同治七年夏季四月，普鲁士国王威廉再次任命李福斯为全权大臣，来华递交国书。同治八年，咸伯国商人美利士私自到台湾大南澳伐木开垦，闽浙总督上奏朝廷。总理衙门认为美利士违背条约肆意妄为，照会普鲁士公使诘问，请其查办。同治十年春季，李福斯递交国书，告知中国德意志各邦共同推举普鲁士国王为德意志帝国皇帝，中国回信致贺。同年李福斯回国，由领事安讷克担任署理公使。同治十一年，安讷克以条约十年期满为由，照会中国请求换约，谈判未成。李福斯再度来华，十二月再次递交国书。第二年正月，穆宗亲政，李福斯请求觐见，朝廷准许。临近觐见，李福斯因病回国，署理公使和立本呈文祝贺，同时声明今后本国使臣觐见，按照这次议定的节略办理，朝廷应允。光绪元年九月，德国安讷号船只在福建海面遭遇海盗，船长、船员被杀，船只被毁。福建巡抚丁日昌抓捕案犯，斩首示众，追回赃款一万三千余元。德国公使要求中国赔偿，总理衙门依据中德条约第三十三款写明不能赔偿被盗财物，予以拒绝。

光绪二年，德国任命巴兰德担任驻华公使。春季三月，直隶总督李鸿章派遣游击卞长胜等五名武官，前往德国陆军学院学习枪炮操练技法。巴兰德照会直隶总督，催促商议换约。十月，巴兰德再次照会总理衙门提出三项要求：一，洋商在租界内销售洋货，不再征收厘金；二，发放存票不设期限，并且允许凭存票支取现银；三，德国商人进入内地收购土货，允许随身携带现银。另外请求当年开放上海口岸；又提出在大孤山增开口岸、鄱阳湖准许轮船拖带、吴淞口装卸货物三项要求。总理衙门拒绝，多次辩驳，对方不肯退让。第二年五月，巴兰德带着翻译官阿恩德离开京城。抵达天津之后，拜会李鸿章。李鸿章开导他，两国意见不合，应当反复协商，极力劝说，巴兰德才返回京城。总署催促开启谈判，他忽然说等到十月再商议。同年德国使馆在东交民巷定居，依旧缴纳租金。光绪四年，朝廷任命光禄寺少卿刘锡鸿为出使德国大臣，递交国书。刘锡鸿不久上奏，听闻德国外交部催促巴兰德尽快订立新约，巴兰德对于吴淞装卸货物、鄱阳湖拖轮、内地租赁店房三条依旧极力争取，之后巴兰德直接回国。光绪五年闰三月，巴兰德再度来华议约，依旧坚持前面三项诉求。当时德国丕里约夹板船在山东荣成县附近海面触礁失事，巴兰德要求赔偿，中方拒绝。巴兰德又以天津紫竹林没有德国租界为由，要求在法国租界以北新增租界，未获准许。同年闰五月，任命候选道李凤苞为出使德国大臣。

光绪六年春季二月，朝廷因为中德条约谈判长期没有结果，专门任命总理各国事务大臣、协办大学士、兵部尚书沈桂芬，户部尚书景廉担任全权大臣，再次和巴兰德谈判。许久之后，巴兰德才同意删去大孤山、鄱阳湖以及洋商入内地采货条款，参照英国新约，双方条款互相平衡；唯独江苏吴淞口一处，准许德国船只临时停泊装卸客商货物，章程仍由中国江海关道自行拟定。于是二月二十一日画押，并且声明两件事：一，德国夹板船在中国口岸停泊超过十四天，从第十五天起，应缴船钞减半，先行试行；二，第六款“德国允，德国人等”条款内的“游历”一词，德文译本和中文文本含义不符，需要更正德文原意。条约约定画押之日起，一年内互换。之后巴兰德在六月三十日再次照会，称德国法律规定，订立条约必须经过国会同意，国会批准之后方能生效；本国国会预计明年开会，原定光绪七年三月初二互换条约，请求将期限改为光绪七年十月初十日。光绪七年秋季七月，巴兰德请求确定互换条约日期，朝廷命景廉和巴兰德在北京总理衙门画押互换，这就是《中德续约十款》以及善后章程九条。

光绪八年夏季六月，德国方才和朝鲜议定条约，中国派遣官员到场见证盟约，申明朝鲜是中国属邦。光绪九年冬季十月，办结德鲁麟洋行土地纠纷案。早先广东汕头新开商埠附近有官有海坪土地，中国打算填海修筑商埠，忽然德鲁麟洋行华人买办郭继宗声称土地归他所有，暗中勾结德国驻汕头领事沙博哈以及德国水师军舰，竖立旗帜强占土地。中国得知之后，照会德国公使质问，同时命出使大臣李凤苞和德国外交部辩论。当时德国首相是俾斯麦，致电巴兰德，命他立刻命令军舰撤离，撤换该领事。之后德国公使归罪于中国地方官，多次请求派员查办，长久没有定论。到这时，总理衙门采纳李鸿章的提议，命赫德派遣外籍官员会同广东官员会商办理，此案方才了结。

光绪十年，朝廷赠送德国皇帝景泰窑瓷器，答谢德国多次派员监造铁甲舰、调拨鱼雷以及派遣军舰教习，以此修好邦交。光绪十二年春季二月，出使英国大臣曾纪泽准备回国，德国驻英公使哈子斐尔德伯爵派遣参赞美塔尼克伯爵前来告知，德皇与首相俾斯麦希望和他会面，邀请访问德国，于是曾纪泽参观各机器制造工厂。光绪十四年秋季七月，德国皇帝去世，朝廷命出使大臣洪钧前往吊唁，德国命驻华公使巴兰德致谢。

光绪二十年夏季四月，德国人阿尔和打算在汉口修建油库。早先德国商人在上海修建煤油栈，已经获准。之后又想在汉口购地续建，中方不予批准。德国公使争辩，不久商议按市价收购煤油，并补偿修建储油设施费用，德国公使仍然不同意。第二年，德国又请求增开天津、汉口租界，朝廷准许。光绪二十二年春季正月，德国外交部大臣马沙尔提出在中国租借土地停泊军舰，出使大臣许景澄上报朝廷。当时李鸿章出使德国即将回国，留下税务司德璀琳与德国外交部商议加税事宜。德国朝廷提出，必须割让军舰停泊口岸，才同意加税，德璀琳从中劝阻，德方不听。

光绪二十三年十月，山东曹州府钜野县暴徒杀害两名德国传教士。德国派遣军舰驶入胶州湾，逼迫守将章高元撤出炮台，占领胶州湾。德国公使海靖向总理衙门提出六项要求：一，革除山东巡抚李秉衡职务，永不叙用；二，赔偿天主教堂建筑费六万六千两，赔偿被盗物品白银三千两；三，钜野、菏泽、郓城、单县、曹县、鱼台、武涉七地，各修建传教士住房，共拨付工费二万四千两；四，保证今后永远不再发生同类案件；五，由两国资本合办德华公司，修筑山东全省铁路，并有权开采铁路沿线矿山；六，德国办理此案所有开支，全部由中国赔偿。总理衙门多次辩驳交涉，才将第一款“永不叙用”四字删除；第二、三两款全部应允；第四、六两款全部删去；第五款同意由德国修建胶州湾到济南府一段铁路。谈判将要就绪，忽然传出曹州驱逐教士、杀害洋人的传闻，德国公使又要求租借胶州湾。光绪二十四年二月，总理衙门和德国公使海靖另订立专条三章。第一章，胶州湾租界：一，湾内各岛屿、湾口及口外海面群岛；湾东北岸，从阴岛东北角划一条线向东南延伸至劳山湾；湾西南岸，从齐伯山岛对岸划一条线向西南延伸至笛罗山岛；湾内全部水域以最高潮位为界，全部划为租借区域。二，租借区内，德国可行使主权、修建炮台等，但不得转租其他国家；中国军舰、商船通行，按照德国对各国船舶的统一章程同等对待。三，租借期限九十九年。如果期限内归还中国，德国在胶州湾投入的款项由中国偿还，另割让同等价值土地给德国。四，从胶州湾水面平潮点起，周围一百里陆地为中立地带，主权归属中国；但是中国如果驻扎军队，必须事先取得德国许可，德国军队拥有自由通行权。第二章，铁路矿务办法：一，中国准许德国在山东修建两条铁路，一条自胶州湾经潍县、青州等地至济南及山东省界；另一条自胶州湾经沂州、莱芜至济南。二，铁路沿线左右各三十里之内的矿产，德国商人拥有开采权。第三章，山东全省各项事务：一，今后山东省内兴办各类工程，如果需要外资、外料或是聘用外籍人员，德国拥有优先承办权。这就是《中德胶澳租界条约》。

光绪二十四年，山东日照教案爆发，德军进兵占领县城，案件了结之后依旧不肯撤兵。中国计划修建天津到镇江的铁路，德国人从中阻挠，并且想要自行修建济南至沂州段，总理衙门没有准许。德国又要求向中国提供贷款，使用德国工程师。光绪二十五年，山东高密百姓阻拦德国人修建铁路，山东巡抚袁世凯劝导调解，订立铁路章程，设立华商德商合办胶济铁路公司，设立交涉局，招股、购地、丈量、修建。另外订立胶澳交涉章程十一款：一，两国交涉案件，由双方会同办理；二，德国人外出游历，必须持有护照；三，两国交涉事务，全部由交涉官商议办理；四，青岛租界内华洋案件，由交涉官提审断案；五，租界内华人牵涉德国人的案件，由德国官员会同山东交涉官会审；六，德国所雇佣华人的案件，由德国官员审讯；七，纯华人案件，依旧由中方审理；八，租界外罪犯逃入青岛华民、德人住所，分别由华官、德官抓捕移交；九，华、德人员无论在租界内外行凶，华德军队都可以抓捕拘禁移交；十，华官德官会审案件，应当和睦协商；十一，重大案件本省无法了结，由总理衙门和驻华德国公使协商办理。

