祔太庙，颁布诏书，按等级施行恩典。河南捻匪窜入内乡、新野。壬子日，御史刘庆奏请，把招回流亡百姓、开垦田地，作为考核州县官吏政绩的标准，朝廷予以采纳。甲寅日，批准沈葆桢的奏请，挑选训练在编士兵，酌情筹措士兵津贴。乙卯日，因为文宗灵柩移送山陵，免除沿途经过州县的赋税。谕令文煜选拔贤能官吏筹办京畿地区水利工程。丙辰日，直隶妖人王守青等人编撰叛逆书籍，事情败露后被处死。丁巳日，谕令郑元善、毛昶熙夹击清剿西南两路捻匪。曾国藩上奏，对付苗沛霖，应当赦免他的罪过，但不能借助他的兵力，皇上认为这个意见正确。戊午日，广东土匪黄金笼、李植槐等人起兵作乱，官军讨伐平定叛乱。催促多隆阿率领本部军队进入陕西，对于窜到随州、枣阳的匪寇，命令穆图善率军征剿。己未日，胜保请求调苗沛霖进入陕西协助剿匪，朝廷不准许。四川匪寇窜入宁陕，官军在子午谷击败他们。庚申日，石达开窜往桐梓。癸亥日，因为福建、广东、山东各省对待军饷事务懈怠玩忽，对当地封疆大吏从严议定处分，并且严格制定拖欠解送京饷的惩处条例。甲子日，太平军首领李秀成率领大军救援金陵。陈得才攻占应城、孝感，官军很快收复两地。安徽官军攻克湖沟匪寇巢穴。丙寅日，僧格林沁军队攻破亳州捻匪老巢。陕西回匪围困凤翔。庚午日，冯子材攻克汤冈匪巢。灵州爆发回乱。催促李续宜赶赴军中。壬申日，回匪进攻同州、朝邑，谕令胜保亲自前往督战进剿，雷正绾进剿咸阳以北匪寇。癸酉日，浙江官军收复寿昌。甲戌日，因为勒索回族商人，将库伦大臣色克通额革职，流放新疆。废除库伦茶票的陋规。李鸿章军队联合英、法军队收复嘉定。准许荷兰订立通商条约。乙亥日，湖北官军收复京山。太平军窜扰黄陂、黄安。谕令曾国藩等人选拔武官前往上海、宁波学习外国作战技法，令福建、广东等省仿照推行。丙子日，河南官军攻克龙井匪巢。征召苏廷魁、曾望颜、刘熙载、黄彭年、朱琦来到京城，同时命令各省兴办团练武装。丁丑日，下诏京畿地区施行坚壁清野的战法。谕令曾国藩预先挑选将领学习外国火炮战船技艺。己卯日，举行太庙祭祀大典。
冬季十月庚辰初一，四川官军攻克龙场，匪首李永和等人被处死，赏赐提督胡中和黄马褂。辛巳日，太平军大股部队围困南翔等处上海驻军。胜保赶赴潼关剿匪。癸未日，湖南援军会同官军收复修仁。命劳崇光赶赴贵州查办田兴恕杀害教民的案件。任命张凯嵩接管广西军务。丙戌日，文宗显皇帝、孝德显皇后牌位升祔奉先殿，皇上亲自到场行礼。戊子日，任命瑞常协办大学士。己丑日，任命曹毓瑛为军机大臣。庚寅日，河南官军剿捻获胜，解除临颍围困。催促胜保赶赴同州、朝邑剿匪。胜保再次请求调苗沛霖前往陕西，朝廷下谕严厉斥责他。官军收复奉化。徐之铭上奏招抚兴义回匪。谕旨评价他被云南回匪所挟制。命令潘铎截回前去招抚的官员，不准徐之铭干预贵州事务。辛卯日，延安回匪作乱。英桂筹办河曲、保德团练防务。命李鸿章挑选将领统带常胜军，正式授予江苏巡抚职务。甘肃回匪逼近花马池。癸巳日，贵州官军击败石达开，遵义解围，石达开窜回仁怀。乙未日，谕令奉天严厉搜捕盗匪。裁撤原洋将华尔所统部众。允许俄国兵船在上海协助剿匪，但不准驶入长江。定下今后外国人统带军队，不得改换服饰的条例。德楞额的军队在山东溃败，下诏将他革职查办。丙申日，宁夏官军剿回作战失利。陕西回匪窜入清水。戊戌日，命僧格林沁征剿山东幅匪。己亥日，江南官军击退金柱关匪寇。庚子日，谭廷襄被罢免官职。命令正在守孝的按察使阎敬铭代理山东巡抚，办理军务。癸卯日，命穆腾阿协助胜保办理军务。乙巳日，谕令刑部：“按照惯例今年停止处决重犯，但何桂清领兵作战丧师失地，仅判斩监候，已经属于法外开恩。如今行刑期限已到，如果又借着停刑再次拖延，迟迟不执行死刑，拿什么告慰战死的将士与天下百姓，即刻处决何桂清。以后遇到停刑的年份，情节罪行极其重大的人犯，依旧要专门上奏请示旨意。”当初徐之铭委任回人马联升代理安义镇总兵，回匪借机占据普安城。到这时事情上报朝廷。谕令徐之铭撤回马联升，迅速查清酿成动乱的缘由上奏。
十一月己酉初一，发生日食。任命沈宏富代理贵州提督，接管田兴恕的军务。庚戌日，提拔长沙知府丁宝桢代理山东按察使。壬子日，郑元善因政务荒废懈怠，降职为道员。任命张之万代理河南巡抚。谕令毛昶熙裁剪自己麾下士兵。台湾会匪攻占斗六门。甲寅日，革除黄彬官职，撤销帮办职务，命吴全美接管水师，归曾国藩、都兴阿管辖调度。丙辰日，翁心存去世，追赠太保。曾国荃军队围剿金陵来援的太平军大获全胜，赏赐曾国荃、萧孚泗黄马褂。戊午日，官军联合英、法军队收复上虞、嵊县、新昌。己未日，彭蕴章去世。庚申日，金陵太平军窜扰高资，冯子材率军击退匪寇。壬戌日，胜保因骄横妄为、欺瞒朝廷，革除官职逮捕审问。谕令直隶推行保甲制度。谕令瑞麟严厉搜捕热河匪徒。癸亥日，秦聚奎在冠县剿匪时战死。九洑洲匪寇再度攻占和州、含山、巢县。乙丑日，公布胜保罪状，抄没他的家产，赏赐给他的部下士兵。授予多隆阿钦差大臣，接管胜保麾下各路军队。丙寅日，四川匪寇攻占佛坪，官军很快收复，随即川匪又攻陷略阳。己巳日，太平军攻占祁门。平罗爆发回乱。辛未日，阎敬铭请求回乡完成守孝，朝廷没有准许。乙亥日，山东投降的武装再度叛乱，攻占濮州。任命张亮基以总督官衔代理贵州巡抚，同时代理提督，免去代理巡抚韩超、代理提督田兴恕职务，等候查办。丙子日，石达开攻占筠连。四川匪寇攻占两当，不久官军收复。丁丑日，法国公使以教士被杀为由，要求拿田兴恕抵命，朝廷没有应允。
十二月戊寅初一，谕令江苏、浙江等地被匪寇胁迫随从的百姓，真心归降的，不论跟随匪寇时间长短，全部准许投诚。谕令曾国藩、唐训方分派军队驻守正阳关、寿州。庚辰日，白齐文犯下罪过，被剥夺官衔顶戴，逮捕治罪。辛巳日，多隆阿在同州大破回匪。壬午日，命荆州副都统萨萨布赶赴直隶、山东剿匪。癸未日，江南官军收复绩溪、祁门。鲍超遭遇母丧，下诏改为代理职务，仍旧留在军营。官军收复濮州。乙酉日，左宗棠军队收复严州。丙戌日，命雷正绾协助多隆阿办理军务，将军穆腾阿会同瑛棨负责西安城防守备。丁亥日，谕令左宗棠等人举荐湖南籍人才。广西匪寇攻占西宁。戊子日，回匪攻占泾阳。宋景诗在山西发动叛乱。调阿拉善、鄂尔多斯蒙古部落士兵协助围剿宁夏平罗回匪。下诏要求举荐孝廉方正人才。太平军窜入平利。河州回匪大肆劫掠，恩麟率军进剿。批准普鲁士换约。云南匪寇攻占景东。改令席宝田的军队援助江西。谕令江忠义管辖调度援助广西的各路军队。山东流窜匪寇侵扰冀州、枣强，谕令文煜等人联合围剿。甲午日，广东举人桂文灿进献经学丛书，下诏嘉奖勉励。丙申日，官军收复新宁、霍丘。石达开再次攻占高县，很快被官军收复。丁酉日，任命侍郎崇厚协助办理直隶剿匪防务。征召刘长佑入京，命晏端书、昆寿筹办广东军务。戊戌日，太平军从郧阳窜往兴安，谕令多隆阿等人会同围剿。庚子日，匪首骆国忠等人献出常熟、昭文投降。壬寅日，命穆腾阿、瑛棨负责西安防务剿匪，多隆阿兼顾省城防卫。甘肃匪寇攻占陇州，知州邵辅殉难。癸卯日，征召薛焕入京，由李鸿章暂时代理通商大臣。甲辰日，匪寇窜扰永年、邯郸一带，因办事拖延贻误战机，革除文煜、遮克敦布官职，流放戍边。任命刘长佑为直隶总督，晏端书代理两广总督。命提督宝山接管直隶、山东交界剿匪事务。乙巳日，举行祫祭太庙大典。丙午日，太平军再度窜入宁陕。丁未日，太平军围困兴安，分兵进犯汉中。这个月，免除四川荣昌等县、福建瓯宁等县遭受战乱地方的赋税，免除江南湖滩历年拖欠地租。
