明穆宗庄皇帝实录卷之十八
隆庆二年三月初一辛亥日，孝肃皇后忌辰，派遣安平伯方承裕前往裕陵祭祀。
甲寅日，陕西庆阳、西安等府，山西蒲州、安邑等处，河南裕州等十三州县及襄城、新安等县，郧阳、宁夏、汉中等地均发生地震。
陕西西宁卫出现“天鼓鸣”（天空中出现类似鼓声的异响），汉中府南郑县降下土雨（尘土随雨降下）。
乙卯日，从太仆寺调拨马匹六百五十匹、马价银七千八百两给蓟镇。
根据广东巡抚李佑的请求，在广东惠州府和平县岑冈等处设立社学（乡村启蒙学校）。
丙辰日，升任刑部右侍郎洪朝选为刑部左侍郎；顺天府府丞吴时来为南京都察院右佥都御史，提督操江（掌管长江防务）；通政使司右通政姜宝为南京国子监祭酒；调任南京吏部右侍郎郑世威为刑部右侍郎。
下令将密云兵备佥事张守中调往极边地区，以永平兵备副使张学颜接替其职务。张守中此前因墙子岭战事失利被降为佥事，不久后巡抚佥都御史刘应节上奏称张守中有修筑边墙的功劳，请求恢复其原职，与张学颜对调。总督侍郎曹邦辅弹劾张守中：“当初降级时，张守中自行陈述功劳，有怨恨不满之心，不应恢复原职。”同时弹劾刘应节徇私用人。吏部回复商议：“总督、巡抚都肩负边镇重任，应同心协力，而刘应节不先与总督商议，擅自上奏请求，确实不符合办事体制，应告诫刘应节，今后重大事务必须会同总督商议，不得固执己见妨碍大计。张守中恃才放旷，应仍以佥事身份调往极边地区。”穆宗听从了吏部的建议。
升任陕西布政使司左布政使靳学颜为太仆寺卿；山东按察司按察使熊桴为浙江布政使司右布政使。
升任翰林院编修林士章为国子监司业（国子监副长官）。
从太仓调拨白银一十二万两至大同镇，并督促河南、山西缴纳尚未完成的民运本色、折色粮草。
根据山西督抚等官的请求，将山西布政司按惯例解送太仓的白银六万四千余两作为雁门三关的军饷。
丁巳日，命大同入卫游击将军钱楝仍以“为事官”（戴罪办事的官员）身份兼任山西太原右参将事务。
大同总兵孙吴率军出边，在乱子山袭击敌军，与参将方琦、游击张铎、坐营刘经一同斩杀敌军三十四人，缴获马匹七十五匹返回。事情上报后，穆宗下令赏赐孙吴等人银币。
戊午日，恢复已故太子太保、兵部尚书毛伯温的原职，允许其退休。起初，毛伯温在先朝被罢官为民，后根据诏书恢复为闲住状态。至此，其子毛楝担任中府都事，任职期满考核合格，按惯例请求恢复毛伯温原职，因此有这一任命。
升任提督四夷馆（掌管少数民族及外国语言翻译的机构）太常寺少卿赵灼为通政使司右通政，提督誊黄（负责誊抄诏旨）；南京通政使司右参议顾存仁为顺天府府丞；山东布政使司右参政周世远为山东按察司按察使。
南京户部尚书刘体乾等人上奏：“湖广、江西、南直隶各府拖欠本部白银共计一百四十万余两、粮食八十九万六千余石、绢布共计三十四万八千余匹，请求责令各布政司督粮官、直隶郡县正官按时征收缴纳，对懈怠玩忽者，由部臣及总督南粮都御史弹劾上奏，参照户部的惯例处置。”穆宗予以准许。
从太仓调拨白银十八万两至辽东镇，作为主兵、客兵的军饷。
根据辽东巡抚的举荐与弹劾，任命险山参将李成梁为副总兵，仍掌管参将事务；革除长勇备御戴冠的职务，交由御史审问。
任命贵州都司佥书署都指挥佥事孙克谦掌管本都司事务。
此前，穆宗下旨命太监李佑前往监督苏杭织造（负责宫廷丝织品制作），工部上奏：“不久前陛下已颁布诏书召回织造宦官，朝廷内外都称颂圣德，如今诏书墨迹未干，却又派遣织造使者，实在令人震惊。请求下令巡抚、巡按官依法监督织造，罢免李佑的派遣，不要违背信用、损害节俭美德。”穆宗说：“已有既定命令，催促给予李佑敕令，让他立即出发。”于是都给事中孙枝、御史郝杰各自上奏：“近来东南各府赋税徭役繁重，财力枯竭，即便宫廷服饰器用有固定数额，但工匠差役、物料摊派的费用实际上难以计数。且内侍（宦官）声势显赫，地方官员奉命供奉唯恐不及，所有供应费用都出自百姓膏血。希望陛下采纳工部大臣的建议，以缓解东南百姓长期的困苦。”穆宗均回复“已有旨意”（未予采纳）。
