大明神宗显皇帝实录卷之三百六十九
万历三十年闰二月初一（甲午朔），户部回复贵州巡抚郭子章的提议：“贵州土地贫瘠、物产微薄，财力难以自给，更何况正值平定播州之乱后，又遭遇灾荒，用湖广、四川应解送的银两抵扣赈济费用，并非额外征收。既已承蒙钦准，负责征收的各官却任意拖延，应分别处罚，以惩戒违抗怠慢之罪。仍恳请陛下颁布谕旨，叮嘱湖广、四川的抚按大臣，将长沙府属尚未完成的粮银先挪用三万两，连同乌撒、乌蒙、镇雄、东川四土府尚未缴纳的本色米一十二万六千余石、银一万两，限期立即解送贵州，用于赈济饥荒；其余尚未完成的协济粮银，务必一并解送完毕，不得像以往那样视为无关之事而推诿。”皇上圣旨：“准从所议。”
保定巡抚汪应蛟上疏进言：“自从征收矿税以来，百姓怨声载道，早已民怨沸腾，他们之所以想作乱却未立即行动，只是因为听闻矿税即将停止，姑且忍耐等待。如今矿税已宣布停止，却又未能兑现，恐怕民心惶惶不安，各地一旦有草莽之辈聚众起事，即便有张良、陈平那样的智谋，也无计可施。陛下即便不重视诏令的权威，又怎能拿国家江山当儿戏呢？”皇上圣旨：“矿税之事已有多次谕旨，是临时采取的权宜措施，自有停止之日，不必再上疏烦扰，应静候处置，各地方官专心管理本地事务。”
矿税最终未能停止，各省直巡抚刘四科、杨时宁、安文璧、黄克缵等，巡按赵标、黄吉士等，先后接连上疏为地方请求停止矿税，皇上均回复“照旧执行”或不予批复。
凤阳巡抚李三才提议治理黄河的紧急策略：“从镇口闸到磨儿庄，仿照闸河的制度，每三十里修建一座水闸，按时开启关闭，以接济新的漕运；从坚城集到镇口闸，疏浚河道，大约需要耗费白银一十九万余两，必须留存漕粮才能完成此事。”工科官员反驳认为：“因治河而留存漕粮，如今太仓、通仓的粮食仅够两年支用，万一发生变故，后果不堪设想。”工部从中调停，综合两方面意见覆请皇上，皇上圣旨：“疏浚河道、修建水闸及留存漕粮等事，令总理河道大臣、巡抚尽心研究，承担责任施行，准许他们灵活处置、调用物资动工，不得推诿延误。”
初二（乙未），户部回复仓场右侍郎赵世卿的提议：“漕粮有正兑（直接解送京仓的漕粮）、改兑（解送通仓的漕粮）之分，正兑漕粮解送入京仓，改兑漕粮解送入通仓。以往因两仓每年有固定收纳数额，而改兑漕粮数量较少，常常调拨正兑漕粮补充通仓。但臣认为，地域有轻重之分，形势有缓急之别，若京城粮食充足，何必担忧通州这一弹丸之地的供应？即便通州粮食充足，又怎能解决京城的紧急需求？况且京营官军前往通仓支领粮食，路途遥远、等待时间长，还苦于搬运，常常将粮食折算成铜钱，仅能换到半价，如此一来，名义上有一石粮食，实际到手却不足半石。万一发生变故、人心骚动，士兵空腹待食，却要让身披铠甲、手持兵器的士兵到数十里外取粮，往返后才能做饭，这难道不难吗？
应从现在开始，不拘泥于京仓、通仓三七分或四六分的旧例，将漕粮正兑全部解送入京仓，等三五年后京仓粮食稍有充裕，再仍将部分正兑漕粮改拨通仓，以补充改兑漕粮的不足。至于灾荒折粮银，是用来折算漕粮的，并非折算九边的军饷，有一石粮食的折算，就应有一石粮食的银两，有一石粮食的银两，就可抵扣京营官军一个月的军粮。为何近年来一概混合支用，导致银米两空、捉襟见肘？应从现在开始，凡各省直征收的折粮银解送部里时，单独收贮一处，专门用于春秋两季发放官军的折色（银两）军饷，同时咨文各抚按，若非严重灾荒，不许擅自请求改折，严格督促有关官员按时征收兑运。如此数年，优先充实京仓、再补充通仓，两仓的储备就能逐渐充裕了。”皇上认为可行。
初三（丙申），吏部尚书李戴奉旨到部办公，上疏奏言：“臣所掌管的是用人事务，因建言获罪的诸臣，陛下已慷慨下达明谕起用，这实在是千古罕见的盛德之举。如今因臣被人弹劾，竟导致陛下动怒，使得陛下的恩诏受阻无法施行，臣的内心怎能安宁？臣一接到明谕，就不敢推辞，是恭敬遵奉陛下的命令；虽已到部谢恩办公，却始终不能安心，是担忧自己未能尽职。陛下的德音出自独自决断，原本不因人而施行，怎能因人而中止？况且太仆寺卿南企仲的上疏，只是出于一时的意见，并非在野诸臣的罪过。惟望陛下怜悯臣的一片苦心，准许按照先前的谕旨起用建言诸臣，如此则陛下的英明决断更加彰显，陛下的恩德更加深厚，臣也能在官员行列中有颜面立足了。”皇上圣旨：“览阅奏疏，已知晓此事，仍等候旨意施行。”
套虏（河套地区的虏寇）前来请求通款讲和，朝廷准许。此前，朝廷停止了对套酋的市赏（贸易赏赐），至今已十余年。万历二十四年，套酋曾请求通款并进献马匹，皇上下诏准许给予马价；后来因各酋侵扰不断，万历二十七年明朝修筑松山边疆，各酋又言语傲慢叛逆，因此双方开战，明军斩杀俘获近三千人，通款之议随之停止，朝廷一心用兵。
万历二十八年，吉囊、著宰等酋表达归顺诚意请求通款，使者络绎不绝来到延绥、宁夏二镇，二镇担心虏寇性情狡诈，都未准许。到万历二十九年，吉囊等酋听闻延绥巡抚王见宾即将离任，担心通款之事落空，哀求更加急切。王见宾认为，酋首们的心意确实出于恭顺，此前请求讨取王印、松山等八项要求，如今不再提及，询问道员、将领，众人都说：“陕西百姓缴纳的军粮大多拖欠，年度军饷又不能按时解送，若再遇到年成不好，士兵饥饿呼喊，祸患就会发生在内部，哪有闲暇与夷虏结怨？况且通款每年花费不过三万余两白银，若边境无战事，士兵无需调遣，节省的客兵粮草军饷，数额足以与之相当，让士兵休养、同时慢慢修整战备，没有比这更有利的计策了。”
于是，王见宾传召庄酋等酋首聚集在城墙下，列举他们的罪过并晓谕利害，夷使唯命是从；又因万历二十四年酋首进献马匹的马价尚未领取，前任巡抚刘葵曾额外加给银货八百两、每月供应马匹十匹，以及商议恢复市贡的日期，王见宾请求朝廷商议。兵科左给事中桂有根进言：“国家给予边疆大臣的权力，全部委托给督抚，原本就不通过廷臣从中制约，不必让众多官员商议，责成一名巡抚负责即可。”皇上认为正确。
宁夏巡抚杨时宁也趁著宰等酋认罪立誓之机，传召酋首晓谕，要求他们遵照往年的圣谕，“一年无侵犯，才准许一次通款贸易”，“恭顺在前，赏赐在后”，酋首也唯命是从。等到延绥巡抚孙维城接替王见宾、宁夏巡抚黄嘉善接替杨时宁后，又与各酋当面对质、结盟，如同此前约定，每年只按照万历十六、十七年的赏额给予，丝毫不多加，两镇新旧巡抚会同总督三边尚书李汶及兵部详细商议多次，都认为通款有利。皇上圣旨：“虏寇既已真心归附，该总督及延绥、宁夏二镇的新旧巡抚等官已确定商议结果，都认为可准许通款，不必再进行会议，准允恢复市赏，以往革除的赏额不许补给。今后两镇官员务必坚持固定数额，不得听从酋首额外请求，私自增加赏赐；仍遵奉先前的谕旨，‘一年恭顺，才准许一年市赏’，若有侵犯立即革除，切勿轻易接受罚服（虏寇缴纳财物赎罪）、敷衍开启贸易。还令该镇拟定善后长远策略奏报。”
五军九营游击李登、勇士营生营童钟被革职，神枢八营参将传良桥改调南京任用，这是采纳了京营御史的弹劾建议。
荫封巡抚云南右都御史陈用宾的儿子陈斗昭为锦衣卫百户，准许世袭，隶属于衣中所。
初四（丁酉），兵部尚书田乐仍以生病为由请求退休，皇上念及他的功劳业绩，颁布优诏安慰挽留。
准允已故丰城侯李环的儿子李承祚袭封祖父的爵位。
升任河南副使朱思明为右参政兼佥事，专门管理河道；开封府知府宋荐为副使兼右参议，分守河南道；南阳府知府邓启愚为副使兼右参议，分守汝南道，这是采纳了巡抚曾如春的请求。
调任原浙江右参政唐守钦为山东右参政兼佥事，管理青州兵备道事务。
调拨太仆寺白银二十一万三千五百一十二两到辽东，补充万历二十七年、二十八年、二十九年三年的年度军饷，用于购买马匹，这是采纳了巡抚赵楫的请求。
初五（戊戌），准允汀州府知府黄应奎告病，加授副使衔退休。
初七（己亥），福建候代巡抚金学曾题奏：“自担任福建巡抚至等候接替期间，六年内节省军饷、查出应补入库的银两共计一十二万七千四百余两，恳请行文新任巡抚会同巡按御史，将这笔银两先扣除偿还借给新兵的银四万七千二十四两五分，其次扣除偿还借给旧兵的银七万余两；并将带征的拖欠军饷，由布政司制定法规、设立账簿，分年限征收，听凭巡抚、巡按互相核查监督。”户部回复准从所议。
初八（庚子），补赐辅臣在圣母万寿节应得的白银、纻丝，及讲官的赏赐，各有不同。
工部署部侍郎姚继可上疏进言：“本部的额定征收钱粮原本就不多，只因织造、烧造（烧制瓷器）等事务的推行，解送、留存、支用后，已耗费过半，因此部库日益匮乏，难以筹措。且该省每逢灾荒，百姓缴纳赋税不及时，小民遭受鞭笞之苦；造办物品不按时完成，工匠遭受催促逼迫之累，劳民伤财已非一日。昨日圣谕一颁布，臣民正以为能仰见天日、得以喘息，不料很快因各监的请求，仍令继续烧造织造。臣担心小民听闻后，疑信交加，欢呼的神情转为怨恨叹息，无论是否发生意外变故，即便日后再颁布诏令，百姓恐怕也不肯相信了。臣职责所在，不敢沉默不言。”皇上圣旨：“袍服、器用等物资难以停止制造，令遵近期的谕旨造办，按次序解送，不得延误。”
赵嘉庆、秦希武等人因贪污被追缴赃款，发配充军。
初九（辛丑），升任云南鹤庆军民府知府祁汝东为两淮都转运盐使司运使。
宴请海西脱伦兀等卫进贡的夷人看只木等一百一十一人，命侯陈良弼负责接待。
初十（壬寅），河南分守右参议陈震因巡按御史袁九皋弹劾，被降一级，调往清闲地方任职。
准允墙子岭关提调朱崇道因病辞职回卫，任命武清镇抚杜逢春升任署指挥佥事接替。
工科署科事给事中胡忻等上疏请求完成两宫（乾清宫、坤宁宫）工程，其他如大高玄殿、昭和殿、景仁宫等工程，及各花园、果园、亭轩、台榭等营造，都属于不急之务，全部停止，集中财力拯救祖陵、漕运的祸患，预先储备宫门、殿堂的修建物资。皇上没有批复。
吏部上疏，秉承皇上旨意起用被废黜的官员，将邹元标等一百一十四人的名单按年份开列奏请，皇上没有批复。
十一日（癸卯），升任工部右侍郎姚继可为工部尚书。
命司礼监太监田义一同阅视京营，这是采纳了兵部按惯例提出的请求。
十二日（甲辰），升任翰林院检讨王图为右春坊右中允，掌管南京翰林院印信。
礼科都给事中张问达上疏请求停止辽东太监高淮修建经阁，以节省财力、安定贫困的边疆，皇上没有批复。
江西道御史杨文＜艹洍＞等上疏请求停止矿税、彰显朝廷大信、成就完美盛事，皇上没有批复。
十三日（乙巳），准允已故宁晋伯刘应元的儿子刘天锡袭封祖父的爵位。
十四日（丙午），将副使黎芳留在陕西，管理靖虏兵粮道事务；调副使张汝蕴分守陇右道，这是采纳了督抚的提议。
升任山东按察司佥事钟万禄为右参议兼佥事，整饬霸州兵备。
刑科给事中张凤翔进言：“近来因矿税不忍立即停止，便将释放罪犯、起用废黜官员、行取科道官员三件事一并收回，命内阁大臣一同拟定三道圣旨，不久后果然仅下行取科道官员的圣旨，虽稍有延迟，臣深知陛下心中并无他意，其中也有难以立即施行的缘由，因此斟酌拖延而未决断。臣等身为言官，难道才智都在南企仲之下，要等南企仲喋喋不休地劝谏才行动吗？如同将要下雨却未下，使陛下的恩泽无法施及天下，实在令人痛恨。
陛下只知南企仲越权市恩，却不知此事的起因另有缘由。南企仲与南京兵部主事武之望是儿女亲家，早年二人一同在吏部任职，因名位竞争产生矛盾，南企仲排挤武之望外任，心中一直不满，难以释怀。不久前武之望入京等候调任，将南企仲一生的隐秘劣迹刻印成册，在京城广泛传递。南企仲知道被至亲揭发，公论必定无法容忍，陛下知道后更不会宽恕，与其因奸邪行径暴露而被罢黜，不如借建言之名获取声誉，掩饰丑行，还能保住原有的地位。