这一年，朝鲜、琉球前来朝贡。
同治二年癸亥，春季正月戊申初一，免去朝贺典礼。正式任命张之万为河南巡抚。辛亥日，给予在绍兴战死的洋将勒伯勒东优厚抚恤。甲寅日，下诏令曾国藩、都兴阿等人举荐能够胜任水师总兵的人才。匪寇攻占武邑，官军很快收复。广西官军收复莲塘。戊午日，太平军攻占兴安府城与兴安镇。陕西回匪窜入鄠县，听从瑛棨奏请，留下马德昭负责西安城防。丙寅日，鲍超等军队收复青阳。戊辰日，命李桓赶赴陕西，接管汉南军务。庚午日，瞻对酋长纠集德尔格忒土司侵扰巴塘、里塘。辛未日，京南流窜匪寇被平定。甲戌日，因为凤翔被围困长达半年，下诏斥责瑛棨处置失当，催促雷正绾火速前往解围。
二月丁丑初一，左宗棠军队收复金华、汤溪、龙游、兰溪。戊寅日，采纳李鸿章的建言，谕令湖南、湖北用漕折银两采购粮食运往京城，免征相关税赋。庚辰日，李秀成等人率军渡江北犯，官军将其击败。四川官军围剿石达开，大破敌军。贵州回匪攻占安南、兴义。辛巳日，吉林官军在兴凯湖击败朝阳流窜匪寇，下谕不许匪寇窜入俄国境内。多隆阿围剿回匪大获全胜，攻克羌白镇等匪巢。壬午日，陕西地方团练收复兴安。太平军窜扰汉阴、紫阳。李世忠请求革除自身官职，为胜保赎罪，朝廷没有准许。太平军攻占褒城，不久官军收复。癸未日，官军收复永康、武义。乙酉日，谭廷襄赶赴东昌剿匪。丁亥日，左宗棠把军队移驻兰溪。东阳、义乌、浦江盘踞的匪寇全部逃走。己丑日，僧格林沁军队攻破雉河集捻匪巢穴，捻首张洛行被处死。下谕予以嘉奖，僧格林沁亲王爵位准许世代承袭不降级。免除蒙城、亳州所属地区两年钱粮赋税。庚寅日，宁夏平罗回匪投降。辛卯日，任命庆昀为宁夏将军。癸巳日，京南匪首张锡珠窜往大名，因崇厚错失战机，对他严加斥责，催促刘长佑赶赴直隶。冯子材在镇江击败匪寇。乙未日，左宗棠军队收复绍兴、桐庐。丙申日，满庆等人进剿瞻对叛匪。黄国瑞军队攻克郯城县长城匪巢。因为追击匪寇行动迟缓，革除崇厚官职，仍旧留任办事。山东匪寇窜扰曲周、平乡。庚子日，告诫恩麟等人，对甘肃回匪不要轻易主张招抚。壬寅日，批准平瑞奏请，开垦乌鲁木齐等处闲置荒地、废弃马场，征收赋税补充军饷，把屯田分给驻防士兵。癸卯日，太平军攻占江浦。广东匪寇占据信宜，昆寿率军围剿。甲辰日，浙江东部战乱平定，免除新收复府县两年钱粮赋税。乙巳日，催促阎敬铭赶赴东昌办理军务。回匪马化龙纠集部众围困灵州，随即前往固原投降。石达开从云南窜入叙永。丙午日，下诏各地封疆大吏慎重选拔府县长官，减轻赋税徭役，删除繁杂苛政，和百姓一同除旧布新。这个月，免除青神遭受兵祸地区两年拖欠赋税。
三月戊申日，严令禁止河南预先征收钱粮。辛亥日，命崇厚回到三口通商大臣任上。壬子日，命刘长佑管辖调度直隶各路军队。谕令沈葆桢办理对外交涉应当秉持公平，不要挑起士绅与外国人的矛盾冲突。癸丑日，命曾国藩统筹江北全部军务。乙卯日，陕南太平军攻占紫阳，很快官军收复。云南西部叛匪进犯昆明，潘铎殉难。任命贾洪诏为云南巡抚。丙辰日，李鸿章军队攻克福山口。命令英国将领戈登管束常胜军。丁巳日，捻匪攻占麻城。戊午日，捻匪逼近武昌府城，传令湖北、河南军队联合攻剿。己未日，免除浙江西安两年钱粮赋税。庚申日，丹麦使臣拉斯那弗前来商议订立通商条约。洋将达耳第福战死，朝廷予以优厚抚恤。回匪围困平凉。因为甘肃剿匪拖延日久，革除代理提督定安官职，逮捕审问。甲子日，耆龄升任福州将军。任命左宗棠为闽浙总督，统辖福建、浙江两省军务。任命曾国荃为浙江巡抚，依旧领兵谋划攻取金陵，由左宗棠暂时代理巡抚事务。停止福建本年例行进贡。乙丑日，命王公大臣复核胜保的案情罪责。宁国太平军窜往东流、建德。把陕西儒士毛亨、明代儒士吕枬牌位送入文庙从祀。丙寅日，蒙城捻匪首领贾文彬被处死。陕南太平军攻占沔县。贵州总兵罗孝连军队收复定番、长寨、独山、荔波。丁卯日，曾国藩因为江浦等地失守，被降级；撤销李世忠帮办军务职务。正式授予吴棠漕运总督，仍旧管辖江北军务。谕令安抚江北逃难百姓。己巳日，万寿节，停止接受朝贺。庚午日，苗沛霖再度叛乱。官文等人截击围剿窜入蕲州的匪寇。癸酉日，革除徐之铭官职，逮捕审问。赐予潘铎子孙世袭官职。因为久不下雨，下诏清理积压案件。甲戌日，命福济、景纹查办西藏挑起事端的事件。乙亥日，李鸿章军队收复太仓。隆德爆发回乱。黄国瑞军队平定沂州棍匪。丙子日，下诏察访抚恤陕西、甘肃遇难的善良回族百姓，不久又下诏云南照此办理。这个月，皇上接连到大高殿祈求降雨。
夏季四月戊寅日，御史吴台寿上奏为胜保开脱罪责，被革除官职。苗沛霖攻占怀远。山东匪寇刘得培占据淄川。己卯日，官军围剿京南匪寇，张锡珠等人窜往高唐，不久被诛杀。庚辰日，太平军、捻匪分头窜扰庐江、桐城、舒城以及黄州。谕令曾国藩驻守安庆，不要撤除对金陵的包围。壬午日，多隆阿军队攻克孝义匪巢。调派刘蓉率领军队援助陕西。免除浙江被匪寇攻陷地区赋税。甲申日，苗沛霖围困寿州、六安，催促僧格林沁出兵讨伐。太平军占据太平、石埭，左宗棠、沈葆桢协同布防。多隆阿军队攻克仓头匪巢，陕西东部战乱平定。苗沛霖攻占颍上，进犯蒙城。命刘长佑总管直隶、山东、河南交界剿匪事务。乙酉日，刘典军队收复黟县。命侍郎薛焕到总理各国事务衙门任职。戊子日，准许英桂回驻太原。庚寅日，刘长佑上奏匪首杨明岭等人前来投降。甘肃回匪攻占盐茶，进犯静宁，马德昭赶赴庆阳进剿。壬辰日，江西官军在祁门击败匪寇，叛匪首领胡鼎文被杀。癸巳日，李续宜请求解除代理职务，朝廷予以准许。任命唐训方为安徽巡抚。李鸿章派遣程学启等军队进逼昆山。泾州军队出击回匪，取得胜利。甲午日，礼部议定先贤、先儒文庙祭祀位次，颁布到各省。乙未日，开垦直隶新城一带水稻田。阎敬铭赶赴淄川督战剿匪。捻匪回窜河南，总兵余际昌等人战死，命张曜接管他的部队。丁酉日，因为安徽匪寇纷纷窜入江西、湖北，安庆形势危急，下诏令曾国藩支撑危局，加倍谨慎。左宗棠军队收复黟县。任命劳崇光为云贵总督。逮捕治罪田兴恕，以此答复法国方面的诉求。庚子日，太平军、捻匪进犯凤台、定远，官军将其击退。辛丑日，赐予翁曾源等二百人进士及第、进士出身不等。停止四川按田亩征收捐税。癸卯日，程学启等人军队收复昆山、新阳。官军在石涧埠大败匪首李秀成。乙巳日，回匪再度进犯西安，被官军击退。这个月，朝廷接连祈雨。免除太仓等州县赋税。
五月戊申日，苗沛霖围困蒙城。己酉日，鲍超军队收复巢县。庚戌日，提拔郎中李云麟为京卿，管辖调度汉南防守部队以及四川援军。壬子日，太平军、捻匪联合进犯天长，官军击败敌军。甲寅日，命江忠义率领军队援助江西。丁巳日，邹县教匪叛乱被平定，擒获匪首刘双印。太平军攻占古州。戊午日，俄国军队闯入科布多境内，扣押当地台吉。壬戌日，天降大雨。癸亥日，太平军进犯富阳，官军击退匪寇，总兵熊建益等人阵亡。官军支援平凉作战失利，催促多隆阿分兵火速增援。乙丑日，宁夏已经招降的回众再度反叛。鲍超接连收复巢县、和州、含山。征召晏端书回京，任命毛鸿宾为两广总督，恽世临为湖南巡抚。将明代大臣方孝孺牌位入文庙从祀。戊辰日，谕令购置轮船，归曾国藩、李鸿章节制调遣。己巳日，曾国藩替弟弟曾国荃推辞浙江巡抚的任命，皇上褒奖勉励，没有准许辞呈。西宁回匪勾结撒拉匪寇攻打丹噶尔厅。惠远爆发回乱，官军捕杀叛乱者。和丹麦订立通商条约。壬申日，彭玉麟等军队收复江浦、浦口以及九洑洲。乙亥日，广西官军收复浔州。