当日夜间，延绥保宁堡的旗杆出现火光（异常天象）。
己未日，从太仓调拨白银五万一千余两至延绥镇，五万一千余两至固原镇，三万三千余两至宁夏镇，四万一千余两至甘肃镇，作为主兵、客兵的军饷，并补充工本盐引（用于盐税折算的凭证）的不足部分。
四川巡抚都御史陈炌请求将本省应解送京城的白银二十万两运至陕西，抵偿太仓每年调拨给陕西边镇的军饷，以节省长途转运的费用。穆宗予以准许。
记录招抚被敌军掳走人口的功劳，恢复大同总兵孙吴的署都督佥事官职，照旧镇守大同；升任中路参将刘国一级官职，赏赐白银十两；宣府总兵马芳赏赐白银二十两、彩币一表里。
保定府新城县天空中出现雷鸣般的声响，降下两块黑色陨石。
当日大风扬尘，遮蔽四方。
庚申日，因册立东宫，穆宗亲自前往奉先殿、世宗皇帝灵位殿、弘孝殿、神霄殿告祭，派遣英国公张溶、镇远侯顾寰、驸马都尉邬景和、安乡伯张鋐分别祭告天地、宗庙、社稷。
升任光禄寺少卿李键为南京通政使司右参议；浙江道御史凌儒为大理寺右寺丞；吏部文选司郎中武金为太常寺少卿，提督四夷馆；河南按察司副使鲍承荫为山东布政使司右参政。
南京户科给事中张应治上奏：“圣节（皇帝生日）时加恩辅臣、讲官，赏赐过于泛滥，应听任大臣们推辞，以彰显大臣的廉洁谦让之风。”穆宗认为张应治胡乱上奏、干扰朝政，严厉斥责后宽恕了他。于是大学士徐阶等人及尚书殷士儋各自再次上奏推辞新的任命，穆宗均未准许。
从太仓调拨白银五万六千余两至蓟州镇，三万八千余两至永平镇，二万三千余两至密云镇，二万七千余两至昌平镇。
将宁海县桑州驿迁移至关岭。
辛酉日，穆宗御临皇极殿，传布制书，册立皇子为皇太子，命成国公朱希忠为正使持节，大学士徐阶为副使捧册宝，前往文华殿举行典礼。册文曰：“听闻天下的根本在于嫡长子，掌管国家神器的重任归于长子。朕恭敬承受天命，继承统治大业，远考古代早立太子的制度，近察祖宗传承的典例，遵奉天序，端正储君之位。咨尔嫡长子，容貌纯粹温和，天资聪慧不凡，诞生时祥兆显于虹渚，早有承继皇统的征兆；在东宫修养品德，正合继承皇权的期望。因此授予你册宝，立为皇太子，在东宫正式就位。啊！能恭敬继承，才能延续姒姓（夏代）的传承；能奠定基业，才能预测姬姓（周代）的长久国运。你当效仿先贤的美德，坚定幼年的志向，勤勉学习春夏秋冬四季的学业以增长智慧，亲近左右前后的贤才以预先端正蒙养教育。使‘三善’（敬事父母、友爱兄弟、亲近贤才）完备，各项制度合乎正道，进一步延续宗社的长远福泽，满足天下华夷的敬仰拥戴。这样朕也将永远享有吉庆。钦哉！”当日，于是向天下颁布诏书：“朕思自古以来，帝王奉承天命治理百姓，想要弘扬永久的基业，无不尊崇确立嫡长子，预先确定储君，以巩固国家根本、凝聚百姓人心。我祖宗列圣开创基业、传承世序，太平盛世代代累积，都是遵循这一道理。朕承蒙上天眷顾，早早获得子嗣，长子英姿聪慧，资质温和文雅，仁孝之德早年养成，符合朝廷内外的期望。此前朕即位登基，文武群臣便以册立储君为由请求，朕因皇子年幼，未予准许。如今礼官又查考先朝典制，多次恳切上奏，商议一致，道理上难以再推辞。于是选择吉日，恭敬告祭天地、宗庙、社稷，授予册宝，立为皇太子。上以供奉九庙神灵的统绪，下以满足万民拥戴的心愿。