即便如此，一个南企仲何足挂齿？但陛下将要施予的仁德却被他从中阻挠，恐怕并非陛下的初衷。诏狱中的囚犯，时刻如同度过漫长岁月，他们的处境实在可怜，臣身为刑科官员，早已想上疏请求宽释，只因陛下身体尚未完全康复，不敢效仿南企仲的做法，再次激怒陛下。如今幸喜陛下身体康复，又不敢不揭穿南企仲的用心，以成全陛下最初的慈爱之意。恳请暂时释放诸臣，暂缓商议恢复官职之事；对南企仲这种沽名钓誉、掩饰丑行的行为，立即罢黜，以作为人臣撒泼无耻的警戒。”皇上圣旨：“南企仲无耻可恶，革职为民，永远不许录用。”
涿州守备袁宁、兴州中屯卫署印指挥陈效忠等，各被罚俸三个月，因捉拿盗贼没有收获。
因陕西河州团卜山斩杀虏寇的功劳，升任赏赐千总宋希尧等人，各有不同。
十五日（丁未），户部总督仓场右侍郎赵世卿因凤阳巡抚李三才提议留存江北、江南的漕粮，抵扣河工费用，上疏争辩说：“自从黄河决堤以来，漕运通道阻塞，臣为仓储考虑，真想亲自背负土石堵塞洪流，难道会有一丝一毫的私心？只是担忧日后的情况，如今太仓空虚，一年的收入不足以抵偿一年的支出，估算两年后，京营六军及天下百姓将必须依赖新的漕粮才能做饭，而新漕粮又远在数千里之外。万一水旱灾害不期而至，缴纳运输延误，数百万生灵将束手待毙，到时还有京城可言吗？这样的景象，实在令人心寒。却要借留漕粮作为河工的费用，这无需智者判断也知不可行。”皇上圣旨：“每年的漕粮既难以截留，河工又正急需费用，有什么长远策略可以筹措？将责任推诿给总漕衙门也不是正确的政体，户、工二部还需详细商议后奏报。”
十六日（戊申），大学士沈一贯因陛下身体安康，上疏请求陛下在刚康复之后更加谨慎，严格调理饮食起居，告诫身边侍从时常进献规劝告诫，禁止声色享乐、减少美味佳肴、戒除嗜好欲望、平息喜怒情绪，使精神常保持恬淡，这样忧患就不能干扰，气息常保持清和，这样外邪就不能侵入。至于朝廷政务，各部门自然能处理，只是各地官员空缺尚未补充，治理河道的钱粮无从筹措，这是当前最紧急、应牵动陛下心思的事务。
此外，臣此前当面奉陛下谕示四件事，仅蒙允准行取科道官员，还有三件事未施行，天下百姓从欢呼歌颂的状态，又变为呻吟皱眉的模样。陛下恳切的德音，实在是对臣当面所说，臣刻骨铭心，怎敢忘记？这在于陛下自行回心转意，无需臣下苦苦劝谏，若因长期形成的习惯难以立即改变，三件事不能同时施行，也恳请依次施予恩泽，前后相继，这不仅是臣民的福分，实在也是陛下的福分。臣因多病，独自承担重任，忧虑时事、担忧国家，常常深感不安，私下以愚臣之心揣测圣主之心，大小虽有不同，应当不会相差太远。若能早日完成三件事，恢复此前的美意，陛下一日之内就能与二帝三王并列流传，臣也能沾受荣光了。皇上没有批复。
升任四川右参政马朝阳为河南按察使，管理驿传道事务；山东副使来三聘为右参政兼佥事，管理兖西兵巡道事务。
十七日（己酉），皇上下诏催促宗人府编纂玉牒（皇室族谱）新册。
升任四川右参政张文燿为按察使。
加授云南右布政使钟昌为太仆寺卿，准许退休；升任云南按察使薛梦雷为右布政使，这是采纳了抚按的请求。
关于套虏的善后策略，延绥巡抚孙维城分六条奏报，宁夏巡抚黄嘉善分八条奏报，总督尚书李汶会同二人奏请朝廷，其中：
延绥的六条策略：
一是“确定通款时间与费用”：本镇通款应从万历三十年开始，将万历十九年原计划的马价，都提前一年解送，购买货物以补充市赏；拖欠的旧额及新增费用，暂时从本镇的桩朋银（武官凑集的银两）中支出，等待粮税征收后补还；市货务必挑选精良的，委派廉洁干练的通判、经历各一人，与当地府佐官共同办理，根据成效评定优劣。
二是“选择抚夷官员”：抚赏宣谕事务必须由熟悉夷情的官员负责，如波罗参将马应时，亲身经历虏地、熟悉番语，提议将马应时以原官兼管抚夷事务，等进马开市后，若各虏没有其他要求，先行给予优待；若有贪图私利、勾结夷人的官员，查实后从重参劾。
三是“规范马匹交易”：以往夷人用马匹交易、汉人用财物交换，后来因夷人狡诈，将马价混入抚赏，导致民间交易的马匹多健壮，官府交易的马匹逐渐低劣，又苦于夷人马匹过多，听任他们随意牵来售卖，以示笼络。如今虏寇新恢复通款，约定愿照万历十六、十七年售卖的马匹数量，不许多加，及禁止割舌、喂沙等作弊行为；必须挑选廉洁干练的文武官员各一人，专门负责查验马匹，健壮可用于骑操的才准许解送道署验烙，分发各营城补充倒死的马匹，其余的听凭按马价估值，交付各营城委派官员变卖，变卖所得银两多少听其自然，不要求足额，以稍减接收的负担。
四是“明确市赏标准”：市赏没有固定数额，因此虏寇容易要挟；镇城的道将足以约束，偏远堡垒的抚赏事务由守操官员负责，难以坚持标准。提议制作标牌，开列赏额，交付道将，应由道员会同赏给的就会同赏给，应亲自前往监督赏给的就迅速前往监督，仍需查照原奏进献马匹的犒赏标准，丝毫不再增加，仍遵守万历二十四年明谕“一年恭顺，才准许一年市赏”，不得轻易接受罚服、敷衍了事；严禁军民私自交易，将官不许贪功，经管官员不许克扣，及用劣质物品搪塞。
五是“加固互市场所防御”：夷人入市时，汉夷聚集，难保无意外情况。延镇的市厂（交易场所）原本设在红山大边暗门外，与边墙内仅隔一道墙基，且围墙高不过八九尺，环绕的墙垣单薄颓坏，应在边墙内外依托边墙修筑围墙如城池，环绕深池，内设抚夷台、瓮城，将官厅、市地设置防御设施，这样无论紧急情况都可无虞。
六是“确定开市时间”：套虏的市期原本在三月，如今在万历二十九年七月结盟，三月市期已过，姑且允许在本年十一月初开市，限定月底或十二月中旬结束，凡上市、宴待及临时查给的费用，一并核算；应进献的马匹，需附带宣大军门进献陛下的，就附带进献，应留在边疆的就留边；市赏结束后，有酋首效力恭顺的，查实题奏给予赏赐，其余的年度赏赐不拘此限，每年齐到边疆即可，不来的不给予；进贡的马匹务必挑选健壮的，不得一概收受。
宁夏的八条策略：
一是“保障市赏银两”：请求从万历三十年以后，每年按数额全额发放市赏银二万二千四百两，到期听凭该镇咨文户部题请发放。
二是“明确市期规则”：商议从万历二十九年开始通款，市期限定在十月，今年免除去年的赏额，明年开启今年的市赏，“一年无犯，才准许一次通款贸易”，仍照延镇的事例遵守。
三是“划分市赏区域与职责”：根据冲要、偏远程度划分市赏区域，抚夷守备专门管理清水厂的钱粮，中东通判轮流管理；中卫、平虏的市赏事务由路将负责，钱粮由中卫、平虏各委派通判分管。如今河东道驻清水、河西道驻中卫、镇城副总兵驻平虏弹压，总兵官移镇玉泉营居中调度，抚夷守备改授都司职衔，便于承担责任；仍照延镇的事例，制作标牌开列赏额，交付道将，不许滥给。
四是“核定夷人支分（部落分支）名数”：其中除来安哈屯已去世绝嗣应除名，其已故指挥佥事舍剌乞探、正千户脱计的部落，准许舍剌乞探的儿子打儿沙、脱计的儿子屋逆贡暂时统领，等确实验证恭顺后再题奏袭授；及各酋请求新增的二十五名男婿，都应给予抚赏，已与各酋讲明不增加马匹数量，抚赏酌情通融支给，不超出原额；又称克太及其儿子阿吉大如今居住在西海，等他们请求结盟后才准许恢复赏额，若在西海生事，也应商议革除。
五是“限定易马数量”：镇城交易马匹没有固定数额，骑操马匹倒死后，需追缴桩朋银补充，分摊给官军每月扣俸，十分不便。如今每年交易马匹以三千五百匹为额，验明确实可用于骑操的才准许分发各营堡，其余的听凭委派官员估值变卖，变卖价格随马匹质量而定，不必要求足额，以减少负担。
六是“规范市货采购”：委派官员采购市货时侵占贪污，导致货物粗劣，夷人不愿领取，动辄延误，提议除皮张、糖果、皮金照先前由廉洁官员委派采购外，细缎、布匹由四路通判轮流委派一员，再委派经历一员，行文当地抚按委派府佐官一员共同采购；应发放的马价，提前一年解送，以便采购。
七是“防范松山虏寇”：松山是我国内地，最近才收复，担心夷人留恋旧巢穴，不可不周密防范。若夷人阳奉阴违，应出兵捣毁其巢穴，牵制他们的注意力；中卫地区原本有宾免的市赏，应仍令互通贸易，通过内部联合瓦解他们的狡诈图谋，通过外部抚赏吸引他们归顺，需探明实情、相机行事，不可听凭武官、通事（翻译）、降夷轻率行动，引发祸端。
八是“约束将领与夷人”：该镇邻近河套，担心虏酋依仗通款在边境附近居住放牧，官军因通款而不敢驱逐。今后有将官纵容虏寇在边境附近居住放牧、杀戮抢掠的，轻则惩治，重则题奏参劾；每年年底分类核查将领有无失职情况，报部处置。
兵部回复均准从所议，皇上圣旨：“准从所议，不得依仗通款忘记战备，不得贪图功劳轻率行动。”
十八日（庚戌），户部尚书陈蕖因长期生病请求退休，先将本部印务交给右侍郎张餋蒙管理，皇上准许他宽假调理，印务由张餋蒙管理。
十九日（辛亥），改任礼部左侍郎朱国祚为吏部右侍郎，兼任经筵日讲官的职务照旧。
升任保定巡抚汪应蛟为工部右侍郎。
论万历二十七年宁夏两次大捷的功劳：大学士沈一贯加授少傅兼太子太傅，荫封一子进入国子监读书，赏赐白银五十两、彩缎四表里；兵部尚书田乐加授兼太子太傅，赏赐白银五十两、大红飞鱼袍一件；户部尚书陈蕖赏赐白银四十两、纻丝二表里；户部侍郎张餋蒙赏赐白银三十两、纻丝一表里；原任兵科左给事中桂有根、兵科给事中洪瞻祖、陕西巡按御史李思孝、原任兵部郎中杨应聘、张主敬、兵部郎中申用＜棥心＞，各赏赐白银有差；申用懋加授五品京堂衔，仍管理司务；总督三边尚书李汶兼支尚书俸禄，赏赐白银五十两、大红蟒袍一件，荫封一子为锦衣卫百户，准许世袭；原任宁夏巡抚杨时宁升任兵部尚书兼都察院右副都御史，仍总督宣大，赏赐白银四十两、大红飞鱼袍一件，荫封一子为指挥佥事，准许世袭；原任宁夏总兵杜桐赏赐白银三十两、纻丝二表里，遇空缺起用；河西兵粮道按察使王道增准复原职；河东兵备道副使王登才升职一级，各赏赐白银十五两；管粮郎中陈良知、管粮通判赵守贞，各赏赐白银有差；原任征播总兵马孔英、宁夏副总兵邓凤、原任花马池副总兵萧如蕙，各升实职一级；原任军门标下中军孙守仁，各赏赐白银有差，并记录功劳优先任用。
二十一日（癸丑），升任贵州副使洪澄源为右参政，分守思仁道。
户部右侍郎张餋蒙上疏推辞管理部印，进言说：“臣缺乏才能且长期生病，朝廷官员谁不知道？明知臣生病无法到部办公，却指责臣故意回避；明知臣生病无法供职，却推托臣管理部印，这是臣无法理解的。托病的人准许他们辞官，真病的人却委派他们在私宅处理公务，同样在私宅，彼此有何区别，这也是臣无法理解的。臣不敢期望他人体谅，只能感叹自己命运不佳，恳请陛下怜悯臣确实生病，准许退休；本部的印务原本属于正卿，或另行挑选贤能官员管理。”皇上不允许。
工部尚书姚继可上疏进言：“河南巡抚曾如春留存户部的漕粮折银等银两，用于修筑汴堤，虽属河道事务，实际也是为了漕运。查先前分黄导淮的工程，该部曾协济白银十二万两，如今的留存提议，正与旧例相符。本部未经过咨会商议，是因春季汛期洪水泛滥，祖陵、漕运关系重大，筑堤工程时刻不容延误，若等待会议是否可行，难免各执己见、耽延时日，错失时机。况且不修筑堤坝则无法治理黄河，不治理黄河则漕运不通，漕运既不通，漕粮自然无法运输，仓库又怎能充实？到那时即便归咎于河道的危害，恐怕也无济于事了。由此推断，暂时调剂、互相接济，本就无不可行。但该部既不愿通融，而河工又正紧急，哪有坐视等待困境的道理？查该省的额定解送钱粮，如漕粮折银之外还有其他可动用的，应另行筹措，不损害边饷储备；若确实没有可用的钱粮，就由总河大臣灵活动用，以充作堤坝费用，都不是臣部所敢远程决断的。”皇上圣旨：“准从所议，河工紧急，钱粮令总河大臣及巡抚设法筹措，准许灵活动用。”