同时和德国商议订立矿务章程，尚未定稿。光绪二十六年五月，德国驻华公使克林德被义和团民众杀害。七月，德国同英、法、俄、美、日、荷兰、意大利、比利时、奥地利、瑞典十一国联军攻入北京，推举德军将领瓦德西担任联军总司令。瓦德西进驻紫禁城仪銮殿。朝廷任命李鸿章为全权大臣，入京议和。各国提出条款：一，中国政府为遇害德国公使克林德树立纪念碑；二，中国派遣亲王前往德国谢罪；三，裁撤总理各国事务衙门；四，从严惩办祸首；五，拆除大沽口以及直隶各处炮台；六，禁止军火武器进入中国；七，凡是曾经发生杀害外国人的省份，停止乡试、小考五年；八，外国公使有事可以直接上奏中国皇帝；九，各国驻华使馆永久驻军保护；十，京城到海口的电报、邮政线路派兵保护；十一，国家与私人财产全部予以赔偿。许久之后议定共十二款；在京城为克林德立碑、派遣醇亲王载沣赴德国谢罪，全部依照各国要求执行。十月，抓获杀害克林德的凶手恩海，移交德国驻京提督处死。第二年，醇亲王载沣抵达德国，觐见德皇递交国书，随行荫昌，二人都行鞠躬礼。

光绪二十八年秋季七月，德国商人在汉口华界靠近襄河口处申请设立趸船码头，中方驳回。当时中国要求德、英、法、日本撤退驻军，德国公使听闻其他国家在长江拥有中国单独授予的特权，要求写明长江上下游军事要地不得让与他国，以此作为撤军条件，中方拒绝。光绪三十年，与德国共同签订小清河支线合同。原本胶济铁路章程不允许私自修建支线，这次为便利商贸，专门委托胶济铁路公司代办。同年德国海军舰队计划驶入长江及内河巡航演习，中方予以阻止。

光绪三十一年，德国从胶州、高密两处撤军。早先德国人修建胶济铁路，高密民众聚众阻工，德军先后从青岛派兵到胶州、高密保护工程。山东巡抚袁世凯派员查办结案，驻守胶州德军撤回青岛。后来义和团起事，德国再次派兵分驻胶州，并且在城北车站旁出资购买民地十四亩修建营房。光绪二十九年秋季，又在附近沈家河续租民地七亩，铺设水管取水。高密驻军最初驻扎城内，后来又计划在城外古城租赁民地九十多亩修建营房，约定租期六个月。不久又修建古城通往小王庄火车站的马路。六个月租期到期，山东巡抚协商要求撤军，德方多次延期，到这时双方签订撤军善后五款，这件事了结。

同时商议中德商约，朝廷任命吕海寰、盛宣怀担任商约大臣。德国提出十四款草案，袁世凯、张之洞反复电报商议，吕海寰等人和德国公使穆默、总领事克纳多次会谈，双方各持立场。到光绪三十三年，才议定条约十三款，在北京互换。第一款，厘金：中国政府与各国缔约裁撤现有厘金，增加进出口关税抵补裁撤厘金的损失。本条约需要各缔约国派员共同商议决定，德国政府也同意派员参与谈判，前提是中国必须保证厘金全部裁撤。第二款，居留：德国人民以及德国保护的人员，准许在中国已经开放以及将来新开放的外国通商口岸、通商地区居住往来，经营工商业、制造业以及其他合法事业；可以租赁、购买房屋、地基、经商用地以及不动产，并在所购土地上建房。第三款，关栈：中国政府准许在通商口岸修建仓库储存洋货、拆包分装。一旦德国领事为德国商人或德国保护人员申请仓库享受关栈待遇，中国应当准许，但是必须遵守海关专项章程，保障税收。海关官员需要和各国领事共同议定关栈章程以及收费标准，依据仓库距离海关远近、储存货物种类、作业时间核定。通商口岸设立的关栈，德国人和德国保护人员都可以使用。第四款，矿务：中国振兴矿业，引进外资开办矿山。因此约定，自条约画押起一年内，参照德国以及各国现行矿务章程，颁布中国新矿章；一方面维护中国民众利益、不损害国家主权，一方面便利引进外资，对矿商利益也不造成损害。中国准许德国人民以及德国保护人员在中国开采矿山，办理矿业相关事务。矿业经营，不得因为征税减少收益；除征收净利税、矿产地税之外，不得额外征收其他税种。第五款，货税：用于退税的存票，商人申请之后，经核查符合发放条件，海关必须在二十一日之内发放。存票可以在各地海关，凭票面银两数额，抵扣各类进出口货税，子口税除外。洋货进口三年之内转运海外，持存票者可以在原发放口岸海关银号全额领取现银。如果申领存票之人意图偷税，一经查实，处以不超过偷税数额五倍的罚金，或者货物没收充公。第六款，商标保护：中国商标，只要出示中国各领事馆出具凭证，证明商标在中国注册、归属申请人，在德国享受和德国本土商标同等保护。华商字号姓名，在德国同样保护，防止仿冒。德国商标在中国保护，防止假冒，但是需要出示德国官员、领事出具凭证，证明商标已经在德国注册；德国商号、华人行名都受保护。德国商家货物特有的包装标识，被中国同业认定为区分货品的标记，一体保护。德国保护人员同样享有以上权益。一旦商标注册局设立、商标保护章程颁布，中德两国需要另订专约互相保护商标；在专约订立之前，本款条款先行实施。第七款，商事经营：中国民众购买外国公司股票是否合法，原本没有明确规定；而华人购买这类股票数量巨大，中国现认定华人已经购买或将来购买外国公司股票，均属合法。同一合资公司内，持股股东待遇一律平等，不得歧视。华人购买德国公司股份，即视作承诺遵守该公司章程，愿意接受德国法庭对章程的解释。如拒不遵守遭到公司起诉，中国法庭应当判令持股华人遵守章程，标准和德国法庭判令本国股东一致，不得额外苛求。德国人购买中国公司股票，所承担义务和持股华人相同。普通合资无限责任股东、有限责任股东，在德国注册的有限合伙、有限责任公司、各类商业公司，全部适用上面两项约定。同时写明，在本条约签订之前，已经诉讼并由法庭判决，或是不予受理的案件，不受本款约束。第八款，开埠：凡是各国为本国船只、民众要求新开口岸，德国商民、德国保护人员以及德国船只，都共享此项权益。第九款，行船：中国知晓宜昌至重庆水道需要整治，便利轮船通航。双方约定，在水道整治完成前，轮船船主经海关批准，可以自费设置滩头拖曳设备。这些航道设施，民船、轮船使用，都遵守海关和设施建造方商定的章程。灯塔、航道标识，由海关择地设置。将来整治水道，利于航运、不伤害地方百姓，不耗费国库资金，中国不应阻拦。第十款，内河行轮章程：先前已经准许轮船在通商口岸贸易，当年七月二十八日、九月先后订立的章程有不便之处，双方约定重新修订。第十一款，货币：中国同意设立法定国币，将来德国商民、德国保护人员以及中国民众，都可以使用法定货币完税、支付各类款项。第十二款，禁令：1881年9月2日中德条约附带通商章程第五款第三节写明，德国商人想要把米粮转运到中国其他通商口岸，和铜钱出口管理办法相同。双方约定，如果某地因灾荒有粮食短缺风险，中国政府提前二十一日发布告示禁止米粮出口，商人必须遵守。货船在禁令颁布之前，或是禁令刚生效、尚未装运完已经采购粮食，允许在禁令七日内全部装船运出。禁运告示内，写明漕米、军米是否准许出口；如果允许外运，海关簿册详细登记数量；其余各类粮食，中国一律禁止转运出口。禁运告示、解除禁令告示，都由中国官方发布，登载在京报。二十一日期限，从京报刊登之日起算。禁运期满解禁的告示，同样登载京报，让众人知晓。米粮依旧禁止出口到外国。第十三款，在本条约之前中德所订各条约，除被本条约修改条款之外，继续有效。日后条文产生争议，以德文版本作为准据文本。

同年，中德订立互寄邮件暂行章程。条约签订之后，德国公使穆默照会总税务司，声明三件事：一，高密设立的德国邮局，等德军撤离之后方可裁撤；二，山东境内涉及德国人的事务，中国邮局酌情聘用德语人员；三，山东铁路准许中国邮政利用铁路运送邮袋。总税务司收到照会全部应允；只是聘用德语人员一条，答复要看人才情况酌情办理。恰逢德国收购中国商报，电政大臣袁世凯奏请外务部严禁。不久德国同意停止收购商报，并且允许中国电报局在山东铁路车站设立电报房。之后德国又要求借用烟台至上海电报线路以及北京到大沽军用陆线，中方拒绝。同时拒绝德国礼和洋行私自收购湖南矿产。

德国又规定济南、汉口、江宁等处领事，兼管周边各地交涉事务，照会外务部，大略写道：“山东省，除登州府仍归烟台本国领事办理本国交涉事务，胶澳租借地归驻青岛德国总督管辖之外，山东其余全部地区本国的交涉事务，全部归驻济南商办事件委员管理。烟台的本国领事官，只负责登州府的本国交涉事务。又明文规定，汉口本国领事负责的本国交涉范围，是湖南、陕西、甘肃三省。湖北省境内，除归宜昌领事管辖的各府之外，连同江西省的袁州府等处，全都归汉口本国领事管理。至于驻江宁府领事承办的本国交涉事务，管辖安徽、江西二省；除去划归汉口领事的袁州府之外，还有江苏省的江宁府等处。