六月丙子初一，贵州官军收复普安、安南。丁丑日，命明谊赶赴塔城会同明绪等人办理边界划分事务。戊寅日，下诏令曾国藩、左宗棠等人商议减免江苏常州、镇江，浙江杭州、嘉兴、湖州所属州县漕粮。庚辰日，凭借收复城池的功劳，赏赐李朝斌、宋国永等人黄马褂。停止陕西每年例行进贡。丁亥日，四川官军在大渡河围剿匪寇，擒获石达开，将其处死。晋封骆秉章太子太保，提拔总兵唐友耕为提督。辛卯日，平罗回众再度叛乱。瓦亭回匪围困隆德，被官军击退。黄河在开州、考城、菏泽决口。甲午日，苗沛霖攻占寿州，知州毛维翼殉难。乙未日，陕西官军收复宁羌。己亥日，因为俄国人强行占据游牧草场，催促常清等人划定边界，劝导俄国军队撤回，安抚收纳前来归附的哈萨克、布鲁特部众。壬寅日，官军收复淄川，擒获刘得培等人处死。甲辰日，宝庆土匪叛乱平定。任命四川布政使刘蓉总管汉南军务。这个月，免除福建顺昌等县遭受战乱拖欠赋税，免除江西义宁等州县拖欠赋税与各类杂税。
秋季七月乙巳日，苗沛霖进逼临淮，唐训方率军出击。丙午日，李鸿章军队收复吴江、震泽。河南官军攻克张冈匪巢。瑛棨犯下罪过，被革除官职。任命刘蓉为陕西巡抚，张集馨代理巡抚。甲寅日，命李鸿章暂时兼任南洋通商大臣。戊午日，贵州官军收复古州。辛酉日，袁甲三在军中去世。壬戌日，赐令胜保自尽。甲子日，官军攻克沙窝等处匪巢。准许江北漕米依旧征收折色银两。乙丑日，命刘蓉同时管辖湖北援军。丁卯日，官军击退狼山苗沛霖部众，通往蒙城道路打通。任命崇厚为全权大臣，办理荷兰通商条约。云南回匪攻占平彝，岑毓英军队收复此地。癸酉日，命明谊等人会同俄国使臣办理边界划分各项事务。山东白莲池教匪叛乱平定。文煜得到释放。捻匪逼近开封。这个月，免除都匀等府厅州县战乱之后新旧赋税，免除凤凰等厅县滩地历年拖欠租银。
八月丙子日，程学启等军队在太湖、枫泾等地大破匪寇，进逼苏州。丁丑日，陕西曹克忠军队攻克省城周边匪巢。戊寅日，西宁、狄道、河州汉民、回民互相争斗。哈萨克勾结俄国军队侵扰伊犁。催促四川何胜必军队援助甘肃。庚辰日，安徽官军攻克长淮卫。辛巳日，因畏敌避战，革除马德昭官职。多隆阿军队抵达西安，渭南匪患肃清。命陈国瑞协助吴棠办理军务。丙戌日，江苏官军攻克江阴。丁亥日，将瑛棨流放新疆。都兴阿派遣军队支援临淮。己丑日，因为征剿台湾匪寇调度失当，革除吴鸿源官职，逮捕审问。辛卯日，李鸿章赶赴江阴督战剿匪。命令陈国瑞支援蒙城。调善庆所部骑兵支援临淮。熙麟派遣军队支援平凉。乙未日，批准多隆阿奏请，任命曹克忠补授河州总兵，同时规定今后总兵、提督职位空缺，不得擅自奏请人选。宋景诗窜入开州。命张集馨会同穆腾阿筹办西安防务。丁酉日，贵州官军攻克桐梓匪巢。普安被匪寇攻占，很快收复。命刘蓉管辖毛震寿、李云麟各路军队。调乌鲁木齐、阿克苏军队支援伊犁抵御俄国。准许哈萨克绰坦承袭汗王爵位。己亥日，催促林文察渡海赴台剿匪。庚子日，回匪攻占平凉。辛丑日，阎敬铭把军队移驻东昌。完成荷兰换约。刘长佑赶赴景州督战。这个月，免除沁州等厅州拖欠赋税。
九月乙巳初一，命马德昭前往庆阳军营。沈葆桢请求养病，朝廷安抚，准许休假。戊申日，准许李鸿章调知县丁日昌到上海督造火器。石泉知县陆堃联络团练剿匪，下诏嘉奖。庚戌日，浙江官军攻克富阳。辛亥日，广东官军攻克广海寨城。癸丑日，谕令僧格林沁调炮队赶赴蒙城助战。甲寅日，太平军攻占城固。捻首张总愚等人从汝州向南流窜。乙卯日，多隆阿军队收复高陵。丙辰日，穆隆阿因为回奏实情失真被革职。调任多隆阿为西安将军。任命富明阿为荆州将军。辛酉日，多隆阿军队攻克苏家沟、渭城匪巢。甲子日，太平军攻占会同、绥宁，很快官军收复。陕西地方团练收复沔县。乙丑日，李秀成救援无锡，被程学启等人击退。己巳日，僧格林沁围剿宋景诗全部匪众，叛乱平定，宋景诗逃走。因为援助陕西的四川军队战败，革除提督萧庆高职衔，依旧留在军营。因为汉中失守，革除布政使毛震寿官职。谕令刘长佑、阎敬铭办理直隶、山东战后善后。庚午日，御史马元瑞上疏提出减轻赋税、审慎断案、妥善安抚百姓、勤于宣导教化四条建议，全部予以采纳施行。这个月，免除直隶沧州等州县、山东海丰等盐场未缴完的灶课盐税。
冬季十月乙亥日，阎敬铭请求回乡守孝，朝廷不准许。官军擒获直隶、山东匪寇朱登峰等人，全部处死。丙子日，捻首张总愚从鲁山、南召向南逃窜。己卯日，陶茂林军队解除凤翔围困，正式授予陶茂林甘肃提督。命令正在守孝的总兵成禄留在军营。辞退李泰国，由赫德担任总税务司。辛巳日，太平军窜扰龙胜，总兵胡元昌战死。甲申日，谕令骆秉章分兵征讨瞻对，打通进入西藏的道路。下谕阻止法国传教士进入西藏传教。丁亥日，朝阳残余匪寇窜扰昌图。下诏要求朝中大臣厉行节俭。催促贾洪诏赶赴昭通。因为捐献马匹，赏赐扎萨克台吉明珠尔多尔济贝子头衔。戊子日，李云麟军队作战失利，太平军攻占陕西山阳。张总愚窜入邓州。赖文光、曹耀才等匪首窜往凤县、两当。庚寅日，左宗棠军队击败盘踞杭州、余杭的匪寇。壬辰日，蓝大顺匪部攻占盩厔。癸巳日，皇上脱去丧服已经超期，祁俊藻、倭仁、李鸿藻上书，请求摒弃奢靡浮华，巩固帝王德行。两宫太后下达懿旨：“摒弃玩赏器物、游猎、大兴土木诸事；祁俊藻等人要时时进言规劝，培养皇上优良德行，稳固治国根本，努力躬身践行。”匪首古隆贤前来归降，官军收复石埭、太平、旌德。曾国荃等军队收复秣陵关。丙申日，广西官军收复容县。丁酉日，程学启等军队攻克浒墅关。己亥日，官军围剿昌图匪寇作战失利，下谕斥责玉明隐瞒实情。辛丑日，英桂升任福州将军，任命沈桂芬代理山西巡抚。癸卯日，李秀成救援苏州，被李鹤章等人击败。命富明阿协助僧格林沁办理军务。这个月，免除广西永安等厅州县遭受战乱新旧赋税。
十一月丙午日，奉天匪寇窜入吉林，玉明等人联合围剿。安徽官军收复怀远以及蚌埠。丁未日，僧格林沁督率各路军队攻打苗沛霖，将其诛杀。李鸿章率军收复苏州，太平军首领郜云官等人投降。晋升李鸿章太子少保，授予程学启世袭官职，赏赐黄马褂。戊申日，匪首杨友清等人献出高淳、宁国、建平、溧水投降。李云麟等人收复山阳。广东官军收复信宜。己酉日，刘典等军队收复昌化。庚戌日，蓝大顺匪部窜往商南。癸丑日，张总愚窜入淅川。甲寅日，僧格林沁军队收复下蔡、寿州。丙辰日，李鸿章诛杀郜云官等人，遣散投降部众。丁巳日，李鹤章军队攻克无锡、金匮。庚申日，李续宜去世。丘县匪首张本功纠集百姓抗拒缴纳粮税，被抓捕处死。正式任命阎敬铭为山东巡抚。汧阳回匪投降。壬戌日，官军收复颍上、正阳。癸亥日，马化龙攻占宁夏、灵州。评定平定苗沛霖叛乱功劳，恢复李世忠官职。曾国荃军队攻克淳化各处隘口，进驻孝陵。丙寅日，官军攻克嘉善张泾汇。丁卯日，回匪围困宁夏满城。庚午日，江苏官军收复平湖。匪头目献出乍浦、嘉善投降。这个月，免除山东泗水等州县受灾战乱钱粮，免除直隶武清等州县受灾赋税。赈济吉林打牲乌拉灾荒。
十二月丁丑日，提督江忠义在江西军营去世。庚辰日，江苏官军攻克平望。辛巳日，唐训方被罢免，任命乔松年为安徽巡抚。戊子日，任命唐友耕为云南提督，命他赶赴昭通。辛卯日，谭廷襄上奏统筹黄河下游地势，请求疏浚支流减轻洪水，加高堤坝保护农田。谕令刘长佑、阎敬铭会同筹办。癸巳日，陕西回匪、太平军纷纷窜入甘肃境内。甲午日，准许苏州、松江、太仓漕粮减价折银征收。乙未日，皇上驾临抚辰殿大帐篷，设宴款待蒙古王公，按等级赏赐，每年都照此例举行。官军收复彰化，台湾两路匪乱全部平定。丙申日，翁同书蒙受恩典流放戍边。命左宗棠革除浙江东部地丁税积年弊政。传令陕西、湖北、四川联合围剿汉南叛匪。这个月，免除山东、陕西遭受战乱州县新旧赋税，免除孝义等厅县仓粮。