二十三日（乙卯），礼科都给事中张问达上疏弹劾李贽：“李贽壮年做官，晚年削发为僧，近来又刻印《藏书》《焚书》《卓吾大德》等书，在天下流传，蛊惑人心。他将吕不韦、李园视为有智谋之人，将李斯视为有才能之人，将冯道视为避世的官吏，将卓文君视为善于选择佳偶的人，将司马光论桑弘羊欺骗汉武帝的观点视为可笑，将秦始皇视为千古一帝，认为孔子的是非标准不足以作为依据，狂妄荒诞、违背伦理，难以一一列举，大多荒谬不经，不可不销毁。
尤其可恨的是，他寄居麻城时，行为放肆无礼，与品行不良之徒在庵堂交往，拉着妓女在白天一同沐浴，勾引士人的妻女进入庵堂讲法，甚至有携带被褥枕席在庵堂住宿的，整个地区如同疯狂一般。他又撰写《观音问》一书，书中所谓的‘观音’，都是士人的妻女。而后生子弟喜欢他的狂妄放肆，相互煽动蛊惑，以至于明目张胆地抢劫他人财物、强行搂抱他人妻子，如同禽兽一般而不知羞耻。近来缙绅士大夫中，也有手持念珠、念佛膜拜、信奉佛教、尊崇僧人，手持佛珠作为戒律，家中悬挂佛像作为皈依对象的，不知遵守孔子家法，却沉迷于禅教沙门之学，这样的人越来越多。
近来听闻李贽将要移居通州，通州距离京城仅四十里，倘若他一旦进入京城，招致蛊惑，又会成为麻城的翻版。希望下令礼部发文，通知各地官府将李贽解送原籍治罪，同时发文两京各省，将李贽已刻印、未刻印的书籍，连同搜查其家中未刻印的文稿，全部烧毁，不许留存，以免给后世的伦理道德带来祸乱，实为万幸。”皇上圣旨：“李贽胆敢倡导异端邪说、蛊惑世人、诬陷百姓，立即令厂卫、五城（京城五城兵马司）严厉捉拿治罪；其已刻印、未刻印的书籍，令各地官府全部搜查烧毁，不许留存。如有党徒包庇、私自收藏的，该科及各有关官员查访参奏，一同治罪。”不久后，李贽被逮捕到京，因畏惧治罪而绝食身亡。
江西巡按上疏请求免除通判陈奇可的逮捕，称去年冬天景德镇的民变，是因中使潘相激起，不应将未能救援的罪责归于陈奇可。
陕西道御史汤兆京上疏弹劾新改任吏部侍郎的朱国祚、蓟辽总督万世德，皇上没有批复。
二十五日（丁巳），大学士沈一贯三次上疏推辞宁夏叙功的加官、恩荫，皇上颁布褒奖诏书，特意准许，以成全他谦逊的美德。
升任光禄寺少卿杨凤为南京太仆寺少卿，云南右参政易以巽为按察使，河间长芦运使何继高为江西右参政兼佥事，分巡湖西道兼理袁州兵备。
户科给事中夏子阳进言：“陛下优待大臣，常常过于宽容，而大臣却不顾公家的紧急事务，只谋求自身的便利。臣谨根据事实陈述：陈蕖向来没有治理国家的长远谋略，错误开创捐纳当官的事例，既已被论劾指责，引罪请求退休，也是他分内之事。陛下准许他宽假调理、交还部印，可见陈蕖应当离职，圣明陛下已洞察一切。该部既有侍郎，印务本当由侍郎管理，而陛下任命张餋蒙，哪能不是恩宠？张餋蒙却发泄愤怒、意气用事，以至于请求退休，为何如此？臣得以知晓其中缘由：张餋蒙图谋升任吏部的心思已久，屡次看到陛下不点头同意，怨恨已深深积累，多年想要得到的职位不能实现，一旦被委派他所厌恶的事务，因此忍不住发怒傲慢到这般地步。
张餋蒙既想挑选官职担任，不屑于管理本部的印信，即便勉强服从命令，也无心尽职，更何况陈蕖认为张餋蒙故意回避，张餋蒙认为陈蕖假装生病，彼此讥讽指责、互相推诿，成何体统？如今司属官员无处请示，部务全部荒废，边饷告急，士兵饥饿嗷嗷待哺，万一发生变故，谁来承担责任？恳请立即罢免二臣，以作为旷废职责、放弃使命、贻误国家、不忠诚的警戒，另行挑选有才能声望的官员任用，或许国家财政可得到充裕，官吏纲纪也可得到彰显。”皇上圣旨：“下发吏部知晓。”
二十六日（戊午），大学士沈一贯因生病劳累请求请假调理，皇上怜悯他，圣旨：“内阁事务繁重，卿独自承担政务根本，怎能空缺？暂时准许请假，应妥善调理，稍有好转立即出来辅佐治理，以符合朕的倚重眷顾。”于是命御医到家中为他诊治，派遣中使赏赐猪、羊、酒、米等物品。
陕西河州莲花寨等处的黄河水干涸，河床见底。
二十七日（己未），按照惯例给予光禄寺卿李用敬祭葬待遇。
二十八日（庚申），朝鲜国王李昖派遣陪臣成泳等二十一人携带表文、进献方物马匹，庆贺皇太子正式确立东宫之位，朝廷分别赐予彩缎、衣服、靴袜。
因襄王朱载尧的儿子朱翊铭已袭封父亲的爵位，准允郧城王朱载＜土鼎＞回避，不再管理王府事务。
二十九日（辛酉），大学士沈一贯因讲官进呈的《大学衍义》讲章即将完成，缮写《太祖宝训》进呈皇上阅览，以便继续撰写讲章，皇上没有批复。
大同巡抚房守士请求回原籍奉养母亲，皇上准许。
兵部尚书田乐三次上疏推辞宁夏叙功的加官晋级，皇上颁布优诏准许。
刑部尚书萧大亨等因陛下身体完全康复，恳切请求最终施予皇恩，释放监禁的诸臣，以彰显盛大的喜庆，上疏没有得到批复。
大明神宗显皇帝实录卷之三百六十七
万历三十年正月初一（甲午朔），免除朝贺仪式，百官仍在午门外行礼。赏赐辅臣上等酒食和珍贵菜肴，又特别赐予烧割（烤肉）、酒饭、甜食和伏姜。
初三（丙申），宣宗章皇帝（明宣宗朱瞻基）的忌辰，派遣官员祭祀景陵（宣宗陵墓）。
初四（丁酉），工部请求给予总河右侍郎李颐敕书，允许他灵活处置事务，皇上准允。
初八（辛丑），山西隰川王府管理中尉朱充倓因坚守法度，被朱俊日□梨（原文“俊日□梨”疑有缺字，按原文载录）等人诬陷，皇上下诏令朱充倓照旧管理王府事务，将朱俊日□梨等人分别处以监禁、驻守墩台、锁押等处罚，这是采纳了巡抚白希绣的请求。
初九（壬寅），署工科右给事中田大益进言：“黄河为患已到极点，治河事务延误日久，请求立即将杨一魁罢官削职、勘察处置，严厉督促李颐星夜赴任。”皇上没有批复。
十一日（甲辰），孝恪皇后（明世宗生母）的忌辰，派遣官员祭祀永陵（世宗陵墓）。
户部回复巡青给事中张凤翔的提议：“太仓陪库官分管京城粮食事务，以明确职责、谨慎核查，用意固然很好。但陪库官原本负责监察，若令其分管具体事务，便是一职两权，不符合行政体制，应令银库主事仍主管此事。今后凡有擅自支用的，按惯例先请示后发放；现将各省直解送京城的粮银，先优先支用正项款项，剩余十二万余两，若有紧急需求，本部题请借支后发放，仍告知巡青科道官员以便核查，待太仓粮食稍有充裕，再陆续补还。”皇上批复同意。
十二日（乙巳），孟春时节祭祀太庙，派遣定国公徐文璧恭敬代行。
十四日（丁未），立春令节，顺天府进献春盘（立春习俗礼品），赏赐辅臣上等酒食和珍贵菜肴。
十七日（庚戌），英宗睿皇帝（明英宗朱祁镇）的忌辰，派遣南和伯方烨祭祀裕陵（英宗陵墓）。
礼科给事中白瑜分条提出八项建议，户部尚书陈蕖回复其中四款：
一是“授予虚衔以疏通积压人才”，称所捐纳官员到任后不支领俸禄，考满后给予恩典、一体转升，实为冒滥行为；
二是“临时恢复官职以广泛选拔”，称让获罪的进士、举人缴纳赎金恢复官职，属于违背法令；
三是“追缴实际赃款以警戒贪污”，称各巡按在审问贪赃官吏时，按省份大小每年限定追缴赃银数额，导致急于凑数而混淆廉洁与贪污的界限；
四是“勘察税契以惩治侵吞”，称核查田价后，按每两征收三分税银，无论交易新旧一概征税，额外加征无法安定百姓。
奏疏呈上，皇上没有批复。
十八日（辛亥），宣府、南澳同时发生地震，有雷鸣般的声响，此地是福建、广东的交界之处。
二十日（癸丑），吏科给事中梁有年弹劾大同巡抚房守士年老患病、行为不谨，称他患中风瘫痪，常年不出府办公，公文案卷全由两个儿子代笔处理。皇上没有批复。
二十一日（甲寅），湖广潜江、沔阳、石首、巴陵、华容、广济、景陵、平江、荆门、安乡、大冶、兴国等州县卫司遭遇灾荒，巡按御史王立贤将改折（实物税折算银两）、缓征、蠲免、赈济等措施分条奏请，皇上准允。
吏部三次上疏，以南赣巡抚李汝华任职六年、考核合格，按惯例应加升俸秩（俸禄等级），请求批准，皇上没有批复。
二十二日（乙卯），命定国公徐文璧担任正使、大学士沈一贯担任副使，持节前往皇太子妃府行纳采、问名礼（古代婚礼六礼中的前两礼），皇太子妃是郭维城的女儿。
因定国公徐文璧代皇上祭祀圜丘（祭天祭坛）礼仪完成，特赐予他三代诰命，此为例外，不作为常规制度。
原任尚书朱赓在家居住，再次上疏推辞新任命，皇上颁布优诏催促他立即前来辅佐治理，不允许推辞。
户部尚书陈蕖因右给事中白瑜指责他的条议不当，上疏自我辩白：“如今财政事务艰难，额定赋税固定，却需筹措无数费用。近日大典耗费超过二百五十万两，仍不断有额外索取，这些既非每年固定应办的款项，又有什么来抵扣？臣三年来屡次上疏请求减免，未获皇上准许，却被指责为‘怯懦不敢抗争’，白瑜或许未能体察实际情况。他指责边饷缺乏而臣束手无策，臣即便费尽心血、不惜牺牲，却也如无米之炊，巧妇也难以办到。此外，各边发放军饷的数量繁杂如刺猬毛发，即便挪用也仅三万两，向上难以应对，应当题请派遣官员追回少量拖欠，此前奉皇上旨意，准许在各衙门选取官员负责解送，并非从臣开始。指责臣滥受馈赠，臣自审生平，至死也不会做这种事。只因臣年老多病，无法胜任职务，恳请皇上将臣罢黜。”皇上圣旨：“着令照旧供职。”
二十三日（丙辰），准允辽阳自在州修建学宫（学校），礼部铸造并颁发儒学条记（官印）一颗。
二十四日（丁巳），皇上下诏增加东宫侍班、辨该（负责文书核对的官员）等官职，命詹事郭正域、周应宾与曾朝节、范醇敬一同担任侍班官；曾朝节因侍郎俸秩深厚，升任礼部尚书兼翰林院学士。内阁大臣起初委派原任祭酒方从哲升任詹事，与唐文献、黄庄天一同担任讲读官，皇上因方从哲养病，令另行推举现任官员，于是任命郭正域担任；翰林院侍读史继阶、编修杨继礼分别兼任司经局较书官、侍书官；礼部员外郎闻诗、通政司知事罗万爵分别兼任司经局正字官；内阁大臣负责提调，仍按每十日两轮侍班的制度执行。
当天五更时分，火星逆行进入太微垣（星官名，古代认为与朝政相关）。
二十六日（己未），命福王暂且在武英殿西厢房讲学读书。此前有圣旨修建福王书堂，工部因亲王讲学场所原本在皇极门前西庑、归极门以北，属于皇宫内部工程，具疏请旨，未获批复，到这时再次商议，因此有了这项命令。
增设漕河道一员，任命霸州兵备参议汪可受升任山东按察使，专门管理漕河事务，这是采纳了总河都御史李颐的提议。
采纳礼部尚书冯琦的建议，皇上下诏：“今年灾异频繁发生，上天的仁爱之心十分恳切，朕内心深感警惕，急切谋求切实政务。尔等大小臣工，都应深刻修身反省，以挽回上天的眷顾，不得用虚文应付。”
荫封都督佥事王芬的儿子王进贤为庐州卫副千户，准许世袭，因王芬战死有功。
革除守备王廷臣、江一鹏的官职，令其回卫所，这是采纳了直隶巡按御史崔邦亮的弹劾建议。
二十八日（辛酉），准允荆府德安王朱翊错的庶长子朱常□□□高□（原文有缺字，按原文载录）袭封父亲的爵位。
户部回复署顺天府事治中舒体震关于编审工役事务的提议：
一是“将全府流动人口纳入杂役编审”：凡有家室产业、具备手艺的流动人口，派遣正官、佐官等挨家核实登记，填写流动人口总簿，分为下下、中下、中中、中上、上下、下上、中中、中上、上上九等，下下等每丁缴纳银一钱，每高一等加一钱，至上上等缴纳九钱，以补足各项杂役费用；若丁口不足，按等级每等酌情加征二三分，以凑足数额。此簿册一旦建立，官府只需按簿征收银两、编制文书，无需再抓捕审问、审核佥派，减少繁杂程序；流动人口只需缴纳额定银两，避免里胥（基层小吏）勒索敲诈。若流动人口居住超过三十年、愿意入籍的，听凭自便，与本地户籍人口同等对待。
