卷九十一（万历七年九月）
九月初一（甲辰朔）
升任江西右参议王希元为福建提学副使。
河东巡盐御史冯寰上奏：苦池滩是盐池泄水的关键区域，原本并非可耕种之地。自正德二年淤平后，因奸民争夺耕种不均，将其投献给晋王府，每年收取租税不过二百两银子；若归还给运司管理，则关系到二十万两国家盐税。请求严厉谕令晋王府不得听从奸人挑拨，下令运司对该滩地时常加以修缮疏浚，保护盐池。户部覆议后，皇帝依从了。
九月初二（乙巳）
皇帝亲临经筵。
修缮显陵裬恩殿，任命户部主事韩济负责，下令限期完工，不得虚报费用、浪费财力。
兵科给事中赵世勋参劾右府掌府事定国公徐文璧，称其刁难应袭爵位者、向所属官员索取财物，私设文簿，名为“堂食钱”，又称“红纸钱”，请求严厉禁止革除，以惩戒贪婪。皇帝下旨：因徐文璧是勋臣旧族，保留其官职，仅要求革除长期存在的弊端，作为今后的规范。
升任河南佥事刘东星为陕西右参议，驻札金州；升任山西右布政使吕鸣珂为江西左布政使；升任福建右参政王元敬为山东按察使；升任江西佥事周思敬为江西右参议。
任命宣府巡抚标下中军都司朱永祚为定州领军游击。
九月初四（丁未）
孝恭章皇后忌辰，祭祀景陵，派遣怀柔伯施光祖行礼。
皇帝亲临文华殿讲读。
升任广东道御史王藻为河南副使；升任四川按察使梁问孟为山西右布政使；升任江西副使郭孝为福建右参政；升任河南御史王应吉为陕西右参议；升任南京福建道御史王许之为浙江佥事；升任宁州知府石汉为江西佥事；升任江西道御史李荩为山东佥事。
蓟镇总督右都御史梁梦龙上奏，列出所属武职官员王吉、杜桐等三十二人的贤能与否，给予不同的赏罚，皇帝准许执行。
九月初七（庚戌）
皇帝亲临文华殿讲读。
升任浙江右参政胡定为四川按察使；升任四川右参议刘一孚为江西副使。
两浙巡盐御史李栋核查商议原奏中仁和等盐场应减追的引价银三千九百余两，计划用绍兴所加征的余盐银二千两抵补，仍有不足；又查得华亭、上海等盐场各新增的沙涂升科、票税等项银二千五百余两，用这些款项补充后还有结余。户部覆议后，皇帝批准了。
巡抚山西都御史高文荐上奏：苛岚一州靠近边境，遭受战乱伤残，百姓疲惫困苦，所拖欠的屯粮、牛具银及王府粮、民粮等款项，难以追征。户部覆议后，皇帝准许减免。
九月初八（辛亥）
准许给予大同镇马价银一万二千两，以备明年通商的本金。
升任左春坊左谕德陈思育为国子监祭酒，照旧担任经筵讲官。
九月初九（壬子）
因重阳佳节，赏赐元辅张居正、次辅张四维、申时行等上等酒食、珍贵菜肴。
升任江西副使吴从宪为浙江右参政；升任广东佥事马千乘为四川右参议。
朝鲜国王李昖派遣陪臣李塈等正从三十五人赴京庆贺，朝廷设宴款待，依照惯例执行。
辽东建州左等卫的女真族人，都督等官大疼克等共一百二十六人，准备一百二十六匹马赴京朝贡，朝廷按照惯例给予赏赐。
九月十一（甲寅）
皇帝亲临文华殿讲读。
任命湖广行都司军政佥书白玉为广西都司掌印。
起用原任广东副使胡同文为江西副使；任命四川道御史张友舜为广东佥事。
九月十二（乙卯）
皇帝亲临经筵。
凤阳府宿州有越狱强盗高寅等三十一人，当时就被擒获，九人逃脱。巡抚江一麟参劾兵备朱东光、知州郭腾、巡捕孔源洙、邵椿等人，给予罚俸的处分。
阅视宣大、山西的给事中姚学闵上奏论述三边八件事，大致称：积累钱粮，宣府、山西最多，大同次之；修缮险要关隘、训练兵马，大同、山西最好，宣府次之；开垦屯田、整治器械、整理盐法、收买胡马，山西最优，大同、宣府次之；分散叛逆党羽，大同最成效显著，山西、宣府次之。这是三镇八件事的大致情况。其总督、抚按及寺道、将官等，勤勉懈怠不同，奏请分别给予升赏、处罚、革职。皇帝依从了。