这一年，朝鲜前来朝贡。
同治三年甲子，春季正月癸卯初一，皇上率领王公大臣向两宫皇太后庆贺，典礼结束后，驾临太和殿接受百官朝贺，从此以后每年都按此礼制举行。甲辰日，李鸿章军队在奔牛镇阻击常州来援太平军，大获全胜。丙午日，凤翔回民请求招抚，朝廷准许。商南匪寇窜往郧西。调湖北石清吉军队赶赴陕西。援助陕西的四川军队在青石关战败。庚戌日，河南捻匪窜入随州。癸丑日，河南官军在赵庄山口攻打张总愚，作战失利。己未日，官军收复修文以及册亨。庚申日，调直隶、山西军队支援宁夏。谕令阿拉善旗禁止蒙古百姓勾结回匪。甲子日，李世贤窜入绩溪。丙寅日，命都兴阿赶赴绥远会同办理防务。富明阿赶赴扬州接管军务。己巳日，浙江官军收复海宁。彰化匪首戴万生被处死。太平军窜扰石泉、汉阴、宁陕。这个月，免除安州等地歉收拖欠赋税。
二月壬申初一，官军收复汉中留坝。贵州官军收复龙里。乙亥日，太平军窜入广信、建昌。庚辰日，宁夏回匪进犯中卫等地，熙麟分兵救援。壬午日，广东三山土匪叛乱平定。癸未日，太平军攻占镇安，很快官军收复。丁亥日，多隆阿围攻盩厔许久不能攻克，朝廷严加斥责。采纳阎敬铭奏请，停止山东按亩摊捐。戊子日，广西官军攻克苍梧等县。庚寅日，曾国荃等军队攻克钟山各处堡垒，合围金陵。蒋益澧军队收复桐乡。太平军逼近福建边境，张运兰率军前去支援。壬辰日，河南官军攻克息县、光州匪寨。甲午日，太平军窜扰广丰、弋阳。庚子日，陕南匪寇窜入内乡。
三月壬寅日，程学启等军队攻克嘉兴。江西官军收复金溪。江南官军收复溧阳。陕西官军攻克盩厔；多隆阿受伤，准予休养，穆图善暂时统管军务。雷正绾等人军队进剿回匪。四川匪寇蓝二顺窜入洵阳。丙午日，僧格林沁统领全军奔赴河南，进驻许州。江南官军收复广德。嘉义匪首林赣晟被处死。己酉日，戈登攻打金坛负伤，下诏慰问。岑毓英等军队攻克他郎、镇沅。庚戌日，任命多隆阿督办陕西、甘肃军务。壬子日，蒋益澧各军收复杭州以及余杭。晋升左宗棠太子少保，赏赐蒋益澧黄马褂，不久赐予世袭官职。甲寅日，免除杭州、嘉兴新收复地区两年钱粮赋税。命穆图善协助多隆阿办理军务，暂时代理钦差大臣。四川官军攻打松潘匪寇，收复叠溪营城。丁巳日，云南官军收复景东、元谋以及楚雄。癸亥日，江西匪寇窜入福建。乙丑日，匪首蓝大顺被诛杀。丙寅日，浙江官军收复武康、德清、石门。谕令左宗棠安置杭州逃难百姓。己巳日，提督程学启在军中去世。庚午日，张总愚窜入镇平。甘肃回匪马三娃攻占赤金堡，官军剿灭平定。这个月，免除贵州各府厅州县战乱拖欠赋税。
夏季四月辛未初一，发生日食。壬申日，鲍超军队收复句容。丙子日，命都兴阿赶赴定边接管讷钦麾下各路军队，进剿宁灵盘踞匪寇。丁丑日，李世贤等人窜入江西。鲍超军队收复金坛。捻军、太平军联合窜往枣阳。陕南匪寇窜入河南，攻占荆子关。戊寅日，湘军会同官军收复古州。辛巳日，核减绍兴超额征收钱粮，定为永久制度。甲申日，李鸿章督军攻克常州。冯子材等军队收复丹阳。已故朝鲜国王李昇的世子李熙承袭王位，派遣侍郎皁保、副都统文谦前往册封。丙戌日，侍郎薛焕、通政使王拯互相攻讦，二人都降级调任，同时告诫朝中百官。官文赶赴安陆督师，严树森负责武昌城防守备。庚寅日，多隆阿在军中去世。命都兴阿督办甘肃军务，雷正绾协助办理。辛卯日，江西官军解除玉山围困。癸巳日，严树森遭到官文弹劾降职，任命吴昌寿为湖北巡抚，唐训方代理巡抚。命杨岳斌督办江西、皖南军务。僧格林沁会同楚军在随州大败太平军、捻匪。丁酉日，因为长江下游江防已经平定，裁剪淘汰战船，解除封江禁令。戊戌日，太平军攻占弋阳。陕南太平军窜犯德安府，僧格林沁率军追击。己亥日，告诫领兵大臣，上奏军情不得粉饰虚报。这个月，免除武进、阳湖本年赋税。
五月庚子初一，贵州匪寇攻占长寨、定番、广顺，很快官军收复。甲辰日，太平军窜扰天门、应城、德安、随州。乙巳日，太平军攻占宁化，随即收复。熙麟因病免职，任命杨岳斌为陕甘总督，都兴阿代理总督。丁未日，准许西班牙订立通商条约，命薛焕、崇厚担任全权大臣妥善办理。谕令李鸿章调拨精锐部队协助攻打金陵。己酉日，李世贤进犯抚州，官军将其击退，收复弋阳。赏赐戈登黄马褂、花翎以及提督官服；裁剪留用常胜军，遣散外国军官。辛亥日，官军收复都江、上江等城池。太平军逼近西安。癸丑日，革除刘蓉、李云麟官职，依旧留任办事。命穆图善留在西安协同筹划防务剿匪。贵州匪寇窜入秀山。戊午日，鲍超请求请假安葬亲人，下诏安抚挽留。李世贤攻占宜黄、崇仁，南昌戒严。庚申日，回匪攻占狄道，很快官军收复。壬戌日，太平军窜入黄陂，官文把军营移到孝感。癸亥日，两宫太后下懿旨，命瑞常、宝鋆、载龄、单懋谦、徐桐轮流入宫进讲《治平宝鉴》。太平军再次攻占建宁、宁化，不久收复。丁卯日，雷正绾军队收复平凉。戊辰日，谕令各地封疆官吏破除地域界限，联合搜捕边境匪寇。命李恒嵩、刘郇膏和丹麦使臣璧勒在上海完成换约。己巳日，广西官军攻克贵县匪巢，浔州匪乱平定。
六月壬申日，告诫各部院大臣，不要再办事拖沓懈怠。癸酉日，太平军窜扰麻城、黄冈。丁丑日，天降大雨。江苏官军收复长兴。贵州官军收复普安。马如龙、岑毓英各军进剿云南西部回匪，收复中甸、维西、思茅、威远以及石膏井匪巢。戊寅日，库车爆发汉回动乱，办事大臣文艺、回子郡王爱默特遇害身亡。把哈萨克部众安置到斋桑淖尔东南。戊子日，江西官军攻克贵溪匪营。曾国荃军队攻破金陵外城。辛卯日，降雨。回匪攻占布古尔、库尔勒。传令裁撤讷钦等人部队。癸巳日，浙江官军收复孝丰。戊戌日，官军收复江宁。洪秀全先前已经自尽，他的儿子洪福瑱出逃；擒获匪首洪仁达、李秀成，江南战乱平定。派遣醇郡王到文宗神位前代为祭告。皇上到两宫皇太后处报捷庆贺。评定功绩，晋封曾国藩一等侯；曾国荃一等伯，加封太子少保；提督李臣典一等子，赏赐黄马褂；萧孚泗一等男；全部赏赐双眼花翎。按察使刘连捷等人赏赐世袭官职，提拔任用各有等差。下令戮碎洪秀全的尸体，首级传送各省示众。评定各路剿匪功劳，封僧格林沁之子伯彦讷谟祜为贝勒；官文一等伯；李鸿章一等伯；骆秉章一等轻车都尉；全都赏赐双眼花翎。加封杨岳斌、彭玉麟太子少保，鲍超也授予一等轻车都尉；都兴阿、富明阿、冯子材授予骑都尉；魁玉授予云骑尉。回匪攻占喀喇沙尔，办事大臣依奇哩等人全部殉难。这个月，免除福建建宁等县战乱拖欠赋税。