二是“核定工役工食标准”：综合考量工役的辛劳程度确定工食（工资）数额，如明智、安仁、北薪、西城等坊的各库秤工，每名每年编征银十五两；中府三草厂及外马房、郑家等庄的各草厂脚夫，每名每年编征银十二两，原本数额过高，现十五两者酌情减为十二两，十二两者减为十两，较为适中。今后全部按减定后的银数编征发放，定为常规制度。
皇上命依照所议执行。
山东因倭寇警报未息，经略提议增设教练士兵，巡抚黄克缵担心军饷无法筹措，主张不增设，暂且留存登州左营春季班军，驻守大嵩、成山等处防备海寇，莱青右营仍驻守边疆。兵部回复准从其建议，留存左营一年，待冬季再另行商议。皇上认为可行。
调处分守黄甫营都司佥书黄正色、延绥入卫前营游击王学书，这是采纳了延绥巡抚孙维城的提议。
起用原任宣府守备刘芳声为陕西坐营官。
革除都司佥书丁世用的官职，令其回卫所，因他前往陕西芦塘任职超过期限。
二十九日（壬戌），皇太子首次到经筵（为太子讲经的场所）听讲，礼仪如同常规。
当天，传谕皇太子：“大婚吉期临近，从正月三十日起，暂且免予讲学。”
应天巡抚曹时聘进言：“自万历十九年倭寇攻陷朝鲜，声势震动邻国，前任道臣提议增兵置舰以防备不测。前年东征事务平定，主事者怜悯百姓困苦，提议撤销西府的协济物资，免除田亩新增军饷，停止招募各营士兵。如今倭寇警报日益频繁，补修防御工事应提上日程，虽不能完全恢复万历十九年增设的兵力数额，仍需酌情调整：
在苏州府恢复士兵一千七百四十六名、沙船六十五只，将应减免后留存的新增军饷银四千四百余两仍编入征收，及四府新增的协济款项，酌情恢复一万五千两；
松江府恢复士兵七百四十一名，将应减免的新增军饷银四千七百二十二两有余仍编入征收；
常州府补充旧兵三百七十八名、留存新兵一千一百九员名，酌情恢复田亩新增军饷银一万二千两；
镇江府补充旧兵一百二十六名、留存新兵一千一百六十八员名，酌情恢复田亩新增军饷银七千零四十七两有余。
以上调整依据四府地方的缓急程度确定数量，且需选择人与职位相宜的将领：提议将夏永昌调任福山把总，仍以都指挥的等级行事；虞宗诩以原官调任崇明把总；杨守愚调任中平镇把总；赵跃龙调任游兵把总。”
户部回复均准从所议。
偏沅巡抚江铎分条上奏遏制苗民叛乱后的十项善后事宜，其中隶属于兵部的有六项：
一是“增设沅州游击”：沅州西边邻近贵州（“贵竹”即贵州别称），北边距离五靖（疑为“五溪”，指湘西少数民族地区）较近，提议在沅州增设游击一员，统领士兵防御，管辖辰州、常德、平溪、清浪、偏桥、镇远六卫，兼管清浪守备；若今后移设总督，该游击可作为中军，任命洞庭守备朱桂芳担任。
二是“严惩激变祸首”：苗民叛乱多由汉人挑起，提议将引发事端的罢官赵思谦、生员王延年捉拿审问、依法处死，以警示后人。
三是“规范官吏与苗民交往”：远近苗民叛乱，都因府县卫所官吏、差役勒索欺骗，加上土司充当向导，提议凡苗民诉讼中，有以财物行贿的，苗民罪犯与中间人各加所犯罪行三等处罚；官员受贿的，根据情节轻重分别治罪，文官充军罢斥，武官注销功名革职，吏书、皂隶、壮丁按贪赃数额定罪；仅因勒索引发叛乱的，一律处斩示众。
四是“约束官员巡访苗地”：各苗民很少进入城镇，多由通事（翻译）贪图利益挑起事端，今后推官、知县巡访苗地时，需询问苗民疾苦，解决实际问题；道府官员也不许委托品行不良之人代办，务必减少随从仪仗和物资供应，严禁下属差役擅自征用夫役马匹。
五是“严防汉人勾结苗民”：苗民叛乱多由汉人勾引，在各苗民恢复生产之初，尤其应加强申饬，提议将邻近苗地的民户按户籍登记姓名，核查其出入，若有私自勾结苗民的，以重罪论处；趁机勒索的，发配戍边；汉人投靠苗民的，不许收留，一经抓获立即送官治罪。
六是“增设中潮所守备”：苗民部落人数众多，仅靠游击难以约束，提议在中潮所增设守备一员，统领士兵一千名驻守分防，同时下令清理恢复屯田，不许汉人与苗民争夺土地，明确守备职责，责令土司不得包庇苗民，任命常德卫指挥徐时远担任中潮所守备。
兵部回复均准从所议。
三十日（癸亥），吏部尚书梁梦龙去世。梁梦龙是直隶真定人，由进士改任庶吉士，被授予兵科给事中，历任吏科给事中，升任顺天府丞，调往河南任副使，后任陕西参政、山西按察使、河南右布政使，被提拔为都察院右佥都御史，巡抚山东，因督办海运有功，升任右副都御史，巡抚河南，升任户部右侍郎，三年考满后复职，荫封一子进入国子监读书，改任兵部右侍郎，暂管京营戎政，因母亲去世回乡守丧，服丧期满后起用为兵部左侍郎，总督蓟辽保定军务，因大规模检阅军队有功被叙录，升任兵部尚书兼右副都御史，仍任蓟辽保定总督，因辽东宽奠堡等处大捷，荫封一子为锦衣卫百户，三年考满后，因军功叙录，此前的荫封准许世袭，回兵部管理事务，加授太子太保，改任吏部尚书，请求退休，准允乘坐驿站车马回乡。
大明神宗显皇帝实录卷之三百六十八
万历三十年二月初一（甲子朔），祭祀三皇子于景惠殿，将祭祀所用的祭品赐予辅臣。
吏部左侍郎曾朝节上疏推辞新任命，皇上颁布优诏不允许。
荫封永嘉大长公主的裔孙郭梦兆、重庆大长公主的玄孙周居经、崇德大长公主的曾孙杨天佐、永淳长公主的嫡孙谢＜棥心＞功，各送入国子监读书。
工部回复保定巡抚汪应蛟分条提出的两项建议：
一是“广泛兴办水利”：臣谨按境内山川地图，结合实地考察，易水可灌溉金台（保定别称）一带，滹沱河可灌溉恒山（代指保定北部）一带，溏水可灌溉中山（定州别称）一带，滏水可灌溉襄国（邢台别称）一带，漳水从邺下（临漳）而来，西门豹曾用其灌溉；瀛海（河间一带）位于各河流下游，因此号称“河中”，与江南水乡相比也不逊色。至于山下的泉水、地下的水源，随处可见。提议委派各府佐官一员及州县正官，同时挑选熟悉水利的南方官员，巡视勘察，商议某处可筑坝建闸、某处可开挖渠道修筑堤坝，地势高则引水灌溉，地势低则用水车汲水，全部仿照南方开垦水田的方法，酌情调拨军民夫役，灵活处置。预计保定六府境内，可开垦水田不下数万顷，每年收获粮食可增加数千万石，京城附近百姓从此可变得富裕，永远无旱涝之忧；即便漕河偶然阻塞，也可改折南方漕粮，在北方采购粮食，这是国家无穷的利益。
二是“修缮城垣”：四里见方的城池，大约需用砖三百万块，今年秋季收获的薥豆、黍稷秸秆，比往年多一倍，可令每亩缴纳秸秆一束（重十二斤），若今年数量不足，用明年的麦秸补充；每一束秸秆约可烧制砖块三片，大县土地万余顷，一年足够修筑一座城池，中、小县三年也可完成，砖块不足的问题即可解决。砖块充足后，再筹集石灰，大县每亩令缴纳钱二文，中、小县缴纳三四文，即可充作石灰费用；然后统计全县人丁，无论是否免除差役，一律平均摊派，每一丁服役不超过十日，即可完成大修工程。每座砖窑约烧制砖块五千块，工匠的工食费用约一两五六钱，应由官府筹措，或由士民自愿捐献，不向小民摊派。运输秸秆需选用省祭官、义民公平监督收取，先从远处征收，再收近处，仍限定日期，某日收取某乡的秸秆，避免长期堆积；秸秆随到随收，不让百姓长时间等候。征用夫役时先划分等级，对最贫困的下下户，每日仍给予粮食二升，避免饥饿。以上措施均在丰收之年施行，荒歉之年则停止；即便开创工程未能完成，也可留待日后继续，不必追求一时完成。如此一来，不出十余年，京城附近大半地区都将有坚固的城垣，这是保护百姓、拱卫京城最重要的措施。
工部均回复准从所议。
户部给事中夏子阳请求补充司道官员、恢复行取官员（从地方选拔京官）的任命，以整顿吏治、重视抚按权力、制约税监随从的奸邪行为，以严肃纲纪，皇上没有批复。
初二（乙丑），大学士沈一贯请求在本月二十一日照常撰写讲章进呈阅览，皇上准允。
因灾害荒歉，免除扬州府所属州县额定解送的麻、铁、蒲草等项银两，这是采纳了巡按官员的请求。
初三（丙寅），补赐辅臣年节应得的白银、纻丝，及讲官的赏赐，各有不同。
升任陕西副使李徽猷为右参政，仍管理原地方事务；陕西左布政使霍鹏等候服丧期满，甘肃行太仆寺卿周裔先等候病愈，各按原官起用，这是为了叙录甘肃大捷的功劳。
初四（丁卯），派遣官员祭祀先师孔子。
升任山西右参政杜潜为按察使，仍管理原地方事务，因他在朝鲜善后事务中有功。
废除国子监纳银入贡的制度，这是采纳了祭酒郭正域的提议。
初五（戊辰），工部尚书杨一魁回复河南巡抚曾如春的奏疏：“近来因蒙墙寺等口决堤，黄河全部向南改道，势头趋向永城、宿迁，如今若不紧急治理，转眼雨水上涨，洪水泛滥，不仅百姓遭受淹没之苦，恐怕祖陵也会有被侵蚀的危险。修筑汴堤以阻挡黄河南徙，确实是当前保护祖陵的关键措施。但工程浩大，费用不下九万两，该省每年用于河工的修缮费用仅六万余两，应留存漕粮折银、临清德州二仓赃罚银、事例银等，以补充急需。此外，汴堤从归德向上到灵璧、虹县，与仁石堤相连，长达数百里，若如今河南境内已修筑完好，而灵璧、虹县一带仍残缺不全，那么洪水仍会全部向南奔涌，此前的工程也将白费，应一并修筑加固，才能确保万全。宿迁小河口是睢水泄洪的旧河道，河渠尚未深广，加上耿车、时儿滩的横堤年久失修，无法抵御洪水，当前之计，应迅速疏浚小河正渠，同时修筑加固耿车等堤，使黄河水流全部归入小河口，这样洪水泛滥的情况自然消除，祖陵或许可无后顾之忧。但此前的堤坝若全部修筑、决口若全部堵塞，倘若下游不疏浚，上游必定再次淤塞，恐怕决堤的祸患又会发生，应行文各该省巡抚同心兴办，不分彼此。以上工程均限定在春季完成。”皇上赞赏并采纳了他的建议。
初七（庚午），大学士沈一贯进言：“吏部苦于官员推补未能完成，都察院苦于御史差遣未能充足，恳请皇上俯允他们的请求。”皇上没有批复。
因灾害荒歉，免除山东钜野、嘉祥、武城、曹州、济宁、定陶、峄县、鱼台、朝城、观城、濮州、金乡、滕县、莘县、单县的部分粮税，改折征收一年（实物税折算银两）。
初八（辛未），为皇太子举行纳吉、纳徵、请期（古代婚礼六礼中的三礼）及册封皇太子妃仪式，命侯陈良弼担任正使，尚书冯琦、侍郎朱国祚担任副使，持节行礼。
册封制书说：“朕认为，太子是天下的根本，婚姻是伦理教化的纲领，效法阴阳之道以开创人伦，礼仪注重端正人伦初始，寻求贤淑女子以承担内宫职责，思考在于选拔贤才。如今已选中贤淑之女，于是颁布明确的命令。咨尔郭氏，资质纯粹温婉，品德美好温和，出身名门世家，熟悉诗书礼乐，经女师教导，恭敬修习服饰首饰的礼仪。《诗经》中河洲之咏虽无其声，却符合其中的和谐之意；渭水之滨的诗篇虽无其文，却契合其中的吉祥之兆。因此，派遣使者持节册封尔为皇太子妃。呜呼！我朝祖宗家法十分严整，远超汉唐；我圣母的内宫典范尤其端正，堪称当今的任姒（古代贤后）。尔既已符合吉兆，应当与皇太子相互警戒，如鸡鸣般勤勉，辅佐太子成就贤德，明确妇人的本分，辅助开启后代基业，广泛延续皇室血脉。《诗经》歌咏‘于归’（女子出嫁），辅助我国都的教化；雅诗赞美‘好合’（夫妻和睦），顺从父母的心意。恭敬遵行训示，诚心接受众多福泽。”
把总萧靖国训练朝鲜军兵完成，兵部回复题请，应酌情补授一官以酬劳绩，同时申饬朝鲜国按时加强操练，分布防守，不得因安定而放松戒备，重蹈覆辙。皇上批复同意。
闲居的安远侯柳＜棥心＞勋请求留在南京奉养母亲，皇上准允。