盛大典礼完成，普天同庆，特颁布恩泽，广施天下。现将宽恤事宜通告如下，各该巡抚都御史督促下属核查催缴：一、宗室子女请求命名、册封、选婚，王府核查清楚后，遵照新颁布的奏报格式直接上奏，礼部核查如无阻碍，立即题请回复；其中若有情况不明的，才行文巡按御史核查。此前已行文核查的，诏书到达之日，巡按御史迅速核查上报，以便题请回复。长史、教授等官若故意刁难拖延、造成失误，该部查出后参劾治罪。二、各地亲郡王及将军、中尉等，如有修身谨行、乐善好学、孝顺父母、尊敬兄长、敦睦宗族，足以劝勉世人的，允许各该抚按官据实上奏，予以奖励。三、累朝及现任公主所生子孙，有志向学的，允许恩荫一子进入国子监读书。四、天下祭祀典制中的神灵，是保护百姓的依靠，相关官员务必诚心恭敬地祭祀，坛庙如有损坏，立即修缮，不得轻慢。各地帝王陵寝及名臣贤士坟墓，若有人毁坏发掘，所在地方官立即修缮，并禁止砍柴放牧。五、自隆庆二年三月十一日黎明以前，所有官吏军民犯罪，除真犯死罪、十恶不赦、作战失机、贪污酷刑及潜藏京城窥探情报、假冒名义诈骗、侵吞各类钱粮的，均不予赦免外，其余已发觉未发觉、已判决未判决的，均予以赦免。若有胆敢以赦免前的事情告发他人的，以所告发的罪名治罪。六、浙江等布政司及南北直隶府州县，隆庆二年分秋粮，除漕运四百万石、南京仓粮、各地屯粮及起运的一切京边钱粮照旧征收起运外，其余留存地方的，均免除十分之三，以缓解百姓困苦。隆庆元年以前年份起运的钱粮，有因侵吞被揭发的，限三个月内缴清并获得批单的，均免除罪责，照常释放。七、南北直隶、浙江、陕西、河南、山东、山西的轮班匠价（工匠代役银），已征收入库的，截止数额起运；如有因贫困拖欠的，及顺天、河间一府拖欠的苇课（芦苇税），各布政司、南北直隶拖欠的年度砖价及每年应办的课税、本色黄白麻折色银，核查属于嘉靖四十五年以前的，均予以免除。若有匠丁死亡绝户、苇地被水冲毁无存的，相关部门仍需核查清楚，据实上奏免除。八、南直隶、浙江原派征的蓝靛、槐花、乌梅、栀子、红花等物料，已由工部招募商人购买送至织染局使用，今后均停止派征，不许相关部门重复征收，以优待百姓。九、两京文官从一品至九品，各给予应得的诰敕（荣誉文书）；此前已获得的，给予晋升本品勋阶一等；如品级相同但职衔不同，按现任职务改给；代理官职的，仍给予实授；试御史、试中书，待实授后各补给；有愿意将诰敕移封家人、追赠祖先的，听任自便；若此前已移封追赠，如今给予本人及妻子诰敕的，按相应规定办理。在外二品以下、七品以上的地方官员，不论是否考核期满，只要在任内曾被总督、抚按等官推荐两次以上的，也给予应得的诰敕；此前已获得的，在本品内晋升勋阶一等。十、两京三品以上文官，未及三年考核期满的，允许恩荫一子进入国子监读书。十一、文武官员五品以上退休在家，实际年龄六十岁以上的，各晋升官阶一级；二品以上退休大臣，年龄八十岁以上的，地方官上奏慰问；若有不属于因私罪被罢为民的，给予冠带闲住；闲住官员，给予退休待遇。十二、王府官员年老愿意退休的，晋升散官一级；长史任职三年无过错的，给予应得的诰命。十三、各边将领及各地军职官员，近来因督抚、巡抚、巡按、巡关、巡屯、巡盐等衙门升迁、任满，按惯例参劾的数量众多，频繁更换，导致官员无固定志向，荒废职责。各官务必虚心秉公，对各将领军职，除战事重大失利及贪污残暴特别严重的，随时参劾外，其余任职不久、无大过错的，应予以培养爱惜，不得苛刻指责轻易论罪。兵部也需酌情题请回复，以服众心。对那些被参劾题请未结案，但经推荐任用已立有功勋的，开列前后功罪轻重，是否相当，奏请裁定，不得一概提审。