秋季七月庚子日，评定平定江南功劳，晋封议政王恭亲王的儿子载澂贝勒，载濬不入八分辅国公，载滢不入八分镇国公；加封军机大臣文祥太子太保，宝鋆、李棠阶太子少保；对宗室亲王、御前大臣、内务府大臣施加恩典，其余封赏记录各有不同。辛丑日，适逢甲子年，下诏停止处决死刑重犯。谕旨说：“江南刚刚收复，百姓生活凋敝，地方官吏要招集流民安抚抚恤。那些战乱尚未平息的省份，领兵大臣、总督巡抚必须激励将士奋勇建功。”俄国军队闯入科布多关卡，扣押朝廷委员与扎萨克王公。壬寅日，禁止宗室、觉罗偷偷居住外城。甲辰日，追究依附苗沛霖的罪责，总兵博崇武等人流放新疆，按察使张学醇流放军台。太平军占据罗田。广西匪寇攻占归顺。己酉日，下诏修缮明太祖陵。裁撤江北厘金税，恢复两淮盐务。庚戌日，正式任命沈桂芬山西巡抚。任命郑敦谨河东河道总督。辛亥日，丹麦换约完成。壬子日，洪仁达、李秀成被处死。汪海洋占据许湾。癸丑日，洪福瑱逃入湖州。盐茶、固原回匪再度叛乱，向北窜往宁灵，侵扰中卫、靖远；撒拉回匪勾结攻占循化厅，吐鲁番所属托克逊也爆发汉回动乱。甲寅日，户部侍郎吴廷栋上奏金陵大捷之后，请求朝廷更加恭敬戒惧，皇上赞许采纳。丁巳日，因为广西道路阻隔，停止越南朝贡。奇台发生汉回动乱，古城、乌鲁木齐同时动荡不安。文光等军队支援库车，在乌沙塔克拉全军覆没，文光战死。庚申日，狄道、河州回匪勾结撒拉匪寇侵扰河州。江西官军收复崇仁、东乡。辛酉日，收复金溪。壬戌日，祁俊藻因病请求退休，命他依旧以大学士身份在弘德殿值班。官军擒获昌图盗匪刘发好等人，处死。癸亥日，恢复郑亲王、怡亲王世袭爵位。记录已故大臣功绩：授予胡林翼一等轻车都尉；李续宾二等轻车都尉；塔齐布、张国梁、江忠源、程学启三等轻车都尉；追加赏赐江忠济、罗泽南、多隆阿、曾国华云骑尉。江西官军收复宜黄，甲子日，攻克许湾。乙丑日，僧格林沁在麻城击败匪寇。曾国荃请求养病，下达温和谕旨挽留。李臣典因战伤在军中去世。这个月，免除江苏、安徽所属州县战乱拖欠赋税。
八月己巳初一，确定王公排位次序，定为法令。江西官军收复南丰。庚午日，乌鲁木齐参将叛乱，提督业普冲额战死。伊犁局势危急，调塔尔巴哈台喀尔喀蒙古军队支援。谕令刘蓉专门办理陕西军务，穆图善率领本部军队赶赴甘肃，会同雷正绾办理军务。催促杨岳斌立刻赶赴陕甘总督任上。辛未日，命张集馨赶赴固原、盐茶办理招抚回民事宜。癸酉日，江苏、浙江官军联合攻克湖州以及安吉。乙亥日，江西官军收复新城，陈炳文投降。辛巳日，官军收复广德。赏赐郭松林世袭官职，杨鼎勋、周盛波黄马褂。贵县匪乱平定。提拔刘铭传担任直隶提督。壬午日，回匪攻占古城汉城。癸未日，雷正绾军队攻克张家川匪巢。甲申日，僧格林沁围剿罗山流窜匪寇作战失利，都统舒通额等人战死。丁亥日，云南巡抚贾洪诏借病逃避赴任，革除官职。己丑日，调土谢图汗、车臣汗蒙古兵赶赴乌鲁木齐等地协助剿匪。壬辰日，浙江官军在昌化、淳安追击匪寇，擒获匪首黄文金诛杀。任命林鸿年为云南巡抚。癸巳日，下诏新疆各路大臣分别实施围剿与招抚。回郡王伯锡尔联络各城杀贼，予以嘉奖。库尔喀喇乌苏等地回匪作乱，官军作战失利。甲午日，命麟兴办理乌里雅苏台划定边界事务。乙未日，僧格林沁剿匪再度失利，总兵巴扬阿等人战死。丙申日，雷正绾攻打莲花城失利，回匪再度攻占固原。丁酉日，河州、狄道回匪进犯兰州以及金县。
九月己亥初一，刘铭传各军击败宁国等地流窜匪寇。庚子日，江西官军收复雩都。李云麟借病逃避履职，革除官职，遣散他统辖的甘肃军队。壬寅日，曾国荃因病请求免职，朝廷准许。任命马新贻为浙江巡抚，留在安庆办理城防守备。癸卯日，命穆图善协助都兴阿办理军务。甲辰日，杨岳斌请求养病，温言下谕挽留。李世贤进犯南安，官军将其击退。乙巳日，回匪攻占叶尔羌，代理参赞奎栋殉难，喀什噶尔、英吉沙尔武官一同叛乱。己酉日，西宁回众投降。庚戌日，张家川回匪进犯庆阳。辛亥日，江西匪寇窜入南雄。壬子日，太平军攻占开化，窜往江西。黄安、麻城匪寇窜入商城。乙卯日，西班牙换约完成。丙辰日，谕令内务府厉行节俭。任命札克通阿代理哈密大臣。丁巳日，西宁回匪再度反叛。戊午日，太平军蔡得荣等部攻占阶州。庚申日，下诏修缮曲阜孔庙以及各省学宫。辛酉日，修筑浙江海塘。甲子日，捻匪窜入蕲水，湖北官军战败，总兵石清吉战死。乙丑日，俄国军队擅自闯入阿尔泰淖尔。丁卯日，沈桂芬上奏请求筹措经费移民屯田，体恤旗人百姓。
冬季十月戊辰初一，准许杨岳斌回原籍探望亲人，同时招募士兵赶赴甘肃。命刑部尚书绵森、户部侍郎吴廷栋前往查办察哈尔案件。己巳日，乌鲁木齐提督文祥改名为文祺。辛未日，革除将军常清官职，命明绪接替他，任命联捷为参赞大臣。命武隆阿统带救援乌鲁木齐各路军队，管辖调度领队大臣以下官员。壬申日，鲍超军队剿匪大获全胜，赏赐双眼花翎。席宝田军队擒获匪首洪仁玕等人。安徽南北匪乱全部平定。乙亥日，回匪攻占乌鲁木齐满城以及绥来，都统平瑞等人殉难。哈密爆发汉回动乱。命保恒代理乌鲁木齐都统；李鸿章代理两江总督，吴棠代理江苏巡抚，富明阿代理漕运总督。戊寅日，在石城擒获洪福瑱，将其处死。赏赐沈葆桢一等轻车都尉。封鲍超一等子。评定收复浙江全部功劳，封左宗棠一等伯，赏赐蒋益澧骑都尉。太平军攻占瑞金，很快官军收复。庚辰日，太平军攻占漳州、龙岩、南靖、武平，按察使张运兰等人战死。刘蓉分兵驻守邠州等地。乙酉日，明谊和俄国使臣签订分界条约，科布多城外蒙古牧地、阿尔泰淖尔乌梁海全部划归俄国。给鲍超假期，他的部下宋国永等军队援助福建，归左宗棠管辖。丁亥日，雷正绾军队攻克莲花城，赏赐曹克忠黄马褂。僧格林沁剿匪大捷，赏赐郭宝昌等人黄马褂；匪首马融和率领部众投降。己丑日，四川援军收复仁怀。庚寅日，太平军攻占平和。辛卯日，攻占嘉应、大埔。谕令曾国藩依旧驻守金陵，李鸿章等人回到原任。这个月，免除河南信阳等地战乱赋税，免除浙江西安等县拖欠赋税。
十一月己亥日，免除江宁所属地区三年钱粮赋税。壬寅日，回匪攻占河州。癸卯日，修筑濮州堤坝。乙巳日，文祺、伯锡尔剿平哈密回匪。己酉日，免除江苏历年州县摊派赔补银两，永久禁止各类摊派名目。壬子日，沈葆桢上奏请求朝廷下令出兵援助福建，同时防备匪寇向北流窜。甲寅日，广东官军收复武平；命令福建、浙江、江西军队联合围剿，不许匪寇逃往海上。回匪攻占阿克苏、乌什，办事大臣富珠哩、文兴等人殉难。癸亥日，僧格林沁攻打窜往襄阳、枣阳匪寇失利，太平军、捻匪于是窜入邓州。甲子日，传令刘连捷、刘铭传各军向前开进，归僧格林沁调遣。乙丑日，雷正绾等人军队击败固原回匪。丙寅日，文祺等人剿平巴里坤回匪。回匪攻占库尔喀喇乌苏，伊犁戒严。丁卯日，满庆上奏汪曲结布去世，请求授予青饶汪曲诺们罕名号，协助管理西藏商上事务，朝廷予以批准。这个月，免除江苏上元等县战乱拖欠赋税。
十二月戊辰初一，福建官军围剿漳州匪寇失利，林文察等人战死。己巳日，命吴棠依旧兼管江北各项事务。庚午日，肇庆土客匪乱平定。都兴阿等军队攻克清水堡。甲戌日，停止河南每年进贡红枣。修筑浙江海塘。乙亥日，回匪攻占金县。曹克忠军队攻克盐关。戊寅日，伊犁官军战败，领队大臣托克托奈等人殉难。批准明绪请求，借用俄国军队协助剿匪。己卯日，济木萨官军作战失利。庚辰日，给予诸暨义民包立身等人优厚抚恤。批准吴棠奏请，试行河运漕粮。乙酉日，陶茂林军收复金县。丙戌日，李元度流放军台。己丑日，僧格林沁移军宝丰剿匪，取得胜利。甲午日，官军围剿回匪大捷，伊犁解除围困，赏赐明绪黄马褂。这个月，免除浙江瑞安战乱拖欠赋税，免除江苏太仓等厅州县、淮安等卫战乱受灾赋税。
这一年，朝鲜、琉球前来朝贡。
同治四年乙丑，春季正月丁酉初一，官军攻克静宁匪巢。回匪攻占古城汉城。庚子日，巴彦岱城遭到围困，官军作战不利。释放陈孚恩、乐斌，命二人协助办理伊犁军饷事务。壬寅日，采纳曾国藩奏请，调刘铭传军队奔赴福建，鲍超招募四川军队赶赴甘肃。追赠谥号给殉职道员何桂珍、知州刘腾鸿、游击毕金科。甲辰日，乌鲁木齐提督文祺在巴里坤去世。回匪攻占木垒等地。丁未日，张集馨因罪革除官职。恢复已经革职提督马德昭原有官衔。平凉、固原回匪窜扰灵台、汧阳、陇州。戊申日，任命伯锡尔代理哈密帮办大臣。辛亥日，台湾会匪叛乱平定。甲寅，匪寇攻陷永定、云霄。丙辰日，重新设置淮扬河务兵备道，改设徐海河务兵备道。丁巳日，粤匪、捻匪一同窜入鲁山，护军统领恒龄等人战死。癸亥日，回匪攻陷济木萨。甲子日，贵州匪寇攻陷定番，不久官军收复该地，匪寇又攻陷黔西。乙丑日，回匪窜扰永昌。