皇帝使用大婚时的龙袍，命令太监孙隆提督苏杭等府的织造事务，谕令他体恤民力。于是孙隆上奏：“连日降雨，空气潮湿闷热，请求将被雨水打湿、沾染灰尘的袍段，按照惯例解送进京，免去退换，以免累及百姓。”皇帝依从了。
九月十三（丙辰）
因霜降节气，祭祀各陵寝，派遣侯伯等官员各自行礼。
派遣陕西道御史郑锐前往真定巡按。
调神枢二营练勇参将尹志萃为分守山西河曲县地方参将；任命分领总督宣大标下右掖兵马游击刘宝为宣府东路游击。
九月十六（己未）
大同督抚官侍郎吴兑请求在大同聚落城改设守备官，仍将该城现任操守张世杰升任署指挥佥事，以都指挥佥事的身份担任聚落城地方守备。兵部覆奏后，皇帝准许了。
刑部覆核刑科都给事中周良寅所陈述的朝审事宜：一是朝审人员，每年霜降以前，将现押的重犯，会同部院司寺及锦衣卫堂上官、科道掌印官进行朝审，五府带俸勋臣及带俸副将等官也参与其中，目的是广泛听取意见。如今商议，带俸、带衔官员平时没有掌管刑罚政务的职责，不应参与朝审。二是申明禁令等事，查往年判决重犯，仅由参与判决的官员具本复命，没有其他措施。如今该科建议刊刻榜文，在要道公示，以警示众人，无非是让百姓畏惧罪责、远离刑罚。奏疏呈上后，皇帝批准了。
建州左卫的女真族人，都督大疼克、八汗等三批共二百三十八人，各自赴京进贡，朝廷设宴款待，依照惯例执行。泰宁等卫右都督只儿挨等派遣头目升合儿等一百七十八人，准备一百七十八匹马赴京庆贺万寿圣节，朝廷给予赏赐，马价银、绸缎等都依照惯例。
任命原任古北口参将谷承功降为蓟辽保定右营游击。
九月十八（辛酉）
皇帝亲临文华殿讲读。
任命协守蓟镇东路副总兵孙朝梁为协守辽阳地方副总兵；调分守浙江宁绍参将欧继宗为神枢二营练勇参将；任命河南都司佥书李维藩为昌平永安车营游击。
蓟镇所属少数民族长昂等，因要挟赏赐未遂，阻拦前来进贡的少数民族马匹，该镇奉旨停止对他们的安抚赏赐。至此，长昂等率领部众到关前补贡，督抚梁梦龙上奏称其“悔罪归服，请求允许通贡、恢复赏赐，以体现保全生灵的仁政”。兵部覆奏后，皇帝准许了。
升任墙子岭提调陈蚕为署都指挥佥事，担任蓟镇统领南兵游击；调大同入卫游击鲍宗德为宣大游击。
九月十九（壬戌）
总督仓场尚书汪宗伊上奏：每年漕粮的轻赍银约有四十五万九百两有余，详细陈述四款建议，户部覆议后施行：一是盘剥费用，大致称运官沿途克扣盘剥，到京完粮时支用轻赍银，虚报损耗数额较多，想要酌情给予，意图是裁减冗余费用以补充储备。但查轻赍银两每年分三分给运官，以备沿途挖浅贴补等费用，七分解送通库，准备各帮完粮使用。此前漕臣吴桂芳认为这一办法很便利，如今若提议只给一分，恐怕长途运粮若遇到浅滩，无钱可用。应当酌情调整，分为二八分，确定给二分以资助挖浅，八分存入仓库支用完粮。至于扣省的盘剥费用银多少，应根据水势浅深随时估量，斟酌确定，难以用固定条例约束。二是完粮费用，大致称京、通、密云、天镇等各仓的完粮银两，虽根据粮食多少增减，但费用数额固定不变：京仓用银一十五万二千八百二十四两有余，通仓用银三万七千二百八两有余，昌平用银一万七千八十两有余，密云用银九千五百三两有余，天津用银八百九十八两有余，蓟州用银一千四百五十八两有余，不分改兑名目，仅根据数量多少给予轻赍银支用，避免彼此有多余或不足的问题。但轻赍银两各地不同，所有折算扣除，应当取多补少、相互调剂，若随意拟定比例，难免有增减参差不齐的情况。应将起运粮石按照原定额的改兑数量，酌情分派，凡编排帮口、领取粮食，都以全卫全所为单位，不必像以前那样搭配分派，导致难以管理。三是扣省费用，大致称轻赍银扣除盘剥、完粮后剩余的部分，按例有扣省，如车户、经纪的脚价等约八项，由坐粮厅查扣存入仓库，年终解送太仓，总计京仓、通仓、密云、天津、蓟州共扣省银一十一万九千八十八两有余。