这一年，德福亲王来北京觐见皇帝。德国皇子举行婚礼，朝廷命出使德国大臣荫昌前往祝贺，并且选派学生赴柏林留学。光绪三十二年二月，德国人方才在天津海关申领联单，前往新疆采购土产货物。三月，德国公使穆默向中国递送外交文书，请求中国派员前往柏林商议无线电会议条约章程，外务部商定等到第二次开会时再审核议定。闰四月，德国交还天津马队营盘等处的房地，还有炮队营房、机器枪队营房、屠宰场、疗养院各处房屋。当月，德国在营口改设正领事。德国公使穆默回国，代理公使葛尔士照会中国，再次提出通商口岸限制洋人购置土地的办法与条约不符，请求取消这项限制；还说德国人私有的地产，如果被国家征收公用，可以共同协商办理。六月，德国人李卜克在北京设立学堂，德国公使请求中国分摊办学经费，朝廷没有准许。光绪三十三年四月，任命孙宝琦为出使德国大臣，赴德递交国书。当月，外务部发文，商议修订青岛租界内制成货物征税新章程。当初，青岛设关征税一事，已于光绪二十五年和德国公使海靖商定办法，后来在光绪三十一年又和德国公使穆默修改。其大致约定为：德国同意在海边划定一处地界，作为船只停泊、货物装卸的固定区域；凡是出口货物，在装船之前，就要缴清出口税；进口货物，除军用物资、租界内使用的机器以及建筑修缮物料免税以外，其余各类商品，在货物上岸、尚未运出划定地界之前，就要缴清进口税，由中国海关官员在此处办理征税，德国予以协助，不加阻挠。同时中国应允，每到结算期，从本期所收进口税中提取二成，拨交给青岛德国当局使用。后续在续订章程时，关于德国租界内制成货物征税这一条，条文含义尚有未尽之处，于是又和德国公使葛尔士重新订立征税新章程。

起初，中国计划修建天津至镇江的铁路，向德、英两国借款，已经签订合同。到此时，直隶、江苏、山东三省在京官员上书，请求收回路权由中国自行修建。朝廷命张之洞、袁世凯会商办理，商议修改合同，德国、英国坚持不肯同意。于是又加派外务部右侍郎梁敦彦会同张之洞等人筹划商议。当初津镇铁路借款谈判时，德国公使额外要求增修两条支线，一条由德州到正定，一条由兖州到开封，这两项不在最初议定的方案之内，中方没有应允。德国公使于是改变方案：第一，同意胶澳至沂州府一段，仍旧算作津镇铁路支线，归入官办铁路；第二，同意济南府通往山东边界的一条线路，纳入津镇官办铁路。中国也应允，德州至正定府、兖州府或干线沿途某处经济宁州到开封府这两条支线，十五年之内由中国自行筹办，并且声明，如果日后借用外国款项，必须向德华公司商借。至此，由梁敦彦和德、英两国银行修订借款合同二十四款，定名为《中国国家天津浦口铁路五厘利息借款合同》。议定之后，外务部照会德国公使，声明胶沂、济东线路作为津镇支线；德州至正定、兖州至开封两条支线，全部由中国自行建造。之后，又和德国议定电政合同，包含青岛、烟台、上海海底电线交接办法，收购京沽军用电线条款，以及山东铁路附设电线章程，合计十四款。同年，德国柏林卫生民众学会与万国博览陈列馆邀请中国派员入会，朝廷准许。

宣统元年，山东巡抚孙宝琦与德国签订《山东收回五矿合同》。此前光绪三十三年，山东巡抚杨士骧和德国采矿公司议定合同八条，合同划定的沂州、沂水、诸城、潍县四处矿地，已经先后完成勘查，只有第五处矿界内宁海州所属的茅山金矿，勘查尚未结束。恰逢山东士绅百姓发起保矿会，德国公司便打算将茅山矿权转卖，向中国索要二百二十五万马克，并且宣称其余四处矿权一并交还中国。国内官绅也都赞成收回矿权。经过长久筹议，最终议定以库平银三十四万两，分四年付清了结此事。

宣统三年，山东巡抚孙宝琦与德国签订收回各路矿权合同。起初，德国商办矿务公司依据条约在坊子、马庄开矿，屡次禁止中国人在附近采矿，双方争执多年。等到津浦铁路借款合同签订，德方又索要胶沂铁路、津浦铁路沿线矿权，并且请求封禁大汶口华人矿场，朝廷没有准许。于是德国公使送来照会，提出划分清楚矿权的说法。孙宝琦随即派遣道员萧应椿等人，与德国公司总办毕象贤、领事贝斯商议收回矿权事宜。毕象贤等人提出，中国想要收回三条线路的矿权，必须拿出对等利益交换，否则不予同意。最先商议淄川、博山矿界：公司第一次送交绘制的矿界地图，囊括整个淄川县境，并且连带博山相邻区域。萧应椿等人提出，淄川、博山的贫苦百姓向来依靠采煤谋生，如果两县全境矿权全部归公司所有，必将导致百姓无以为生。于是商议博山全境全部留给中国，淄川对半划分，以天台、昆仑两座山作为界限，山北归德国公司，山南归华商，德国公司没有答应。萧应椿于是亲自前往淄川，会同毕象贤实地勘查，召集当地士绅、矿商一同会商。不久议定，淄川东南地界，自大奎山起，斜向经过龙口镇西北，直到淄川县东境作为分界线，界线以南矿产归华商开采，博山矿权也全部交还中国。随后依次商议淄川华人矿场、潍县矿界、金岭镇铁矿，以及补偿勘矿购地费用。自此，德国公司已经建成的胶济铁路、尚未完工的津浦铁路、刚刚勘查的胶沂铁路，还有曹州教案条约许诺给该公司的三十里范围矿权，全部同意取消。

志一百三十三

邦交六

日本

日本很早就和中国通商往来。明朝末年，因为倭寇侵扰边境，朝廷停止双方互市；清朝建立之后，才恢复旧例。康熙十二年，平南王尚可喜致信长崎奉行，请求准许商船通商。福建、广东前往日本的商人越来越多，聚居在长崎城内。最初每年有商船一百八十艘，后来从七十艘逐步减到二十余艘。每年从日本运回中国的货物，限额八千贯，朝廷设置三名奉行稽查管理，征收商税。但当时日本严格执行锁海禁令，日本人如果私自到台湾及各口岸贸易，一经查获就要治罪。康熙三十二年，两广总督石琳上奏，有日本船只遭遇大风漂流到阳江县。皇帝下旨，供给衣食，送到浙江，备办船只遣送回国。

雍正六年，浙江总督李卫上奏，称日本招揽内地人，教习弓箭武艺，制造战船，担心酿成边患。奏折写道：“秘密传令沿海文武官员、营汛、州县以及各关口税关差役，严密稽查，水师战船不间断巡逻戒备，做到有备无患。”皇帝阅览奏折，下谕说：“从前圣祖派织造乌林达麦尔森，伪装成商人前往日本探查国情。等他回来复命，极力称说日本国土狭小、国民温顺，开放海外贸易便是从这件事之后兴起。我多次传谕福建、广东总督巡抚留心考察。听说日本近来和朝鲜交好，往来不断。安定内部、抵御外患的方略，以巩固根本、防备祸患为先。你们要遵照我此前的谕旨，不可懈怠。”同时颁布谕旨给沿海各省，加强海防。两广总督孔毓珣上疏，请求沿海训练水师、添置火器、增修炮台，并且亲自前往厦门、虎门各口岸巡查。皇帝不想引起外国猜疑恐惧，只下令做好戒备即可。李卫再次上奏说：“对日贸易不能骤然断绝，请从海外商人里面挑选殷实稳重之人，设立八名商总，分派各处稽查，互相纠察检举，防止日久滋生弊端。”朝廷批复准许。乾隆四十六年，户部上奏请求颁布江海关税则，制定东洋商船出口货物征税条例。嘉庆元年，皇帝下谕：“日本商人遭遇风暴，漂流到我国沿海，实在值得怜悯。命地方官护送到乍浦，搭乘商船回国。”定为制度。

早先日本坚持锁国政策，只准许中国商人前来贸易，禁止西洋各国通商。等到明治维新之后，才向各国开放口岸通商。后来看到各国都在中国通商，同治元年，长崎奉行派人到上海，请求设立领事，管理本国商人税务事务。通商大臣薛焕没有准许。同治三年，日本商船通过英国领事巴夏礼斡旋，请求通商。同治七年，长崎奉行河津再次致信江海关道应宝时，说日本人往返欧洲，时常搭乘西洋船只途经海上，或是到中国内地求学、经商，都持有本国凭证，恳请念及邻邦情谊予以保护。朝廷应允。

同治九年，日本派遣外务权大丞柳原前光携带外务卿书信，送到总理各国事务衙门，大意写道：“如今文明大开，国际交往日益频繁。我国近期已经和欧美十四国订立盟约。像贵国这样的邻国，本应率先互通情意、缔结友好邦交；只是我国国内多有变故，拖延至今，邦交未能修好，深感遗憾。现派前光等人前来贵署，预先商议通使往来，作为日后遣使订约的基础，恳请裁断。”柳原前光抵达天津，三口通商大臣成林、直隶总督李鸿章把书信转送到总理衙门。朝廷商议，同意通商，但拒绝订立条约。柳原前光拜见李鸿章说：“西洋各国胁迫我国订约，彼此相隔十万里，尚且派遣公使、领事远道前来保护侨民。中日唇齿相依，商人往来频繁，只因没有条约，反而托外国人代为处理事务，受外人约束，丧失国家主权，没有比这更严重的了。如今特地派人远道前来表达诚意，我们出使之时，西洋人还从中阻挠；如果请求不能获准，便是加重我国的屈辱，前光就算身死，也不敢接受这样的结果。”李鸿章为此向朝廷奏请，下发朝堂商议。两江总督曾国藩等人上疏说：“日本二百年来，和我国没有仇怨。如今援引西方国家的先例，前来京城陈情，情理通顺。应当一视同仁，请和日本明确订立条约，逐条详细载明，不写入‘比照西方各国总例’这类语句，以免让日本产生利益均沾的念头。”皇帝认可这个建议，准许柳原前光的请求，命总理衙门回信，下诏令李鸿章预先筹划通商事宜。