二月辛未日，因蒙古军队援助古城，作战失利，朝廷下谕令撤回已经调派出去的各路兵马，全部返回各自旗属。壬申日，陕西军队在醴泉击败回匪，命令胡中和总领军队进兵剿贼。戊寅日，因为云南临安的官员士绅不肯依附回匪叛贼，下谕嘉奖他们。己卯日，准许沈葆桢请假回乡探视亲人。癸未日，因为直隶等多地发生雷击冰雹的灾害异象，皇帝下诏反省自身过失。雷正绾的军队又收复固原等地。贵州参将曹元兴图谋叛乱，被处死。甲申日，长阳的土匪被平定。丙戌日，官军收复永定、龙岩。武隆额等人的军队援救巴彦岱城，作战失利。己丑日，黔西匪寇攻占大定。苗匪攻陷天柱、古州。因为马如龙、岑毓英肃清曲靖、寻甸，擒获斩杀叛匪首领马联升等人，对相关人员按等次进行奖赏叙功。癸巳日，福建官军在古田、漳州围剿李世贤、汪海洋各股匪寇，取得大捷。
三月丁酉日，因为田兴恕漠视军务，残忍杀害传教士教民，将他流放新疆。辛丑日，陶茂林剿平郭家驿等地的回匪。下谕告诫僧格林沁：“驻扎军队指挥调度，不要轻易亲临前线，以免遭遇危险。”壬寅日，恭亲王被罢免军机大臣职务，撤除议政王的头衔。命令文祥等人打理总理各国事务衙门的各项事务。粤匪攻陷诏安，知县赵人成殉国。癸卯日，凉州的回众发动叛乱，随即被剿平。准许英国、法国在江宁通商。命令鲍超筹备西征事宜，允许他直接上奏言事。惇亲王上奏说弹劾恭亲王的奏章内容不实，朝廷将奏章下发王公、大学士等人详细商议后上报。乙巳日，塔城爆发回乱。锡霖请求养病，被免去职务，命令他前往伊犁，听从明绪调遣。提督谭胜达因为克扣士兵粮饷被革除官职，仍旧命令他前往鲍超军中效力。任命武隆额代理塔尔巴哈台参赞大臣。丁未日，巴里坤领队大臣色普诗新领兵援救古城，遭遇贼寇，作战失利，战死沙场。己酉日，福建军队击败占据汀州、连城的贼寇。庚戌日，甘肃军队击退古浪、平番的回匪。辛亥日，采纳王公大臣的奏请，命恭亲王依旧在内廷当差行走，同时掌管总理各国事务衙门。丙辰日，下谕命令官文精简裁汰士兵、勇丁。己未日，命令杨岳斌赶赴甘肃。沈葆桢遭遇母亲丧事，皇帝下诏强令他夺情，代理江西巡抚。辛酉日，西宁回匪再度叛乱，攻陷大通。壬戌日，广西官军收复永淳。癸亥日，命令毛昶熙返回京城。这年春天，免除直隶、江苏、安徽、江西遭受战乱侵扰地区的额定赋税以及拖欠的赋税。
夏季四月乙丑初一，禁止热河围场开垦红椿这一带的内地土地。肃州回匪占据嘉峪关，包围肃州城，抚彝的回匪也起兵作乱。丁卯日，彭玉麟上奏推辞漕运总督的职务，请求专门办理水师事务，朝廷予以准许。留任吴棠担任漕运总督，办理清江、淮安的防务。己巳日，官军收复盐茶厅，赦免已经革职的提督成瑞的罪责。庚午日，回匪攻陷古城，领队大臣惠庆等人战死。乙亥日，台湾地区匪乱全部肃清。丁丑日，贵州官军收复玉屏、天柱。命令恭亲王重新入职军机处，不再担任议政王。甘州回匪攻陷永固堡。壬午日，粤匪再次攻陷沭阳、宿迁。鲍超霆军十八营不愿意参与西征，在金口发生哗变溃散。停止鲍超的西征任务，命令他收集溃散兵勇赶赴福建剿贼。乙酉日，宁夏官军围剿贼寇大获全胜。丙戌日，粤匪、捻匪一同回窜兖州、济宁，命令刘铭传赶赴直隶布置防务。己丑日，赐予崇绮等二百六十五人进士及第、进士出身不等。壬辰日，因为山东贼寇势力不断蔓延，命令曾国藩离开省城督领军队，会同僧格林沁的军队南北两面联合进攻。癸巳日，僧格林沁在菏泽南边吴家店围剿贼寇，作战失利，僧格林沁与内阁学士全顺、总兵何建鳌等人全部战死。噩耗传到朝廷，皇帝停止上朝三日，特别准许僧格林沁牌位供奉于太庙，享受祭祀。任命曾国藩督率军队剿办贼寇，李鸿章代理两江总督。
五月乙未初一，下谕命令成禄进兵围剿肃州盘踞的匪寇。霆营叛变的兵勇从江西窜入福建。粤匪、捻匪一同窜往开州、东明。丙申日，陶茂林的军队溃散，回匪包围安定，兰州全城戒严。戊戌日，命令曾国藩统辖节制直隶、河南、山东三省的军事防务。甘肃溃散的兵勇流窜骚扰陕西。乙巳日，免除李元度流放戍边的处罚。丁未日，粤匪、捻匪一同渡过运河，向东窜往济宁、兖州、泰安。戊申日，严厉下谕盛京、吉林剿捕镇压马贼。己酉日，因为剿贼没有功绩，革除官文、张之万、毛昶熙官职，但都仍旧留任办事，同时撤去官文的宫衔。催促鲍超赶赴江西。辛亥日，命令侍读学士卫荣光赶赴东昌督办沿黄河的民间团练。壬子日，官军攻克漳州、南靖。准许沈葆桢守完母亲的丧期。曾国藩推辞统辖节制三省军务的权责，朝廷不允许。回匪攻陷肃州。粤匪、捻匪分兵窜向丰县、沛县。下谕整顿沿海的水师部队。窜入陕西的溃散兵勇被平定。命令刘长佑驻扎直隶境内，崇厚驻扎东昌，安排部署沿河防务。贵州匪寇攻陷广顺，不久官军收复此地。甲寅日，天降大雨。粤匪包围永定。乙卯日，江苏军队收复漳浦。任命刘坤一为江西巡抚。庚申日，因为防御剿贼行动拖延迟缓，革除提督刘铭传官职，依旧留任军中。杨岳斌请求辞去官职，朝廷不准，仍旧命令他赶赴甘肃。壬戌日，奇台官军收复济木萨。癸亥日，官军收复阶州。
闰五月甲子初一，起用沈葆桢督办江西防御剿贼事务。乙丑日，粤匪从福建窜入广东嘉应州。戊辰日，广东官军收复平和、诏安。四川官军收复正安。壬申日，泗城的匪乱被平定。甲戌日，削减杭州、嘉兴、湖州所属地区漕米二十六万石。丁丑日，汪海洋回兵窜扰永定，官军作战失利，总兵丁长胜等人战死。己卯日，回匪占据阜康。张总愚向南窜到雉河集，下谕刘铭传、吴棠等人合力围剿。粤匪攻陷广东镇平。遵义的匪寇投降。丙戌日，鄂尔多斯蒙古军队击退进犯花马池的回匪。贵州匪寇攻陷绥阳。己丑日，皇帝亲临僧格林沁丧礼，赐酒祭奠。赏赐他的孙子那尔苏为贝勒、温苏都为辅国公。曾国藩把军队驻扎在临淮。特克慎去世，命令皂保查办巴尔虎争夺地界的事件，任命恩合为吉林将军。庚寅日，因为长久干旱，下诏反省过失，鼓励百官直言进谏。癸巳日，下谕：耆英获罪，不允许为他平反昭雪；禁止肃顺的儿子出仕做官。这是因为耆英的儿子庆锡鸣冤，声称耆英的死亡是肃顺造成的。
六月甲午初一，增设安徽安庐滁和道。把凤庐颍道改名为凤颍六泗道，依旧兼任凤阳关监督。命令刘长佑返回保定，潘鼎新的军队驻扎济宁。丙申日，甘肃民间义勇收复嘉峪关。因为安西、玉门各县爆发回乱，下谕命令杨岳斌进驻兰州。己亥日，再次下谕各省甄别考核州县的地方长官。壬寅日，塔尔巴哈台回匪设圈套杀害参赞锡霖等人，包围城池，被喇嘛棍噶札拉参的军队击退。调武隆额担任塔尔巴哈台参赞大臣。任命额腾额为叶尔羌参赞大臣。丙午日，天降大雨。追究载华等人办理工程贪污侵蚀的罪责，剥夺载华贝子爵位、恩弼辅国公爵位，依旧圈禁两年。己酉日，沈桂芬因家中丧事免去职务，任命曾国荃为山西巡抚。贵州匪寇再度攻陷天柱，侵扰湖南会同，劳崇光、李瀚章联合军队围剿。贵州官军收复黔西，在独山作战失利。壬子日，岷州回匪作乱，杀害知州增启等人，侵扰洮州。乙卯日，援助贵州的四川军队收复正安。丁巳日，奇台、哈密陷落，哈密办事大臣扎克当阿战死。文麟退到巴里坤。下谕杨岳斌、成禄、联捷的军队进攻肃州匪寇。回子台吉陆布沁前来投诚。丁巳日，御史穆缉香阿请求谨慎挑选皇帝身边侍从近臣。下谕内务府稽查，发现有谄媚逢迎的人，据实检举，严厉惩处。这年夏天，免除陕西、浙江、福建遭受战乱各州县的额定赋税，以及哈密遭兵祸侵扰地区的粮税。