十四、各边将领等官，有一向富有谋略勇气、多次立下战功，偶尔因战事失利被革职闲住及充军等，年龄精力尚未衰退，仍可任用的，诏书到达之日，抚按科道官查访后列出姓名上奏，请求裁定。十五、军职官员有因班军、运粮逾期被参劾降级的，不论是否审讯结案，各该抚按官核查开列军队数量、粮食数量多少及逾期时间长短，分别上奏请求处理。十六、各地运粮官军，偶尔因火灾、水灾等意外损失官粮，非人力所能避免的，允许向所在官司陈述，核查清楚后上奏，将其家产变卖赔偿完毕，免除其本罪。十七、各地武官袭职，有超过十年文书仍未到部，按惯例不准袭职的，但考虑到路途有远近、年龄有老少、家境有贫富，一概革除袭职资格，未免埋没先辈的汗马功劳。兵部立即核查制定办法裁定。十八、各地仓官及收粮攒典（仓库吏员），驻守两年以上，发放粮食至一千石以下的，抚按立即委派官员核查交接，交给现任官员吏员接管，允许其离任，免除继续驻守等待交接的责任。十九、各地逃亡人户愿意恢复户籍的，均免除差役两年，里长不得骚扰。山东、淮扬、凤阳等处抛荒田地数量众多，允许众人向官府申请承种，仍免除粮差五年，之后才按常规缴纳。各州县有能招抚流民恢复产业及开垦荒田数量众多的，抚按官推荐提拔任用。二十、表彰义夫、节妇、孝子、顺孙，是为了劝勉风俗。近来各地官员将此事视为平常，富裕者则曲意保荐核查，贫困者终身无法获得表彰，如何劝善？今后不论贫富，如事迹属实，立即申报巡按御史核查结案上奏，以便表彰。相关官员如有拖延，治罪。二十一、军官、旗军、将军、力士、校尉、舍人、余丁，因事被判处立功、瞭望哨卡的，除前款规定不予赦免的外，其余全部释放，恢复原职役；按惯例应带俸差操的，仍不许掌管军队事务。其中有立功未满而去世的，子孙免除减俸处罚。二十二、大汉将军（宫廷护卫军）侍卫两年半以上的，给予冠带；四年半以上的，授予试百户；侍卫二十年以上的，也均给予冠带荣誉。二十三、各地儒学生员，有父母年老无人侍奉，愿意申请回家侍亲的，听任自便；父母去世后恢复学籍。那些多次参加科举未中、年龄五十岁以上愿意申请退休的，允许保留生员衣巾终身，仍免除杂役。二十四、各地逃军、逃匠、逃囚等，在京城的限一个月内前往通政司自首，在外地的限三个月内前往所在官司自首，均免除其罪；军人返回原卫所，工匠仍服匠役，百姓释放回家。二十五、在京在外缉获强盗、传播妖言、奸细等，多有贪图功劳、谋取利益的人及无赖番役（缉捕差役）胡乱捉拿拷打、诬陷重罪的情况。今后问刑衙门务必据实仔细审讯，如有冤屈立即分辨处理，不得造成冤情。二十六、朝廷设立问刑衙门，专为昭雪冤屈、清除滥刑，近来问刑官多有喜好树立名声、故意严酷用刑、徇私报复、诬陷良善的；还有一种奸民，明知自己犯罪难免，故意牵连他人，导致案件常年无法判决，无辜之人被拖累致死。今后在京在外问刑官，务必以怜悯之心处事，使刑罚适中、罪罚相当，不得歪曲法律、刻意罗织罪名造成冤屈。如有以冤屈申诉的，务必虚心核查，公正分辨。接受的诉讼案件，除强盗、人命按惯例应检验及土地田宅按惯例应勘察的，均照旧办理外，其余仅允许提审关键人犯，迅速审理判决，不许一概拘禁。二十七、凡政治得失、军民利弊，允许众人直言不讳。啊！确立太子如同上天赋予治理重任，进一步巩固万代的宏大基业；颁布诏令广施恩泽，以延续君主的福庆。布告天下，使众人皆知。”
南京给事中张应治、御史尹校各自弹劾原任江西右参政李佑、陕西左布政使杜拯，称其冒名晋升巡抚，应予以罢免。吏部酌情商议后请求处置，穆宗下旨：李佑回籍听候勘察，杜拯调往南京担任其他职务。