初九（壬申），工部尚书杨一魁上疏进言：“袍服制造数量众多，缺乏工匠，不得不选拔补充，但国家财政尚未宽裕，尤其不可过多选拔以增加浪费。请允许臣部行文内监及各该衙门，核查先前收录的工匠中，有名存实亡及现今年老无法服役的，全部列出名单，本部立即行文五城地方，按数选拔补充，这样既不减少原有名额，又不增加月米（工匠的粮食补贴），对国家财政也略有补益。”皇上圣旨：“遵奉先前的谕旨，按数选拔补充工匠，送往内监服役。各衙门原本未题请，为何擅自核查滋扰？暂且不予追究。”
初十（癸酉），孝贞纯皇后（明宪宗皇后）的忌辰，派遣官员祭祀茂陵（宪宗陵墓）。
十一日（甲戌），福建晋江、南安、惠安、同安、莆田、仙游等县遭遇灾害，按灾害程度予以减免赋税、赈济百姓。
十三日（丙子），皇太子亲自前往妃府迎娶，婚礼完成。
三边总督李汶因平定洮岷（洮州、岷州）生番（未归附的番族）六忍、熟番（已归附的番族）力节的功劳，上疏请求为巡抚贾待问、总兵孙仁、兵备副使袁弘德等及参与其事的文武官员评定功劳等级，给予优厚叙赏。
十四日（丁丑），因皇太子婚礼完成，赐予辅臣茶饭。
宴请朵颜等卫进贡的夷人邦失等二百十七人，命侯陈良弼负责接待。
十五日（戊寅），大学士沈一贯因皇上召太医院官员进宫诊脉，呈递揭帖询问皇上的起居状况。
兵部进言：“整个套虏（河套地区的虏寇）请求通款讲和已久，宁夏镇至今未确定商议方案，请求催促商议，以便覆奏。”皇上圣旨：“准。”
十六日（己卯），礼部因皇太子婚礼完成，请求皇上升殿接受朝贺，皇上传旨免朝。
皇太子奉皇上命令，在文华门接受群臣朝贺，群臣行四拜礼。
皇上患病，召见辅臣，下令停止矿税，释放被逮捕关押的人员，补用科道官员，恢复建言获罪诸臣的官职。
当天巳时，皇上紧急召见辅臣及部院等官到仁德门，单独召辅臣沈一贯进入启祥宫后殿西暖阁。当时中宫皇后、翊坤宫妃嫔都在养病，未在身边侍奉，皇太后面向南站立，稍靠北位置；皇上穿戴冠服，在地上铺席而坐，稍靠东偏西南方向；皇太子、各位亲王环绕跪在面前。沈一贯叩头问安后，皇上说：“沈先生来了，朕病情很重，身体虚弱，在位时间也已长久，没什么遗憾了。佳儿佳妇，如今托付给先生，先生辅佐他做个好皇帝，有事情还要劝谏纠正他，让他讲学勤政。矿税之事，朕因三殿、两宫尚未建成，暂时采取的权宜之计，如今应传谕停止，各地的织造、烧造（烧制瓷器）也都停止；镇抚司及刑部此前关押的罪犯，都释放复职；因建言获罪的诸臣，都恢复原职；行取（从地方选拔京官）的科道官员，都准允补用。朕见先生这一面，就要舍弃先生而去了。”沈一贯高呼万岁称谢，进言说：“皇上圣寿无疆，怎能如此多虑？希望皇上宽心静养，自然会恢复安康。”说着不禁失声痛哭，皇太后、皇太子、各位亲王也都哭泣。皇上急忙起身上床，沈一贯又奏报：“六部尚书有三人请求辞职，希望皇上谕令他们留任处理事务。”皇上说：“兵部尚书田乐、户部尚书陈蕖，都令其立即出来供职；工部尚书杨一魁不堵塞黄堌口，冲犯朕的祖陵，着令革职为民。”沈一贯再次叩头退出，拟定圣旨，当晚在朝房值班住宿。
礼部等衙门、礼科等科联合奏报，询问皇上的病情。
二更时分，守宫官员将圣谕送到辅臣住所，谕旨内容与皇上当面所说一致，只在中间增加：“南京供应机房属于旧制，连同苏杭织造，内官有负责御用及婚礼袍服的，都着令照旧；已采集征收在官的金银等物品，及织完的绒匹、烧完的瓷器，还着令原派遣的内官押运进献；如有奸恶之徒拦截阻碍，及驿站供应延迟缓慢的，指名参劾处置。”几句。沈一贯回奏：“臣正询问众医皇上所患病症，他们都说绝无意外，不必过分担忧。况且今日明旨一下，造福天下的功绩无穷，普天之下万众同祝，天地神明暗中保佑，只需皇上耐心静养，安康的喜讯必定指日可待。所奉圣谕，臣立即传示各衙门，向天下公布，让众人共同祈祷皇上圣寿万年。原谕旨文本将恭敬收藏在内阁，载入信史，让世人知晓大圣人的作为远超寻常。”
十七日（庚辰），皇上派遣文书官到内阁，要收回此前的谕旨。大学士沈一贯题奏：“昨日恭奉圣谕，臣与各衙门官员都在朝房值班住宿，当时立即知晓，消息传播迅速，已传达施行。顷刻之间，天下都已知晓，要一一收回实在困难。已成的命令既已下达，反悔并非适宜之举，惟望皇上三思，以保全完美的德行与大业，增添长寿与福运，臣不胜忠诚爱戴之情。”
十九日（壬午），户部尚书陈蕖因河南巡抚曾如春为修筑汴堤，直接截留漕粮折银、赃罚银、事例银等，上疏争辩说：“河堤修筑事务隶属于工部，应由工部自行筹措经费，若其他部门的钱粮，必须行文协商后才能开支准许，没有直接截留的道理。漕粮折银、赃罚银、事例银等，是本部接济边饷的正额款项，如今内库极度匮乏，日夜催促仍担心延迟，眼下今年的年度军饷二百余万两无银可发，万一军饷无法供应，突然发生意外变故，谁来承担责任？查阅以往文书，没有因河工而直接截留边饷的先例，实在万万难以依从。”皇上圣旨：“你部称钱粮匮乏难以借支河工，但河工正紧急需要费用，工部立即设法筹措后奏报。”
总督两广都御史陈大科去世。陈大科是直隶通州人，隆庆五年进士，从河南推官做起，被召为给事中，累官至太常寺卿、右副都御史，巡抚广西，升任兵部右侍郎、总督两广，加授右都御史，到这时在家中去世，朝廷赐予祭葬全礼，追赠兵部尚书。
二十日（癸未），谕示内阁：“朕此前头晕目眩，召见卿当面谕示的事务，关于矿税等项，因两宫、三殿尚未建成，国库空虚，暂时采取的权宜措施，如今国家费用不足，难以停止，仍着令照旧施行，待三殿建成，该部题请后再停止。其余事务，卿再斟酌应当施行的，拟定圣旨呈奏。”大学士沈一贯回奏：“如今皇上身体刚康复，正应更加注重调养，承接上天的福泽，怎能因区区财物而妨碍休养？臣希望皇上暂且不要为这些事务费心，安心静养，保全自身与百姓，实为幸事。容臣三思后再奏报。其中事情无疑应施行的，如推补行取的科道官员、起用因建言获罪的诸臣、释放因矿税建言获罪的犯人，臣已拟定三道圣谕，惟望立即批准下发，预先慰藉朝廷内外的期盼。”皇上回复知晓，所拟定的圣谕中，仅行取科道官员的一道下发，其余未下发。
任命曹于汴、翁宪祥、萧近高、宋一韩、孙善继、钱梦皋、胡忻、李成已、钟兆斗为六科给事中，沈时来、方大镇、孔贞一、钱桓、余＜棥心＞衡、杨廷筠、刘九经、张攸渠、乔应甲、左宗郢、汤兆京、康丕扬、沈裕、王夔龙、温如璋、金忠士、李培、高攀枝、史学迁、沈正隆为各道御史；南京的科道官员为储纯臣、金士衡，道臣为孙居相、胡鹗、周＜棥心＞相、关扬、李云鹄、史弼。命令下达后，诸臣当天谢恩赴任，这是遵照“立即到任管事”的圣旨。
二十一日（甲申），乾清宫、坤宁宫动工兴建，辅臣沈一贯恭敬前往视察，皇上赐予茶饭，此后每月成为常例。
命礼部铸造河漕道的关防（官印）。
江西税监潘相的舍人（亲信）王四等人在饶州横行霸道，激起民变，导致器厂被烧毁，潘相诬告通判陈奇可不能捉拿救险。皇上圣旨：将陈奇可逮捕，陈奇可上疏自我辩白，皇帝没有批复。
二十二日（乙酉），原任大学士申时行、王锡爵因册立、册封及为圣母加尊号之事，分别呈递奏疏庆贺，皇上回复知晓。
孝陵奉祀、魏国公徐弘基的府邸被火烧毁，徐弘基具疏奏报，皇上怜悯，下令相关部门查看后奏报。
翰林院编修郭淐、刑部办事进士张九德因押送诏书延迟，各被剥夺四个月俸禄。
命礼部铸造龙江、瓦屑二关的抽分关防（征收商税的官印）。
二十四日（丁亥），吏部尚书李戴等联名上疏进言：“百姓听闻停止矿税，喜悦如同重获新生。当天午后，忽然隐约听闻皇上心意似乎有迟疑，众人都认为期盼多年，才换来皇上心意转变，未曾想不到一天又要改变。从此之后，百姓还有什么指望？臣等不敢议论民情政体，只就当前皇上身体安康、圣德完美的策略进言：昨日恩旨一颁布，随即听闻皇上身体清爽安康，一念之间带来吉庆，一句话如同甘霖，上天眷顾圣德，如同回声回应声音。既然因言论而感动上天，怎能在感动上天后又中途改变？谚语说‘分散（恩惠）则为福’，分散既是福，那么聚集（不施恩）就是灾。如今已明确昭示仁德，全部停止矿税，一人的恩泽遍及四海，四海的歌颂归于一人，以此为福，难道还能限量？皇上试想，昨日患病时，即便有如山的黄金，又怎能解救病痛的万分之一？财物的无用，也由此可见。从今以后，皇上身体日益安康，与天下人共享太平欢乐，拥有天下，难道还担心贫穷？臣等不敢再提其他建议，只希望皇上坚决施行此前的谕旨，几句话之间成就千古功业，收回四海民心，安享世间美名，长久保持完美的福运。臣等所说的皇上身体安康、圣德完美的万全之策，没有比这更重要的了。”皇上不听。
户部也上疏进言：“听闻矿税照旧施行，臣等不胜惊惧。如今天下臣民都以先前的圣旨为依据，必定不会认为有再次开采征税的道理；即便在外的内官，听闻停止矿税的命令后，必定已押运现银返回京城，怎能再返回地方照旧开采？各地百姓惊疑惶恐，各自依仗明旨，反而会酿成祸端。况且天子无戏言，无论前代还是祖宗以来，从未有圣旨已施行却又中途停止的情况。昔日孔子与子贡谈论政事，认为宁可舍弃粮食、舍弃军队，也不敢舍弃信用。如今矿税所进献的，无非是作为军饷、粮食的来源，怎能舍弃信用而加重百姓的困境？臣等甘愿承受鼎镬之刑，不敢遵奉此命。”
二十七日（庚寅），太仆寺卿南企仲上疏弹劾吏部尚书李戴、刑部尚书萧大亨：“如今内阁传达的圣谕已过数日，却未听闻吏部恢复哪位官员的官职，有人说已发交台省（御史台、六部）查访，有人说尚未确定商议方案。那些因建言获罪的诸臣，众人有目共睹，吏部职责在于识别人才，平日怎能没有定论？况且这项恩典，去年已有起用被埋没官员的诏书，为何过了一年仍不施行？李戴常对人说‘皇上不用建言诸臣，我有什么办法’，却在去年冬天拜受诏书、今年春天奉谕后，仍如此犹豫不决。知晓有贤才却不任用，是旷废职责；奉命却不执行，是蒙蔽贤才，有这两条，臣认为李戴应当罢官。
刑部关押的囚犯，最伤天地和气，一旦施行宽政，无异于让他们重获新生，而萧大亨却仿佛没有听闻。臣在途中遇到他的下属，询问缘由，下属说‘是为诸臣讨取保结’，圣谕何曾有‘保结’的说法？更奇怪的是，萧大亨的奏疏中称‘应释放的释放’，可曾释放过一人？已经奉旨却不遵行，甘愿拖延观望；未释放却声称释放，实在是欺君罔上，有这两条，臣认为萧大亨应当罢官。
推究二臣的意图，莫非是援引矿税之事，效仿户部伏地请求，以此自我解脱？矿税的两道谕旨稍有不同，但从未听闻再次命令杨一魁（此前谕令杨一魁革职），同样是圣谕，杨一魁的命令施行不到一天，李戴、萧大亨却将其视为常规旧事，臣实在无法为二臣辩解。”奏疏呈上，皇上谕示内阁：“南企仲不以君父为重，专门收买人心、施恩于人，新老因建言获罪、被降革的诸臣，都不准恢复官职。因矿税牵连的人犯，刑部、镇抚司仍牢固监禁，不许纵容。南企仲本当重治，姑且降一级调用，不许含糊推升。李戴、萧大亨奉公守法，立即出来处理事务，不许再上奏烦扰。”
大学士沈一贯回奏：“捧读圣谕，其中处置各项事务，以及慰留李戴、萧大亨，更见皇上思虑周全、精神充沛，臣不胜喜悦欣慰。皇上身体刚康复，以休养为重，一切外事都应搁置，臣会传示二臣，令他们立即出来供职，不要上奏烦扰，以免劳累皇上。皇上也应澄清思虑、摒弃杂念，顺应自然，不再将琐事放在心上，以迎接无穷的福运。那些因建言获罪的诸臣、因矿税牵连的人犯，皇上心中已加以怜悯，恩旨必定会适时颁布。恩泽出自朝廷，实在不是臣下所应私自施予的，惟望皇上以天地为心，以宽广为德，不要因臣下的烦言而长久搁置已有的仁德之意，为天下人赐福赦罪，也就是为皇上增添福运、消除灾祸。臣不胜恳切期盼。”
南京户部尚书张孟男因衰老患病请求辞职，皇上不允许。
益王朱翊鈏请求为内使王奉等十人授予冠带，礼部按惯例奏报，皇上准允。