秋季七月癸亥初一，下谕刘蓉严密防守定边、鄜州、延安、邠州、陇州，杨岳斌防备回匪首领赫明堂。甲子日，回匪攻陷巴燕岱，伊犁领队大臣穆克登额等人战死。革除依附叛贼的伯克都鲁素等人职务。官军收复库尔喀喇乌苏。任命布尔和德代理领队大臣，援救塔城。雷正绾各路军队攻打金积堡作战失利，撤退到韦州。丁卯日，武隆额围剿礼拜寺的回匪叛贼，将其平定。贵州匪寇攻陷石阡，知府严谨阵亡，官军不久收复城池。癸酉日，任命董恂、崇厚担任全权大臣，办理通商条约相关事务。己卯日，赏赐科尔沁亲王伯彦那谟祜世袭博多勒噶台亲王封号。壬午日，御史蔡寿祺因为妄议朝政被革除官职。贵州匪寇攻陷大定，很快官军收复。己丑日，奉天的马贼侵扰遵化、蓟州，罢免玉明官职，交部严厉议处。任命恩合代理盛京将军。和荷兰互换条约文本。庚寅日，下谕禁止法国传教士干涉军事行动。壬辰日，免去陈国瑞帮办军务的职务。
八月庚子日，因为招抚贼寇贻误战机，革除恩麟官职，将成禄流放黑龙江。祁俊藻辞官退休。粤匪、捻匪各路逆贼窜扰安徽、河南境内。壬寅日，在上海设立机器局。癸卯日，回匪进犯巴里坤，讷尔济将他们击退。文麟的军队在奎苏作战失利。甲辰日，里塘的少数民族事务处理完毕。准许四川总督骆秉章休假，任命崇实代理四川总督。严厉下谕麟兴亲自勘察唐努乌梁海划定边界的事宜。乙巳日，命令左宗棠驻扎广东，统辖节制江西、广东、福建三省各路军队。丙午日，命令曾国藩进驻许州，协同围剿河南的捻匪。辛亥日，命令伊犁抓捕诛杀依附叛贼的官兵。对剿贼有功的额鲁特总管蒙库巴雅尔等人按等次奖赏叙功。癸酉日，正式革除玉明官职。郭嵩焘请求辞官，因为奏章言语多意气用事，朝廷对他严厉训诫。减免江西丁漕赋税中额外加收的部分。裁撤州县各种摊派繁多的捐费。粤匪首领汪海洋杀死李世贤。乙卯日，粤匪攻陷广东长乐。英国、法国归还天津海口炮台。丙辰日，都兴阿推辞督办军务的任命，朝廷不允许。丁巳日，下谕李鸿章等人妥善商议江北新漕粮河运海运并行的方案。庚申日，苏州、松江、杭州、嘉兴、湖州发生水灾，朝廷赈济抚恤受灾百姓。为龙溪乡团练殉难的男女百姓建立祠堂，赐名为忠义乡。辛酉日，下谕崇实等人查办酉阳教案。
九月甲子日，皇帝亲自护送咸丰帝定陵棺椁安葬，命令肃亲王华丰等人留在京城处理政务。长乐城内贼寇向广东官军献城投降。丙寅日，免除定陵棺椁安葬途经地方的田赋。戊辰日，因为捻匪张总愚以及赖文光、任柱各路叛贼窜扰河南、山东，命令李鸿章会同围剿，吴棠代理两江总督，李宗羲代理漕运总督。命令曾国藩依旧驻扎徐州。己巳日，准许招商开采云南铜厂。庚午日，调派江南炮船前往山西河防，教习水战战法。壬申日，好水川回众投降。官军解除南阳的围困。陶茂林的军队再次溃散。甲戌日，官军收复镇平。丙子日，雷正绾部将胡大贵、雷恒发动叛乱，包围泾州，提督周显承将叛贼击退。马化龙与胡大贵等分兵窜入陕西境内。任命张之万为河东河道总督。己卯日，皇帝侍奉两位皇太后启程出行。粤匪进犯龙南，刘坤一赶赴赣州督率军队围剿。甲申日，咸丰帝棺椁安葬于定陵。乙酉日，皇帝一行人返回京城。奇台知县恒颐率领民间义勇收复奇台、济木萨、古城三座城池。丁亥日，皇帝回到宫中。戊子日，咸丰帝及皇后牌位升祔太庙，次日颁布诏书，广施恩典。庚寅日，革除甘肃提督陶茂林的官职，由曹克忠接任，逮捕惩治总兵陶生林等人。左宗棠推辞节制三省军务的权责，朝廷不允许。这年秋天，免除陕西孝义、浙江兰溪等地遭受战乱拖欠的赋税。
冬季十月壬辰初一，西藏军队攻克瞻对。回匪进犯庆阳，官军将其击退。癸巳日，和比利时签订条约。甲午日，任命徐继畬以三品京堂身份，在总理各国事务衙门任职当差。命令廓尔喀按照惯例进贡，贡品合并六年一次进献。庚子日，减免浙江漕米、南米额外加收的赋税。壬寅日，粤匪攻陷和平。乙巳日，王榕吉上奏说潞盐销售阻滞，请求分别停止、减少后续增加的课税票证，朝廷商议后予以施行。丁未日，回匪包围巩昌、宁远。己酉日，浙江军队攻克南田贼寇堡垒。辛亥日，任命刘蓉代理陕西巡抚。壬子日，因为升祔太庙典礼完成，在太庙举行合祭大典。醇亲王推辞八旗练兵的差事，下谕依旧命他稽查检阅，认真训练军队。甲寅日，马贼逼近奉天，官军作战失利。庚申日，命令福兴统领吉林、黑龙江马队以及神机营的军队前去剿贼。辛酉日，释放绵性。
十一月癸亥日，赖文光、任柱各路匪寇窜扰舞阳、郾城，和张总愚的股匪汇合，下谕湖北、河南两面夹击。丙寅日，减免征收苏州、松江、常州、镇江、太仓米豆共计五十四万石有余。壬寅日，奉天军队围剿马贼作战失利。李棠阶去世。命令李鸿藻在军机大臣上学习行走。湖北巡抚郑敦谨调入京城担任户部侍郎，由李鹤年接替湖北巡抚。乙亥日，追究不顾主将的罪责，成保判处斩刑，郭宝昌流放新疆。丙子日，奉天匪首徐点在广宁再度叛乱。庚辰日，粤匪攻陷嘉应。巩昌解除包围。丙戌日，官军在济木萨作战失败，恒颐战死。丁亥日，命令刘长佑驻守边境关隘督剿马贼。己丑日，四川军队剿平松潘番匪。贵州匪寇进犯叙永、綦江。庚寅日，命令左宗棠亲自前往嘉应前线指挥军队。
十二月壬辰初一，曾国藩把军队移驻周家口。准许明绪派遣荣全前往俄国借调兵马、借贷粮食。甲午日，贵州匪寇攻陷清镇县城，不久官军收复。任命周达武为贵州提督。乙未日，联捷因为贪婪扰民，被撤除帮办军务职务，以侍卫身份归属于成禄军中听用。己亥日，黎献的军队在肃州溃散。辛丑日，马贼回窜昌图。采纳户部的请求，调拨盐税等款项增加内廷经费三十万两。壬寅日，热河官军收复朝阳。癸卯日，命令伯彦讷谟祜返回旗地，会同各盟长传檄蒙古军队协同围剿马贼。任命文麟为哈密办事大臣。乙巳日，瞻对叛匪首领工布朗结等人被诛杀，瞻对三处地方全部归达赖喇嘛管辖。丙午日，金州匪寇假意投降，窜往铁岭，命令文祥等人办理奉天防御事务。壬子日，因为降雪迟迟不到，下诏清理各类案件，掩埋暴露在外的尸骨。乙卯日，恩合因为贻误军务被革除官职。提督成大吉的军队在麻城溃散。丙辰日，广西军队会同收复越南宁海府城。调都兴阿担任盛京将军。命令穆图善督办甘肃军务，接管都兴阿统辖的各路军队。庚申日，皇帝驾临保和殿，赐宴前来朝贺新年的外藩使臣。从此以后每年都依照这个成例举行宴会。云南官军收复丽江、鹤庆。
这年冬天，免除四川松潘、湖南茶陵等厅州县遭受战乱拖欠的赋税。
同治五年丙寅年，春季正月辛酉初一，取消新年筵席。甲子日，捻匪侵扰湖北，曾国藩传檄刘铭传援救黄州。马化龙请求招抚归顺，献出宁夏汉城。乙丑日，广西官军收复那檀。免除福建每年按例进贡的贡品。己巳日，命令穆图善办理招抚回匪以及战后善后事宜。庚午日，云南巡抚林鸿年赶赴昭通。乙亥日，马贼占据伯都讷，随即侵扰双城堡，吉林形势危急。文祥、宝善传檄黑龙江军队以及马队前去支援。己卯日，黄岩总兵刚安泰出海巡查，遭遇海盗艇匪，战死沙场。癸未日，林鸿年因为畏缩避敌贻误军务被革职，由刘岳昭接替。左宗棠督领各路官军收复嘉应，粤匪全部平定。左宗棠依照战功等次论功行赏。丙戌日，马贼攻陷阿勒楚喀以及拉林城，富明阿前往吉林剿贼。命令特普钦返回黑龙江布置防守。吴昌寿降职调遣，调任李鹤年为河南巡抚，任命曾国荃为湖北巡抚。戊子日，奉天官军收复八面城。己丑日，下谕严令搜捕军营中的哥老会匪徒。
二月辛卯初一，下诏左宗棠等人暂缓裁撤江西、福建各路军队，以备调往北方协助围剿捻匪、回匪。贵州回匪攻陷永宁，很快官军收复。壬辰日，命令兆琛赶赴镇远办理军务。辛丑日，官军收复黄陂。丁未日，都兴阿因为部下士兵肆意杀戮百姓，革除官职，依旧留任。戊申日，命令广东陆路提督高连升到任剿办土匪。伯彦讷谟祜在郑家屯围剿马贼，取得大捷。下谕马新贻筹划办理海塘工程。辛亥日，定安的军队在长春击败马贼，下诏恢复定安副都统官职。壬子日，德英因丧事去职，任命富明阿为吉林将军。丙辰日，征召郭嵩焘回京，任命蒋益澧代理广东巡抚。己未日，湖南军队击退进犯的贵州苗匪。