同治十年，日本任命大藏卿藤原宗臣为专使来华订约。朝廷任命李鸿章为钦差大臣，应宝时、陈钦为副大臣，和日方商议条约条款。日本公使最初要求完全仿照西方条约办理。经过长时间谈判，最终订立条约十八款，通商章程三十三款；两国互派使臣、设立领事，开放上海等十五处口岸与日本横滨等八处口岸通商，但是禁止日本人私自进入内地，这点和西方条约略有区别。条约议定之后，藤原宗臣前来进献礼品，约定次年互换条约。同治十一年，日本罢免藤原宗臣官职，派遣柳原前光到北洋大臣李鸿章处，递交日本外务卿副岛的照会，称次年日本将要和欧美各国修订条约，想要修改本次议定条款，和欧美条约体例一致，预先拟定条款请求商议。李鸿章答复，去年秋天才刚刚订立条约，还没有互换，此时仓促提议改约，实在不符合信守盟约的道理。只令津海关道陈钦等人和他商谈，全部等到换约之后，再按条约商议办理。

同治十二年四月，日本使臣副岛种臣来北京互换条约，派遣随员柳原前光、翻译官郑永宁前往总理衙门询问三件事：第一，询问澳门是由中国管辖，还是由葡萄牙掌控；第二，询问朝鲜一切政令，是否由朝鲜自主，中国向来不加干预；第三，台湾生番杀害琉球民众，日本打算派人前往生番地区质问。总理衙门王公大臣当即辩驳纠正。不久朝廷任命李鸿章为换约大臣，和副岛种臣互换条约文本。副岛种臣同时递交国书，庆贺同治帝大婚与亲政大典。当时各国公使都请求觐见皇帝，朝廷准许，副岛种臣也请求当面递交国书，得到许可。随后进献贺礼贡品，朝廷依礼答谢，交付盖有御玺的国书。副岛种臣递送照会，告知办完使事即将回国。李鸿章发现日本换约文书上，只用了太政官印章，没有加盖日本国玺，予以驳斥，要求更换加盖国玺的文本。翻译官郑永宁说：“我国以往和西洋各国互换条约，全都加盖太政官印。”李鸿章说：“我看过你方条约副本，写明应当加盖国玺；另外上海道抄送的总领事井田让等人敕书，上面也使用国玺。”郑永宁应允回国之后寄来更换后的文件。当时日本还没有设立驻北京公使，交涉事务委托俄国公使倭良嘎哩代为办理。

同治十三年三月，日本兵船开到厦门，宣称前往台湾查办生番案件。李鸿章致信总理衙门，写道：“各国出兵开战，必定先递送文书告知起衅缘由。台湾生番这件事，双方还没有先行协商，怎能贸然动兵？”不久听闻美国人李让礼带领陆军，又雇佣美国海军军官指挥兵船，图谋侵占台湾。李鸿章再次致函总理衙门：“此事如果属实，不单日本背信破坏邦交，就连美国人协助带兵、雇佣商船装运士兵军械，全都违背万国公法，也和中美条约约定协助调停的精神不符。应当照会美国公使遵照公法，撤回李让礼等人，严格禁止商船受雇运送士兵。日本没有正式文书照会，只把电报抄送上海道，说派员前往台湾查问，难保不会趁我方没有防备，突然闯入福建。应当先派遣兵轮水师，前往台湾各港口巡查警戒，另外调派数千精锐陆军，直接用轮船运到凤山、琅峤附近，择要地驻扎，预先防备。”随后日本兵船突然进攻台湾番社，分三路进兵，每路各五六百人。生番惊慌逃散，牡丹、高士佛、加芝来、竹仔各社都被焚毁。当时还有兵轮停泊在厦门。于是台湾宣布戒严，朝廷命船政大臣沈葆桢渡海到台湾布防。沈葆桢秘密上疏，提出办理外交、储备武器、培育人才、畅通消息四项对策。闽浙总督李鹤年也上奏陈述台湾地理形势，派遣水陆各营分赴凤山、澎湖等处驻守。

当月，日军继续攻打生番网索、加芝来等社，移兵胁迫龟仔角社，该社番民誓死不降。皇帝命福建布政使潘霨赶赴台湾，会同商议防务。五月，沈葆桢、潘霨带领洋将日意格、斯恭塞格抵达台湾，上奏陈述说理晓谕、布设防务、解除海禁等事项，全部得到批准。初八日，潘霨会同台湾兵备道夏献纶，以及洋将日意格、斯恭塞格等人，乘坐轮船从安平出海抵达琅峤，前往日军大营，会见中将西乡从道，出示沈葆桢的照会，大意写道：“生番居住之地归属中国已经两百多年，杀人者抵命，律法条文明确，就算是生番，也不能随意纵容。但这本是中国分内应当办理的事务，不该劳烦他国劳师耗饷。听闻贵中将突然用船只载兵，从不通商的琅峤登陆。台湾百姓惶恐，不知道哪里得罪贵国，致使贵国不顾条约？等到阅读贵中将送交闽浙总督的公文，才知道是因为牡丹社生番杀害琉球难民而起。就算琉球国力弱小，也可以自行申诉冤屈。即便贵国出于体恤邻邦的心意，也可以照会总理衙门协商处理。搁置多年旧案，连数日等待回文都不肯，其中是非曲直，想来不难明察。如今牡丹社已经残破，战火又波及无辜的高士佛等社。来文所说诛杀元凶，究竟指什么？所说攻打其核心巢穴，又是何意？帮办潘布政使此前在上海面见贵国柳原公使，已经协商约定退兵，本以为绝非空话。却听闻贵中将依旧在牡丹社扎营，还有将要攻打卑南社的传言。牡丹社是杀害琉球难民的一方，卑南社却是救助贵国难民的部落。以德报怨，想来贵中将绝不会做出这种事。只是贵中将送交闽浙总督的公文，提到佐藤利八在卑南番地遭到劫掠，恐怕传言未必没有来由。能够泅水逃生的难民，身上又有财物可供劫掠，世上哪有劫掠别人财物之后，还连续数月无偿供养俘虏的道理？就算认为地方官呈报的难民口供不足采信，贵国发来的致谢文书都还在，里面完全没有提到劫掠一事。贵国赏赐的陈安生，正是卑南社生番头目。如果要奖赏此人，又要诛杀这个部落，贵国未必会有这样的政体。两国友好盟约，记录在盟书之中，应当永久信守。本大臣坦诚直言，献上浅见，恳请高明裁断并给予回复。”潘霨再次前往日军大营，西乡从道托病不见。潘霨和夏献纶于是派人传召各社番目，一共十五个社的头目前来，翻译宣讲公文大意，番民全都请求保护。于是令他们出具保证书，承诺遵守约束，不再劫掠杀人。潘霨等人宣示朝廷恩德，加以犒赏。番目等人全都请求朝廷设官管理，永久编入户籍。潘霨等人因为西乡从道不肯出面，准备返回。西乡从道这才前来会见，坚持声称生番地区不属于中国版图。等到出示《台湾府志》记载的生番每年缴纳番饷数额，以及各社出具的保证书，日军将领才语气缓和，表示愿意协商。请求派人搭乘我方轮船，一路前往上海送信给柳原前光，一路从厦门发电报回国，暂时停止增派军队。潘霨等人于是返回。

起初，日军驱逐牡丹社番民，占据当地。不久先后有两艘轮船抵达，一艘直接开往后山射藔港；一艘装载士兵二百人、妇女十余人停泊射藔港，携带粮食、生活用品、农具以及花草树木种子，在龟潭、后湾分地种植，做长期驻扎的打算。日军窥探我方兵力单薄，继续提出各项要求。沈葆桢奏请派遣水师提督彭楚汉带兵来台湾。日本随即增兵驻守风港。沈葆桢紧急命令营官王开俊从东港进驻枋藔，派戴德一营由凤山驻守东港作为后援。日本人水野遵进入猪朥索、高士佛各社，又从后湾修路直达龟山山顶，驻守风港的日军分兵驻扎平埔作为接应。日军翻译彭城中平前往琅峤，拜见委员周有基，询问中国四处布兵用意何在。周有基答复是巡查边境。沈葆桢照会日军将领，劝令撤兵。此时李鸿章也深深担忧台湾兵力单薄。等到沈葆桢请求调拨洋枪队，李鸿章随即上奏，派提督唐定奎率领淮军赶赴台湾协助布防。沈葆桢也上奏称：“澎湖是台湾、厦门的命脉，守备力量薄弱，没有精锐重兵，不足以提振民心、遏制敌军野心。恳请催促军队迅速前来，这样台湾、澎湖防务才能连通，金门、厦门各处防线也得以巩固。”朝廷下旨批准。潘霨又会同前任代理总兵曾元福等人前往凤山旧城招募乡勇，整顿地方团练。亲自前往海口打鼓山等处，勘察险要关口，修建营寨，等候淮军分兵驻守。

当月，柳原前光抵达北京，先拜见李鸿章。李鸿章派遣道员孙士达回访，嘱咐他到京城之后，不要提及军费索赔和觐见两件事。日本又派遣大久保利通入京。美国领事毕德格再次出面调停，劝说李鸿章依旧同意柳原最初提出的三条方案，外加抚恤遇害难民。

早先，日本人刘穆斋在花莲港遭遇风浪，船只破损丢失银两，声称遭到番民劫掠。沈葆桢命夏献纶传唤当地居民与船主审讯，查实并无劫掠失银一事。真实情况是日本人想要向生番租地，已经交付银元，番头目不肯接受，交易作罢，并且交出日本先前赠予的旗帜等物品。沈葆桢于是上奏：“中日条约第三条，禁止商民引诱土著；第十四条，约定沿海未经开放的口岸，外国船只不得驶入；第二十七条，船只驶入非通商口岸私自贸易，准许地方官查拿。台湾后山歧莱地区，属于中国管辖，并非通商口岸。这次前往歧莱的成富清风等人，持游历执照，引诱生番，全都违反条约。现已查实歧莱各社并没有偷盗银两的事情。收缴的旗帜、折扇等物件，当即送交苏松太道，转交驻上海日本领事收回，注销游历执照。日方违约妄为之处，应当由日本自行查办。同时抄录百姓、番民的供词与保证书，送交总理衙门，照会日本外务省，传令日本领事按章程办理，平息争端。”朝廷批准。下令尽快修建安平炮台，筹办铁甲战舰。后续下谕：“日本虽然没有正式开战，但长期对峙终究不是长久办法。如今淮军陆续抵达凤山，罗大春已经抵达苏澳、沪尾、基隆等口岸，调兵扼守。”沈葆桢于是进一步加强布防，日本方才打算撤兵。但西乡从道依旧拖延不肯立刻退兵，要求牡丹社方面赔偿军费。