南京吏部尚书吴岳因年老患病请求退休，穆宗不允，令其照旧任职。
任命统领并大二道民兵游击将军署都指挥佥事牛相充任北楼口参将；升任八角堡守备指挥佥事陈勋为署都指挥佥事，充任大同入卫游击将军。
修缮皇史宬（皇家档案库）。
壬戌日，因册立东宫典礼完成，穆宗御临皇极殿，文武群臣上表称贺；皇太子在文华殿东廊就座，群臣上笺行礼祝贺。
免予命妇入朝庆贺。
赏赐五军、三千、神机三大营，京卫、外卫现役官军，及侍卫带刀值班的锦衣卫、府军等卫，御马监及武骧左等四卫的官舍、将军、旗军、勇士，午门等门及正阳等九门的官兵：每人白银一两；锦衣卫左等所的官员：每人绢一匹；旗校、军奴及各监局服役的军匠：每人米一石；内府服役的民匠、光禄寺厨役：每人米七斗。
升任礼部郎中范惟丕为光禄寺少卿；涿州知州王之弼为山东按察司佥事。
兵部回复总督陕西侍郎王崇古关于边事的条陈：其一，延绥、宁夏、甘肃、陕西四地巡抚，过去仅令其纠察将领，不参与战事，因此不给予旗牌（军权象征）。如今已需指挥将领、统领标兵，应重新撰写敕谕，参照山西、宣大及江南用兵的惯例，各颁发旗牌，使其能够以军法处置事务。其二，延绥西路至花马池连接宁夏后卫，绵延五百余里，前后增设将领四人，边务繁杂，但负责管理监察的仅靠靖边道管粮通判，巡视难以周全。宁夏东路从黄河东至花马池后卫三百余里，虽有通判分管钱粮盐法，但宁夏兵粮道也远在镇城，且花马池、定边二营位于延绥、宁夏中间，军费浩大，依赖大小二池的盐利。虽已命河西道参议管辖，但该道还分管延安、庆阳二府，难以远距离控制，因此盐利每年减少。应专门设立定边兵备盐法副使一人，令其驻守定边营，与副总兵、花马池参将相互配合，东起延绥西路旧安边，西至宁夏萌城，由其管理，专门负责大小二池盐法及修缮边务。其三，延绥本地士兵因购买马匹、被追捕科派，负担过重，因此编入户籍的百姓逃亡迁徙。应令各守巡道督促延安、庆阳的清军官，核查户口、田地粮食，制定标准：粮食二十石、人丁较多的人家，令其购买一匹马，马匹死亡立即补充，不得拖延；其次的人家每两年购买补充一次；再次的每三年购买补充一次；粮食十石及五丁以下的人家，免除购买马匹，仅承担军役，每年征收军装银五钱。其四，请求让边将长期任职，以稳定将领选拔。其五，请求给予入卫军队的马价银，以体恤边军疲劳。其六，请求优待入卫的兵马，不让他们承担修边任务，以备战守。其七，请求酌情留存延绥入卫兵马，以巩固重镇防守。其八，请求谨慎选拔操守等官，以加固边堡。其九，请求详细勘察核实，以确保赏罚公正。其十，请求放宽法律约束，以激励臣下节操。穆宗下令按此建议执行。
此前正月间，敌军三千余骑兵驻守红城子、石棚沟等处，从庄浪飞石崖入侵西宁、河州境内，劫掠熟番灵藏、宗剌等部族，不久后撤退。于是总督王崇古弹劾上奏：西宁参将朱清、河州参将刘霈未凿冰据守险要，使敌军得以渡河；入庄浪参将汤鼎、洮岷参将薛奎及总兵刘承业、革职副总兵张弼防守无方，使敌军获利离去。事情下发兵部，拟定诸位大臣的罪状，同时进言：“巡抚石茂华正因守丧离职，而接替者王轮尚未到任，应催促其尽快赴任；请求以原任参将李世威代替汤鼎，兴武营协同闻三接代替薛奎，原任参将吴凤代替朱清。”穆宗表示赞同，下令催促王轮赴任，剥夺刘承业一个月俸禄，革除汤鼎、薛奎的职务，与张弼一同交由御史核查上奏。
癸亥日，永乐年间，尚膳监在韩家川冷泉设有羊房，至景泰年间迁移至西琉璃窑厂，共有牧地十三项四十一亩，又设置司牲司官吏及军士守护，每年花费数千两白银。至此，光禄卿赵锦请求将羊只供光禄寺使用，司牲司的官吏、军士均应裁撤。太监孟冲等人上奏争辩，穆宗听从了孟冲等人的意见。