三月壬戌日，曾国藩移军济宁，督率军队围剿张总愚。乙丑日，官军收复阿勒楚喀、伯都讷、双城堡三座城池。己巳日，奉天军队围剿南北两路马贼，大败贼寇。蠲免奉天、吉林遭战乱地方的银米赋税。庚午日，明谊请求养病，命令麟兴统领蒙古军队援助伊犁。乙亥日，赖文光等匪寇逼近开封。戊寅日，免除随军出征的黑龙江牲丁进贡貂皮的义务。下谕朝廷内外官员研习讲求法律条例。己卯日，马贼窜扰热河。庚辰日，准许马化龙等人投降归顺。甲申日，张总愚窜往濮州、范县，赖文光等人从河南窜入郓城、巨野，下谕曾国藩等人扼守运河，乔松年的军队拦击围剿。乙酉日，马贼攻陷牛庄。丙戌日，曹毓瑛去世。丁亥日，福建官军收复崇安、建阳。戊子日，任命李鸿藻为军机大臣，胡家玉在军机处学习办事。这年春天，免除河南历年拖欠钱粮，直隶安州、奉天新民等州县遭受水灾、战乱的额定赋税。
夏季四月己丑初一，奉天北路匪首马傻子被处死，余下部众投降。官军收复牛庄。粤匪、捻匪进犯直隶河岸，被官军击退。辛卯日，准许曾国荃请求裁减兵勇、合并粮饷，调派刘联捷、彭毓橘、朱南桂、郭松林奔赴湖北。丙申日，回匪头目在洮州向曹克忠的军队投降。戊戌日，任命马如龙代理云南提督。庚子日，征召文祥、福兴回京，命令都兴阿接手办理奉天军务，统辖节制各路军队。辛丑日，讷尔济收复木垒、奇台、古城，招募民间义勇防守。癸卯日，官军收复绥阳。甲辰日，回匪攻陷靖远。戊申日，下谕奉天、吉林合力围剿山区内外的贼匪。己酉日，谭玉龙的军队溃散，命令曹克忠一并接管他的部队。壬子日，回匪回头窜扰庆阳。披楞出动全部兵力逼迫布鲁克巴，命令景纹赶赴边境关隘查办。甲寅日，武缘土匪被平定。丙辰日，粤匪、捻匪侵扰铜山、沛县以及泗州、灵璧。劳崇光进驻昆明。杜文秀再度攻陷丽江、鹤庆、剑川。戊午日，回匪进犯兰州，官军将其击退。
五月壬戌日，贵州匪寇再度攻陷兴义、贞丰、永宁。俄国使者坚持要求在黑龙江内地通商。下谕特普钦整顿军营队伍。乙丑日，对翰林院、詹事府官员举行大考，提拔孙毓汶等四人为一等，其余官员升降贬斥各有不同。戊辰日，马朝清投降，灵州收复。辛未日，回匪霍三等人窜扰凤翔、岐山，官军将其击退，下谕杨岳斌、刘蓉联合进攻，不许贼寇再度进入陕西。甲戌日，回匪攻陷塔尔巴哈台，武隆额战死。任命德兴阿为参赞大臣，奎昌代理科布多参赞大臣。严厉下谕成禄迅速出关作战。乙亥日，回匪攻陷伊犁，明绪等人战死。任命荣全代理伊犁将军。命令库克吉泰督办新疆军务。丁丑日，下诏清理积压案件。壬午日，因为长久不下雨，下诏广求直言，禁止虐待在押囚犯。甲申日，下谕举荐一心处理民事的官吏。丁亥日，官军收复荔波。这个月，免除广东嘉应等地遭受战乱拖欠的赋税。
六月庚寅日，天降大雨。准许左宗棠的奏请，在福建建厂试造轮船。壬辰日，下谕朝廷内外大臣恪尽职守。辛丑日，成禄的军队进军包围肃州。壬寅日，下谕富明阿搜捕山中残余贼寇。甲辰日，灵山土匪被平定。戊申日，乌里雅苏台将军明谊因病免职。己酉日，任命德勒克多尔济为乌里雅苏台将军，福兴为绥远城将军。庚戌日，盐茶、固原的回匪投降归顺。辛亥日，凌云、阳万土匪被平定。乙卯日，下谕杨岳斌围剿狄道、河州的回匪。
秋季七月庚申日，革除广凤、图尔库官职，逮捕审讯。派遣侍郎魁龄等人出使朝鲜，册封朝鲜王妃。壬戌日，官军收复哈密。甲子日，下谕整顿广东的吏治、军务、厘金税收。乙丑日，李鸿藻遭遇母亲丧事，两宫太后降下懿旨，命他百日之后依旧到弘德殿、军机处当差。庚午日，湘军攻克思南贼寇巢穴。壬申日，李鸿藻请求守完丧期，朝廷不准许。癸酉日，减免苏州、松江、常州、太仓额外征收米粮三十七万多石，额外征收钱币一百六十七万多贯。丙子日，崇厚和日斯巴尼亚（西班牙）使者互换条约。己卯日，贵州匪寇攻陷石阡，很快官军收复。庚辰日，免除乌梁海七旗应当缴纳的一半贡品。乙酉日，河南胡家屯黄河决口。
八月戊子日，刘蓉因病免职，调乔松年担任陕西巡抚，任命英翰为安徽巡抚。己丑日，濮州黄河决口。庚寅日，浔州、郁林土匪平定。裁撤山海关监督，改设奉锦山海关道。辛丑日，赏赐李云麟头等侍卫头衔，帮办新疆军务。癸卯日，杨岳斌因病免职，调左宗棠任陕甘总督，吴棠任闽浙总督，张之万任漕运总督。正式任命瑞麟为两广总督。甲辰日，官军攻克大孤山贼巢，匪首徐宗礼被处死。乙巳日，官军击败张总愚、牛洛红各路捻匪。因为发生月食，视作上天警诫，告诫朝中大臣反省过失。丁未日，采纳御史庆福的奏请，在张家口、绥远城储备粮食，转运到新疆，接济军民口粮。
九月丁巳初一，命令谭廷襄会同崇厚办理意大利通商条约事务。癸亥日，福建兴化土匪被平定。甲子日，下谕李云麟与麟兴等人整顿北路边防军队。命令皂保赶赴归化监督转运新疆军饷。回匪攻陷阜康。祁俊藻去世。辛未日，云南回匪攻陷安宁等州县。癸未日，左宗棠请求裁减福建、浙江绿营兵员，增加兵饷，依照现有粮饷训练军队。朝廷予以批准。这年秋天，免除贵州、广东、山东、福建遭战乱地区额定赋税，江西遭灾地方赋税，浙江各县拖欠赋税。
冬季十月辛卯日，命令刘长佑严格核实京畿地区军队编制员额。癸巳日，张总愚从陕州窜入平陆，官军将其击退。乙未日，任命沈葆桢总领福建船政事务。命令刘典帮办左宗棠军务。己亥日，张总愚向西窜逃，攻陷华阴、渭南。甘肃回匪窜扰宜君、三水。下诏斥责曾国藩放任贼寇蔓延。辛丑日，准许李鸿藻病假。命令富明阿办理吉林善后事务，任命汪元方为军机大臣。壬寅日，贵州回匪攻陷兴义，很快官军收复，又收复安平、镇宁。乙巳日，曾国藩请求养病，请求解除全部官职，留在军营效力，并且注销侯爵爵位，下谕劝慰他，命令他病愈之后入朝觐见。下谕穆图善出兵支援陕西。丙午日，修筑海宁石塘。这个月，免除安徽寿州等州县遭受水灾新旧额定赋税。
十一月丙辰日，命令曾国藩返回担任两江总督，兼任通商大臣。授予李鸿章钦差大臣，统辖节制湘军、淮军各支部队，专门负责剿贼。戊午日，准许山东巡抚阎敬铭休假，由丁宝桢代理巡抚。庚申日，刘铭传等人在金乡围剿任柱、赖文光匪寇，大获全胜。乙丑日，三札、两盟西征蒙古军队溃散，李云麟返回乌里雅苏台。下谕库克吉泰统领吉林、黑龙江军队迅速进兵。丁卯日，四川军队攻克桐梓贼巢。丁酉日，曾国荃弹劾官文贪婪庸碌骄横跋扈。下令将官文撤职查办。己卯日，制定福建船政的规章制度。
十二月丁亥日，因为给事中寻銮炜弹劾奏章内容失实，对他严厉斥责，同时训谕六科给事中、十三道御史进言要谨慎。己丑日，郭松林等人在德安大败任柱、赖文光匪军。庚寅日，因为黄河河道向北改道，下谕苏廷魁实地巡查，会同直隶、山东、河南三省筹办堤防工程。甘肃回匪再度攻陷哈密。免去胡家玉军机大臣职务，革职留任，因为他收受官文贿赂。甲午日，曾国藩再次上奏请求解除官职，皇帝下温和的圣旨挽留他。己亥日，雷正绾的军队收复平凉。呼兰匪乱平定。庚子日，援助贵州的湘军在铜仁围剿苗匪，取得大捷。己酉日，回匪包围庆阳，提督周显承等人奋力战死。甲寅日，陕西军队在灞桥围剿张总愚，作战失利，总兵萧德阳等人战死。因为捻匪势力猖獗，命令曾国藩等人广泛筹划应对方略。
这一年，朝鲜、琉球派遣使臣入朝进贡。
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