二十八日（辛卯），皇上再次谕示内阁：“朝廷开征矿税等项，因两宫、三殿尚未建成，国库空虚，是暂时采取的权宜措施，昨日已有谕旨，只是传闻尚未确定。卿可传示该部院，立即行文给各处钦差内官及抚按等官，都着令照旧遵行，待三殿建成，题请后再停止。如有违抗阻碍的，一体治罪。”
大学士沈一贯进言：“所奉圣谕，臣应当传达施行，但臣受皇上大恩，一旦有差错，后悔莫及，因此冒昧仔细筹划、深入考虑，以等待皇上裁决。皇上既然说停止矿税有期限，何必多颁布谕旨？这道谕旨若传达下去，不仅不能禁止人们烦扰，反而会招来更多烦扰。皇上聪明如神，对此或许偶然没有深思。恩旨颁布后，部院怎能完全遵奉行文给各抚按？臣知他们必定会执意上奏争辩；那些抚按官又怎能完全遵奉而无后续议论？臣又知他们必定会执意上奏争辩；科道及南北两京十三省的官员，又怎能默默无声？臣又知他们必定会执意上奏争辩。如此一来，臣正劝皇上静养，反而导致皇上增添烦忧，臣怎能忍心？臣又有何罪可逃？人们既已烦扰，皇上也必定会收到众多弹劾臣的奏疏，臣无法再侍奉皇上一天了。昨日吏部、刑部只因请求命令未得到答复，弹劾的奏疏已随之而来，皇上虽有明谕，他们仍都闭门不出，二臣尚且如此，臣的处境可想而知。臣若遭受一次弹劾，绝无苟且留存的道理，此时恐怕会让皇上动气，花费精力处置，臣不足惜，只是恐怕不是国家之福。因此反复思考，不敢轻易传达，以免因众人的议论而干扰皇上的静养。惟望皇上再加斟酌，慎重发布诏令，臣自知无能，不称职任，谨伏在草席上等待治罪，请旨裁决。”
临淮知县林錝被广东采珠太监的随从赵安诬告，称赵安经过临淮时，林錝不供应夫役，撕裂勘合（官方文书）、抢夺银两，皇上严厉下旨将林錝逮捕。到这时，林錝被捆绑押解起程，凤阳巡抚李三才上疏为其辩冤，林錝也自我辩白，皇上均未批复。
二十九日（壬辰），吏部尚书李戴奏言：“因建言获罪的诸臣，都是一时的贤才，人们都盼望陛下收录任用已久。不久前陛下慷慨下达明谕，臣立即核查他们的职名，正准备上疏奏报，却因矿税之事未决断，先前的谕旨被收回。陛下身体正在静养，各类奏疏都无法呈上，臣心急如焚却无可奈何。转眼之间，错失良机，即便臣自己也深感懊悔。南企仲为国家着想的心意，胜过臣一筹，臣十分佩服他的直言。陛下有这样的美意，臣却不能顺势将恩泽传遍天下，臣的罪过实在万死难辞。臣的病已很重，正处在生命将尽之时，一是因不能劝谏君主，导致官员职位空缺过半，应当离职；二是如今又不能推广陛下的德意，辜负天下人的期望，应当离职；三是古人说‘大臣以正道侍奉君主，行不通就辞职’，臣不能引导君主走正道，又不能辞职，怎能还厚着脸皮位居百官之上呢？”
刑部尚书萧大亨奏言：“自从矿税征收以来，案件株连蔓延，牵连无辜，臣身为刑部官员，亲眼目睹这些苦难，内心的怜悯之情，不在南企仲之下。只是臣遵奉敕谕，分条列出事项奏报，南企仲或许不清楚其中的细节罢了。如今监狱中，只有湖广生员沈希孟等一起人、原任御史曹学程一人，其余的要么已定罪发配，要么已革职回籍，并不在狱中；若有尚未送审的，又由镇抚司监禁等候处置，与臣部无关。敕谕中没有指名释放的人员，臣自然不敢擅自决定。于是行文各部门，查明诸臣的姓名及获罪应释放的缘由，一边奏报，一边释放，起初没想到已下达的命令会立刻收回，奏疏送到会极门，却被坚决拒收。此事出于意外，实在难以预先预料。南企仲督促责备臣，臣也能理解，他见陛下的恩泽已开始施布却又受阻，百姓将要获得生路却又陷入困境，于是指责臣执行不力，因此没来得及考虑事情存在诸多阻碍。臣希望陛下罢免臣的官职，仍将因矿税牵连的人犯及建言诸臣特别予以宽释，臣即便退居乡野，也会感到无比荣耀。”
二人各得圣旨：“已有特别谕旨，部院事务繁多，卿等应遵奉谕旨立即出来供职，不得再陈请辞官，以免增添烦扰。”
户部尚书陈蕖等人因皇上反悔停止矿税之事，详细陈述六条不可行的理由，皇上不听。
三十日（癸巳），户部回复巡仓御史严一鹏关于漕运政务的五件事：
一是“明确浅滩管辖以避免推诿”：桃花浅到王家摆渡浅，归属钞关主事管辖；里二泗浅到中心楼浅，归属通粮郎中管辖，议事文书中规定得十分明确。但从王家摆渡浅到里二泗浅，是最容易搁浅阻滞船只的河段，这是钞关与通粮郎中管辖的交界处，双方常常互相推诿。此处的合站浅，应专门归属通粮郎中管辖，驳船（转运搁浅船只粮食的小船）的运费及管辖区域，沿用旧例已久，难以另行商议。只需行文管河司官，严格督促差役，将王家摆渡等浅滩疏浚至足够深广，若有懈怠玩忽、导致河道堵塞的，立即参劾追究。
二是“补足剥船以保障转运”：河西务额定设置剥船八百只，归属开关主事管辖；石土二坝设置剥船二百七十只，归属通粮郎中管辖。如今剥船有的因破损维修、有的被私自挪用、有的数量缺失，导致起剥转运延迟。提议从今年开始，每年春季初，对所有剥船进行查验，破损的及时修理，务必补足原额数量，不许剥船驶出管辖区域。
三是“调整过闸顺序以加快漕运”：议事文书中规定，黄河河道宽阔，允许超越船队过闸；闸河（设有水闸的运河段）则不允许。近来昌密地区的边粮漕船，无论是否在闸河段，都擅自超越，而被超越的仅限南粮漕船。经查，山东、河南每年的漕粮，有派拨总海船（大型海船）运输的，山东、中都地区都有总浅船（浅水区专用船）。海船船体沉重难以牵引，浅船虽行驶便捷，但按惯例不敢抢先，导致延误时日，最终因冰冻滞留。拟行文巡漕御史，允许浅船超越海船，先抵达通州，将粮食盘运至泓船（大型运输船）后，泓船再前往交纳；海船到达后，泓船再返回接运。若有延误的，听凭漕运司官捉拿追究，并将此规定补充进议事文书。
四是“规范运官交接以杜绝懈怠”：议事文书中规定，把总等运官必须等粮食全部交完后才准许交接离任，这是既定惯例。如今有的运官不等接替人员到任、粮食未入仓就离任赴新职，依法应当严惩，以警示后人。同时咨文总漕衙门，申饬十三把总（漕运武官），务必遵守议事文书的规定，违者参劾追究。
五是“明确漕储道职责以协同治河”：漕储道专门为漕粮事务设立，职责专一，疏浚河道、调配剥船、押运催缴等，各有分管；霸州、密云的兵备道，也负有河道管理职责。提议漕储道大臣在粮船全部进入闸河后，先前往天津，会同户、工部大臣及霸州、密云兵备道大臣，同心料理河道事务。
皇上命依照所议执行。
命锦衣卫指挥使李桢国为北镇抚司理刑官，原理刑都指挥佥事周嘉庆升任都指挥使，仍一同管理理刑事务。
卷之三百六十九
万历三十年闰二月初一（甲午朔），户部回复贵州巡抚郭子章的提议：“贵州土地贫瘠、物产微薄，财力难以自给，更何况正值平定播州之乱后，又遭遇灾荒。用湖广、四川应解送的银两抵扣赈济费用，并非额外征收。既已承蒙钦准，负责征收的官员却任意拖延，应分别处罚，以惩戒违抗怠慢之罪。仍恳请陛下颁布谕旨，叮嘱湖广、四川的抚按大臣，将长沙府属尚未缴完的粮银先挪用三万两，连同乌撒、乌蒙、镇雄、东川四土府尚未缴纳的本色米一十二万六千余石、银一万两，限期立即解送贵州，用于赈济饥荒；其余尚未缴完的协济粮银，务必一并解送完毕，不得像以往那样视若无关（“秦越”喻疏远隔绝）而推诿。”皇上圣旨：“准从所议。”
保定巡抚汪应蛟上疏进言：“自从征收矿税以来，百姓怨声载道、民不聊生，早已心生不满，之所以未立即爆发动乱，只因听闻矿税即将停止，姑且忍耐等待。如今矿税已宣布停止，却又未能兑现，恐怕民心惶惶不安，各地若有草莽之辈聚众起事，即便有张良、陈平那样的智谋，也无计可施。陛下即便不重视诏令的权威，又怎能拿国家江山当儿戏呢？”皇上圣旨：“矿税之事已有多次谕旨，本是临时权宜之策，自有停止之日，不必再上疏烦扰，着各地方官专心管理本地事务。”
矿税最终未能停止，各省直巡抚刘四科、杨时宁、安文璧、黄克缵等，巡按赵标、黄吉士等，先后接连上疏为地方请求停止矿税，皇上或回复“照旧执行”，或不予批复。
凤阳巡抚李三才提议治理黄河的紧急策略：“从镇口闸到磨儿庄，仿照闸河制度，每三十里修建一座水闸，按时开启关闭，以接济新的漕运；从坚城集到镇口闸，需疏浚河道，约需耗费白银一十九万余两，必须留存漕粮才能完成此事。”工科官员反驳道：“因治河而留存漕粮，如今太仓、通仓的粮食仅够两年支用，万一发生变故，后果不堪设想。”工部从中调停，综合两方意见覆请皇上，皇上圣旨：“疏浚河道、修建水闸及留存漕粮等事，令总河大臣、巡抚尽心研究，承担责任施行，准许他们灵活处置、调用物资动工，不得推诿延误。”
初二（乙未），户部回复仓场右侍郎赵世卿的提议：“漕粮有‘正兑’（直接解送京仓的漕粮）、‘改兑’（解送通仓的漕粮）之分，正兑漕粮解送入京仓，改兑漕粮解送入通仓。以往因两仓每年有固定收纳数额，而改兑漕粮数量较少，常常调拨正兑漕粮补充通仓。但臣认为，地域有轻重之别，形势有缓急之差：若京城粮食充足，何必担忧通州这一弹丸之地的供应？即便通州粮食充足，又怎能解决京城的紧急需求？况且京营官军前往通仓支领粮食，路途遥远、等待耗时，还苦于搬运，常常将粮食折算成铜钱，仅能换到半价——名义上有一石粮食，实际到手却不足半石。万一发生变故、人心骚动，士兵空腹待食，却要让身披铠甲、手持兵器的士兵到数十里外取粮，往返后才能做饭，这难道不难吗？
应从现在开始，不拘泥于京仓、通仓三七分或四六分的旧例，将漕粮正兑全部解送入京仓；待三五年后京仓粮食稍有充裕，再仍将部分正兑漕粮改拨通仓，以补充改兑漕粮的不足。至于灾荒折粮银，本是用来折算漕粮的，并非折算九边军饷——有一石粮食的折算，就应有一石粮食的银两；有一石粮食的银两，就可抵扣京营官军一个月的军粮。为何近年来一概混合支用，导致银米两空、捉襟见肘？应从现在开始，凡各省直征收的折粮银解送部里时，单独收贮一处，专门用于春秋两季发放官军的折色（银两）军饷，同时咨文各抚按：若非严重灾荒，不许擅自请求改折；严格督促有关官员按时征收兑运。如此数年，优先充实京仓、再补充通仓，两仓的储备就能逐渐充裕了。”皇上认为可行。
初三（丙申），吏部尚书李戴奉旨到部办公，上疏奏言：“臣所掌管的是用人事务，因建言获罪的诸臣，陛下已慷慨下达明谕起用，这实在是千古罕见的盛德之举。如今因臣被人弹劾，竟导致陛下动怒，使得陛下的恩诏受阻无法施行，臣的内心怎能安宁？臣一接到明谕，就不敢推辞，是恭敬遵奉陛下的命令；虽已到部谢恩办公，却始终不能安心，是担忧自己未能尽职。陛下的德音出自独自决断，原本不因人而施行，怎能因人而中止？况且太仆寺卿南企仲的上疏，只是出于一时的意见，并非在野诸臣的罪过。惟望陛下怜悯臣的一片苦心，准许按照先前的谕旨起用建言诸臣，如此则陛下的英明决断更加彰显，陛下的恩德更加深厚，臣也能在官员行列中有颜面立足了。”皇上圣旨：“览阅奏疏，已知晓此事，仍等候旨意施行。”
套虏（河套地区虏寇）前来请求通款讲和，朝廷准许。此前，朝廷停止对套酋的“市赏”（贸易赏赐），至今已十余年。万历二十四年，套酋曾请求通款并进献马匹，皇上下诏准许给予马价；后来因各酋侵扰不断，万历二十七年明朝修筑松山边疆，各酋又言语傲慢叛逆，双方开战，明军斩杀俘获近三千人，通款之议随之停止，朝廷一心用兵。
万历二十八年，吉囊、著宰等酋表达归顺诚意请求通款，使者络绎不绝来到延绥、宁夏二镇，二镇担心虏寇性情狡诈，都未准许。到万历二十九年，吉囊等酋听闻延绥巡抚王见宾即将离任，担心通款之事落空，哀求更加急切。王见宾认为，酋首们的心意确实出于恭顺——此前请求讨取王印、松山等八项要求，如今不再提及；询问道员、将领，众人都说：“陕西百姓缴纳的军粮大多拖欠，年度军饷又不能按时解送，若再遇到年成不好，士兵饥饿呼喊，祸患就会发生在内部，哪有闲暇与夷虏结怨？况且通款每年花费不过三万余两白银，若边境无战事，士兵无需调遣，节省的客兵粮草军饷，数额足以与之相当——让士兵休养、同时慢慢修整战备，没有比这更有利的计策了。”