柳原前光到北京之后，递交的照会内有“台湾生番属于无主野蛮之地，本不必过问于中国”的说法。柳原前光首先请求觐见皇帝。总理衙门责问：“台湾生番所在土地属于中国，不该称作‘无主野蛮’。你多次来京，没有和中国协商，为何谎称中国准许日本自行处置？”柳原前光进行答辩。经过长时间谈判，议定三项条款：支付抚恤白银十万两，再支付修路建房费用四十万两，约定时间撤兵、交付银两，互换相关文书。于是大久保前往琅峤，命领事福岛九成拜见沈葆桢，提出五件事：一，请派人办理交接；二，请撤销两国大臣往来相关公文；三，遇难者遗骨在埋葬之地立碑纪念，准许日本人日后登岸祭扫；四，今后台湾相关交涉事件，由中国官员交付厦门领事处理。沈葆桢鉴于和议已定，予以应允。唯独登岸祭扫一条，回复必须持有领事加盖印章的执照，祭扫完毕立刻返回。双方各自派员交接。事情了结，西乡从道率领日军撤离。

光绪元年八月，日本代理公使郑永宁照会中国，请求补正之前的条约。李鸿章令津、沪两道详细商议，逐条核查条约条文，致信总理衙门写道：“通商章程第二十八款，进出口税不能一概同等，日本进口税则第八十三条毛布一类，以及日出到日落期间不得开启锁舱，这些需要更正增补的内容，可以应允。但已经互换生效的条约文本，不便直接改写，只能由总理衙门另发照复，附印在章程后面。至于鸦片重罚条款，各国贸易已有通行惯例，可以酌情参照办理，不必增补入条约。查曾国藩预先筹划中日订约的奏折中也曾提到，日本国内严禁传教与鸦片，中国境内触犯相关禁令的华人，由中国派驻官员惩办，或者押解回本省审讯。而郑代理公使照会末尾提出，在日华人交由日本地方官管理，这样看来，中国派遣理事官一事，实在不宜继续拖延。横滨、长崎、神户三处华人最多，设置总理事官驻守最重要的口岸，各口岸挑选公正的华商首领担任副理事官，遇事协商处理，对中外大局有益，应当尽早落实。”总理衙门也认同这个意见。恰逢日本公使商议修改章程，想要仿照西方案例，对鸦片进口加倍重罚，李鸿章援引西方条例与之争辩，商议很久没有定论。

同年秋天，日本派遣使臣带领兵船前往朝鲜，轰击摧毁炮台，借口朝鲜炮台炮击日本船只，特派森有礼担任驻华公使，要求总理衙门发给护照，派人前往朝鲜，还想要代为递送文书。总理衙门坚决拒绝。李鸿章认为，应当由总理衙门致信朝鲜政府，劝其以礼接待，或者派遣使臣回访日本，辨明开炮轰击船只的原委，消解猜疑怨恨，平息事端。总理衙门随即派遣大臣前往询问朝鲜政府。朝鲜政府很不愿意和日本通商往来。日本公使森有礼拜见李鸿章，声称朝鲜不是中国属邦。并且提出三项条件：一，朝鲜以后接待日本使臣；二，日本遭遇风暴的船只，由朝鲜代为救助照料；三，商船勘测海上礁石，不要加以干涉。李鸿章答复，朝鲜是中国属国。这件事明显违背条约，中国岂能置之不问。森有礼急于促成日朝邦交，李鸿章劝他暂缓办理。

光绪二年八月，朝廷任命直隶候补道许钤身出使日本，计划设置理事、副理事各官员。日本公使森有礼拜见李鸿章，说中国商民向来由日本地方官管理。中国如果派遣领事前往，恐怕日本不会承认。李鸿章答复，同治十年《中日修好条规》第八条写明，两国约定的通商口岸，双方都可以设立理事官。如今按照条约选派理事官，日本凭什么不予承认？自从订约之后，日本在上海、厦门、天津设立领事，中国全部依照条约接待。两国对等，怎么能有所区别？森有礼于是不再争辩。

同年，日本在琉球驻军。福建巡抚丁日昌认为琉球距离台北基隆，水路航程不到一千里，请求统筹全局，防备日本窥伺，朝廷批准。光绪三年三月，日本因为国内动乱，前来请求借用士乃得枪弹一百万发，朝廷调拨十万发给予日本。五月，琉球国王秘密派遣陪臣携带咨文到福建，控诉日本阻拦琉球向中国进贡。闽浙总督何璟等人将此事上报，并告知出使日本大臣何如璋。何如璋前往日本外务省，和寺岛宗则协商，并且照会日本外务卿，日方拖延不予回复。光绪五年正月，日本人驱逐在日本的琉球官员，勒令返回琉球，派遣内务大丞松田前往琉球，废除琉球王国，改为日本郡县，勒令改用日本纪元。何如璋写信上报总理衙门，又亲自面见内务卿伊藤博文与外务卿，都没有得到明确答复。当时美国前总统格兰特游历来华，之后将要前往日本。李鸿章于是将琉球之事托付给他调停，格兰特慨然答应出面斡旋。格兰特到日本之后，提出琉球群岛本可分为三部分：中部岛屿留给琉球，拥立国王复国，中日两国各派领事保护；南部岛屿靠近台湾，划为中国属地，划归中国；北部靠近萨摩岛，划归日本，希望以此平息争端。但日本坚持声称琉球是本国属国，将琉球改为县制属于日本内政。格兰特提议另行派遣大员会商。李鸿章于是告知总理衙门，照会日本外务省，请日本另派大员来华谈判。日本却要求中国派大员前往东京，或是仿照光绪二年在烟台开会谈判。李鸿章坚决不同意。

恰逢俄国因为条约废改一事，和中国挑起争端。詹事府左庶子张之洞上奏：“俄国依仗日本作为后援，应当迅速联络日本。商务谈判中，可以应允的条款尽早应允，只要让日俄互不支援，俄国方面的危机自然受阻。”朝廷收到奏折，于是顺从日本公使宍户玑的请求，议定将琉球南部宫古、八重山二岛划归中国，同时加入内地通商、享有各国利益均沾的条款。宍户玑又提出，日本正和欧美各国商议提高关税、管理侨民两项事务，美国已经应允，请求一并写入条约。总理衙门认为日本尚在和各国谈判，等日本与各国条约议定之后，双方再酌情商议，暂时不一并写入条约。已经大致议定，右庶子陈宝琛上奏，认为中俄交涉即将定局，琉球一案不宜仓促了结，中日条约不可轻易批准。两江总督刘坤一、出使日本大臣黎庶昌、内阁学士黄体芳也各自上书提出建议，最终都没有落实。光绪八年十二月，李鸿章再次和总理衙门商议琉球案，打算按照此前议定的中国保留琉球封贡的方案了结，依旧没有定论。

光绪十年九月，日本公使榎本武扬请求准许在登州、牛庄两处口岸运输豆饼。朝廷认为条约中没有这项权利。李鸿章说：“同治元年总理衙门顺从英国公使请求，暂时放开豆类出口禁令，一旦放开便难以禁止。同治八年，上海洋商雇佣轮船直接从牛庄装运大豆运往长崎，当时总理衙门传令总税务司查禁议罚，没有成功。此后豆类粮食大量流入日本。等到中日订立条约时，豆禁已经开放十年。日本公使援引旧例请求。只可以准许在其他通商口岸购买转运，登州、牛庄两处，仍然坚持不允许。榎本公使这次请求只针对豆饼。中日通商章程写明条约到期，两国才可以协商修改。现在还没有到修订期限，如果委婉推辞暂缓商议，等到日后修订商约时再讨论，似乎可行。如果日方反复纠缠，可以酌情通融，但声明原约其余条款照旧遵守，在羁縻安抚之中，保留限制的用意。”

恰逢朝鲜爆发内乱，日本以保护使馆为名出兵，又借口中国士兵开枪打伤日军。光绪十一年正月，日本派遣参议伊藤博文作为全权大臣来华谈判，递交国书，拜见李鸿章。日本国书原文写有“商议处理此前案件，妥善协商善后办法”，李鸿章认为这句话涵盖朝鲜事件全部核心诉求。伊藤博文开会提出三项要求：一，撤回中国驻朝军队；二，惩处带兵将领；三，抚恤受害难民。李鸿章认为撤兵一事尚可商议，惩处将领、抚恤难民两项，据理力争，不肯答应。写信告知总理衙门：惩处将领、抚恤赔偿两项，就算不能全部驳回，最多酌情答应其中一项。但我方军队入宫保护国王，名正言顺，发生交战也是迫不得已，绝没有再加惩处的道理。伊藤博文坚持三项全部应允，李鸿章只同意撤兵，并且约定双方一同撤兵，伊藤博文应允。吴大澂拟定四条方案交给伊藤博文：一，两国一同撤兵；二，朝鲜各营练兵，可以聘用若干中国武官，约定年限，期满撤回；三，今后朝鲜境内中日商民争端，日本派员查办不得带兵，中国同理；四，朝鲜如果发生内乱，朝鲜国王请求中国派兵，与日本无关，事变平定之后立即撤兵，不再留驻。伊藤博文不认可，拿出自己拟定的五条条款：一，约定今后中日两国永远不派兵驻守朝鲜；二，此前条约条款不影响两国战时权利；如果其他国家和朝鲜开战，或是朝鲜发生叛乱，不在本条约束之内；三，今后在朝鲜发生中日两国交涉，或是一国与朝鲜交涉，两国各派官员会商；四，朝鲜训练军队，由朝鲜自行挑选他国武官一名或数员教习；五，两国驻朝军队，在条约画押盖印之后四个月之内全部撤离。李鸿章认为伊藤博文拟定五条，核心意图是约定日后双方永远不得派兵入朝鲜，予以辩驳拒绝。不久皇帝下谕：“撤兵可以应允，永远不许派兵一条不能应允；至于教练军队，必须约定两国都不派员前往。”李鸿章接到谕旨之后，和伊藤博文再次会商，将原先五条修改为三条：一，议定两国撤兵日期；二，中日两国都不派员到朝鲜教练军队；三，朝鲜发生重大动乱事件，两国或其中一国打算派兵，应当预先互相行文通知。就此达成协议，惩处将领、抚恤难民两项依旧没有答应。只是当时日军确实被我军击败，有伤亡，李鸿章于是照会日本，表示惋惜，并且自行发文告诫本国官兵，说明这是个人训诫，和国家层面无关。三月初四，双方立约签字，这就是《中日天津会议专条》。