当日黄雾遮蔽四方。
甲子日，是武宗毅皇帝（朱厚照）的忌辰，在奉先殿举行祭祀礼，派遣新宁伯谭国佐前往康陵祭祀。
因举行廷试选拔天下贡士，任命少师兼太子太师、吏部尚书、建极殿大学士徐阶，少傅兼太子太傅、礼部尚书、武英殿大学士陈以勤，少保兼太子太保、礼部尚书、武英殿大学士张居正，少傅兼太子太傅、吏部尚书杨博，少傅兼太子太傅、工部尚书雷礼，户部尚书马森，詹事府掌府事、礼部尚书兼翰林院学士殷士儋，兵部尚书霍冀，都察院左都御史王廷，刑部右侍郎洪朝选，通政使司通政使李一元，大理寺左少卿李邦珍，翰林院侍读学士诸大绶担任读卷官。大学士陈以勤因儿子陈于陛参加考试，请求回避，穆宗不允；陈以勤再次上奏恳切推辞，才获准许。于是侍郎洪朝选、通政使李一元也因弟弟、侄子参加考试，均不参与读卷。
因永平府昌黎、抚宁二县及抚宁卫、山海卫、东胜左卫左所遭受敌军严重摧残，所有留存的钱粮全部免除，起运的钱粮已奉诏免除十分之五，再免除剩余部分的五分之三，这是采纳了抚按官刘应节等人的请求。
乙丑日，穆宗对天下贡士进行策问，制书曰：“朕思统治天下者，振兴教化、实现安定，治理方法固然众多，但重视根本、发展农业，整治军队、完善防备，是其中的重要方面。《尚书》说‘先要知道耕种收获的艰难，才能享受安逸’，又说‘要整治你的军队，以登上大禹治理过的土地’。周成王刚亲自处理政务时，周公就恳切地以此告诫他，其用意深远啊！朕承蒙上天眷顾，得以继承大业，自思寡闻愚昧，未能明察事理，曾恭敬诵读我太祖高皇帝的耤田谕、成祖文皇帝的务本训，才知晓帝王基业兴起的原因、百姓生活的不易；等到阅览《祖训》中记载的居安忘危的告诫，又日夜警惕。如今朕亲自率领臣民在南郊举行耕耤礼，又多次敕令边吏谨慎巩固边疆，广泛寻求制服敌军的长远策略，也是希望能做到知晓艰难、整治军队，以弘扬我二位先祖的光辉业绩。但虽然典制已施行，实际政务却未落实；督促虽勤勉，军事防备仍松弛。天下游手好闲、懒惰懈怠的人众多，未能全部回归农业。如何才能使百姓都致力于农业根本，不失去谋生之业呢？自从屯田、盐法败坏，商人与农民都陷入困境，边地储备缺乏，如今想要恢复这些制度，过去的办法还可沿用吗？丑虏（对蒙古的蔑称）凶狠，每年都有警报传来，如何才能重创他们，使他们不敢再窥探边境呢？议论者有的说应作战，有的说应防守，有的想停止调兵，有的想训练本地士兵，策略应如何决定呢？朕日夜思考安定边疆、平定祸乱的计策，没有比这些更急迫的了，但施行后却无成效，原因何在？或许是关键之处未能振兴实施，因此人才缺乏实用，功业难以完成？你们各位士人长期熟悉当代事务，应深刻领会我皇祖留下的训诫与谋划的深意，如有可便利百姓、有益国家的建议，明确告知朕，朕将采纳施行。”
恩荫已故兵科都给事中何光裕之子何俨为国子生，因何光裕当年因进言劝谏在朝廷上被杖责致死。
此前嘉靖四十四年四月，敌军突袭攻陷黄甫川堡，杀害二百八十余人、仓官一人；九月侵犯镇静堡，参将鲁聦战死，损失将士二百余人；四十五年六月攻陷笔架城，劫掠极为严重，官军追击后敌军才撤离；七月进逼安塞县城，分兵劫掠延安府北关及东西两川；八月进入甜水墩等要塞，杀害三十六人，总兵郭江等人战死，又损失六百余人；隆庆元年正月，敌军侵犯小芹河墩，部分士兵攻入，总兵郭琥与之交战击退敌军，追击出边时遭遇埋伏，伤亡相当；二月攻打清平堡，游击郭钧等人坚守，敌军未能攻克，于是撤退；三月敌军攻打康家寨，守备王铎等人追击，有斩获之功，王铎中箭身亡，敌军又进入榆科涧，游击高天吉与之交战获胜；八月敌军五千骑兵从芦沟山入侵，总兵赵岢及高天吉等人将其击败，敌军又进入常乐堡，再次被击败。前后奏报均下发御史核查，至此御史杨鉁上报此事，弹劾镇抚薛鞫、指挥陈保、通判王尚贤、参将李希靖、千户田养贤等人各自的失事罪状，以及其他功罪相抵者，并陈述原任总督霍冀、巡抚王遴、总兵赵岢、副使杨锦等人修缮边墙的功劳。兵部回复奏请，穆宗下令赏赐霍冀等人银币，王遴遇空缺时优先推用，薛鞫、陈保贬谪戍边，王尚贤罢官为民，李希靖革职，田养贤等人均交由御史审问。