于是，王见宾传召庄酋等酋首聚集在城墙下，列举他们的罪过并晓谕利害，夷使唯命是从；又因万历二十四年酋首进献马匹的马价尚未领取，前任巡抚刘葵曾额外加给银货八百两、每月供应马匹十匹，以及商议恢复“市贡”（贸易与朝贡）的日期，王见宾请求朝廷商议。兵科左给事中桂有根进言：“国家给予边疆大臣的权力，全部委托给督抚，原本就不通过廷臣从中制约，不必让众多官员商议，责成一名巡抚负责即可。”皇上认为正确。
宁夏巡抚杨时宁也趁著宰等酋认罪立誓之机，传召酋首晓谕，要求他们遵照往年圣谕：“一年无侵犯，才准许一次通款贸易”“恭顺在前，赏赐在后”，酋首也唯命是从。等到延绥巡抚孙维城接替王见宾、宁夏巡抚黄嘉善接替杨时宁后，又与各酋当面对质、结盟，如同此前约定——每年只按照万历十六、十七年的赏额给予，丝毫不多加；两镇新旧巡抚会同总督三边尚书李汶及兵部详细商议多次，都认为通款有利。皇上圣旨：“虏寇既已真心归附，该总督及延绥、宁夏二镇的新旧巡抚等官已确定商议结果，都认为可准许通款，不必再进行会议。准允恢复市赏，以往革除的赏额不许补给。今后两镇官员务必坚持固定数额，不得听从酋首额外请求、私自增加赏赐；仍遵奉先前的谕旨——‘一年恭顺，才准许一年市赏’，若有侵犯立即革除，切勿轻易接受‘罚服’（虏寇缴纳财物赎罪）、敷衍开启贸易。还令该镇拟定善后长远策略奏报。”
五军九营游击李登、勇士营生营童钟被革职，神枢八营参将传良桥改调南京任用，这是采纳了京营御史的弹劾建议。
荫封巡抚云南右都御史陈用宾的儿子陈斗昭为锦衣卫百户，准许世袭，隶属于衣中所。
初四（丁酉），兵部尚书田乐仍以生病为由请求退休，皇上念及他的功劳业绩，颁布优诏安慰挽留。
准允已故丰城侯李环的儿子李承祚袭封祖父的爵位。
升任河南副使朱思明为右参政兼佥事，专门管理河道；开封府知府宋荐为副使兼右参议，分守河南道；南阳府知府邓启愚为副使兼右参议，分守汝南道，这是采纳了巡抚曾如春的请求。
调任原浙江右参政唐守钦为山东右参政兼佥事，管理青州兵备道事务。
调拨太仆寺白银二十一万三千五百一十二两到辽东，补充万历二十七年、二十八年、二十九年三年的年度军饷，用于购买马匹，这是采纳了巡抚赵楫的请求。
初五（戊戌），准允汀州府知府黄应奎告病，加授副使衔退休。
初七（己亥），福建候代巡抚金学曾题奏：“自担任福建巡抚至等候接替期间，六年内节省军饷、查出应补入库的银两共计一十二万七千四百余两。恳请行文新任巡抚会同巡按御史，将这笔银两先扣除偿还借给新兵的银四万七千二十四两五分，其次扣除偿还借给旧兵的银七万余两；并将带征的拖欠军饷，由布政司制定法规、设立账簿，分年限征收，听凭巡抚、巡按互相核查监督。”户部回复准从所议。
初八（庚子），补赐辅臣在圣母万寿节应得的白银、纻丝，及讲官的赏赐，各有不同。
工部署部侍郎姚继可上疏进言：“本部的额定征收钱粮原本就不多，只因织造、烧造（烧制瓷器）等事务的推行，解送、留存、支用后，已耗费过半，因此部库日益匮乏，难以筹措。且该省每逢灾荒，百姓缴纳赋税不及时，小民遭受鞭笞之苦；造办物品不按时完成，工匠遭受催促逼迫之累——劳民伤财已非一日。昨日圣谕一颁布，臣民正以为能仰见天日、得以喘息，不料很快因各监的请求，仍令继续烧造织造。臣担心小民听闻后，疑信交加，欢呼的神情转为怨恨叹息——无论是否发生意外变故，即便日后再颁布诏令，百姓恐怕也不肯相信了。臣职责所在，不敢沉默不言。”皇上圣旨：“袍服、器用等物资难以停止制造，令遵近期的谕旨造办，按次序解送，不得延误。”
赵嘉庆、秦希武等人因贪污被追缴赃款，发配充军。
初九（辛丑），升任云南鹤庆军民府知府祁汝东为两淮都转运盐使司运使。
宴请海西脱伦兀等卫进贡的夷人看只木等一百一十一人，命侯陈良弼负责接待。
初十（壬寅），河南分守右参议陈震因巡按御史袁九皋弹劾，被降一级，调往清闲地方任职。
准允墙子岭关提调朱崇道因病辞职回卫，任命武清镇抚杜逢春升任署指挥佥事接替。
工科署科事给事中胡忻等上疏请求完成两宫（乾清宫、坤宁宫）工程，其他如大高玄殿、昭和殿、景仁宫等工程，及各花园、果园、亭轩、台榭等营造，都属于不急之务，全部停止——集中财力拯救祖陵、漕运的祸患，预先储备宫门、殿堂的修建物资。皇上没有批复。
吏部上疏，秉承皇上旨意起用被废黜的官员，将邹元标等一百一十四人的名单按年份开列奏请，皇上没有批复。
十一日（癸卯），升任工部右侍郎姚继可为工部尚书。
命司礼监太监田义一同阅视京营，这是采纳了兵部按惯例提出的请求。
十二日（甲辰），升任翰林院检讨王图为右春坊右中允，掌管南京翰林院印信。
礼科都给事中张问达上疏请求停止辽东太监高淮修建经阁，以节省财力、安定贫困的边疆，皇上没有批复。
江西道御史杨文＜艹洍＞等上疏请求停止矿税、彰显朝廷大信、成就完美盛事，皇上没有批复。
十三日（乙巳），准允已故宁晋伯刘应元的儿子刘天锡袭封祖父的爵位。
十四日（丙午），将副使黎芳留在陕西，管理靖虏兵粮道事务；调副使张汝蕴分守陇右道，这是采纳了督抚的提议。
升任山东按察司佥事钟万禄为右参议兼佥事，整饬霸州兵备。
刑科给事中张凤翔进言：“近来因矿税不忍立即停止，便将释放罪犯、起用废黜官员、行取科道官员三件事一并收回，命内阁大臣一同拟定三道圣旨——不久后果然仅下行取科道官员的圣旨。虽稍有延迟，臣深知陛下心中并无他意，其中也有难以立即施行的缘由，因此斟酌拖延而未决断。臣等身为言官，难道才智都在南企仲之下，要等南企仲喋喋不休地劝谏才行动吗？如同将要下雨却未下，使陛下的恩泽无法施及天下，实在令人痛恨。
陛下只知南企仲越权市恩，却不知此事的起因另有缘由：南企仲与南京兵部主事武之望是儿女亲家，早年二人一同在吏部任职，因名位竞争产生矛盾，南企仲排挤武之望外任，心中一直不满，难以释怀。不久前武之望入京等候调任，将南企仲一生的隐秘劣迹刻印成册，在京城广泛传递。南企仲知道被至亲揭发，公论必定无法容忍，陛下知道后更不会宽恕——与其因奸邪行径暴露而被罢黜，不如借建言之名获取声誉，掩饰丑行，还能保住原有的地位。
即便如此，一个南企仲何足挂齿？但陛下将要施予的仁德却被他从中阻挠，恐怕并非陛下的初衷。诏狱中的囚犯，时刻如同度过漫长岁月，他们的处境实在可怜——臣身为刑科官员，早已想上疏请求宽释，只因陛下身体尚未完全康复，不敢效仿南企仲的做法，再次激怒陛下。如今幸喜陛下身体康复，又不敢不揭穿南企仲的用心，以成全陛下最初的慈爱之意。恳请暂时释放诸臣，暂缓商议恢复官职之事；对南企仲这种沽名钓誉、掩饰丑行的行为，立即罢黜，以作为人臣撒泼无耻的警戒。”皇上圣旨：“南企仲无耻可恶，革职为民，永远不许录用。”
涿州守备袁宁、兴州中屯卫署印指挥陈效忠等，各被罚俸三个月，因捉拿盗贼没有收获。
因陕西河州团卜山斩杀虏寇的功劳，升任赏赐千总宋希尧等人，各有不同。
十五日（丁未），户部总督仓场右侍郎赵世卿因凤阳巡抚李三才提议留存江北、江南的漕粮，抵扣河工费用，上疏争辩说：“自从黄河决堤以来，漕运通道阻塞，臣为仓储考虑，真想亲自背负土石堵塞洪流，难道会有一丝一毫的私心？只是担忧日后的情况——如今太仓空虚，一年的收入不足以抵偿一年的支出，估算两年后，京营六军及天下百姓将必须依赖新的漕粮才能做饭，而新漕粮又远在数千里之外。万一水旱灾害不期而至，缴纳运输延误，数百万生灵将束手待毙，到时还有京城可言吗？这样的景象，实在令人心寒。却要借留漕粮作为河工的费用，这无需智者判断也知不可行。”皇上圣旨：“每年的漕粮既难以截留，河工又正急需费用，有什么长远策略可以筹措？将责任推诿给总漕衙门也不是正确的政体，户、工二部还需详细商议后奏报。”
十六日（戊申），大学士沈一贯因陛下身体安康，上疏请求陛下在刚康复之后更加谨慎：“严格调理饮食起居的节律，告诫身边侍从时常进献规劝告诫，禁止声色享乐、减少美味佳肴、戒除嗜好欲望、平抑喜怒情绪——使精神常保持恬淡，这样忧患就不能干扰；气息常保持清和，这样外邪就不能侵入。至于朝廷政务，各部门自然能处理，只是各地官员空缺尚未补充，治理河道的钱粮无从筹措，这是当前最紧急、应牵动陛下心思的事务。
此外，臣此前当面奉陛下谕示四件事，仅蒙允准行取科道官员，还有三件事未施行——天下百姓从欢呼歌颂的状态，又变为呻吟皱眉的模样。陛下恳切的德音，实在是对臣当面所说，臣刻骨铭心，怎敢忘记？这在于陛下自行回心转意，无需臣下苦苦劝谏：如有长期形成的习惯难以立即改变，三件事不能同时施行，也乞请次第施予恩泽、后先相望——这不仅是臣民的福分，实在也是陛下的福分。臣因多病，独自承担重任，忧虑时事、担忧国家，常常深感不安，私下以愚臣之心揣测圣主之心——大小虽有不同，应当不会相差太远。如能早日完成三件事，恢复此前的美意，陛下一日之内就能与二帝三王并列流传，臣也能沾受荣光了。”皇上没有批复。
升任四川右参政马朝阳为河南按察使，管理驿传道事务；山东副使来三聘为右参政兼佥事，管理兖西兵巡道事务。
十七日（己酉），皇上下诏催促宗人府编纂玉牒（皇室族谱）新册。
升任四川右参政张文燿为按察使。
加授云南右布政使钟昌为太仆寺卿，准许退休；升任云南按察使薛梦雷为右布政使，这是采纳了抚按的请求。
关于套虏的善后策略，延绥巡抚孙维城分六条奏报，宁夏巡抚黄嘉善分八条奏报，总督尚书李汶会同二人奏请朝廷，其中：
延绥的六条策略
- 确定通款时间与费用：本镇通款应从万历三十年开始，将万历十九年原计划的马价，都提前一年解送，购买货物以补充市赏；拖欠的旧额及新增费用，暂时从本镇的“桩朋银”（武官凑集的银两）中支出，等待粮税征收后补还。市货务必挑选精良的，委派廉洁干练的通判、经历各一人，与当地府佐官共同办理，根据成效评定优劣。
- 选择抚夷官员：抚赏宣谕事务必须由熟悉夷情的官员负责，如波罗参将马应时——亲身经历虏地、熟悉番语，提议将马应时以原官兼管抚夷事务；等进马开市后，若各虏没有其他要求，先行给予优待；若有贪图私利、勾结夷人的官员，查实后从重参劾。
- 规范马匹交易：以往夷人用马匹交易、汉人用财物交换，后来因夷人狡诈，将马价混入抚赏——导致民间交易的马匹多健壮，官府交易的马匹逐渐低劣，又苦于夷人马匹过多，听任他们随意牵来售卖，以示笼络。如今虏寇新恢复通款，约定愿照万历十六、十七年售卖的马匹数量，不许多加，及禁止割舌、喂沙等作弊行为；必须挑选廉洁干练的文武官员各一人，专门负责查验马匹——健壮可用于骑操的才准许解送道署验烙，分发各营城补充倒死的马匹；其余的听凭按马价估值，交付各营城委派官员变卖，变卖所得银两多少听其自然，不要求足额，以稍减接收的负担。
- 明确市赏标准：市赏没有固定数额，因此虏寇容易要挟；镇城的道将足以约束，偏远堡垒的抚赏事务由守操官员负责，难以坚持标准。提议制作标牌，开列赏额，交付道将——应由道员会同赏给的就会同赏给，应亲自前往监督赏给的就迅速前往监督；仍需查照原奏进献马匹的犒赏标准，丝毫不再增加，仍遵守万历二十四年明谕“一年恭顺，才准许一年市赏”，不得轻易接受罚服、敷衍了事；严禁军民私自交易，将官不许贪功，经管官员不许克扣，及用劣质物品搪塞。