光绪十二年五月，日本公使盐田商议修订条约。李鸿章认为应当暂缓，致信总理衙门说：“日本朝廷正在和欧美各国改订条约，应当等日本和各国谈妥之后，我国再商议，这样可以参照西方条约条款斟酌办理。琉球旧案也应当一并协商了结，避免两国长期心存隔阂，请总理衙门斟酌定夺。”不久长崎兵捕互斗案爆发，修约之事暂时搁置，琉球就此归属日本，不再讨论。

光绪十三年正月，盐田见长崎案件已经了结，催促商议修约。总理衙门仍旧令李鸿章复核。李鸿章说：“原条约分为《修好条规》、通商章程两部分。条规开篇写明彼此信守，永久不变。通商章程第三十二款写明现行章程十年可以修订。也就是说章程可以协商修改，修好条规没有修改的说法。通商章程大体上和西方条约差别不大，只有第十四、十五款，禁止日本人运洋货入内地、赴内地收购土货，这是最关键的条款。当年伊藤博文、柳原前光为这两项条款极力争辩，我坚持没有修改。现在日方条约草案第一款，先是说遵守本国通商章程，又说遵守清朝和各国订立的通商章程，暗含利益均沾的意图，实质想要删除第十四、十五款，事关重大，请暂缓商议。”此时伊藤博文刚刚执掌日本政权，仍然希望中国派遣全权大臣谈判，最终没有谈成。

光绪二十年三月，朝鲜东学党起义爆发，朝鲜向中国求援，中国派兵前往，日本随即也派兵入朝。李鸿章致电驻日公使汪凤藻，向日本政府提出抗议，日本依旧持续增兵。动乱平定之后，驻朝道员袁世凯照会日本驻朝公使大鸟圭介，援引条约，提议双方同时撤兵。日本外务省提出三项方案：一，中日两国军队共同平定朝鲜内乱；二，动乱平定之后，两国各派委员驻守汉城，监督朝鲜财政与吏治；三，募集公债，作为朝鲜改革经费。总理衙门电令汪凤藻回复，大意是朝鲜内政，应当由朝鲜自主改革，他国不应干涉。日本政府回复汪凤藻，声称朝鲜不具备独立资格，日本出于邻邦情谊，不得不代为筹划救助。随后又提出两项条件，宣称无论中国是否同意提案，日本军队绝不撤退。中国主张先行撤兵再谈判，日本坚持要议定方案之后才撤兵，双方长期僵持不下。

七月，日本正式宣战，误击英国商船高升号。当时在中国的日本侨民，由美国领事代为保护；在日本的中国侨民，也委托美国保护。美国公使调停无效。战争爆发之后，提督叶志超、卫汝贵驻守平壤、牙山，军队先行溃败，左宝贵战死，北洋海军随后战败。日军渡过鸭绿江，九连城、凤凰城、金州、海城、大连、旅顺、盖平、营口、登州接连失守，又攻破威海卫，袭击刘公岛，提督丁汝昌投降，北洋军舰全军覆没。

起初日本目标只在朝鲜，到这时却要求中国割地赔款，指名索要台湾，还提出四项条件：一，派遣大员前往日本议约；二，赔偿军费白银五亿两；三，割让旅顺以及凤凰城以东土地；四，朝鲜成为自主独立之国。光绪二十一年正月，朝廷派遣张荫桓、邵友濂赴日本议和，日本拒绝接见。于是再次任命李鸿章为全权大臣。李鸿章抵达日本，日本任命伊藤博文、陆奥宗光为全权大臣，在马关谈判，一个多月没有议定。李鸿章随后被日本刺客刺伤，朝廷任命其子李经方为全权帮办大臣，最终议定条约十一款：承认朝鲜独立，割让辽南与台湾，赔款白银二亿两，并且准许日本在内地通商、内河行驶轮船、在华制造土货等事项，约定临时停战。

张之洞、刘坤一等人听闻消息，紧急发电极力反对。俄国邀约法国、德国劝说日本归还辽南。日本急于索取台湾。朝廷下旨命台湾巡抚唐景崧交割台湾，台湾百姓群情激愤，想要奋起抵抗，援引万国公法抗争。朝廷迫于形势，又因为王文韶、刘坤一上书坚决反对，于是下谕说：“新订立和约，割让两处土地，赔款二亿两，日本人坚持不接受条件就不停战。连日朝中大臣上奏，都认为和约绝不可批准。当前局势万分紧迫，和战两件大事，利害攸关，应当迅速决断。”命大臣直陈意见。又令李鸿章致电伊藤博文请求展期。李鸿章回复，和约已经电奏批准，如果改约重谈，只会加速决裂，请求先行批准互换条约。于是派遣道员伍廷芳、联元等人前往烟台换约。原定期限四月十四日。伍廷芳等人抵达烟台，日本公使伊东美久治催促尽快换约，限定十四日申时完成。伍廷芳驳斥，停战期限到十四日子时为止，日方只得稍稍放宽时间。亥时条约互换完毕，伊东美久治随即启程回国。恰逢台湾民变，民众打算拥立唐景崧、刘永福守卫台湾，请求各国依据公法，公平裁决。日本于是派遣水师提督桦山资纪赴台湾，限期交割。朝廷任命李经方为交割台湾大臣。李经方到澎湖，在船上与桦山资纪完成交割。自此台湾归属日本。

不久商议归还辽南，日本派遣林董为全权大臣，和李鸿章谈判，辩论很久没有定案。后来议定六款：一，归还辽南土地；二，中国追加军费赔偿三千万两；三，交款之后三个月以内日军撤兵；四，宽免日军占领期间，所有和日方有往来的中国百姓罪责；五，汉文、日文文本释义有分歧时，以英文为准；六，两国批准文书，自签字盖印之日起，在北京互换。另订立专条，约定议定之后五日内互相通知，加快办理。这就是《中日辽南条约》。

此前中日新约第六款所列条款，如苏州、杭州、重庆、沙市增设口岸，准许日本人自由往来；第二款，日本轮船可以驶入各口岸载客运货；第三款，日本臣民可以在中国内地购买工业品或土产；第四款，日本臣民可以在中国境内制造各类工业品，还可以进口各类机器，只缴纳进口税；日本在中国境内制造的一切货物，征税标准等同于从日本运入中国的商品。朝廷认为这些条款损失大量利权，想要尽力挽回。恰逢通商行船章程即将开启谈判，命内外大臣筹划商议。廖寿丰、谭继洵、鹿传霖都上奏陈述意见，张之洞的奏疏尤为恳切直白，拟定十九条办法，电送总理衙门代为上奏： “一，宁波口岸没有设立租界，洋商居住之地在江北岸，称作洋人寄居地，巡捕等事务，全部由浙海关道出资雇佣洋人办理。如今日本新开苏州、杭州、沙市三处口岸，地处内地，和海口不同，应当参照宁波章程，不设立租界名目，只划定地界四至范围，称作通商场。地方百姓的管辖权，仍然归中国；巡捕、缉捕匪盗、修路等事务，都由地方官出资募人办理，不准日本人自行设立巡捕，以免侵犯我方地方主权。 二，制造货物，本应只限定在通商口岸，中文条文容易产生可以在内地建厂的歧义，必须更正。‘任便’二字范围过宽，应当议定限制条件。 三，在产货地区张贴告示，货物必须先行缴纳坐商厘金，才准许售卖。无论洋商、华商，一体执行。日本人在内地收购土货，只可以临时租赁栈房存放，不准自行开设商行，也不准直接向散户收购，防止侵夺产地坐商的厘税，同时杜绝华商冒用洋票逃避厘金。 四，在内地收购土货，允许租赁栈房临时存放，不准购买土地房产、悬挂商号招牌。收购的土货，必须外运出口，不得在内地转售。洋货运入内地，只准许大宗批发，不准零售。租赁栈房需要缴纳地方公共摊派费用，和华人房屋同等摊派。 五，日本人在内地制造商品，货物出厂后征收一次正税；运出通商地界，无论销往内地或是出口海外，再征收一次半税。 六，通商章程善后条约第二款所列各类器物食品进口，各通商口岸自用可以免税，原本只供洋商在口岸自用。如果作为商品转售，应当按值百抽五纳税，不能借口家用物品混同免税。 七，日本轮船不准贩运食盐。 八，米粮、铜钱不准贩运出境。 九，军火禁止贩运，没有官方采购执照，不准进口。 十，日本轮船不准拖带民船，防止借掩护偷逃厘金。 十一，日本内河轮船，船体尺寸、航行时段应当设置限制，避免冲撞民船。 十二，日本轮船只准许在指定口岸装卸人员货物，不允许沿途停靠装卸货物、搭载乘客。 十三，内河轮船征收船钞，税额要高于长江航船，用来疏浚河道。 十四，日本人进入内地买卖货物，不准剃发改换中式装扮，一经查出，按奸细比照华人治罪。 十五，雇佣华人做工，按日发放工钱，由工人自愿受雇，不得签订强制工期，压迫、鞭打虐待工人。 十六，进口机器建厂制造商品，不得危害百姓生命安全，方可批准，不能拿‘任便’作为借口。 十七，船只不是日本商人购置，商号借用日本资本，不得悬挂日本国旗；冒用国籍包庇走私，查获后船只没收充公。 十八，工厂如果藏匿犯罪华人，地方官一面通知领事，一面派人进厂抓捕，厂主不得包庇。厂主若认为当事人无罪，需要按照西洋惯例缴纳保证金，等候审讯时交出嫌疑人。 十九，工厂内华工闹事，损毁机器厂房，地方官只惩治罪犯，不予赔偿。如果只是罢工这类小事，由厂主自行调解，官府不予干预。”