如今规定每年照例解送仓库，确实有利于边储，但不得挪用侵费，亏损国家财政。四是羡余费用，大致称除盘剥、完粮扣省之外，又有羡余银约三万七千三百七十六两有余，其中一分解送淮安，二分给予军士。过去这些银两被运官侵吞，贫困士兵得不到实惠，如今想要革除这一弊端，将现有的旗军点名发放，已返回南方的则扣除储存，另议宽恤运军的办法，确实有见地。但革除“议单”一款中，运粮官在粮完后按等级赏赐羡余银，起粮无拖欠的先给一分，完成文书手续后给一分，这既是旧例，仍应遵行。然而办法施行久了就会产生弊端，应再申明禁令：把总指挥、千百户的赏银根据职位高低确定多少，士兵则根据路程远近、船只多少分为三等，分别赏赐；若已返回南方的，就扣除存入通库，等候次年查核发放；若有巧立名目、搜刮索取的，治罪惩处。皇帝都批准了。
户部覆核漕运侍郎江一鳞、总兵官灵璧侯汤世隆等条陈的漕政三事：一是征收解送船料，全国有运船一万二千一百余只，转运漕粮四百万石，数额不可缺少。因杭芜二厂及各省直等所解送的料匠银拖欠一十六万二千余两，导致造船不足、数额短缺。如今商议，将多年拖欠的尽数豁免，近年拖欠的附带征收二分，当年应缴的全额解送，以资助造船；对征收、科派、造船完成的官员记录功劳，不足额的予以处罚，分别赏罚以警示懈怠者，确实是妥善的调停办法。二是漕粮开仓时间，此前漕臣设立“漕单”，根据水次远近、兑粮多少、过淮路程，限定日期注明在单上，运粮官持单催粮，有关部门唯恐兑纳稍迟，提前在九月开仓。早收获的还可仓促办理，晚收获的则需加倍付息借贷缴纳，难免出现用劣质粮食充数、敷衍塞责的弊端。如今商议，根据节气闰月、地方情况早晚确定期限，填写在漕单上，征收粮食有固定期限，赴兑没有延误，确实是漕政的紧急要务。三是附带土产，旧例粮船可各自附带土产，目的是优待体恤旗军，让他们有生活费用，不至于侵损正粮。但议单上写明仅限四十石，是担心船重难行、延误漕运，因此若有多带的，立即没收充公。如今商议每船准许附带六十石，是因为军士生活有保障，正粮就不会受损，因此酌情增加数量、稍微放宽处罚，无非是体谅漕卒、谋求漕运顺利。皇帝下旨：以十月开仓，其余都依照所议执行。
九月二十（壬戌）
任命副总兵职衔的分守福建南路参将郭坚为镇守南直江南副总兵；任命统领蓟镇德州秋班官军游击陈伯怿为振武营游击。
九月二十一（癸亥）
泰宁卫少数民族头目升合儿等共一百七十八人赴京庆贺万寿圣节，朝廷设宴款待、给予赏赐，依照惯例执行。
任命副总兵职衔的分守蓟镇参将白福为协守蓟镇东路副总兵；任命大宁都司佥书曹师彬为神枢十营佐击；升任大同左卫守备李联芳为大同入卫游击；升任福建都司掌印梅应魁为分守福建南路参将。
罗旁两山等残余贼寇突然杀人抢掠，副总兵陈璘、罗定兵备道侯应爵及东安县知县萧元冈等都应依法论处。总督两广侍郎刘尧诲因“两省联合围剿的事宜正在商议中，且各官长期任职当地，熟悉地形”，上奏请求免于追究，令他们振作精神任职，以图后续立功。兵部覆奏后，皇帝依从了。
九月二十三（乙丑）
皇帝亲临经筵。
巡抚都御史贾应元参劾大同后卫都指挥同知吕凤鸣搜刮军士钱财，按贪赃枉法罪判处远戍。
调分守龙固二关参将陶世臣为分守蓟镇参将；调分守浙杭嘉湖参将董汝梅为分守蓟镇地方参将。
泰宁等卫右都督只儿挨派遣头目小羊儿及自来都指挥等官干抹秃等一百四十四人，准备一百四十四匹马，补贺万历六年万寿、长至二节。因补贺过期，按例应革除赏赐，但督抚众臣称其“与黄达有仇，因形势所迫难以远行，导致延误，事出有因”，因此设宴赏赐仍依照惯例。
九月二十四（丙寅）