- 加固互市场所防御：夷人入市时，汉夷聚集，难保无意外情况。延镇的“市厂”（交易场所）原本设在红山大边暗门外，与边墙内仅隔一道墙基，且围墙高不过八九尺，环绕的墙垣单薄颓坏——应在边墙内外依托边墙修筑围墙如城池，环绕深池，内设抚夷台、瓮城，将官厅、市地设置防御设施，这样无论紧急情况都可无虞。
- 确定开市时间：套虏的市期原本在三月，如今在万历二十九年七月结盟，三月市期已过——姑且允许在本年十一月初开市，限定月底或十二月中旬结束；凡上市、宴待及临时查给的费用，一并核算；应进献的马匹，需附带宣大军门进献陛下的，就附带进献，应留在边疆的就留边；市赏结束后，有酋首效力恭顺的，查实题奏给予赏赐，其余的年度赏赐不拘此限，每年齐到边疆即可，不来的不给予；进贡的马匹务必挑选健壮的，不得一概收受。
宁夏的八条策略
- 保障市赏银两：请求从万历三十年以后，每年按数额全额发放市赏银二万二千四百两，到期听凭该镇咨文户部题请发放。
- 明确市期规则：商议从万历二十九年开始通款，市期限定在十月——今年免除去年的赏额，明年开启今年的市赏，“一年无犯，才准许一次通款贸易”，仍照延镇的事例遵守。
- 划分市赏区域与职责：根据冲要、偏远程度划分市赏区域——抚夷守备专门管理清水厂的钱粮，中东通判轮流管理；中卫、平虏的市赏事务由路将负责，钱粮由中卫、平虏各委派通判分管。如今河东道驻清水、河西道驻中卫、镇城副总兵驻平虏弹压，总兵官移镇玉泉营居中调度，抚夷守备改授都司职衔，便于承担责任；仍照延镇的事例，制作标牌开列赏额，交付道将，不许滥给。
- 核定夷人支分（部落分支）名数：其中除来安哈屯已去世绝嗣应除名，其已故指挥佥事舍剌乞探、正千户脱计的部落，准许舍剌乞探的儿子打儿沙、脱计的儿子屋逆贡暂时统领，等确实验证恭顺后再题奏袭授；及各酋请求新增的二十五名男婿，都应给予抚赏——已与各酋讲明不增加马匹数量，抚赏酌情通融支给，不超出原额；又称克太及其儿子阿吉大如今居住在西海，等他们请求结盟后才准许恢复赏额，若在西海生事，也应商议革除。
- 限定易马数量：镇城交易马匹没有固定数额，骑操马匹倒死后，需追缴桩朋银补充，分摊给官军每月扣俸，十分不便。如今每年交易马匹以三千五百匹为额——验明确实可用于骑操的才准许分发各营堡，其余的听凭委派官员估值变卖，变卖价格随马匹质量而定，不必要求足额，以减少负担。
- 规范市货采购：委派官员采购市货时侵占贪污，导致货物粗劣，夷人不愿领取，动辄延误——提议除皮张、糖果、皮金照先前由廉洁官员委派采购外，细缎、布匹由四路通判轮流委派一员，再委派经历一员，行文当地抚按委派府佐官一员共同采购；应发放的马价，提前一年解送，以便采购。
- 防范松山虏寇：松山是我国内地，最近才收复，担心夷人留恋旧巢穴，不可不周密防范。若夷人阳奉阴违，应出兵捣毁其巢穴，牵制他们的注意力；中卫地区原本有宾免的市赏，应仍令互通贸易——通过内部联合瓦解他们的狡诈图谋，通过外部抚赏吸引他们归顺，需探明实情、相机行事，不可听凭武官、通事（翻译）、降夷轻率行动，引发祸端。
- 约束将领与夷人：该镇邻近河套，担心虏酋依仗通款在边境附近居住放牧，官军因通款而不敢驱逐。今后有将官纵容虏寇在边境附近居住放牧、杀戮抢掠的，轻则惩治，重则题奏参劾；每年年底分类核查将领有无失职情况，报部处置。
兵部回复均准从所议，皇上圣旨：“准从所议，不得依仗通款忘记战备，不得贪图功劳轻率行动。”
十八日（庚戌），户部尚书陈蕖因长期生病请求退休，先将本部印务交给右侍郎张餋蒙管理，皇上准许他宽假调理，印务由张餋蒙管理。
十九日（辛亥），改任礼部左侍郎朱国祚为吏部右侍郎，兼任经筵日讲官的职务照旧。
升任保定巡抚汪应蛟为工部右侍郎。
论万历二十七年宁夏两次大捷的功劳：
- 大学士沈一贯加授少傅兼太子太傅，荫封一子进入国子监读书，赏赐白银五十两、彩缎四表里；
- 兵部尚书田乐加授兼太子太傅，赏赐白银五十两、大红飞鱼袍一件；
- 户部尚书陈蕖赏赐白银四十两、纻丝二表里；
- 户部侍郎张餋蒙赏赐白银三十两、纻丝一表里；
- 原任兵科左给事中桂有根、兵科给事中洪瞻祖、陕西巡按御史李思孝、原任兵部郎中杨应聘、张主敬、兵部郎中申用＜棥心＞，各赏赐白银有差；申用懋加授五品京堂衔，仍管理司务；
- 总督三边尚书李汶兼支尚书俸禄，赏赐白银五十两、大红蟒袍一件，荫封一子为锦衣卫百户，准许世袭；
- 原任宁夏巡抚杨时宁升任兵部尚书兼都察院右副都御史，仍总督宣大，赏赐白银四十两、大红飞鱼袍一件，荫封一子为指挥佥事，准许世袭；
- 原任宁夏总兵杜桐赏赐白银三十两、纻丝二表里，遇空缺起用；
- 河西兵粮道按察使王道增准复原职；河东兵备道副使王登才升职一级，各赏赐白银十五两；
- 管粮郎中陈良知、管粮通判赵守贞，各赏赐白银有差；
- 原任征播总兵马孔英、宁夏副总兵邓凤、原任花马池副总兵萧如蕙，各升实职一级；
- 原任军门标下中军孙守仁，各赏赐白银有差，并记录功劳优先任用。
二十一日（癸丑），升任贵州副使洪澄源为右参政，分守思仁道。
户部右侍郎张餋蒙上疏推辞管理部印，进言说：“臣缺乏才能且长期生病，朝廷官员谁不知道？明知臣生病无法到部办公，却指责臣故意回避；明知臣生病无法供职，却推托臣管理部印——这是臣无法理解的。托病的人准许他们辞官，真病的人却委派他们在私宅处理公务，同样在私宅，彼此有何区别？这也是臣无法理解的。臣不敢期望他人体谅，只能感叹自己命运不佳，恳请陛下怜悯臣确实生病，准许退休；本部的印务原本属于正卿，或另行挑选贤能官员管理。”皇上不允许。
工部尚书姚继可上疏进言：“河南巡抚曾如春留存户部的漕粮折银等银两，用于修筑汴堤——虽属河道事务，实际也是为了漕运。查先前分黄导淮的工程，该部曾协济白银十二万两，如今的留存提议，正与旧例相符。本部未经过咨会商议，是因春季汛期洪水泛滥，祖陵、漕运关系重大，筑堤工程时刻不容延误——若等待会议是否可行，难免各执己见、耽延时日，错失时机。况且不修筑堤坝则无法治理黄河，不治理黄河则漕运不通，漕运既不通，漕粮自然无法运输，仓库又怎能充实？到那时即便归咎于河道的危害，恐怕也无济于事了。由此推断，暂时调剂、互相接济，本就无不可行。但该部既不愿通融，而河工又正紧急，哪有坐视等待困境的道理？查该省的额定解送钱粮，如漕粮折银之外还有其他可动用的，应另行筹措，不损害边饷储备；若确实没有可用的钱粮，就由总河大臣灵活动用，以充作堤坝费用，都不是臣部所敢远程决断的。”皇上圣旨：“准从所议，河工紧急，钱粮令总河大臣及巡抚设法筹措，准许灵活动用。”
二十三日（乙卯），礼科都给事中张问达上疏弹劾李贽：“李贽壮年做官，晚年削发为僧，近来又刻印《藏书》《焚书》《卓吾大德》等书，在天下流传，蛊惑人心。他将吕不韦、李园视为有智谋之人，将李斯视为有才能之人，将冯道视为避世的官吏，将卓文君视为善于选择佳偶的人，将司马光论桑弘羊欺骗汉武帝的观点视为可笑，将秦始皇视为千古一帝，认为孔子的是非标准不足以作为依据——狂妄荒诞、违背伦理，难以一一列举，大多荒谬不经，不可不销毁。
尤其可恨的是，他寄居麻城时，行为放肆无礼，与品行不良之徒在庵堂交往，拉着妓女在白天一同沐浴，勾引士人的妻女进入庵堂讲法，甚至有携带被褥枕席在庵堂住宿的，整个地区如同疯狂一般。他又撰写《观音问》一书，书中所谓的‘观音’，都是士人的妻女。而后生子弟喜欢他的狂妄放肆，相互煽动蛊惑，以至于明目张胆地抢劫他人财物、强行搂抱他人妻子，如同禽兽一般而不知羞耻。近来缙绅士大夫中，也有手持念珠、念佛膜拜、信奉佛教、尊崇僧人，手持佛珠作为戒律，家中悬挂佛像作为皈依对象的——不知遵守孔子家法，却沉迷于禅教沙门之学，这样的人越来越多。
近来听闻李贽将要移居通州，通州距离京城仅四十里，倘若他一旦进入京城，招致蛊惑，又会成为麻城的翻版。希望下令礼部发文，通知各地官府将李贽解送原籍治罪，同时发文两京各省，将李贽已刻印、未刻印的书籍，连同搜查其家中未刻印的文稿，全部烧毁，不许留存，以免给后世的伦理道德带来祸乱，实为万幸。”皇上圣旨：“李贽胆敢倡导异端邪说、蛊惑世人、诬陷百姓，立即令厂卫、五城（京城五城兵马司）严厉捉拿治罪；其已刻印、未刻印的书籍，令各地官府全部搜查烧毁，不许留存。如有党徒包庇、私自收藏的，该科及各有关官员查访参奏，一同治罪。”不久后，李贽被逮捕到京，因畏惧治罪而绝食身亡。
江西巡按上疏请求免除通判陈奇可的逮捕，称去年冬天景德镇的民变，是因中使潘相激起，不应将未能救援的罪责归于陈奇可。
陕西道御史汤兆京上疏弹劾新改任吏部侍郎的朱国祚、蓟辽总督万世德，皇上没有批复。
二十五日（丁巳），大学士沈一贯三次上疏推辞宁夏叙功的加官、恩荫，皇上颁布褒奖诏书，特意准许，以成全他谦逊的美德。
升任光禄寺少卿杨凤为南京太仆寺少卿，云南右参政易以巽为按察使，河间长芦运使何继高为江西右参政兼佥事，分巡湖西道兼理袁州兵备。
户科给事中夏子阳进言：“陛下优待大臣，常常过于宽容，而大臣却不顾公家的紧急事务，只谋求自身的便利。臣谨根据事实陈述：陈蕖向来没有治理国家的长远谋略，错误开创捐纳当官的事例，既已被论劾指责，引罪请求退休，也是他分内之事。陛下准许他宽假调理、交还部印，可见陈蕖应当离职，圣明陛下已洞察一切。该部既有侍郎，印务本当由侍郎管理，而陛下任命张餋蒙，哪能不是恩宠？张餋蒙却发泄愤怒、意气用事，以至于请求退休，为何如此？臣得以知晓其中缘由：张餋蒙图谋升任吏部的心思已久，屡次看到陛下不点头同意，怨恨已深深积累——多年想要得到的职位不能实现，一旦被委派他所厌恶的事务，因此忍不住发怒傲慢到这般地步。
张餋蒙既想挑选官职担任，不屑于管理本部的印信，即便勉强服从命令，也无心尽职，更何况陈蕖认为张餋蒙故意回避，张餋蒙认为陈蕖假装生病——彼此讥讽指责、互相推诿，成何体统？如今司属官员无处请示，部务全部荒废，边饷告急，士兵饥饿嗷嗷待哺，万一发生变故，谁来承担责任？恳请立即罢免二臣，以作为旷废职责、放弃使命、贻误国家、不忠诚的警戒，另行挑选有才能声望的官员任用，或许国家财政可得到充裕，官吏纲纪也可得到彰显。”皇上圣旨：“下发吏部知晓。”
二十六日（戊午），大学士沈一贯因生病劳累请求请假调理，皇上怜悯他，圣旨：“内阁事务繁重，卿独自承担政务根本，怎能空缺？暂时准许请假，应妥善调理，稍有好转立即出来辅佐治理，以符合朕的倚重眷顾。”于是命御医到家中为他诊治，派遣中使赏赐猪、羊、酒、米等物品。
陕西河州莲花寨等处的黄河水干涸，河床见底。
二十七日（己未），按照惯例给予光禄寺卿李用敬祭葬待遇。
二十八日（庚申），朝鲜国王李昖派遣陪臣成泳等二十一人携带表文、进献方物马匹，庆贺皇太子正式确立东宫之位，朝廷分别赐予彩缎、衣服、靴袜。
因襄王朱载尧的儿子朱翊铭已袭封父亲的爵位，准允郧城王朱载＜土鼎＞回避，不再管理王府事务。
二十九日（辛酉），大学士沈一贯因讲官进呈的《大学衍义》讲章即将完成，缮写《太祖宝训》进呈皇上阅览，以便继续撰写讲章，皇上没有批复。
大同巡抚房守士请求回原籍奉养母亲，皇上准许。
兵部尚书田乐三次上疏推辞宁夏叙功的加官晋级，皇上颁布优诏准许。
刑部尚书萧大亨等因陛下身体完全康复，恳切请求最终施予皇恩，释放监禁的诸臣，以彰显盛大的喜庆，上疏没有得到批复。
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