起初，广东贼寇曾一本突然抵达雷州，参将魏宗瀚、王如澄、缪印率领水军与之交战，战败，贼寇俘获缪印及把总俞尚志离去，官军死亡八百余人。不久后，贼寇放回俞尚志，请求招抚，随后又侵犯明军，交战数日，守备李茂材中炮身亡，明军再次战败。事情上报后，兵部回复：“新任总兵郭成尚未到任，而广西总兵俞大猷一向威名远扬，请求令其暂时前往处理军事，前总兵汤克宽等人的罪责不止于革职，应令其戴罪立功，副使姚世熙等人也应议处惩罚，魏宗瀚等人应充任为事官，以图后续功绩。”穆宗表示赞同，下令暂时调俞大猷处理广东战事，事毕后返回原镇；汤克宽戴罪立功赎罪；姚世熙等人剥夺一个月俸禄；催促总督张瀚等人迅速筹备军粮，严格督促将领限期剿灭贼寇，以安定地方。
任命原任沈阳游击将军署都指挥佥事宿仰辰充任辽东海盖左参将。
丙寅日，调任南京工部尚书裴宇为南京礼部尚书。
起用吏部右侍郎林树声恢复原职。
升任兵部右侍郎谭纶为兵部左侍郎兼都察院右佥都御史，总督蓟辽保定等处军务，兼管粮饷；四川右布政使严清、浙江右布政使熊桴均为都察院右佥都御史，严清任贵州巡抚，熊桴任广东巡抚，均兼督理军务。
户部弹劾上奏浙江温州府知府李廷观等五十二名官员，因未完成钱粮数额达五分以上的停发俸禄，达七分以上的降一级，其中任职时间不久的，按不足五分的规定处理；又进言：“对于政绩考核合格、被选拔调用的官吏，吏部应咨询户部，必须在国家赋税如数缴纳后，才能重新任用选拔。”穆宗予以准许。
御用监上奏需要使用的金箔、漆朱等物料，已减定数量，行文工部办理送至御用监。工部进言：“漆朱等物料都是旧例中没有的，应以嘉靖初年的标准为准，金箔等物料按减定数量办理。从今以后，各监局的物料仍按往年事例办理，不得增加。”穆宗听从了工部的建议。
戊辰日，赐予天下贡士罗万化等四百零二人进士及第、进士出身、同进士出身，按惯例赐予朝服冠带及宝钞。
己巳日，在礼部为各位进士举行宴会，命成国公朱希忠主持宴会。
陕西崇隆等六寺的喇嘛番僧共卜尖晷等三十余人进献马匹及土特产，按惯例给予宴会和赏赐。
辛未日，任命临淮侯应袭勋卫李言恭充任五军营游击将军；神机营练勇参将史纲、延绥游击高天吉、陕西行都司佥书汤希韩均充任参将，史纲驻守蓟州燕河营，高天吉驻守延绥东路，汤希韩驻守肃州。
壬申日，凤阳巡抚都御史方廉上奏：“徐州的水患比其他府更为严重，而漕运供应、河渠疏浚修筑的任务，比往年不止加倍，请求截留本州的商税以充任夫厂（管理夫役的机构）的费用。”户部回复奏请，允许截留一年，之后仍照旧解送户部。穆宗听从了这一建议。
南京兵部尚书刘采等人上奏：“南京各营每年需用马匹三百匹，除江南原改解的九十七匹马外，其余二百零三匹由上江二县的马户供应，给百姓造成极大负担。请求采用南京大仆寺的建议，在庐州、凤阳、扬州三府及滁州、徐州、和州三州的折色马一千六百多匹中，酌情改拨二十分之一为ฺ本色马，可得马八十三匹，调至军营供骑兵使用，每匹折色马应缴白银一十八两，由本部直接代解京城，以补充备用马匹的数量；其余一百二十匹仍令上江二县购买缴纳。”穆宗听从了这一建议。