朝廷于是任命张荫桓为全权大臣，和日本使臣林董商议商约。林董递交条约草案四十款。张之洞致信总理衙门，请求驳斥，全权大臣另行拟定条约文本和林董谈判，多次拖延，没有谈妥。同年开设苏州商埠，日本人想要立刻开通内河行船，总理衙门认为租界没有划定、海关没有设立，行船条件不足。日本又想要在租界内设立巡捕、工程局等机构，总理衙门援引宁波章程，再次不予准许。

光绪二十二年正月，商约谈判开启。张荫桓驳斥删除日方原稿九款，修改七款。只有第三十四款，日本官民财产涉讼，享受最惠国待遇；第三十五款，日本商民相关事务，待遇等同于中国臣民、中国船只货物以及各国最优待国民；第三十六款，其他国家官员、船货、人民所享有的利益，日本同样一体享有。这三款，在日本旧约中原本没有利益均沾的权利，不宜强硬拒绝，于是参照中英条约第二十四款，合并为一条，删掉这三款单独条文，达成协议。当初《马关条约》准许新开四处口岸，写明参照原有海口与内地市镇章程办理。中国希望采用宁波模式，日本坚持效仿上海专管租界条款，最终不得不应允。

同年开放四处口岸租界。最初划定沙市租界，因为地势低洼，日方要求中国修筑堤坝。中国认为不符合各国通行惯例，予以拒绝。日方又索要汉口德国租界之外，沿江长三百丈土地作为租界。中国答复，索要土地位于规划铁路用地范围之内，不能应允；只同意在德国租界一千丈以外，临近铁路处，划出三百丈土地作为租界。并且写入两项条款：一，这片临近铁路江岸的土地，日本须在一年内自行修筑堤岸防护；二，租界内已经被铁路征用的土地，在划定面积之内，仍然归铁路总公司管理，互不干扰。当年三月，日本公使到总理衙门，请求沙市租界划定之前，日商货物暂时免征厘金，朝廷准许。

当月，寄居沙市的湖南百姓，和招商局发生冲突，大火蔓延烧毁日本领事馆。驻沙日本领事永泷向日本公使矢野申诉，最先提出五项索赔要求，之后又改为四条：一，索赔白银一万八千两；二，八万六千余两的沿江筑堤费用，两国各承担一半；三，租界内道路无偿使用，免除租金；四，租界内土地租金酌情核减。张之洞当即致电总理衙门：第一条索赔一万八千两，可以答应赔付一万两；第二条八万六千余两筑堤费双方各半，对双方都有利，可以应允；第三条租界内道路免租可行，但土地地价不能免除；第四条租界地租酌减，可以同意。此案很快了结。五月，准许中国商民居住在日本专管租界，参照德国租界先例。六月，驻沙日本领事请求地价减半，道路沟渠占地地价只缴十分之一，得到准许。七月，朝廷下令选派学生赴日本留学。十月，日本公使矢野再次请求中国南北洋、湖北三处，各派武备学生前往日本学习。

光绪二十六年春天，义和团兴起，接连杀害日本使馆书记生杉山彬、德国公使克林德，各国纷纷出兵。日本福岛正安领兵赶赴天津。六月，跟随各国联军攻打天津城。七月二十日，联军攻入京师。当时朝廷已经紧急召李鸿章进京，李鸿章尚未抵达，京城已经陷落，慈禧与光绪两宫出逃。日本外务省电告李鸿章等人，商议中国善后事宜。福岛正安请求庆亲王奕劻尽快返回京城，奕劻被任命为全权大臣，与李鸿章一同议和。恰逢盛京将军增祺私自和俄国订立临时条约，日本外务省提出，各国和约尚未议定，不能单独订立私约，俄国条约应当交由各国共同商议，英国、德国也持相同立场。日本劝说俄国，俄国始终不肯听从。之后祸首已经惩办，《辛丑条约》订立。朝廷因为日本使馆书记生杉山彬遇害，特地派遣户部侍郎那桐作为专使，赴日本致歉。本次赔款总额四亿五千万两，日本分得三千七百九十三万一千两。日本坚持俄国不从东三省撤兵，中俄私约应交由各国公议。

光绪二十八年三月，日本领事小田切奉本国政府命令，拜见张之洞，传达五件事：一，告知阻拦中俄私约的经过；二，劝说中国收购洋药；三，劝说两江、湖北联合上奏，改革东三省官制章程；四，想要和中国商人合办银行；五，打算和招商局合作，拓展江海航运。随后又提出三条商约议题：一，美国公使不同意增加关税，日本立场和美国一致；二，开放长沙、常德口岸；三，准许大米出口海外。张之洞逐条辩驳，并且将谈话内容送交商约大臣吕海寰等人审核商议。不久，日本商税谈判代表日置益、小田切送来新约十款，大多是加税免厘、内河行轮、开放口岸、自由居住、中外合股等特殊权益。当时正在和英国谈判商约，中国只愿意应允英约已经同意的条款，英约没有应允的一律不答应。多次谈判没有结果。九月，改派伍廷芳担任商约大臣，加派袁世凯参与谈判。关于加税免厘，日本不同意像中英条约一样加到值百抽十二五，只同意值百抽十；还要求从日本进口的煤炭、棉纱以及全部棉织品一律免税，这和中英条约差距很大，中国不予同意。第三款川江拖轮设施、第四款内港行轮与船舶修补章程、第七款中日商民合股经营、第八款商标保护、第九款修订国币，这些都是英约已经约定的内容，予以同意。又在商标条款内协商增加版权保护；在内港行轮条款之后，增加照会声明，往来东三省的轮船同样适用内港章程，无法驳回。除此之外，第五款要求开放多处口岸、第六款口岸城镇准许外国人随意居住、第九款第二节整顿度量衡、第十款请求大米出口，全部驳斥拒绝。日本公使内田康哉到外务部会谈，再次提出北京开埠、加税免厘、大米出口三项，想要在北京和张之洞谈判，其余条款仍在上海商议。当时张之洞正在京城，外务部答复不能两地分头谈判，谈判于是暂时中止。

十月，商议在比利时租界之外，增划日本汉口租界。起初日本索要三百方丈土地，中方只同意划出一百方丈，预留二百方丈留给中国公司使用。当时日本公使说明，如果预留的土地日后划给其他国家，日本仍然有权按原议索要剩下二百方丈。这次商议给比利时租界之后，仅剩土地大约三百丈，打算增拨一百五十丈给日本，依旧保留一百五十丈作为华商公司地界，留给中国官商自用。日本依旧争执不肯接受。日本提议设立两湖轮船公司，中外合股，最后没有办成。当月，上海的日军撤退。

商议修订通商条约。日本公使内田康哉与张之洞在北京会商，研讨磋商好几个月，才大体议定。张之洞随即致函总理各国事务衙门，称我方同意应允的共三件事：第一，按照各国成例统一提高关税；第二，查禁违背禁令的书籍报刊；第三，对在中国境内的日本民众予以优厚对待。经过辩驳谈判，删除日方索要的三项条款：第一，请求准许将米粮运出口岸；第二，准许日本人在各通商口岸、城镇随意居住；第三，开放常德府等九处通商口岸。有一条作为我方抵制日方索求的条件：各国保护铁路、使馆的军队全部撤走之后，北京才可以开辟商埠。有一款因为对中国商民有利、能够革除长久积弊，于是准许写入条约，即度量衡条款；参照上海议定的原有文本增删字句的，有统一国币条款、内地内河行轮条款、川江设置拖船条款；因为英国已有同类约定，故而同意订入条约达成协议的，是长沙通商条款。其余条款全部沿用上海议定的原文。又致函外务部以及吕海寰等人，说明中日商约中东三省开埠一款，写明全部参照中美条约的行文，只是把安东县改作大东沟，因为大东沟原本就是日方最初谈判索要的地点。后来日方又追加索要安东县，经过反复辩驳磋商，内田康哉才同意依旧删去安东县。于是谈判定案，光绪二十九年八月十八日在上海签字画押，这就是中日商约。这一年，和日本公使交涉索还之前借给日方的汉口大阪码头，最终没能收回。另外盛宣怀与日本签订汉冶萍矿石借款合同，借款总额三百万元，年息六厘，约定三十年还清，不直接交付现银，用矿石价款抵扣偿还。

光绪三十年，日本商人三井在汉阳铁厂采购生铁一万六千吨，恰逢日俄战争爆发，中国担心此事妨害局外中立的立场，准备阻止这批货物外运。这时日本领事永泷发来公函，称所订购外运的生铁，不在战时禁运物资之列，日本公使也来函声明，这批生铁用于工商业制造，不能当作战时禁货，于是中国准许起运。光绪三十一年，日本战胜俄国，两国进行和谈，清政府命令外务部照会日、俄两国：凡是牵涉中国的事务，如果没有中国参与商议，中国日后一概不予承认。这一年十一月二十六日，外务部庆亲王奕劻与日本大使小村寿太郎、公使内田康哉签订新约。正约共三款：一，凡是俄国转让给日本的各项权益，中国政府全部予以承认；二，中俄之间订立的租借土地、修筑铁路等相关约定，日本全部遵照条约履行；三，本条约一经签字立即生效。附约共十二款：一，中国自行在东三省开辟通商口岸；二、三，关于撤兵的相关事宜；四，日本承诺在撤兵前后归还所占据的公私产业；六、七、八，安奉铁路、南满铁路的修建事宜；九，另行议定奉天日本租界管理办法；十，在鸭绿江右岸设立中日合办木植公司；十一、十二，中日两国互相给予对方最惠国待遇。