建州右等卫的女真族人都督八当哈等赴京进贡，朝廷设宴款待、给予赏赐，依照惯例执行。
总督两广侍郎刘尧诲会同巡按御史龚懋贤条陈四事：一是禁止私自出海，以杜绝私下交往的团伙；二是核查编录海船，以查究接济贼寇的奸人；三是稽查保甲，以清除接济的源头；四是查验商船，以防有人混入作乱。巡抚福建都御史耿定向会同巡按御史敖鲲各自条议五事：一是清查船只、稽查货物；二是编刻船号、核对通行凭证；三是核查保甲、禁止接济；四是商船分批出洋、酌留船只防守；五是漳湖地区互相关照、稽查船只。户部覆议认为这些都是闽广沿海的重要事务，皇帝依从了。
任命大宁都司佥书李燧为神枢五营佐击。
升任蓟镇擦崖子关提调莫矜功为署都指挥佥事，任职大宁都司佥书。
巡按广东御史龚懋贤提议围剿罗旁两山残余贼寇，户部覆议称“收兵不久，又提议调兵征发，确实不易办理，只应相机招抚归降，尽心筹划，以完成此前的功业；若有顽固抵抗的，秘密进行围剿抓捕，诛杀首恶、赦免胁从，以瓦解其团伙”。皇帝依从了。
九月二十五（丁卯）
皇帝亲临文华殿讲读。
辽东行太仆寺少卿乔应春商议马政三事：一是驿递负担过重，马匹是为了征战操练准备的，并非供驿站使用。此前因该镇遭遇大饥荒，驿站无法支撑，暂时调拨马匹接济，竟沿袭成惯例。如今商议申明现有条例，凡擅自调拨和擅自骑用的，依照京边事例一体降级，仍责令赔偿。二是挑选调换方法不当，挑选精锐马匹本是为了壮大军力，但换防时，有的只选人不选马，有的只选马不选人，那么马匹肥壮瘦弱没有奖惩，士兵多规避责任、懈怠喂养，弊端沿袭，绝非军政良策。如今商议在选调换防时，责令本营官在本军家中选择壮丁补役，不许各营家丁擅自兑换马匹。三是处罚规定不明确，马匹倒毙后罚俸有固定额度，但查核后，若有已购买补充且比之前稍有增加的，仍一概处罚，无法起到劝勉作用，反而让人更加懈怠。如今商议以上次清点的倒失数量为标准，根据完成和亏欠情况，酌情处罚或免除；若完成数量多的，酌情给予奖励；若倒失未购买补充又再次倒失的，每年年终查核覆参。兵部覆请后，皇帝依从了。
升任南京小教场管操指挥佥事李应麒为游击，分守浙江杭嘉湖地方；调分守辽东锦义右参将王有臣为分守龙固地方右参将；任命江西都司佥书张应科为福建都司掌印。
九月二十六（戊辰）
皇帝亲临文华殿讲读。
巡抚都御史胡执礼、巡按御史田乐上奏勘察苏松二府所属太仓、吴江等十州县的灾情，各有等级，除存留钱粮按惯例减免外，还希望将漕粮全部改折银两，已征收的五分减免，以及钞关、赃罚银两全部留下用于赈济。户部覆议依照嘉靖年事例，将今年额定的存留钱粮如数减免，皇帝批准了。
九月二十七（己巳）
授予庶吉士庄履豊、陆可教、杨德政、冯琦、杨起元为翰林院编修；授予顾绍芳、何雒书、沈自邠、余继登为翰林院检讨；授予张鼎恩、史继辰、张养蒙、费尚伊、高尚忠、万象春为六科给事中；授予王国、甘雨、李植、马象乾、汪言臣、曹一鹏、张文熙为各道御史。
河南提学副使李向阳因被巡按御史苏民望参劾“徇私枉法、任性作威”，下令革职回籍。
起用原任河南提学副使衷贞吉为河南副使。
升任宣府龙川所守备路登云为大宁都司佥书。
兵部上奏推举京城巡捕右参将刘印，酌情升任副总兵职衔，分守辽东锦义地方。皇帝下旨：“锦义地方现正有虏寇警报，刘印在巡捕任上屡次失事，又曾被停俸捕贼，不许升任。”
九月二十九（辛未）
皇帝亲临文华殿斋戒，赏赐三位辅臣上等酒食、珍贵菜肴。
苏松等下属县邑遭受水灾，田地荒芜、赋税拖欠，皇帝下诏将各驿站的马价减免十分之四，并停止征收此前拖欠的部分。
赐予云南巡抚右都御史升任兵部右侍郎王凝祭葬，依照惯例执行。
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