内织染局太监陈洪再次上奏，请求为皇上使用的龙袍及纻丝、纱罗、绫等丝织品，行文相关部门按规格织造。工部进言：“此前因织造事务委派太监李佑，预计费用不下四十万两，东南百姓财力已难以承受，如今李佑尚未出发，徵派的命令又下达，预计费用不下六十万两，这是加重百姓困境。况且东南是财赋之地，不应过度剥削以损害国家根基。”穆宗于是停止此事。
癸酉日，穆宗谕示兵部，定于当月二十六日前往南海子（皇家苑囿），仅用京营官军随从护驾。辅臣徐阶等人进言：“圣驾出行，事体重大，上林苑海子虽是先朝设立，但仅用于畜养鹿兔而已，不像视学、耕耤礼那样关乎治理，不值得烦劳圣驾亲临。且近日圣驾从皇陵祭祀返回不久，不宜再次外出，希望陛下特别慎重，下令停止。”穆宗不允。于是吏部尚书杨博等六科都给事中王治等十三道御史郝杰等各自上奏疏请求停止游幸，穆宗均回复“已知晓”（未予采纳）。
升任陕西按察司按察使莫如忠、四川按察司按察使陈鎏均为布政使司右布政使，莫如忠赴浙江任职，陈鎏仍留四川任职。
甲戌日，调任巡抚河南都察院右副都御史戴才为大理寺卿。
升任户部左侍郎徐养正为南京工部尚书；南京大理寺卿张守直为南京户部右侍郎；巡抚宣府都察院右佥都御史冀炼为兵部右侍郎。
任命定国公徐延德之子徐文璧承袭爵位。
命被审查的都察院右都御史兼兵部左侍郎王之诰、刘焘，各自以左侍郎兼右佥都御史身份巡视边务：王之诰巡视山西、宣大、蓟辽、保定等处，刘焘巡视陕西、延绥、宁夏、固原、甘肃等处，分别铸造并颁发关防印信。
任命山西都司佥书署都指挥佥事刘凤翔掌管本都司事务；升任贵州守备指挥佥事薛近宸为署都指挥佥事，掌管贵州都司事务。
蓟州遵化县发生地震，有声音传来，伴随雷电冰雹，冰雹形如鸡蛋，在地面堆积达一寸多厚。
乙亥日，升任陕西布政使司右参政沈应时、四川布政使司右参政朱纲均为按察司按察使，仍留本省任职。
记录嘉靖三十四年山西利民堡马房屯等处立功官军李瓒等二百人，四十年传佐山吴泉岭等处立功官军李约中等一百一十人，陕西延绥、固原工所等处阵亡、受伤官军贺延受等三十九人的功绩，分别给予升赏和优抚，均按惯例执行。
丙子日，穆宗前往南苑（南海子）。此前，左右侍从有人称赞南海子的美景，穆宗欣然想要前往。当日圣驾抵达后，只见荒草丛生、泥泞难行，宫馆破败失修，穆宗也心生懊悔，立即下令返回。
丁丑日，命被审查的巡抚延绥等处都察院右佥都御史王遴以原职担任宣府巡抚，赞理军务；升任大理寺左少卿李邦珍为都察院右佥都御史，担任河南巡抚。
升任吏科都给事中王治为大仆寺少卿。
戊寅日，京城发生地震，礼部尚书高仪等人请求令百官修身反省，穿青衣、束角带办公三天，同时劝勉穆宗亲近贤臣、疏远奸佞，勤奋理政、讲求学问，以沉迷私欲为深切警戒，以振奋精神为长远谋划，摒弃表面的文饰，崇尚君臣共同修身的实际政务。穆宗说：“灾变异常，确实应当警惕。事关朕自身的，朕当自行更加谨慎；你们百官要深刻修身反省，努力尽到职责，不要做表面文章。”
当日，永平府乐亭县、辽东宁远卫、遵化、顺义等县、山东登州府同日发生地震。乐亭县地面裂开两处，各长三丈多，黑色水流涌出；宁远城崩塌。
己卯日，升任大理寺右少卿王诤为大理寺左少卿；南京太常寺少卿丘橓为大理寺右少卿。
从太仓调拨白银一万两至宁夏，用于修缮边墙。
四川乌蒙府土官阿琦、天全招讨使司土舍高玉等人，广西太平府头目黄猛龙、英州官族赵福等人，各自贡马，按惯例给予宴会和赏赐。
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