光绪三十二年，日本设立南满洲铁道株式会社，并且在关东州设立都督府，另设置五名领事，总领事驻地设在奉天。除安奉铁路之外，还有间岛领土主权争议、抚顺煤矿、新法铁路、营口支线、新奉与吉长两条铁路借款等诸多事务，先后由东三省总督赵尔巽、徐世昌以及外务部尚书袁世凯与日本公使交涉争议，长期没有定论。

光绪三十三年三月，外务部大臣那桐与日本驻京公使林权助签订中日新奉吉长铁路协约，共七条：一、二，中国以日金一百六十六万元赎回日本已经修建完工的新奉铁路；新奉铁路辽河以东后续工程，以及吉长铁路自建工程所需款项，都向南满洲铁道会社借贷一半资金。三，除还款期限另行规定外，其余全部参照山海关内外铁路借款合同办理。条约又列出六项核心约定：甲，借款偿还期限，辽河以东段十六年，吉长铁路二十五年，期限未满不得提前清偿；乙，借款以铁路产业与运营收入作为抵押，在本息还清之前，不得将该产业用作其他借款的抵押物；中国自行筹款修建其他铁路，与南满洲铁道会社无关；丙，借款本息由中国政府担保，若到期违约，由政府代为偿还，或将铁路产业交由该公司临时接管；丁，借款存续期间，总工程师必须任用日本人，另增设一名日本铁路账房；戊，遇有军务、赈灾事务，政府经由各铁路运送兵员与粮食物资，不收取运费；己，各条铁路的运营收入，存入日本银行。四，与南满洲铁道会社订立辽河以东段借款合同，以及吉长铁路借款合同。五，中国的新奉、吉长两条铁路，都要与南满铁路联通，双方派员共同商定管理章程。六，借款实际交付的折价，参照中国近期同其他国家订立的借款标准酌定。这份条约签订之后，日方又要求将吉长铁路延长到延吉厅南部边境，和朝鲜会宁铁路连通，并且参照吉长铁路的先例，向南满铁道会社借贷半数资金修筑。清政府没有应允，此事便成为悬案。

光绪三十四年，日本公使突然提出安奉铁路案，要求尽快解决。早先在满洲善后协约附约中，约定安奉铁路依旧归日本经营，改为工商业用途铁路，规定自这条铁路竣工之日起，以十五年为经营期限。到这时日方重新提起此事。邮传部于是派遣官员，与日方委员会一同勘测改良后的新线路。日本政府又要求，线路勘测划定完成之后，立刻收购土地。东三省总督锡良只允许在原有线路基础上改建，同时要求日本撤走铁路守备军队、铁路警察等武装人员，日方不肯答应，下令铁道会社自行开工，在海陆两地布置警备力量。清政府于是命令锡良会同奉天巡抚程德全，与日本奉天总领事签订安奉铁路协约，此事发生在宣统元年七月。协约要点如下：一，中国确认此前两国委员共同勘测划定的线路，陈相屯到奉天这一段，由两国另行协商确定；二，轨道规格与京奉铁路相同；三，本条约签字当日，就协商购地以及所有细则；四，本条约签字次日，立刻加紧施工；五，铁路沿线的中国地方官府，应当妥善协助工程施工。

没过多久，间岛争端再起。早先康熙年间，清政府与朝鲜划定国境，在鸭绿江、图们江源头的长白山上树立界碑，约定西边以鸭绿江、东边以图们江作为两国国界。图们江中有江通滩，土地面积不到两千亩，因为地处江中，四面环水，所以称作“间岛”。这片土地历来隶属于吉林。只是皇室将长白山一带视为发祥之地，禁止百姓移居，因此吉林东部人烟稀少，间岛愈加荒僻。同治年间，朝鲜钟城发生饥荒，很多朝鲜百姓渡过图们江迁居到间岛，每年向我国光霁峪经历署缴纳地租。光绪初年，朝鲜人突然请求免交地租。清政府考虑此事关乎领土主权，下令朝鲜人撤出间岛，没能办成，于是设置延吉厅来管辖此地，依旧允许朝鲜百姓在间岛居住，照常缴纳地租。

日俄战争结束之后，日本统监伊藤博文命令斋藤中佐带兵占领间岛。清政府和日本公使交涉，日本公使声称光霁峪以东为东间岛，和龙峪一带为西间岛，属于两国未定边界。还称长白山上界碑记载以土门江为界，朝鲜人把海兰河叫作“土门河”，图们江称作豆满江，并不是“土门江”，中朝两国的国界实际是以海兰河为界。中国方面辩驳：“土门”“豆满”“图们”都是同一个读音的不同音译，图们江北岸的界碑矗立在此，证据确凿。而且光绪十三年，朝鲜国王致信北洋大臣，声明鸭绿江、豆满江为两国边界，足以证明豆满江就是土门江，坚持不认可日方说法。到这时，日本公使伊集院彦吉与外务部尚书梁敦彦重新提起旧案，签订间岛条约：一，中日两国约定，以图们江作为中朝两国国界；江源区域以界碑为起点，沿石乙水划界；二，中国准许外国人在龙井村、局子街、头道沟、百草沟等地居住贸易，日本可在这些地方设立领事馆；三，中国允许朝鲜民众在图们江北岸开垦土地居住；四，在图们江北垦地居住的朝鲜人，服从中国司法管辖权，归中国地方官管理、审判；中国官吏对待这些朝鲜民众与中国人同等看待，纳税以及所有行政处置，都与中国人相同；五，朝鲜人的诉讼案件，由中国官吏依据中国法律公正审理，日本领事或者委员可以随时到庭旁听；若是人命大案，则必须预先通知日本领事到庭；如果中国存在违法判案的情况，日本领事可以申请复审；六，图们江杂居区域内朝鲜人的财产，由中国地方官如同保护中国百姓财产一样予以保护；江两岸两国百姓可以自由往来，但是没有护照公文，不得携带武器过境；七，中国将吉长铁路延长至延吉南部边界，与朝鲜会宁铁路连通，所有规制办理方式和吉长铁路一致；八，本协约签字之后，日本统监府派出所以及文武人员，在两个月之内全部撤离。条约订立之后，清政府任命吴禄贞担任延吉边务大臣。

之后商议五案协约，即新法铁路、营口支线、抚顺与烟台煤矿、安奉铁路沿线以及南满铁路干线沿线的矿务五项交涉。新法铁路，指新民屯到法库门的铁路。清政府原本打算借用英国款项修筑这条铁路，用来削弱南满铁路的势力，日本声称这条线路是南满铁路的竞争线路，极力提出抗议。营口支线：光绪二十五年，东清铁道会社约定修建旅顺至哈尔滨的铁路，获准修建营口支线，用来运输筑路材料，铁路完工之后应当拆除。日俄战争之后，南满铁路划归日本，清政府要求日本拆除这条支线，日本不肯答应。抚顺煤矿，位于奉天城东六十里。日本公使主张这片煤矿属于东清铁路附属产业，相关矿利应当归日本所有。清政府认为矿区距离东清铁路三十里以外，不认定它是铁路附属财产，日本公使不肯接受；烟台煤矿也一同成为悬案。借着安奉铁路交涉的机会，双方订立协约如下：一，中国如果修筑新法铁路，应当事先和日本商议；二，中国准许日本保留营口支线，待南满铁路条约期限到期时一同交还，并且同意将这条支线延长到营口新市街；三，中国承认日本拥有开采抚顺、烟台两处煤矿的权利，日本承认两处煤矿开采产出的煤炭向中国纳税，只是税率参照中国其他地区最低煤税标准另行协商划定，矿区边界以及全部章程，另行委派官员议定；四，安奉铁路沿线以及南满洲铁路干线沿线的矿务，除抚顺、烟台煤矿之外，遵照光绪三十三年东三省督抚与奉天日本总领事议定的大纲，由中日合办；五，京奉铁路延长到奉天城根这一段，日本没有异议。自此，东三省的整体局势发生重大变化。

吉长、新奉两条铁路的借款细则，不久也商议确定。在这之后，锦齐铁路、渤海渔业权与领海、鸭绿江架桥、南满铁路附属电线、收购日本辽东方面军用电线以及旅顺芝罘之间海底电线等交涉事件接连发生。锦齐铁路，就是从锦州经过洮南通往齐齐哈尔的铁路。日本原本允许中国自行修筑，但是要求昌图到洮南这一段铁路由日本修建。等到满洲各项协约订立之后，英、美两国争夺锦齐铁路的借款权，多次与中国交涉，事情都中途受阻。渤海渔业与领海交涉：光绪三十二年起，中国向关东渔业团体征收渔税，日本领事多次提出，居住在关东的日本人拥有满洲沿岸捕鱼权；日本渔团为逃避赋税，全部到距离海岸三海里以外的海面作业。东三省总督锡良通告日本领事，三海里以外的海面属于中国领海，应当依照中国渔业法规征税。日本领事主张三海里以外属于公海，提出反对。鸭绿江架设桥梁，用来连通满洲与朝鲜，双方约定依照安奉铁路契约，十五年之后将桥梁售还给中国。南满铁路附属电线，原本是中国架设，被日本占据，后来日方占用作为公用线路，中国交涉抗争没有效果。另外日俄战争期间日本在南满洲架设的军用电线，战争结束之后本应由中国出资收购，日本起初抗拒，后来才同意由中国收购。旅顺到芝罘的海底电线，原本由俄国铺设，战争期间全部中断。到此时，日本要求依靠这条海底电线连通芝罘的日本电报局，被中国拒绝。最终约定，距离芝罘海岸七里半以内的一段归中国所有，其余全部归日本。之后又出现日俄协约的商议，东三省局势再次发生重大变动。